液相芯片技术在人乳头瘤病毒分型检测中的应用

目的构建人乳头瘤病毒(HPV)基因分型的液相芯片,针对中国常见的23种型别的HPV进行分型检测,并探讨其在临床应用中的特异性和敏感性。方法采用HPV通用型引物MY09/11以及一条简并引物对临床样本进行PCR扩增;针对HPV不同型别设计分型探针,并偶联到Luminex微球上,通过LuminexTM平台对PCR产物进行分型检测。同时以测序法作为验证标准,对液相芯片法(Luminex法)检测结果进行评价。结果以测序法作为验证标准,Luminex法对314例HPV样本的分型检测结果为灵敏度98.10%,特异性98.08%,符合率98.09%。Kappa一致性检验结果为0.962。结论 Luminex法用于HPV感染样本中的分型检测具有高灵敏度和特异性,可以用于临床HPV诊断。     

近交系小鼠双色荧光正相杂交芯片技术体系的建立和优化

目的探讨采用单核苷酸多态性（SNP）检测方法-双色荧光正相杂交芯片技术对近交系小鼠遗传质量监测及相关影响因素。方法运用基于芯片的双色荧光正相杂交检测SNP技术,进行芯片杂交动力学研究,考察信号值（Cy3,Cy5）和ratio值（Cy5/Cy3）与PCR产物点样浓度、PCR产物长度和荧光标记探针长度之间的关系,研究PCR产物点样浓度、PCR产物长度和荧光标记探针长度对SNP分型的影响。结果采用正反标记实验后,Ratio值随着PCR产物点样浓度的增加呈稳定趋势;PCR双链产物长度对信号值影响比较大,点样时其长度不宜太长,最好不超过450 bp;随荧光标记探针长度的增加,基因分型能力明显下降,长度为15 bp最佳,长度超过20 bp时,已基本没有区分能力。结论PCR产物点样浓度、PCR产物长度和荧光标记探针长度是双色荧光正相杂交SNP分型系统的重要影响因素,采取适当的PCR产物点样浓度、PCR产物长度和荧光标记探针长度,并采用正反标记实验,可以取得稳定、准确的基因分型效果。为进一步进行近交系小鼠遗传质量监测的研究奠定基础。     

悬浮芯片HPA基因分型方法的建立及评价研究

目的:建立一种准确、高通量的人类血小板抗原(HPA)基因分型方法。方法:采用多重PCR及连接酶技术扩增22种HPA基因,将扩增产物与包被在微球上的特异性探针杂交,通过Bio-Plex悬浮芯片阅读仪判定HPA基因型,将检测结果与聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)结果比较。结果:成功建立了悬浮芯片HPA基因分型方法并对西安市汉族献血者血液样品进行基因分型,检测结果与PCR-SBT分型结果完全一致。结论:真正建立了一种准确、高通量的HPA分型方法,对临床血小板HPA分型输注以及建立已知HPA供者库具有重要意义。     

液态芯片技术检测Y 染色体微缺失方法的优化

目的优化基于液态芯片检测高通量、快检测Y染色体微缺失的方法。方法以sY84、sY86（AZFa）,sY127、sY134（AZFb）,sY152、sY153（AZFd）,sY242、sY254、sY255（AZFc）等9个Y染色体微缺失的STS位点作为检测区域,以sY14（SRY,男性性别决定基因）位点作内部对照。优化探针引物组合,建立基于液态芯片的多重PCR-技术检测Y染色体微缺失的方法。结果优化的引物对在多重PCR体系中显示特异的扩增效率;多重PCR产物与STS特异的探针微球杂交后,在Luminex上显示非常强的特异性的荧光信号。结论多重PCR-液态芯片技术检测Y染色体微缺失的方法具有高灵敏性、高特异性,高准确性,操作简单,结果可靠,使快速、高通量筛选男性不育症的分子缺陷成为可能。     

多样本多指标同步分析新技术——液态芯片

液态芯片(liquidchip)是近年来新出现的一种芯片技术。其原理为:通过两种荧光染料按照不同比例将直径为5.6μm微球(beads)染成100种颜色.每种颜色的微球经共价结合携带一种生物探针(如:抗原、抗体、核酸、配体、酶等).分别针对相应的待测物.混合载有100种不同探针的微球.在一个反应孔内可以同时完成100种不同的生物学反应.随后微球排成单列通过两束激光.分别对待测物进行定性,定量检测。所得数据经电脑处理直接判断结果。液态芯片拥有优于常规蛋白质检测方法的特点:①重复性好;②通量大.在35—60分钟内可对96个不同样本分别进行多达100种指标的检测.具有“多功能多指标同步分析体系(FlexibleMultipleAnalyteProfiling,xMap)”技术特点;③灵活性好;④灵敏度高;⑤信噪比好;⑥操作简便,耗时短;⑦液相环境更有利于保持蛋白质的天然构象.也更有利于探针和被检测物的反应。而且.液态芯片是唯一被美国食品及药物管理局(FoodandDrugAdministration.FDA)批准用于临床诊断(自身免疫病检测和人类白细胞抗原分型)的生物芯片。液态芯片可应用于:①免疫学分析:免疫检测.受体-配体分析、酶分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析、蛋白质-DNA相互作用分子;②DNA杂交分析;单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphism,SNP     

两种人乳头瘤病毒分型检测方法的比较

目的 通过比较PCR联合地高辛标记探针杂交法与实时荧光定量PCR法检测宫颈液标本中人乳头瘤病毒(HPV)感染的一致性,评价PCR联合地高辛标记探针杂交法的临床应用价值. 方法 将4型HPV(16、51、54和56)探针3′端加尾地高辛标记,检测标记探针的灵敏度和特异性.收集63例第二代杂交捕获(HC-Ⅱ)阳性和18例HC-Ⅱ阴性的宫颈液标本,采用HPV通用引物MY11/09对所有标本L1区基因序列进行PCR扩增,利用地高辛标记探针杂交法对PCR产物进行检测分型;同时利用实时荧光定量PCR对这81例标本进行检测,将两者的检测结果进行比较. 结果 地高辛标记探针杂交法检测出HC-Ⅱ阳性标本中HPV-16型40例,HPV-51型2例,HPV-56型2例,分别占HC-Ⅱ阳性标本的63.5%、3.2%和3.2%,HC-Ⅱ阴性标本中检测出HPV-16型1例;实时荧光定量PCR法检测出HC-Ⅱ阳性标本中HPV-16型39例,HPV-51型2例,HPV-56型2例,占HC-Ⅱ阳性标本的61.9%、3.2%和3.2%,HC-Ⅱ阴性标本中检测出HPV-16型1例;重复性检测显示两种方法检测4型HPV感染的变异系数(CV)为0～1.45%和0～1.50%,检测标本中4型感染的符合率为97.5% ～100%. 结论 PCR联合地高辛标记探针杂交法具有较好的灵敏度和特异性, 可能对于临床HPV分型检测有应用价值.     

五种生物恐怖细菌基因悬浮芯片多重检测方法的建立

目的 建立5种生物恐怖细菌的快速、高通量的基因悬浮芯片检测方法 ,即炭疽芽胞杆菌、鼠疫耶尔森菌、布鲁菌、土拉弗朗西斯菌和类鼻疽伯克霍尔德菌的多重检测.方法 针对炭疽芽孢杆菌、鼠疫耶尔森菌、布鲁菌、土拉弗朗西菌、类鼻疽伯克霍尔德菌的特异性基因序列设计6对引物和相应的特异性探针,经多重PCR扩增并用生物素标记相应的基因片段,标记的PCR产物与包被在不同编码微球上的相应探针杂交,用悬浮芯片扫描仪检测.结果 多重PCR悬浮芯片检测体系能够正确的检测和鉴定5种生物恐怖细菌,特异性好,灵敏度高,可用于恐怖样本的高通量筛查.结论 建立了多重PCR基因悬浮芯片快速检测几种生物恐怖细菌的方法 .     

两种人乳头瘤病毒分型检测方法的比较

目的通过比较PCR联合地高辛标记探针杂交法与实时荧光定量PCR法检测宫颈液标本中人乳头瘤病毒(HPV)感染的一致性,评价PCR联合地高辛标记探针杂交法的临床应用价值。方法将4型HPV(16、51、54和56)探针3′端加尾地高辛标记,检测标记探针的灵敏度和特异性。收集63例第二代杂交捕获(HC-Ⅱ)阳性和18例HC-Ⅱ阴性的宫颈液标本,采用HPV通用引物MY11/09对所有标本L1区基因序列进行PCR扩增,利用地高辛标记探针杂交法对PCR产物进行检测分型;同时利用实时荧光定量PCR对这81例标本进行检测,将两者的检测结果进行比较。结果地高辛标记探针杂交法检测出HC-Ⅱ阳性标本中HPV-16型40例,HPV-51型2例,HPV-56型2例,分别占HC-Ⅱ阳性标本的63.5%、3.2%和3.2%,HC-Ⅱ阴性标本中检测出HPV-16型1例;实时荧光定量PCR法检测出HC-Ⅱ阳性标本中HPV-16型39例,HPV-51型2例,HPV-56型2例,占HC-Ⅱ阳性标本的61.9%、3.2%和3.2%,HC-Ⅱ阴性标本中检测出HPV-16型1例;重复性检测显示两种方法检测4型HPV感染的变异系数(CV)为0~1.45%和0~1.50%,检测标本中4型感染的符合率为97.5%~100%。结论PCR联合地高辛标记探针杂交法具有较好的灵敏度和特异性,可能对于临床HPV分型检测有应用价值。     

半巢式聚合酶链反应-微孔板杂交法检测沙眼衣原体

目的：应用半巢式聚合酶链反应－微孔板杂交法（半巢式PCR－MPH）检测泌尿生殖道沙眼衣原体（Ct)。方法：分别用质粒和主要外膜蛋白基因引物进行扩增，将下游引物用生物素标记，经半巢式PCR扩增Ct主要外膜蛋白基因后，扩增产物被包被有链霉亲和素的微孔板捕获，经碱变性后与标有荧光素的特异性探针进行杂交，然后通过辣根酶标记的抗荧光素抗体与杂交分子反应，经过酶底物显色，通过测定吸光度来判断结果。结果：主要外膜蛋白基因引物半巢式PCR较质粒引物PCR更敏感，比半巢式PCR产物酶切后电泳法高10倍，半巢式PCR－MPH法特异性强，该法重复法好，批内CV值＜10％，批间CV值＜15％，该法在包被浓度为4mg/L，产物1：20稀释，与微孔板结合20min后加入10pmol/mL探针杂交30min,用1：3000稀释的酶显色条件下有最佳结果，结论：该法操作简便，敏感性和特异性均高，无放射性和EB染料污染，适于临床样本的常规检测。     

人类白细胞Ⅰ、Ⅱ类抗原的中分辨度基因芯片分型技术研究

目的 应用基因芯片技术进行北方汉族人群人类白细胞抗原（HLA）Ⅰ、Ⅱ类中分辨度分型研究.方法 根据中国北方汉族人群HLA-Ⅰ、Ⅱ类常见的基因位点以及临床应用中对分型分辨度的实际需要,设计特异性寡核苷酸中分辨度分型探针,制成基因分型芯片.采用带荧光标记的引物,用合适的PCR方法扩增HLA-Ⅰ、Ⅱ类抗原上的多态性区域,产物与芯片上探针杂交.杂交结果经荧光扫描并用特定软件分析判断阳性探针,以此确定样品基因型.共检测30份临床样本.结果 所有样本的HLA-Ⅰ、Ⅱ类抗原基因分型均获成功.此中分辨度探针可分辨出598个Ⅰ类抗原等位基因,511个Ⅱ类抗原等位基因,可捡出Ⅰ抗原特异性57个,Ⅱ抗原特异性30个.结论 基因芯片用于HLA-Ⅰ、Ⅱ类抗原分型可行.     

流感及H5N1亚型禽流感病毒液相检测芯片的制备

目的 建立利用液相芯片技术检测甲、乙型流感和H5N1亚型高致病性禽流感病毒的方法,并对该方法进行评价。方法 对GenBank中甲型流感病毒的NP、乙型流感病毒的HA以及高致病性禽流感病毒(H5N1)的H5、N1基因片段序列进行同源性比对,根据保守序列,设计针对各基因的简并引物和寡核苷酸探针,制备探针偶联微球,将样本核酸多重PCR扩增产物与微球进行杂交,以Bio-Plex液相芯片检测系统进行芯片检测。结果 该方法可以对甲型流感病毒的NP基因、乙型流感病毒的HA基因以及高致病性禽流感病毒(H5N1)的H5、N1基因同时进行检测,病毒核酸的最低检出量为1pg,检测特异性高。结论 成功构建了甲、乙型流感病毒和H5N1亚型高致病性禽流感病毒液相芯片检测系统,为流感、禽流感的快速检测、诊断奠定了基础。     

压电基因传感器芯片技术在快速检测人乳头瘤病毒中的应用

目的　快速检出尖锐湿疣组织中人乳头瘤病毒（HPV）并分型.方法　利用基因芯片（Gene chip）与压电传感器（Piezoelectric biosensor）相结合的技术,通过HPV6、11、16、18四种型特异寡核苷酸探针建立一种快速检测HPV并分型的方法.并与常规的PCR和斑点杂交方法比较.结果　取复发型尖锐湿疣及相应的原发病例组织标本各22份,用压电基因传感器芯片技术检测结果为：原发型组织标本全部为阳性结果,其中 HPV6: 17(77.3%), HPV11: 3(13.6%), HPV16: 2(9.1%), HPV18:未检出；复发型组织标本中除第18例标本为阴性结果外,其余21份为阳性结果,其中HPV6: 15（68.2%）,HPV11: 2(9.1%), HPV16: 4(18.2%), HPV18:未检出.用PCR方法检测结果全部阳性,PCR扩增的产物经斑点杂交分型结果与其基本一致.结论　压电基因传感器芯片技术具有准确、快速、灵敏的优点.     

人乳头瘤病毒线性平行杂交分型检测条件的建立及优化

目的研究人乳头瘤病毒（HPV）线性平行杂交分型检测（LiPA）条件的建立及优化。方法采用PCR方法和反向杂交相结合的技术。使扩增产物与水平固定在长条形尼龙膜上的型特异性寡核苷酸探针杂交,再利用显色系统形成肉眼可见的产物,根据产物和条膜底色的清晰度对LiPA杂交的重要参数进行优化,包括点膜的探针浓度,杂交温度等。结果建立并优化了LiPA杂交的条件,本底清晰,结果可靠。结论建立的LiPA杂交技术经济简便。切实可行。     

细小病毒B19的芯片检测方法构建

 目的   运用基因芯片技术构建快速简便检测B19 细小病毒的方法,用于B19 病毒的大规模筛查和早期诊断。方法  利用Oligo6.0和primer5.0 软件分别设计出5 对引物（其中每对引物中的1 个用Cy5 标记）和6 个探针,将探针固定在特制的醛基检测芯片上。分别提取B19 病毒全基因组质粒、患者组血清、正常组血清的DNA,进行不对称扩增,产物与芯片杂交,观察结果;DNA测序验证芯片检测结果的准确性;观察等倍稀释不对称PCR 扩增产物杂交信号的强度变化,检测芯片的灵敏度。结果  电泳结果表明PCR扩增获得的DNA片段和预期表达片段大小一致。芯片杂交结果和DNA测序验证结果完全吻合,芯片杂交信号的强弱会随着DNA浓度的降低而减弱。结论  本研究建立了细小病毒B19的芯片检测方法,该方法并具有较高的灵敏度和特异性。     

非修饰性寡核苷酸芯片用于HLA-DQA分型的初步研究

利用非修饰寡核苷酸基因芯片技术,根据HLAⅡ类抗原DQA位点不同基因亚型的特异性序列设计探针,制成分型芯片;待测样本经PCR反应标记上荧光之后,与探针在芯片上进行杂交,根据杂交产生的荧光信号值,确定样品DQA位点基因亚型。将这一方法应用于125例临床样本和10例标准品的HLA-DQA分型,该方法分型的结果与准确结果相比,准确率达到93.3%。实验结果表明:非修饰性寡核苷酸芯片用于HLA-DQA分型技术可行。     

发夹DNA探针检测乙胺丁醇耐药结核杆菌embB基因306密码子突变研究

目的:针对结核杆菌耐乙胺丁醇embB306codon位点,设计发夹DNA探针及其相应的单侧延长臂发夹DNA探针,建立发夹DNA探针芯片技术,并初步运用荧光显微镜观测探针与扩增产物杂交的荧光信号.方法:运用Beacon designer软件,设计embB基因包含306codon的发夹DNA探针及其相应的单侧延长臂发夹DNA探针,荧光显微镜检测embB306codon扩增片段与探针杂交后荧光信号,比较扩增产物测序结果.结果:通过荧光显微镜观测到结核标准株及embB306codon突变株PCR产物与探针杂交后荧光信号存在显著差异;33株耐乙胺丁醇组与10株H37RV标准株对照组荧光信号强度比较,耐乙胺丁醇组embB306codon突变检出率为66%,测序法突变检出率为69%.结论:embB306codon点突变是结核杆菌耐乙胺丁醇的主要原因;发夹DNA探针芯片技术可以有效检测单碱基靶点突变;应用荧光显微镜可以高灵敏地观测荧光芯片杂交靶点.     

基于AllgloTM探针检测IL-1单核苷酸多态性检测方法的建立

目的：探讨AllgloTM探针检测IL-1单核苷酸多态性的实用性。方法：采用AllgloTM 探针实时荧光PCR对IL-1β基因SNP进行基因分型。设计其3954C＆gt;T位点AllgloTM探针序列和PCR扩增引物,按照PCR产物特异性和扩增效率,对退火温度、引物浓度等条件进行优化。结果：结果显示AllgloTM探针实时荧光PCR检测体系最适引物浓度为0.4μM,退化温度为58.9℃两步法PCR。在同一条件体系下,检测100例健康体检者IL-1β基因3954C＆gt;T位点,并进行基因分型,测序验证其分型结果。结论：AllgloTM探针实时荧光PCR检测IL-1β基因SNP是一种值得推广的高通量、低成本、常规化的基因分型方法。     

利用寡核苷酸膜芯片检测SARS病毒

目的：建立寡核苷酸膜芯片技术检测SARS病毒。方法：以SARS冠状病毒RNA聚合酶基因(P基因)作为目的基因．参考WHO公布的特异性引物序列,将SARSRNA进行P基因克隆。以地高辛标记的引物,扩增质粒DNA,在P基因上设计11条寡核苷酸探针,点于尼龙膜,制备膜芯片,与地高辛标记的PCR产物杂交显色。结果：以此特异性引物成功地扩增出了440bp的基因片段;以T载体成功的克隆了此基因;克隆的P基因为靶序列,与膜芯片杂交显示,能与probe1,probe2,probe4,probe6,probe8,probe96条正义链特异性探针稳定杂交,其中Drobe1,probe4,probe9杂交效果最好,作为最后选择的探针。结论：膜芯片技术能快速敏感地鉴定出标本中的SARS病毒RNA。     

人乳头瘤病毒基因分型芯片的研究

目的建立人乳头瘤病毒（Human papillomavirus,HPV）基因分型芯片技术,采用基因测序技术对该芯片进行评价,探讨其临床使用价值。方法利用基因工具软件比对HPV L1基因。设计可扩增高危型HPV的通用简并引物和可以鉴别HPV型别的基因探针,仪器将探针点样于尼龙膜上,制备HPV分型基因芯片。芯片检测的样本结果与HPV基因测序的结果进行比较,以评价芯片的分析性能。结果建立的HPV基因芯片的灵敏度为102cfu／ml,重复性检测的HPV型符合率为96．7％（87／90）,与基因测序结果分型的符合率高达94．3％（66／70）,可以检测常见的高危型和导致性传播疾病的HPV型别,可在6～7h内出结果,结果可通过仪器判读。结论HPV基因芯片具有较高的敏感性和重复性,与基因测序的结果符合率高,具有临床推广使用潜力。     

CYP450热点突变基因芯片分型方法的建立

目的:探索适合多位点同步检测的SNP扩增方案和杂交检测条件,建立芯片杂交信号判读的标准。方法:设计多重扩增的引物和探针;优化荧光标记引物的多重PCR条件。自行制备氨基化片基并点样制片,激光共聚焦扫描后判读检测结果。结果:野生与突变探针杂交信号比值大于4或小于2.5对分型结果的判断有意义,而当信号值在2.5~4范围内应重新检测分析。结论:通过多片段同步扩增和不同位点平衡杂交的实现,本方法适于流行病学调查,体现了寡核苷酸芯片对药物代谢酶多态性基因分型的优势。