基于网络药理学探讨四逆散治疗桥本甲状腺炎作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术,分析四逆散治疗桥本甲状腺炎的作用机制.方法 通过TCMSP数据库,筛选柴胡、白芍、枳实、甘草的主要活性成分及作用靶点;通过Genecards、OMIM数据库获取桥本甲状腺炎的相关靶点;利用STRING数据库构建PPI网络;利用Metascape平台进行KEGG信号通路和GO生物富集分...     

基于网络药理学和UPLC-QE-MS探讨和肝汤治疗功能性消化不良的作用机制

目的 通过网络药理学分析和分子对接以及超高效液相色谱-四级杆静电场轨道阱质谱(ultra performance liquid chromatography q exactive mass spectrometry, UPLC-QE-MS)非靶向代谢组学法,探讨和肝汤治疗功能性消化不良(functional dyspepsia,FD)的潜在作用机制。方法 首先,通过TCMSP、TCMID数据库提取和肝汤相关的活性成分;通过DisGeNET、CTD和GeneCards数据库提取FD相关基因靶点;采用Cytoscape3.7.0建立处方-活性成分-靶点网络;由STRING构建蛋白相互作用(Protein-Protein interaction,PPI)网;通过R进行GO分析和KEGG通路富集分析,并采用MOL2和AutoDock进行分子对接;运用UPLC-QE-MS技术对和肝汤活性成分进行分析。结果 共筛选出76个和肝汤活性成分和75个FD潜在治疗靶标。处方-活性成分-靶点网络显示:山柰酚、槲皮素、金合花素、木犀草素、桉树醇、丁香酚等8个活性成分,以及p53、前列腺素E受体2、核因子红系2...     

基于网络药理学—分子对接探讨四逆散治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的：运用网络药理学研究方法及分子对接技术探讨四逆散治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法：利用TCMSP数据库检索出四逆散全方（柴胡、枳实、白芍、甘草）4味中药活性成分,运用UNIPROT数据库筛选活性成分的潜在作用靶点,利用Cytoscape 3.6.0软件对活性成分及靶点进行可视化分析处理,构建中药-化合物-靶点网络;通过GeneCards数据库检索获得UC的靶点,利用Venny图得到四逆散和溃疡性结肠炎的共同靶点,将共同靶点信息录入STRING数据库中得到蛋白网络互作图,利用DAVID数据库进行GO分析、KEGG通路富集分析。运用Autodock Tools 1.5.6软件及Pymol软件对PPI中前六的靶标与君药活性成分进行分子对接。结果：筛选出四逆散活性成分133个,有效化合物靶点蛋白156个,基因靶点153个,溃疡性结肠炎疾病靶点1 111个,通过维恩图得到共同靶点65个,这些靶点涉及的生物过程有RNA聚合酶II启动子转录的正调控、细胞增殖的正调控、转录的正调控-DNA的模板、对药物的反应、信号转导等;涉及的细胞成分有细胞核、胞浆、细胞外空间、细胞质、质膜等;涉及的分子功能有蛋...     

基于网络药理学探讨枳术丸异病同治功能性便秘和功能性消化不良的作用机制

目的：以中医“异病同治”理论为依据,基于网络药理学探讨枳术丸治疗功能性便秘(functional constipation, FC)和功能性消化不良(functional dyspepsia, FD)的作用机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台获取并筛选枳术丸的活性成分及其作用靶点;使用GeneCards数据库获取FC和FD的疾病靶点;将枳术丸活性成分相关靶点与FC和FD疾病靶点导入微生信在线作图平台绘制韦恩图,得到交集靶点,即为枳术丸治疗FC和FD的潜在靶点;采用STRING数据库获取潜在靶点的蛋白质相互作用关系,并利用Cytoscape 3.7.2软件绘制蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络图。将潜在靶点导入Metascape数据库进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析。结果：筛选得到枳术丸活性化学成分29个,相关靶点126个;FC和FD疾病靶点分别有1 299个和1 ...     

基于网络药理学探究香砂枳术丸治疗功能性消化不良的作用机制与实验验证

目的:借助网络药理学的研究思路,探寻香砂枳术丸（XSZZW）治疗功能性消化不良（FD）的作用机制,并使用动物实验进行验证。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选活性成分和靶点,借助Perl语言与UniProt将靶点进行标准化;通过TTD、DrugBank、OMIM以及GeneCards数据库筛选FD相关靶点;利用Cytoscape构建“中药复方-活性成分-作用靶点”网络;使用STRING数据库分别构建活性成分和疾病相关靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并导入Cytoscape软件,以度值、接近中心性和介度中心性为条件筛选核心靶点;将核心靶点映射到DAVID数据库,进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,使用分子对接和动物实验进行结果验证。结果:获得活性成分75个以及靶点292个,FD相关的疾病靶点666个,经筛选最终获得核心靶点90个;GO富集分析主要在同源蛋白结合、酶结合、蛋白结合等生物学调控方面;KEGG富集分析得到信号通路103条,主要涉及癌症、细胞凋亡、炎症通路等方面。结论:香砂枳术丸可通过调控PI3K-AKT、FoxO、核因子κB、神经营养因子信号通路来预防或治疗FD。     

基于网络药理学和分子对接探讨四逆散干预肠易激综合征作用机制

目的:应用网络药理学及分子对接探讨四逆散从缓解消化道症状及精神神经症状方面综合干预肠易激综合征的分子作用机制。方法:检索TCMSP数据库获取四逆散的主要活性成分及其靶点,GeneCards数据库及疗效药靶数据库(TTD)获取肠易激综合征的靶基因,利用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络并筛选出...     

基于网络药理学探讨半夏泻心汤治疗消化不良的作用机制

目的:运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗消化不良的作用机制。方法:运用TCMSP数据库获取半夏泻心汤有效成分及预测药物作用靶点,运用毒性与基因比较数据库(CTD数据库)获取消化不良疾病基因,运用STRING在线工具构建蛋白互相作用网络,使用Cytoscape软件进行蛋白网络可视化处理,使用DAVID工具进行GO及KEGG信号通路分析,运用cytoHubba、MCODE插件筛选关键基因。结果:半夏泻心汤靶点与消化不良疾病的交集基因共147个,功能涉及药物反应、一氧化氮合成、血管收缩、神经激素受体等方面,KEGG信号通路分析结果显示交集基因富集于与神经系统密切相关的神经活性配体-受体互作通路、胆碱能、5-羟色胺能、多巴胺能突触,及与胃肠动力密切相关的钙信号、cAMP信号、cGMP-PKG信号通路。筛选得DRD2、ADRA2C、ADRA2A、CXCL8、CHRM4、OPRM1、OPRD1、PTGER3、ADRA2B、DRD4、CHRM2共11个关键靶点基因,这些基因或蛋白与神经递质和受体、胃肠动力和感觉密切相关。结论:半夏泻心汤治疗消化不良是多靶点、多通路的复杂过程,其机制与调节神经递质、...     

四逆散加味治疗功能性消化不良

从 1999年 6月至 2 0 0 1年 6月 ,笔者运用《伤寒论》方四逆散加味治疗功能性消化不良 10 8例 ,效果满意 ,现报道如下。1　临床资料本组全部是门诊病人。男 6 2例 ,女 4 6例 ;其中年龄 18～ 35岁者 4 0例 ,36～ 5 0岁者 4 3例 ,5 1岁以上 2 5例 ;病程1年以内者 5 0例 ,1～ 2年者 38例 ,2年以上者 2 0例。曾有慢性胆囊炎病史者 6 8例 ,有慢性浅表性胃炎病史者 4 0例。所有病例均进行胃镜和 B超检查 ,除外胃胆器质性病变。2　治疗方法四逆散加味药物组成 :柴胡 10 g,白芍 15 g,枳实 10 g,鸡内金 10 g,高良姜 10 g,小茴香 10 g,山楂 2 0 g,炒…     

基于网络药理学探讨陈皮治疗功能性胃肠病的作用机制※

目的 基于网络药理学探讨陈皮治疗功能性胃肠病的物质基础与分子作用机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、Drugbank数据库和文献搜索获得陈皮的主要活性成分及靶点;利用GeneCards数据库筛选功能性胃肠病的靶点,整理获得陈皮活性成分-功能性胃肠病的交集靶点,构建化学成分-靶点可视化网络;采用String数据库构建交集靶点蛋白互作（PPI）网络;借助David 6.8数据库对靶点进行GO和KEGG分析。结果 获得12个陈皮活性成分,223个治疗FGIDs的靶点,其中TP53、GRIN2A、HTR2A、PTGS2、SCN5A、NCOA2、JUN、MAPK3等为关键靶点;交集靶点主要分布于质膜,与延迟整流钾通道活性、酶结合、血红素结合、药物结合等分子功能有关,参与缺氧、甲醇、药物反应等生物过程,涉及cAMP信号通路、TNF信号通路、神经活性配体-受体相互作用等信号通路。结论 陈皮中黄酮、挥发油类成分是治疗FGIDs的重要物质基础,组分靶点呈差异化,陈皮对炎症、电压门控钾离子通道、胃肠神经系统的调节作用值得深入研究。     

玉锁丹治疗糖尿病的网络药理学研究＊

目的 运用网络药理学方法探讨玉锁丹（YSD）治疗糖尿病（DM）潜在活性成分和作用机制。方法 根据TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM平台及文献报道筛选YSD（茯苓、五倍子、龙骨）有效成分，并以SiwssTargetPrediction平台预测上述活性成分潜在靶点，同时利用Gencards、DisGeNET、DrugBank数据库挖掘DM相关靶点，将获取的活性成分靶点与疾病靶点交集得到YSD抗DM的预测靶点。利用String平台对预测靶点构建蛋白相互作用（PPI）网络并结合Mcode探索其蛋白质功能模块；通过Metascape数据库对预测靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析，并以Cytoscape3.7.1 软件构建“玉锁丹成分-糖尿病靶点-通路”网络，最后采用SiwssDock平台对YSD的化学成分与重要靶点进行分子对接验证。结果 玉锁丹抗DM的核心活性成分为麦角胺、啤酒甾醇、杨梅素、猪苓酸C、25-羟基-3-表去氢土莫酸等，核心靶点为PTPN1、TNF、PIK3CA、PPARA、AGTR1等。分子对接验证显示G < -7 kcal / mol占总数71%，介于-6至-7占29%，即多数成分与靶点结合活性稳定。玉锁丹抗糖尿病的生物通路主要作用于Endocrine resistance、Insulin resistance、PI3K-Akt signaling pathway等，其功能主要调节激素水平及细胞内有机氮化合物等生命活动。结论 玉锁丹抗糖尿病具有多成分-多靶点-多通路的作用特点，尤其与预防胰岛素抵抗，调节激素水平密切相关。     

基于网络药理学联合分子对接探析强精片治疗男性不育症的分子机制＊

目的 通过网络药理学及分子对接技术探析强精片治疗男性不育症的有效成分和潜在分子机制，并对不育症模型小鼠进行相关作用靶点的实验验证。方法 使用中药系统药理学分析平台（TCMSP）收集强精片的活性成分和潜在靶点，利用Genecard数据库筛选男性不育症的疾病靶点；然后将疾病靶点与药物预测靶点取交集，借助Cytoscape3.7.2软件构建交集靶点网络以及蛋白质-蛋白质相互作用网络，利用Bioconductor平台和R语言进行GO和KEGG富集分析。采用氯化镉注射造模不育症小鼠模型，采用HE染色、电镜观察睾丸结构，qPCR检测Pi3kcb、Akt1表达量，探讨强精片治疗不育症的潜在机制。并将药物活性成分与疾病靶点进行分子对接，探讨潜在作用成分及靶点机制。结果 共获得109个强精片活性成分及286个可用于后续分析的靶点，476个男性不育症靶点，映射得出69个药物-疾病共同靶点。GO分析提示主要与营养、抗氧化、对类固醇激素反应等生物过程及功能相关。KEGG通路分析提示主要与PI3K-Akt、TNF、内分泌抵抗等信号通路相关，PI3K-Akt是核心信号通路。强精片可以改善不育症模型小鼠睾丸结构，提高Pi3kcb、Akt1 mRNA表达。强精片中活性成分槲皮素、木犀草素、山奈酚、β-谷固醇、花生四烯酸与靶标蛋白MAPK1、AKT1、HSP90AA1、IL6、ESR1结合稳定。结论 本研究初步明确了强精片治疗男性不育症的主要靶标和通路，为后续深入研究提供一定参考。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨藏药七味草玉梅散治疗乳腺癌的作用机制＊

目的 基于网络药理学和分子对接方法探讨藏药七味草玉梅散治疗乳腺癌的作用机制。方法 藏药七味草玉梅散成药的药性依据藏医“味-性-化味”药性理论计算获得。从TCMSP数据库和文献查阅两种途径获得藏药七味草玉梅散的活性成分及对应靶点。从Genecards、Drugbank、OMIM、TTD和PharmGKB数据库获得乳腺癌疾病靶点，合并五个数据库的所有靶点并去除重复靶点得到最终疾病靶点。通过R语言Venn程序包取七味草玉梅散药物靶点和乳腺癌疾病靶点的交集，最终获得七味草玉梅散治疗乳腺癌的可能靶点，并构建这些靶点的互作网络，通过两次打分筛选得到核心网络。通过R语言的Bioconductor程序包进行GO和KEGG通路富集分析。应用分子对接技术对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果 七味草玉梅散药味以苦味为主，化味以苦化味为主，药性以凉、糙、钝、轻为主，药效以凉、糙、钝、轻、动为主，主要对治热、柔、锐、重等疾病特性，对乳腺癌有疗效。筛选得到该组方活性成分共18个，对应靶点227个。共检索到乳腺癌疾病靶点11109个，两者取交集后得到211个靶点。靶点PPI网络分析得到17个核心靶点。对靶点的GO富集分析结果显示这些靶点富集在生物过程中显著的条目有对药物响应、对金属离子响应和对氧化胁迫的响应，细胞组分中显著的条目有膜筏、微域和区域，而分子功能中显著的条目有脱氧核糖核酸结合转录因子结合和泛素样蛋白连接酶结合，富集的KEGG通路主要涉及脂质与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号途径、AGE-RAGE途径等多种与乳腺癌密切相关的通路。七味草玉梅散药物-成分-靶点网络图揭示了七味草玉梅散中的药效物质和作用靶点，以及两者之间的连接关系。体外细胞实验也证实，七味草玉梅散能以浓度依赖下调PRSS1蛋白的表达，抑制乳腺癌MCF7细胞的增殖和迁移生长。结论 本研究初步明确了七味草玉梅散通过多成分-多靶点-多通路治疗乳腺癌的作用机制，为深入研究七味草玉梅散的药效物质基础和作用机制奠定基础。     

基于网络药理学及分子对接探讨交泰丸治疗心 律失常的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接分析交泰丸治疗心律失常的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)与BATMAN数据库检索黄连、肉桂的活性成分和靶基因,利用GeneCards数据库检索得到与心律失常相关的靶基因,采用Cytoscape软件绘制交泰丸的"活性成分-作用靶点"网络图,采用STRING数据...     

基于网络药理学探究黑逍遥散治疗阿尔茨海默病的分子作用机制＊

目的 探析黑逍遥散治疗阿尔茨海默病的重要有效成分和潜在效应机制，为黑逍遥散的临床开发应用提供参考依据。方法 首先，检索中药数据库分析平台（Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform， TCMSP）获取黑逍遥散的中药活性成分和相应靶点，利用UniProt网站找到中药作用靶点相应的基因名，并在GeneCards等疾病数据库收集阿尔茨海默病的疾病基因，进一步运用VENN在线工具分析中药与疾病之间的共同基因。其次，应用STRING网站取得蛋白相互作用关系，再借助Cytoscape分析核心靶点。然后，使用Cytoscape制作“黑逍遥散活性成分－潜在治疗靶点网络”图分析核心成分。在DAVID数据库获取靶点的分析结果，即基因本体（Gene Ontology， GO）、京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes， KEGG），并借助OmicShare云平台对结果可视化。最后，通过分子对接分析核心成分与核心靶点之间的关系。结果 黑逍遥散治疗阿尔茨海默病的核心成分包括槲皮素（quercetin）、β-谷甾醇（beta-sitosterol）、山奈酚（kaempferol），核心靶点包括AKT1、ALB、MAPK3，分子对接结果表明β-谷甾醇与AKT1、山奈酚与ALB、槲皮素与ALB有较好的结合作用。黑逍遥散发挥治疗作用的效应机制可能与调控IL-17、T细胞受体、TNF、Toll样受体、MAPK、HIF-1、鞘磷脂类等信号通路相关，并可能涉及细胞凋亡、蛋白质过程、代谢过程、细胞增殖、信号传递、刺激反应等生物学功能。结论 黑逍遥散具有多种有效的活性成分，可能从多个靶点、多条通路治疗阿尔茨海默病，提示本文可为黑逍遥散的深入研究与临床开发利用提供方法学依据。     

基于网络药理学研究五苓散治疗慢性肾衰竭的潜在机制

目的：基于网络药理学方法,研究五苓散治疗慢性肾衰竭的机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索五苓散活性成分,使用有机小分子生物活性（PubChem）数据库、瑞士生物信息学研究所(SIB)数据库进行靶点排查。根据GeneCards数据库得到疾病相关靶点。并利用Omicshare平台将药物及疾病靶点进行匹配。采用String Version 10.5数据库构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。利用Omicshare软件对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。采用CytoscapeVersion3.8.0对药物-成分-靶点-信号通路进行分析。结果：筛选得到五苓散活性成分532个,治疗靶点112个,五苓散治疗疾病的主要活性成分包括啤酒甾醇（Cerevisterol）,β谷甾醇（β-sitosterol）,泽泻醇（Alisol B）等;治疗疾病的核心靶点包括肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白细胞介素-6（IL-6）等;主要涉及的信号通路包括Toll-like Receptor（TLR）、T Cell Receptor（TCR）等,生物过程主要包括细胞凋亡过程、磷酸盐代谢过程等。结论：本研究以网络药理学方式探究了五苓散治疗慢性肾衰竭的多途径-多靶点的作用机制,推断五苓散主要通过调节TLR／NF-κB、T Cell Receptor等信号通路,抑制TNF-α、IL-6等相关炎症介质活性从而延缓慢性肾衰竭。为进一步的实验提供理论参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨柴胡-大黄药对防治胆石症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术初步探讨柴胡-大黄药对治疗胆石症的有效物质基础及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡、大黄的有效活性成分及潜在作用靶点;通过GeneCards、CTD、TTD数据库得出胆石症相关作用靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件及STRING数据库构造...     

基于网络药理学及实验验证初步探讨麦门冬汤治疗肺纤维化的作用机制＊

目的 运用网络药理学的方法来研讨麦门冬汤治疗肺纤维化（Pulmonary fibrosis，PF）的作用机制。方法 利用数据库分别筛选麦门冬汤各药材的活性成分及对应的靶点，并获得肺纤维化相关的治疗靶点，提取成分与疾病的交集靶点；构建“成分-靶点-通路”网络，对靶点进行KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路富集和GO（Gene Ontology）生物功能分析，进一步对度值评分较高的分子及靶点进行分子对接分析，评估成分与靶点的结合活性。结果 筛选得到麦门冬汤有145个活性成分，疾病与活性成分共有靶点704个，网络分析结果显示麦门冬汤活性成分涉及血管内皮生长因子、信号转导与转录激活因子3、半胱氨酸蛋白酶3、酪氨酸受体激酶SRC等相关的50个蛋白靶点，药物可通过影响多种细胞分化及生物酶活性来调节AGE-RAGE信号通路、癌症信号通路及人类巨细胞病毒感染等信号通路从而发挥治疗肺纤维化的作用，分子对接结果显示β-谷甾醇、豆甾醇、山奈酚、原阿片碱、白桦脂酸、槲皮素化合物与靶点AKT1、GAPDH、STAT3、MAPK3有较低的结合能，表明以上小分子具有潜在的抑制肺纤维化活性；体外实验表明麦门冬汤可促进MRC-5人胚肺成纤维细胞中AKT1、p-AKT蛋白表达，下调VEGF蛋白。结论 麦门冬汤治疗肺纤维化的作用具有多成分-多靶点-多途径的特点，该研究可为麦门冬汤的现代化研究提供新的研究思路和方向。     

基于网络药理学探讨加味当归芍药散对子宫内膜异位症痛经的作用机制及实验验证

目的：基于网络药理学探讨加味当归芍药散治疗子宫内膜异位症（EMs）痛经的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、人类孟德尔遗传在线数据库（OMIM）、人类基因数据库（GeneCards）、人类疾病相关基因与突变位点信息数据库（DisGeNET）、疗效靶点数据库（TTD）等数据库分析组方活性成分及潜在作用靶点,构建加味当归芍药散活性成分-EMs痛经靶点网络,并对核心靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,应用分子对接vina（Autodock vina）软件对组方潜在活性成分及核心靶点进行分子对接,并采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（RT-qPCR）及蛋白免疫印记法初步验证组方对EMs小鼠模型子宫内膜预测靶点mRNA及相关蛋白表达的影响。结果：组方筛选出活性成分86个,其治疗EMs痛经对应的交集靶点共64个,其中度值较高的靶点包括表皮生长因子受体（EGFR）、肿瘤抑制基因p53（TP53）、前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、白细胞介素6（IL-6）、基序趋化因子配体8（CXCL8）、基质金属蛋白酶9（MMP9）等。GO功能富集分析共得到1990个条目,KEGG通路分析涉及雌激素、黏着斑等127条通络。分子对接结果显示,组方核心成分槲皮素与VEGFA、AKT1、低氧诱导因子1A（HIF1A）等关键靶点具有良好的结合力。验证实验显示,加味当归芍药散可显著下调EMs小鼠模型VEGFA、CXCL8、TP53等mRNA及MMP9、环氧合酶-2（COX-2）蛋白表达水平。结论：加味当归芍药散的核心成分可调控EMs痛经的多个靶点,其作用机制可能和调控细胞侵袭、雌激素、免疫、炎症反应等信号通路相关。