2011-2013年成都地区腹泻患儿鼻病毒监测资料分析

目的了解2011-2013年成都地区腹泻患儿中鼻病毒(Human Rhinovirus,HRV)检出率、型别分布以及VP4/VP2基因特征。方法应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对2011年1月-2013年12月从693例腹泻患儿病例粪便标本提取的病毒核酸进行HRV-5’NCR筛检,筛检阳性标本扩增HRV-VP4/VP2基因并对阳性扩增产物测序,通过序列的比对分析鉴定病毒型别及同源性。结果 693份腹泻患儿粪便标本中HRV核酸检出率为9.24%(64/693)。获得VP4/VP2有效序列31条,HRV-A型18例,HRV-B型4例,HRV-C型9例。结论成都地区腹泻患儿粪便样本中鼻病毒检出率较高,不同基因型均有检出并且以HRV-A亚型为主。     

成都地区1040份痰液人鼻病毒的分离和分型

目的探讨四川省成都地区发热呼吸道住院患者人鼻病毒(HRV)感染的分子流行病学特征,为本地人鼻病毒感染的防控积累资料。方法于2014-2016年采集成人发热呼吸道症候群住院患者痰液1 040份,提取标本核酸,利用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)以及巢式PCR(Nested-PCR)扩增HRV-5'NCR基因,筛查HRV阳性标本,随机选取61份阳性标本扩增VP4/VP2基因,测定核酸序列并进行同源性比对和分型。结果 1 040例标本核酸检出率为10.9%;冬春季检出率高,随年龄升高检出率呈上升趋势;获得的61条VP4/VP2序列中,30条为HRV-A型,10条为HRV-B型,21条为HRV-C型;并发现HRV基因型内和型间核酸同源性差异均较大。结论成都地区成人发热呼吸道症候群住院患者HRV的感染率高,以A型与C型流行为主,病毒VP4/VP2核酸片段变异较大。     

基于VP4基因扩增和序列测定快速检测鉴别人肠道病毒的研究

目的建立基于小核糖核酸(RNA)病毒结构蛋白HVP4基因序列测定,对人肠道病毒(HEV)进行快速检测和分型的分子生物学方法。方法应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对2004年321例急性弛缓性麻痹(AFP)病例粪便标本进行病毒核酸提取和扩增VP4基因,然后对扩增产物测序,通过序列的分析鉴定病毒型别。结果321份AFP病例粪便标本上清液,共检出阳性134份。获得VP4有效序列54条,其中37例RD、L20B细胞培养未检出的样本,检出HEV10例,脊髓灰质炎病毒(PV)5例,柯萨奇病毒(CV)9例,人鼻病毒(HRV)12例,埃可病毒(ECV)1例;9例细胞培养为其它HEV的样本,检出CV5例,EV2例,HRV2例;RD、L20B细胞培养结果6例与VP4测序结果相符。结论应用VP4序列测定对HEV进行快速诊断和分型是一种快速简单的分子生物学方法,可用于HEV感染引起的爆发疫情的病原学诊断。     

鼻病毒阳性患儿临床病症与呼吸道感染病情严重程度的相关性分析北大核心CSCD

目的研究儿童发生呼吸道感染与鼻病毒的相关性,为防治鼻病毒感染提供重要的预防和治疗依据。方法选取2014年12月-2016年12月医院发生呼吸道感染的患儿226例,并使用RT-PCR对患儿进行人鼻病毒(HRV-A、HRV-B、HRV-C)等检测,并对产生阳性反应的标本行进化树分析、VP4/VP2衣壳蛋白质编码区基因和序列片段进行测定。结果在226例患者中,有44例患儿HRV检出阳性,阳性率19.47%,且性别间阳性率差异无统计学意义;普通感冒患儿的HRV阳性率为20.78%,支气管炎为17.24%,肺炎为19.83%,支气管哮喘未检测出阳性,不同疾病类型的阳性率差异均无统计学意义;HRV不同基因型与相同基因型的各核苷酸序列的同源性分别为55.5%~65.8%。结论 HRV是引起医院儿童急性呼吸道感染的重要因素,鼻病毒阳性患儿临床病症与呼吸道感染病情严重程度密切相关。     

鼻病毒阳性患儿临床病症与呼吸道感染病情严重程度的相关性分析

目的研究儿童发生呼吸道感染与鼻病毒的相关性,为防治鼻病毒感染提供重要的预防和治疗依据。方法选取2014年12月-2016年12月医院发生呼吸道感染的患儿226例,并使用RT-PCR对患儿进行人鼻病毒(HRV-A、HRV-B、HRV-C)等检测,并对产生阳性反应的标本行进化树分析、VP4/VP2衣壳蛋白质编码区基因和序列片段进行测定。结果在226例患者中,有44例患儿HRV检出阳性,阳性率19.47%,且性别间阳性率差异无统计学意义;普通感冒患儿的HRV阳性率为20.78%,支气管炎为17.24%,肺炎为19.83%,支气管哮喘未检测出阳性,不同疾病类型的阳性率差异均无统计学意义;HRV不同基因型与相同基因型的各核苷酸序列的同源性分别为55.5%~65.8%。结论 HRV是引起医院儿童急性呼吸道感染的重要因素,鼻病毒阳性患儿临床病症与呼吸道感染病情严重程度密切相关。     

急性呼吸道感染患儿中不同基因型人鼻病毒感染研究

目的 了解急性呼吸道感染住院患儿中不同基因型人鼻病毒(Human Rhinovirus,HRV)流行情况,并进行遗传变异分析。 方法 采集2010年1月至2014年2月年成都某妇女儿童医院因急性呼吸道感染住院患儿的鼻咽抽提物1 780份,采用巢式PCR方法,先用HRV-5′NCR引物筛检标本,了解该病毒总检出率,阳性标本再用HRV-VP4/VP2引物进行分型检测,利用MEGA6.06软件分析其变异情况。 结果 在1 780份鼻咽抽吸物标本中,HRV阳性为365例(20.5%,365/1 780),其中244份VP4/VP2基因阳性,经序列分析发现132例为A型、30例为B型、82例为C型;不同基因型的检出率在月份和年龄上有一定波动,其中A型和C型呈交互流行特点;经同源性分析发现不同基因型内和型间的核苷酸同源性差异较大。 结论 HRV是成都地区急性呼吸道感染较为常见的病原之一,以HRV-A型和C型流行为主,各个基因型间具有较高的变异性。     

深圳市罗湖区校园重启后鼻病毒引起上呼吸道感染疫情分析

目的探讨2020年深圳市罗湖区校园重启后鼻病毒感染疫情的病原学及传播特征,分析疫情发生的原因以及对新冠肺炎疫情防控的提示作用。方法对2020年6月深圳市罗湖区学校等集体单位报告的急性上呼吸道感染疫情进行调查处置,采集患者鼻咽拭子。利用荧光定量PCR方法进行鼻病毒核酸检测,巢式PCR法进行鼻病毒VP4/VP2片段的扩增,继而测序。对测序结果进行比对,绘制核苷酸序列相似性矩阵热力图、系统进化树;再结合疫情发生的时间、地点绘制疫情时空分布图。结果2020年6月共报告21起鼻病毒疫情,感染者主要为1~3年级小学生,年龄中位数为8岁;共采集鼻咽拭子248份,其中187份(75.40%)检出鼻病毒核酸阳性;病原均为鼻病毒A型,包括8种亚型,主要为A11、A44和A47型,多所学校存在2种型别毒株共同流行。结论鼻病毒疫情存在多型别毒株共同流行,缺乏呼吸防护措施情况下容易在校园内外引起传播;鼻病毒疫情高发提示新冠肺炎疫情的防控措施不够,必须从严从紧落实防控措施。     

杭州市肠道病毒71型的分离与VP1区域序列分析

目的了解杭州市2008年和2011年肠道病毒71型(EV71)流行株VP1基因特征。方法手足口病患者咽拭子、粪便等样本先通过荧光RT-PCR方法初筛,然后选部分肠道病毒71型阳性样本进行病毒分离、培养;通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定上述培养物,并扩增VP1区全长基因和序列测定,利用生物信息学软件对序列进行分析,构建基因进化树。结果从2008年和2011年手足口样本中分离到EV71阳性毒株各4株,VP1基因全序列测定结果显示其与C4亚型代表株核苷酸和氨基酸的相似性最高,分别为93.8%～95.2%、99.0%～99.7%。结论杭州市手足口病患者感染EV71病毒的流行株属C基因型的C4亚型。     

南京市2012年-2013年肠道病毒71型分离株VP1基因特性分析

目的了解南京地区肠道病毒71型流行株的遗传学背景。方法采集2012年-2013年手足口病患者咽拭子样本,经特异性逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)鉴定EV71病毒核酸阳性者进行细胞接种分离病毒。选取阳性分离株扩增其VP1完整编码区全长基因并进行序列测定,利用生物信息学软件对序列加以分析,构建序列遗传亲缘关系树。结果共分离得到14株EV71毒株,经VP1全长基因测序分析发现,所分离病毒VP1区核苷酸与EV71病毒A型代表株同源性为79.6%~81.3%,与B型代表株的同源性为81.7%~84.7%,而与C型代表株的同源性明显较高,为86.0%~95.2%,其中与C4代表株(AY895144)的同源性最高,为93.8%~95.2%。进化树分析发现本地流行株与上海、安徽等地区流行株的亲缘较近,而与台湾地区流行株亲缘较远。相应的氨基酸位点分析也表明符合C基因型的氨基酸模式。结论南京地区2012年-2013年肠道病毒71型的流行株主要为C4亚型,与上海和安徽地区流行株亲缘较近,可能具有同一来源。     

杭州地区急性呼吸道感染患儿人博卡病毒的检测及分析

目的了解杭州地区人博卡病毒(HBoV)的流行情况和基因变异情况。方法对杭州地区160例儿童急性呼吸道感染患者咽拭子样本进行HBoV检测,并对阳性样本进行常见呼吸道病毒的检测,最终选取HBoV单一阳性的HZ1株和HZ2株进行VP1基因扩增,将获得的序列上传Genbank并与其他国家和地区的8株HBoV的VP1基因进行序列比对和分析。结果杭州地区HBoV的检出率为6.9%(11/160),与其他常见呼吸道病毒的合并感染率达到45.5%(5/11),HZ1株和HZ2株与其他国家和地区的8株HBoV的VP1基因相似性达到99%以上。结论研究证明杭州地区急性呼吸道感染患儿中存在HBoV的感染,与其他呼吸道病毒有较高的合并感染,从分离到的HZ1株和HZ2株来看,杭州地区流行的是ST2基因型,其外壳蛋白VP1基因变异很小。     

2009年河南肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的了解河南省2009年肠道病毒71型（EV71）流行株VP1基因特征。方法采用RT-PCR方法从手足口病患者粪便、咽拭子样品中扩增VP1区全长基因和序列测定,利用生物信息学软件对序列进行分析,构建序列遗传发育树。结果 262份样品中,VP1基因RT-PCR扩增鉴定结果显示111份样品阳性,选取其中20份样品进行VP1基因全序列测定,结果显示其与C4亚型代表株核苷酸同源性为90.8%～93.6%,氨基酸同源性为94.0%～99.3%。结论河南省手足口病患者感染EV71病毒的流行株属C基因型的C4亚型。     

2016—2018年济南市生活污水轮状病毒A组分子流行病学特征分析

目的了解生活污水中的A组轮状病毒(RVA)的检出情况及分子流行病学特征。方法本研究于2016—2018年3年期间,在济南市每月采集生活污水,获得的36份污水样本通过阴离子膜吸附洗脱法浓缩后,进行核酸提取,RT-PCR扩增RVA VP7和VP4基因片段,再经纯化、TA克隆和测序后,对所获得的序列进行基因定型、同源性分析和系统发生学分析。结果 36份污水样本中有31份检测出RVA G基因(检出率为86.1%),33份样本检测出RVA P基因型(检出率为91.7%)。共获得RVA序列536条,其中G基因型序列225条,分属于6个基因型,G9型别占比最多为92.4%(208条);获得P基因型序列311条,分属于4个基因型,优势型P[8]占50.1%(156条),P[4]次之为41.8%(130条)。系统发生学分析显示优势型别G9、P[8]在当地均存在多个传播链共循环。结论本研究通过对济南市生活污水所获得的RVA相关序列进行型别、同源性、系统发生学特征的分析,进一步证实RVA环境监测可行且必要。     

深圳市一起肠道病毒71型引发手足口病流行的基因型别分析

目的 对2004年深圳市一起肠道病毒71型(EV71)引发手足口病流行的基因型别分析.方法 用EV71型特异性引物进行RT-PCR,并对EV71的VPl和VP4基因进行克隆,所得的序列与EV71型A、B、C基因型代表株的核苷酸序列用TreeView和PHYLIP软件(3.6b)进行系统进化分析.结果 4株病毒与C基因型代表株比较接近,VP1区核苷酸同源性在87.8%～92.0%之间,VP4区核苷酸同源性在85.9%～87.4%之间;与A、B基因型代表株比较差异较大,VPI区核苷酸同源性为81.9%～84.2%,VP4区为80.6%～85.0%;4株病毒VP1核苷酸同源性为94.1%～99.8%,VP4同源性为100%,组成一个独立的小分支.结论 对EV71的VPI和VP4区进行基因进化分析,可得出类似的结果 ,4株EV71深圳流行株可命名为C4亚型.     

广州地区儿童急性呼吸道鼻病毒感染的临床研究

[目的]了解广州地区鼻病毒(human rhinovirus,HRV)在儿童急性呼吸道感染中的发生率以及年龄和流行季节特点. [方法]2007年4月～2008年3月应用实时荧光返转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法对门诊180例年龄在4个月～11岁之间患急性上、下呼吸道感染(包括喘息性支气管炎和哮喘急性发作)的儿童进行HRV检测,并进行不同年龄组、季节病原分布情况比较. [结果]180例急性呼吸道感染儿童共检测出HRV阳性26例,检出牢14.4%,其中92例上呼吸道感染儿童中检测出HRV阳性16例,检出率17.39%,88例下呼吸道感染儿童中检测出HRV阳性12例检出率13.64%,两组间比较差异无显著性(P<0.05).～3岁82例中HRV阳性12例(14.6%),最小年龄11个月.～6岁78例中HRV阳性13例(16.67%),>6岁20例中HRV阳性1例(5%),三个年龄组间比较差异无显著性(P<0.05).HRV阳性检出率在3～5月和10～11月各有一个高峰,以3月份最高(31.58%). [结论]鼻病毒是广州地区儿童急性七、下呼吸道感染主要病原之一.感染高峰集中在春、秋季两季.6岁以下儿童易感HRV.     

两种核酸检测方法在猪源与人源戊型肝炎病毒监测中的应用

目的评价两种核酸检测方法在猪源与人源的戊型肝炎病毒(HEV)监测应用的可行性。方法收集江苏地区急性戊肝病例血液标本和屠宰场生猪胆囊标本,采用Real-time RT-PCR法和RT-PCR法进行RNA检测,对阳性检出情况和核酸序列比对结果进行分析。结果两种方法监测急性戊肝病例和猪胆囊标本的结果完全一致,患者血清HEV RNA检出阳性率为38.94%,猪胆汁标本HEV RNA检出阳性率为4.67%。HEV-4型为2014年本省主要人源和猪源毒株,且病毒核苷酸序列同源性为83%~97%。结论Real-time RT-PCR法快捷、简便性和RT-PCR的分型、序列分析作用相结合,可在HEV感染和传染源监测中发挥重要作用。     

2011年-2013年北京市严重急性呼吸道感染病毒病原学调查

目的了解北京地区严重急性呼吸道感染病毒病原学现况,探讨不同年龄组、不同月份病毒检出情况,为预防策略制定、临床诊断、治疗提供病原学依据。方法采用多重RT-PCR法,对270份咽拭子样本同时检测腺病毒,偏肺病毒,冠状病毒,1型、2型、3型、4型副流感病毒,甲型、乙型流感病毒,甲型、乙型呼吸道合胞病毒,甲型鼻病毒,博卡病毒和肠道病毒共14种常见呼吸道病毒。结果 270份样本中检出阳性样本103份,阳性率为38.15%。其中HBo V的检出率最高,为46.68%。15岁~25岁组呼吸道病毒检出阳性率最高,为66.67%。各病毒不同月份检出情况普遍呈10月-次年4月检出数增高,5月-9月有零星的散发。结论 HBo V和Flu为北京地区严重急性呼吸道感染主要致病原,随年龄不同、流行季节中月份不同而有一定的流行规律。     

渭南市2016年手足口病病原学及EV 71型基因特征分析

目的了解2016年渭南市手足口病病原学特征和肠道病毒71型(EV 71)基因特征。方法收集渭南市2016年疑似手足口病病例咽拭子样本,采用实时荧光定量PCR法进行核酸分型检测,同时对2株EV 71型病毒株VP1片段进行核苷酸序列测定以及同源性及系统进化分析。结果共检测手足口病病例咽拭子样本1 019份,检出肠道病毒阳性689份,总阳性率为67.62%;各型别病毒阳性率由高到低依次为其他肠道病毒26.89%、EV 71型24.63%和Cox A16型16.09%,差异有统计学意义(P0.01)。病毒核酸检出阳性主要集中在5―10月,占总阳性数的91.04%(549/603)。病毒核酸检出阳性病例男女性别比为1.26∶1;年龄集中在5岁以下儿童,占93.90%(647/689);散居儿童占67.94%,托幼儿童占32.06%。重症病例以EV 71阳性率最高(72.22%),普通病例以其他肠道病毒阳性率最高(29.04%),差异有统计学意义(P0.01)。2株EV 71毒株VP1区序列与C4a基因亚型核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为96.6%~96.7%和99.3%;系统进化树分析显示,2株EV 71毒株与福建流行株(KU595899.1)同源性最高。结论 2016年渭南市手足口病主要病原体为其他肠道病毒,EV 71是引起渭南市手足口病重症病例的优势病毒型别,渭南市EV 71型毒株属于C4a基因亚型。     

腹泻患者粪便标本中A组轮状病毒感染特征分析

目的:分析病毒性腹泻患者中人轮状病毒(Human Rotavirus,HRV)的感染情况及毒株流行特点。方法:收集杭州市239份疑似病毒性腹泻患者粪便标本分别应用酶联免疫吸附法及RT-PCR法进行HRV抗原及核酸检测。。其中HRV阳性核酸应用巢式RT-PCR进行轮状病毒分型检测。结果:239份粪便标本中HRV抗原阳性为44份(18.4%),HRV核酸阳性为55份(23.0%),其中G血清分型:G3型15份(27.3%),G1型9份(16.4%),G2型为7份(12.7%),G9型为1份(1.8%),G2+G3混合感染1份(1.8%),未分型22份(40%)。结论:A组轮状病毒是婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,同时也可引起成人腹泻散发流行,成人A组轮状病毒流行季节和流行株与婴幼儿一致,G3为主要流行株,且同时存在多种血清型流行,未分型标本的比例较大有待深入研究。     

杭州地区2014-2015年急性胃肠炎患者感染诺如病毒的流行病学特征分析

目的 了解2014-2015年杭州地区急性胃肠炎患者中诺如病毒的流行病学特征。方法 收集1 109份急性胃肠炎患者的临床流行病学资料和粪便样本,采用一步法双重荧光RT-PCR对样本中诺如病毒(GⅠ、GⅡ型)进行初筛,然后随机选择诺如病毒阳性的样本核酸进行多重RT-PCR扩增,对产物进行测序分析。结果 1 109份的粪便样本中,诺如病毒检出率为26.87%(298/1 109),以GⅡ亚型为主,占25.52%(283/1 109),GⅠ亚型占1.35%(15/1 109);不同性别人群诺如病毒检出率差异无统计学意义(P>0.05);不同年龄组人群中诺如病毒检出率分别为16.94%(<5岁)、19.45%(5~18岁)和32.26%(≥18岁);全年均可检出诺如病毒感染,高发季节为12月至次年3月,阳性率为29.67%~37.08%。序列分析显示,GⅡ基因亚型中以GⅡ-4/Sydney株为主(46.43%,13/28),其次为GⅡ-4/2006b株;GⅠ基因亚型中以GⅠ-1亚型为主(55.56%,5/9)。结论 诺如病毒是导致2014-2015年杭州地区急性胃肠炎的主要病原之一,GⅡ基因亚型特别是GⅡ-4/Sydney变异株和GⅡ-4/2006b变异株是该地区流行的优势毒株。