益肾养髓方治疗脊髓损伤作用机制的网络药理学研究＊

目的 本研究主要通过网络药理学的技术和方法，探讨益肾养髓方治疗脊髓损伤的关键靶点及其作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台、中药综合数据库搜集益肾养髓方中所有药物的化学成分，筛选其有效活性成分并预测其作用靶点。通过GeneCards、OMIM等数据库提取脊髓损伤疾病相关基因。随后获取药物与疾病的共同作用靶点，并将其上传至在线STRING11.0数据库构建蛋白质相互作用网络图，并对关键蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果 共获得益肾养髓方化学成分1071个，有效活性成分139个，药物靶点217个，脊髓损伤疾病相关靶点1524个，药物与疾病共同靶点118个。根据PPI蛋白互作网络的结果得出，益肾养髓方治疗SCI疾病的关键靶点为STAT3、AKT1、JUN、MAPK1、IL6、RELA等。GO功能富集分析主要提示与细胞因子受体结合、细胞因子活性、转录因子活性等相关。KEGG通路富集分析主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路等。结论 本研究从整体层面初步预测了益肾养髓方治疗脊髓损伤相关疾病的作用靶点与信号通路，为更深层次的研究提供了思路和方向。     

基于网络药理学探讨清肺通络方治疗儿童肺炎支原体肺炎的作用机制＊

目的 基于网络药理学方法探讨清肺通络方治疗儿童肺炎支原体肺炎（Mycoplasma pneumoniae pneumonia， MPP）的潜在作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform， TCMSP）结合手动文献检索筛选出清肺通络方的活性成分，并通过该平台对清肺通络方活性成分靶点进行预测，并使用蛋白质数据库（The Universal Protein Resource， UniProt）统一规范预测靶点名称；利用人类孟德尔遗传数据库（Online Mendelian Inheritance in Man， OMIM）、药物数据库（DurgBank）、疾病基因数据库（DisGeNET）、人类基因数据库（Gene Cards?：The Human Gene Database，GeneCards）检索儿童MPP的相关靶点；利用Biogenet分别对药物与疾病靶点进行蛋白互作网络（Protein-Protein Interaction Networks， PPI）进行构建，并提取交集网络以获得清肺通络方治疗儿童MPP的核心靶点；利用基因富集分析在线工具（Metascape）对核心靶点进行基因进行基因本体（Gene ontology， GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes， KEGG）通路富集分析。结果 得到药效成分162个、药物靶点276个、儿童MPP靶点589个，最终获得关键靶点120个。清肺通路方主要成分为槲皮素（quercetin）、β-谷固醇（beta-sitosterol）、山奈酚（kaempferol）、常春藤皂苷元（hederagenin）、豆甾醇（Stigmasterol）、异鼠李素（isorhamnetin）、丁子香萜（Mairin）等；核心靶标为微型染色体维持蛋白2（MCM2）、异核核糖核蛋白A1（HNRNPA1）、异核核糖核蛋白K（HNRNPK）、异核核糖核蛋白U（HNRNPU）、雌激素受体1（ESR1）、肿瘤蛋白P53（TP53）、白介素增强子结合因子3（ILF3）等；GO功能富集分析提示清肺通络方通过生物合成、氧化应激、细胞凋亡、转录因子结合等方面发挥作用；KEGG信号通路分析表明主要与癌症中的转录失调通路、细胞凋亡通路、泛素介导的蛋白水解通路、PI3K-Akt信号通路、剪接体通路、MAPK信号通路、Notch信号通路、EB病毒感染、小细胞肺癌通络等相关。结论 清肺通络方通过多成分、多靶点、多途径的作用方式，从细胞凋亡、免疫调节、炎症反应等方面发挥其治疗儿童MPP的作用。     

基于网络药理学探讨丹参通络方治疗冠心病血瘀证的机制＊

目的 基于网络药理学探讨丹参通络方治疗冠心病（Coronary heart disease，CHD）血瘀证的可能作用机制。方法 通过TCMSP数据库ChEMBL数据库筛选出丹参通络方3味药丹参、三七、银杏叶潜在活性成分及靶点，通过GeneCard数据库获得冠心病的作用靶点，结合课题组前期通过高通量测序方法获得的冠心病血瘀证的差异表达基因，最终得到药物与疾病的交集靶点，并运用Cytoscape 3.7.2软件绘制活性成分-靶点-疾病网络图，采用STRING数据库构建PPI网络，使用R软件和Bioconductor包对交集靶点进行基因GO功能和KEGG富集分析。结果 筛选得到丹参通络方治疗冠心病血瘀证的潜在活性成分8个，核心靶点7个，其作用的生物路径与IL-17信号通路等关系密切。结论 丹参通络方治疗冠心病血瘀证的作用具有多成分、多靶点、多通路的作用机制特点，网络药理学结果可为实验验证其机制提供方向。     

基于网络药理学探讨清金化浊方治疗慢阻肺的作用机制＊

目的 利用网络药理学方法探讨清金化浊方治疗慢阻肺的作用机制。方法 在中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology，TCMSP）平台检索组方君臣药物的主要化学成分及作用靶点，通过TTD、CTD、DisGeNET、GeneCards数据库获得慢性阻塞性肺疾病（Chronic Obstructive Pulmonary Disease，COPD）相关靶点，筛选药物与疾病的交集靶点及有效活性成分。利用Cytoscape3.7.2构建药物-化合物-靶点-疾病网络，利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用关系（Protein-Protein Interaction，PPI）网络 拓扑分析图，并分析核心靶点。利用DAVID数据库进行基因功能（Gene Ontology，GO）和基于京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）富集分析，并绘制通路-靶点网络图。基于网络分析结果，纳入2020年1月-2021年1月我科收治的AECOPD患者，采用区组随机法按1：1分为对照组（西医治疗组）、研究组（清金化浊方联合西医治疗组），比较两组患者的IL-6、TNF-α水平。结果 筛选得到164个中药成分靶点，3051个COPD靶点，映射得出药物-疾病交集靶点112个。分析得出清金化浊方治疗COPD主要有槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、豆甾醇、木犀草素等有效活性成分，涉及IL-6、TNF、MAPK3、VEGFA、TP53、PTGS2、MAPK1、PIK3CG等关键靶点。富集于药物反应、一氧化氮生物合成过程的正调控、缺氧反应等生物过程及83条信号通路，其中TNF、HIF-1和PI3K-Akt信号通路在COPD的治疗中最为重要。临床研究显示，两组治疗7天后IL-6、TNF-α均较治疗前下降；治疗后组间比较，研究组低于对照组（P<0.05）。结论 清金化浊方主要以抗炎为核心，兼有调节氧平衡、降低气道黏液高分泌、改善气道重塑、调节免疫功能及血液高凝状态等多方面的作用，为其临床应用提供一定指导价值，亦为进一步开展后续课题研究提供科学依据。     

基于网络药理学研究白及治疗肺癌的潜在靶标及作用机制＊

本研究探讨了中药白及治疗肺癌的潜在靶标及作用机制。在TCMSP、ETCM数据库中基于药代动力学特征筛选白及活性成分,Genecards数据库中收集肺癌靶标,利用Swiss target prediction在线工具预测成分作用靶标。经Cytoscape3.7.0软件及其STRING插件构建“活性成分-作用靶标”、“蛋白质-蛋白质相互作用”网络图,取交集得到白及和肺癌的共同靶标;将共同靶标导入Metascape中进行基因本体和KEGG通路富集分析,利用Cytoscape3.7.0软件构建“成分-潜在靶标互作-信号通路”网络。共获得25个潜在活性成分、20个潜在靶标和5条潜在通路,共确定了16个GO条目。白及治疗肺癌可能与跨膜受体蛋白酪氨酸激酶和一氧化氮合酶调节活性有关;参与了毒性反应、共生过程、肌肉细胞增殖、线粒体膜电位调节、横纹肌组织发育的正向调节等过程。白及可能通过ESR1、PTGS2、ALB、HSP90AA1、HER2、EGFR、ESR2等靶标作用于表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂耐药、PI3K-Akt信号通路、癌症中的转录失调过程等通路,从而发挥治疗肺癌作用。     

基于网络药理学探讨血府逐瘀汤治疗失眠的作用机制＊

目的 运用网络药理学方法分析预测血府逐瘀汤治疗失眠的作用机制。方法 借助TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选血府逐瘀汤的有效活性成分及作用靶点；Genecards、OMIM获得失眠的疾病靶点，Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点网络并分析；STRING及Cytoscape构建PPI网络；利用Bioconductor对作用靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析，预测其作用机制。结果 血府逐瘀汤包含227个中药活性成分和303个靶点，作用于失眠的有110个活性成分和52个靶点。其中关键成分有槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、豆甾醇、山奈酚、β-谷甾醇，核心靶点为ALB、APP、IL-6、FOS。GO功能和KEGG通路富集分析结果显示血府逐瘀汤主要涉及神经递质水平的调节、细胞因子受体结合等生物过程，通过作用于糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、神经活性配体-受体相互作用等多条通路发挥治疗失眠的作用。结论 本研究初步揭示了血府逐瘀汤治疗失眠的活性成分、作用靶点及通路，提示血府逐瘀汤具有多成分、多靶点、多途径的协同作用特点，为进一步深入研究其作用机制提供了重要依据。     

温经汤治疗原发性痛经的网络药理学作用机制＊

目的 本文将通过网络药理学结合分子对接对温经汤治疗原发性痛经作用机制进行预测。方法 利用TCMSP、TCMID及BATMAN-TCM数据库，收集温经汤活性成分并预测其作用靶标。通过GeneCards数据库、OMIM数据库筛选原发性痛经的靶标，并运用R软件获取疾病交集靶标，绘制韦恩图。运用Cytoscape软件构建温经汤治疗原发性痛经的成分-靶标网络图，通过STRING数据库构建PPI靶标蛋白互作网络，并进行核心靶标的GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。通过Autodock Vina软件对药物活性成分与疾病核心靶标进行分子对接验证。结果 筛选得到温经汤治疗原发性痛经的124个活性成分和31个药物-疾病共同靶标，并推断其作用机制可能与介导HIF-1、TNF、PI3K-Akt等105条信号通路相关。槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性成分与PTGS1、ESR1、PGR等核心靶标对接结果良好。结论 温经汤活性成分可能通过发挥镇痛、抗炎、调节激素水平、缓解平滑肌痉挛和改善缺氧状态等药理作用来治疗原发性痛经。     

玉锁丹治疗糖尿病的网络药理学研究＊

目的 运用网络药理学方法探讨玉锁丹（YSD）治疗糖尿病（DM）潜在活性成分和作用机制。方法 根据TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM平台及文献报道筛选YSD（茯苓、五倍子、龙骨）有效成分，并以SiwssTargetPrediction平台预测上述活性成分潜在靶点，同时利用Gencards、DisGeNET、DrugBank数据库挖掘DM相关靶点，将获取的活性成分靶点与疾病靶点交集得到YSD抗DM的预测靶点。利用String平台对预测靶点构建蛋白相互作用（PPI）网络并结合Mcode探索其蛋白质功能模块；通过Metascape数据库对预测靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析，并以Cytoscape3.7.1 软件构建“玉锁丹成分-糖尿病靶点-通路”网络，最后采用SiwssDock平台对YSD的化学成分与重要靶点进行分子对接验证。结果 玉锁丹抗DM的核心活性成分为麦角胺、啤酒甾醇、杨梅素、猪苓酸C、25-羟基-3-表去氢土莫酸等，核心靶点为PTPN1、TNF、PIK3CA、PPARA、AGTR1等。分子对接验证显示G < -7 kcal / mol占总数71%，介于-6至-7占29%，即多数成分与靶点结合活性稳定。玉锁丹抗糖尿病的生物通路主要作用于Endocrine resistance、Insulin resistance、PI3K-Akt signaling pathway等，其功能主要调节激素水平及细胞内有机氮化合物等生命活动。结论 玉锁丹抗糖尿病具有多成分-多靶点-多通路的作用特点，尤其与预防胰岛素抵抗，调节激素水平密切相关。     

基于网络药理学和分子对接法探索化湿败毒方治疗COVID-19的分子机制研究＊

目的 利用网络药理学和分子对接技术方法探索“化湿败毒方”抗新型冠状病毒肺炎（Coronavirus Disease 2019， COVID-19）的分子机制。方法 通过多个在线中药数据库检索化湿败毒方中 14 味中药的归经、化学成分和作用靶点。通过STRING数据库对化湿败毒方药物靶标和疾病靶标之间靶蛋白相互作用关系进行分析并通过Circos Tableviewer、Cytoscape软件进行药物-归经网络、药物-靶点网络和药物靶向蛋白-疾病蛋白（PPI）等网络的构建。接着通过FunRich和DAVID数据库进行基因本体（GO）功能富集分析并基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析，通过在线绘图软件OmicShare进行可视化。最后运用CB-Dock分子对接网站软件对新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的3CL水解酶（Mpro）以及宿主蛋白ACE2和类药性 > 0.8的活性成分分别进行对接分析。结果 研究发现，化湿败毒方14味中药里有10味中药都相对特异性的归属于肺经，从复方中共筛选出来240个符合标准的化学成分，主要包括常见化合物如黄酮类化合物槲皮素（quercetin）和木犀草素（luteolin）、醇类化合物如豆甾醇（stigmasterol）和β-谷甾醇（beta-sitosterol）以及有机酸如没食子酸（gadelaidic acid）等。其它成分还有酯类、酰胺类和萜类等化学成分；通路富集分析表明，候选靶标富集的通路主要包括与癌症相关的多条通路、B细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、HIF-1信号通路、TGF-beta信号通路等；分子对接结果显示，化湿败毒方中kanzonol F、xambioona dehydroeburicoic acid、cavidine 等成分与SARS-CoV-23CL水解酶和 ACE2均有较好的亲和作用。结论 本文运用网络药理学和分子对接的方法初步探索了化湿败毒方可能通过多成分作用于病毒复制相关靶点和关键宿主蛋白，进而调节机体免疫和代谢通路等多种途径，最后发挥预防和治疗COVID-19的药效作用。     

基于网络药理学探究黑逍遥散治疗阿尔茨海默病的分子作用机制＊

目的 探析黑逍遥散治疗阿尔茨海默病的重要有效成分和潜在效应机制，为黑逍遥散的临床开发应用提供参考依据。方法 首先，检索中药数据库分析平台（Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform， TCMSP）获取黑逍遥散的中药活性成分和相应靶点，利用UniProt网站找到中药作用靶点相应的基因名，并在GeneCards等疾病数据库收集阿尔茨海默病的疾病基因，进一步运用VENN在线工具分析中药与疾病之间的共同基因。其次，应用STRING网站取得蛋白相互作用关系，再借助Cytoscape分析核心靶点。然后，使用Cytoscape制作“黑逍遥散活性成分－潜在治疗靶点网络”图分析核心成分。在DAVID数据库获取靶点的分析结果，即基因本体（Gene Ontology， GO）、京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes， KEGG），并借助OmicShare云平台对结果可视化。最后，通过分子对接分析核心成分与核心靶点之间的关系。结果 黑逍遥散治疗阿尔茨海默病的核心成分包括槲皮素（quercetin）、β-谷甾醇（beta-sitosterol）、山奈酚（kaempferol），核心靶点包括AKT1、ALB、MAPK3，分子对接结果表明β-谷甾醇与AKT1、山奈酚与ALB、槲皮素与ALB有较好的结合作用。黑逍遥散发挥治疗作用的效应机制可能与调控IL-17、T细胞受体、TNF、Toll样受体、MAPK、HIF-1、鞘磷脂类等信号通路相关，并可能涉及细胞凋亡、蛋白质过程、代谢过程、细胞增殖、信号传递、刺激反应等生物学功能。结论 黑逍遥散具有多种有效的活性成分，可能从多个靶点、多条通路治疗阿尔茨海默病，提示本文可为黑逍遥散的深入研究与临床开发利用提供方法学依据。     

基于网络药理学探讨大补脾汤治疗肝癌的作用机制＊

目的 利用网络药理学的方法，建立大补脾汤的活性成分-作用靶点-通路的网络图，对作用靶点的基因功能和通路进行富集分析，从而探讨大补脾汤治疗肝癌的可能作用机制。方法 通过TCMSP 数据库、中国台湾中医药资料库获得大补脾汤主要活性成分。采用Swiss Target Prediction 预测活性成分的潜在靶点，并与肝癌疾病靶点数据进行比对，获得大补脾汤治疗肝癌的作用靶点。采用DAVID数据库平台对作用靶点的GO注释和KEGG 通路进行富集分析和蛋白功能归属。最后通过Cytoscape 构建大补脾汤治疗肝癌的“活性成分-作用靶点-通路”网络图。结果 大补脾汤潜在的有效成分共有118个，其中人参、甘草、旋覆花含有65种成分可能具有治疗肝癌的作用。大补脾汤治疗肝癌的可能靶点共29个，其中EGFR、SRC、PTGS2、MMP9、MMP2、MCL1、MET、AR和ESR1等可能为关键靶点基因，涉及到对微小RNAs、雌激素受体通路、肿瘤相关通路等的调控作用。结论 大补脾汤中山奈酚、槲皮素、木犀草素等可能通过调控微小RNAs和雌激素信号通路等机制，作用于EGFR、ESR1、SRC、MET等靶点发挥治疗肝癌的作用，为大补脾汤药效机制的多角度研究和肝癌的中医药治疗提供思路。     

基于网络药理学探讨鸦胆子对肺癌的作用机制

目的：采用网络药理学方法探讨鸦胆子对肺癌的作用机制。方法：通过检索中药系统药理学数据库（TCMSP）提取鸦胆子的有效成分及其相关作用靶点;检索GeneCards和OMIM数据库提取肺癌疾病靶点;采用STRING数据库构建蛋白互作网络,Cytoscape构建化合物-靶点网络以及化合物-靶点-生物过程-通路网络,DAVID数据库对靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果：检索TCMSP得到并通过OB值和DL值筛选得到有效成分15中,有效靶点44个。检索GeneCards数据库和OMIM数据库得到疾病靶点21 729个,将化合物靶点与疾病靶点相映射得到交集靶点39个。将结果导入Cytoscape软件,构建“化合物-靶点”网络;再构建“药物-化合物-靶点-疾病”网络。将关键靶点导入STRING数据库,构建蛋白互作网络,其中度值较高且处于较核心位置的靶点有CASP3、CCND1、EGFR、IL6、AR等。再对39个关键靶点进行富集分析,结果显示鸦胆子治疗肺癌的关键靶点共富集为7个生物过程聚类,涉及58个条目,经过筛选剩余9个生物过程。对鸦胆子治疗肺癌的39个关键靶点进行通路富集,结果显示共有7个富集的通路聚类,涉及62个条目,经过筛选剩余12条通路。结论：鸦胆子治疗肺癌的临床疗效确切,基于数据库的机制分析也证实它不仅可以治疗小细胞肺癌,同时也可以作用于非小细胞肺癌。     

基于网络药理学对黄连抗结直肠癌作用机制的分析＊

目的基于网络药理学分析方法探讨黄连抗结直肠癌的物质基础和作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP)及文献检索收集黄连的主要活性成分,并利用PubChem得到其活性成分的结构信息。采用SwissTargetPrediction数据库检索活性成分作用靶点,在GeneC ards和Open Targets数据库检索结直肠癌疾病相关靶点,并与活性成分靶点取交集作为黄连治疗结直肠癌的潜在作用靶点,导入Cytoscape构建黄连活性成分-结直肠癌疾病靶点网络图。利用STRING构建靶蛋白互作网络。根据拓扑分析筛选黄连治疗结直肠癌的关键药效成分与核心靶点。应用DAVID(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)数据库对核心治疗靶点进行GO生物学功能及KEGG通路富集分析。结果黄连62个活性成分通过调控91个结直肠癌相关的疾病靶点,产生了134对化合物-靶点关系,其中黄酮醇类(如槲皮素)和生物碱类(如小檗碱)均发挥了中药作用,参与了体内细胞对化学压力的反应、氧化应激、磷酸化、蛋白激酶B信号传导等生物过程,干预PI3K-AKT、蛋白聚糖、Ras、Rap1、ErbB、HIF-1、FoxO、VEGF、花生四烯酸代谢等信号通路发挥抗结直肠癌的作用。结论黄连中的黄酮醇类和生物碱类等多成分,可通过多靶点、多通路协同发挥抗结直肠癌的作用,CA1、CA12、CA2、CA9、AKT1、EGFR、PTGS2和SRC等可能是其核心治疗靶点,PI3K-AKT、Ras、Rap1和VEGF等可能是其主要作用通路。     

基于网络药理学探讨健脾益肾化浊方治疗卒中后认知障碍的作用机制

目的：采用网络药理学方法探讨健脾益肾化浊方治疗卒中后认知障碍（PSCI）的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药综合数据库（TCMID）及ETCM数据库筛选健脾益肾化浊方的活性成分,运用Swiss Target Prediction数据库对活性成分进行靶点预测;运用GeneCards数据库筛选PSCI相关疾病靶点;运用RStudio软件对健脾益肾化浊方及PSCI共同靶点绘制韦恩图;将二者共同靶点通过STRING及Metascape数据库分别进行PPI分析,基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;运用Cytoscape 3.6.0绘制“健脾益肾化浊方-靶点-PSCI-通路”网络图;采用AutoDock对核心成分及核心靶点进行分子对接验证。结果：筛选出健脾益肾化浊方39种活性成分和553个靶点,筛选出PSCI潜在靶点2 305个,二者共同靶点为254个。通过GO及KEGG富集分析,发现健脾益肾化浊方可能通过突触可塑性、抗细胞凋亡、抗炎等多靶点、多途径发挥对PSCI的治疗作用。分子对接结果提示活性成分Stigmasterol与核心靶点（MAPK1、SRC、MAPK3、TP53、HSP90AA1）,Palmatine与核心靶点（AKT1）具有较好的结合活性。结论：健脾益肾化浊方治疗PSCI可能通过调节突触可塑性、抗细胞凋亡、抗炎等生物学过程发挥作用。     

基于网络药理学预测苦参治疗肝癌的分子机制

目的:运用网络药理学的方法,探讨苦参治疗肝癌的作用机制.方法:通过中医药系统药理学数据库分析平台(TC-MSP)筛选出苦参活性成分及作用靶点;在OMIM和Genecards中获取疾病靶点.通过R语言对基因进行匹配并绘制韦恩图;在String网站构建活性成分-蛋白质-蛋白质相互作用网络图;Cytoscape 3.6.1软...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨苜蓿素抗结肠癌作用机制＊

目的 利用网络药理学和分子对接技术分析方法，建立苜蓿素抗结肠癌的“化合物-靶标-疾病-通路”作用网络，来探索苜蓿素抗结肠癌作用机制。方法 通过PubChem和swisstarget数据库来寻找苜蓿素的作用靶标，用Therapeutic target 数据库寻找结肠癌疾病的可能相关靶标。采用bioinformatics数据库将两者交叉的靶点进行合并。接着运用String数据库结合Cytoscape软件绘制结肠癌靶点的蛋白相互作用网络，通过david数据库对通路进行富集与分析，采用DISCOVERY STUDIO软件对苜蓿素与作用靶点进行分子对接验证。结果 苜蓿素与结肠癌交叉共有靶点有69个，经通路分析发现共涉及通路共有55条，有21条通路与癌症相关。分子对接显示苜蓿素分别能AKT1、EGFR和ESR1蛋白稳定结合。并分别通过氨基酸残基LYS A276、THR A160、THR A195氢键连接、GLY A159、GLY A294、GLU A198碳氢键等连接与AKT1稳定结合；通过THR A570、METB576碳氢键、ALA A573 PI氢键、VAL A575、PRO A572PI烷基、GLY A574与EGFR能稳定对接；通过GLY B457、ARG A434氢键连接、TYR B459、ALA A430、SER A433、ASN B455碳氢键连接等与ESR1稳定结合。结论 本研究揭示了苜蓿素治疗结肠癌具有多靶点、多通路的潜在机制，为后续的研究提供方向与思路。     

基于网络药理学的雷公藤治疗干燥综合征作用机制研究

目的:基于网络药理学探讨雷公藤与干燥综合征的关联关系及潜在作用机制.方法:通过检索TCMSP数据库,结合口服生物利用度和类药性分析,筛选出雷公藤中的主要活性成分及作用靶点;检索GE O数据库筛选干燥综合征的预测靶点,并将有效化合物和疾病靶点进行映射;采用Cytoscape软件构建雷公藤化合物-干燥综合征靶点相互作用网络...     

基于数据挖掘和网络药理学的左右半结肠癌中医组方用药规律差异及作用机制研究＊

目的 基于数据挖掘和网络药理学方法分析左、右半结肠癌临床组方用药规律及作用机制，为中医防治左右半结肠癌提供指导。方法 基于广州中医药大学第一附属医院2017年1月1日至2020年6月30日住院结肠癌患者施治方药信息，使用数据挖掘关联规则及聚类分析等算法，研究中医组方规律；使用网络药理学方法研究核心关联规则药物的成分、靶点及涉及的基因本体结果与京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）通路，阐明其作用机制。结果 共纳入383首方药信息，左半结肠癌使用典型药物为48味，右半结肠癌味57味，两者共同使用典型药物44味。左半结肠癌典型方药“半枝莲-法半夏-陈皮”抗癌关键成分主要包括：麻黄素、γ-氨基丁酸及葫芦巴碱等；作用核心靶点包括：ESR1、FASLG、KITLG等；抗癌作用机制发挥涉及的主要的生物学过程包括氧水平反应、肽链内切酶活性调节及凋亡信号通路调控，涉及的信号通路主要有MAPK信号通路、RAS信号通路及PI3K-AKT信号通路。右半结肠癌典型方药“地榆-生甘草-槐花”抗癌的关键成分主要包括：白桦脂醇、延胡索乙素及熊果酸；作用核心靶点主要包括：IFNG、MAPK3、PTGS2；抗癌作用机制发挥涉及的主要的生物学过程包括：类固醇代谢过程、防御反应的正向调控及炎症反应的正向调控；涉及的通路主要包括：IL-17信号通路、VEGF信号通路及TNF信号通路。结论 中医治疗左右半结肠癌的用药规律存在一定差异。左半结肠癌方药以清热解毒、行气活血为特点，右半结肠癌则以健脾益气，养血补血为特点。左右半结肠癌的典型方药可通过多成分-多靶点-多通路的作用特点起到防治结肠癌的作用，研究结果可为中医论治左右半结肠癌的临床实践及基础研究提供参考。     

基于网络药理学研究丹参-红花治疗冠心病的物质基础及作用机制

目的：基于网络药理学探讨丹参-红花治疗冠心病（CHD）的物质基础和作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索中药丹参、红花的化学成分,根据口服生物利用度和类药性筛选化学成分,通过PubChem、PharmMapper在线数据库预测化学成分的靶点,检索DisGeNET在线数据库获取CHD的相关靶点,利用Venny 2.1软件获得药物-疾病之间的共同靶点,在STRING 10.5数据库中导入共同靶点并进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析,使用Cytoscape 3.7.1软件构建药物-成分-靶点-疾病网络,最后通过DAVID 6.8在线数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：从丹参-红花中筛选得到13个关键成分,10个核心靶点;通过GO分析得到292个生物过程(BP),25个细胞组分(CC),和62个分子功能(MF);通过KEGG分析得出富集通路115条。槲皮素、木犀草素、山柰酚、丹参酮Ⅱa、黄芩苷等成分可能是丹参-红花治疗CHD的核心成分;IL6、AKT1、VEGFA、CXCL8、PTGS2、IL1B、NOS3、CCL2、MMP9等为核心靶点;流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、HIF-1信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路、松弛素信号通路等为关键通路。结论：丹参-红花通过调节冠状动脉粥样硬化进程、减轻血管炎症反应、扩张冠状动脉、抗血栓形成、减轻心肌缺血缺氧损伤,从而发挥治疗CHD的作用。     

基于网络药理学方法探讨尿毒灵复方治疗糖尿病肾病的作用机制

目的 运用计算机网络药理学方法虚拟筛选尿毒灵复方治疗糖尿病肾病的可能的活性成分及作用靶点,探讨尿毒灵对治疗糖尿病肾病的潜在作用机制。方法 通过人类基因数据库（GeneCards）,治疗靶点数据库（TTD）,比较毒性遗传学数据库（CTD）,基因疾病关联数据库（DisGeNET）,DrugBank数据库等收集与疾病相关的作用靶点;并通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）获得尿毒灵中可能的活性成分及其对应的靶点。利用Bioinformatics & Evolutionary Genomics平台筛选出药物与疾病共有靶点,借助Cytoscape3.7.1软件构建“成分-作用靶点”网络。运用蛋白质相互作用网络数据库（String）构建蛋白质间相互作用网络（PPI）。最后通过功能注释生物信息学分析平台（DAVID 6.8）进行尿毒灵与糖尿病肾病相关靶基因的基因本体（gene ontology,GO）功能分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并将结果进行可视化展示。结果 通过筛选得到67个药物活性成分,共涉及152个作用靶点,与疾病靶点相关的化学成分有39个,得到尿毒灵-糖尿病肾病共同靶点46个,这些共同靶点主要富集于130个生物过程和78条信号通路上,表明尿毒灵的多个成分通过多条信号通路发挥防治糖尿病肾病的作用。结论 利用网络药理学方法分析中药复方的作用机制,可以体现中药多成分-多靶点-多途径的特点,为中药复方的作用机制和物质基础提供参考和依据。