筛查未知SNPs的变性高效液相色谱（DHPLC）技术

本介绍了DHPLC技术的基本原理,主要应用领域,实验技术特点和操作的注意事项。指出DHPLC是快速,准确,高效筛查基因未知SNPs的工具,优于测序等分子生物学方法,在功能基因组学,分子流行病学等领域有广泛应用前景。     

变性高效液相色谱在肿瘤基因检测的研究进展

介绍变性高效液相色谱(DHPLC)技术在肿瘤基因检测的临床应用,以及用于肿瘤基因突变和基因多态性检测的情况,以期为肿瘤的基因检测提供重要信息。     

应用变性高效液相色谱技术进行肝豆状核变性的基因突变筛查及产前诊断

目的 探讨变性高效液相色谱(denature high performance liquid chromatography,DHPLC)技术在肝豆状核变性(Wilson's disease,WD)的突变筛查及产前诊断中的临床应用.方法 以6个WD家系中的患者及其父母的DNA为模板,采用PCR技术扩增ATP7B基因的21个外显子及5'非翻译区,PCR产物经DHPLC技术进行突变筛查,对峰型有改变者进行测序验证.在确定了先证者突变类型的基础上,采用相同方法对其中4个家系(1个双胎和3个单胎)进行产前诊断.结果 6例患者中检测出5种已知的致病突变及8种多态类型.患者的父母均为相应突变类型的携带者.产前诊断结果显示,两例妊娠为异常胎儿,其中1例双胎为Arg778Leu/IVS4-1G>C双重杂合子,1例单胎为Ser975Tyr/Pro992Leu双重杂合子,这两对妊娠夫妇选择了终止妊娠.另两例妊娠中,1例为Ser975Tyr杂合子,1例完全正常,他们选择了继续妊娠,出生了表型正常儿.结论 DHPLC在Wilson病的突变检测和产前诊断中有良好的应用前景.     

变性高效液相色谱技术检测PAI-1基因多点突变与冠心病相关分析

目的 检测纤溶酶原激活物抑制剂-1(plasminogen activator inhibitor-1；PAI-I)基因编码区多态性，并探讨其与冠心病的关系。方法 使用变性高效液相色谱(denaturing high performance liquid chromatography，DHPLC)技术和DNA序列测定方法检测了93例冠心病(coronary artery disease，CAD)患者和123名正常对照者的基因组DNA。结果 在PAI-1基因第2外显子中发现了两个单核苷酸多态性位点(G43A和G49A)均为鸟嘌呤(G)→腺嘌呤(A)突变，引起肽链上第15位丙氨酸变成苏氨酸(Alal 5Thr)和第17位的缬氨酸变成异亮氨酸(Vall7Ile)，在所有对象中只发现了杂合型和纯合野生基因型携带者。分别分析了两个位点基因型与冠心病和PAI-1基因水平的关系。与冠心病组比较，对照组中具有更多的杂合基因型携带者，但差异无显著性。其不同基因型与PAI-1抗原水平没有明显相关性。结论 用DHPLC技术检测了PAI-1基因两个多态性位点。此多态性与冠心病发病没有相关性。     

应用变性高效液相色谱技术检测parkin基因突变

目的应用变性高效液相色谱技术(denaturing high performance liquid chromatography,DHPLC)检测早发性帕金森综合征(early-onset parkinsonism,EOP)致病基因parkin突变。方法散发EOP患者82例,提取外周血细胞DNA,通过PCR扩增parkin基因的12个外显子,应用DHPLC进行变异筛查,峰形异常者进行DNA测序以明确序列变异的种类和位置。结果以100名健康者为正常对照,在82例EOP患者中检测出3种突变,均为点突变,内含子区突变包括IVS1-39G→T和IVS9 18C→T;编码区突变为T1422C,导致所编码的441位氨基酸由半胱氨酸变为精氨酸(Cys441Arg)。结论在散发EOP患者中发现3个杂合型点突变,探讨应用DHPLC在EOP患者中开展parkin基因诊断的可行性。     

应用变性高效液相色谱技术筛查广东汉族及壮族G6PD基因变异型

目的建立变性高效液相色谱筛查G6PD基因变异的技术。观察广东汉族和壮族G6PD基因变异型的分布。方法应用变性高效液相色谱技术筛查广东汉族和壮族G6PD基因变异型。与ARMS及DNA测序比较，考察其准确性、灵敏度、效率及耗资。结果在73例G6PD缺陷者中发现G6PD1388G→A20例、1376G→T24例、95A→G6例、1311C→T8例、1024C→T3例、392G→T2例、871G→A1例、1376G→A／95A→G4例、1388pA／95A→G3例、1311C→T／95A→G2例，与DNA测序结果吻合；在酶学正常对照组中发现男1例女2例1388突变。结论变性高效液相色谱技术对G6PD基因变异型的筛查具有准确、高效、半自动化及经济等优点。尤其对无症状女性杂合子及临床Ⅳ型个体的筛查具有重要意义。     

变性高效液相色谱检测 PKD2基因突变

目的　利用变性高效液相色谱分析技术 ( denaturing high- performance liquidchromatography,DHPL C) ,检测 2型常染色体显性遗传性多囊肾病致病基因 ( polycystic kidney diseasegene 2 ,PKD2 )突变。方法　收集临床确诊的汉族常染色体显性遗传性多囊肾病 ( autosomal dominantpolycystic kidney disease,ADPKD) 94个家系 ,提取外周血白细胞 DNA,用聚合酶链反应 ( polymerasechain reaction,PCR)扩增目的基因的全编码区 ,DHPL C对 PCR产物进行突变筛选 ,出现异常峰型的DNA片段进行核苷酸序列测定 ,明确突变位点和类型。结果　以 5 0名健康志愿者为正常对照 ,从 94例患者家系中成功检测出 8种突变 ,包括 2种无义突变、3种移码突变、3种错义突变。无义突变分别位于第 5和13外显子 ( 12 4 9C→ T,2 4 0 7C→ T) ,编码氨基酸分别在 4 17和 80 3位形成终止密码子。移码突变分别位于第2、12和 13外显子 ( 6 36 - 6 37ins T,2 348- 2 35 1del AGAA,2 4 0 1del A)。错义突变分别位于第 1、4和 5外显子 ( 5 6 8G→ A,96 4 C→T,116 8G→A) ,其编码氨基酸发生改变 ( 190 Ala→ Thr,32 2 Arg→Trp,390 Gly→ Ser)。结论　所检测出的 8种突变 ,为 ADPKD患者的基因诊断、产前诊断和囊肿前诊断积累了资料     

变性高效液相色谱在分子生物学中的应用

变性高效液相色谱法 (DHPLC)是在高效液相色谱法的基础上发展起来的一种新方法。它因使用的温度不同而有不同的应用价值 :在非变性温度下进行双链DNA分离 ,在部分变性温度下进行基因突变、单核苷酸多态性和甲基化测定 ,在完全变性温度下对寡核苷酸进行质控和纯化等。由于该技术具有快速、经济、准确和自动化程度高等特点 ,目前已经成为分子生物学常用技术之一。     

运用变性高效液相色谱对肺炎克雷伯菌产ESBL进行基因分型

目的 通过运用变性高效液相色谱（DHPLC）技术对前期研究已确认产超广谱β-内酰胺酶（ESBL）的肺炎克雷伯菌临床分离株TEM型质粒进行基因分型,试图建立一种方便快捷的用于ESBL分子诊断及其流行病学监测的新方法.方法 利用PCR技术从肺炎克雷伯菌临床分离株中扩增出TEM型质粒的编码序列,扩增产物运用DHPLC技术进行分析,分析提示,异常的样本通过测序确定其基因突变的类型,最后通过比对确定其基因型.结果 共分析了101例肺炎克雷伯菌临床分离株,全部样本均扩增出TEM型质粒的编码序列,经过DHPLC分析,52例（51.4%）样本表现为单一的洗脱峰,其形态与TEM-1标准菌株的峰型相一致,测序确定它们的碱基序列亦相一致,不存在变异,为TEM-1型;49例（48.6%）样本表现为异常的洗脱峰,它们均为双峰,形态一致,但异源双链峰的高度有差异,测序结果表明它们均存在四种相同的基因突变,在NCBI网站比对后确定为TEM-116;测序结果还提示,部分样本中TEM-1和TEM-116混合存在,其比例的不同表现为DHPLC时异源双链峰高度的差异;文献检索表明,本次确定的TEM-116为一新的基因亚型,为国内首次报道.结论 DHPLC具有简便快捷、高通量和自动化的特点,重复性好,不仅可对已知突变作出即时诊断,还可发现新的基因亚型,不失为一种较好的ESBL分子诊断方法及其流行病学监测手段.     

应用多重连接依赖性探针扩增和变性高效液相色谱技术筛查Peutz-Jeghers综合征家系致病基因突变

目的 联合应用多重连接依赖性探针扩增(MLPA)和变性高效液相色谱(DHPLC)技术快速筛查Peutz-Jeghers综合征家系致病基因的突变.方法 收集家系成员的外周血,采用MLPA、PCR-DNA测序等方法分别检测了LKB基因大片段缺失、碱基突变、碱基插入和缺失.同时收集250名正常人外周血,PCR-DHPLC筛查验证突变位点在正常人群中的分布.生物信息学分析突变位点对编码蛋白质结构和功能的影响.结果 2名家系受累成员均携带LKB基因924G＞C点的突变,这一突变位点在家系正常人和正常人群中都不存在.突变导致位于功能结构域的第308位编码氨基酸由色氨酸变为半胱氨酸,变异蛋白质结构和功能发生改变.结论 c.924G＞C位点的突变是一种病理性胚系突变,编码氨基酸的改变(Trp308Cys)是此家系的致病性因素.     

变性高效液相色谱技术快速检测下呼吸道致病性细菌的实验研究

目的 运用变性高效液相色谱(DHPLC)技术检测5种下呼吸道致病性细菌,建立一种快速检测下呼吸道致病性细菌的分子生物学方法.方法 以下呼吸道致病性细菌16S rRNA基因的保守区设计通用引物,并在引物前加上40-bpGC,特异性扩增该基因的保守区和可变区,运用DH-PLC技术对PCR产物进行分析.选取50株临床分离菌株验证该方法的有效性.结果 通用引物可特异性扩增细菌16S rRNA,PCR产物经DHPLC分析后每种细菌均能得到特征性的洗脱峰.DHPLC检测临床分离菌株结果显示,与常规培养方法的符合率为100%.结论 DHPLC技术具有准确、简便、快捷和高通量等特点,在临床检测下呼吸道致病性细菌中具有潜在的应用价值.     

变性高效液相色谱基因扫描技术在人类疾病基因诊断中的应用

自 1 992年变性高效液相色谱 (denaturing highperformance liquid chromatography,DHPL C)基因扫描技术建立以来 ,因其在筛查基因突变或单核苷酸多态 (singlenucleotide polymorphism,SNP)位点方面具有准确、敏感、高通量、自动化的特点 ,巳经有 80 0余篇研究论文或应用实例发表 ,而其中的 70 0多篇是在最近 5年内问世 ,涉及 370多个基因 ,由此发现或确认了许多致病基因突变或疾病相关基因 SNP位点。 DHPL C是一种准确、敏感、经济、实用的遗传变异筛查技术 ,可用于单碱基替换、小片段缺失和插入等多种基因序列突变的检测。 DHPL …     

应用变性高效液相色谱技术快速诊断儿童型脊髓性肌萎缩症

目的 介绍变性高效液相色谱(denaturing high-performance liquid chromatography，DHPLC)技术在儿童型脊髓性肌萎缩症(spinal muscular atrophy，SMA)基因诊断中的应用。方法 PCR扩增25名正常人、1份标准样品及25例SMA患者运动神经元生存基因(survival，motor rleuron，SMN)第7外显子及其侧翼区域，PCR产物变性、复性后直接上样于DHPLC系统。通过改变A、B缓冲液的比例来分离各种DNA成份。结果 各种不同DNA成份以色谱峰的形式表现出来。23名正常标本呈现3个峰，依次为SMN1／SMN2异源双链峰、SMN2同源双链峰、SMN1同源双链峰。2名正常标本及1份标准品只有SMN1峰，表明缺失了SMN2。22例SMA患者只有SMN2峰，表明缺失了SMN1。另3例SMA患者呈现3个峰，表明无SMN1或SMN2缺失。结论 DHPLC诊断SMA具有敏感、准确、快速、简便等优点。     

应用变性高效液相色谱技术检测汉族人Ⅰ型多囊肾致病基因突变

目的通过采用变性高效液相色谱（denaturing high-pedormanee liquid chromatogtraphy，DHPLC）技术检测汉族人常染色体显性多囊肾病（autosomal dominant polycystic kidney disease，ADPKD）Ⅰ型致病基因PKD1的突变，建立更为快速、敏感的突变筛查系统。方法以来源于19个ADPKD家系的67名成员血样标本的基因组DNA为模板，通过长链PCR和巢式PCR联合扩增的方法扩增PKD1全编码区，然后采用DHPLC方法进行初步筛查，将存在异常色谱图的扩增产物经核苷酸测序，确定突变的具体位点和类型，并与以往采用单链构象多态性（single strand conformation polymorphism，SSCP）方法检测出的突变结果相比较。结果共检测出14个致病突变，包括10个错义突变、1个插入突变、1个缺失突变、2个无义突变，其中12个突变位点与之前SSCP的检测结果相同，另新发现nt32819G→A和nt37137T→C两个突变位点，突变检出率为73．7％。结论DHPLC方法可以作为更为有效筛查汉族人ADPKD PKD1突变位点的检测途径。     

引物延伸变性高效液相色谱产前诊断β-地中海贫血

目的建立针对中国人常见β-地中海贫血(β-地贫)基因型的产前诊断新方法。方法PCR扩增的靶序列,经引物延伸,得到中国人β-地贫5个常见突变的特异性延伸片段,用全变性高效液相色谱分析延伸片段混合物,分离图谱可鉴定被检样本的基因型。结果盲法分析显示,36个家系108例样品的引物延伸变性高效液相色谱与反向点杂交(reversedotblot,RDB)检测结果符合率为100%。其中6例RDB诊断为上述5个常见突变以外的突变。该法的突变检出率为94.4%(102/108),对产前诊断家庭的诊断率为97.2%(35/36)。结论该法是一种准确、高效的β-地贫突变分析方法,可用于β-地贫的产前诊断。     

四种脑啡肽的高效液相色谱研究(摘要)

应用反相高效液相色谱研究了四种脑啡肽——甲硫脑啡肽(Enkmet)、亮脑啡肽(Enk—L)、2一丙氨酸一甲硫脑啡肽(2Ala—Enk—met)及2一丙氨酸一亮脑啡肽(2Ala—Enk—L)一在十八烷基键合固定相(GYT—C18)上的色谱性质。通过比较四种不同缓冲液和PH对上述四种脑啡肽色谱性质的影响。得知在0、01M三氟醋酸/三乙胺缓冲液中可很好的分离。此缓冲液并可用于制备分离。温度升高或增加冲洗液中乙醇比例,K~1值都要变小。     

唐氏综合征(Down's)产前筛查及诊断

目的通过产前筛查、基因的诊断的方法预防唐氏综合征患儿的出生.方法对30例孕14w～17w的孕妇使用AFP和hCG作为唐氏综合征的筛查指标进行产前筛查,阳性孕妇羊水应用FISH技术进行诊断.结果有1例孕14w的孕妇AFP和hCG二联法筛查为阳性,FISH证实为21三体综合征.结论产前筛查、诊断对降低唐氏综合征的出生率有重大意义.     

应用多重PCR-变性高效液相色谱技术检测大片段重复或缺失突变

目的 探讨多重PCR-变性高效液相色谱(PCR-denature high performance liquid chromatography,PCR-DHPLC)技术在假肥大型肌营养不良症和脊肌萎缩症外显子拷贝数异常检测中的应用价值.方法 应用多重PCR-DHPLC方法筛查35例假肥大型肌营养不良症患者和6例脊肌萎缩症患者.选择阳性对照和阴性对照进行方法学可靠性检验.结果 多重PCR-DHPLC可完全检测出全部阳性对照中重复或缺失片段.35例假肥大型肌营养不良症样本中检测出5例大片段重复,20例大片段缺失,突变检出率为71.4%.6例脊肌萎缩症患者均检测到第7外显子缺失.结论 多重PCR-DHPLC分析系统可作为有效筛查大片段重复或缺失突变的检测方法.