北京同仁医院基因测序技术临床应用学术研讨会在京召开

由中华医学会北京分会检验分会主办,首都医科大学附属北京同仁医院承办,Life Technologies公司协办的北京同仁医院基因测序技术临床应用学术研究会于2011年7月8日在京召开,共有300多位医学专家、临床医生、检验病理医生及媒体代表参会,会议的主题是探讨基因测序技术在临床医     

中国发现呼吸道新病毒已被美基因库收录

温岭市第一人民医院与中国军事医学科学院全军生物芯片重点实验室合作建立的临床研究中心，运用基因扩增法从278例小儿急性呼吸道感染痰液标本中检测出一种呼吸道新病毒——“WU多瘤病毒”，该病毒基因测序结果被美国基因数据库收录，并命名为中国林峰第一株（CLFF）。     

中国发现一种呼吸道新病毒已被美基因库收录

浙江省温岭市第一人民医院与中国军事医学科学院全军生物芯片重点实验室合作建立的临床研究中心，运用基因扩增法从278例小儿急性呼吸道感染痰液标本中检测出一种呼吸道新病毒——“WU多瘤病毒”，该病毒基因测序结果于12月4日被美吲基因数据库收录，并命名为中国林峰第一株（CLFF）。     

基于Cas9靶向富集的纳米孔高通量基因测序技术的应用进展

高通量测序已逐渐成为医学与生命科学领域的一种重要技术方法,但全基因组序列分析的复杂性和测序的高成本仍是目前高通量测序的障碍。靶向测序是一种捕获基因组特定区域DNA并进行高深度测序的方法,它在遗传性疾病、癌症测序和精准医学等方面具有广泛应用。目前常见的靶向富集方法主要有杂交捕获法和多重PCR扩增法。杂交捕获法过程繁琐、成本昂贵,PCR扩增法容易受扩增效率影响导致靶序列文库丰度不均匀,且会丢失DNA序列的表观修饰信息。近年来,基于纳米孔测序平台开发了CRISPR/Cas9靶向富集高通量测序方法（nCATs）,可在无需PCR扩增的条件直接对感兴趣的基因位置进行靶向测序。该方法具有直接识别碱基修饰、读长长、实时检测、速度快等优势,在基因结构性变异、突变检测和基因的甲基化修饰检测等方面展现了良好应用前景。尤其是在融合基因的检测方面,该技术通过结合生物信息学的分析工具可检测新的融合基因和断裂位点,在临床诊疗方面具有重要的指导意义。本文将对CRISPR/Cas9靶向富集纳米孔基因测序技术的基本原理和上述应用场景进行综述,并重点阐述该技术在融合基因检测方面的最新进展。     

外刊

The Economist 《经济学人》2013年11月30日 FDA叫停23andMe基因测序服务 2013年11月22日，FDA向基因测序公司发出一封严厉的警告信。信中指出，由于23andMe公司没有满足FDA的数据要求，FDA要求其立刻停止基因测序服务的销售。23andMe公司有15天的时间来回应FDA的质疑。     

便携式DNA设备能产生更好数据的原因

牛津纳米孔技术公司的技术能一次性识读更长的DNA链——且可以更准确地定位于特定疾病相关的结构变异。 总部位于英国的牛津纳米孔技术公司（Oxford Nanopore Technologies）最近宣布,该公司有两种产品,能够在DNA分子通过蛋白质上的纳米孔时,直接读取其中的化学碱基,以此进行DNA测序。该公司将在今年年底开始销售一种价值900美元的一次性、可携带的简单的读取DNA设备,以及一种更为全面的台式模型。     

中国发现呼吸道新病毒已被美基因库收录

温岭市第一人民医院与中国军事医学科学院全军生物芯片重点实验室合作建立的临床研究中心,运用基因扩增法从278例小儿急性呼吸道感染痰液标本中检测出一种呼吸道新病毒——“WU多瘤病毒”,该病毒基因测序结果于本月4日被美国基因数据库收录,并命名为中国林峰第一株（CLFF）。     

TRUGENE HIV-1基因型检测系统在HIV-1亚型分析中的应用

目的利用TRUGENE HIV-1基因型检测系统对我国部分地区HIV感染者的血浆样本进行耐药性检测的同时进行HIV-1的亚型分析。方法采用TRUGENE HIV-1试剂盒扩增靶HIV-1序列即pol基因中长度分别为297bp的蛋白酶基因片段和621bp的逆转录酶基因片段，采用OpenGene DNA测序系统和数据分析软件进行测序和序列分析，利用HIV Database网站提供的HIV基因亚型分析软件对所得到的靶序列进行亚型分析。结果对165份标本的靶序列进行扩增和测序全部成功，采用蛋白酶基因片断和反转录酶基因片断进行亚型分析的结果非常吻合，165份标本亚型的分类与分布情况提示目前各类感染人群中的HIV-1毒株的亚型分布特点呈现出多样化和复杂性。另外，发现了一例国内尚未报道过的CRF09-cpx HIV-1的感染。结论TRUGENE HIV-l基因型检测系统可以成功的应用于HIV-1的亚型分析。     

靶向小鼠Abcb11基因CRISPR/Cas9系统的构建及效率检测

目的：ABCB11基因突变是肝内胆汁淤积症2型(PFIC-2)的主要病因，本研究试图构建特异性靶向小鼠Abcb11基因的CRISPR/Cas9系统，并检测该系统的基因编辑效率。方法：根据小鼠Abcb11基因的DNA序列，设计3条sgRNA导向序列，通过构建sgRNA表达载体，将sgRNA质粒和Cas9质粒一起转入N2a细胞，药物筛选，阳性细胞DNA的PCR产物测序以及TA克隆测序等实验，完成基因编辑系统构建及效率检测。结果：sgRNA3导向序列可用于编辑小鼠Abcb11基因，编辑效率为61.54%。结论：靶向小鼠Abcb11基因的编辑系统构建成功，且有较高的编辑效率，为后续建立精准模拟人类PFIC-2疾病的小鼠模型以及临床治疗奠定了基础。     

RAS基因多态性与肥胖相关性的研究进展

肥胖为多基因遗传性疾病，其基因多态性与肥胖的关系是目前热门研究。目前国内外均有大量研究分析了肾素血管紧张素系统基因多态性与肥胖的关系。本文就肾素-血管紧张素系统(RAS)主要组成及生物学功能进行论述，并重点讨论ACE基因、MRAS基因和NOS3基因与肥胖的相关性。     

细粒棘球蚴中国大陆株Eg10基因片段的分子克隆和序列分析

目的 获得细粒棘球蚴（E．granulosus）Eg10基因片段，并进行序列分析。方法 从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴，提取总RNA，根据GeneBank公布的细粒棘球蚴Eg10基因片段已知序列，设计一对引物，采用RT-PCR技术扩增出细粒棘球蚴中国大陆株Eg10基因片段，将纯化后的PCR产物克隆到pGEM-T载体，进行序列测定和分析。结果 成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆株k10基因片段，测序为938bp，该基因序列与检索基因核苷酸序列同源性为100％，推导编码氨基酸序列同源性亦为100％。结论 测序的k10基因序列有完整的编码框（765bp），对于进一步研究其结构和功能及对包虫病的免疫预防具有重要意义。     

直面消费者基因检测中获取基因数据的伦理研究

随着基因检测技术日渐成熟,测序成本下降,直面消费者基因检测出现依托网络平台的新兴商业模式。通过梳理该类型基因检测的流程和方法,发现获取基因数据是基因检测公司营利不可或缺的一环;通过辨析基因检测公司获取基因数据的实质伦理问题与程序伦理问题,以及知情同意存在的不充分、隐匿性与误导性问题,提出诚信原则、底线原则和最小风险原则,以保护消费者的正当权益,促进直面消费者基因检测的良性发展。     

国内医学新闻

高血压治疗基因——激肽释放酶基因克隆成功 广东深圳市卫生局办公室(518020)袁立新报道 深圳市人民医院李体远博士、戴勇博士等,不久前在国内率先成功克隆出对治疗高血压病具有重要意义的激肽释放酶基因。经权威机构上海Sangon生物工程公司测序分析,这种新克隆的中国人体组织激肽释放酶基因与国际报道的基因序列完全一致。该成果为我国在高血压基因治疗方面又增添了新的候选基因,     

嗜热菌热休克蛋白基因的克隆与表达

克隆和在原核表达系统中表达超嗜热古球菌之热休克蛋白基因β亚基。方法：用ＰＣＲ技术从ＨＰＫ基因组ＤＮＡ中扩增ｃｐｋＢ基因片段，经克隆和核苷酸序列分析后再克隆至原核表达载体ｐＢＶ２２０，升温诱导ｃｐｋＢ基因表达，利用ＣｐｋＢ蛋白的耐温特性纯化该蛋白。结果：扩增和克隆了１．６ｋｂ的ｃｐｋＢ基因，并经ＤＮＡ测序证实，实现了ｃｐｋＢ基因在原核系统ＰＬＰＲ启动子控制下的表达，建立了纯化ＣｐｋＢ蛋白的方法。结论     

细粒棘球蚴热休克蛋白70基因的克隆和序列分析

目的 获得细粒棘球蚴（E.granulosus）热休克蛋白（Heat Shock Protein70,HSP70）基因,进行DNA测序、序列特性分析及同源性分析,为研究包虫病重组疫苗候选基因奠定基础。方法 从细粒棘球蚴原头蚴提取总RNA,RT－PCR技术扩增出细粒棘球蚴中国大陆侏HSP70基因,将其重组到pGEM－T载体后进行序列测定和分析。结果 成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆侏HSP70基因,测序表明该片段由402bp组成,与已发表基因核苷酸序列相比,同源性为96％,推导编码氨基酸序列同源性为81％。结论 经DNA测序证实,扩增出的片段确为HSP70,该片段阅读框完整,可作为重组抗原的候选基因。     

病理基因测序技术及临床应用

目的：应用基因测序仪对肿瘤及相关疾病进行临床病理基因直接测序，以指导医疗保健、疾病预防、基因治疗。方法：石蜡组织、血液标本提取DNA，经凝胶成像及核酸定量仪定量、定性，设计相应的引物及购买测序试剂盒，经PCR扩增后进行基因测序，通过Seq—Scap软件诊断分析测序结果，并对阳性结果做反向测序证实。结果：石蜡组织标本DNA提取成功率80％，总提取成功率90％以上，在此基础上的PCR扩增、纯化及测序成功率达99％。测序基线平整，平均信号强度在200—1000之间，噪音〈5，Raw基线接近0。预报分子靶向药物治疗有效率及无效率均达100％。结论：临床病理基因测序是癌症基因组计划的核心内容，基因测序技术可以快速准确地完成肿瘤基因序列分析，该技术重复率高、结果可靠、科学性强，是分子病理学发展的一个重要新领域。     

中国人血管抑素基因的克隆及其序列分析

目的：克隆中国人血管抑素(angiostatin，ANG)基因全长并进行序列分析。方法：应用RT-PCR，将5例健康人肝脏组织ANG基因克隆到pSP71载体上，用Sanger法进行基因测序分析。结果：通过RT-PCR获得一个1141bp的扩增产物，测序发现与已报道的ANG比较，国人ANG上有3个碱基突变位点：分别为第825位C→T；第927位T→G和第1078位G→A。前两个碱基突变氨基酸未发生变化，第3个碱基突变结果使缬氨酸(Val342)改变成为蛋氨酸(Met342)。结论：克隆得到中国人ANG基因片段，其碱基和氨基酸的变化可能是人群中该基因的遗传多态现象。     

PCR-SSCP技术检测中国人肝豆状核变性基因第18、14外显子突变

目的 了解中国人肝豆状核变性（WD）患者基因第18、第14外显子的突变情况，为掌握该痛的突变特点并进行基因诊断提供依据。方法 聚合酶链反应-单链构象多态性（PCR—SSCP）检测中国人WD基因第18、14外显子突变，并对异常带型进行直接DNA测序。结果 45例患者和20例正常人的18外显子PCR—SSCP出现两种泳动带型，异常带型测序证实无突变存在。14号外显子PCR—SSCP出现的带型均一致，结论 14外显子和18外显子可能不是中国人WD基因突变的热区。     

遗传性肾病综合征候选致病基因筛选策略

部分遗传性肾病综合征(NS)与编码足细胞蛋白的单基因突变有关,目前,仍有80%的遗传性NS致病基因不明。大家系单基因遗传病筛选候选致病基因首选定位克隆,而小家系候选致病基因筛选优先选择外显子组测序。对致病基因不明的遗传性NS小家系核心成员进行外显子组测序,挑选出非同义、罕见、位于保守区域、软件预测有致病性、基因型与表型共分离的变异,携带该变异的基因即为候选致病基因。     

《二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》评述

【摘要】高通量测序技术以其高输出量、高解析度的显著优势,在肿瘤基因检测领域被广泛应用。中国临床肿瘤学会肿瘤标志物专家委员会和中国肿瘤驱动基因分析联盟制定了《二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》,本文结合该共识从二代测序技术（NGS）检测在肿瘤精准诊断中的应用价值、检测流程和质量保证、结果报告等方面进行简要评述,以指导临床医师和NGS检验从业人员更好地进行临床应用。