二代测序技术在脓毒症病原学诊断中应用进展

脓毒症是一种由感染所致生理、病理和生化异常的临床综合征,常危及生命,近年来其发生率和病死率均有增多趋势。脓毒症的早期诊断和治疗能有效降低病死率。当前,病原菌培养是脓毒症病原学诊断的主要方法,但是病原菌培养需要数天至数周的时间,使得在临床上无法及时应用针对性的抗菌药物,从而延缓了有效治疗。目前,二代测序技术不断成熟,它检测病原体的速度快、范围广,现已成为感染性疾病中病原学诊断的有效手段,本文就二代测序技术的概念、功能以及二代测序技术在脓毒症病原学诊断中的作用展开论述。     

分子诊断技术在临床疾病中的应用进展

过去20年,临床分子诊断技术取得了飞跃式的发展,它已成为临床检验医学学科中最具发展潜力的领域。尤其是随着基因组学的深入研究,临床分子诊断方法已在更深层次揭示临床疾病的本质,从而指导临床诊断和治疗,许多临床分子诊断项目已成为国内外医疗机构的常规项目,广泛应用于临床各科。当前,应用于临床实验室分子检测的生物学技术主要包括核酸杂交、核酸扩增及 DNA 序列分析等。本文就分子诊断技术在感染性疾病、肿瘤和遗传病领域应用进展进行述评。     

宏基因组测序技术在感染性病原体检测中的应用进展

感染性疾病复杂多样,传播性强,时刻威胁着人类的健康。高效准确的病原学鉴定是感染性疾病诊治的关键环节。近年来,宏基因组测序技术在临床上的应用日益广泛。高阳性率、高敏感性以及病原体的无偏倚检测等优势使其更加适用于临床上疑难感染性疾病的诊断。本文主要对宏基因组测序在感染性疾病病原体检测中的应用进行简述,并对其现存的问题进行总结。     

二代测序技术在Cardio-facio-cutaneous综合征诊断中的应用研究

目的 探讨二代测序技术在辅助诊断RAS心肌病群的作用.方法 提取1例疑似Noonan综合征患儿及其父母外周血,采用aCGH、二代测序技术检测基因突变,并用Sanger法进行验证.结果 二代测序结果显示,患儿BRAF基因存在c. 1406G>A杂合突变.患儿一代测序结果与二代测序结果一致,父母一代测序结果显示该位点均为G/G野生型.结论 该患儿为CFC患者,二代测序技术在RAS心肌病群的鉴别诊断中可以起到很好的辅助作用.     

高通量二代测序技术在病毒性肝癌HBV-DNA与宿主基因整合位点研究中的应用

目的 运用高通量二代测序技术(NGS)捕获病毒性肝癌组织中乙型肝炎病毒(HBV)DNA与宿主基因整合位点,为临床疾病诊断治疗提供可靠的依据.方法 采用高通量二代测序技术对5例原发性病毒性肝癌组织DNA进行全基因组测序,使用Burrows-Wheeler Aligner(BWA)和Picard-tools生物信息学软件,...     

高通量测序技术在临床医学中的应用进展

高通量测序技术(第二代测序技术)近年来取得快速发展,与第一代测序技术相比具有速度快、准确率高、成本低等优点,主要以454测序技术、Solexa测序技术以及SOLiD测序技术为代表。高通量测序技术在生命科学以及医学领域方面的研究越来越广泛,该文介绍了几种高通量测序技术的作用原理以及它们在临床方面的应用情况。     

宏基因组二代测序技术在呼吸系统感染病原学诊断中的应用价值

目的 探讨宏基因组二代测序技术(m NGS)在呼吸系统感染病原学诊断中的应用价值。方法 选取2020年12月-2021年1月在南方医科大学珠江医院就诊的48例呼吸系统感染者为研究对象,比较痰mNGS检测和痰培养检出病原体的分布、阳性率、符合率、混合感染率,对检出的部分特殊病原体采用PCR、质谱技术进行验证,分析痰mNGS检测的优势和可行性。结果 痰mNGS检出75株病原体,其中细菌20株,真菌24株,病毒16株,特殊病原体15株;痰培养检出20株病原体,其中细菌8株,真菌11株,特殊病原体1株。痰mNGS与痰培养检测病原体总符合率为35.42%(17例),阳性符合率为22.92%(11例)。痰mNGS检测病原体阳性率87.50%(42例)和混合感染率60.42%(29例)均显著高于痰培养的阳性率29.17%(14例)和混合感染率8.33%(4例),差异均有统计学意义(χ²=32.685、28.860,P均<0.05)。特殊病原体鹦鹉热衣原体、结核分枝杆菌复合群(MTB)和诺卡菌,验证结果与痰mNGS检测符合率均为100.00%(各2例)。鹦鹉热衣原体患者根据...     

宏基因组二代测序技术在临床应用中的研究进展

感染性疾病给人类带来了严重的疾病负担,传统的病原体实验室诊断技术存在着灵敏度和特异性差、检测周期长的问题。病毒和非典型病原体导致的感染对临床感染诊断技术提出更高要求。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)是对样本中的微生物和宿主的遗传物质(DNA和RNA)进行高通量测序和综合分析的一种诊断技术,mNGS正在改变临床微生物检验的格局以及传统诊断和治疗感染性疾病的模式。推广mNGS需解决多种技术问题,如宿主的核酸可导致病原体检测灵敏度降低,目前已开发了多种去除宿主核酸的方法以降低测序干扰;在mNGS数据中准确识别病原体序列需建立可靠的微生物数据库以及数据分析算法;对检测结果的分析需要不断优化知识库、“完善策略”、检测操作的便捷性和出具报告的时效性也影响该技术的应用,尤其是缩短检测报告时间对及时明确感染病原、实施精准诊疗至关重要。由mNGS衍生的纳米孔测序技术测序速度快、可实时分析数据、便携性强,有助于实现病原的快速诊断。现从mNGS发展和应用进展、mNGS技术临床应用的关键问题及解决方案、未来mNGS在临床应用中的延伸价...     

脑脊液宏基因组下一代测序技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中的应用

中枢神经系统( CNS)感染性疾病是由各种病原微生物侵犯脑实质、血管及被膜引起的神经系统重症疾病,具有高病死率和致残率等特点.因病原微生物检测手段有限,极易延误诊断及治疗.宏基因组下一代测序( mNGS)基于大规模并行测序原理,利用多个DNA小片段平行测序来确定序列[1] ,可同时检测样本中全部病原微生物,对于CNS感...     

高通量测序技术在临床感染性疾病实验室诊断中的应用

随着测序技术的不断进步, 高通量测序技术在临床实验室中受到越来越多的关注, 其在感染性疾病的诊断和治疗中有着重要价值。与传统的微生物实验室诊断手段相比, 高通量测序技术在对复杂和混合感染的诊断、敏感性、准确性、检测时间等方面均显现出优势。然而, 该技术在检测规范、成本、报告解读等方面还有一些问题亟待解决, 在感染诊断的临床应用中仍存在许多挑战。近年来, 在国家政策的支持与规范下, 测序行业持续健康发展, 其应用市场也逐渐走向成熟;同时, 国内外微生物专家努力推动相关共识及标准的形成, 医院也在提高实验室测序相关仪器以及人员和知识储备, 以促进高通量测序技术的临床应用, 充分利用其优势, 使其更好地服务于临床诊疗。本文主要从高通量测序技术在临床微生物感染性疾病实验室诊断中的应用现状以及政策体系支持及发展方向等方面进行阐述。     

高通量测序在中枢神经系统感染性疾病诊断中的应用

目的 研究高通量测序(next-generation sequencing,NGS)在中枢神经系统感染性疾病诊断中的应用价值.方法 收集81例中枢神经系统感染性疾病患儿,根据脑脊液病原体培养结果,将81例患儿分为A组(病毒性脑炎,20例)、B组(结核性脑膜炎,28例)、C组(化脓性脑膜炎,24例)及D组(隐球菌性脑膜炎...     

二代测序技术在临床医学上的相关应用

［摘要］近年来,二代测序技术不断蓬勃发展,以其速度快、准确率高、成本低等优点逐步替代了第一代测序技术．其测序技术原理的不断创新和工程材料应用不断突破使得高通量的基因序列读取趋于个体化需求的应用．目前比较成熟的二代测序技术以454测序技术 、Solexa测序技术以及 SOLID测序技术为代表,应用二代测序技术的基本原理和性能特点,阐述其在临床医学上的相关应用．     

二代测序技术分析SNP在法医学上的应用

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）是指在基因组水平上由单个核苷酸变异所引起的脱氧核糖核酸序列多态性。SNP多为双等位型标记,具有分布密度高,突变率低,位置不均匀等特点。在法医领域,SNP广泛应用于身份鉴定、系谱推断、始祖推断和表型推断等场景。但目前第一代测序技术对SNP的分析效率尚不理想。而随着第二代测序技术的逐步发展,SNP的处理效率可以得到极大提升。因此,利用二代测序技术分析SNP在法医学应用上有着巨大潜力和广阔前景。     

宏基因二代测序技术在肺部感染病原学检测中应用的研究进展

肺部感染作为常见的感染性疾病,全球发病率高、死亡率高,致病菌类型多种多样,目前常用的病原体检测主要有形态学鉴定、细菌培养和抗原抗体检测,部分罕见的病原体不易被检测出,给临床诊断带来困难。宏基因二代测序（mNGS）技术作为一项新的检测技术,处于高速发展阶段,并已逐步应用于临床,具有高通量、高灵敏度和检测周期短等特点。mNGS对提高肺部感染性疾病的病原学诊断效率和检测效能具有巨大的潜力,特别是常规检测方法存在局限性的领域,如罕见疾病、新发传染病及检测条件苛刻的微生物等。现针对mNGS技术在肺部感染病原体诊断的优势和局限性等方面进行综述,探讨其临床应用价值,为通过mNGS技术实现肺部感染性疾病的精准诊断和治疗提供依据。     

高通量测序技术在口腔疾病中的应用进展

高通量测序技术即下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)或深度测序,广泛应用于全基因组和转录组的测序、基因组修饰的鉴定和蛋白质相互作用的分析。高通量测序技术不仅可以全面认识口腔微生物群落在健康和疾病状态下的特征,而且可以认识某种口腔微生物的生物功能及其在群落中的作用。对患者健康和患病细胞的基因组、外显子或转录组高通量测序的见解已经能够改善许多口腔疾病的诊断分类、预测和治疗选择。目前高通量测序技术在口腔疾病研究中应用广泛,本文将从高通量测序技术平台的发展及高通量测序技术在龋病、牙周病、口腔鳞状细胞癌和其他口腔疾病中的应用进行综述。     

高通量基因测序技术在淋巴瘤中的应用进展

近年来,基于全基因组的高通量测序技术发展迅速,由于其速度快、准确率高、成本低等优点,目前已广泛应用在临床医学的各个领域,为亚型众多、治疗复杂的淋巴瘤研究带来了革命性变化,为筛选淋巴瘤的特异性诊断标志、研究疾病的发病机制、寻找预后指标及促进新药研发起到了极大的推动作用。     

高通量测序技术在肺部感染性疾病中的应用

肺部感染性疾病中,病原体的诊断对治疗有极为重要的意义.传统检测手段虽是可靠的方法 ,但其敏感性不足,需通过新技术,新手段来进行补充.高通量测序技术一次可以对数十万到数百万的DNA或RNA分子进行测序,具有检测范围广、检测种类多,无须培养、不受抗生素影响,指导精确治疗的优点,是避免抗生素滥用,实现呼吸系统感染性疾病精准诊...     

基于二代测序技术的转录组测序生物信息分析

随着二代测序技术和生物信息学的发展,越来越多的科研人员通过转录组测序(RNAseq)研究基因表达调控、疾病发生机制和遗传育种上的问题。面对测序所产生的大量数据,生物信息学分析策略对于数据的解读显得尤为重要。本文结合不同RNA(mRNA、LncRNA、miRNA和circRNA)的特点,对转录组测序中的几类分析流程及其所涉及的软件和数据库分别做简要的介绍,为RNAseq的生信分析研究提供参考。     

二代测序技术在结直肠癌基因组测序中应用的研究进展

二代测序技术在结直肠癌（CRC）领域中的应用已经越来越广泛。根据测序目的的不同,二代测序技术主要分为全基因组测序、全外显子测序、转录组测序和靶向深度测序等。本文简要概述了这几种二代测序技术在CRC基因组研究中的应用。