金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离及HA基因序列分析

目的分离甲型H1N1流感病毒,分析金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因序列特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其HA基因片段,测定核苷酸序列;利用GeneBank中相关序列对病毒分离株A/Jinhua/01/2009（H1N1）进行基因进化树分析。结果从3份咽拭子样本中分离出1株甲型H1N1流感病毒。HA基因序列分析证明：该毒株与2009年大流行株高度同源,与古典型猪流感亲缘性较近,与欧亚地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。结论金华市首例甲型H1N1流感死亡病例分离病毒株与北美流行株高度同源,可能是由古典型猪流感进化而来,与WHO选定的甲型H1N1疫苗候选株同源性较高,对于人季节性流感A/H1N1疫苗可能不敏感。     

新甲型H1N1流感与中国甲型H1流感HA基因进化比较研究

目的比较新甲型H1N1流感与中国甲型H1亚型流感病毒HA基因的进化。方法用非度量多维尺度法分析下载自GenBank的中国人和猪甲型H1亚型流感HA序列及WHO北半球流感疫苗推荐株HA序列和新甲型H1N1流感HA序列,构建HA基因进化图谱。结果新甲型H1N1流感病毒HA基因与猪甲型H1亚型流感病毒的亲缘关系较近,而和中国人甲型H1亚型流感病毒及WHO近年推荐的疫苗株亲缘关系很远,并且新甲型H1N1流感病毒HA序列在进化上与中国猪甲型H1亚型流感病毒仍然存在一定距离。结论从基因层面上提示我国人群既往免疫和疫苗对新甲型H1N1流感可能不能提供有效保护,病毒有可能会在人群中流行。同时分析结果提示了尚无证据表明这次始于北美的新甲型H1N1流感来自中国。     

泉州市2009年甲型H1N1流感基因特性分析

目的 了解福建省泉州市2009年甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性.方法 采集泉州市甲型H1N1流感患者咽拭子,采用实时荧光聚合酶链反应方法检测病毒核酸及MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,提取其中2株代表性毒株病毒核糖核酸(RNA),采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件进行序列分析.结果 1 020份咽拭子检出甲型H1N1流感病毒核酸阳性200份;季节性流感病毒核酸阳性70份,其中H3N2亚型53份,H1N1亚型14份,B型3份,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株;HA基因核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007比较,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体,NA基因耐药性位点分析显示,对达菲药物依然敏感.结论 2009年泉州市甲型H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性漂移.     

四川省甲型H1N1流感病毒血凝素基因特性和抗原性分析

目的 了解四川省甲型H1N1流感病毒的抗原性和血凝素(HA)基因的变异情况.方法 对四川省2009-2011年分离的流感病毒采用单项血凝抑制试验鉴定毒株型别,在此基础上选取分离自中国内地首发甲型H1N1流感病例、首起甲型H1N1流感疫情、甲型H1N1流感死亡病例以及哨点医院流感样病例标本的甲型H1N1流感病毒株共计11株,进行HA基因核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特征分析.结果 与中国代表株A/四川/SWL1/2009(H1N1)相比,2009-2011年四川省甲型H1N1流感毒株单项血凝抑制效价均无4倍以上差异,与疫苗株A/California/7/2009(H1N1)相比,HA氨基酸具有高度同源性(96.6％ ～99.4％).结论 四川省甲型H1N1流感病毒的HA基因特性和抗原性没有发生明显变异.     

湖州市甲型H1N1流感病毒株的HA基因分析

目的:研究2010年湖州市甲型H1N1流感分离株(A/Huzhou/2010(H1N1))的HA基因特征。方法:采用MD-CK细胞对患者咽拭子和漱口液标本进行病毒分离,逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA基因并进行序列测定,用DNAstar和MegAlign等软件分析处理。结果:湖州市2010年甲型H1N1分离株的HA基因为1739个核苷酸,与湖州市2009年的分离株及WHO2010/2011推荐的甲型H1N1疫苗株相比,没有核苷酸的插入与丢失,氨基酸同源性分别为99.0%和98.9%。进化树分析显示,本次分离株与湖州市2009年的分离株及WHO2010/2011推荐的疫苗株非常相似。结论:甲型H1N1流感分离株的分子生物学特征及变异特征分析,对制定科学有效的防控策略具有重要意义。     

亳州市2013年甲型H1N1流感病毒基因分析

目的分析亳州市2013年一所学校流感暴发疫情甲型H1N1流感病毒基因及抗原变异情况。方法从132名具有流感症状的学生当中随机采集10份标本,用Realtime RT-PCR方法鉴定甲型H1N1流感病毒,对阳性标本接种MDCK细胞,分离流感病毒,并对甲型H1N1流感病毒株进行血凝素（HA）作基因测序,分析基因及氨基酸位点变异情况。结果 10份标本中Realtime RT-PCR鉴定有8份为甲型H1N1流感病毒核酸阳性,病毒分离培养6份阳性,并对其进行基因测序,HA基因与疫苗株同源性为98.4%,HA基因氨基酸变异分析显示,有多个位点发生变异。结论此次暴发的甲型H1N1流感病毒的基因组HA序列与我国及其他国家的甲型H1N1流感病毒具有较高的同源性,HA基因氨基酸序列发生变异情况,需密切关注甲型H1N1的流行状况。     

甲型流感病毒A/Lishui/01/2009(H1N1)株HA基因序列分析

目的:测定流感病毒HA基因序列,从分子水平分析丽水市输入性甲型H1N1流感病毒株HA基因特点。方法:Real-time PCR检测甲型H1N1流感病毒核酸,RT-PCR测定HA基因核苷酸序列。结果:测序获得位于流感病毒HA基因436 bp～1701 bp位置、长度为1266 bp的核苷酸片段。多序列比对显示A/Lishui/01/2009(H1N1)株与北美人感染猪流感A/California/04/2009(H1N1)株序列的相似性最高(nt/aa,99.8/99.3%);与其他甲型H1N1流感病毒株序列相似性均比较高(nt/aa,99.4～99.9%/99.1～99.8%),与季节性甲H1型流感代表株A/Brisbane/59/2007(H1N1)序列相似性最低(nt/aa,76.4/80.0%)。种系分析显示A/Lishui/01/2009(H1N1)株与其他甲型H1N1流感病毒,北美猪流感病毒均位于同一进化分支,亲缘关系最近,与季节性甲H1流感代表株A/Brisbane/59/2007(H1N1)进化关系最远。结论:丽水输入性流感病毒A/Lishui/01/2009(H1N1)株属于甲型H1N1流感病毒,与北美猪流感病毒同源并隶属于传统猪流感病毒。     

2009甲型H1N1亚型流感病毒血凝素重链(HA1)基因分析

[目的]从基因层面初步探讨近8个月甲型H1N1流感病毒HA1基因变异情况。[方法]收集19株2009年5～12月欧美及亚洲最新上传的甲型H1N1流感流行株血凝素重链(HA1)区域的氨基酸序列,分析其与墨西哥城第一株流感病毒分离株A/MexicoCity/001/2009在HAl以及HAl抗原决定簇区域的氨基酸差异。[结果]与A/Mex-icoCity/001/2009比较,HA1区氨基酸序列的同源性为96.98%～99.7%;并且,A/Pennsylvania/09/2009、A/Fukuoka-C/1/2009和A/Milan/UHSR1/20093株流感流行株HA1区抗原决定簇B区197位氨基酸出现了A﹥T替换。[结论]2009甲型H1N1流感流行的近8个月HA1基因存在一定的变异。     

河北省2005～2006年H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因特征研究

[目的]研究2005～2006年河北省分离的H1N1型流感病毒毒株HA1基因特性。阐明HA1基因的变异与流感流行的关系。[方法]用MDCK分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。[结果]2005～2006年在河北省流行的H1N1型流感病毒HA1基因核苷酸和氨基酸序列与同时期的H1N1亚型疫苗株A/NewCaledonia/20/1999相比已发生较大变异,核苷酸同源性为97.0%～98.1%,氨基酸同源性为97.9%～98.7%,有5～7个氨基酸发生了替换,但均不在抗原表位。种系进化结果显示A/河北南市/37/2005与A/河北新市/56/2005和A/河北新市/129/2006位于2个小分支,均距A/NewCaledonia/20/1999较远,A/河北南市/37/2005与A/NewYork/221/2003有较近的亲缘关系。[结论]H1N1型流感病毒HA1基因已发生明显变异,但对抗原性改变意义不大;近几年H1N1持续低流行使人群易感性得以积累是今年H1N1型流感流行的主要原因;2005～2006年河北省同时流行着至少2支种系发生距离较远的H1N1型流感病毒。     

2017年云南省流感病毒监测及甲型H1N1流感病毒血凝素基因特征分析

目的 了解2017年云南省流感病毒的流行情况和甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）基因分子特征。方法 对2017年云南省流感监测哨点医院采集的21 672份标本使用real - time RT - PCR方法检测流感病毒,核酸阳性标本使用MDCK细胞进行病毒分离,采用血凝素凝集试验及抑制试验进行病毒抗原性分析。选取12株抗原性变异较大的甲型H1N1流感毒株进行基因测序,使用MEGA软件分析其HA基因特征。结果 2017年共检出流感核酸阳性标本2 372份,分离出流感毒株1 180株,全年共有2个流行高峰,H3亚型和甲型H1N1亚型交替成为优势株,BY亚型和BV亚型共同流行。毒株分离高峰与ILI%高峰基本一致。甲型H1N1流感病毒ＨＡ基因无明显变异,疫苗株仍具有保护作用。结论 继续加强监测力度,提高监测敏感性并做到及时预警,控制流感流行风险。     

2005～2006年流感季节河北省甲3亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的：研究2005～2006年流感流行期河北省分离的甲3（H3N2）亚型流感病毒株血凝素重链（HA1）的基因特性,了解H3N2亚型流感病毒株HA1基因的变异及其与流感流行的关系。方法：用狗肾（MDCK）细胞分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。结果：2005～2006年流感流行期在河北省分离到的H3N2亚型流感病毒株HA1与同时期的H3N2亚型流感疫苗株A/Calfornia/7/04相比其抗原性变异不大,核苷酸同源性为96.2%～98.2%,氨基酸同源性为98.7%～99.0%,3个位点发生了氨基酸替换,其中2个在抗原决定簇B区（188N〉D、193S〉F）,1个在受体结合位点（225D〉N）。结论：H3N2亚型流感病毒HA1尚未发生明显变异,与疫苗株同源性较高。人群对其已建立起较好的免疫屏障,这是河北省该流行期H3N2亚型活动水平低的主要原因。     

浙江省与日本A3型流行性感冒病毒株的血凝特性及HA1序列比较

目的：比较近年来在浙江省与日本流行的A3（H3N2）型流流行性感冒（流感）毒株的血凝特征与血凝素重链（HA1）区域的序列差异,方法：对浙江省不同性状的流感代表进行了抗原性分析,并与日本同期毒株作了血凝特性及HA1区域的氨基酸序列比较分析,结果：近年在浙江流行的A3型流行株,其抗原性已发生较大变异,其中绝大部分是对鸡红细胞缺乏凝集特性的O相毒株,它与A／武汉／359／95株二者在HA1区域的氨基酸同源性仅为94．82％,存在较大差异,这些O相毒株可以通过在MDCK细胞上的传代而转变为D相毒株,日本的同期毒株,其情况也相似,结论：A3型流感病毒在HA1区域发生的变异,是近年来引起浙江省流感流行的主要因素。     

2005年广西H1N1亚型流感病毒基因特性研究

目的阐明2005年广西流行的H1N1亚型流感病毒血凝素基因变异情况。方法挑选3株2005年广西流感病毒分离株,进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后使用DNA—STAR分析软件进行进化特性分析。结果HA1区核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,与2005年的国际疫苗推荐株A／New Caledonia／20／1999（H1N1）比较,三株分离株的HA1蛋白均含有7个糖基化位点。分离株A／Gx／566／2005发生以下氨基酸位点替换：82T〉K、94Y〉R、145R〉K、165V〉A,208R〉K、251W〉R、266T〉N,其中165位点位于HA1的抗原决定簇上。分离株A／GX／8／2005及分离株A／GX／13／2005发生了以下位点变异：165V〉A、194E〉G、251W〉R、252Y〉F、314V〉A,其中165及194位于HA1抗原决定簇上。结论2005年在广西同时流行着三系不同的H1N1病毒。一系接近国际疫苗推荐株A／New Caledonia／20／1999（H1N1）东部江苏的2000—2002年毒株,一系接近江苏2005—2006年毒株。尤其需要密切关注与疫苗株HA1蛋白发生较大变异一系H1N1,避免此系H1N1病毒的流行和暴发。     

2018-2019年宁夏甲型H1N1流感病毒血凝素基因组序列分析

目的 了解宁夏2018-2019流感监测年度流感病毒病原学检测情况,分析甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因特征。方法 采用real time RT-PCR方法对流感监测哨点医院采集的流感样病例（ILI）标本进行核酸检测;对阳性标本进行毒株分离;提取甲型H1N1毒株的RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析。结果 宁夏流感网络实验室检测咽拭子标本共5214份,核酸检测阳性数为760份,其中甲型H1N1阳性数为485份,占总阳性数的63.82%,分离出甲型H1N1毒株 161株。宁夏分离毒株与疫苗株A/Califaoria/07/2009不在同一进化分支,同源性为92.6%~96.3%;与疫苗株A/Michigan/45/2015(H1N1)为同一进化分支,同源性为96.6%~98.1%。与疫苗株A/Califaoria/07/2009比较,抗原位点、受体结合位点及其他位点均有变异,除毒株 A/Ningxia_Xixia/SWL1176/2019(H1N1)第222位氨基酸发生D222G变异外,其他甲型H1N1流感毒株均未发生D222G变异。所有毒株增加糖基化位点162NQT,个别毒株糖基化位点增加2~3个。结论 宁夏2018 -2019年度流感优势毒株为甲型H1N1毒株。序列分析表明甲型H1N1病毒发生了不同程度的变异,在抗原特异性、毒力和感染性上有可能已经发生变化,需要及时更换疫苗株成分。     

甲型H1N1流感病毒基因组序列分析及其特性研究

目的 分析甲型H1N1流感病毒的基因组序列特征,阐明该毒株的遗传变异及分子特性.方法 GenBank中获取流感病毒全序列,对各段基因与已知序列进行分析比较,绘制进化树,并分析和预测甲型毒株的致病性、药物敏感性和现有疫苗的预防保护作用.结果 甲型H1N1病毒的HA、PB2、PB1、PA、NP、NS基因与美国本土的猪流感病毒序列具有高度同源性,NA和M基因具有典型的欧亚株系猪流感病毒特征.该病毒具有人传人的分子基础,HA上HA1和HA2裂解位点序列为PSIQSR↓+GLFGAI,尚不具备高致病性流感病毒的特征.病毒对金刚烷胺类药物耐药,而对达菲和扎那米韦敏感.HA片段5个抗原决定区氨基酸序列与人用流感疫苗具有较大差异,推测现有疫苗对预防本次疫情基本无效.结论 甲型H1N1是一种北美和欧亚两种猪流感病毒的混合体,开发针对本病毒的流感疫苗有助于进一步控制疫情蔓延.     

2000—2007年佛山市甲1亚型（H1N1）流感病毒监测情况及其HA1基因的变异

目的分析2000—2007年佛山市甲1亚型（H1N1）毒株流行情况及其HA1基因变异情况。方法用MDCK细胞分离流感病毒，采用血球凝集抑制试验进行型别鉴定，选取每年2～4株甲1亚型毒株的细胞培养物提取病毒核酸，进行HA1基因的逆转录，对其核苷酸和氨基酸序列及亲缘关系进行分析。结果病毒分离结果显示2000—2007年间甲1亚型流感病毒在佛山市人群中的流行是间断性的，只在2000、2001、2005、2006年4个年份分离到甲1亚型流感毒株。毒株的HAl区氨基酸序列与流感疫苗推荐株A／NewCMedonia／20／99和A／Solomon Islands／3／2006相比，同源性分别为97．2％～99．7％和97．2％-98．5％。氨基酸残基平均替换数随年份的推移而增加，只有2006年的毒株在抗原决定簇发生了替换。结论与疫苗株比较，佛山市的甲1亚型流感毒株抗原性已逐渐发生了改变，应密切注意疫苗对毒株的免疫效果。     

天津地区2005年甲1亚型流感病毒HA1区基因特性分析

目的 了解天津地区夏季一起小学校流感样暴发疫情中分离出2株甲1亚型流感病毒株HA1基因变异情况。方法MDCK细胞和鸡胚双腔法分离流感病毒，收获病毒液提取病毒的RNA，进行RT—PCR，扩增产物纯化后测序，用DNASTAR软件进行序列分析。结果新分离株HA1基因长度为325个氨基酸，与国际疫苗株A／NewCaledonia／20／99相比氨基酸同源性高于98％，氨基酸替换位点有5个，其中165位位于抗原决定簇Cal区。结论天津地区新分离甲1亚型流感病毒抗原性发生进一步漂移，但变异程度不大。