流式细胞仪测定三种鸢尾科植物基因组的大小

目的:研究传统药用植物射干和鸢尾的基因组大小,为射干属和鸢尾属药用植物种质资源、品种鉴定和基因组研究提供参考。方法:本研究采用OTTO两步法制备细胞核悬液,使用碘化丙啶(PI)染色,以番茄作为内标植物,用流式细胞仪分别测定鸢尾、射干和巴西鸢尾新鲜叶片核悬液的荧光吸收强度,估算它们的基因组大小。结果:射干的基因组大小约为(5 296.27±177.06)Mbp,鸢尾基因组大小约为(4 494.07±76.57)Mbp,巴西鸢尾的基因组大小约为(4 074.91±170.70)Mbp。结论:3种鸢尾科药用植物的基因组较为复杂,射干和鸢尾、巴西鸢尾基因组间差异较大,鸢尾和巴西鸢尾的基因组差异较小。     

比较桔梗科两种中药材基因组大小的研究

目的 比较中药材桔梗科植物党参和桔梗的基因组大小。方法 分别摘取党参和桔梗的新鲜嫩叶为实验材料,以蒙古黄芪作为党参的内标,以大豆作为桔梗的内标,采用裂解液(lysis buffer, LB)01制备各细胞核悬液,碘化丙啶染色,用流式细胞仪分别测定党参和桔梗的荧光强度。结果 估测出党参的基因组大小约为1.00 Gb;桔梗的基因组大小约为0.70 Gb。结论 桔梗科中药材党参基因组大小大于桔梗的基因组大小,相差约0.30 Gb,为同科的党参和桔梗之间的差异提供了重要支持。     

流式细胞术测定苦参基因组大小

目的用流式细胞术测定苦参的基因组大小。方法摘取新鲜的苦参嫩叶,用大豆William 82作为内标,用Galbraith's裂解液提取苦参细胞核悬液,经流式细胞仪检测苦参和大豆的荧光强度。结果估测出苦参的基因组大小约为2.36 Gb。结论该方法明确了苦参的基因组大小,可为破译苦参基因组的方案选择提供数据参考。     

基于流式细胞术的华细辛基因组C值测定

目的建立华细辛Asarum sieboldii Miq.基因组C值的流式细胞术测定方法,估测华细辛基因组大小。方法对8种常用的细胞核解离液进行筛选,根据筛选结果,采用OTTO细胞核解离液,以华细辛幼嫩叶片为材料,以本氏烟草Nicotiana benthamiana Karel Domin为内参植物,运用流式细胞术对华细辛基因组C值进行了测定。结果华细辛基因组C值为(5.197±0.157)pg,估测华细辛基因组大小为5.083 Gb。结论该研究建立了流式细胞术测定华细辛基因组C值的方法,所得数据可为华细辛基因组学和进化生物学研究提供有益的参考。     

基于流式细胞术和K-mer分析的黄芪基因组大小估测

目的使用流式细胞术与K-mer分析估测黄芪基因组的大小及复杂程度,为黄芪基因组测序奠定基础。方法以番茄为内标,用流式细胞仪测定经碘化丙啶(PI)染色的番茄细胞核和黄芪细胞核混合样品的PI荧光强度,通过比较黄芪与番茄细胞DNA含量峰值的倍数关系,计算黄芪的基因组大小。采用高通量测序技术进行黄芪基因组调查测序,利用生物信息学方法估计黄芪杂合率、重复序列和GC含量等信息。结果采用流式细胞术测得黄芪基因组大小约为1 426 Mb。通过基因组调查测序,获得了95 Gb黄芪基因组DNA测序数据,K-mer分析表明黄芪基因组约为1 456 Mb,测序深度为39×。K-mer分布曲线有明显的杂合峰,基因组杂合率为2.1%。结论黄芪基因组大小为1.45 Gb左右,杂合率较高。这一结果可为黄芪基因组学研究提供参考。     

连翘基因组大小的流式细胞仪测定

目的采用流式细胞术测定连翘的基因组大小。方法摘取连翘新鲜嫩叶,以大豆品种William 82为内标,用GPB裂解液提取细胞核悬液,依次经过RNase和PI处理后,上流式细胞仪检测。结果变异系数均小于5%,表明数据可信,进而分析出连翘基因组大小约为0.74Gb。结论该研究探索了流式细胞术测定连翘基因组大小的方法,同时明确了连翘的基因组大小。     

流式细胞法测定茅苍术基因组大小

目的:建立流式细胞术测定茅苍术基因大小的方法,并进一步比较5种类型茅苍术的基因组大小变异情况。方法:以茅苍术幼叶为材料,采用改良Otto两步法提取细胞核,用已知基因组大小的玉米和蚕豆为内标,将处理好的样品上流式细胞仪测定。结果:通过改进实验方法,以蚕豆为内标,建立了流式细胞术测定茅苍术基因组大小的方法。5种类型茅苍术基因组大小的测定结果表明,尖叶类型基因组最大,扁茎类型最小,裂叶类型的基因组大小稍有下降。结论:本研究为茅苍术基因组大小研究提供了方法和数据参考,也将为茅苍术群体变异、种质资源评价和新品种选育等研究提供基础。     

药用黄芪基因组大小的研究

黄芪是一种著名的传统中药材,其包括蒙古黄芪和膜荚黄芪,本研究旨在检测蒙古黄芪、膜荚黄芪的基因组大小。实验选取蒙古黄芪和膜荚黄芪的新鲜叶子为实验材料,大豆品种William 82为标准植株,用LB01裂解液处理叶子,应用流式细胞仪测定蒙古黄芪、膜荚黄芪、William 82样品的PI发射的荧光强度,分别比较蒙古黄芪、膜荚黄芪峰与William 82的荧光强度均值的倍数关系,进而分别计算出蒙古黄芪的基因组大小约为1.46 Gb,膜荚黄芪的基因组大小约为1.52 Gb。本研究探索了流式细胞术测定黄芪基因组大小的方法,并发现膜荚黄芪的基因组大小大于蒙古黄芪的基因组大小,从基因组的角度进一步揭示了蒙古黄芪和膜荚黄芪在生物学上的差异,该研究也将有助于黄芪属植物确定合理的全基因组测序策略。     

基于流式细胞术和K-mer分析的苦豆子基因组大小估测

目的 采用流式细胞术与K-mer分析方法对苦豆子基因组大小及杂合率进行估测,为其全基因组测序提供参考。方法 以大豆为内标,通过流式细胞仪检测大豆与苦豆子细胞DNA含量的倍数关系,计算苦豆子的基因组大小。采用二代测序技术进行苦豆子基因组调查测序,使用K-mer分析估测苦豆子基因组大小与杂合率。结果 采用流式细胞术测得苦豆子基因组大小约为1 749 Mb。K-mer分析结果表明,苦豆子基因组大小约为1 648 Mb,基因组杂合率为1.12%,杂合率较高。结论 苦豆子基因组大小约为1.7 Gb,杂合率较高,后续研究可采用三代PacBio进行80~100 X深度的测序开展全基因组测序研究。     

凉粉草不同种质的染色体倍性与基因组大小研究

目的:建立凉粉草基于流式细胞术的染色体倍性鉴定技术与基因组大小检测方法。方法:以收集的36份凉粉草栽培种质及1份野生种质为材料,采用流式细胞术估测凉粉草基因组大小,并以二倍体为对照,计算凉粉草染色体倍性。结果:内参与待测样品峰值能完全分开,无重叠峰,峰形清晰集中,可对凉粉草基因组大小进行有效估测。鉴定凉粉草供试材料中12份为二倍体,基因组大小为1.14～1.35 Gb;20份为三倍体,基因组大小为1.74～2.01 Gb;5份为四倍体,基因组大小为2.42～2.47 Gb。结论:成功建立了凉粉草基于流式细胞术的染色体倍性鉴定技术与基因组大小检测方法,凉粉草不同种质倍性水平丰富,不同凉粉草种质的倍性水平与其性状具有显著相关性。     

基于流式细胞分析技术的茯苓基因组大小测定

目的:茯苓是担子菌多孔菌科的著名传统中药.本研究的目的在于测定茯苓的基因组大小并考察了其倍性与基因组的关系.方法:真菌材料的前处理参考文献报道[1],并用DNA特异性染料碘化丙啶进行染色,通过调节离心转速、染色时间等条件对样品进行核分离的优化.DNA含量用流式细胞仪进行分析,通过比较茯苓与内参黑曲霉G0/G1期峰比值计算得出.结果:茯苓的基因组大小测定为55.79±3.03Mb,或相对DNA含量为0.12±0.01pg(1pgDNA=0.965×109bp).在结果中可以检测出黑曲霉和茯苓的G2/M期峰.结论:本研究探索了用流式细胞仪分析茯苓基因组大小的方法,所得数据可为基因组学研究提供了参考.     

基于流式细胞分析技术的茯苓基因组大小测定

目的：茯苓是担子菌多孔菌科的著名传统中药。本研究的目的在于测定茯苓的基因组大小并考察了其倍性与基因组的关系。方法：真菌材料的前处理参考文献报道[1],并用DNA特异性染料碘化丙啶进行染色,通过调节离心转速、染色时间等条件对样品进行核分离的优化。DNA含量用流式细胞仪进行分析,通过比较茯苓与内参黑曲霉G0/G1期峰比值计算得出。结果：茯苓的基因组大小测定为55.79±3.03Mb,或相对DNA含量为0.12±0.01pg（1pgDNA=0.965×109bp）。在结果中可以检测出黑曲霉和茯苓的G2/M期峰。结论：本研究探索了用流式细胞仪分析茯苓基因组大小的方法,所得数据可为基因组学研究提供了参考。     

基于本草基因组学应用流式细胞术和高通量测序技术检测人参基因组大小

人参（Ginseng）是五加科植物人参（Panax ginseng C. A. Mey.）的干燥根和根茎。由于其基因组数据的缺乏制约了人参基础研究和产业发展。本实验以水稻（Oryza sativa ssp. Nipponbare）和大豆（Glycine max(L.) Merrill）为内参,通过流式细胞术检测人参基因组大小约为3.42 Gb;同时,分别构建人参基因组插入片段大小为250 bp和500 bp的鸟枪法（shotgun）文库,利用Illumina Hiseq X Ten平台进行双端PE 150高通量测序,过滤原始测序数据后获得183.82 Gb高质量数据,K-mer分析法预估人参基因组大小为3.35 Gb,测序深度为54.87 X。本研究采用流式细胞术结合K-mer分析法测定人参基因组大小,为人参全基因组测序以及本草基因组学的研究提供基础数据。     

保肝宁对HSC—T6细胞凋亡的影响

目的观察复方保肝宁对HSC-T6细胞凋亡的影响,以进一步探讨保肝宁抗肝纤维化的作用机理。方法引进HSC-T6细胞株并传代培养。用复方保肝宁给正常大鼠灌胃,制备药物血清,温育培养细胞。用吖啶橙染色法和流式细胞仪测定细胞凋亡。结果正常大鼠血清培养组HSC-T6细胞核DNA为黄色或黄绿色均匀荧光,自身凋亡率为(9.67±0.57)%,复方保肝宁药物血清一倍、两倍剂量组细胞核或细胞质内可见致密浓染的黄绿色染色,甚或见黄绿色碎片,凋亡率分别为(22.73±0.78)%,(23.97±2.50)%,明显高于正常对照组,差异有显著性(P<0.01)。结论体外培养的HSC具有一定程度的自身凋亡发生,复方保肝宁的促肝星状细胞凋亡作用可能是其抗肝纤维化作用的主要机理之一。     

桂枝茯苓丸诱导肿瘤细胞凋亡的实验研究

目的探讨桂枝茯苓丸诱导肿瘤细胞凋亡机制,为桂枝茯苓丸(GFW)开发应用提供实验依据.方法计算抑瘤率,流式细胞仪测定细胞凋亡率,免疫组化法测定P21waf/cip蛋白表达,原位杂交法检测Survivin mRNA表达,电镜观察肿瘤细胞超微结构.结果GFW抑瘤率为38.93%,流式细胞仪检测GFW组凋亡率17.79%,与模型组比较,差异有统计学意义(P＜0.05).GFW上调肿瘤细胞P21waf/cip蛋白表达,下调Survivin mRNA表达.GFW组镜下可见瘤细胞以凋亡变化为主.内膜结构完好,核膜清晰,细胞核固缩,染色质团块状散布核内或边集核膜下,并可见凋亡小体.结论GFW诱导肿瘤细胞凋亡,其机制可能与上调P21及下调Survivin mRNA表达密切相关.     

恶性肿瘤患者血小板、红细胞粘附分子CD35、CD44、CD62P表达的生物学意义

目的 研究恶性肿瘤患者血小板以及红细胞CD35、CD44、和CD62P分子的表达与正常人的差异和生物学意义。方法 静脉采集30例健康献血者和30例恶性肿瘤患者全血，ACD抗凝后离心，制备PRP和红细胞悬液，通过流式细胞仪测定血小板和红细胞CD35、CD44、和CD62P的表达情况。结果 肿瘤患者血小板CD35、CD44、和CD62P的平均荧光强度明显高于正常人，肿瘤患者红细胞CD35、CD44平均荧光强度明显低于正常人，红细胞CD62P和正常人相比无显著差异。结论 恶性肿瘤患者血小板CD35、CD44和CD62P分子处于高表达状态，可能对肿瘤的生长和转移具有重要意义；红细胞CD35、CD44分子表达减少，和红细胞免疫功能下降有关。     

桂枝茯苓丸对荷瘤鼠细胞凋亡及相关基因表达的影响

目的:探讨桂枝茯苓丸诱导肿瘤细胞凋亡机制,为桂枝茯苓丸(GFW)开发应用提供实验依据。方法:计算抑瘤率,流式细胞仪测定细胞凋亡率,免疫组化法测定P21waf/cip蛋白表达,原位杂交法检测Survivin mRNA表达,电镜观察肿瘤细胞超微结构。结果:GFW抑瘤率为38.93%,流式细胞仪检测GFW组凋亡率17.79%,与模型组比较,差异有统计学意义(P<0.05)。GFW上调肿瘤细胞P21waf/cip蛋白表达,下调Survivin mRNA表达。GFW组镜下可见瘤细胞以凋亡变化为主。内膜结构完好,核膜清晰,细胞核固缩,染色质团块状散布核内或边集核膜下,并可见凋亡小体。结论:GFW诱导肿瘤细胞凋亡,其机制可能与上调P21及下调Survivin mRNA表达密切相关。     

基于流式细胞术和基因组survey分析的地黄基因组研究

目的地黄Rehmannia glutinosa是我国传统中药,具有较高的药用价值和经济价值。利用流式细胞技术和高通量测序技术,分析了地黄基因组大小和特征等信息,为绘制地黄全基因组精细图谱提供依据。方法将已知基因组大小的大豆Glycine max和辣椒Capsicum annuum作为对照,用流式细胞技术估算地黄基因组大小。然后利用高通量测序技术对地黄基因组进行survey分析,通过生物信息学分析获得了地黄全基因组重复序列比例、基因组杂合度以及GC含量等信息。结果根据流式细胞实验结果,地黄基因组大小介于大豆和辣椒之间,估算地黄基因组大小应在2.00~2.12 Gb。通过高通量测序,获得了132.79 Gb高质量的数据,总测序深度约为66.40×,估算地黄基因组大小为2.03 Gb。根据Kmer分布情况,估算地黄基因组重复序列比例为78.48%,杂合度为1.93%,GC含量为37.27%。从基因组基本结构特征上看,地黄基因组属于高重复、高杂合、大基因组的复杂基因组。结论获得了地黄基因组大小和特征等信息,这些信息将为绘制地黄全基因组的精细图谱奠定基础,也为阐明地黄有效成分的生物合成和调控途径提供依据。     

高血压病气虚血瘀证患者血清诱导体外培养的人脐静脉血管内皮细胞凋亡的研究

目的观察高血压病气虚血瘀证患者血清诱导体外培养的人脐静脉内皮细胞凋亡的情况,并观察其形态学改变。方法用高血压病气虚血瘀证患者血清作用于体外培养的人脐静脉血管内皮细胞,流式细胞仪检测细胞凋亡率,荧光显微镜和透射电镜观察细胞形态学改变,并观察补阳还五汤的保护作用。结果流式细胞仪检测结果:与健康对照组相比,高血压病气虚血瘀证组的早期与晚期凋亡率之和显著增加(P0.01),而补阳还五汤组凋亡率之和较高血压病气虚血瘀证组显著下降(23.67±1.95)%,并且与健康对照组相比无显著差异(P0.05);荧光显微镜检测结果:模型组可见较多凋亡细胞,细胞核呈现深染、致密的颗粒状荧光。药物组较模型组减轻,对照组细胞核荧光均匀、弥散。透射电镜检测结果:高血压病气虚血瘀证组:内皮细胞表面有少量细长的微绒毛,多数内皮细胞胞质内所含的饮液泡(亦称吞饮泡)较正常组为多,大小差别悬殊。此外,尚有少许高电子密度的圆形颗粒(嗜锇)分散在饮液泡之间,体积较饮液泡小。粗面内质网数目较少,并有扩张,核糖体部分丢失。平滑内质网明显扩张呈空泡状。同时细胞线粒体肿胀或空泡变,管网状结构碎裂,嵴消失。细胞核收缩变圆。补阳还五汤组逐渐减轻,对照组未见明显异常。结论高血压病气虚血瘀证存在血管内皮细胞凋亡,补阳还五汤具有保护作用。     

基于单激光流式细胞仪的微核自动化检测方法研究

目的应用单激光流式细胞仪检测法,建立快速、自动分析骨髓红细胞微核率的检测方法。方法以秋水仙碱诱导雄性Wistar大鼠微核形成,采用吖叮橙(AO)荧光染色,分别用荧光显微镜及单激光流式细胞仪检测大鼠骨髓嗜多染红细胞微核率和正染红细胞微核率。结果随着秋水仙碱浓度的增加,大鼠骨髓嗜多染红细胞微核率和正染红细胞微核率也随之增高,有良好的量效相关性;人工显微镜计数结果与流式细胞仪检测结果比较分析表明,两种方法的实验结果具有良好的相关性(r=0.958,P<0.01)。结论单激光流式细胞仪可替代人工方法检测骨髓红细胞微核率,方法快速、稳定。