基于元数据的异构蛋白质-蛋白质相互作用数据库整合

研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解生命活动的基础。在蛋白质-蛋白质相互作用的研究过程中,产生了大量来源于实验和预测的数据。这些数据存储于彼此异构的数据库中。对上述异构数据库进行数据整合是实现共享和最大限度利用已有蛋白质-蛋白质相互作用数据必须解决的关键问题。据此问题提出了基于元数据理论和查询转换方法的异构数据库整合方案,并构建了一个基于网络的蛋白质-蛋白质相互作用相关异构数据库的整合平台,成功实现了对9个蛋白质-蛋白质相互作用数据库的整合。     

医学情报信息跨平台数据整合的应用研究

本文结合国内外医学专题数据库的实际情况,面对目前网络信息量异常庞大,信息检索中遇到的困难,分析了在异构数据库和不同的操作平台环境中,专题数据库整合问题,提出了应用数据融合技术、数据仓库技术等,实现医学情报检索精、准、快、全。重点论述了医学专题数据库整合的建设思路和实现跨库检索的方法。     

面向精准医学的生物医学本体资源存储和应用平台

在过去10余年中,本体广泛应用于生物医学数据分析、检索、整合和再利用中。本体作为一种特殊类型的数据资源,数据量也在迅速增加。为了促进精准医疗领域数据集的整合,并为国内用户提供本体数据资源服务,构建MedPortal本体资源存储和应用平台。通过复用NCBO BioPortal技术,搭建MedPotal软件框架。遴选精准医学相关本体,建立本体资源库。对原框架中的代码和本体处理工具进行修正和完善,使之能够在本体稳定运行的基础上满足大批量数据的自动化处理。目前,该平台已整合42个生物医学本体,建立了本体之间术语映射关系,通过页面和REST API方式,提供术语检索、本体映射、数据标准化注释等本体应用服务(http://medportal.bmicc.cn)。MedPortal本体平台将为生物医学数据整合提供帮助。     

MedPortal:面向精准医学的生物医学本体资源存储和应用平台

在过去10余年中,本体广泛应用于生物医学数据分析、检索、整合和再利用中。本体作为一种特殊类型的数据资源,数据量也在迅速增加。为了促进精准医疗领域数据集的整合,并为国内用户提供本体数据资源服务,构建MedPortal本体资源存储和应用平台。通过复用NCBO BioPortal技术,搭建MedPotal软件框架。遴选精准医学相关本体,建立本体资源库。对原框架中的代码和本体处理工具进行修正和完善,使之能够在本体稳定运行的基础上满足大批量数据的自动化处理。目前,该平台已整合42个生物医学本体,建立了本体之间术语映射关系,通过页面和REST API方式,提供术语检索、本体映射、数据标准化注释等本体应用服务(http://medportal.bmicc.cn)。MedPortal本体平台将为生物医学数据整合提供帮助。     

面向知识管理的临床路径区域医疗信息共享模型框架

临床路径对医院医疗质量管理和成本控制具有重要作用.临床路径管理只有与临床知识库支持系统结合,才能真正辅助医生进行临床医疗处理,成为临床科室医疗质量管理的辅助工具.本文提出了不同医疗机构异构信息系统共享临床路径知识库的架构模型,并建立了通用的参考模型框架.该模型基于通用的临床路径参考信息模型,具有开放式架构、可扩展能力强、适应面宽等特点,对区域医疗信息系统建设中临床路径软件信息共享有一定的参考价值.     

基于网格平台的肿瘤数据互联系统设计

为了满足海量的异构肿瘤临床数据处理和肿瘤疾病的多中心协作诊疗需求,利用网格平台建立肿瘤数据互联系统(TDIS),实现虚拟化的肿瘤诊断服务平台,实时共享并规范化管理肿瘤信息。该系统采用Globus Toolkit4.0开发工具搭建开放式网格服务框架,基于Web服务资源框架(WSRF)封装数据资源,利用中间件技术为异构数据交互提供统一的访问接口,以虚拟化服务优化互联交互过程并灵活查询、调用肿瘤信息资源。针对海量异构肿瘤数据,采用联邦存储及多种授权模式的安全服务机制,实时监测及平衡负载。该系统可协同管理多中心的异构肿瘤数据,实现肿瘤患者数据的查询、共享及分析,对比匹配典型病例库或各服务节点的病例信息库资源,协助医生查阅相似病例资料并制定综合的肿瘤治疗方案,有效地提高肿瘤诊治效率,并促进肿瘤协同诊疗模式的发展。     

基于服务网格的医疗信息系统的研究

网格是集成和并行的计算与资源环境,核心是在异构和分布式的网络环境中实现资源共享。网格医疗信息系统的核心是医疗资源的共享和服务系统的建立。文中提出了基于服务网格的医疗信息系统体系结构,并对网格开发工具及其相关技术进行研究,给出了基于网格技术的医疗信息系统的应用实例。     

基于电子病历的医院信息平台的关键技术

目的：医院信息平台包括管理信息系统和临床信息系统,电子病历系统处于整个系统的中心位置,要以电子病历为核心构建基于电子病历的医院信息平台。方法：1、构建以电子病历为核心的体系架构,该体系框架由门户、应用、服务、资源、交换、业务、基础设施、标准、安全体系和运维管理共九层组成。2、建立临床数据存储库CDR,CDR数据来源于医院信息平台的临床和管理信息系统,按规定格式进行存储和归档后,供信息系统用户调用。3、实现信息系统集成,SOA模式是面向服务架构的新型集成体系,通过企业服务总线（ESB）实现,它将软件的功能设计成一个个独立封装的服务,并通过信息交换协议进行发布,达到无界限的联通和软件复用。结果：基于电子病历的医院信息平台满足医院信息系统应用和基础设施整合的需求。CDR支持及时性的、操作性的、集成性的整体临床信息的应用,实现面向主题的、集成的、标准的、可变的、当前的细节数据集合。SOA模式可以通过企业服务总线（ESB）实现,ESB将集线器模式的星形结构扩展为总线结构,将总线上的各个服务按照用户需要的业务逻辑组装起来,使这些服务按照业务逻辑顺序执行,从而实现用户完整的业务功能。结论：基于电子病历的医院信息平台结构、CDR数据存储结构和采用ESB技术的SOA集成模式是构建新一代医院信息系统的关键技术。     

分子遗传学数据分析和处理平台的设计与实现

目的开发一个在高性能计算机的Linux环境下运行，基于B／S模式的分子遗传学数据分析与处理平台。方法以Apache HTrP服务器为平台的WEB服务器，采用Ped语言整合许多遗传学数据分析软件和工具包，针对不同的SNPs变异数据，以提示方式简化数据输入格式和参数设置，经平台处理的结果以表格、文本或图像格式输出。结果该平台实现了连锁不平衡的计算和绘制、挑选标签SNP和疾病对照设计或传递不平衡设计的关联分析，以及对一些群体遗传数据的估计等功能，操作简单，数据分析速度快。结论该平台作为一个整合的遗传学研究辅助工具，克服了当前遗传分析软件或工具包在操作使用方面的不足，为遗传学研究者提供方便。目前该平台正处于测试阶级，运行状态良好。     

基于开源软件设计的网页化PACS与三维影像处理系统

基于开源软件建立PACS与三维医学成像系统,可为医院提供一种低成本PACS/RIS实施方案,或者作为现有医疗信息系统的有益补充.我们将三种开源软件DCM4CHEE、Oviyam、Osirix等在异构操作系统网络上进行集成,建立了一套网页化PACS与三维影像处理系统,并对包括MDCT、MRI等大型数据集在内的多模态影像数据的网络传送与查看进行了验证,结果证明系统的实时性与稳定性能够满足医学教育、科研与统计等工作需求.