SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1 mRNA方法的建立

目的 建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人类BMI-1 mRNA的方法.方法 以含有目的基因BMI-1 cDNA的质粒pEGFP-BMI-1为阳性模板,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果 该法检测的线性范围为6.4×101～6.4×107拷贝,相关系数r为-1.00,6.4×103拷贝/反应的标本批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.6%和2.8%.熔解曲线分析显示单一的峰,Tm为(80.40±0.18)℃.结论 SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测BMI-1 mRNA是快速有效、灵敏度高、特异性好的方法,可为BMI-Ⅰ的进一步研究奠定基础.     

总结本地区7个月甲型H1N1流感病毒传播的特点

目的检测7个月疑是甲型H1N1流感病毒特异片断,分析本地区H1N1流感病毒的流行病学特点。方法采用实时荧光定量（Real Time RT-PCR）法,对2039例可疑病例的咽拭子、鼻拭子进行检测。结果检测出甲流患者791例,检出率为38.79%（791/2039）;甲流H1N1157例,检出率为7.7%（157/2039）,各月检出率均有不同。结论本地区甲型流感是在8月开始多发,以普通甲流感染为主,甲型H1N1流感混在其中,本地区的传播高峰是在10月。     

猪逆转录病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立及应用北大核心CSCD

目的开发一种能够准确、灵敏、特异检测猪逆转录病毒(PERV)的荧光定量PCR方法。方法根据GenBank数据库中PERV Gag基因的高度保守序列,设计1对特异性引物,建立用于检测PERV的SYBR GreenⅠqPCR检测方法,并验证其灵敏性、重复性和特异性。结果建立的标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数R^(2)=0.998。该方法检测PERV下限为2.04×10^(2)copies/μl,批内批间变异程度较低,变异系数小于2%,且与PCV2、PRRSV、PEDV、TGEV和SVA等均无交叉反应。利用该qPCR方法对采集的49份猪组织样品进行检测,阳性率为81.63%,高于普通PCR阳性检出率的73.47%。结论建立的快速、定量检测PERV的SYBR Green I qPCR方法敏感、特异,具有一定的应用前景。     

人类SUZ12基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的:建立SYBR Green I实时荧光PCR定量检测人类SUZ12基因的方法.方法:将SUZ12 RT-PCR扩增片段克隆入载体pGEM-T后,经测序鉴定正确后,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR检测SUZ12,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果:该法检测的最低拷贝数为14.2,线性范围为1.42×10~1-1.42×10~8拷贝,相关系数r为-1.00,1.42×10~7拷贝/L标本的批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.8%和2.8%.熔解曲线分析显示单一的峰,熔解温度(melting temperature,Tm)为(81.37±0.16)℃.结论:实时荧光定量PCR方法检测SUZ12基因,快速有效、灵敏度高、特异性好.     

实时荧光定量PCR检测人类EZH2基因方法的建立

目的:建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人类EZH2基因的方法.方法:将EZH2 RT-PCR扩增片段克隆入载体pGEM-T后,经测序鉴定正确后,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测EZH2,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果:该法检测的最低拷贝数为10,线性范围为101～108拷贝,相关系数r为-1.00,104copies/μl标本的批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.0%和2.7%.熔解曲线分析显示单一的峰,熔解温度(Tm)为(83.42±0.13)℃.结论:实时荧光定量PCR方法检测EZH2基因,具有高敏感性、高特异性和高精确性等优点,可作为进一步研究EZH2的方法.     

SYBR Green荧光PCR检测美洲钩虫方法的建立

目的建立荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法。方法提取虫体基因组DNA、根据GenBank中美洲钩虫ITS 2序列设计特异引物,PCR扩增ITS 2序列、克隆、测序和比对。常规PCR检验引物特异性。将ITS 2序列扩增产物回收、纯化后经T克隆转入大肠埃希菌DH5α,提取重组质粒,鉴定后作为标准品模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做灵敏性和重复性试验。结果构建的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶解曲线的吸收峰单一,实验重复性良好。结论成功构建了SYBR Green I荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法,可用于快速、准确、定量检测美洲钩虫。     

猪嵴病毒 SYBRⅠ实时荧光定量PCR方法的建立

本研究根据GenBank中登录猪嵴病毒（porcine kobuvirus,PKV）株的3D蛋白序列基因特征,设计特异性引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PKV的实时荧光定量RT-PCR方法。该方法检测PKV 3D蛋白在6.42×102 ~ 6.42×108拷贝/反应范围内有很好的线性关系,其扩增相关系数为0.999,扩增效率为100%,扩增产物的融解曲线分析只出现1个单特异峰,融解温度为（84.94±0.24）℃,对传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪圆环病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒均检测不到荧光信号,特异性强。所建立实时荧光定量RT-PCR方法组内变异系数为0.26%~1.14%,组间变异系数0.63%~1.79%,重复性好。本方法的建立为PKV的早期诊断及定量分析PKV感染程度和靶器官提供新的检测方法。     

甲型H1N1与季节性H1N1流感病毒血凝素基因比较分析

目的分析泰安市2008～2009年度季节性流感与2009年度甲型H1N1流感病原学检测结果 ,比较季节性H1N1与甲型H1N1血凝素基因变异情况。方法选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过RealtimePCR进行病毒检测,用MDCK细胞进行病毒分离,通过RT-PCR扩增血凝素HA1片段的基因并测序,利用生物信息学进行序列分析。结果 2008～2009年共检测鼻咽拭子标本283份,分离出流感病毒33株,分离阳性率为11.67%,其中季节性H1N1亚型31株。2009年5月1日～12月31日,检测鼻咽拭子标本996份,流感核酸检测阳性417份,阳性率为41.86%,其中甲型H1N1337份,季节性H1N1亚型1份。6株季节性H1N1病毒均在多个氨基酸位点上发生变异,与疫苗株A/Brisbane/59/2007(H1N1)比较,有11个位点发生了突变,其中5个位点位于抗原决定簇上;测序成功的6株甲型H1N1病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区。结论 2008～2009年度季节性H1N1为优势株,甲流暴发后,甲型H1N1成为绝对优势毒株。季节性H1N1分离株有多处氨基酸替换,抗原决定簇B区变异频繁;甲型H1N1病毒分离株的基因有变异,但关键位点第222位仍为D(天冬氨酸),与疫苗株相比抗原决定簇的关键位点变化不大。     

不同引物检测甲型H1N1流感病毒的比较研究

目的筛选灵敏、特异的甲型H1N1流感病毒核酸检测方法。方法采用国家流感中心推荐的甲型流感病毒(H1N1)核酸引物和1对自行设计的引物,同时选择市售荧光定量PCR试剂盒,分别对不同浓度的流感病毒进行RT-PCR或荧光定量PCR扩增,比较其检测的灵敏度和特异性。结果荧光定量PCR检测H1N1病毒核酸的灵敏度为10-5(病毒稀释度),高于普通RT-PCR的灵敏度10-3~10-4;RT-PCR扩增甲型流感病毒(H1N1)核酸时,自行设计引物的灵敏度为10-4,高于中国CDC推荐引物的灵敏度10-3。2种引物的特异性一致。结论对于甲型(H1N1)流感病毒疑似样品的检测,荧光定量PCR是较灵敏的方法,但从成本和灵敏度两方面考虑,自行设计的引物更适合基层疾控机构采用。     

新甲型H1N1流感病毒与流感大流行防治研究进展

由于甲型流感病毒基因高度变异的特点,导致其对不同种属宿主亲和力、毒力、免疫原性、抗药性不断发生变化,全球新型流感大流行的风险时刻存在.因此,应加强流感特别是重症流感发病机制和有效干预措施研究,从疫苗研制、开发新型抗病毒药、加强综合治疗,特别是调节宿主免疫反应等多个方面着手,为应对可能爆发的流感大流行提供对策.     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测BMI-1 mRNA方法的建立

目的 建立SYBR Green I实时荧光PCR定量检测人类BMI-1 mRNA的方法。方法 以含有目的基因BMI-1 cDNA的质粒pEGFP-BMI-1为阳性模板,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR检测BMI-1,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性。结果 该法检测的线性范围为6.4×10^1～6.4×10^7拷贝,相关系数r为-1.00,6.4×10^3拷贝/反应的标本批内变异系数（CV）和日间CV分别为1.6%和2.8%。熔解曲线分析显示单一的峰,Tm为（80.40±0.18）℃。结论 SYBR Green I实时荧光PCR定量检测BMI-1 mRNA是快速有效、灵敏度高、特异性好的方法,可为BMI-1的进一步研究奠定基础。     

甲型H1N1流感病毒基因特征及耐药性研究

目的研究甲型H1N1流感病毒的基因特征和变化规律,为流感疫苗评价提供依据。方法选取2009年6月-2013年4月本院分离出的15株甲型H1N1病毒分离株,提取病毒RNA进行反转录。采用PCR方法扩增15株甲型H1N1流感病毒HA和NA全基因并进行测序分析。利用软件Bioedit和MEGA软件对序列进行拼接,绘制种系发生树,采用邻位相临法构建进化树。结果 15株甲型H1N1流感病毒均为低致病性病毒,对神经氨酸酶抑制剂敏感,对金刚烷胺类呈耐药性。实验毒株HA基因序列与国内和国外毒株同源性为99.1%~99.7%。该地区流感毒株抗原变异程度较大,其中毒株HA发生14个氨基酸点位改变,分别为:A215E,D127E,E235K,E374K,G170E,H138R,L161I,I321V,L191I,P83S,R45K,S185T,S203T和V234I。其中第83位和第321位与国内代表株相同,但是与国外代表株不同。NA发生15个氨基酸点位改变,分别为A20V,N44S,V83M,V106I,E128G,H144Y,I188T,V241I,S247N,N248D,S334N,N369K,N449K,D451G和G454S。其中所有毒株均发生V106I和S247N的变化。结论通过对HA和NA基因序列对比分析,该地区流感疫苗对当地居民有保护作用,但是毒株与疫苗株间发生相对抗原漂移,需要进一步观察毒株变异情况。     

2010年南充市区居民甲型H1N1流感病毒抗体水平检测

目的 了解南充居民甲型H1N1流感病毒抗体水平.方法 2010年分别于南充市2家三甲医院和中心血站及第三人民医院采集800份血清标本,血清标本经受体破坏酶(RDE)过夜处理,血凝(HA)法检测红细胞凝集抗原,血凝抑制实验方法检测新型甲型H1N1流感病毒抗体水平.结果 2010年800份南充市居民A/H1N1病毒抗体总阳性数124例,阳性率为15.5%;以6-17岁组和18-55岁组阳性率最高,分别为17.50%和15.63%;男女性别比为1.4:1.2家三甲医院阳性率分别为16.25%和18.33%,市中心血站及第三人民医院阳性率分别为13.13%和12.15%.结论 南充市区居民6-55岁是新型甲型H1N1流感病毒感染的高发人群,市内2家三甲医院总阳性率偏高.     

空肠弯曲菌实时荧光定量PCR检测方法的研究

目的建立一种快速廉价的检测空肠弯曲菌的实时荧光定量PCR方法。方法根据空肠弯曲菌flaA、gyrA基因设计引物,建立空肠弯曲菌实时荧光定量PCR检测方法。结果以flaA基因引物对空肠弯曲菌DNA进行实时荧光定量PCR,扩增曲线呈S形指数增长,大肠埃希菌等对照菌扩增阴性。方法的灵敏度为10CFU/ml菌悬液。结论建立的空肠弯曲菌荧光定量PCR检测方法具有快速、简便、准确等特点,具有一定的使用价值。     

犬库布病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用北大核心CSCD

目的建立可检测狐狸物种中犬库布病毒(CaKoV)的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法。方法利用PCR方法扩增狐狸CaKoV的3D基因504bp,将其克隆到pEASY-Blunt载体,构建重组质粒作为阳性质粒,以其为模板建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,验证其灵敏度、特异性和重复性。结果建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法检测目的基因在6.12×10^(1)~6.12×10^(8)拷贝/μl时呈良好的线性关系,相关系数为0.994,斜率为-4.369,灵敏度6.12×10^(1)拷贝/μl。该方法对于CPV、CDV和CCV未出现特异性扩增。所有标准曲线在溶解温度为86.49℃时出现单一的特异峰。使用本方法检测2021年辽宁、山东地区的253份狐狸临床标本,总阳性率为7.91%。结论建立的CaKoV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法敏感、特异,用于狐狸CaKoV感染的快速检测。     

基于SYBR Green检测微小隐孢子虫的实时荧光定量PCR方法的建立及应用

目的建立一种方便快捷的检测微小隐孢子虫的实时荧光定量PCR（Real-time PCR）方法。方法根据GenBank公布的微小隐孢子虫18s rRNA基因序列设计1对引物,通过质粒DNA和卵囊检测标准曲线的绘制及特异性和重复性的研究,建立检测微小隐孢子虫的基于SYBR Green的Real-time PCR方法,进而对奶牛粪便进行检测。结果建立的Real-time PCR法对检测微小隐孢子虫具有很高的特异性,质粒DNA和卵囊的检测阈值分别达到1个拷贝和10个卵囊,奶牛粪便阳性率为25.93%（21/81）,高于普通PCR检测率20.99%（17/80）。结论建立的Real-timePCR方法简便、快速,特异性强,敏感度高,可用于微小隐孢子虫的快速定量检测。     

重症甲型H1N1流感39例临床分析

新型甲型H1N1流感（简称甲型流感）为急性呼吸道传染病,其病原体是一种新型的甲型H1N1流感病毒,人类对该病毒缺乏免疫力,普遍易感,全球的发病人数及其危重症患者的病死率不断增加。现对我院治愈出院的39例感重症和危重症甲型流患者的临床特点进行回顾性分析。     

2010年秋季新疆甲型H1N1流感病毒抗体水平调查

目的了解2010年秋季新疆普通人群甲型H1N1流感病毒抗体水平。方法根据《全国部分省份甲型H1N1流感病毒感染状况抽样调查方案》,采用多阶段分层随机抽样方法抽取调查对象进行个案调查,同时采集调查对象5 ml血液进行甲型H1N1抗体检测。结果调查对象甲型H1N1抗体阳性率为24.4%(1 270/5 195),省会城市、中小城市及农村抗体阳性率分别为31.5%、24.1%和19.0%,各层间差异有统计学意义(χ2=69.54,P<0.01);0岁～组、6岁～组、16岁～组、25岁～组、60岁～组抗体阳性率分别为26.0%、33.3%、35.2%、18.8%和8.3%,不同年龄组间抗体阳性率差异有统计学意义(χ2=269.68,P<0.01)。结论新疆省会城市人群甲型H1N1流感病毒感染率高于中小城市,而中小城市高于农村;青少年感染率高于其他年龄组,60岁～年龄组人群感染率低于其他年龄组。     

甲型H1N1流感专题研究——甲型H1N1流感防控管理工作的研究

目的探索甲型H1N1流感及群体性突发公共卫生事件防控管理工作方法。方法对今年8月＂龙愿-2009两岸四地大学生创业文化交流营＂师生共198人甲型H1N1流感排查隔离管理工作进行总结。结果198人中患甲型H1N1流感15例,其中港澳台地区学生8例,内地学生7例,确诊病例转传染病专科医院治疗,密切接触者通过医疗卫生单位介入采取有效隔离观察措施后,发病人数无继续增加,所有人员按时解除隔离。结论甲型H1N1流感防控工作的重点在于对密切接触者采取有效隔离观察措施。     

交叉引物恒温扩增法检测甲型H1N1流感病毒及临床应用

目的建立交叉引物恒温扩增(Cross Priming Amplification,CPA)技术对甲型H1N1流感病毒进行检测的方法,并对该方法通过临床标本进行评价。方法根据甲型H1N1流感病毒的保守序列设计特异性引物,并在同一温度下实现RNA的逆转录和DNA扩增,该扩增产物可通过全封闭式核酸检测装置进行检测。14份健康人咽拭子标本、7个其他呼吸道病毒和6个虫媒病毒株被用来检测CPA反应的特异性;已知病毒滴度的甲型H1N1毒株进行对照梯度稀释,以测试CPA的敏感性;102份甲型H1N1临床咽拭子标本为检测对象,评估其临床的检测的可行性。结果 CPA反应未出现对健康样本以及其他病毒产生交叉反应;对已知滴度的病毒进行梯度稀释检测,证明CPA的敏感性为10拷贝/μL。对甲型H1N1流感临床病例发病1~3d临床标本新建检测方法的检出率为100%,4~6d临床标本检出率为79.31%,≥7d临床标本检出率为9.09%。讨论CPA具有较高的敏感性、特异性,对设备要求低,适合基层医疗单位对甲型H1N1流感发病早期诊断使用。