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1.
目的:运用网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的分子作用机制。方法:通过TCMSP、Swiss Target Prediction、Similarity ensemble approach、Pharm Mapper数据库挖掘黄芪的活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选鼻炎相关靶点,将两者靶点取交集,得到黄芪治疗鼻炎的预测靶点;运用Cytoscape软件构建可视化“活性成分-靶点”网络;应用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白互作网络(PPI);使用R软件对靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape软件构建可视化“通路-靶点”网络;通过vina软件将筛选的主要活性成分与核心靶点进行结果验证。结果:筛选得到黄芪相关活性成分16个,涉及靶点147个,其中主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、芒柄花黄素、异鼠李素等,关键靶点包括TP53、AKT1、TNF、IL-6、VEGFA等;GO功能富集分析共得到2385条生物过程(BP),75条细胞组分(CC),140条分子功能(MF);KEGG通路富集分析共得到166条信号通路,涉及动脉粥样硬...  相似文献   

2.
目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。  相似文献   

3.
目的:预测黄芪对溃疡性结肠炎(UC)的可能作用靶点与机制,为临床应用黄芪治疗UC的后续研究提供参考.方法:经中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)和UniProt KB数据库检索黄芪的活性成分及其对应靶点基因,经Gene Cards数据库检索UC疾病相关靶点基因,借助Venny 2.1.0在线作图工具获取黄芪与UC...  相似文献   

4.
目的 本文采用网络药理学和分子对接方法研究黄芪-丹参治疗脓毒症的作用机制.方法 分别在中药系统药理学数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)平台中检索并得到黄芪和丹参的活性成分及...  相似文献   

5.
目的:探讨熊果酸治疗骨质疏松症(OP)的潜在分子机制.方法:运用中药系统药理学分析平台数据库、PubMed数据库、UniProt数据库筛选单体化合物熊果酸的作用靶点基因,借助GeneCards数据库检索OP相关靶点基因,并运用Venny 2.1在线作图工具获取成分-疾病的共有靶点基因;运用STRING数据库构建成分-疾...  相似文献   

6.
目的:研究熊果酸治疗胃癌的作用机制。方法:本研究通过TCMSP,SymMap,DrugBank,Uniprot,DisGeNET数据库预测及筛选出熊果酸抗胃癌的潜在靶点。依托STRING数据库构建蛋白互作网络,借助Cytoscape 3.7.1软件绘图。通过生物学信息注释DAVID数据库对靶点进行KEGG及GO的富集分析。使用AutodockVina进行分子对接,预测核心靶点和熊果酸的结合度,利用PyMOL软件绘图。结果:熊果酸治疗胃癌共有48个靶点,核心靶点包括血管内皮生长因子A(VEGFA)、信号转导与转录活化因子3(STAT3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点;筛选出与肿瘤相关的前10个通路,主要的信号通路包括:PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、p53信号通路。结论:本研究通过网络药理学的方法,揭示出熊果酸通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导细胞凋亡、增强抗血管生成等通路发挥多靶点和多通路的抗胃癌作用。  相似文献   

7.
曹阳洋  徐旭  李文 《中国药事》2024,38(6):653-664
目的:采用网络药理学和分子对接技术挖掘清肺解毒汤(QFJDT)治疗肺纤维化(PF)的作用机制。方法:通过TCMSP 数据库,获取QFJDT的配方活性成分,利用Swiss Target Prediction数据平台对靶标进行预测。使用 GeneCards数据库收集PF相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。进而使用Cytoscape3.6.1绘制“药物-成分-基因-疾病”网络图、构建蛋白互作网络(PPI),并筛选出核心靶标。最后对潜在作用靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,建立成分-靶点-通路网络,并对关键靶点进行核心化合物分子对接。结果:从TCMSP 中获取QFJDT有效活性成分280个,靶点4571个;从GeneCards数据库获取PF相关基因5149个;通过构建“药物-成分-基因-疾病”网络获得QFJDT治疗PF的关键靶点224个;通过GO富集分析发现QFJDT治疗PF与3340个生物过程有关,包括抗氧化反应、对活性氧的反应等。KEGG 富集涉及164条信号通路,表明QFJDT主要通过糖尿病并发症中的AGEs-RAGE信号通路等发挥治疗PF的作用,最后以花生四烯酸5-脂氧合酶靶蛋白与QFJDT中15 个主要活性成分进行分子对接,发现橘皮素、香豆酚C、山奈酚等多个成分均表现出较好的亲和力,表明其与PF已知靶标有直接作用关系。结论:QFJDT包含多个与PF有抑制作用的药效成分,可通过多成分多靶标协同起效的作用机制发挥药效,本文可进一步为研究QFJDT治疗PF的药效物质基础及作用靶点提供参考。  相似文献   

8.
9.
目的 采用网络药理学和分子对接的方式探究金莲花抗流感病毒的关键活性成分和潜在作用机制。方法 从TCMSP数据库和文献中检索主要成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测潜在靶点;以Influenza为关键词在Genecard和DisGeNET数据库检索疾病靶点;利用Venny2.1.0获取交集靶点,并采用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病网络”;此外利用String平台进行PPI分析,DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析;利用Sybyl-X软件进行分子对接验证。结果 一共筛选了18个活性成分其中β-谷甾醇、柳穿鱼黄素、原金莲酸、槲皮素、芹菜素为关键成分,筛选得到10个关键靶点;GO分析结果主要与炎症反应生物过程相关,KEGG通路富集分析显示主要作用机制可能与TNF信号通路、HIF-1信号通路、Toll样信号通路有关。结论 金莲花治疗流感具“多成分-多靶点-多通路”协同调节的特点,为进一步研究金莲花抗击流感病毒的作用机制提供了一定的理论支撑,也为后续研究拓宽了思路。  相似文献   

10.
目的 采用网络药理学及分子对接研究黄芪-党参有效成分治疗胃癌的分子生物学机制。方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台检索并收集黄芪与党参的活性成分及其对应靶点。通过人类孟德尔遗传数据库和人类基因组注释数据库收集与胃癌相关靶点,并与药物成分所对应的靶点相比较,筛选出相同部分,即获得黄芪-党参与胃癌重合的潜在靶点。采用可视化Cytoscape3.9.0软件建立对药物与疾病靶点相映射得到黄芪-党参治疗胃癌的作用靶点,运用STRING软件构建“化合物-靶点”作用网络与蛋白质相互作用网络,筛选发挥治疗作用的关键成分与关键靶点,对关键靶点进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析获知其潜在的作用机制。结果 共筛选出黄芪-党参63个候选活性成分,主要发挥抗胃癌的活性成分有木犀草素、槲皮素、山柰酚、异鼠李素等6个,主要作用靶点有CCND1、MYC、TP53、FOS、MCL1、CDK4、RUNX2等13个。主要集中于有丝分裂细胞周期的调控、DNA转录的激活、多种肽酶活性等生物学过程,以及磷酸肌醇-3激酶/蛋白激酶B信号通路、P53信号通路等生物学通路。分子对接结果表明药物有效成分与对应靶点均具有较...  相似文献   

11.
目的 使用网络药理学方法探讨黄芪治疗代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)的作用机制。方法 根据TCMSP数据库、GeneCards数据库和比较毒物基因组学数据库数据库,预测和筛选黄芪的活性成分和MAFLD的相关基因,得到黄芪治疗MAFLD的潜在靶点,使用Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库,构建黄芪活性成分与MAFLD相关靶点的成分-靶点网络,分析网络获得重要靶点,并利用Metascape数据库对其进行GO和KEGG通路富集分析。结果 从黄芪中筛选得到叶酸、槲皮素、山柰酚、异鼠李素等20个活性成分,能够作用于91个MAFLD相关靶点,其中IL4、EGFR、MAPK8、TNF、HIF-1α等27个靶点是重要靶点,可能通过调控糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、白细胞介素-17信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化等通路,参与调节MAFLD脂质代谢、氧化应激反应和炎症反应等多种生物过程。结论 黄芪可以通过多靶点、多途径参与MAFLD的治疗。  相似文献   

12.
目的 基于网络药理学及分子对接技术探究大黄治疗脓毒症的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取大黄的有效活性成分及其作用靶点;应用Cytoscape 3.9.1构建大黄-活性成分-靶点的网络图;检索GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库,得到脓毒症相关靶点;通过建立维恩图获得中药与疾病交叉的关键靶点;应用STRING平台构建关键靶点蛋白质相互作用(PPI)网络图;使用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)生物学富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,应用PyMOL软件和AutoDock Vina软件对大黄活性成分及其关键靶点进行分子对接验证。结果 获得大黄10种有效活性成分,其中重要的成分包括β-谷甾醇、芦荟大黄素、泽兰黄醇素等;药物靶点与疾病靶点交集后获得34个关键靶点,核心靶点有肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-1B(IL-1β)、肿瘤蛋白p53(TP53)、原癌基因(MYC)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、过氧化物酶体增殖物激活受体G(PPARG)、转录因子AP-1(JUN)、雌激素受体1(ESR1)、半胱氨酸蛋白酶8(CASP8)。GO富集分析表明大黄的关键靶点主要富集于306个生物过程、29个细胞组成和61个分子功能;KEGG通路富集分析确定了111条相关信号通路,包括磷脂酰肌醇-3-羟激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、糖尿病并发症相关的晚期糖基化终末化产物(AGE)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路等;分子对接结果显示,大黄的主要活性成分芦荟大黄素与关键蛋白TNF、IL-1β、TP53、MYC、CASP3拥有良好的结合能力。结论 大黄通过多成分、多靶点和多通路治疗脓毒症。  相似文献   

13.
目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芩抗糖尿病心肌病的活性成分及潜在的作用机制,为后续开展实验研究提供生物信息学基础。方法 通过TCMSP数据库及Swiss Target Prediction数据搜集黄芩活性成分与靶点;采用GeneCards、OMIM数据库查找糖尿病心肌病相关靶点;利用Venny 2.1.0获取药物和糖尿病心肌病的交集靶点;借助String平台和Cytoscape 3.9.0软件拓扑分析并筛选出核心成分及靶点;利用DAVID数据库进行黄芩治疗糖尿病心肌病靶点基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用AutoDock 1.5.7和PyMOL 2.4.1软件进行分子对接及可视化作图。结果 共筛选出36个黄芩活性成分,与糖尿病心肌病的151个交集靶点。GO富集分析得到775条生物过程,167条分子功能,86条细胞组分;KEGG通路分析得到169条,其中晚期糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、肿瘤坏死因子(TNF)、低氧诱导因子-1(HIF-1)是较...  相似文献   

14.
目的 通过网络药理学方法探究黄芪治疗肺结核的作用机制.方法 运用TCMSP数据库筛选黄芪的活性成分及其作用靶点;借助GeneCard数据库筛选肺结核疾病靶点,并获得交集靶点;利用STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络;将交集靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto ...  相似文献   

15.
目的 利用网络药理学方法对黄芪进行多成分、多靶点研究,分析其在卒中相关性肌少症中的作用靶点及相关通路。方法 采用TCMSP数据库收集黄芪活性化合物并进行初步筛选;采用Swiss Target Prediction数据库预测活性化合物靶点,通过GeneCards数据库预测卒中相关性肌少症作用靶点,取两者交集获得交互靶点。采用String数据库及Cytoscape软件Network analyzer功能构建共同靶点PPI网络。采用DAVID数据库并结合Cytoscape软件对共同靶点进行GO及KEGG富集分析。结果 收集筛选出黄芪20个活性化合物,616个作用靶点,卒中相关性肌少症136个作用靶点,交集出25个交互靶点,其中AKT1、IL-6、TNF、IGF1R、ESR1等蛋白相互作用最明显,主要在细胞基质中影响类固醇结合、锌离子结合、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性、雌激素受体活性、胰岛素及能量代谢等生物过程,通过胰岛素抵抗、HIF-1信号通路、TNF信号通路等在卒中相关性肌少症中发挥作用,AKT1、PI3CG、mTOR、IL-6、TNF等交互靶点在各通路中参与次数较多。结论 黄芪在卒中相关性肌少症中体现了多成分、多靶点、多途径的特点,其可能通过调控IRS-1/PI3K/AKT2/mTOR信号通路,靶向调控胰岛素抵抗途径相关能量代谢障碍,进而治疗和预防卒中相关性肌少症。  相似文献   

16.
目的 利用网络药理学方法研究黄芩治疗白癜风的作用靶点和机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选得到黄芩中的活性成分及其作用靶点,通过SwissTargetPrediction数据库检索补充各个活性成分的作用靶点;通过OMIM、GeneCards数据库获取白癜风的相关靶点,与活性成分作用靶点取交集;将黄芩活性成分和白癜风的交集靶点导入String数据库构建靶点间的蛋白相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape 3.9.1软件,构建"黄芩-活性成分-白癜风靶点"网络并筛选核心靶点;使用Metascape数据库对潜在作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用AutoDockTools 1.5.7软件进行分子对接验证并使用PyMol软件对结果进行可视化处理。结果 共筛选得到黄芩素、汉黄芩素、刺槐素、木蝴蝶素a、表小檗碱、去甲汉黄芩素、5,7,4''-三羟基-8-甲氧基黄酮等36个活性成分,作用于3 868个潜在靶点,白癜风相关靶点1 349个,黄芩-白癜风的交集靶点113个;PPI网络分析得到肿瘤蛋白P53(TP53)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-6(IL-6)、胱天蛋白酶3(CASP3)、雌激素受体(ESR1)共8个核心作用靶点;GO和KEGG富集分析显示,黄芩治疗白癜风主要涉及胰腺癌、内分泌抵抗、神经营养素信号通路、细胞凋亡、乙型肝炎、细胞衰老等信号通路。分子对接结果显示黄芩素、汉黄芩素、刺槐素、木蝴蝶素a、表小檗碱、去甲汉黄芩素、5,7,4''-三羟基-8-甲氧基黄酮7个核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论 黄芩可能通过调控内分泌、神经、细胞衰老和凋亡以及炎症等方面发挥治疗白癜风的作用,为后续研究黄芩治疗白癜风提供参考。  相似文献   

17.
目的 基于网络药理学及分子对接方法探讨三七治疗胃癌前病变机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选三七有效成分和靶点,通过Uniprot数据库将获取的蛋白靶点转换为人类基因靶点,通过SwissTarget Prediction数据库进行成分潜在靶点预测补充。通过GeneCards数据库筛选胃癌前病变疾病相关靶点。筛选出三七治疗胃癌前病变交集靶点利用STRING数据库与Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络。利用David数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;运用AutoDock vina对三七有效成分(配体)与核心靶点(受体)进行分子对接,利用PyMOL软件将结果进行可视化处理。结果 共收集到三七8种有效成分及三七治疗胃癌前病变的交集靶点128个;三七治疗胃癌前病变的5个最核心靶点分别为信号转导及转录激活蛋白3(STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋白激酶B(Akt1)、90KDA热休克蛋白ΑA1重组蛋白(HSP90AA1),2个核心有效活性成分为槲皮素...  相似文献   

18.
目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探究冬虫夏草抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP、CNKI、PubMed、Drugbank、Stitch和Swiss target prediction等平台检索冬虫夏草的化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库筛选肿瘤相关基因,运用Cytoscape 3.7.2构建冬虫夏草活性成分-靶点网络,通过String数据库对关键靶点构建网络互作(PPI)网络,并进行基因本体(GO)基因和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后利用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 共得到冬虫夏草22个化合物,86个抗肿瘤共同靶点,主要包括环加氧酶(PTGS)2、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)、胱天蛋白酶3(CASP3)、JUN基因等关键靶点。GO分析与KEGG通路结果显示,冬虫夏草抗肿瘤涉及到多种生物学过程以及PPAR、花生四烯代谢、5-羟色胺信号通路等多种信号通路。将关键化合物和靶点进行分子对接,提示冬虫夏草抗肿瘤可能的前5个主要活性成分11,14-二十碳二烯酸、花生四烯酸、黄豆黄素、胆甾醇和豆甾醇与关键靶点PTGS2、PTGS1、PGR、HMGCR和CNR1均能自发结合。结论 初步探讨了冬虫夏草抗肿瘤的主要活性成分、相关靶点及相关通路,发现冬虫夏草可以通过多成分、多靶点、多通路抗肿瘤,为后期实验验证提供了参考依据。  相似文献   

19.
目的通过网络药理学和分子对接方法探讨"半枝莲–山慈菇"抗乳腺癌的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选半枝莲、山慈菇的有效化学成分及相应靶蛋白。通过DrugBank、Uniprot数据库筛选乳腺癌潜在靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件构建"化合物–靶点–疾病"网络图。使用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用DAVID数据库对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果共筛选出半枝莲中有效化学成分29个,山慈菇中有效化学成分3个;对应潜在作用靶点517个,乳腺癌靶点118个;将"半枝莲–山慈菇"与乳腺癌的靶点对比,获得8个药物–疾病共同靶点,包括雄激素受体(AR)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-9(CASP9)、雌激素受体α(ESR1)、雌激素受体β(ESR2)、钾电压门控通道亚家族H成员2(KCNH2)、前列腺素G/H合酶2(PTGS2)和钠依赖性血清素转运体(SLC6A4)。GO功能分析得到197个条目,涉及药物代谢等方面。KEGG通路分析得到116个条目,涉及膀胱癌、非小细胞肺癌、胰腺癌、非洲锥虫病、前列腺癌、结直肠癌、子宫内膜癌等通路。结论研究揭示了"半枝莲–山慈菇"抗乳腺癌的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,并结合分子对接技术,发现其作用是多靶点、多通路的,为今后的分子生物学实验奠定了基础。  相似文献   

20.
目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨冬虫夏草干预慢性阻塞性肺疾病的物质基础及作用机制。方法 通过TCMSP等数据库筛选冬虫夏草活性成分并预测其作用靶点。采用GeneCards、OMIM数据库筛选慢性阻塞性肺疾病靶点,合并后去重,与活性成分靶点取交集。运用String数据库构建交集靶点的蛋白质相互作用(PPI)网络图,利用Cytoscape 3.8.2软件进行拓扑分析和可视化处理。采用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用SwissDock、Pymol软件进行分子对接验证。结果 筛选得到冬虫夏草14个主要活性成分,包括花生四烯酸、啤酒甾醇、β-谷甾醇、麦角醇、黄豆黄素、棕榈酸胆固醇酯、胆固醇、乙酸亚油酯、豆甾醇、过氧麦角甾醇、菜油甾醇、腺苷、D-甘露醇和麦角甾醇。冬虫夏草活性成分与慢性阻塞性肺疾病相关的交集靶点有91个,核心靶点为肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白p53(TP53)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、非受体蛋白酪氨酸激酶(SRC)等。GO和KEGG分析结果显示,冬虫夏草干预慢性阻塞性肺疾病的作用机制主要涉及癌症通路、癌症相关蛋白聚糖、脂质和动脉粥样硬化通路、Ca2+信号通路、VEGF信号通路、TRP通道的炎症介质调节通路等。分子对接结果显示,冬虫夏草活性成分啤酒甾醇与核心靶点MMP9具有较高亲和力。结论 本研究发现冬虫夏草可能通过其有效成分花生四烯酸、啤酒甾醇、β-谷甾醇、棕榈酸胆固醇酯、乙酸亚油酯、腺苷、麦角甾醇等作用于TNF、TP53、CASP3、EGFR、MMP9、SRC等慢性阻塞性肺疾病相关靶点,通过调控癌症通路、癌症相关蛋白聚糖等发挥干预慢性阻塞性肺疾病的作用。  相似文献   

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