肝癌增强子-miRNA调控作用对的识别与特征分析

目的：探讨肝癌和正常肝组织中增强子与miRNA形成的调控关系及调控miRNA的增强子的特征,筛选出由增强子调控的差异表达miRNA并探讨其与肝癌治疗靶点的相关性。方法：基于TCGA与FANTOM5 数据库,对肝癌和正常肝组织中共417 个样本的增强子与miRNA进行共表达与3D基因组分析得到调控关系。通过ENCODE数据库中肝癌与正常肝组织的组蛋白修饰与转录因子的ChIP-seq 数据分析调控miRNA的增强子上信号值的差异。筛选由增强子调控的差异表达的miRNA,并对患者的生存期与治疗靶点进行相关性分析。结果：在肝癌与正常肝组织中分别识别增强子-miRNA 作用对93 对和40 对。ChIP-seq 数据比对分析发现,肝癌中组蛋白修饰H3K27ac、H3K4me1 和H3K4me3 信号在调控miRNA增强子区域显著高于不调控miRNA的增强子区域（|rho|>0.3,P<0.05）;多种转录因子在肝癌相关增强子中的富集显著低于正常肝组织（|rho|>0.3,P<0.05）。对增强子调控的miRNA进行差异表达分析,识别了6个与肝癌患者生存相关miRNA（hsa-miR-4664、hsa-miR-5003、hsa-miR-1915、hsa-miR-3619、hsa-miR-4745、hsa-miR-6728）,发现这些miRNA 与87 个用于靶向治疗的基因以及8 个免疫检查点基因显著相关（|rho|>0.1,FDR<0.05）。结论：成功在肝癌中识别出增强子-miRNA调控作用对与调控miRNA的增强子的特征,并筛选出由增强子调控的与肝癌患者生存和治疗靶点相关的miRNA,为后续深入开展肝癌的基础与临床研究提供了参考依据。     

miRNA-146a在甲状腺癌细胞中的靶基因预测及相关通路分析

摘 要：［目的］利用生物信息学方法对miRNA-146a在甲状腺癌细胞BCPAP中的作用进行转录组测序,从分子水平研究miRNA-146a对甲状腺癌发病的作用机制,寻找潜在的治疗靶点。［方法］ 对甲状腺癌细胞BCPAP分别转录miRNA-146a的模拟物、空白模拟物和miRNA-146a的抑制物及空白抑制物,荧光定量PCR检测细胞miRNA-146a的表达;高通量测序检测差异miRNA;对检测结果的差异基因与miRTarBase、miRWalk2.0和TargetScan中miR-146a靶基因数据库共分析,预测miRNA-146a靶基因;用Cluster Profiles 3.0.5软件进行富集分析。［结果］转录组测序结果与miRTarBase、miRWalk2.0和TargetScan中miRNA-146a靶基因数据库共分析,提示miRNA-146a靶基因与CXCL8、CXCR4、IRAK1、PRKCE和LFNG等9个靶基因相关。GO功能注释预测靶基因集合富集在炎症反应、细胞运动及迁移的正调节、趋化性调节、G蛋白偶联受体结合、细胞因子活性及受体结合。KEGG信号通路富集结果提示与Toll样受体信号通路、Notch信号通路、Fc epsilon RI信号通路和趋化因子信号通路等相关。［结论］ miRNA-146a在甲状腺癌组织中的表达可能是其分子诊断的有用生物标志物和潜在的靶点,可为甲状腺癌的临床诊断提供一定参考。     

MicroRNA在原发性肝癌中的研究进展

MicroRNAs(miRNA)是一类非编码小分子RNA,通过转录后调控靶基因的表达,影响细胞增殖、分化和凋亡。目前已有研究表明miRNA通过类似癌基因或抑癌基因方式调控肝癌的发生、发展和转归。进一步的研究使得miRNA具有为肝癌诊断、治疗及预后提供理想分子标志的潜能。     

circRNA在肝细胞癌发生发展中的作用及机制

肝细胞癌（HCC）是原发性肝癌最常见的病理类型,病死率高。HCC发病机制复杂,具体发生发展机制仍处于探索阶段。circRNA是一种特殊的内源性非编码RNA,主要在转录和转录后水平上参与基因表达调控,通过调控基因转录,充当miRNA的分子海绵,参与蛋白质翻译,与结合蛋白RBP相互作用等方式发挥生物学功能。circRNA参与HCC的发生发展,在HCC细胞中的异常表达与HCC组织的病理特征相关,调控下游靶基因、miRNA和蛋白质的表达,参与HCC细胞的增殖、迁移、侵袭和凋亡,调控肿瘤微环境和信号通路等,提示circRNA可能是HCC诊断和预后潜在的新型生物标志物和治疗靶点。本文就近年来circRNA的生物学机制及其在HCC中发挥的作用、诊治研究进展等进行综述。     

microRNA在肺癌早期诊断中的研究进展

 microRNA（miRNA）是一种非编码的约22个核苷酸的小RNA分子,具有转录后基因调控的功能。miRNA与肺癌的发生、发展、诊断、治疗及预后关系密切,本文主要针对miRNA在肺癌早期诊断中的潜在应用价值加以阐述。     

miRNA在原发性肝癌中的研究进展

原发性肝癌是世界范围内最常见和最具侵袭性的恶性肿瘤之一。miRNA是一系列调控基因转录后表达的非编码小RNA。研究发现,miRNA具有癌基因和抑癌基因的作用,在肿瘤的发生和发展中起着重要的作用。已有证据表明,原发性肝癌中存在一些异常表达的miRNA,它们多靶向于肝癌发生、发展相关的基因和信号通路,从而广泛调节肝癌细胞的增殖、分化、凋亡、侵袭和转移等重要的涉及癌细胞发生演变的病理过程。异常表达的miRNA及其功能靶标的发现不仅丰富了肝癌的发病机制,也为探索新的基因靶向治疗提供了可能; miRNA表达谱还与肝癌病理类型、恶性程度、分期、分级等临床病理过程密切相关,提示miRNA不仅可能用于肝癌诊断及个体化治疗,也可能作为判断预后的工具。本文就肝癌发生、发展、诊断、靶向治疗和预后中发挥重要作用的miRNA及其作用靶点作一综述。     

骨肉瘤miRNA分子共调控网络的构建北大核心CSCD

目的探讨骨肉瘤潜在的miRNA分子调控网络,为解析骨肉瘤发生发展的分子机制提供理论支撑。方法通过差异表达分析获得骨肉瘤组织表达水平发生显著性改变的miRNA,并找到具有显著差异的miRNA靶基因;再通过KEGG代谢通路富集分析以及GO基因功能注释,探究骨肉瘤组织与正常组织相比表达水平发生显著性改变基因的功能,构建分子共调控网络。结果筛选差异表达miRNA52例,其中31例miRNA上调表达,21例miRNA下调表达;参与肿瘤通路的miRNA共有5例,其关联靶基因共有314个。KEGG代谢通路富集分析结果与GO基因功能分析结果显示,差异表达基因主要参与肿瘤相关的代谢通路。基于差异表达基因及TRED数据库中所收录的人类转录因子信息,对差异表达基因进行分子偶联,构建了分子共调控网络。结论基于分子共表达网络,对骨肉瘤发生发展的分子作用机制进行了系统性挖掘。     

肿瘤抑制基因DNA甲基化与肝癌

DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一.肿瘤抑制基因(tumor suppressor genes,TSGs)DNA甲基化是肝癌的常发事件,该文从转录调节因子、负调控转录因子、细胞周期调控因子、信号通路的调节因子、DNA损伤修复因子等方面综述了TSGs DNA甲基化状态在肝癌发生、发展中的作用,对肝癌早期诊断、分期、预后、个体化治疗具有重要意义.     

GCLC对肾细胞癌的生长促进作用及其上游调控机制

摘 要：［目的］ 探讨GCLC基因在肾细胞癌（RCC）中的表达量、生物学作用,以及microRNA（miRNA）对于GCLC的转录后调控。［方法］ 定量RT-PCR量化GCLC在RCC临床标本中的表达量,CCK-8和平板克隆形成实验评估GCLC对于细胞增殖的影响,过氧化物酶和DAB法用于免疫组织化学分析。荧光素酶双报告系统、定量RT-PCR和Western印迹确定miR-362-3p的直接作用靶点。［结果］ 相比癌旁组织,GCLC在RCC中的表达量显著上调（25例患者中有22例呈表达上调模式）。通过小干扰RNA（siRNA）敲低GCLC的表达量可以显著降低2GSH/GSSG的比例（P<0.05）。降低GCLC的表达量可以抑制RCC细胞的增殖和集落形成（P均<0.05）。GCLC基因在RCC细胞中是miR-362-3p的一个直接调控靶点。［结论］ GCLC基因是RCC的一个潜在致癌基因并直接受到miR-362-3p的调控。因此,敲低GCLC的表达有望成为一种新型的RCC治疗手段。     

MicroRNA-218通过EMT抑制肿瘤侵袭转移的研究进展

microRNA（miRNA）是非编码RNA,在基因转录后调节中发挥重要作用。miRNA在进化中具有高度保守性,能够通过与靶mRNA特异性碱基互补配对引起靶mRNA降解或抑制其翻译从而发挥对基因转录后表达调控作用。由于miRNA在血清和血浆中均很容易获得且在循环系统中miRNA作为稳定的标记物存在,故miRNA是一种很有前途的诊断因子。最新研究发现miR-218在多种恶性肿瘤（如肺癌、胃癌、肝癌、前列腺癌及结直肠癌等）的侵袭转移机制中发挥重要作用且多作为抑癌因子存在,但目前对miR-218在肿瘤侵袭转移中所涉及的具体作用靶点及相关通路的研究仍具有局限性。而上皮细胞-间充质转化（EMT）在上皮来源的恶性肿瘤的侵袭转移过程中发挥重要作用,本文就miR-218通过EMT途径在几种常见肿瘤侵袭转移机制中所涉及的作用靶点及相关通路作一简要综述,旨在为miR-218在恶性肿瘤的诊断及预后评估中的作用提供参考。