出入境人群HIV-1型env C2-V3区段基因序列分析和亚型研究

目的 了解出入境人群艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)感染者毒株基因亚型分布及流行特征.方法 收集2001年以来上海口岸HIV抗体检测确认阳性的血样标本,提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应进行体外扩增,获得包膜蛋白区基因(env)的核酸片段,测定其序列和进行亚型分析.结果 获得20例标本的亚型分析结果,共检出8个亚型,包括B亚型7例,CRF02-AG 3例,C亚型3例,CRF01-AE 2例,A亚型2例,B、CRF07-BC和CRF08-BC亚型各1例.上海口岸HIV-1毒株亚型分布于11个国家和地区,主要流行B亚型.结论 上海口岸流行的HIV-1毒株复杂多样,出入境人员是我国HIV毒株输入的主要渠道,流行毒株以性接触传播为主.     

浙江省2003-2005年HIV-1感染者分子流行病学研究

目的掌握浙江省2003-2005年新发现感染者艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)毒株基因亚型分布和变异情况。方法对2003-2005年浙江省境内检测新发现的HIV-1感染者进行一般流行病学调查并采集血样,提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应对gag基因区进行扩增并测定其序列。结果采集143份血样,112份扩增阳性,检出CRF01-AE亚型43例,CRF07-BC 37例,CRF08-BC 11例,B亚型20例,CRF02-AG 1例。CRF01-AE分布在11个市中的9个市,主要存在于异性性途径感染者中(53.5%),并已成为外省籍注射吸毒感染者的主要构成(44.8%)。CRF01-AE和CRF07-BC的亚型组内平均离散率在静脉吸毒感染者和性传播感染者中比较,差异有统计学意义。结论浙江省2003-2005年新检出感染者HIV-1毒株呈现多重组型别特征,CRF01-AE成为分布最广的类别,呈现扩大流行的趋势。HIV-1在性乱人群之间的传播要比在注射吸毒人群复杂,变异更大。     

广西凭祥市和宾阳县HIV-1流行毒株gag基因的序列测定和亚型分析

目的了解广西壮族自治区凭祥市和宾阳县吸毒人群中流行的艾滋病病毒1型(HIV-1)毒株的亚型及各种亚型的分布特点。方法对HIV-1阳性的10例吸毒人员和1例受血者进行流行病学调查,采集外周静脉抗凝血,提取前病毒DNA进行体外扩增,并对获得的gag区基因的核酸片段进行测序和分析。结果宾阳县的6份样品为CRF08-BC重组株,凭祥市的4份样品均为CRF01-AF重组株,一份输血引起的样品为B’亚型。结论在凭祥市和宾阳县吸毒人群中流行的是不同的HIV-1重组株,而且在同一地区的亚型之间进化比较接近。以上资料表明,CRF08-BC和CRF01-AE在这两地区的静脉吸毒者中成为主要的流行株。     

福建省HIV-1新型独特重组毒株的鉴定分析

目的了解福建省1型艾滋病病毒(HIV-1)新型重组毒株的出现和传播情况,为艾滋病防治提供有针对性的科学依据。方法对2015年福建省HIV-1分子流行病学调查发现的未明确分型样本进行流行病学特征分析,分三段nested-聚合酶链反应扩增,获得HIV-1近全长基因片段序列。利用MEGA构建系统进化树,Simplot进行重组断点分析,最后通过Recombinant Drawing工具绘制重组镶嵌模式图。结果福建省56份未明确分型样本主要来自沿海经济较发达地区,且集中在文化程度较低的青壮年男性人群,主要以性传播为主。亚型分析显示,其中38份为CRF01-AE/CRF07-BC混合亚型,9份为01B/01-AE/07-BC混合亚型,9份为CRF55-01B/CRF07-BC混合亚型。对3株HIV-1近全长基因序列进行重组分析显示:XM03025是以CRF07-BC为骨架,在1916-2186bp、2786-5526bp、8726-8776bp、9216-9366bp处分别插入4个CRF01-AE的片段;XM03050是以CRF07-BC为骨架,在4916-6256bp处插入1个CRF01-AE片段;而XM06004是以CRF01-AE为骨架,在6490-6680bp、6920-8290bp、8950-9190bp处分别插入3个CRF07-BC片段。经鉴定该三株为新的独特重组型毒株。结论福建省已出现新的独特型重组毒株,并有可能在局部传播流行;应密切监测其流行趋势变化,并积极采取精准干预加以防控。     

运用系统进化分析技术研究全国献血人群HIV感染特征

目的了解献血人群中艾滋病病毒(HIV)感染者的病毒亚型分布及流行毒株特征,为无偿献血者的招募、健康征询提供科学数据。方法对来自全国13个省市献血人群中的HIV阳性样本进行分子流行病学调查。对pol区基因进行扩增和测序。基于系统进化分析技术构建贝叶斯(BI)和最大似然(ML)系统树,确定毒株亚型,并针对亚型地理分布进行统计分析。结果来自全国13个省市的115例HIV阳性献血者标本中,成功扩增并获得pol区基因序列89例,发现HIV-1基因亚型9种,其中,亚型CRF01_AE和CRF07_BC所占比例最高,分别占46.1%(41/89)和37.1%(33/89);亚型CRF08_BC、B分别占2.2%(2/89)、5.6%(5/89);其他亚型CRF65_CPX、CRF55_01B、CRF59_01B、CRF68_01B、CRF62_BC各占1.1%(1/89)。系统进化进一步分析显示,所占比例最高的是CRF01_AE中的Cluster 4和Cluster 5亚簇以及CRF07_BC中的msm亚簇,所占比例分别达到23.6%(21/89)、21.3%(19/89)和33.7%(30/89),这3个均是全国男男性行为者(MSM)传播途径中的主要流行亚簇。结论全国献血途径检测出的HIV-1基因型呈现复杂的多样性特征,尤其在MSM传播HIV感染者中占绝对优势毒株的CRF01_AE(C4和C5簇)和CRF07_BC-msm簇也是本次在献血人群中发现的主要流行毒株。     

福建省HIV-1流行毒株基因分型与流行特征分析

目的了解HIV-I流行株在福建省感染人群中的基因亚型分布及流行特征。方法随机抽取福建省2003-2005年发现的70例HIV感染者血样，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得核心蛋白（gag）、包膜蛋白（env）及pol区基因的核酸片段，并对各基因区核苷酸序列进行测定和序列分析。结果选取46份流行病学资料以及不同基因区域序列资料完整的样本进入亚型分析，结果显示目标人群中存在B、C2种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AE3种流行重组型，以及国内未见报道的B／F重组毒株、A1／D重组毒株等，其中以CRF01-AE重组毒株为主，占69．56％。基因亚型的流行特征分析显示，本省感染的HIV患者中以CRF01-AE重组型占多数，可能的新型重组型全部分布于境外感染者中；在性接触传播的感染者（71．74％）中呈现多种亚型分布的特征；随着时间变化福建省HIV感染者的亚型分布发生变化。结论福建省HIV-I亚型分布众多，各亚型在不同感染地分布不平衡，性乱人群中的亚型分布较为复杂，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在我省有流行加快的趋势。     

浦东新区MSM HIV-1分子流行病学的研究

目的了解上海市浦东新区近年来男男性行为人群(MSM)中,未经抗病毒治疗的艾滋病病毒1型(HIV-1)抗体阳性者,其HIV-1亚型分布和原发性耐药特征,监测该地区MSM HIV-1毒株的最新流行情况,为当前该区制定艾滋病防治策略提供科学依据。方法选取2011年至2014年4月份期间确认的MSM HIV-1感染者血浆标本70份,应用巢式反转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增pol基因,并对扩增产物进行测序,用Mega 6.0软件将测序结果与各亚型国际参考株比对,根据系统进化树分析确定基因亚型及其特征以及耐药情况。结果获62份pol区基因全序列片段,得到CRF01-AE、CRF07_BC、01B(CRF01_AE与B重组亚型)和B四种亚型。分布显示:CRF01-AE占58.06%(36/62),CRF07_BC占30.65%(19/62),01B占6.45%(4/62),B占4.84%(3/62)。离散率显示:CRF01-AE亚型的平均离散率为(2.1±0.2)%(n=36),CRF07-BC亚型的平均离散率也为(2.1±0.2)%(n=19),B亚型的平均离散率为(5.7±0.6)%(n=3),01B重组亚型的平均离散率为(6.3±.0.6)%(n=4)。耐药特征:62例中有7例分别产生了对核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)、非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)及蛋白酶类抑制剂(PIs)的耐药突变,其中2例产生了低度耐药,4例具有潜在的耐药特点。结论上海市浦东新区2011年至2014年4月间,MSM新确证HIV-1感染者中,基因亚型呈多元化趋势,以CRF01-AE和CRF07-BC为主,并已形成了浦东新区范围内的局部流行趋势,新的01B重组毒株已在浦东新区开始出现;HIV-1原发耐药株的传播尚处于低度流行水平,密切监视其流行趋势已显十分必要。     

凉山州2009年HIV-1主要流行区分子流行病学调查

目的了解凉山州艾滋病病毒I型(HIV-1)流行毒株的亚型、传播途径和病毒在人群中的分布。方法运用反转录巢式聚合酶链反应(PCR)的方法,扩增2009年凉山州266份血浆样本中HIV的gag基因片段。对获得的核酸序列进行系统进化分析。结果凉山HIV-1的流行毒株为CRF07_BC和CRF08_BC毒株,其中CRF07_BC比例为98.3%,为最主要的流行毒株。266份HIV-1阳性样本中,静脉注射吸毒感染者的比例为63.5%,其次为异性性接触感染者,比例为14.3%。结论凉山HIV-1感染者最主要的感染途径是静脉注射吸毒,最主要的流行毒株是CRF07_BC毒株,具有共同的病毒来源。     

湖北地区人类免疫缺陷病毒-1主要流行株外膜蛋白基因V3-V4区序列变异分析

目的 分析湖北地区HIV-1主要流行株外膜蛋白V3-V4区序列特征,了解其流行特点和变异规律.方法 对湖北地区HIV-1主要流行区域进行流行病学调查,应用套式PCR对102例HIv-1感染者的env基因V3-V4区进行扩增,对阳性扩增样本进行基因测序和序列分析.比较基因距离的差异用卡方检验;基因距离的变异性分析使用描述性分析法.结果 湖北地区共发现4种HIV亚型和重组亚型,其中B'亚型占82.69%,B'/C重组毒株、CRF01_AE重组毒株各占7.69%,C亚型占1.92%.湖北地区HIV-1B'亚型与来源于云南和河南等地的HIV-1B'亚型代表株之间的基因距离分别为7.08±2.19和7.88±2.28.其流行时间约为10年;氨基酸序列变异分析显示,HIV-1B'亚型毒株env基因V3、C3、V4区域均发生不同程度变异,其中以V4区的变异程度最大,V3环顶端四肽表现为GPGR、GPGK、GPGQ和GQGR,分别占46.5%、30.2%、13.6%和9.3%;V3环辅助受体预测显示,其中16.28%为CCR5型,13.95%为CXCR4型,69.77%无法预测;糖基化位点分析显示.湖北地区HIV-1主要流行株env V3-V4区9个糖基化位点有8个存在不同程度丢失.结论 B'亚型仍是湖北地区HIV优势流行株,与来源于云南和河南等地的毒株有较高同源性.     

昆明市2006年注射吸毒者中HIV-1基因亚型分析

目的研究分析昆明市2006年注射吸毒者中艾滋病病毒-1型（HIV-1）的基因亚型流行情况,为更清楚地掌握昆明市HIV流行模式,制订抗病毒治疗方案和疫苗研发提供参考数据。方法采用“一对一”的问卷调查,收集基本人口学特征及HIV感染危险行为信息,采集血样,利用套式聚合酶链反应（Nested—PCR）对HIV前病毒的gag基因进行扩增,对扩增产物进行纯化、测序,通过构建系统进化树和在线比对来判定序列所属基因亚型。结果62名研究对象所感染HIV—lgag基因被成功扩增、测序、判定基因亚型。其中1人所感染的HIV-1为CRF01-AE重组型,其余均为CRF07BC重组型或CRF08-BC重组型。12名对象除注射海洛因外,还发生过商业性行为,感染CRF01-AE的对象就是发生过商业性行为的注射吸毒者。结论2006年发现的HIV-1阳性注射吸毒者中,CRF07-BC、CRF08-BC重组型毒株占据了绝对优势,同时存在CRF01-AE的流行。     

MSM人群急性HIV-1感染者病毒亚型分析

目的研究2007-2009年男男性行为人群（MSM）艾滋病病毒-1型（HIV-1）的基因亚型,以监测MSM人群HIV病毒株的最新流行情况。方法采集95例MSM急性HIV-1感染者的外周全血,从外周全血浓缩白细胞中提取脱氧核糖核酸（DNA）,用巢式聚合酶链反应（Nested-PCR）对HIV-1的前病毒DNA进行扩增,然后检测并分析PCR扩增产物的核苷酸序列,确定病毒的基因亚型。结果 95例感染者平均年龄为（35.02±9.15）岁,其中20～50岁的青壮年45例（94.74%）,未婚51例（53.68%）,大专或大学及以上文化程度者30例（占31.58%）。感染者中共发现CRF01_AE亚型、B亚型、BC重组亚型（包括CRF07_BC和CRF08_BC）及C亚型4种亚型。其中CRF01_AE重组亚型56例（占58.95%）,B亚型28例（占29.47%）,BC重组亚型10例（占10.53%）,C亚型1例（1.05%）。结论 MSM人群急性HIV-1感染者年轻化,文化程度普遍偏低。小样本流行病学调查显示,急性HIV-1感染者中有CRF01_AE亚型、B亚型、BC重组亚型及C亚型4种亚型病毒株流行,CRF01_AE亚型为MSM人群的主要亚型。     

武汉市HIV-1相关基因序列分析及亚型分布

目的研究武汉市HIV感染人群中的HIV毒株的亚型分布特点和流行规律。方法采集武汉市60名已被确认为HIV-1感染者的抗凝全血样品,提取前病毒DNA,用巢式聚合酶链反应方法（nested-PCR）扩增病毒膜蛋白env基因的C2-V5区及gag基因的部分区段,对PCR纯化产物直接测序,并应用GCG软件对序列进行分析。结果通过PCR扩增得到60份样品的结果,其中env基因序列45份、gag基因序列52份。依据env和gag区基因序列,与HIV-1各个亚型国际参考株比较,通过系统进化分析,最后确定武汉市样品分属5个亚型,分别为HIV-1B亚型中的泰国B（B’）亚型32份,流行重组型CRF07-BC12份,流行重组型CRF01-AE9份,A亚型1份和C亚型6份。结论武汉市存在多种HIV-1亚型,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略。     

四川省≥50岁HIV-1感染者的分子流行病学调查

目的了解四川省≥50岁艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)感染者的流行毒株亚型、人群和地域分布及原发性耐药情况。方法通过抽样调查的方法,在成都、泸州、达州、内江、广元5个市州采集2017年3—5月新报告、未经抗病毒治疗的≥50岁HIV-1感染者的血样235份,扩增HIV-1 pol基因区,对获得的190份核酸序列进行系统进化分析分型。比较不同亚型毒株感染者的人口学特征和地域分布特征。序列提交斯坦福大学HIV耐药数据库进行耐药位点分析。结果四川省≥50岁HIV-1感染者的流行毒株亚型为CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B亚型和CRF85_BC。毒株分布显示出明显的地域特征。男性感染者的毒株亚型在非婚非商业和非婚商业两种不同感染途径中的分布差异有统计学意义(χ~2=12.519,P=0.028)。190例中,原发性耐药突变率为5.8%;泸州地区的原发性耐药比例最高,为9.7%。尚未发现具有双重耐药或多重原发性耐药突变的患者。结论四川省≥50岁年龄组感染的HIV-1主要毒株有独特的流行态势,应加强对HIV毒株的监测,掌握主要流行亚型和耐药毒株的流行特点和规律,针对性地进行艾滋病防治。     

出入境人群HIVenv基因部分序列特征和亚型研究

目的 对出入境人员中的艾滋病病毒(HIV)感染者进行病毒基因型测定，监测国内外流行的HIV毒株的状况及其变化。方法 用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)或直接套式PCR方法扩增HIVenv基因C2-V3区及其邻近的基因片段，然后直接进行核苷酸序列测定，与国际标准亚型序列比较，确定基因型并进行系统分析。结果 2003年确认的19例HIV阳性样品中，15例扩增出目的基因片段并进行了序列测定，确定为B亚型4例，B’亚型2例，D亚型2例，CRF01-AE重组亚型1例，CRF02-AG重组亚型6例。这些不同亚型的HIV-1感染者来自包括中国在内的6个国家。HIV-1基因型的分布与我国国内有很大不同。结论 出入境人群中HIV-1基因型种类多且复杂，监测出入境人群HIV基因型及其变化对于发现和鉴定新型变异毒株十分重要。     

库车县维吾尔族人群HIV感染者中HCV合并感染及其基因亚型判定

目的了解新疆库车县维吾尔族人群HIV-1和HCV流行株的亚型分布情况。方法检测库车县70份HIV-1抗体阳性的血浆标本的HCV抗体,并抽提血浆病毒RNA,反转录后扩增HIV-1 gag基因和构建进化树并分别与HIV-1和HCV国际标准株比较,确定被检标本的基因分型。结果 70例HIV-1感染者中,检出HCV抗体阳性67例、占95.7%;从异性性接触者中检出HCV抗体阳性15例、占21.4%,从静脉注射吸毒者中检出HCV抗体阳性55例、占78.6%;67例成功扩增HIV-1 gag基因序列,均为CRF 07_BC亚型;67例成功扩增HCV 5'UTR基因片段,分为4个亚型,以1b型为主占36.8%。结论新疆库车县HIV-1感染者特别是静脉注射吸毒者中HCV合并感染率较高,HIV-1以CRF 07_BC亚型为主要流行毒株,HCV则以1b和3a亚型为主要流行毒株。     

四川省77名男男性行为人群HIV-1分子流行病学研究

目的了解四川省男男性行为人群(MSM)中感染艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)各亚型的流行情况,探索HIV-1感染规律。方法采集近年来MSM人群中HIV感染者的样本,进行核酸提取、聚合酶链反应(PCR)及基因测序,对所得结果进行pol基因初步鉴定,同时用软件MEGA 4.1进行系统发生分析。结果在HIV感染者较多的成都、绵阳和达州三个地区采集的234份样本中,基因测序成功77份,其中CRF07_BC、CRF01_AE和B亚型分别为42份、24份和11份,各组群内基因离散率分别为(1.56%±1.10%)、(2.56%±0.82%)和(5.63%±2.02%)。结论各亚型组群内的部分感染者来自该亚型同一种毒株感染,CRF07_BC、CRF01_AE和B亚型毒株是当前四川省MSM人群HIV-1的主要流行毒株。     

重庆市HIV-1样本的亚型分析及G亚型HIV-1毒株在我国的发现

目的 分析重庆市高危人群中HIV-1亚型的流行情况。方法 对采自重庆市经性传播和静脉吸毒途径感染的3份HIV-1阳性外周血分离PBMC,扩增env基因C_2-V_3区核酸片段,并进行核苷酸序列分析。结果 在其中一孕妇体内发现一株G亚型HIV-1毒株序列的存在,这是G亚型HIV-1毒株首次在中国被发现,同时有母婴传播的可能;另外两例被证明为E亚型和C亚型HIV-1毒株。结论 这表明HIV在重庆市高危人群中已有流行并且流行情况复杂。     

江西省HIV-1基因序列流行特征分析

目的对江西省艾滋病病毒1型(HIV1)感染者进行基因亚型分析,了解HIV1的流行情况、亚型种类、毒株来源及其变异特征等,为政府部门预防控制决策提供技术资料。方法传统流行病学与分子流行病学相结合,对江西省27例HIV1感染者进行流行病学相关因素分析和基因序列、系统进化树分析。结果江西省HIV1感染人群中流行的毒株主要为HIV1CRF01AE,占6897%(20/29),其次为泰国B(B’)、CRF07BC、C三种亚型。序列分析表明,20份样品与泰国代表株相近,与CRF01AETH90CM240平均基因距离为947±271;3份样品与我国BC重组代表株相近,与BC重组代表株(CRF07BCCN97C54A)平均基因距离为566±241;3份样品与BCNRL42相近,与代表株BCNRL42平均基因距离为502±103;1份样品与印度代表株(CIN95IN21068)相近,基因距离为1299。而与已知的其它亚型国际参考株间的平均基因距离都在20%以上。系统进化树分析表明,27份样品与其相应的亚型共享序列聚集在一起,并远离其它国际参考株。吸毒人群中几乎全为HIV1CRF01AE,组内基因距离293±140(n=13),经性传播的四种亚型均有。结论目前江西省HIV1感染者中流行毒株为CRF01AE、CRF07BC、泰国B(B′)、C四种亚型,以CRF01AE为主。CRF01AE主要在吸毒人群中传播,局部爆发或流行时间大约有2年半左右,江西省HIV流行已     

四川省2014年HIV-1分子流行病学调查北大核心

目的了解四川省艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)流行毒株的亚型、人群和地域分布。方法通过抽样调查的方法,采集2014年7-9月新报告的、未经抗病毒治疗的HIV-1感染者的血样400份,采用巢式聚合酶链反应(Nested PCR)扩增HIV-1 pol和gag基因区,对获得的核酸序列进行系统进化分析。比较不同亚型毒株感染者首次随访的CD4^+T淋巴细胞(简称CD4细胞)水平。结果四川省HIV-1流行毒株的亚型有:CRF07_BC(58.22%)、CRF01_AE(29.50%)、CRF08_BC(4.96%)、CRF85_BC(3.39%)、B(2.09%)、C(0.78%)、CRF02_AG(0.52%),以及CRF07_BC/CRF01_AE重组型(0.52%)。毒株分布显示出明显的地域特征。CRF01_AE感染者的基线CD4细胞水平更低。结论以C亚型为骨架的BC重组亚型,在四川省表现出明显的流行优势。提示应结合流行毒株有针对性地提供艾滋病防治工作建议。