一组分离自男男性行为人群HIV-1毒株的近似全长序列分析

目的对5名北京市男男性行为者体内人类免疫缺陷病毒-1（HIV-1）全基因组特征进行全面分析。方法采用淋巴细胞共培养法分离出病毒,并采用RT-PCR法扩增出其近似全长基因组,测序后对其基因序列特征进行深入分析。结果经系统进化和重组分析,分离出的5株病毒分属CRF07_BC、CRF01_AE和B亚型。病毒虽然分属不同亚型,但膜区糖基化位点的数目和分布位置都趋于保守,V3环顶端序列存在GPGR和GWGR两种形式,嗜性预测皆为M嗜性。结论男男性行为人群中HIV-1流行毒株存在CRF01_AE、CRF07_BC和B亚型。本研究获得的全长序列将为研究HIV-1各亚型在男男性行为人群中的传播和进化提供理论依据。     

安徽阜阳既往献血人群HIV-1感染者基因变异特征的研究

目的研究安徽省阜阳市既往献血人群中HIV-1感染者体内病毒流行株的亚型及序列变异特征。方法用巢式聚合酶链反应（nested-PCR）对HIV-1外膜蛋白（env）基因和核心蛋白（gag）基因进行扩增,获得244例患者的env基因V3-C3及其邻近区域序列和245例患者的gag基因区序列,应用MEGA软件进行分析,同时结合患者的疾病进展阶段进行相关性研究。结果系统进化树显示安徽省阜阳市患者体内HIV病毒的env和gag区序列属泰国B亚型;env和gag区的组内基因距离分别为9．11％和3．59％;按CD4细胞绝对计数分层,随CD4细胞绝对计数降低,env、Gag组内基因距离明显升高;随病毒载量水平增加,各组基因距离有增大的趋势,且差异均有统计学意义（P〈0．001）。env区V3环序列13份长期不进展者7份顶端四肽为GPGQ,53份缓慢进展者33份顶端四肽为GPGR,两者间差异有统计学意义（P=0．038）。结论安徽省阜阳市既往献血人群HIV-1感染者体内的病毒流行株是B′亚型。CD4和病毒载量作为疾病进程不同阶段的指标,与病毒变异有相关性,即随CD4降低、病毒载量升高病毒组内基因距离增大。HIV B′亚型V3环顶端四肽随疾病进展由GPGQ为主变为GPGR为主。     

液态芯片的高敏感性检测HIV-1 RNA

目的建立高敏感的液态芯片检测血液HIV-1 RNA的方法。方法抽提NASBA（nucleic acid sequence-based amplification）确定HIV-1 RNA载量的患者血浆RNA，对HIV-1引物进行生物素标记，行一步法RT-PCR扩增靶HIV-1 gag区片段。PCR产物与两个交联HIV-1特异探针的微球杂交，同时对于HIV-1病毒载量在100-790拷贝/ml样本进行荧光定量PCR检测。结果对NASBA确定阳性的上海108例（载量170-3 300 000）、COBAS定量的北京86例阳性（载量477-2 040 000）以及5例NIH的HIV标准品（〈100；273；1 610；11 300；33 800）的结果进行液态芯片多区段检测HIV-1 RNA，总阳性率为96.98%（193/199），液态芯片检测的敏感性与NASBA、COBAS方法相当（P〉0.05），对于HIV-1 RNA载量在180-790拷贝/ml的13个样本的荧光定量PCR未检测到信号，液态芯片检测结果为阳性。结论多区段液态芯片法检测HIV-1 RNA灵敏度高、特异性强、重复性好，降低漏检率，而且具有操作简便、快速、低成本的特点，将液态芯片技术应用于血液筛查将有助于提高HIV-1阳性血液的检出率和输血的安全性。     

东莞市艾滋病病毒1型的分子流行病学研究

目的了解东莞市不同人群中艾滋病病毒(HIV)各亚型毒株的流行情况和传播规律。方法采集东莞市经蛋白印迹法确认的24名HIV感染者的外周抗凝血,分离单核细胞、提取核酸后用套式聚合酶链反应扩增HIV-1膜蛋白(env)基因C2-V3区的核酸片段,进行序列测定,鉴定病毒亚型。用威斯康星GCG软件进行共享序列、基因离散率的计算和毒株的聚类分析。结果在24份阳性标本中,有13份标本PCR扩增阳性,亚型分析结果表明东莞市存在HIV-1B和CRF01-AE两种亚型。结论HIV-1B和CRF01-AE可能是东莞市艾滋病病毒流行的主要亚型。     

HIV-1 B’亚型感染者Nef蛋白CTL表位变异与病毒载量的相关性

目的探讨HIV-1 B’亚型毒株感染者Nef蛋白细胞毒性淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位变异及其与病毒载量的相关性。方法从137例HIV-1 B’亚型毒株感染者的血浆样本中提取病毒RNA,经逆转录及巢式PCR扩增获得Nef基因并测序,将获得的Nef基因序列翻译为蛋白序列,然后与HIV免疫学数据库中经过实验证实的CTL表位进行比对,分析Nef蛋白CTL表位变异与感染者病毒载量的关系。结果与HIV免疫学数据库中CTL表位的比较发现,本研究137例HIV-1 B’亚型毒株感染者病毒Nef蛋白大部分CTL表位相对保守,只有5个表位的变异频率超过10%,CTL表位旁序列的变异程度较锚着位点变异大,表位旁上下游第一位氨基酸的突变频率较高,表位氨基酸总变异频率、锚着位点和表位旁序列的氨基酸变异频率与病毒载量呈正相关,非锚着位点氨基酸的变异与病毒载量无相关性。结论 HIV-1 B’亚型毒株感染者Nef蛋白大部分CTL表位较保守,CTL表位旁序列变异程度较锚着位点大,表位旁上下游第一位氨基酸的突变频率较高,推测表位旁序列氨基酸的变异可能是Nef蛋白CTL逃逸突变的主要方式,Nef蛋白CTL表位变异与病毒适应性损伤的关系还需进一步研究。     

1997～2002年山东省HIV-1流行株env基因序列测定和亚型分析

①目的对1997～2002年间山东地区HIV-1各亚型分离株进行基因分型，了解各亚型的分布及其与传播途径的相互关系。②方法采集1997～2002年间山东省38例HIV-1感染者的抗凝全血标本，用巢式PCR技术扩增外周血单个核细胞中HIV-1前病毒env基因C2～V3区，并对C2～V3区的核苷酸序列进行测定和分析。⑧结果山东省38例HIV-1分离株中存在亚型和重组毒株4种（A、B、C、A／E）。其中A亚型5株，B亚型22株（其中包括泰国B亚型11株），C亚型10株，A／E重组毒株1株。各亚型内的离散率有差异，A、B、c亚型内基因离散率分别为1．5％、8．6％和1．9％。在性乱人群和静脉吸毒人群中以A亚型和C亚型为主；在职业献血和不安全血制品使用者中以B亚型为主。④结论1997～2002年间山东省HIV-1流行特点为A、B、c亚型共存，伴有重组毒株；传播途径复杂，基因变异较大，B亚型仍然为主要流行株。     

季节性流感病毒H1N1实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立一种快速定量检测季节性流感病毒H1N1核酸的实时荧光定量PCR检测方法及试剂盒。方法选择季节性流感病毒H1N1的保守基因NP基因作为检测靶目标,应用Clustal W软件进行序列同源性比对分析,筛选出季节性流感病毒H1N1特异性的保守序列作为引物候选区域,然后应用Primer Express及PrimerPremier 5.0软件包对候选引物进行进一步配对及筛选,得到最优特异性检测引物。同时,由病毒全长cDNA扩增出NP基因,琼脂糖凝胶电泳检测NP基因的扩增情况并对目的条带进行切胶回收及纯化,对回收后的NP全长基因进行核酸浓度测定,并换算成拷贝数,作为定量标准品。结果应用ABI公司的Power SYBR Green PCR MasterMix及StepOne实时荧光定量PCR仪,该检测系统灵敏度可达102 copies/μL,不同梯度标准品间线性关系(R2)达0.999,斜率为-0.3433,扩增效率为95.572%,所有标准品均在83.2℃出现尖且窄的特异性熔解峰。结论利用该检测系统可以快速定量检测季节性流感病毒H1N1,灵敏度高,可用作基础及临床实验室对季节性流感病毒H1N1感染的辅助诊断方法和临床效果的监测手段,对实验操作者要求相对较低,具有实际的应用价值。     

人类免疫缺陷病毒Ⅰ型 B′亚型感染者人类白细胞抗原Ⅰ类基因对病毒载量的影响

目的探讨人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（HIV-1）B＇亚型感染者人类白细胞抗原（HLA）-A、-B、-C位点等位基因的分布及其对病毒载量的影响。方法对146例HIV-1B＇亚型感染者采用聚合酶链反应-序列特异性引物（PCR-SSP）扩增方法进行HLA-A、-B、-C位点等位基因检测,计算各位点等位基因的频率及其对感染者病毒载量的影响。结果在146例HIV-1B＇亚型感染者中分别检出HLA-A位点14个等位基因,-B位点24个等位基因,-Cw位点12个等位基因,其中频率大于0．1的等位基因为HLA-A＊02,-A＊11,-A＊24,-A＊30,-B＊13,-B＊40,-B＊51,-Cw＊03,-Cw＊06,-Cw＊08;HLA-A、-B、-C等位基因纯合子携带者的病毒载量高于杂合子（P=0．0013）;HLA-A＊03（P=-0．0314）、-A＊30（P=-0．0072）、-B＊13（P=0．0087）、-Cw＊06（P=0．0145）等位基因携带者具有较低病毒载量。结论HIV-1B＇亚型感染者HLA-A＊03、-A＊30、-B＊13、-Cw＊06等位基因与低病毒载量相关。     

沈阳市1份人类免疫缺陷病毒的基因序列分析

目的 :对 2 0 0 4年我院门诊检出的 1例艾滋病感染者体内的HIV 1病毒进行基因序列分析和亚型鉴定。方法 :从HIV 1感染者的全血标本中提取脱氧核糖核酸 (DNA)作为PCR扩增的模板 ,套式引物扩增HIV 1前病毒DNA的p17与p2 4交界部分的基因片断并进行测序。所测定序列与各亚型国际参考株及亚洲流行参考序列进行比较 ,确定被检标本的亚型 ,并进行基因序列分析。结果 :该患HIV 1病毒属于B’亚型毒株 ,经输供血途径感染。该毒株与泰国B’亚型参考株B TH 92 92TH0 14的基因距离最为接近。结论 :在沈阳市有效地控制艾滋病经输供血途径传播应引起我们高度的重视     

适用于中国HIV-1分型的gag基因引物及其应用

目的 对中国流行的主要HIV-1毒株进行遗传特征分析,确定适用于中国HIV分子流行病学调查的gag基因扩增引物.方法 从HIV序列数据库下载CRF07_BC、CRF08_BC、C亚型及M组参考毒株的gag全长序列,经序列比对后设计gag基因扩增引物;获得的基因片段采用邻接法构建系统进化树,评价不同片段用于分析和确定HIV-1亚型的可靠性,并检测部分样本以评定效果.结果 目前我国常用的gag基因306/c-gag引物扩增片段(HXB2 836～1507)构建的系统进化树中,CRF07_BC、C亚型进化簇的Bootstrap值分别为70%和59%,其可靠性较低,难以形成较为稳定的进化簇用于病毒亚型判断.而利用设计的gag基因GUX/GDX引物扩增片段(HXB2 781～1861)构建的系统进化树中,CRF07_Bc、CRF08_BC和C亚型序列能够独立成簇,其Bootstrap值分别为99%、99%和77%,具有较高的可靠性.在实际应用中,新设计的引物具有较高的扩增阳性率和测序成功率,获得序列形成B、C亚型和CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC等5个大的进化簇,其Bootstrap值均超过80%.即使仅用下游引物GDX测序获得的较短片段亦能获得较为可靠的系统进化树.结论 GUX/GDX引物扩增获得的gag基因片段可以构建较为可靠的系统进化树,用于区分和判断我国流行的主要HIV-1毒株亚型,尤其是BC重组毒株和C亚型毒株.该方法在我国HIV分子流行病学调查和研究中有广泛的应用价值.     

TRUGENE HIV-1基因型检测系统在HIV-1亚型分析中的应用

目的利用TRUGENE HIV-1基因型检测系统对我国部分地区HIV感染者的血浆样本进行耐药性检测的同时进行HIV-1的亚型分析。方法采用TRUGENE HIV-1试剂盒扩增靶HIV-1序列即pol基因中长度分别为297bp的蛋白酶基因片段和621bp的逆转录酶基因片段，采用OpenGene DNA测序系统和数据分析软件进行测序和序列分析，利用HIV Database网站提供的HIV基因亚型分析软件对所得到的靶序列进行亚型分析。结果对165份标本的靶序列进行扩增和测序全部成功，采用蛋白酶基因片断和反转录酶基因片断进行亚型分析的结果非常吻合，165份标本亚型的分类与分布情况提示目前各类感染人群中的HIV-1毒株的亚型分布特点呈现出多样化和复杂性。另外，发现了一例国内尚未报道过的CRF09-cpx HIV-1的感染。结论TRUGENE HIV-l基因型检测系统可以成功的应用于HIV-1的亚型分析。     

深圳地区120株HIV-1膜区和结构蛋白区基因变异分析

目的研究深圳地区HIV-1病毒株在膜区和结构蛋白区基因变异情况,比较不同亚型毒株之间基因离散率的差异。方法收集HIV-1感染者新鲜血浆,提取血浆中HIV-1病毒株RNA,RT-PCR套式扩增env区和gag区基因,基因测序后进行序列比对和分析,构建基因进化树,计算基因离散率。结果各亚型毒株在env区相互之间基因离散率最大的是B亚型和07-BC亚型,最小的是07-BC亚型和08-BC亚型;各亚型毒株在gag区相互之间基因离散率最大的是01_AE亚型和07-BC亚型,最小的是07-BC亚型和C亚型。结论 07-BC、08-BC及C亚型在两个基因片段上基因距离均最近,说明这三个亚型可能有共同的起源。     

环介导等温扩增法对乙肝病毒的快速检测和分型

目的针对乙肝病毒(HBV)不同亚型,建立环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法,实现对HBV的快速检测及基因分型。方法分别设计HBV B、C、D三亚型基因组特征序列的LAMP引物,优化反应条件,建立特异灵敏的HBV亚型LAMP检测方法,并与Real-time PCR方法进行临床样本检测结果比对。结果 LAMP法在数十分钟内有效地检测出HBV的B、C、D三亚型;其中,HBV-B亚型的检出限为17拷贝;C亚型的检出限为25拷贝;D亚型的检出限为10拷贝。与Real-time PCR法相比,灵敏度提高1 000倍左右。结论 LAMP法可实现HBV的快速检测及分型,具有高特异度和高灵敏度,可用于临床检测诊断。     

辽宁省99例人类免疫缺陷病毒1感染者gag-pol区基因序列分析

目的 研究辽宁省人类免疫缺陷病毒／艾滋病（HIV／AIDS）患者gag-pol区的基因序列特征。方法采集辽宁省99例HIV-1感染者外周静脉血,提取前病毒DNA,经巢式PCR方法扩增gag—pol区2．6kb片段,与HIVS序列数据库中亚型参考序列共同构建系统进化树以区分亚型,并计算gag—pol区不同编码区域的基因离散率和Ks／Ka比值。结果 在辽宁省99例HIV-1感染者中发现A、B’、B、C、G5种亚型,循环重组型CRF01_AE、CRF03_AB、CRF06_cpx、CRF07_BC、CRF08_BC5种循环重组型和循环重组型间的重组ICR07／08。以B’亚型最多见,其次为CRF01_AE。在gag—pol区内,p17区、p2-p6区基因离散率高于p24区、蛋白酶及逆转录酶编码区。但B亚型p24区基因离散率处于较高水平。CRF07_BC和CRF08_BC在gag-pol各区基因离散率及同义替换、错义替换普遍处于较低水平。各亚型毒株的p2-p6区的Ks／Ka值最低,其均值〈1,而CRF01_AE毒株RT区的Ks／Ka值高达10．45。结论 辽宁省流行的HIV-1 gag—pol区亚型十分复杂。p24、蛋白酶及逆转录酶编码区是更为保守的区域。B亚型毒株的p24区承受较大的正向选择压力,CRF01_AE毒株RT区承受了较大的负向选择压力。CRF07_BC和CRF08_BC传入辽宁省的时间较短,奠基者效应明显。     

深圳市2010年HIV-1分子流行病学调查

目的了解2010年艾滋病病毒-1型（HIV-1）毒株亚型在深圳市的流行情况,为预防和控制HIV在本市的流行提供有价值的资料。方法收集2010年深圳市HIV-1确认为阳性的样本150例,应用巢式聚合酶链反应（nested-PCR）技术,对该样本膜蛋白基因（env基因）和核心蛋白（gag基因）进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果共有128份样本获得分型结果,其中CRF01_AE重组株占63.3%（81/128）,B’亚型占14.1%（18/128）,CRF07_BC重组株占13.3%（17/128）,CRF08_BC重组株占7.0%（9/128）,C亚型占0.8%（1/128）,A1亚型占1.6%（2/128）;CRF01_AE重组株以吸毒传播、异性性传播和同性性传播为主,分别占其感染人群的23.5%、45.7%和30.9%,CRF07_BC、CRF08_BC重组株以异性性传播和同性性传播为主,分别占各感染人群的41.2%、58.8%和66.7%、33.3%%,B’亚型主要分布在性传播、献/输血和母婴传播人群。本文首次在吸毒人群中发现A1亚型。结论 2010年深圳市的HIV-1是以CRF01_AE重组株、B’亚型、CRF07_BC和CRF08_BC重组株为主要流行毒株,也存在A1和C亚型;CRF01_AE重组株是各传播途径人群中的主要流行株,并且CRF01_AE重组株在各人群中所占的比例高于国内其他地区。     

1例因窗口期输血引起HIV-1感染的调查

目的明确患者是否由窗口期输血感染HIV-1。方法采集献血者存留样品及患者阳性样品,进行核酸提取、病毒载量检测、PCR及基因测序,对所得结果进行pol基因鉴定,同时用软件MEGA4.1进行系统发生分析。结果 2名献血者中,有1名献血者存留样病毒载量结果为37 000 IU/ml,与患者HIV-1毒株均为CRF07_BC重组亚型,其相似性为100%。结论患者体内的HIV-1毒株为窗口期输血感染。在采供血机构推广核酸检测将更有利于临床输血的安全。     

A new approach for sequencing virion genome of Chinese HIV-1 strains subtype B and BC from plasma

Background  Although it was widely accepted that full-length HIV genome sequences is important in studying virus genetic evolution and variation as well as developing vaccine candidate, to directly sequencing HIV-1 genome of virion RNA remains as a challenge worldwide. Up to date, no published genomic sequences from virion RNA are available for Chinese prevalent HIV-1 strains due to the absence of specialized protocol and appropriate lab equipments. In this study we developed a straightforward approach for amplifying and sequencing HIV virion RNA from plasma by modifying published protocols and further confirmed it is suitable to process Chinese samples.

Methods  The methods for viral RNA extraction and gene amplification was modified and optimized as could be widely used in most Chinese labs. Gene alignment of Chinese HIV-1 strains was employed for designing specialized primer sets for Thai-B and BC recombinant strains. Based on comprehensively consideration of high variable gene region and recombinant breakpoints in BC recombinant strains, a three-amplicon strategy (including 4.3-kb gag-pol, 2.9-kb pol-env and 2.7-kb env-nef) was developed. In addition, one amplicon (9 kb near full-length genome) was also used in 32 samples with varied viral loads. All amplicons were directly sequenced by DNA automated sequencer.

Results  Twenty-five percent (8/32) amplification efficiency was achieved by the one-amplicon strategy and 65.6% (21/32) by three-amplicon strategy. For one amplicon strategy, none of complete near full-length genome sequences was obtained by DNA sequencing. For three-amplicon strategy, 75% sequences were achieved in DNA sequencing. Amplification efficiency but not sequencing efficiency was closely associated with viral loads.  

Conclusion  Three-amplicon strategy covering all encoding regions of HIV-1 is suitable for Thai-B and BC recombinant strains and could be potentially employed in less-well equipped Chinese labs.