基于生物信息学方法构建类风湿性关节炎miRNA-mRNA调控网络

目的基于生物信息学方法构建类风湿性关节炎核心微小RNA(miRNA)-mRNA调控网络并筛选相关核心基因,探索其在类风湿性关节炎疾病中的分子调控机制。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载miRNA和mRNA基因表达谱芯片GSE72564和GSE55235。采用GEO2R分析工具筛选差异表达的miRNA和mRNA,应用miRNet在线数据库分析预测miRNA差异表达的靶基因并与mRNA数据集筛选出的差异基因进行交叉匹配,获得miRNA-mRNA相互作用关系对。使用ClusterProfiler包对miRNA-mRNA的差异基因进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。应用Cytoscape软件绘制miRNA-mRNA调控网络图并使用cytohubba插件进行Hub基因分析。结果共筛选出差异miRNA23个,筛选到差异基因1 038个。交叉匹配后获得142个差异基因,GO分析发现其主要与缺氧反应及细胞黏附分子结合等生物过程和分子功能相关。KEGG分析表明其主要参与调控磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)、Th17细胞分化、Th1/Th2细胞分化等信号通路。成功构建miRNA-mRNA调控网络,筛选出8个DE-miRNA,其中hsa-miR-218-5p属于高频下调表达的miRNA,可靶向作用于KLHL21和HSPG2。结论基于数据挖掘和芯片分析技术成功构建类风湿性关节炎miRNA-mRNA调控网络,有助于阐明miRNA及其靶基因在类风湿性关节炎发生和发展中的分子调控机制,为类风湿性关节炎的靶向诊断和治疗提供可靠的理论基础。     

脓毒症患者外周血中lncRNA和miRNA表达谱及功能分析

目的本研究利用二代测序(next-generation sequencing, NGS)技术, 对脓毒症患者外周血液进行测序分析, 探讨非编码小RNA(microRNA, miRNA)和长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)的差异表达及其功能网络。方法本研究采集2021年6月至9月在盐城市第一人民医院招募的重症医学科7例泌尿系统感染的脓毒症患者和3例健康职工志愿者的全血进行NGS分析, 筛选差异表达的mRNA、lncRNA和miRNA, 并对差异表达进行生物信息学分析(差异倍数FC>2, P<0.01)。本研究筛选并下载GEO数据库中4个脓毒症患者基因组数据集, 筛选共同差异表达基因, 对筛选基因进行京都基因组百科全书分析。使用Cytoscape 3.7.0进行构建miRNA-mRNA和IncRNA-miRNA-mRNA网络。结果差异表达mRNAs主要富集于炎症反应相关通路。131个差异基因显著富集在PD-1/PD-L1信号通路, 发现调控PD-1/PD-L1信号通路的TLR2、LAT和CD247等靶基因, 以及参与调控的miRNA(hsa...     

基于GEO数据库整合miRNA-mRNA表达谱筛选卵巢癌的关键基因分子及生物信息分析

目的　卵巢癌是妇产科恶性肿瘤死亡的主要原因之一,但其致病分子机制还未被清晰阐明。该研究通过整合生物信息学方法,旨在挖掘其潜在的关键基因分子及生物学功能,以便更全面地揭示其发病机制。方法　从GEO (Gene Expression Omnibus) 数据库下载miRNA和mRNA表达谱芯片集。通过R语言“limma”包筛选差异表达的miRNA和mRNA。通过FunRich软件对筛选的差异miRNA进行靶标预测,并与筛选的差异mRNA取交集得到共有差异基因。通过R语言“clusterProfiler”包对共有差异基因进行富集分析和通路注释以挖掘其生物学功能。 运用string数据库和cytoscape软件进一步构建miRNA-靶基因调控网络,并鉴定分子网络中的关键基因分子。结果　共筛选鉴定出167个共有差异基因。富集分析表明共有差异基因主要涉及细胞外组织、胚胎器官发育、突触后特化、胶原三聚体和DNA结合转录激活等生物过程;通路注释表明共有差异基因主要参与蛋白质的消化吸收和松弛素信号通路行为。分子网络分析筛选鉴定了10个候选关键基因,并发现miR-29c-3p,miR-1271-5p和 miR-133b抑癌分子与共有差异基因存在最广泛的靶向关系,处于调控中枢核心地位。上述关键基因分子在卵巢癌发生发展中扮演了重要角色。结论　该研究采用的系统整合方法学和鉴定的关键基因分子有助于揭示卵巢癌的潜在致病机制,也为卵巢癌的早期筛查提供新的候选标志物。     

类风湿关节炎患者滑膜组织lncRNA表达及基于CeRNA网络的生物信息学分析

目的:通过生物信息学分析来识别类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)滑膜组织病变进展相关的差异表达基因。方法:通过NCBI GEO数据库获取GSE55235和GSE55457的基因表达谱。采用Perl语言对下载的数据进行样本数据合并及基因重注释;采用R语言进行批次矫正及差异分析,根据差异长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络及进行GO富集分析和KEGG通路分析;使用cytoHubba插件筛选Hub基因,分析与差异LncRNA的相关性。结果:分析显示与正常滑膜组织对比,RA患者滑膜组织143个mRNA、3个lncRNA存在明显差异表达。根据差异基因构建lncRNA-miRNA-mRNA互作网络,网络由2个LncRNA节点,16个miRNA节点、17个mRNA节点以及44个边组成。GO功能富集分析主要集中在细胞死亡的正调控、成纤维细胞增殖的调节、免疫应答调节细胞表面受体信号通路等功能。KEGG通路分析显示35条通路被富集,其中涉及IL-17代谢通路、MAPK信号通路、WNT信号通路、TNF信号通路等。其中Hub基因MYC,CDKN1A,JUN,FOS与LncRNA MEG3在RA滑膜组织中均呈低表达,且lncRNA MEG3与MYC,CDKN1A,JUN,FOS表达具有相关性。结论:通过生物信息学网络分析,lncRNA MEG3可能作为ceRNA在RA的疾病发展中发挥着重要作用,为RA提供一些新的候选诊断生物标志物或潜在的治疗靶点。     

p53基因信号通路的新成员miRNA

p53基因是迄今发现的与人类肿瘤关系较为紧密的基因,几乎在所有的人类肿瘤中均存在p53信号通路的异常。野生型p53基因是肿瘤抑制基因,其功能主要在转录调节方面。微小RNA（microRNA,miRNA）是生物体内重要的非编码小RNA,通过与靶mRNA的互补配对而在转录后水平上对基因的表达进行负调控,导致mRNA的降解或翻译抑制。新近研究发现miRNA成为p53基因活化后下调某些蛋白表达的重要中间机制。本文就miRNA生物合成、功能及其在p53基因信号通路中的研究进展作一综述。     

基于lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络构建筛选老年胶质母细胞瘤相关lncRNAs

目的:识别老年胶质母细胞瘤患者相关lncRNA(Long non-coding RNA,长链非编码RNA)。方法:从TCGA数据库下载TCGA-GBM RNA-seq、miRNA-seq、clinical数据。将样本按照年龄大于70岁和小于70岁进行分组。利用edgeR软件进行lncRNA、miRNA、mRNA的差异表达分析。利用miRanda软件分别预测miRNA的mRNA靶基因以及miRNA的lncRNA靶基因。针对筛选出的差异lncRNA和差异mRNA,进行表达相关性分析。根据lncRNA-mRNA相关性分析以及miRNA靶基因分析结果,构建ceRNA网络。结果:根据本文的筛选条件共筛选得到48个lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。结论:筛选得到7个lncRNA及48个ceRNA网络可作为老年胶质母细胞瘤患者的生物学标志物进行研究。     

基于生物信息学挖掘骨关节炎潜在的关键生物标志物

目的 基于生物信息学的方法挖掘骨关节炎(OA)潜在的关键生物标志物。方法 从GEO数据库下载人类关节滑膜组织微阵列mRNA数据集GSE55457、GSE82107、GSE55235和miRNA数据集GSE143514,筛选OA与正常滑膜之间的差异表达基因(DEGs),利用在线分析工具Metascape对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并利用在线分析数据库STRING将筛选出的DEGs基因导入数据库,进行差异基因蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,并利用Cytoscape软件构建PPI网络。结果 GSE55457、GSE82107、GSE55235中最终共筛选出19个交叉的关键基因。GO功能富集分析表明,这些基因主要参与免疫相关过程;KEGG通路富集分析显示,这些基因主要参与白细胞介素(IL)-17信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。利用PPI网络得到了趋化因子配体(CXCL)2、JUN、CXCL3、基质金属蛋白酶(MMP)1、磷脂酶Cδ3(PLCD3)这5个OA最关键的基因,通过构建一个由29个节点和39条边组成的mRNA-miRNA共表达网络,分析m...     

先天性纯红细胞再生障碍性贫血氧化应激相关差异表达基因的生物信息学分析

目的 筛选先天性纯红细胞再生障碍性贫血（diamond-blackfan anemia,DBA）氧化应激相关差异基因,以及关键信号通路,为深入研究DBA的分子机制提供新的切入点。方法 采用GEO数据库的mRNA表达芯片数据GSE14335,利用R语言limma包,筛选DBA患者和健康对照组的差异表达基因（DEGs）,从Gene Cards数据库筛选氧化应激相关基因（OSGs）,利用R语言VennDiagram包获得氧化应激相关差异表达基因（DE-OSGs）。应用R语言ClusterProfiler包,对DEOSGs进行GO分析和KEGG富集分析。通过Cytoscape构建PPI蛋白质相互作用网络,筛选核心基因。结果 筛选出DBA患者和健康对照差异表达基因372个,与氧化应激相关的基因有40个,其中7个基因表达下调,33个基因表达上调。KEGG富集分析发现,氧化应激相关差异表达基因涉及到的信号通路主要有TNF信号通路、AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、NF-κB信号通路、Toll样受体等。获得10个核心靶标：IL6、PPARG、CCL2、PTGS2、CXCL8、ICAM1、N...     

基于网络药理学和分子对接探究新风胶囊“异病同治”类风湿关节炎和骨关节炎作用机制

目的：分析新风胶囊（XFC）“异病同治”类风湿关节炎（RA）和骨关节炎（OA）的分子机制。方法：TCMSP数据库筛选XFC的活性成分及靶点,疾病数据库中筛选RA和OA的靶点,构建药物-成分-靶点网络。构建交集靶点的蛋白互作网络,进行功能富集分析和分子对接。绘制XFC治疗RA和OA信号通路。结果：共鉴定103种化合物和217个靶点,槲皮素、蜈蚣素、山柰酚、谷甾醇α1、芒柄花黄素、雷公藤甲素、豆甾醇、山海棠二萜内酯A等11个化合物与≥30个靶基因相关联,其中9个靶基因（STAT3、MAPK14、NR3C1、JUN、FOS、MYC、TNF、RELA和MAPK1）是网络中的核心靶基因。富集分析表明IL-17、TNF、Th17、Toll和NF-κB信号通路可能是关键信号通路。分子对接表明山海棠二萜内酯A、槲皮素、雷公藤甲素、谷甾醇α1、蜈蚣素与NR3C1、FOS、STAT3、MAPK1和TNF靶点具有良好的结合活性。结论：XFC “异病同治”RA与OA的机制与抗炎、免疫调节、减少骨破坏等相关,具有多系统、多成分、多靶点的作用。     

急性B淋巴细胞白血病的差异microRNA综合调控网络的生物信息学分析北大核心CSCD

目的通过生物信息分析途径,从系统水平揭示参与急性B淋巴细胞白血病（B—ALL）发病的分子机制,为研究提供新的思路。方法从公共数据库GEO中下载B—ALL的microRNA（miRNA）芯片数据,利用QlucoreOmicsExplorer3．0软件筛选差异表达miRNA,再分析得到差异miRNA与靶基因、长链非编码RNA和转录因子各自的调控数据,然后构建以差异miRNA为中心的综合调控网络。另外,功能富集分析有功能的靶基因。结果共筛选出15个差异miRNA,其中7个miRNA表达上调,8个miRNA表达下调。通过差异miRNA为中心的综合调控网络可知,hsa—miR．126和hsa—miR-486—3p调控大量的靶基因,其中hsa．miR-126的靶基因包括MYC基因。hsa—miR．29a、hsa．miR-130a和hsa—miR-181c调控大量的长链非编码RNA,包括XIST。hsa．miR-181a．2、hsa—miR．18ib-2和hsa．miR-663调控大量的转录因子,包括CDX2、YYl等。hsa—miR．126靶基因的通路分析显示富集到Wnt通路。结论通过生物信息学方法分析得出,hsa—miR-29a、hsa．miR-126和hsa—miR-181家族是B．ALL的核心差异miRNA,及其转录因子CDX2、长链非编码RNAXIST和靶基因MYC基因在B．ALL的发生发展中起重要作用,可能为潜在的治疗靶点。     

大鼠肝脏再生终止阶段差异基因表达的生物信息学分析

目的通过生物信息学方法分析参与肝脏再生(LR)终止阶段调控的相关基因,以探讨该阶段精确调控肝脏大小所涉及的相关分子机制。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的高通量基因表达数据库(GEO)下载大鼠部分肝脏切除(PH)术后肝组织基因表达数据集(GSE63742),选取LR终止阶段样本(PH术后7 d)并使用R语言筛选出该阶段所有差异表达基因(DEGs)。利用在线功能富集数据库DAVID对DEGs进行富集分析。利用线上蛋白质相互作用检索数据库(STRING数据库)构建DEGs的蛋白质-蛋白质互作用网络(PPI网络)并使用Cytoscape软件筛选该网络中的关键节点及关键基因。结果共筛选出136个有统计学意义的DEGs,其中包括70个上调基因及66个下调基因。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析提示DEGs主要与类固醇激素合成、维生素A代谢、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、转化生长因子-β(TGF-β)通路等密切相关。基因本体富集表明DEGs主要与Notch信号通路负向调控、环氧酶P450通路、细胞外区域、外泌体、芳香酶活性以及类固醇羟化酶活性等过程、组分以及功能相关。STRING数据库和Cytoscape软件分析发现Cyp2c13、ste2、Mup5、LOC259244、Rup2、Hsd3b5、UST4r、Btg2、Cyp2c11、Myc为调控LR终止阶段的关键基因。结论采用生物信息学方法筛选出LR终止阶段DEGs中包含ste2、Btg2等关键基因,上述基因可能参与大鼠LR终止阶段调控,其调控机制与MAPK、TGF-β等通路相关。     

急性早期前体T淋巴细胞白血病核心基因的筛选及其调控网络分析

目的:筛选急性早期前体T淋巴细胞白血病(ETP ALL)核心基因并分析其与上游互作miRNA、lncRNA和参与通路的相互作用,探讨ETP ALL发生发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点。方法:利用基因表达公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库的2者交集,筛选ETP ALL差异表达基因集(differentially expressed genes,DEG)分别进行功能富集和相互作用的分析;再利用网络模块划分方法筛选DEG核心基因,并利用mirDIP、star Base在线工具对核心基因上游miRNA、lncRNA进行预测。结果:获得高可信度的差异表达基因424个,基因本体(gene ontology,GO)功能富集于转录调控、信号通路及蛋白功能活化等生物学活性,KEGG通路富集于造血、缺氧应激反应、转录失调、免疫等功能;通过两者相互关联分析。获得7个核心基因,并先后预测到7个miRNA和19个lncRNA符合筛选标准,最后构建出1个lncRNA-miRNA-mRNA-pathway调控网络。结论:基于数据挖掘方法筛选获得ETP ALL中的差异表达基因集,通过共表达分析寻找到其中的核心基因,并对核心基因上游miRNA,lncRNA进行预测,为ETP ALL的早期诊断和合理治疗提供了理论依据,有助于寻找新的区别于经典T-ALL的ETP ALL肿瘤标志物。     

基于网络药理学和分子对接探讨白花蛇舌草治疗骨肉瘤的作用机制

目的:从网络药理学和分子对接的角度探讨白花蛇舌草干预骨肉瘤的分子作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)预测白花蛇舌草的活性成分及相关靶基因;通过GEO-NCBI等数据库获得骨肉瘤相关的基因。将骨肉瘤相关基因和白花蛇舌草药物成分靶基因进行交集,得到白花蛇舌草干预骨肉瘤的共同靶基因。采用Cytoscape 3.8.1软件构建白花蛇舌草有效成分-骨肉瘤靶基因调控网络;将共同靶基因导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用DAVID在线数据库及R语言对共同靶点进行GO富集分析和KEGG富集分析;用Cytoscape 3.8.1软件筛选出白花蛇舌草干预骨肉瘤的核心靶点,然后将核心靶点与对应的白花蛇舌草活性成分进行分子对接以验证活性成分与核心靶点的结合能力。结果:共筛选出白花蛇舌草5个有效成分(MOL001659多孔甾醇、MOL001670 2-甲氧基-3-甲基-9,10蒽醌、MOL000449豆甾醇、MOL000358β-谷甾醇、MOL000098槲皮素)及其对应的靶基因共169个,3 178个骨肉瘤相关基因;靶基因和骨肉瘤相关基因交集得到白花蛇舌草干预骨肉瘤的预测靶点98个;经过PPI拓扑分析,提示相互作用紧密的8个核心基因分别是雌激素受体1(ESR1)、JUN、RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、G1/S特异性细胞周期蛋白-D1(CCND1)、FOS、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)和细胞肿瘤抗原p53(TP53)与MYC;GO富集分析得到P0.05的结果共计2 205条,其中生物进程(BP)结果 2 037条,细胞组分(CC)结果 39条,分子功能(MF)结果 129条;KEGG富集分析得到P0.05的结果共有155条,包括IL-17、细胞凋亡、肿瘤坏死因子、p53、细胞衰老等通路。分子对接结果显示AKT1、CCND1、FOS、MAPK1、TP53、MYC与槲皮素,ESR1与2-甲氧基-3-甲基-9,10蒽醌,JUN与β-谷甾醇之间亲和力均小于-7 kcal/mol,亲和力较高,显示出较好的结合能力。结论:白花蛇舌草可通过多个不同成分作用于骨肉瘤多个靶点,进而调控多条通路干预骨肉瘤发生发展过程,这可为白花蛇舌草临床应用和开发提供参考。     

Circ＿0032821/miR-936/CEP55调控轴在胃癌组织中的表达及与临床特征之间的关系

目的 通过生物信息学技术构建胃癌相关circRNA的内源竞争性RNA(ceRNA)调控网络并探讨其临床意义。方法 挖掘基因表达图谱(GEO)数据库中差异表达的环状RNA(circRNA)、微小RNA(miRNA)、信使RNA(mRNA),Cytoscpe软件构建circRNA、miRNA、mRNA之间的ceRNA调控网络,并对差异表达的mRNA进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书数据库通路富集分析,最后利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库的343个胃癌组织标本和30个正常组织标本的临床资料对ceRNA网络中的mRNA进行生存分析和表达验证,筛选其中重要的circRNA-miRNA-mRNA调控网络。在胃癌组织中对ceRNA的表达进行初步验证,并分析其与临床特征之间的关系。结果 构建的circRNA-miRNA-mRNA调控网络中包含6个circRNA、4个miRNA和21个mRNA。根据TCGA数据库中胃癌患者临床资料分析和表达验证,ceRNA网络中CEP55和CCDC80与患者生存预后相关,CEP55在胃癌肿瘤标本中的表达显著高于正常组织标本中的表达,差异有统计学意义(P<...     

基于TCGA 数据库构建三阴性乳腺癌预后相关的ceRNA 调控网络及分析

目的 通过分析癌症基因组图谱（the cancer genome atlas,TCGA）数据库构建三阴性乳腺癌(triple negativebreast cancer,TNBC）预后相关的竞争性内源性核糖核酸（competitive endogenous RNA, ceRNA）调控网络。方法 从TCGA 数据库中下载TNBC lncRNA 表达RNAseq 数据,对TNBC 患者的 mRNA,miRNA 和lncRNA 进行差异表达分析,并进一步行生存分析,得到与乳腺癌有明显差异表达同时也对生存有相关性的mRNA,miRNA 和lncRNA。同时构建 lncRNA- miRNA - mRNA 相关 ceRNA 调控网,再对生存相关 lncRNA 所相关的 mRNA 进一步功能富集和注释,并构建蛋白质互作网络最终用关键基因通过人类蛋白质图谱（the human protein atlas,HPA）数据库进行验证。结果 在TCGA 中共找到TNBC 差异表达mRNA 2 331 个、差异miRNA 100 个和差异lncRNA 1 269 个。ceRNA 调控网中的 mRNA 在细胞黏附、唾液分泌和血小板活化、用于IgA 产生的肠道免疫网络、补体和凝血级联反应等信号通路中明显富集。生存分析中,1 个差异mRNA(NMUR1）,1 个差异表达miRNA(hsa-miR-6832-3p),2 个差异表达的lncRNA（AC104809,LINC01297）的表达量均与TNBC 患者的预后相关,差异具有统计学意义（P ＜ 0.05）。最后利用HPA数据库对NMUR1 蛋白水平和生存分析验证,NMUR1 的高表达患者的总生存期显著高于NMUR1 低表达组,差异有统计学意义（P ＜ 0.05）。结论 成功构建了促进TNBC 发生发展的 lncRNA-miRNA-mRNA 调控网络,筛选得到生存相关的差异mRNA,miRNA 和lncRNA 为TNBC 发病机制的研究和诊疗生物标志物的探索提供参考依据。     

基于生物信息学分析的卵巢癌微小RNA调控网络的初步构建

目的在生物信息学分析基础上初步构建卵巢癌微小RNA(miRNA)及长链非编码RNA(lncRNA)调控网络,探讨miRNA在卵巢癌细胞中的分子调控机制。方法通过miRwalk 2.0及HMDD v2.0精准查询与卵巢癌相关且功能明确的miRNA,根据miRwalk 2.0软件出现频次进行筛选,明确其对应靶基因表达情况。在lncRNA疾病数据库中查询与卵巢癌相关的lncRNA,运用starBase v2.0对所得到的miRNA和lncRNA进行综合分析,筛选出与上述miRNA相互作用的且与卵巢癌相关的lncRNA。通过Cytoscape软件绘制miRNA在卵巢癌中的分子调控网络。结果 hsa-let-7a、hsa-mir-21、hsa-miR-16、hsa-mir-17、hsa-mir-19b、hsa-mir-29a、hsa-mir-92a是介导卵巢癌调控的高频miRNA,成功获取了有关miRNA在卵巢癌中的分子调控网络;初步明确了高频miRNA。lncRNA与miRNA匹配分析发现,lncRNA X(染色体)失活特异性转录物(XIST)作为核心调控因子与高频miRNA相互作用介导卵巢癌基因调控。结论利用生物信息学分析技术成功描绘了一张与卵巢癌相关的miRNA分子调控网络,miRwalk、HMDD、starBase等数据库可有效地用于miRNA与疾病关系的研究。     

Hoehn-Yahr分级为1期的帕金森病患者外周血 基因差异表达分析

目的:对Hoehn-Yahr分级为1期的帕金森病(PD)患者外周血进行基因芯片研究,分析PD患者外周血基因表达的变化。方法:从GEO数据库中获得Hoehn-Yahr分级为1期的PD患者外周血基因数据集GSE54536。运用GEO2R筛选差异表达基因,DAVID工具进行富集基因功能和通路分析。STRING数据库构建差异表达基因蛋白相互作用的网络,应用Cyto Scape软件筛选核心基因。结果:共筛选到997个差异基因,涉及细胞间信号转导、细胞分泌等生物学过程及PI3K-Akt等信号通路。c-fos、KDM6B、ESR1等为核心基因。结论:通过对Hoehn-Yahr分级为1期的PD患者外周血的基因芯片进行研究,提示PD为多种基因,多种分子机制相互作用的结果,对相关分子机制的研究有助于进一步阐明PD患者的发病机制。     

基于miRNA-10b调控宫颈癌LncRNA-H19网络通路机制的研究

正宫颈癌是严重威胁女性健康的第三大恶性肿瘤。在宫颈癌的发病机制中某些特定基因的异常表达或过表达可能是引起肿瘤细胞增殖的重要原因[1]。H19的表达与宫颈癌的发生密切相关[2],可抑制宫颈癌细胞增殖[3],而二者是否存在相互作用、作用机制未知。本研究从信号通路HOXA1为切入点,结合RNA干扰和miRNA芯片技术,筛选所有可能受到HOXA1转录调控的miRNA分子,通过分析并证实miRNA-10b分子可直接负反馈调控     

大鼠背根神经节持续压迫后miRNA差异表达谱的分析及功能研究

摘要 目的：对大鼠背根神经节（dorsal root ganglion, DRG）持续压迫后所致神经病理性疼痛（neuropathic pain, NP）模型的DRG组织进行miRNA测序,应用生物信息学技术分析差异表达的miRNA及其靶基因在疾病中的定位与功能。 方法：采用随机分组法将大鼠分为2组,每组12只,分别为假手术组、CCD背根神经节持续压迫（chronic compression of the dorsal root ganglion, CCD）模型组,术后进行行为学检测。确定痛觉敏感的天数后重复造模,取材后进行miRNA转录组测序。利用生物信息学手段筛选具有显著性差异的miRNA,预测相关靶基因并对其GO功能及KEGG富集情况进行分析,使用在线数据库对miRNA与靶基因之间的属性关系建立miRNA-靶基因的调控网络。最后,通过qPCR验证差异最为显著的4条miRNA在CCD模型DRG组织中的表达情况。 结果：CCD造模7天后,大鼠痛觉最为敏感。重复造模,在第7天取材并进行miRNA转录组测序。将差异表达的miRNA以|log2（fold change）|>1且P<0.05为阈值,筛选符合要求的miRNA,与假手术组相比,有57种miRNA在CCD模型组表达上调,有17种miRNA在CCD模型组表达下调。差异表达的miRNA对应的靶基因主要富集在外泌体、细胞质、细胞膜、线粒体、内质网等结构,在细胞固有免疫、炎症信号传导、氧化应激等生物学过程中发挥重要作用,在PI3K-AKT、MAPK、JAK-STAT、钙信号等通路上均存在富集。经实验验证,miR-21-3p、miR-675-5p、miR-487b-5p、miR-3585-3p的表达与测序结果一致。 结论：在大鼠背根神经节慢性压迫所致NP模型的DRG组织中,异常表达的miRNA及其富集的相关信号通路可为NP诊断和治疗的新靶点提供新的思路。     

基于基因芯片的前列腺癌生物信息学分析

目的利用生物信息学方法分析前列腺癌(PCa)患者与健康男性血清差异表达基因。方法将该院收治的PCa病例组和对照组血清进行微小核糖核酸(miRNA)和表达谱芯片检测,每组做3个独立生物学重复。对差异表达的基因进行生物信息学分析,并构建miRNA-mRNA互相作用调控网络图。采用Western blot及qRT-PCR方法检测锌指蛋白转录因子编码基因多形性腺瘤基因2(PLAGL2)、miR-135b-3p表达水平。结果与对照组相比,病例组有11个miRNA、825个mRNA的表达发生显著变化。KEGG富集的通路有Hippo信号通路、氨基酸生物合成通路等。与对照组相比,病例组PLAGL2水平降低,miR-135b-3p水平升高(P0.05)。PCa血清中PLAGL2表达与PCa患者初诊血清前列腺特异性抗原(PSA)、肿瘤临床分级、Gleason评分显著相关(P0.05)。结论 miR-135b-3p靶向PLAGL2调控Hippo信号通路可能是导致PCa发生、发展的重要原因之一。