文本挖掘在生物医学领域中的应用及其系统工具

系统介绍了生物医学文本挖掘的具体流程和文本挖掘技术在生物医学领域中的应用情况,并着重从自然语言处理和本体、命名实体识别、关系抽取、文本分类与聚类、共现分析、系统工具及评价、可视化等方面分别做了阐述.     

文本挖掘在基因组注释中的应用

为了解生物医学文本挖掘技术在基因组注释方面的基本应用,以Web of Science（WOS）数据库中收录的关于生物医学文本挖掘技术在基因组注释方面的基本应用的文献作为来源文献,利用书目共现分析软件提取文献中的高被引论文,形成来源文献——高被引文献词篇矩阵,利用聚类软件对高被引论文进行同被引聚类分析,最后得到生物医学文本挖掘技术在基因组注释方面的基本应用,主要包括权威工具的使用、文本挖掘工具和算法的开发、文本挖掘工具的检验。     

基于词典与CRF算法的中文生物医学实体自动标注平台建设

目的：构建中文生物医学实体及关系的自动识别标注平台,为中文生物医学语料标注和精准医学语料积累及知识服务等提供参考。方法：基于词典和CRF算法实现中文生物医学文本的自动实体识别,利用Python、JavaScript、CSS等编程语言和Query框架等相关工具构建中文生物医学实体自动标注平台。结果：构建了一个可以自动识别中文实体且具备上传、标注、审核文本并最终存储文本等功能的中文自动标注平台。该平台能高效、准确地识别文本内容,实现自动标注。结论：该平台具备了人工导入文献、标注、管理员审核结算的功能,可以为生物医学领域的研究者进行信息的数据挖掘、中文语料库的构建提供支持。     

生物医学文本挖掘：步骤与工具

介绍了生物医学领域里的文本挖掘研究的步骤及各个步骤中所采用的方法,重点介绍了各个步骤中所用的工具和案例,以期促进生物医学文本挖掘研究的开展。     

生物医学实体关系抽取的研究

人类基因组计划使生物医学的研究取得了前所未有的成就,在研究结果中得到了大量的生物医学实体,如基因、蛋白质、器官、疾病和药物等,但这些生物实体之间存在什么样的关系仍不完全清楚.作为生物医学研究成果载体的文献呈指数增长,已成为科研人员获取知识的瓶颈.文本挖掘能够解决信息超载问题,故对生物医学实体关系的挖掘流程和评价指标进行介绍,对生物医学文本挖掘在研究生物实体关系抽取中采用的基于统计的方法、基于自然语言处理的方法和基于模式匹配的方法进行了阐述,对各种方法进行了综合比较,同时介绍了国内外相关研究.     

生物医学文本知识发现的研究进展

目前,如何解决海量文本信息与知识增长缓慢的矛盾,以可信的方式发现文本中有用的模式是一项严峻的挑战。本文就国际上有关文本挖掘在生物医学领域的应用进行阐述。概念识别和发现关系研究已经取得丰硕成果,而元数据挖掘正处于起步阶段。利用元数据进行生物医学文本挖掘以及建立知识库是现阶段文本知识发现的重要任务。     

基于BiLSTM-CRF的中文生物医学开放式概念关系抽取

目的：利用深度学习方法自动抽取中文生物医学文本中的开放式概念关系,以增强生物医学文本理解及医学知识网络构建。方法：使用BiLSTM-CRF模型从中文生物医学文献数据中抽取以句子上下文短语描述的开放式概念关系,并与基于条件随机场（Conditional Random Fields,CRF）和基于长短时记忆网络（Long Short-Term Memory,LSTM）的方法进行对比分析。结果：基于BiLSTM-CRF的中文生物医学开放式概念关系抽取方法取得F1值为0.5221,显著高于基于CRF模型的方法（F1值为0.2353）和基于LSTM模型的方法（F1值为0.3355）。结论：与单独使用CRF模型或LSTM模型的方法相比,基于BiLSTM-CRF的开放式概念关系抽取方法具有更好的鲁棒性和泛化性,对于生物医学文本理解、医学知识网络构建等研究具有借鉴意义。     

生物医学文本挖掘研究热点分析

为了解生物医学文本挖掘的研究现状和评估未来的发展方向,以美国国立图书馆 PubMed中收录的 2000年 1月-2015年3月发表的生物医学文本挖掘研究文献记录为样本来源,提取文献记录的主要主题词进行频次统计后截取高频主题词,形成高频主题词-论文矩阵,根据高频主题词在同一篇论文中的共现情况对其进行聚类分析,根据高频主题词聚类分析结果和对应的类标签文献,分析当前生物医学文本挖掘研究的热点。结果显示,当前文本挖掘在生物医学领域应用的主要研究热点为文本挖掘的基本技术研究、文本挖掘在生物信息学领域里的应用、文本挖掘在药物相关事实抽取中的应用3个方面。     

国际生物医学科学数据审编研究热点探析

以2015-2016年两届国际生物医学审编会议上领域专家讨论的报告和会议论文集,以及PubMedCentral中近5年来有关Biocuration和Data Biocuration的研究文献为数据源,采用内容分析法对生物医学科学数据审编的研究主题进行分析、归纳和总结,重点从Biocuration的工作机制、生物医学数据标准构建与应用、集成与可视化、审编与应用、生物医学文本挖掘等方面进行梳理,以期为我国生物医学科学数据审编的发展提供国际经验。     

阴阳相互作用与逻辑斯谛映像（Logistic Map）

中医药学的全部理论及其临床辨证论治方法都是建立在阴阳相互作用的学说之上的,而我们的研究表明,中医学的阴阳相互作用学说及其调控方法具有普适性生物医学意义。因此,寻找适合的科学＂窗口＂,在全新的现代科学框架内重新对阴阳学说进行研究,以促进古典的阴阳学说向现代科学理论的转变,不仅对于中医药学向现代科学的转变是一个重要的基础,而且对现代生物医学的发展也是有益的。此前,我们已经就阴阳相互作用与生命的混沌运动及其控制的可能关系进行过某些研究。这里,我们讨论阴阳相互作用与逻辑斯谛映像问题。     

如何利用文献资料撰写医学综述

目的 介绍如何根据收集到的研究专题文献资料,写作医学综述及其注意的问题。方法 综述类文章的写作关键在于专题研究方向的选择和题目的确立,而题目的确立是组织和筛选文献资料的基础。可以利用关键词检索文献,这是最有效、最准确的途径,并且能够提高查准率和查全率。在进行检索时,可通过改变关键词或对关键词进行扩展等方法进行检索,目的就是选择出该专业领域内具有代表性、可靠性、权威性文献。在阅读文献资料时,必须围绕选题方向,对国内外近几年来的有关文献细致甄选,将有关专题研究的内容的资料系统汇集,并清晰标注文献来源,以备后期查证和文后参考文献的标注。结果 文献的整理和归纳要以研究专题贯穿始终,根据研究专题将搜集的文献资料组织成逻辑严密、语法严谨的叙述性文字,再经过综合、调整和文辞修饰,汇总成有价值的文献段落、章节,最终完成研究专题的综述和写作。结论 综述有纵向、横向和纵横向三个写作方向和方法,要求作者必须对文献有较强去繁存简能力和深厚的文字加工和语法规范的功底。     

基于PEAKING队列探讨慢性肾脏病患者运动的促进与阻碍因素

背景　运动有利于改善慢性肾脏病（CKD）患者的预后,但运动在CKD患者的普及程度仍较低。目的　探索CKD患者进行运动的意愿、动机、促进与障碍等行为改变因素,为未来的运动干预提供基础。方法　于2019年3-6月,采用目的抽样法从PEAKING队列中选取不同体力活动水平、不同规律运动情况的CKD患者（n=10）进行半结构式定性访谈。访谈内容主要包括：患者对CKD的认识,日常活动安排,对运动与疾病关系的认识,进行规律运动的促进与阻碍因素等。最后利用内容分析法进行访谈资料分析归纳,按照国际公认的定性研究报告标准（COREQ）进行报告。结果　促进CKD患者运动的因素包括：意识到运动可能有益于身心理健康（启动因素）;体验到运动带来的益处、自律（坚持运动的内在因素）;来自家庭、运动专业人员及社会水平的支持（保持运动的外部因素）。阻碍CKD患者运动的因素有：年老、心肺肾等相关合并症及疲劳感（身体状况因素）;担心骨骼及肾脏损伤（运动相关损伤潜在风险的担忧）;时间、地方、设施和陪伴不足（缺乏体育锻炼条件）。结论　在CKD患者中开展运动干预,需要增加运动获益宣传、增强自我效能及增加外部支持等促进因素,注意预防运动相关损伤和创造锻炼条件以减少阻碍因素。     

广西主要性传播疾病信息系统把握风险能力的分析

目的 以政策文本分析视角,通过量化表达把握主要性传播疾病风险的程度,并验证其可行性。方法 从政府、卫计委网站和其他数据库检索涉及主要性传播疾病(乙肝、艾滋、淋病、梅毒)问题的公开信息与文献,从中统计有关识别、预警、干预与效果评估资料,用综合量化法把握广西性传播疾病风险程度,运用典型相关分析的方法分析主要性传播疾病发病率与把握风险程度之间的关系。结果 广西识别风险的能力由2005年的10.45%逐渐上升到2016年70.99%,预警风险的能力在2.01%以下;干预风险的能力呈波动上升趋势;提出风险干预措施的能力由2005年的0%,到2016年的2.67%,信息系统把握风险的能力与乙肝发病率呈正相关(r =0.523),与艾滋、淋病、梅毒发病率呈负相关(r =-0.348、-0.764、-0.423),提出性传播疾病问题干预措施的程度,开展性传播疾病问题干预效果评估的程度与主要性传播疾病发病率呈正相关(r =0.456、0.306)。结论 适宜的性传播疾病信息系统应能识别、预警和防控健康风险因素并产生显著的效果,广西性传播疾病信息体系把握风险的能力亟待提升,量化表达把握风险的程度是可行的。     

基于“治未病”思想探讨骨质疏松性脊柱骨折的防治策略

骨质疏松症属于骨科慢性、增龄性疾患，病变呈现渐进性的动态变化，后期极易发生脊柱骨折。针对这一发病特点，基于中医"治未病"思想，从"未病先防，降低骨折发生风险"、"已病防变，选择最佳治疗方案"、"后期巩固，提高患者生活质量"三方面探讨骨质疏松性脊柱骨折的防治，从而达到减少脊柱骨折的发生，减轻患者疼痛症状，降低致畸、致残率的目的。     

《难经》第七十五难浅析

《难经》第七十五难提出东方实、西方虚之病证,首创以泻南方、补北方的方法来治疗,还提到"子能令母实,母能令子虚""不能治其虚,何问其余"。此难的病机为东方实、西方虚,肝、肺两脏的自身本质决定了肝易实而肺易虚,并无其他脏器因素的影响,且当以东方实为主、为标,西方虚为次、为本;泻南方、补北方可从多个角度达到治疗东方实、西方虚的目的,前期应侧重于泻南方治东方实,后期应侧重于补北方以治西方虚。"子能令母实,母能令子虚"中母均为水(木之母),子均为火(木之子)。"子能令母实"与泻南方相对应,指泻南方火,使南方火虚,水更容易克火,水的消耗减少了,是为"子能令母实"。"母能令子虚"与补北方相对应,指补北方水,北方水盛则克火之力大,火气更虚,从而"母能令子虚"。"治虚"为治西方虚及北方虚,具体做法则是补北方水,通过子不食母,补北方水的同时使西方金慢慢恢复。泻实容易而补虚难,泻南方待东方木实证已去,仍需继续补北方,缓缓图之,西方金、北方水充足,方才使东方实、西方虚的情况不再容易发生,故言"不能治其虚,何问其余"。     

情景模拟教学在妇科急腹症住院医师培训中的应用

妇科急腹症是一组疾病,病情变化快,相互之间鉴别困难,及时准确的诊断治疗是减少并发症、挽救生命的关键所在,这需要临床一线人员不但要有扎实的理论基础,还要有丰富的实战经验,在目前医疗资源相对缺乏、医患关系紧张的医疗环境下,真正的临床实践相对不足。情景模拟教学是近年来教育改革的主要内容,是指教师在教学过程中,利用图文信息技术、角色扮演等方式,以疾病案例或情景为载体引导学生主动探索性学习,利用角色扮演和临床情景代替真实患者,让学生主动参与训练和抢救模拟演习,反复训练处理各种问题的能力,在实践中增强意识,掌握过硬的急救能力。文章即是介绍情景教学模式在我们科室妇科急腹症住院医师培训中的应用过程,同时分析了该教学方法的亮点及存在的问题。     

护理学专业“课程思政体系”建设的实践路径

以护理本科人才综合素质培养为核心，遵循思政工作规律，遵循教书育人规律，遵循学生成长规律；因事而化，因时而进，因势而新，构建护理专业“课程思政建设体系”；实现第一课堂思政教育的多途径多方法，第二课堂思政教育的三平台三融合，思政课程教育效果评价体系的多维度、多时段、多方式，从而推进护理专业人才素养的高阶提升。     

经方方证对应的六大误区

方证对应,是张仲景《伤寒杂病论》的一大特点,亦是运用经方的一大原则。临证时有是证则用是方,方证紧密结合,乃临床取得疗效的关键。但在临床运用上,一些医者总感觉临床疗效与自己的预期相差很远,原因在于运用经方以及方证对应的过程中存一些误区：只重局部,忽略整体;只重方“证”对应,忽略病机;只重症状体征,忽略脉诊;只重单方,忽略合方;只重经方,忽略时方;只重方证,忽略药量。因此,笔者认为在临床上运用经方以及方证对应时不仅要重视患者的临床症状体征,同时应将“抓主证”与“辨病机”结合起来,更要注意患者整体情况综合辨证,不能顾此失彼,同时不能忽略时方、合方及药物剂量,避免临证误区,以提高临床疗效。     

高血压病眩晕的中医病机及治法

高血压病眩晕是高血压病发病过程中的阶段表现,主要病机为人体阴阳气血失调,气机升降异常。与肝、脾胃、肾关系密切,肝是高血压病的发病枢纽,肝导致高血压眩晕出现的主要病机为肝失疏泄;脾胃导致高血压眩晕责其升降失司,高血压多重危险因素与脾胃密切相关;肾精亏虚,清窍失养,或肾水不能内涵肝阳,虚阳上越,扰动清空,亦能造成眩晕。根据病机要点,调肝、补肾、调理脾胃、活血化瘀为其主要治法。     

国人婴儿脑室系统CT测量正常值探讨

目的:定量研究各年龄段婴儿(＜12个月)脑室CT测量的正常值.方法:利用CT轴面图像,测量120例婴儿的脑室系统的大小.参照吴恩惠法测量脑室,利用Hahn法测量脑室脑比VBR1,利用Moh法测量VBR2.结果:据吴氏法,本组男女脑室相应均值之间差异无统计学意义,各组各年龄段之间各参数差异无统计学意义(P均＞0.05).正常值范围:哈氏值3.05～5.83 cm;脑室指数1.30～2.64;侧脑室体部指数2.66～4.86;侧脑室体部宽度指数2.49～4.41;前角指数2.67～4.87;三脑室宽度0.79～6.31 mm.据Hahn法,VBR1为0.17～0.33;据Moh氏法,VBR2为0.05～0.21.结论:得到的脑室系统正常值为评价婴儿脑室大小提供了一项客观量化指标.