中国致病格特隐球菌的基因亚型分析

目的 探讨中国致病格特隐球菌的基因亚型与世界范围内格特隐球菌的分子流行病学关系。方法 扩增受试格特隐球菌IGS1、PLB1和GEF1位点的部分可变区,检索GenBank上相应位点的序列信息,进行多位点的序列比对和系统发育分析。结果 ①我国VGⅠ基因型和α交配型菌株在3个位点的序列与以菌株WM276为代表的一种基因亚型相同,国内首株VGⅡ基因型和α交配型菌株的序列与温哥华岛致病株R272一致。②针对GEF1基因部分片段的聚类分析准确鉴定受试格特隐球菌的基因型和交配型。结论 中国致病格特隐球菌VGⅠ基因型与世界上分布较广的一种基因亚型相似,首株VGⅡ基因型菌株与温哥华岛致病性弱的VGⅡb基因亚型相似。     

新生隐球菌格鲁比变种、新生变种和格特隐球菌的多重聚合酶链反应鉴定

目的 建立一种基于核糖体基因内间隔区（IGS）的多重聚合酶链反应（PCR）,用于快速鉴定新生隐球菌新生变种、格鲁比变种和格特隐球菌。方法 选取新生隐球菌和格特隐球菌IGS中变异度最高的Ⅰ区（IGS1）为靶点,经ClustalW2多重比对,并结合Oligo6软件在不同序列位点设计针对新生隐球菌新生变种、格鲁比变种和格特隐球菌的引物用于多重PCR分析。通过51株新生隐球菌（VNⅠ-VNⅣ和VNB基因型）和41株格特隐球菌（VGⅠ-VGⅣ基因型）对该方法进行验证,并将该方法与已报道的CGB显色培养和采用特异性引物GPA1A、CLA4D和SOD1gattii扩增格鲁比变种、新生变种和格特隐球菌的单一引物PCR方法进行比较。结果 基于IGS的多重PCR分析成功鉴定所有92株新生隐球菌和格特隐球菌,对其他常见致病酵母的扩增均阴性,显示所设计引物较高的特异性;已报道的基于GPA1A和CLA4D引物PCR分别在鉴定2株和1株格特隐球菌时出现假阳性结果;CGB培养基在鉴定1株格鲁比变种和1株新生变种时出现假阳性结果。上述方法在鉴定时均未出现假阴性结果。结论 建立的多重PCR可快速准确地鉴定新生隐球菌新生变种、格鲁比变种、AD杂合子和格特隐球菌,且优于已报道的单一引物PCR 或CGB显色培养法。     

CAP64荚膜相关基因在新生隐球菌分型中的意义

新生隐球菌的多聚糖荚膜成分是新生隐球菌血清型分型的物质基础^[1],而CAP64荚膜相关基因是新生隐球菌荚膜合成的必需基因之一^[2],我们根据新生隐球菌血清型DCAP64荚膜基因的序列设计引物,将设计的引物扩增5个标准血清型新生隐球菌,已分型和未分型新生隐球菌临床分离株,以及其他的致病真菌,以寻找引物的型特异性。     

新生隐球菌随机扩增DNA指纹分型研究

目的　用随机引物扩增新生隐球菌临床和环境分离株的DNA ,观察DNA指纹与血清型的关系 ,探索新生隐球菌基因分型标准。方法　采用 3种不同寡核苷酸重复序列 [CN1(GTG) 5、CN2(GACA) 4和CN3(GATA) 4]为引物 ,对从临床和鸽粪中分离到的 2 4株血清A型和 8株四种血清型的新生隐球菌标准株的DNA进行扩增 ,根据扩增产物的电泳带型来对比DNA指纹和血清型之间的关系。结果　 2 4株临床和鸽粪分离的血清A型株中 ,2 0株产生和标准株完全相似的DNA带型 ,1株与标准D型DNA带型相似。 3株的PCR指纹与血清A、B、C、D型均不相同。 2株B型和 2株C型产生几乎完全一致的DNA指纹带型。结论　①大多数血清A型新生隐球菌菌株具有相似DNA指纹带型。②血清B型和C型 (gattii变种 )的DNA带型不易区别。③相同血清型不同的株可能有不同的DNA指纹带型。④PCR法用于新生隐球菌菌株鉴定是一种快速、方便、可行的方法。     

真菌病

20 0 2 2 190　 PCR对新生隐球菌的基因分型研究 /温海(二军大长征医院皮肤科 )…∥第二军医大学学报 .-2 0 0 1,2 2 (11) .- 10 0 5～ 10 0 8用 AP- PCR方法检测新生隐球菌的临床和环境分离株 ,观察 PCR指纹与血清型的关系 ,探索 PCR指纹对于新生隐球菌的分型标准。采用 3种寡     

新生隐球菌28S rDNA的基因型特征与序列分析

目的 探讨新生隐球菌各变种、血清型与基因型的关系。方法 新生隐球菌标准株10株、新生隐球菌荚膜缺陷株CAP10以及临床分离株19株,采用变性梯度胶电泳(DGGE)结合DNA序列分析,对以上菌株的28S rDNA片段进行研究。结果 经过DGGE和DNA序列分析,所有新生隐球菌新生变种(A、D型)具有一致的基因带型和序列,格特变种(B、C型)具有不同于新生变种的独特一致的带型和序列;AD型的基因型和序列与格特变种完全相同,新生隐球菌荚膜缺陷株CAP10(D型)的基因型类同于新生变种;19株临床分离菌在DGGE上可分为2型,17株与A、D型完全相同,2株与B、C型相同。结论 DGGE结合DNA序列分析,对于探讨新生隐球菌各变种、血清型的基因型特征、关系具有重要价值;我国非艾滋病隐球菌病感染以新生变种为主,AD型在系统发育上更类同于格特变种,而不是新生变种;本研究不支持A血清型为新生变种以外的新变种即grubii变种的观点。     

80株中国大陆新生隐球菌环境株表型和分子特征的初步研究

目的了解中国大陆地区新生隐球菌环境株的分布情况,及其表型和基因型特征。方法采用CACA培养基培养1372份来自中国大部分地区私人和公共养鸽场所的鸽粪标本,分离出新生隐球菌,并对其表型和基因型特征进行分析。结果共分离出80株新生隐球菌,分离阳性率约为5．5％,所有菌株37℃生长良好,有完整荚膜,尿素酶试验阳性。ITS序列分析证实分离出的新生隐球菌均属于血清型A。M13-PCR显示,其基因型为我国及东南亚地区特征性的VNIC型,显示了与临床株的高度一致性。结论中国大陆地区的新生隐球菌临床株与环境株显示了高度的同源性,提示对于易感人群,阻断与相应环境的接触可有效预防新生隐球菌的感染。     

用改进的PCR方案测定PCR指纹条带序列后设计的特异引物对新生隐球菌新生变种作基因分型

新生隐球菌新生变种通过用 (ＧＡＣＡ) 4 引物采用ＰＣＲ指纹法可产生 4条主要条带 (42 0、4 75、5 4 0和80 0ｂｐ) ,根据它们不同的组合可以被再分为 6种基因型 (ＶＮ1～ＶＮ6 )。该研究的目的是确定能扩增这4条主要条带的特异性引物。首先须测定这 4条主要条带的核苷酸序列 ,为此作者建立了一种无需克隆载体的改进的ＰＣＲ测序方案以克服用 (ＧＡＣＡ) 4作单循环测序引物的缺陷 ;而后以获得的序列设计新引物 ,通过对新生隐球菌和其他酵母株的扩增 ,以证实新引物具有种的特异性 ,可用作新生隐球菌的分子分型。材料和方法 :①抽提 12株新生…     

新生隐球菌ISC10基因的cDNA克隆及序列分析

目的克隆新生隐球菌ISC10基因(Meiosis-specific protein required for spore formation)的全长cDNA序列,并进行生物信息学分析。方法从新生隐球菌B3501菌株中分离提取总RNA,逆转录成cDNA,运用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得新生隐球菌ISC10基因,构建pGM-T/ISC10重组载体,测序后与GenBank中ISC10基因(DQ332212)进行同源性比较和序列分析。结果所克隆的基因共编码267个氨基酸,分子量为31.65KD,与GenBank中ISC10基因(DQ332212)序列同源性达99.10%,编码的蛋白质在67位氨基酸由Ala(丙氨酸)突变为Pro(脯氨酸),233位氨基酸由Thr(苏氨酸)突变为Ser(丝氨酸)。结论所克隆的基因为新生隐球菌的一个新基因,其相关生物学信息的明确,为应用分子生物学技术进一步深入研究新生隐球菌的感染和致病机制奠定了基础。     

新生隐球菌的PCR指纹分析

传统的新生隐球菌的分型主要采用依据荚膜抗原决定簇的血清分型方法。但仅能分成数种血清型,用于菌株间的变异分析显得无能为力。有资料表明相同血清型的新生隐球菌菌株可呈现明显不同的病理、生理反应^[1,2].我们采用PCR指纹技术对新生隐球菌不同分离株进行了DNA多态性分析,现将结果报道如下。一、材料与方法(一)菌株:新生隐球菌参考菌株D48、ATCC64538、ATCC64528为A血清型,RV45981、RV59939、RV60047、RV43185为D血清型,RV52643、RV54135为B血清型,RV52646、RV45978为C血清型,除D48株为WHO赠送外,其余均为比利时热带病研究所赠送。     

临床分离阿萨希毛孢子菌IGS1区克隆及RFLP分析

目的 明确临床分离的5株阿萨希毛孢子菌（T. asahii）基因间隔区（IGS1）的序列,分析T. asahii种内基因多态性。方法 用玻璃珠法分别提取临床分离5株T. asahi及标准对照株总DNA,用ITS及IGS1区特异引物,PCR扩增目的区域,IGS1区扩增产物纯化后进行克隆、测序,测序结果分别提交到基因库,获取登录号。用BLAST和CLUSTAL X 1.83软件对序列进行比对分析。分别用限制性内切酶HapⅡ、MboⅠ、AluⅠ、HhaⅠ对ITS及IGS1区PCR产物进行酶切及RFLP分析。结果 6株菌均成功扩增出长度约为540 bp的ITS区及643 bp的IGS1区基因片段,IGS1区序列相似性为97% ～ 99%。RFLP分析发现,菌株BZP07003 IGS1区HapⅡ酶切结果及菌株BZP07004 IGS1区 HhaⅠ酶切结果与其他菌株不同,MboⅠ及AluⅠ酶切6株菌结果无差异,ITS区6株菌酶切结果无差异。结论 T. asahii IGS1区种内存在差异。HhaⅠ及HapⅡ可用于T. asahii种内多态性的分析研究,临床分离5株菌存在3种酶切结果,初步提示T. asahii临床分离株可能具有种内多态性及遗传差异。     

白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因PCR-RFLP比较分析

目的通过对白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因限制性片段长度多态性分析,比较两相细胞在DNA水平的差异。方法分别抽提来自同一亲本、对氟康唑敏感性不同的白念珠菌(CA-1,CA-2,CA-4,CA-6,CA-7,CA-9,CA-11,CA-13~CA-17)菌丝相与酵母相基因组DNA,根据ERG11基因序列设计一对引物,对其进行PCR扩增(包括部分上游和下游非编码区),扩增产物分别用AccⅠ和MunⅠ消化、琼脂糖凝胶电泳后观察。结果各株白念珠菌菌丝相与酵母相均能扩增出约1 734bp大小的目的片段,CA-7,CA-14,CA-16和CA-17株两相细胞ERG11基因RFLP图谱存在差异,其余受试菌株未见差异。结论从DNA全貌来看,白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因存在差异。     

新疆头癣紫色毛癣菌分离株的PCR-RFLP基因分型

目的 探讨新疆地区紫色毛癣菌的基因特点,为新疆儿童头癣致病菌的分子流行病学研究提供依据。 方法 用5种限制性内切酶HaeIII,Bgl I,MspI,DdeI 及MboI,采用PCR限制性片段长度多态性（RFLP）法对分离于新疆儿童头癣的30株紫色毛癣菌的rDNA非转录间隔（NTS）区进行基因分型,并与北京的9株、台湾的2株紫色毛癣菌做比较。结果 内切酶DdeI将全部41株菌分为12个基因型。新疆的30株菌分为10个基因型,其中17株菌分为D、F、G、H、I、J、K 7个基因型,与北京和台湾菌株间有明显基因差异,其余13株菌分3个基因型,与北京和台湾菌株有基因同源性。结论 新疆地区儿童头癣分离的紫色毛癣菌既有独特基因型,又与北京、台湾菌株有基因同源性,体现了新疆紫色毛癣菌的基因多态性。     

成人及儿童皮肤癣菌病患者红色毛癣菌的基因分型与药物敏感性分析

目的 探讨成人和儿童皮肤癣菌病临床分离菌株中红色毛癣菌基因型的差异，基因型与发病部位、基因型与药物敏感性的关系。方法 利用随机引物OPAA11 5′-ACCCGACCTC-3′，OPD18 5′-GAGAGCCAAC-3′分别对来自成人及儿童皮肤癣菌病的红色毛癣菌菌株进行任意引物PCR，根据产物电泳带型进行基因分型，采用微量液体稀释法对氟康唑、伊曲康唑、特比萘芬、酮康唑、利拉萘酯、布替萘芬、益康唑、联苯苄唑进行体外敏感性分析。结果 两组的主要致病菌都为红色毛癣菌，两种随机引物扩增出的红色毛癣菌不同株带型均稳定清楚，按随机引物 OPAA11的扩增结果，其基因型分为4型。成人中Ⅰa、Ⅲa型分别占41.94%，儿童中Ⅰa型为65.96%，基因型构成在两组人群中的差异有统计学意义（P < 0.05）；体癣、足癣中基因型的分布在两组间差异均有统计学意义（P < 0.01；P < 0.05）。甲癣和股癣中基因型的分布差异无统计学意义（P > 0.05）；各基因型对8种抗真菌药物的MIC值均较低，特比萘芬的MIC最低，氟康唑的MIC值相对较高，酮康唑和氟康唑对Ⅰa、联苯苄唑对Ⅱa的活性高于其他基因型，伊曲康唑对Ⅲa型的活性略低于其他基因型，差异有统计学意义（P < 0.01或P < 0.05）。结论 红色毛癣菌为南京及周边地区儿童及成人皮肤癣菌病的主要致病菌，成人感染以Ⅰa、Ⅲa型为主，儿童感染以Ⅰa型为主。8种抗真菌药物对各基因型均有较好的抗菌活性，但酮康唑、氟康唑、联苯苄唑、伊曲康唑、特比萘芬对各基因型的敏感性有差异。     

新生隐球菌变种问ITS序列差异的研究

目的 利用真菌核糖体基L大1内转录间隔区(ITS)序列分析和系统进化学分析来研究新生隐球菌上海变种的地位及变种问ITS序列的差异.方法 采用真菌通用引物ITS1、ITS4对12株新生隐球菌不同变种标准株的ITS片段进行PCR扩增和测序,结合基因库等数据库中11株新生隐球菌标准株的ITS序列,用CLUSTAL W1.83软件多重比对分析序列的差别,MEGA3.1软件处理数据绘制系统进化树.结果 新生隐球菌变种之间ITS序列存在明显差异,存在6种亚型;gattii变种ITS序列存在4种亚型.中国发现的新生隐球菌上海变种S8012与gattii变种在表型及分子生物学研究均存在显著的差异,但仍属于变种内差异.结论 我国发现的上海变种S8012归入gattii变种的ITSC型,原gattii变种RV20186归人gattii变种的ITSF型.     

皮肤念珠菌病患者多部位分离菌株DNA分型研究

目的 比较皮肤念珠菌病患者不同部位分离菌株基因相似性,推测皮肤念珠菌病多部位感染的可能途径。方法 采用PCR扩增引物P-Ⅰ和P-Ⅱ扩增出白念珠菌染色体25SrDNA片段和特征性的基因片段重复序列片段,结合两种扩增结果进行分型,并将870bp大小的特征性的基因片段重复序列片段用限制性内切酶EcoRⅠ和ClaⅠ消化。结果 来自19例皮肤念珠菌病患者的41株白念珠菌被分为6型,同一患者不同部位分离菌株基因型相似,不同个体间基因型有差异。结论 分离自皮肤念珠菌病患者不同部位的致病菌株基因型相同,提示其发病可能与外源性再发感染无关。     

阴道非白念珠菌的PCR-RFLP鉴定

目的对分离自外阴阴道念珠菌病(VVC)患者阴道的常见致病性非白念珠菌进行聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法的鉴定。方法首先采用芽管试验、厚壁孢子试验、法国科玛嘉(CHROMagar)念珠菌显色培养基及API20CAUX酵母菌鉴定系统将分离自VVC患者阴道内的念珠菌菌株鉴定到种,然后采用真菌通用引物将4种常见非白念珠菌(包括光滑念珠菌、近平滑念珠菌、克柔念珠菌和热带念珠菌)进行PCR扩增,并选用MspⅠ和HaeⅢ两种内切酶对扩增产物进行酶切分析。结果在4种非白念珠菌中光滑念珠菌15株(7.50%),近平滑念珠菌7株(3.50%),克柔念珠菌5株(2.50%),热带念珠菌2株(1.00%);PCR扩增后均产生稳定、清晰的条带,扩增产物经MspⅠ,HaeⅢ酶切后分别产生4种和2种特异性带型。结论外阴阴道念珠菌病非白念珠菌中以光滑念珠菌为主;PCR-RFLP方法在鉴定常见致病性非白念珠菌中比较可靠、稳定、特异,但仍有方法繁琐等不足之处。