面向精准医学的生物医学本体资源存储和应用平台

在过去10余年中,本体广泛应用于生物医学数据分析、检索、整合和再利用中。本体作为一种特殊类型的数据资源,数据量也在迅速增加。为了促进精准医疗领域数据集的整合,并为国内用户提供本体数据资源服务,构建MedPortal本体资源存储和应用平台。通过复用NCBO BioPortal技术,搭建MedPotal软件框架。遴选精准医学相关本体,建立本体资源库。对原框架中的代码和本体处理工具进行修正和完善,使之能够在本体稳定运行的基础上满足大批量数据的自动化处理。目前,该平台已整合42个生物医学本体,建立了本体之间术语映射关系,通过页面和REST API方式,提供术语检索、本体映射、数据标准化注释等本体应用服务(http://medportal.bmicc.cn)。MedPortal本体平台将为生物医学数据整合提供帮助。     

M3D:面向3D打印的医学图像重建平台

本研究旨在构建面向3D打印的医学图像3D重建平台,实现医学影像数据的目标分割、3D重建与3D打印所需区域裁剪与输出功能。该软件平台采用Qt设计用户界面,调用ITK、VTK类库处理医学影像数据。软件平台实现了医学影像数据的输入输出及处理、分割与3D重建等功能;在3D打印模型输出前,可实现对感兴趣区域的截取。以肘关节为例,利用该平台可实现模型重建,截取区域输出STL文件并完成3D打印。结果表明,该软件平台操作简单、界面简洁,可以从医学影像数据中重建得到3D模型,并进行3D打印,具有重要的临床应用价值。     

肿瘤大数据和精准医学

<正>回顾人类和肿瘤斗争的历史,经历了从传统草药治疗到因近代解剖学发展出现的外科手术,从新型抗肿瘤药物化疗到在物理及放射技术基础上发展的放疗,以及新兴的靶向药物治疗、免疫治疗等。通过以上治疗方式,已经有部分肿瘤可以被控制甚至达到终身缓解,但是还有部分肿瘤无法有效治愈。由于治疗过程存在不良反应,如多药耐药、免疫衰竭、细胞因子风暴、多器官衰竭等问题,我们的选择只能局限在部分的治疗手段。在基因组学     

基于本体的医学知识库构建及应用

目的为了充分有效地管理和利用医学知识资源,本体论被引入到医学知识组织当中。本文描述了医学本体知识库的构建步骤,构建出包括中医本体和西医本体两大分支的医学本体框架。方法采用NKI（national knowledge infrastructure）本体描述语言,结合已有的医学知识,分4级举例给出冠心病类的详细设计过程,引入美国斯坦福大学的大型本体构建工具Protege,并使用Protege2000构建冠心病医学知识体系,同时进行了初步的应用。结果通过对比已有的医学知识组织形式,本文所建立的医学本体系统具有可行性、可扩展性和可重用性的特点。结论基于本体的医学知识库将可能有效解决医学知识工程领域的多个问题。     

网上生物医学信息资源应用培训的思考

当计算机日益普及 ,许多人已熟练掌握互联网操作技术 ,不少医疗科研人员对网上资源了解的专业深度与广度已超过医学信息人员 ;当某些领域利用计算机软件日益深化 ,网上资源从分类组织、检索方法到专业内容 ,更新扩展的速度远远超过印刷型书刊 ,用户需求日益广泛深入 ;在这样的背景下 ,我们能否主动积极为专业人员开发利用网上资源导向 ,是对我们的挑战。1　充分了解用户需求从 1998年以来我们对医疗科研人员进行问卷调查 ,他们反映 :1.1　要求介绍如何上网 ,检索先生医学信息有哪些可信的搜索引擎等。1.2　要求深入专业领域 ,如 :网上有哪些…     

精准医学时代下的精准诊断

美国总统奥巴马于2015年1月20日发表国情咨文的演讲中宣布：“今晚,我将启动一个崭新的精准医学计划,这将使我们距离治愈癌症和糖尿病等疾病更进一步。并且,这将使我们所有人利用个性化信息让自己的家人更健康成为可能。”
　　精准医学（ precision medicine ）又称为精准医疗,是指基于每个个体的基因差异而制定的个性化治疗方案,正如量体裁衣才能制作出合身的衣服一样,这样的医疗才会比传统医疗更加有效。其实,早在4年前,美国几大科学机构联手,由Maynard V.Olsent博士起草撰写《走向精准医学》报告中就倡议加快人类基因组的临床转化,以推动个性化医疗的发展,实现人类疾病的精准治疗和预防。     

医学资源平台建设在实践教学与人才培养中的应用

医学教育是培养高级医学人才的重要途径,而人体解剖学是医学教育重要的基础学科。利用人体解剖学双语资源库,通过程序设计、模板建立及在模板基础上改建,制作成实验总结课件并应用于实践教学环节,对提高教学效果和医学人才培养质量具有重要意义。     

Internet上的生物医学遗传学资源

国际计算机互联网落是目前全世界最大的信息宝库，它涉及的内容非常广，Ｉｎｔｅｒｎｅｔ上面有众多与生物医学遗传学有关的信息资源，这些信息资源分布在世界各地数百万台计算机上。Ｉｎｔｅｒｎｅｔ为这些生物医学遗传信息的共享及交流提供了极大的方便。特别是近期Ｉｎ...     

聚磷腈的研究和生物医学应用

聚磷腈是一类新型的无机高分子,具有特殊的结构和有机高分子难以比拟的特性,近年来对其在生物医用方面的研究特别多.可以通过侧基的选择来调节聚磷腈的物理化学性能,包括它的生物降解性.本文介绍了聚磷腈的制备、结构、性能、生物应用以及发展前景.     

生物医学仿真模拟及其在超声医学教学中的应用

目前,我国医学教育大多采用教师课堂授课、课后学生复习背诵所学知识的传统教学模式,临床技能培养主要采用师带徒式传承.虽然这些教学方法能较好地传授知识和技能,但在团队协作、知识整合、标准化训练等方面存在诸多缺陷.生物医学仿真模拟教学作为一种新型传授医学知识和培养临床技能的教学方法,已在现行医学教学中取得良好效果.拟从仿真模拟教学的定义、仿真模拟教学特点以及此方法在超声医学教学中的应用和价值进行综述.     

福建省寄生虫种质资源平台医学软体动物的种群分类整理

目的了解福建省医学软体动物种群分类情况。结论对在福建省内收集的标本进行系统的分类整理、信息描述、标本保存,并建立相关数据库。结果共收集制作记录完整且符合生物学各项研究要求的医学软体动物的标本15种,752份。结论建立了福建省内完整的医学软体动物种群分布数据库及标本永久保存的资源共享平台。     

INTERNET上医学信息资源的应用

INTERNET作为当今世界最大的计算机互联网 ,它初步构成一个全球信息高速公路的框架。作为现代科学重要组成部分的现代医学 ,INTERNET必将对它的发展产生深远的影响 ,医学实践及科研的传统行为模式必将受到来自这一新生事物的冲击。应用 INTERNET中丰富、最新的生物医学、医疗保健和医学教育信息 ,可大大加快医院信息的发展 ,INTERNET上医学信息资源应用如下。1　通过电子邮件进行医学交流电子邮件是 INTERNET网络提供和使用最广泛的一项服务。在 INTERNET上多媒体的电子邮件 ,不但可以传送病历等文字资料 ,还可传达相关…     

参加医学物理和生物医学工程国际会议的几点启示

1988年8月6日—12日在美国得克隆斯州圣安托尼奥城召开的国际会议是这些学会在本世纪所开的会议中规模空前的一次大会。参加会议人员来自55个国家地区近3700人。会议收到论文1950篇、其中刊登在医学生物物理杂志33卷增刊上的有1609篇。许多学者正是响应大会主题,为向2000年挑战作准备。许多全球性问题将通过世界交流努力成功地解决,以造福地球上的人类。世界学者正是怀着这样崇高目标才云集美国与文会友。中国学者以新的风貌跻身于国际生物医学工程大会的论坛,产生了良好影响。这次我国学者寄去国际会议被录用的论文,大陆118篇;台北17篇,几乎占这次国际会议论文数量的十一分之一。中国科学协会派出了以     

本体支持的生物医学领域元数据异质性与可兼容性研究

利用本体支持数据元素的表示,是提升元数据机器可理解性的重要手段。采用生物医学通用数据元素数据库caDSR中的数据,评价相关的数据元素之间的语义异质性,并利用机器学习对元数据可兼容性进行判别。首先,从caDSR 中选取60对通用数据元素,涉及人口学、生活方式、既往病史和实验室测量等方面。依据ISO/IEC 111179标准抽提数据元素的必要组分,利用NCIT的本体支持,就每对关联数据元素的相似度进行评价。依据数据元素内部各组分的语义相似度,利用支持向量机,对数据元素间的可兼容性做出预测,其准确度超过80%。研究结果显示,目前在caDSR数据库中,对于元数据的定义存在较大的异质性,这些异质性在数据元素的概念域尤其集中。虽然如此,通过机器学习的方法,还是能够依据现有的数据元素的定义实现数据可兼容性的自动判断。研究所建立的方法,对于优化数据元素构建流程、丰富数据标准化工具具有一定的应用价值。     

微处理机的生物医学应用

一、引言微处理机技术在生物医学上的应用范围很广,但其发展还是初期的。按照这样的提法,有关的应用报告包括麻醉学、心脏病学、神经病学、产科学、眼科学、生理学、心理学、放射学、以及整复医学等。主要注意力集中于医疗业务里的几个领域,包括临床化学、单变量或多变量的监护系统、诊断和普查方法、以及特殊的监护和控制系统等。也报告了硬件、软件、以及专门适合生物医学应用的设计考虑等。发表了几篇评论性文章。采用微处理机的大量生物医学仪器或已有商品,或正处在进行考验性修改阶段。因为应用和临床情况是多种多样的,并且主要根据系统分     

DICOM医学图像的存储与管理

随着数字化医学成像设备在医院的广泛使用,对医学图像及相关数据的存档管理以及在不同科室之间的数据共享的要求越来越迫切,这就需要建立PACS(图像存档和通讯系统),这方面国外已经发展了很多年,我国目前处于起步阶段.本文参照PACS系统的一个已经被国际认可的医学图像标准即医学成像和通讯标准DICOM(digital imaging and communication in medicine),研究了标准的各个部分,特别是兼容性、信息对象定义(IOD)、服务对象对类(SOP)、数据编码等部分,就具体实现PACS系统的一个重要方面即医学图像的存档和管理做了深入的探讨,在此基础上建立了医学图像数据库系统,为实现医学图像信息的网络共享打下了基础.     

奥巴马版“精准医学”的“精准”解读

<正>21世纪的经济将有赖于美国的科学技术和研究开发。我们曾消灭了小儿麻痹症,并初步解读了人类基因组。我希望,我们的国家能引领医学的新时代——这一时代将在合适的时间给疾病以合适的治疗。对那些患有囊泡纤维化的病人,我们能将他们转危为安,这个病在过去是不可逆转的。今天晚上,我要启动一个新的"精准医学计划(Precision Medicine Initiative)"。这一计划将使我们向着治愈诸如癌症和糖尿病这些顽症的目标迈进一步,并使我们所有人,都能获得自己的个体化信息。我们需要这些信息,使我们自己,我们的家人更加健康。