HBV/HCV相关miRNAs研究进展

microRNAs（miRNAs）是一类由约22个核苷酸组成的非编码单链RNAs,通过抑制蛋白质翻译或降解mRNAs调节基因的表达。目前发现有2000多种人源miRNAs,参与调节发育、细胞增殖、凋亡以及压力反应过程中的基因表达等,而miRNAs基因突变或者异常表达可能会引发肿瘤等疾病。已有研究表明miRNAs在肝炎病毒（HBV、HCV等）感染以及肝癌的发生发展过程中,也发挥了重要的作用。本文主要就HBV/HCV调控宿主miRNAs,以及miRNAs如何影响病毒的复制等方面进行阐述。     

心肌梗死相关miRNA-mRNA调控网络及其作用

目的 探讨心肌梗死相关的微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)调控网络,并分析其对心肌梗死发生发展的调控作用。方法 从基因表达数据库下载微阵列数据（GSE61741）,用R语言进行差异分析,并对获得的差异表达miRNA进行上游转录因子及下游靶基因的预测;从GEO中获取GSE66360数据集,用R语言进行差异分析,将差异表达基因与靶基因取交集获得目标基因;对目标基因进行基因本体（GO）生物学功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,构建蛋白质相互作用（PPI）网络并筛选出Hub基因及核心miRNA。结果 共得到17个差异表达miRNA,其中4个表达上调、13个表达下调,其主要转录因子为2级POU结构域转录因子1、特异性蛋白1、早期生长反应1。差异表达miRNA靶基因与差异表达mRNA取交集共得到165个目标基因。GO富集分析发现其主要与细菌来源分子的反应、三级颗粒、细胞因子活性、趋化因子活性等生物过程和分子功能相关;KEGG通路富集分析显示目标基因主要聚集在TNF、IL-17、NF-κB等信号通路。miRNA-mRNA网络筛选出7个核心基因（JUN、CXCL8...     

增龄相关肌少性肥胖的生物信息学分析

目的 应用生物信息学方法,探讨增龄相关肌少性肥胖的潜在靶点基因及生物调控途径。方法 运用4大基因信息数据库,筛选调控增龄、肌少症和肥胖的基因,使用DAVID在线工具,进行基因功能注释及通路分析、利用STRING数据库,构建蛋白质相互作用网络(PPI),寻找核心基因及调控模块,并预测相关的miRNAs。结果 共筛选出984个共同靶点基因,分子功能集中在蛋白结合,细胞组分定位主要在细胞外,肿瘤通路、PI3 K-Akt信号通路、肿瘤miRNAs通路有较多的靶点基因富集;PPI分析显示,TP53、EP300、STAT3基因为核心基因,IL-6/STA T3功能网络为关键协调模块。miRNAs预测显示,miR-26b-5p、miR-155-5p等可能在疾病发病机制中发挥重要作用。结论 TP53、EP300、STA T3基因以及IL-6/STA T3网络可能是治疗增龄相关肌少性肥胖的靶点。     

微RNAs在缺血性脑损伤中的作用

卒中是全球范围内的重大公共卫生问题,其治疗关键在于早期诊断和及时治疗。微RNAs(microRNAs, miRNAs)是一类由20～25个核苷酸组成的非编码RNAs,通过与靶mRNAs的非翻译区结合,在细胞分化和发育的不同阶段起着关键的基因调控作用。miRNAs参与了几乎所有的生物学过程,与包括缺血性卒中在内的多种疾病...     

基于microRNAs调控的慢性HBV感染的分子机制

目的:从microRNAs(miRNAs)调控角度揭示慢性乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染的分子机制.方法:将符合标准的病例分为慢性HBV感染者组(含慢性乙型肝炎及慢性HBV携带者)与正常组,借助Agilent Human miRNA 8×60k微阵列芯片检测血浆中miRNAs表达谱,求得两组间的差异表达miRNAs谱(P0.05),借助miRNA生物信息学分析软件预测其靶基因并对靶基因进行GO功能富集分析和Pathway分析.结果:两组间的差异表达miRNAs共69条(P0.05),28条上调,41条下调;GO分析及Pathway分析得到其功能主要涉及生物黏附、转录正/负调控、生物合成过程的正/负调控、氮化合物的代谢过程的正/负调控、蛋白质定位、蛋白氨基酸的磷酸化、Notch信号传导途径、细胞凋亡、Wnt信号通路、Hedgehog信号通路、T细胞受体信号通路、MAPK信号通路、转化生长因子b信号通路、B细胞受体信号通路、ErbB信号通路、p53信号通路等.结论:慢性HBV感染受特异性mi RNAs调控,其调控涉及多个生命过程和信号通路.     

小鼠高脂血症模型的竞争性内源RNA调控网络研究

目的基于高通量测序数据,探讨小鼠高脂血症模型中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达特征及竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)调控网络,筛选lncRNA介导的参与血脂异常发生发展的关键调控通路。方法应用正常饮食和高脂饮食分别诱导ApoE-/-小鼠12周,建立高脂血症模型;进行肝脏全转录组测序,筛选差异表达的lncRNAs、微小RNAs(microRNAs,miRNAs)和信使RNAs(messenger RNAs,mRNAs);对差异表达的mRNAs进行基因功能(Gene Ontology,GO)分析和信号通路(KEGG)注释;结合并分析lncRNA-mRNA共表达关系、miRNA-mRNA靶向关系、lncRNA-miRNA共表达和靶向关系,构建lncRNA介导的ceRNA网络并筛选关键ceRNA调控轴。结果高脂血症小鼠肝脏全转录组测序筛选出117个差异表达lncRNAs、53个差异表达miRNAs和1689个差异表达mRNAs;差异表达的mRNAs主要参与脂质代谢过程、脂肪酸代谢过程和类固醇代谢过程等生物学功能,涉及PPAR信号通路和不饱和脂肪酸合成等途径;构建的ceRNA调控网络包括16个lncRNAs节点、18个miRNAs节点和33个mRNAs节点,其中lnc-Dubr介导的ceRNA调控轴可能对血脂异常具有重要调控作用。结论成功绘制出高脂血症小鼠肝脏lncRNA介导的ceRNA调控网络,并筛选出具有潜在生物学作用的ceRNA调控轴,有望为高脂血症及其他心血管疾病的发生发展和治疗提供新的线索和思路。     

基于网络药理学及分子对接探究大黄-三七-蒲黄治疗脑出血的作用机制

目的:在活血化瘀理论指导下,运用网络药理学及分子对接方法研究大黄-三七-蒲黄治疗ICH的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、UniPort数据库获取大黄-三七-蒲黄活性成分及靶点蛋白,利用GEO数据库获得GSE24265芯片基因表达谱,运用R软件筛选ICH疾病差异基因,并获取药物与ICH交集靶点。运用Cytoscape软件与STRING数据库获得与靶点相关有效成分及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。通过R Cluster Profiler对交集基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用Cytoscape软件构建“药物有效成分-靶基因-KEGG网络”,获得药物核心成分及作用靶点。运用GSEA进一步富集核心靶点作用途径。运用Autodock软件分子对接以验证核心成分、靶点的结合活性。结果:筛选获得大黄-三七-蒲黄治疗ICH的核心成分为槲皮素、人参皂苷Rh2、芦荟大黄素等;核心靶点为白细胞介素1β(IL-1β)、白细胞介素6(IL-6)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、趋化因子配体2(CCL2)。核心靶点共同富集于NOD样受...     

MicroRNAs作为大肠癌生物标志物的研究进展

MicroRNAs(miRNAs)是一种短链(19-24个核苷酸)非编码RNA,可抑制蛋白质翻译或其靶基因mRNAs的降解,因而在基因表达调控中发挥重要作用.最近的研究发现存在于大肠癌(colorectal cancer,CRC)组织和血液中的miRNAs可较准确地诊断大肠癌的存在,并帮助判断CRC临床病理特征及预测疾病复发,特异miRNAs的过表达和沉默与CRC的发生发展相关,且其在CRC组织和血液中的差异表达为早期筛选和诊断CRC提供了应用前景.另外,miRNAs可能成为CRC基因治疗的重要靶点.本文将就miRNAs作为生物标志物在CRC诊治中的潜在作用作一综述.     

microRNAs 在肝病中的研究进展

microRNAs (miRNAs)是近年发现的一种以序列特异性方式转录后调控基因表达的非编码单链小分子RNA,长度为21～25个核苷酸。miRNAs可通过与靶基因mRNA的3’-非翻译区以完全互补或不完全互补的方式结合以调节靶基因的表达。miRNAs参与多种生物学调控过程,对疾病的诊断和治疗具有重要意义。本文就miRNAs的生物合成、作用机制及其在肝病中的研究进展作一综述。     

基于网络药理学探讨红花-黄芪治疗原发性胆汁性胆管炎的可能性

目的:利用网络药理学方法探讨红花-黄芪治疗原发性胆汁性胆管炎的可能性。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台搜索“红花”、“黄芪”得到其有效成分及作用靶点,利用GeneCards数据库和OMIM数据库获取原发性胆汁性胆管炎的疾病靶点。将红花、黄芪的作用靶点与原发性胆汁性胆管炎的靶基因取交集得到共同的靶基因,利用Cytoscape3.8.0绘制红花-黄芪与原发性胆汁性胆管炎的成分-靶点网络图;利用String平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并进行基因本体功能富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。结果:筛选得到红花-黄芪与原发性胆汁性胆管炎的交集靶基因81个,以槲皮素、木犀草素和山萘酚3种有效成分作用靶点较多,主要作用于疾病的前列腺素-环氧合酶1、丝氨酸蛋白酶1和雄激素受体等靶点,蛋白互作网络分析主要核心靶点有白蛋白、白介素6和丝裂原活化蛋白激酶8,主要涉及DNA结合转录激活因子活性/RNA聚合酶Ⅱ特异性的生物过程,主要涉及前列腺癌、乙型肝炎和卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染等信号通路。结论:基于网络药理学分析显示红花-黄芪可能通过多成分、多靶点、多途径达到治疗原发性胆汁性胆管炎的作用。     

幽门螺杆菌根除治疗失败的原因

幽门螺杆菌(Hp)感染与多种上消化道疾病密切相关,还与一些胃外疾病相关,根除Hp可治愈消化性溃疡或降低其复发风险,抑制慢性萎缩性胃炎的进展,降低胃癌发生风险。细菌对抗菌药物耐药是导致Hp根除失败的最主要原因,而宿主、环境、临床疾病、治疗方案等因素也会对治疗的结果产生一定的影响。     

幽门螺杆菌感染与艾滋病之间关系的研究进展

幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染宿主后通过一系列机制参与胃肠外疾病的发生、发展,这已成为近年来的研究热点。而Hp感染与人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染之间的相互作用也引起了普遍关注。研究证实,HIV阳性或艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome,AIDS)患者的Hp感染率低于HIV阴性人群,而且与HIV感染/AIDS患者的免疫状况呈正相关。Hp已被证明是一种比早期研究发现更为复杂的病原体,HIV和Hp在人体内慢性感染的病理生理过程互相重叠。Hp感染对全身免疫反应的影响,以及随后对HIV疾病自然过程的影响,尚需进一步研究。     

幽门螺杆菌阳性溃疡与细胞因子基因多态性的关系

幽门螺杆菌(Hp)感染是引发胃肠道疾病的主要病因,大量的基础及临床研究结果表明,Hp感染的严重程度、进展情况及其后果与宿主免疫应答的细胞因子基因多态性密切相关。细胞因子能抑制胃酸分泌,有利于Hp定植,造成胃黏膜的病变。此文就近年来有关细胞因子基因多态性与Hp相关性消化性溃疡的研究作一综述。     

昆虫MicroRNAs功能研究新进展

MicroRNAs(miRNAs)是广泛存在于各种生物体的内源性非编码小RNA,其通过调控靶基因降解或转录抑制参与不同的生物过程。目前至少已经从25种昆虫体内鉴定出2 848条miRNAs,它们具有调控昆虫生长发育、参与宿主与病原体的交互作用、参与宿主免疫反应等功能。本文就此予以综述,从观察miRNAs多元化的功能为疾病防治和应用昆虫学研究提供新思路。     

正常人群幽门螺杆菌感染和人类白细胞抗原DQB1等位基因遗传相关性研究

幽门螺杆菌(Hp)是人类最常见的慢性感染源之一,Hp感染者多数仅有不同程度慢性胃炎,少数可发生消化性溃疡,极少数发展为胃癌和胃黏膜相关淋巴组织淋巴瘤.到目前为止,Hp感染引起人类胃肠疾病的机制仍不十分清楚,许多研究认为除与Hp菌株的毒力高低和环境因素有关外,还与宿主的免疫遗传因素有关,有研究已证实宿主的遗传因素对于Hp感染的结局起着重要作用[1].人类白细胞抗原(HLA)作为一个与疾病关联最为密切的基因复合体,是决定疾病易感性个体差异的主要遗传系统.     

基于生物信息学的胃癌核心miRNA筛选和调控网络分析

背景:Micro RNAs(miRNA)是多种真核生物基因表达的负调节因子,在RNA沉默和基因转录后调控中发挥作用。几乎所有类型的恶性肿瘤中均发生miRNA失调,可影响多种基因表达。目的:构建胃癌核心miRNA调控网络,为解析miRNA在胃癌发生、发展中的分子机制提供理论依据。方法:利用miRNA和m RNA表达谱芯片筛选差异表达miRNA和m RNA,应用miRWalk 2. 0预测miRNA相互作用的基因,并与表达谱芯片筛选出的基因进行交叉匹配,确定核心差异表达miRNA,构建miRNA-m RNA调控网络。对靶基因进行GO分析和KEGG分析。结果:表达谱芯片筛选出21个上调miRNA和36个下调miRNA,交叉匹配后发现1 042个低表达基因和711个高表达基因,最终确定10个核心miRNA-m RNA调控网络。受核心miRNA调控的差异表达基因主要参与肿瘤相关通路,高表达基因主要富集于ECM-受体作用通路等9个信号通路,而低表达基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用等5个信号通路。GO分析结果显示上调基因涉及315个功能、下调基因涉及88个功能,其中细胞外基质组织的相关性最高。结论:基于生物信息学的miRNA-m RNA调控网络分析为研究胃癌提供了新的视角,有助于系统性阐明miRNA在胃癌发生、发展中的分子作用机制,可为胃癌诊断标志物的筛选和药物治疗精准靶点的选择提供理论基础。     

基于癌症基因组图谱数据库构建肝细胞癌相关miRNA-mRNA调控网络

目的 探讨肝细胞癌(HCC)发病机制,为HCC的诊断和临床治疗提供依据。方法 基于癌症基因组图谱数据库,鉴定HCC样本与癌旁组织样本之间差异表达的miRNA与mRNA。通过miRDB、TargetScan数据库预测差异表达miRNA的靶基因,并与差异mRNA取交集确定目标基因。使用FunRich软件预测在HCC差异表达miRNA中的潜在转录因子。利用Bioconductor中的clusterProfiler包进行功能注释和途径富集分析。通过STRING数据库构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络,对前20个枢纽基因进行表达验证和生存分析。结果 对375例HCC样本、50例癌旁样本进行差异miRNA分析,共鉴定出300个差异表达的miRNA。对374例HCC样本、50例癌旁样本进行差异mRNA分析,共鉴定出1 106个差异表达的mRNA。分别在上调的和下调的miRNA中选择20个差异表达最显著的miRNA预测其靶基因。对131个候选基因进行功能富集分析,结果显示主要与缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解,碳代谢以及催乳素信号通路等途径有关。结论 在肝细胞癌中异常表达的miRNA-mRNA通路可能成为肝...     

miR-197在慢性心力衰竭中的生物信息学分析

目的筛选在慢性心力衰竭中差异表达的microRNA(miRNA),并对其靶基因进行生物信息学分析,以期为miRNA调控慢性心力衰竭机制的相关性研究奠定基础。方法利用GEO数据库及limma软件包筛选出在慢性心力衰竭中差异表达的miRNA,进而应用Targetscan、miRPathDB数据库通过生物信息学方法预测其靶基因,最后利用CytoScape软件及David数据库对靶基因进行GO富集及生物通路富集分析。结果 miR-197在慢性心力衰竭中差异表达,其靶基因富集在生物调控、基因表达等生物学过程中,细胞质膜、细胞核等细胞组分上,以及离子结合、核苷酸结合等分子功能中。生物信号通路则显著富集在Ras、Rap1、Wnt、Hippo等信号通路中。结论 miR-197或许是调控慢性心力衰竭疾病进程的潜在作用靶点。     

支气管肺发育不良中新型miRNA-TF-mRNA共调控网络的鉴定

目的筛选与新生儿支气管肺发育不良(BPD)发病相关的关键转录因子(TF)、微小核糖核酸(miRNA)和信使核糖核酸(mRNA), 并构建了调控网络。方法从高通量基因表达数据库GEO获取mRNA芯片数据集GSE108756, 筛选出的差异表达基因(DEGs)进行京都基因和基因百科全书(KEGG)、基因本体注释(GO)功能富集分析;参照HumanTFDB数据库获取与DEGs对应的TF后利用cytoHubba插件筛选出degree值前10的Hub TF;通过hTFtarget数据库找出Hub TF中7个TF所对应的靶基因;在GSE108756中获取7个TF及其靶基因所对应的探针表达量后做相关性分析, 筛选出最终纳入研究的6个Hub TF及所对应的正相关TF-mRNA关系队;利用Targetscan Human数据库获取靶向调控6个Hub TF的miRNAs, 并与miRNA芯片数据集GSE166762差异miRNAs取交集后匹配出负向调节的miRNA-TF关系队, 最后构建BPD患儿潜在miRNA-TF-mRNA调控网络, 进一步筛选出关键miRNA、mRNA。结果共筛选出201个差异表达基...     

永久性心房颤动患者心房组织相关微小核糖核酸调控网络研究

目的:寻找永久性心房颤动(p AF)发病相关的关键微小核糖核酸(miRNA)及其调控靶基因。方法:表达谱芯片比较pAF患者(n=7)和窦性心律健康成人(n=4)的左心房组织的转录组,miRNA芯片筛选pAF相关差异表达miRNA,进行靶基因预测,与表达谱芯片的筛选结果进行负相关分析后的基因集合进行显著性功能分析(GO-Analysis),得到显著性、低误判率、靶向性的功能以及对应的靶基因;利用miRNA与靶基因之间的靶向调控关系,构建差异miRNA与分析后得到的显著性GO所属交集靶基因的调控网络(miRNA-Gene-Network),得到网络中起核心调控作用的miRNA和被miRNA调控的关键靶基因;采用qRT-PCR方法检验另一组pAF患者(n=5)和窦性心律健康成人(n=4)的左心房组织标本,验证所寻找的miRNA和被调控的关键靶基因。结果:26个差异表达的miRNA(16个上调、10个下调)和610个靶基因有显著性改变(fold change2,P0.05),与miRNAs芯片预测靶基因负相关后建立miRNA-靶基因调节网络发现与pAF显著相关的20个miRNA和107个靶基因,相关度最高的是miR-144、miR-1284、miR-1827、miR-1、miR-3613-3p及miR-101;其调控的重要靶基因包括PTEN、TAOK1、RUNX1及TPM3等,参与心房电生理改变、成纤维细胞及胎儿基因表达等心房重构机制。qRT-PCR验证结果提示,这些主要的miRNA和靶基因与pAF发生密切相关。结论:通过表达谱基因芯片与miRNA芯片联合分析pAF左心房组织标本,构建miRNA-靶基因调控网络,是发现pAF相关关键miRNA及其调控靶基因一种方法。