MassARRAY Assay高通量技术检测胃癌LTA单核苷酸多态性及其临床应用

目的探讨LTA基因单核苷酸多态性与胃癌易感性的相关性。方法选择60例胃癌患者和60例健康人群为研究对象。采用Mass ARRAY Assay高通量技术检测淋巴毒素-α(LTA)基因单核苷酸(SNP)位点rs909253基因多态性,分析其出现频率及与胃癌易感性的相关性。结果胃癌组与正常组在AA基因频率(20.00%vs.21.67%)差异无统计学意义;G等位基因、GA、GG+GA基因型或变异基因型与胃癌易感风险相关[OR(95%CI):1.48(1.15~1.99)、1.36(1.05~1.68、1.32(1.22~1.65)]。结论 LTA基因rs909253位点单核苷酸多态性与胃癌易感性相关,G等位基因、GG、GA、GG+GA基因型或变异基因型可能是胃癌发病的危险因素。     

IRF5 rs10954213基因多态性与系统性红斑狼疮的相关性研究

目的研究山东地区汉族人群干扰素调节因子5（IRF5）基因rs10954213单核苷酸多态性,探讨其与系统性红斑狼疮易感性之间的关系。方法采用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性等方法对92例系统性红斑狼疮患者和88名健康对照IRF5基因rs10954213G/A多态性进行分析,计算基因型和等位基因频率。结果SLE患者IRF5rs10954213GG、GA、AA基因型频率分别是0.318、0.409和0.273,与对照组间有显著差异（χ2=6.36,P〈0.05）;SLE患者IRF5rs10954213A、G等位基因的频率分别为0.609、0.391,与对照组有显著差异（χ2=6.26,P〈0.05）。结论山东汉族人群IRF5基因位点rs10954213的多态性,可能与山东地区汉族人群SLE的易感性有关。     

江西汉族人群NRG3基因rs17101655 T→G单核苷酸多态性与ITP的关联性研究

目的：运用TaqMan探针法对NRG3基因rs17101655 T→G单核苷酸多态性进行基因分型,探讨rs17101655 T→G单核苷酸多态性与原发免疫性血小板减少症（ITP）的关联性,为该病的发病机制提供重要线索。方法针对NRG3基因rs17101655位点T→G多态性,设计1对PCR引物和TaqMan探针,通过实时荧光PCR扩增进行基因分型;采用病例-对照研究,对中国汉族江西地区200例ITP和200例健康对照人群进行基因分型,比较两组人群基因型分布及频率差异。结果Rs17101655位点T→G多态性的基因型和等位基因频率分布在ITP病例组和对照组中分布差异无统计学意义（P〉0.05）。结论 TaqMan探针法可快速、高效地对单核苷酸多态性进行基因分型,本研究结果显示NRG3基因rs17101655位点不作为中国汉族人群ITP的易感位点。     

IRF5rs2004640基因多态性与系统性红斑狼疮的相关性研究

目的研究山东地区汉族人群干扰素调节因子5（IRF5）基因rs2004640单核苷酸多态性,探讨其与系统性红斑狼疮易感性之间的关系。方法采用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性等方法对92例系统性红斑狼疮患者和88名健康对照IRF5基因rs2004640G／T多态性进行分析,计算基因型和等位基因频率。结果SLE患者IRF5rs2004640GG、GT、TF基因型频率分别是0．198、0．521和0．281,与对照组有显著差异（x^2=8．73,P〈0．05）;SLE患者IRF5 rs2004640T、G等位基因的频率分别为0．402、0．598,与对照组有显著差异（x^2=7．41,P〈0．01）。结论山东汉族人群IRF5基因位点rs2004640的多态性,可能与山东地区汉族人群SLE的易感性有关。     

我国广东地区汉族人群类风湿性关节炎患者 IL-6启动子基因多态性的研究

目的了解我国广东地区汉族人群白细胞介素-6（IL-6）基因启动子-572C/G和-174G/C位点单核苷酸多态性对类风湿性关节炎（RA）的影响。方法应用序列特异性引物-聚合酶链反应（PCR-SSP）检测168名体检健康者和120例RA患者的IL-6基因启动子-572和-174位点的基因型。结果我国广东地区汉族人群IL-6基因启动子-572位点存在C→G的突变,其基因型和等位基因频率分布在RA组和对照组比较差异有统计学意义（基因型频率：2χ=16.14,P=0.003;等位基因频率：2χ=16.71,P〈0.001）,其G等位基因在RA患者中明显低于健康对照组[比值比（OR）=0.36,95%可信区间（CI）：0.21-0.61];-174位点存在G→C的突变,其基因型和等位基因分布频率在两组间差异亦有统计学意义（基因型频率：2χ=25.75,P〈0.01;等位基因频率：2χ=25.99,P〈0.01）,其C等位基因在RA组明显高于健康对照组（OR=2.26,95%CI：1.91-2.68）。结论我国广东地区汉族人群IL-6基因启动子存在-572C/G与-174G/C的单核苷酸多态性,且这2个位点多态性与RA有关,其中IL-6-572位点的G等位基因可能对RA有保护作用,而IL-6-174位点等位基因C可能与RA发病的易感性有关。     

Beta-adducin（Add2）基因rs3755351多态性与高血压遗传易感的相关性研究

目的探讨Beta-adducin（Add2）基因的rs3755351单核苷酸多态性与福建和广东人群中高血压发病的相关性。方法应用MassARRAY-IPLEX技术和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱平台（Matrix-assisted laser desorption/ionization time of fight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS）对广东和福建940例高血压患者和944名健康查体者对照进行Add2基因rs3755351位点的基因分型。用χ2检验统计分析病例组和对照组基因型和等位基因的频率;采用非条件Logistic回归分析,计算比值比（OR）和95%CI,评价多态性位点与高血压遗传易感性的相关性。结果 Add2基因rs3755351多态位点有AA,AC和CC三种基因型,在隐性模型中,Add2基因的rs3755351多态位点AA、AC-CC基因型在福建高血压人群中的分布频率为10.5%和89.5%,与对照组（14.2%、85.8%）相比差异有统计学意义（P〈0.05）,与AC或CC基因型相比,携带AA基因型能显著降低患高血压的发病危险（OR=0.65,95%CI：0.43~0.99,P=0.044）;rs3755351的AA、AC和CC基因型在广东高血压人群中的分布频率为15.1%、53.0%和31.8%,与对照组（12.4%、52.4%和35.2%）相比差异无统计学意义（P〉0.05）。结论 Add2基因的rs3755351多态位点与福建人群的高血压遗传易感性相关,与AC或CC基因型相比,携带AA基因型能显著降低患高血压的发病危险;rs3755351在广东人群中未发现与高血压的遗传易感性相关。     

LTA单核苷酸多态性与胃癌易感性关系的研究进展

尽管世界范围内胃癌的发病率和死亡率有下降趋势,但是近年来我国胃癌发病率和死亡率仍在逐渐上升,已经成为影响人们生存质量的主要因素之一。胃癌的发病机制与多种因素有关,涉及基因多态性、炎性细胞因子及生化机制等,其中淋巴毒素-α(LTA)基因单核苷酸多态性成为近年来研究胃癌致病机理的热点之一。目前发现LTA rs909253(A/G)、rs1041981(C/A)、rs2229094(T/C)、rs746868(G/C)等与胃癌患病风险有一定关联,但尚未得出一致性的结论。本文就目前LTA基因多态性与胃癌易感性的研究进展进行综述。     

IL-23R基因多态性与五邑地区汉族人群强直性脊柱炎的相关性分析

目的探讨中国五邑地区汉族人群中白细胞介素(interleukin,IL)-23R基因多态位点与强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)发病的相关性。方法选取该地区汉族人群AS患者50例和同期健康体检者70名,采用Sequenom MassArray基因分型方法检测IL-23R基因多态位点,计算等位基因及基因型频率分布,并进行统计学分析。结果 rs10489629位点基因型频率和等位基因频率在两组间分布存在显著差异(χ2=11.392,P=0.003;χ2=13.435,P=0.000),携带IL-23R基因rs2275913位点AA基因型与GG基因型比较,显著增加AS的罹患风险(OR=7.161,95%CI=1.488-34.462,P=0.014);而rs10489629位点的基因型及等位基因频率分布在AS组和对照组间无统计学差异(P0.05)。结论在中国南方五邑地区汉族人群中,IL-23R基因rs10489629多态性与AS的易感性相关,其中携带A基因增加AS的罹患风险。     

云南汉族、基诺族色氨酸羟化酶2基因rs1386494、G1463A多态性与精神分裂症的关联研究

目的探讨云南地区汉族与基诺族精神分裂症患者色氨酸羟化酶2（TPH2）基因rs1386494、G1463A单核苷酸多态性与精神分裂症的关系。方法采用病例对照研究的方法,运用分子生物学技术检测TPH2基因两位点多态性,并结合PANSS症状评分分析两位点多态性与两族精神分裂症症状特点的关系。结果（1）rs1386494位点基因型频率、等位基因频率在基诺族样本中分布差异无统计学意义（P〉0．05）;（2）汉族病例组中携带rs1386494位点AA基因型的个体数高于正常对照组（P=0．004）,而等位基因频率分布差异无统计学意义;（3）在两族样本中均未观察到G1463A多态性现象;（4）基诺族同胞对中两位点多态性分布差异无统计学意义（P〉0．05）;（5）云南汉族患者rs1386494位点A等位基因携带者PANSS抑郁因子分值高于未携带者（P〈0．05）;（6）两族病例合并统计后三种基因型携带者抑郁因子分值差异有统计学意义（P〈0．05）。结论（1）TPH2基因rs1386494多态性可能与基诺族精神分裂症抑郁症状有关,该位点AA型突变纯合子可能与云南汉族精神分裂症相关。（2）rs1386494位点A等位基因可能与云南汉族精神分裂症患者的抑郁症状有关;（3）G1463A位点在云南汉族、基诺族人群中可能不存在多态现象,其中针对云南汉族、基诺族精神分裂症患者及正常人群rs1386494、G1463A位点的检测尚属首次。     

MSR1基因多态性与中国汉族人群前列腺癌易感性的关系

目的探讨巨噬细胞清道夫受体1(MSR1)基因多态性与前列腺癌遗传易感性的关系。方法对93例前列腺癌患者和105例正常对照的中国汉族人群基因组MSR1基因rs12718376、rs918、rs1904577、rs2127565位点进行多态性分析在此过程中采用TaqMan等位基因分型技术及连接酶特异检测技术。结果前列腺癌病例组和正常对照组间的MSR1基因rs918和rs1904577位点基因多态分布差异具有显著性(P0.05);病例组和正常对照组间的MSR1基因rs12718376、rs2127565位点基因多态分布差异无显著性(P0.05),与前列腺癌发病风险无显著相关性。结论中国汉族人群MSR1基因rs918和rs1904577基因多态性与前列腺癌的发生相关,可能是增加前列腺癌危险的因素之一。     

散发性乳癌WIF-1基因启动子区多态性研究

目的探讨WIF-1基因启动子区rs58172684 A/G与rs2336433 C/T位点单核苷酸多态性与散发性乳癌发生的关系。方法采用等位基因特异性扩增（ASA）法对200例乳癌病人和200例正常对照者的WIF-1基因启动子区rs58172684 A/G与rs2336433 C/T位点单核苷酸多态性进行分析,PCR产物进行测序。结果乳癌病人WIF-1基因启动子区rs58172684 A/G与rs2336433 C/T位点基因型频率与正常对照者比较差异具有显著性（χ2=117.475、38.798,P〈0.001）;乳癌病人rs58172684 G等位基因频率显著高于正常对照者（χ2=11.620,P〈0.001）。rs58172684 A/G位点AA、AG、GG等3种基因型和rs2336433 C/T位点CC、CT、TT等3种基因型与年龄、病理分级、组织分型及淋巴结转移无关（P〉0.05）。结论乳癌病人WIF-1基因启动子区rs58172684 A/G与rs2336433 C/T单核苷酸多态性可能与散发性乳癌的发生相关,G等位基因可能为其发生的遗传危险因素。     

环氧合酶2基因单核苷酸多态性与慢性阻塞性肺疾病相关性研究

目的 探讨环氧合酶2(cyclooxygenase-2,COX-2)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点-765G/C(rs20417)与常州地区汉族人群中慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)易感性的关系.方法 采用病例对照研究方法,分别收集常州地区汉族人群中COPD患者138例和健康对照组83例的抗凝全血标本,用3S血液基因组DNA抽提试剂盒提取全血DNA,运用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增COX-2基因的相关片段,PCR产物直接进行DNA测序分析,测序结果在Genbank基因库中进行序列比较.结果 ①病例组rs20417位点的GG、GC基因频率分别为94.2%(130/138),5.8%(8/138),与对照组84.3%(70/83),15.7%(13/83) 比较,差异有统计学意义(χ2=5.866,P<0.05),病例组和对照组均未检测到CC基因型;②COX-2基因rs20417位点不同基因型的COPD发生相对危险度比较,病例组C等位基因频率2.9%(8/276)显著低于对照组7.8%(13/166),差异有统计学意义(P＜0.05),携带突变等位基因C的个体COPD易感性显著降低(OR=0.351,95%CI=0.142~0.867,P<0.05).结论 在中国常州地区汉族人群中,COX-2基因 rs20417位点SNP可能与COPD的易感性有关,携带 G/C基因型个体可能会降低COPD的易感性,C等位基因可能是COPD的保护性基因.     

STAT4基因启动子区单核苷酸多态性与系统性红斑狼疮相关性研究

目的检测深圳地区汉族人群信号转导和转录活化因子4(STAT4)基因单核苷酸多态性(SNP),探讨其与系统性红斑狼疮遗传易感性之间的关系。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,对74例SLE患者和95例正常对照STAT4基因启动子区rs16833431 A>G位点进行检测,计算其基因型和等位基因频率,并结合临床进行分析。结果 SLE患者STAT4 rs16833431位点基因型频率AA(16.2%)、AG(47.3%)、GG(36.5%),等位基因频率A(39.9%)、G(60.1%),与正常对照组基因型频率AA(16.8%)、AG(45.3%)、GG(37.9%)和等位基因频率A(39.5%)、G(60.5%)相比无统计学差异(P>0.05)。结论 STAT4基因rs l6833431 A>G位点多态性与深圳汉族人群SLE遗传易感性无相关性。     

首发精神分裂症与离子型谷氨酸受体6基因多态性的关联研究

目的探讨中国北方汉族人群离子型谷氨酸受体-6（GluR6）基因多态性与首发精神分裂症是否关联。方法随机抽取95例首发精神分裂症患者作研究,以84例正常人作对照。分别采用fullCold-PCR联合限制性片段长度多态性（RFLP）技术和PCR．RFLP技术检测研究对象GIuR6基因外显子15rs2227283（G／A碱基改变）及内含子13rs995640（A／G碱基改变）的单核苷酸多态性（SNP）。结果GIuR6基因rs995640多态性（x2=0．562,v=1,P=0．565）在病例组和对照组的基因型和等位基因分布频率无显著性差异;而rs2227283多态性（x2=14．816,v=1,P〈0．001）则与精神分裂症显著相关。经多因素分析控制年龄、性别因素后各组基因型分布无显著性差异。结论在中国北方汉族人群中,GluR6基因内含子13rs995640多态性可能不是首发精神分裂症的一个危险因素而外显子15rs2227283多态性则可能与首发精神分裂症的易患性有关。     

白细胞介素-18基因多态性与慢性乙型病毒性肝炎病毒感染关系的研究

目的 探讨白介素-18(IL-18)基因启动子区-137G/C(rs187238)和-607C/A(rs1946518)单核苷酸多态性(SNP)与慢性乙型病毒性肝炎(乙肝)病毒感染之间的关系。 方法 选取2007年3月至2010年10月期间就诊于桂林市疾病预防控制中心和桂林医学院附属医院的慢性乙肝患者作为病例组,共264例;另外选取同期在上述两个单位进行体检,均无慢性乙肝病史的健康者作为对照组,共300例。采用序列特异性引物-聚合酶链反应技术(SSP-PCR),检测上述二组研究对象IL-18基因启动子-137G/C(rs187238)、-607C/A(rs1946518)单核苷酸多态性位点基因型,分析病例组和对照组基因型和等位基因频率分布。 结果 病例组IL-18基因多态性位点rs1946518的基因型和等位基因的频率与对照组相比差异无统计学意义(P0.05)。但是,病例组IL-18基因SNP位点rs187238 G等位基因的频率高于对照组(OR=1.353,95%CI:1.009~1.815,P=0.043)。携带rs187238 GG基因型的患者发生慢性乙肝的风险较高(OR=1.629,95%CI:1.152~2.305,P=0.006)。分层分析发现,rs187238位点上GC基因型和C等位基因的频率与慢性乙肝的关联在乙肝e抗原(HBeAg)阳性组的患者中更加显著(P=0.022,P=0.011)。 结论 IL-18基因启动子区-137G/C(rs187238)多态性与慢性乙肝易感性具有相关性,而且,rs187238位点上GC基因型和C等位基因的频率与HBeAg阳性的慢性乙肝患者具有相关性。     

TGFβ2基因单核苷酸多态性与扩张型心肌病的相关性研究

目的通过研究转化生长因子β2(TGFβ2)基因单核苷酸多态性与扩张型心肌病(DCM)的相关性,探讨DCM的免疫遗传学发病机制。方法从169例DCM患者(DCM组)和158例健康对照者(对照组)外周血中提取DNA,采用聚合酶链扩增反应-限制性片段长度多态性技术检测中国西南地区汉族人群DCM患者和健康对照者TGFβ2基因一个标签位点(rs6658835)单核苷酸多态性;用χ2检验比较DCM组与对照组之间基因型频率和等位基因频率的统计学差异。结果 DCM组与正常对照组基因型分布均符合Hardy-W e inberg平衡;与正常对照组相比,DCM患者组TGFβ2基因标签位点(rs6658835)GG+AG基因型和G等位基因频率明显增加,差异有统计学意义(分别为79.3%VS 62.7%和51.2%VS 39.6%,均P<0.01)。结论 TGFβ2基因rs6658835位点单核苷酸多态性与中国西南地区汉族人群DCM相关,TGFβ2基因多态性可能在DCM遗传易感性方面具有重要作用。     

卵巢癌患者MMP-2 基因rs243866，rs243842 和rs243865 位点多态性与含铂化疗方案疗效及不良反应的相关性研究

目的 探讨卵巢癌（ovarian cancer）患者基质金属蛋白酶 (matrix metalloproteinase,MMP)-2 基因rs243866,rs243842 和rs243865 的多态性与其含铂化疗方案的疗效和不良反应的关系。方法 选取2018 年12 月～ 2021 年12 月在海南医学院第二附属医院经病理确诊、一线接受含铂化疗方案治疗并具有完整资料的卵巢癌患者126 例。化疗前采集患者3ml 外周静脉血,采用多重PCR 扩增目标区域后再进行高通量测序,鉴定rs243866,rs243842 和rs243865 的基因型。分析其与含铂方案疗效及不良反应的相关性。结果 109 例患者可评估疗效,其中完全缓解（complete response,CR）/ 部分缓解(partial response,PR) 或疾病稳定（stable disease,SD）/ 疾病进展（progressive disease,PD）的患者分别为78 例和31 例。126 例患者中发生Ⅲ～Ⅳ级血液学毒性和消化道毒性的分别有33 例和16 例。MMP-2 基因rs243866 多态性与含铂化疗方案的疗效及不良反应均相关,携带G 等位基因的卵巢癌患者具有更好的疗效,其CR/PR 率为74.6%,显著高于携带A 等位基因（25.4%）的患者（OR=3.148,95%CI:1.362 ～ 7.441）。携带A 等位基因的患者Ⅲ～Ⅳ级血液学毒性的发生率为60%,显著高于携带G 等位基因（22.5%）的患者(OR=5.176,95%CI:2.193 ～ 12.217)。rs243842和rs243865 位点各基因型分布及等位基因分布频次与含铂方案的疗效及不良反应均无相关性。结论 携带 rs243866 G等位基因的晚期卵巢癌患者在接受含铂方案治疗时具有较好的疗效和较低Ⅲ / Ⅳ血液学毒性。     

FTO基因单核苷酸多态性与2型糖尿病发病风险的相关性研究

目的探讨FTO（fatmassandobesityassociated）基因单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）与中国人群Ⅱ型糖尿病（TypeⅡDiabetesMellitus,T2DM）易感性的关系。方法利用SequenomMassArray。iPLEX系统对238例T2DM患者及239例健康对照的FTO基因单核苷酸多态性位点rs8050136进行基因分型,并对检测结果根据共显性、显性模型、超显性和隐性模型进行x^2检验和非条件Logistic回归分析。结果FTO基因rs8050136位点在病例组和对照组的基因型频率分布差异在显性模型和超显性模型中有显著性（x^2=8．603,P：0．003;x^2=5．428,p=-0．02）。相对CC基因型而言,CA杂合型和CA—AA基因型均能增加T2DM发病的危险陛,（OR=1．751,95％CI：1．129～2．717,P=0．012;0R1．915,95％CI：1．241～2．954,P=0．003）;而磋目间翔塑豁蛳数铆鼬有显著陡差异（x^2=10．614,P=0．001）,相对于C位点而言,A位点是T2DM的危险等位位点,（OR=1．933,95％CI：1．298～2．880,P=0．001）。结论FTO基因单核苷酸多态性rs8050136与T2DM的发病风险相关,CA杂合型和CA—AA基因型可显著增加T2DM的发病风险。