儿童专科医院特色生物样本库的建立与应用

<正>生物样本库是一种集中收集、处理、存储和应用各种生物材料及其相关信息用于疾病的临床诊疗研究的生物应用系统~([1])。一般由两部分组成:一是样本实体库,即可以从中提取到DNA、RNA、蛋白质等成分的组织或血液等生物样本;二是样本信息库,包括从生物样本中提取DNA、RNA、蛋白质等成分所得到的个人独有的遗传信息数据及临床诊疗信息~([2])。早在1994年,中国科学院就建立了中华民族永生细胞     

脑血管病环状RNA的转录后调控及展望

正环状RNA(circular RNAs,circRNAs)是一类存在于多种生物体内通过共价键结合的闭合环状非编码RNA。circRNAs性质稳定,不易被核酸酶水解,广泛存在于不同器官组织中并呈现出时空特异性和组织特异性~([1])。近年来,随着现代生物信息学技术的发展,circ RNAs的生成机制及生物学特性已为越来越多的学者所熟知,但其对靶基因表达的调控作用还不甚明朗。根据基因来源的不同,circRNAs可以分     

长链非编码RNA MEG3 调控作用相关的信号通路研究进展

正随着基因组学的不断发展,越来越多的研究表明lncRNA表达水平的改变与疾病的发展和状态有明显的联系,尤其在肿瘤中发挥举足轻重的作用~([1])。LncRNA是长度大于200个核苷酸的转录RNA,保守性低,在体内通过控制蛋白质的合成、RNA的成熟和转运以及改变染色体结构从而使转录基因沉默等机制发挥调控作用~([2])。MEG3是一类重要的lncRNA,具有肿瘤抑制作用~([3]),有望成为肿瘤诊断的生物标志物和肿瘤治疗的靶点,以下就MEG3在肿瘤及多种相关疾病关系密切的信号通路的作用及其机制作一综述。     

恶性肿瘤中MNX1反义RNA 1的作用及机制研究进展

正长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)是一类广泛存在于细胞核和细胞质内、长度在200 nt以上、缺少开放阅读框、不参与或很少参与蛋白质编码、主要从蛋白编码基因的反义链及间隔区转录出来的RNA~([1-6])。已有大量研究证实,lnc RNA涉及调控多种生物学功能,比如细胞增殖、凋亡及血管生成~([7-9])。表达异常的lnc RNA与诸多肿瘤的发生发展密切相关~([10-11])。     

环状RNA在肿瘤中的研究进展

环状RNA是一种自然发生的具有广泛性和多样性的内源性非编码RNA。它们通常是稳定、丰富及保守的RNA分子,并表现出组织的特异性表达。环状RNA通常起到microRNA海绵、RNA结合蛋白隔离剂和转录调节因子的作用。大量证据表明环状RNA可参与关键基因的转录和翻译等过程从而调控肿瘤的发生、进展和预后。而在唾液、外泌体和临床标准血样中检测出特异性环状RNA,将使它们成为肿瘤的潜在诊断或预测生物标志物。     

长链非编码RNA在急性髓系白血病中调控机制的研究进展

<正>长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是指长度大于200个核苷酸的非编码RNA,起初它被认为是基因组转录的"噪音",即RNA聚合酶Ⅱ转录的副产物,并不具有生物学功能~([1-2])。但随着研究的深入,人们发现lncRNA参与了X染色体沉默、表观遗传调控、转录激活与干扰、细胞分化调节等多个关键的调控过程~([3-5])。研究表明,lncRNA的异常,包括     

环状RNA在白血病发生与发展中的研究进展

环状RNA(circRNA)是一种独特的内源性非编码RNA。大多数circRNA在生物体内是保守的并且经常显示在组织发育阶段特异性的表达。环状RNA在肿瘤的发生和发展调控中起到关键性的作用。因此,circRNA作为研究消化系统、妇科等肿瘤疾病的热点之一,发现其可以作为新的肿瘤标志物以及可能成为临床治疗的新靶点。     

长链非编码RNA在神经发生中的调控作用

<正>基因组计划的研究成果表明,哺乳动物基因组中仅仅只有不到1%的序列能够转录为mRNA,剩下大部分基因组序列转录为之前被称为"转录噪音"的非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)~([1])。而lncRNA是ncRNA家族中最大的一类~([2])。近几年来,随着二代测序技术的广泛应用,lncRNA的神秘面纱才逐渐被揭开。许多研究表明,lncRNA虽然不编码蛋白质,但它有多种功能,包括招募转录因子来调控基因     

外泌体在缺血性脑卒中的研究进展

正1外泌体概述外泌体是直径在30~100 nm的胞外囊泡,通过细胞被释放到细胞外液中~([1])。它们存在于生物体液中,诸如血液和脑脊液。外泌体携带有DNA、RNA、蛋白质和脂质等。由于外泌体的微泡结构为其内在的小分子提供了一个安全稳定的环境,同时这些信号小分子利用循环系统在胞间信号交换发挥重要作用,这让外泌体表现出一个成熟、稳定的信号传输系统~([2])。研究发现,外泌体中的m RNA和micro RNA     

生物样本库中血液RNA提取方法的介绍

正RNA在人类的多种生理和病理过程中发挥着举足轻重的作用~[1-2]。随着第二代测序技术的发展~[3],针对人类不同疾病的RNA样本测序研究广泛开展,并得到了大量有价值的发现。高质量的RNA可以满足RT-PCR、q RT-PCR、Northern blot、基因表达谱、转录组测序、核酸酶保护实验和阵列分析等生物学下游实验的研究需求~[4-5]。在脊椎动物中,外周血一直被认为是侵害性较小、较有价值的RNA来源~[6-7]。在许多生物样本库中,由于血液样     

RNA干涉

RNAi(RNA interference)即 RNA干涉 ,是最初在线虫 Caenorhabditis elegans中发现的在双链 RNA(ds RNA)的介导下特异性降解相应序列的 m RNA的现象 ,属于转录后基因沉默 (PTGS)机制 ,广泛存在于从真菌到植物 ,从果蝇等无脊椎动物到鼠等哺乳动物的多种生物中。RNAi是自然存在的生物抵抗病毒入侵、抑制转座子活动的一种防御性机制 ,对于生物体的基因调控和生长发育可能也有着重要的作用。由于其存在的广泛性以及抑制基因表达的特异性和高效性 ,RNAi已经在短短的几年时间里成为功能基因组研究中的有力工具     

从OCT包埋冰冻组织提取组织RNA和检测病毒RNA

目的探讨如何从OCT包埋冰冻组织提取组织RNA和检测病毒RNA。为临床有限标本的保存和利用提供一简便的方法。方法用汉坦病毒感染的小鼠组织标本，经质量浓度25％蔗糖磷酸缓冲液固定OCT包埋，在-20℃冰箱中保存2年后，对冰冻的OCT包埋的感染组织标本进行RNA提取，用凝胶电泳、紫外分光光度计及RT—PCR等方法检测组织总RNA和病毒RNA。结果组织经质量浓度25％蔗糖磷酸缓冲液固定OCT包埋冰冻保存后，从中提取的RNA仍保持较好的完整性，可扩增出较长片段的病毒RNA。结论OCT包埋的冰冻组织标本不影响提取组织RNA并检测病毒RNA。     

生物样本库临床及随访信息的采集和管理

正样本库的建设在疾病的研究中起着重要的作用~([1-2])。人们很早就认识到患者的临床样本是研究人体疾病的重要材料。随着对疾病的认识加深,研究人员发现,样本和样本捐赠者疾病诊治和转归的信息在研究中也起到了至关重要的作用。例如在疾病发生发展分子机制的研究中,首先通过对病变组织的DNA、RNA和蛋白等生物大分子进行分析,获得疾病的基因/蛋白表型;而后通过患者的诊治及转归信     

circular RNA与肿瘤

circular RNA(circRNA)是内源性RNA在剪切过程中产生的一种不具有3'帽和5'尾的由RNA共价连接形成的单链连续环状RNA。circRNA可与microRNA(miRNA)结合发挥miRNA海绵的作用,通过改变miRNA的表达水平影响多种肿瘤细胞的增殖、侵袭等生物学行为。多种circRNA在肿瘤组织中表达异常,并与肿瘤分期、转移等临床参数相关,提示circRNA可作为肿瘤的分子标记物。此外,circRNA在肿瘤抵抗放疗和化疗方面一定的作用。     

DEAD-box RNA解旋酶与疾病的研究进展

<正>DEAD-box家族蛋白是一类ATP酶(ATPase)活性依赖的RNA解旋酶,在进化上高度保守,广泛分布在真核生物体内。自20世纪80年代eIF4A(eukaryotic initiation factor 4A)被发现至今,不论是病毒的复制还是哺乳动物体内信号调控,DEADbox家族蛋白几乎涉及与RNA相关的一切生命活动~([1])。DEAD-box蛋白家族成员除了作为ATPase活性依赖性的RNA解旋酶外,还可以作为共激活转录因子调控细胞生理活动,甚至     

RNA干涉

RNAi(RNA interference)即RNA干涉，是最初在线虫Caenorhabditis elegans中发现的在双链RNA(dsRNA)的介导下特异性降解相应序列的mRNA的现象，属于转录后基因沉默(PTGS)机制，广泛存在于从真菌到植物，从果蝇等无脊椎动物到鼠等哺乳动物的多种生物中。RNAi是自然存在的生物抵抗病毒入侵、抑制转座子活动的一种防御性机制，对于生物体的基因调控和生长发育可能也有着重要的作用。由于其存在的广泛性以及抑制基因表达的特异性和高效性，RNAi已经在短短的几年时间里成为功能基因组研究中的有力工具。     

RNA干涉临床应用的研究进展

RNA干涉(RNA interference,RNAi)是近年来疾病基因组学和功能基因组学领域的研究热点,它通过双链RNA(double-strand RNA,dsRNA)的介导特异性地降解相应序列的mRNA,从而导致转录后水平的基因沉默,并广泛存在于各种生物。正是由于RNAi在基因组学研究中的巨大潜力,近年来,各国学者在RNAi临床应用方面进行了深入的研究,并取得了令人瞩目的成绩。本文着重就RNAi临床应用的研究进展做一介绍。     

RNA干涉(RNAi)及其应用

基因沉默（gene silencing）是指生物体内的特定基因由于种种原因不表达的遗传现象，它有两方面的功能：一方面，它是生物遗传操作创造新的遗传修饰生物（genetically modified organisms）的障碍；另一方面，它是植物抵御外来核酸入侵（如病毒）的一种反应，为植物抗病毒的遗传育种提供了具有实用价值的策略。近年来，不同的研究领域和生物中发现了许多新的使基因关闭或者沉默的类型，并赋予其不同的名称：植物中称为RNA共抑制（co-suppression），真菌中叫RNA压制（RNA quelling），动物中则为RNA干涉（RNA interference，RNAi）。     

生物样本库的临床信息整合探讨

<正>转化医学是近年来国际医学健康领域日渐崛起的一门新兴学科~([1]),倡导以患者为中心,强调基础研究人员与临床医生的密切合作,以提高医疗总体水平。来源于医院患者的生物样本库是开展转化医学研究的重要基础~([2]),其中生物样本的临床信息作为临床生物样本库的重要组成部分,更是为转化医学研究提供主要支撑。然而临床生物样本数据量庞大且非结构化,分布较为分散,如何从海量的临床数据中提取出可用信息,并与生物样本本身信息进行关联,形成临床数     

RNA干预与microRNA

RNA干预 (RNA mediatedinterference,RNAi)已逐渐成为基因功能研究的重要工具。RNAi主要通过双链RNA的介导 ,特异性地降解相应序列的靶mRNA ,从而阻断相应基因表达的转录后水平的基因沉默 (genesilencing)。microRNAs(miRNAs)是近年才研究发现的一类新型的小分子RNAs。随着对miRNAs进一步研究 ,表明miRNAs具有组织特异性 ,并在生物生长发育阶段中起到重要的调控作用 ,但具体机制还在进一步研究中。随着对microRNAs功能及RNAi作用机理的深入研究 ,人们期望在不久的将来能从基因水平上控制人类疾病的发生发展