猪嵴病毒 SYBRⅠ实时荧光定量PCR方法的建立

本研究根据GenBank中登录猪嵴病毒（porcine kobuvirus,PKV）株的3D蛋白序列基因特征,设计特异性引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PKV的实时荧光定量RT-PCR方法。该方法检测PKV 3D蛋白在6.42×102 ~ 6.42×108拷贝/反应范围内有很好的线性关系,其扩增相关系数为0.999,扩增效率为100%,扩增产物的融解曲线分析只出现1个单特异峰,融解温度为（84.94±0.24）℃,对传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪圆环病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒均检测不到荧光信号,特异性强。所建立实时荧光定量RT-PCR方法组内变异系数为0.26%~1.14%,组间变异系数0.63%~1.79%,重复性好。本方法的建立为PKV的早期诊断及定量分析PKV感染程度和靶器官提供新的检测方法。     

实时荧光PCR定量检测戊型肝炎病毒方法的建立

目的建立灵敏、稳定、特异的实时荧光PCR方法,用于戊型肝炎病毒的定量检测。方法采用生物信息学方法,分析比对戊型肝炎病毒全序列,并针对国内流行的戊型肝炎病毒株序列,选择位于ORF2的保守区域设计引物和Taqman探针,建立实时荧光定量PCR方法。并从灵敏度、稳定性及特异性等方面对建立的方法进行综合评价。结果戊型肝炎定量检测的灵敏度为5个目的拷贝,定量的线性范围为5×(100~108)9个数量级。批内重复性检测显示其变异系数为1.49%;批间重复性检测显示其变异系数为1.98%和2.23%。对22份临床标本的检测结果显示具有良好的特异性。结论建立的实时荧光PCR方法具有灵敏度高、稳定性好、特异性强等特点,适用于戊型肝炎病毒的定量检测。     

猪圆环病毒3型SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法的建立及应用

目的建立针对PCV3的操作简单、重复性好、灵敏度较高的检测方法。方法利用PCR方法扩增PCV3保守区基因片段(312bp),将其克隆到pMD18-T载体,构建重组质粒pMD18-T-PCV3作为阳性标准品质粒。优化反应条件,建立定量检测PCV3的实时荧光定量PCR方法,并进行敏感性、特异性和重复性验证。结果建立的SYBR GreenⅠReal-time PCR方法的Ct值与标准品模板在4.24×10~1~4.24×10~8拷贝/μl范围内呈良好线性关系,其相关系数为0.996,斜率为-4.384。该方法特异性强,与PRRSV、FMDV、JEV、PCV2及PRV均无交叉反应;敏感性为4.24×10~1拷贝/μl,比常规PCR方法高10倍;组间和组内重复试验的变异系数均小于2%。利用实时荧光定量PCR方法对采集的155份猪肺组织进行检测,阳性率为36.13%,高于普通PCR阳性检出率的32.25%。结论建立的PCV3SYBR GreenⅠReal-time PCR方法敏感、特异,可用于猪体PCV3感染的快速检测。     

犬库布病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用北大核心CSCD

目的建立可检测狐狸物种中犬库布病毒(CaKoV)的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法。方法利用PCR方法扩增狐狸CaKoV的3D基因504bp,将其克隆到pEASY-Blunt载体,构建重组质粒作为阳性质粒,以其为模板建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,验证其灵敏度、特异性和重复性。结果建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法检测目的基因在6.12×10^(1)~6.12×10^(8)拷贝/μl时呈良好的线性关系,相关系数为0.994,斜率为-4.369,灵敏度6.12×10^(1)拷贝/μl。该方法对于CPV、CDV和CCV未出现特异性扩增。所有标准曲线在溶解温度为86.49℃时出现单一的特异峰。使用本方法检测2021年辽宁、山东地区的253份狐狸临床标本,总阳性率为7.91%。结论建立的CaKoV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法敏感、特异,用于狐狸CaKoV感染的快速检测。     

人类SUZ12基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的:建立SYBR Green I实时荧光PCR定量检测人类SUZ12基因的方法.方法:将SUZ12 RT-PCR扩增片段克隆入载体pGEM-T后,经测序鉴定正确后,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR检测SUZ12,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果:该法检测的最低拷贝数为14.2,线性范围为1.42×10~1-1.42×10~8拷贝,相关系数r为-1.00,1.42×10~7拷贝/L标本的批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.8%和2.8%.熔解曲线分析显示单一的峰,熔解温度(melting temperature,Tm)为(81.37±0.16)℃.结论:实时荧光定量PCR方法检测SUZ12基因,快速有效、灵敏度高、特异性好.     

长春地区人与猪戊型肝炎病毒分子流行病学及部分基因序列分析

目的分析长春地区猪和人群流行的戊型肝炎病毒的系统进化关系。方法参照文献设计引物,对长春地区猪和人群流行的8株HEV(其中3株来源于人,5株来源于猪)进行RT-PCR,并将RT-PCR产物克隆到p MD18-T载体,筛选阳性重组质粒测序,测序结果采用Clustal X v.1.8进行多重比对分析,并与基因1~4型HEV代表株的核苷酸及氨基酸进行同源性比较,绘制遗传进化树。结果本研究获得的8株HEV核苷酸同源性在91.2%~99.1%,推导氨基酸同源性在97.4%~100%之间;基因1~4型内各株序列间同源性分别为:87.9%~100%,100%,85.9%~96.6%,84.8%~100%。结论研究表明获得的长春各株病毒均属基因4型,由进化关系看长春地区猪HEV与人HEV可能由同一毒株进化而来。     

输血传播病毒PCR-DHPLC检测技术的建立及初步应用

目的应用聚合酶链式反应(PCR)结合变性高效液相色谱(DHPLC)技术检测输血传播病毒。方法根据输血传播病毒的核酸序列特点设计特异性引物进行PCR,将扩增产物进行DHPLC检测分析,以验证方法的灵敏度、特异性、重复性,同时进行临床检测的初步应用。结果以乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、戊型肝炎病毒进行特异性试验,无交叉反应,具有较好的特异性;重复性良好;灵敏度可达1.0×10~1拷贝/反应。分别应用实时荧光PCR法、普通PCR法及本文所建立的PCR-DHPLC法同时检测32份血清样本,发现有17份样本实时荧光PCR阳性,17份样本PCR-DHPLC阳性,15份普通PCR阳性。结论本文建立的PCR-DHPLC法具有特异、敏感、重复性好等优点,可用于输血传播病毒感染的分子流行病学调查。     

常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR检测GⅠ、GⅡ型诺如病毒方法的建立及其应用北大核心CSCD

目的建立GI、GII型诺如病毒的常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测方法,并对两种方法进行应用。方法优化筛选出最佳PCR反应体系与反应条件,并从灵敏性、特异性、临床样品检测等方面对建立的方法进行比较与评价。结果该两种方法特异性强,与札幌病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒同时检测无交叉反应,同一体系内GI、GII型诺如病毒相互之间没有干扰;常规RT-PCR最低检测限为103copies/μL,荧光定量RT-PCR最低检测限为102copies/μL;对180份临床粪便样品进行检测,常规RT-PCR则检测率为5.56%(10/180),符合率达97.22%,荧光定量RT-PCR检测率为8.33%(15/180),符合率达100%;对15份阳性样品测序分析,证实均为诺如病毒。结论建立的常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR均可用于诺如病毒的快速检测,荧光定量RT-PCR更为灵敏。     

常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR检测GⅠ、GⅡ型诺如病毒方法的建立及其应用

目的建立GI、GII型诺如病毒的常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测方法,并对两种方法进行应用。方法优化筛选出最佳PCR反应体系与反应条件,并从灵敏性、特异性、临床样品检测等方面对建立的方法进行比较与评价。结果该两种方法特异性强,与札幌病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒同时检测无交叉反应,同一体系内GI、GII型诺如病毒相互之间没有干扰;常规RT-PCR最低检测限为103copies/μL,荧光定量RT-PCR最低检测限为102copies/μL;对180份临床粪便样品进行检测,常规RT-PCR则检测率为5.56%(10/180),符合率达97.22%,荧光定量RT-PCR检测率为8.33%(15/180),符合率达100%;对15份阳性样品测序分析,证实均为诺如病毒。结论建立的常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR均可用于诺如病毒的快速检测,荧光定量RT-PCR更为灵敏。     

西尼罗病毒荧光RT-PCR检测方法的建立

目的用TaqMan技术建立荧光RT-PCR方法,用于检测西尼罗病毒(WNV)。方法从GenBank上调取WNV的基因序列,设计WNYA、WNYB、WNYC三套荧光RT-PCR,经优化后用于WNV灭活苗、乙型脑炎病毒(JEV)、黄热病毒(YFV)等11种病毒核酸的检测,同时用10倍倍比稀释的双链DNA、质粒DNA、cDNA、RNA进行扩增,以检测其灵敏度。结果建立的WNYA、WNYC荧光RT-PCR检出WNV灭活苗阳性,而JEV等10种非WNV病毒均为阴性,能检出30个拷贝和65个拷贝的双链DNA、420个拷贝和460个拷贝的质粒DNA;WNYB的反转录效率明显低于WNYA和WNYC。结论建立的WNYA、WNYC荧光RT-PCR可作为检测WNV的技术储备。     

猪巨细胞病毒TaqMan荧光定量PCR检测的建立

目的 建立一种特异、灵敏、快速检测猪巨细胞病毒的TaqMan荧光定量PCR方法。方法 根据GenBank已登录的猪巨细胞病毒(Porcine Cytomegalovirus,PCMV)DNA序列设计合成特异性引物对和TaqMan荧光探针,经优化反应条件,建立了猪巨细胞病毒的TaqMan荧光定量PCR检测方法(fluorescent quantitative real-time PCR, FQ-PCR),进行了FQ-PCR检测方法的敏感性、特异性和重复性试验;对疑似PCMV 感染临床样品进行了应用检测,并与常规PCR方法进行了比对;对FQ-PCR检测结果为PCMV 阳性猪的不同内脏器官进行病毒含量比较检测。结果 成功建立了PCMV 的FQ-PCR方法,标准曲线的循环阈值(Ct值)与模板浓度有良好的线性关系,相关系数为0.998;检测灵敏度可达1 拷贝/μL,是常规PCR的100倍;特异性高,对pGEM-T/PCMV重组质粒扩增呈现阳性反应曲线,而对6个对照病原的扩增曲线均呈现阴性反应;对不同浓度的pGEM-T/PCMV重组质粒分别重复扩增6次,重复结果良好;对15份临床疑似PCMV感染的组织病料进行应用检测表明,其中有9份样品为阳性,与常规PCR方法检测的阳性符合率为100%。猪的内脏器管中PCMV含量最高为扁桃体,最低的为小肠。结论 成功建立了PCMV FQ-PCR方法,可用于临床上PCMV感染猪的确诊和隐性感染猪的早期检测,对PCMV的快速诊断、综合防控及净化等具有重要意义。     

人呼吸道合胞病毒qRT-PCR绝对定量检测法的建立

目的建立检测人呼吸道合胞病毒(human Respiratory Syncytial Virus, hRSV)实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR, qRT-PCR)绝对定量检测法。方法提取人呼吸道合胞病毒mRNA并逆转录为cDNA,以cDNA为模板,用hRSV的N基因作为目的基因设计的引物进行PCR扩增,扩增产物连接到pMDTM 18-T载体,构建标准检测质粒。以构建的标准检测质粒进行qRT-PCR,建立绝对定量检测的标准曲线。结果 PCR扩增获得714 bp产物,与pMDTM 18-T载体连接构建的标准检测质粒测序验证成功。qRT-PCR检测目的基因扩增效率E为105.2%,R2=0.998,在1.0×10~2～1.0×10~8拷贝范围内具良好线性关系,最低检测限为100拷贝/反应。结论成功建立了hRSV qRT-PCR绝对定量检测法,该方法快速、特异、灵敏,为hRSV诊断试剂盒的研制奠定了基础。     

基于逆转录-酶促重组等温扩增原理的西尼罗病毒基因检测方法的建立

目的 建立一种可用于检测西尼罗病毒特异性基因片段的逆转录-酶促重组等温扩增(RT-ERA)方法。方法 以西尼罗病毒NS5基因的高度保守序列作为靶序列，根据ERA反应原理设计、合成引物及荧光探针，建立荧光RT-ERA反应体系。分别以不同拷贝数(10~4、10~3、10~2、10、1拷贝/μl)的含120 bp靶基因片段的重组质粒及不同浓度(10、1、10^-1、10^-2、10^-3 ng/μl)西尼罗病毒RNA为模板进行荧光RT-ERA法扩增，评价该方法的敏感度；分别以森林脑炎病毒、基孔肯雅病毒、Ⅰ型登革病毒、西尼罗病毒、乙型脑炎病毒、黄热病毒和甲型流感病毒H2N1的RNA为模板进行荧光RT-ERA法检测，评价该方法的特异性。结果 建立的荧光RT-ERA法可在39℃、20 min内特异性扩增西尼罗病毒RNA。敏感度检测结果显示，以重组质粒为模板，荧光RT-ERA法最低可检出的质粒拷贝数为1拷贝/μl；以RNA为模板，荧光RT-ERA法最低可检测浓度为10^-3 ng/μl。特异性检测结果显示，以森林脑炎病毒...     

幽门螺杆菌TaqMan MGB探针双重荧光定量PCR检测方法的建立北大核心CSCD

目的建立用于幽门螺杆菌快速定量检测和分型的TaqMan MGB探针双重荧光定量PCR方法。方法采用Primer Premier 5软件分析设计引物和探针,采用双重荧光定量PCR扩增幽门螺杆菌CagA和VacA基因片段,建立循环数与拷贝数关系的标准曲线。检测临床标本中所含幽门螺杆菌的循环数,用该方法对临床胃黏膜标本进行检测并与标准曲线对比,计算所含幽门螺杆菌的拷贝数。结果建立的TaqMan MGB双重荧光定量PCR方法检测幽门螺杆菌质粒的线性范围是10~2~10~8拷贝/μl,CagA和VacA基因标准曲线的相关系数分别是0.977 8和0.990 4。29份临床胃黏膜标本的CagA和VacA基因循环数Ct值分别在29~35和30~35之间,幽门螺杆菌拷贝数分别在1.0×10^(1.39)~1.0×10^(3.87)和1.0×10^(3.06)~1.0×10^(3.91)之间,且临床标本中的幽门螺杆菌均为I型。结论建立的TaqMan MGB双重荧光定量PCR法具有敏感、精确、快速的特点,可用于幽门螺杆菌的快速定量检测与分型鉴定。     

广西地区5种动物戊型肝炎病毒RNA的检测

目的了解广西地区与人关系密切的猪、鼠、狗、猕猴和鱼等5种动物戊型肝炎病毒（HEV）。方法对广西地区3月龄以下狗、猪粪便标本及龙虎山自然景区猴粪便标本，鱼胆汁标本，鼠肝组织，猪、鼠、狗HEV抗体阳性血清，用巢式逆转录聚合酶链反应法（RT—nPCR）检测戊型肝炎病毒核糖核酸（HEVRNA）。结果在3月龄以下猪粪便标本检测出HEVRNA，阳性率为10．08％（13／129），其余各种动物粪便、肝组织、胆汁、HEV抗体阳性血清标本均未检测出HEVRNA。结论猪粪便标本存在HEVRNA，该地区应加强动物粪便特别是猪粪便的管理，以预防戊型肝炎病毒的感染。     

应用Taq Man荧光定量RT-PCR快速检测肠道病毒的研究

目的建立一种快速、灵敏、特异的荧光定量RT-PCR检测肠道病毒的方法。方法根据GenBank中肠道病毒5′UTR序列,应用生物软件在保守区设计与筛选特异引物和TaqMan探针,对荧光定量RT-PCR反应体系与条件进行优化,验证方法的特异性、敏感性和重复性。并通过对急性临床样本的检测,评价该方法的实际应用价值。结果该方法对肠道病毒包括脊髓灰质炎病毒Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型及柯萨奇病毒和埃可病毒等的检测有高度特异性,甲肝病毒、乙脑病毒、登革病毒、腺病毒、单纯疱疹病毒、诺如病毒等均呈阴性。该方法的检测下限达10-1TCID50/100μl。12份急性结膜炎病例结膜拭子标本中7份肠道病毒核酸阳性,普通RT-PCR方法5份阳性。结论TaqMan荧光定量RT-PCR方法快速、敏感、特异,适于肠道病毒的快速检测。     

乙肝患者血清免疫学标志物检测结果与HBV-DNA定性、定量关系的分析

目的探讨乙肝患者血清乙型肝炎病毒(HBV)血清学标志物(HBVm)检查结果与HBV-DNA定量结果之间的关系。方法取2 800份沂水地区乙肝患者血清,均行乙肝病毒感染血清学标志物(HBVm)检测和HBV-DNA荧光定量测定(FQ-PCR),并对结果进行统计学分析。结果 HBVm检测检出大三阳1 005份(1组),小三阳895份(2组),三抗体阳性396份(3组),全阴性139份(11组)。1组HBV-DNA阳性898份(89.35%),平均病毒载量为4.9×107拷贝/mL;2组HBV-DNA阳性200份(16.76%),平均病毒载量为3.62×106拷贝/mL;3组HBV-DNA阳性50份(12.6%),平均病毒载量为3.69×104拷贝/mL;11组有2份(1.4%)HBV-DNA阳性,平均病毒载量为5.69×103拷贝/mL。1、2组HBV-DNA检出率、HBV-DNA定量结果明显高于3、11组(P均<0.05);3组HBV-DNA检出率、HBV-DNA定量结果明显高于11组(P均<0.05)。结论 HBeAg阳性的HBV-DNA复制水平最高,在三抗体阳性的血清中HBV复制水平中等;而HBVm全阴性血清并不能排除HBV感染。     

慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞及肝组织中HBV cccDNA定量检测

目的优化HBV共价闭合环状DNA(cccDNA)特异性定量检测方法,并观察HBV cccDNA在慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞(PBMC)及肝组织中的分布情况。方法标本抽提核酸后,以不降解质粒的ATP依赖的DNA酶(PSAD)进行酶切,再以跨双缺口的特异性引物进行荧光PCR定量检测HBV cccDNA;用10份HBV高滴度(10~7拷贝/mL)血清和梯度稀释的HBV克隆质粒标准品,验证此检测方法的特异度和灵敏度;取慢性乙型肝炎患者PBMC和肝组织穿刺标本各50份,检测其总HBV DNA和cccDNA。结果10份血清标本均无假阳性cccDNA检测结果,灵敏度可达到10~3拷贝/mL。所有PBMC中cccDNA检测均阴性;所有肝组织中总HBV DNA和cccDNA检测均阳性,总HBV DNA含量为3．19×10~2～6．69×10~7拷贝/μg人基因组DNA,cccDNA含量为7．32×10~0～6．51×10~6拷贝/μg人基因组DNA,同一患者肝组织中总HBV DNA含量是cccDNA含量的10．7倍至9．2×10~5倍。结论本方法特异度和灵敏度高。PBMC不能支持HBV的复制。在慢性乙型肝炎患者的肝组织中均可检测到cccDNA,但其水平并非与细胞内总HBV DNA水平正相关。     

幽门螺杆菌TaqMan MGB探针双重荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立用于幽门螺杆菌快速定量检测和分型的TaqMan MGB探针双重荧光定量PCR方法。方法采用Primer Premier 5软件分析设计引物和探针,采用双重荧光定量PCR扩增幽门螺杆菌CagA和VacA基因片段,建立循环数与拷贝数关系的标准曲线。检测临床标本中所含幽门螺杆菌的循环数,用该方法对临床胃黏膜标本进行检测并与标准曲线对比,计算所含幽门螺杆菌的拷贝数。结果建立的TaqMan MGB双重荧光定量PCR方法检测幽门螺杆菌质粒的线性范围是10~2~10~8拷贝/μl,CagA和VacA基因标准曲线的相关系数分别是0.977 8和0.990 4。29份临床胃黏膜标本的CagA和VacA基因循环数Ct值分别在29~35和30~35之间,幽门螺杆菌拷贝数分别在1.0×10~(1.39)~1.0×10~(3.87)和1.0×10~(3.06)~1.0×10~(3.91)之间,且临床标本中的幽门螺杆菌均为I型。结论建立的TaqMan MGB双重荧光定量PCR法具有敏感、精确、快速的特点,可用于幽门螺杆菌的快速定量检测与分型鉴定。     

口蹄疫病毒一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测方法的建立

摘要：为了快速高效的检测所有血清型口蹄疫病毒（FMDV）,根据FMDV聚合酶3D基因序列比对结果,设计特异性引物和MGB探针,通过反应条件的优化,建立了一步法荧光定量RT-PCR检测方法,并进行了特异性、敏感性、重复性试验。结果表明,该方法能特异性检测A型、O型、Asia I型FMDV,而对猪瘟、猪蓝耳病、猪圆环病毒、猪细小病毒、猪狂犬病毒、猪乙型脑炎等病原检测结果均为阴性;检测质粒的敏感性可达83.4copies/μL,检测病毒RNA的敏感性可达7.1fg/μL,比多重RT-PCR敏感性高10倍;对4份样品进行5次批内和批间重复检测,检测结果变异系数均小于2%。该方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于口蹄疫临床样品诊断、流行病学调查和畜产品安全监测。