基于网络药理学黄芩-黄连药对治疗2型糖尿病作用机制探讨

目的探讨黄芩-黄连药对治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄芩、黄连的化学成分和作用靶点,通过OMIM、TTD、Drugbank、Digsee等多个数据库查询与T2DM相关的基因。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络、蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,最后通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究其作用机制。结果化合物-靶点网络包含42个化合物和相应靶点213个,关键靶点涉及PTGS2、PTGS1、HSP90AA1、HSP90AB1、NOS2等。PPI核心网络包含15个蛋白,关键蛋白涉及TNF、IL6、INSR等。GO功能富集分析得到GO条目108个(P0.05),其中生物过程(BP)条目87个,分子功能(CC)条目9个,细胞组成(MF)条目12个。KEGG通路富集筛选得到24条信号通路(P0.05),涉及胰岛素抵抗通路、T2DM通路、胰岛素信号传递通路等。结论黄芩-黄连中的活性成分主要通过DPP4、PPARG、IL6、PPARD、TNF等靶点调节炎症细胞因子、作用于胰岛素受体协同治疗T2DM。     

基于网络药理学探讨水蛭防治股骨头坏死的作用机制

目的基于网络药理学探讨水蛭防治股骨头坏死(ONFH)的潜在作用机制。方法应用中药综合数据库(TCMID)及BATMAN-TCM分析工具筛选出单味中药水蛭的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的数据库GeneCadrs、TTD、OMIM筛选ONFH的作用靶点,进而筛选水蛭与ONFH的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果基于BATMAN-TCM分析工具预测得出水蛭防治ONFH的活性成分13个和交集靶点28个;GO功能富集分析得到条目153个,其中生物过程条目117个、细胞组成条目10个、分子功能条目26个;KEGG通路富集分析得出条目35个,主要包括PPAR信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、NF-κB信号通路、TLR信号通路等。结论基于网络药理学初步探讨并验证了水蛭防治ONFH多成分-多靶点-多通路的整体调节作用特点,预测了水蛭防治ONFH的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学四逆散治疗抑郁症的作用机制探讨

目的探讨四逆散治疗抑郁症的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四逆散中柴胡、白芍、枳实、甘草的化学成分和作用靶点,通过OMIM、TTD、Drugbank、Digsee等多个数据库查询与抑郁症(depression)相关的基因。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape 3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络、蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,最后通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果化合物-靶点网络包含121个化合物和相应靶点259个,关键靶点涉及PTGS2、CALM1、ESR1、HSP90AA1、AR等。PPI核心网络包含15蛋白,关键蛋白涉及CASP3、CHRM2、CYP3A4等。GO功能富集分析得到GO条目375个(P0.05),其中生物过程(BP)条目307个,细胞组成(CC)条目37个,分子功能(MF)条目31个。KEGG通路富集筛选得到37条信号通路(P0.05),涉及神经活性配体-受体相互作用信号通路、多巴胺信号通路、IL-17信号通路等。结论四逆散中的有效活性成分主要通过作用于CASP3、CHRM2、DRD1等15个关键靶点调节多条信号通路从而发挥抗抑郁作用。     

基于网络药理学探讨五苓散治疗糖尿病肾病的作用机制

目的：根据网络药理学方法对五苓散治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行研究探讨。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对五苓散中有效成分进行筛选及靶点预测,检索GeneCards、CTD数据库筛选DKD疾病靶点,利用韦恩图在线平台筛选五苓散治疗DKD交集靶点,借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选五苓散治疗DKD核心靶点,使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络,基于DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果：基于TCMSP得到五苓散的27个有效成分和62个潜在靶点,筛选获得与DKD疾病发生、发展相关的靶点21 153个,借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选五苓散治疗DKD核心靶点16个,GO功能富集分析得到条目99个,其中生物过程条目64个、分子功能条目24个、细胞组成条目11个,主要包括过脂质反应、G蛋白偶联受体信号途径、肾上腺素能受体活性、四吡咯结合、胞膜小凹等功能途径;KEGG通路富集分析得出条目61个,主要包括NF-κB信号通路、细胞凋亡、TNF信号通路、雌激素信号途径、IL-17信号通路等通路途径。结论：基于网络药理学初步探讨并验证了五苓散治疗DKD多成分、多靶点、多通路的整体调节作用特点,预测了五苓散治疗DKD的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学和分子对接法探寻达原饮治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物的研究

目的探寻达原饮治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索达原饮中槟榔、厚朴、草果、知母、白芍、黄芩、甘草的化学成分和作用靶点。通过UniProt、GeneCards等数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果化合物-靶点网络包含141个化合物和相应靶点267个,关键靶点涉及PTGS2、HSP90AA1、ESR1、AR、NOS2等。GO功能富集分析得到GO条目522个(P0.05),其中生物过程(BP)条目421个,细胞组成(CC)条目38个,分子功能(MF)条目63个。KEGG通路富集筛选得到25条信号通路(P0.05),涉及小细胞肺癌、非小细胞肺癌、T细胞受体信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、黄芩素等核心化合物与COVID-19推荐用药的亲和力相似。结论达原饮中的活性化合物可能通过与血管紧张素转换酶II(ACE2)结合作用于PTGS2、HSP90AA1、ESR1等靶点调节多条信号通路,从而有可能对COVID-19有治疗作用。     

基于网络药理学探讨柴胡-黄芩治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

基于网络药理学预测柴胡-黄芩药对治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,探讨其作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选柴胡-黄芩药对有效成分及对应作用靶点,运用GeneGards数据库对疾病靶点进行预测,将两者进行映射,利用Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络并进行GO富集分析与KEGG通路分析。结果:根据筛选条件得到53个化合物、730个对应的作用靶点、247个疾病潜在靶点。GO功能富集分析得到GO条目1131个,其中生物过程(BP)条目1087个,细胞组成(CC)条目11个,分子功能(MF)条目33个。KEGG通路富集筛选得到102条信号通路。结论:本研究预测出柴胡-黄芩药对治疗COVID-19的主要成分前六位是黄芩素、汉黄芩素、金合欢素、槲皮素、山柰酚、异鼠李碱。通过调节IL-6、IL1B、AKT1、IL1A、MAPK8、CASP8、STAT1、CCL2等靶点,调控TNF、IL-17等信号通路达到抑制炎症、调节细胞凋亡、减轻肺损伤的作用,从而达到治疗COVID-19的目的。     

基于网络药理学知母-黄柏药对治疗糖尿病作用机制

目的:探讨知母-黄柏药对治疗糖尿病（DM）的作用机制。方法：通过TCMSP、化学专业数据库检索知母、黄柏化学成分和作用靶点,并在UniProt数据库中进行靶点与基因转换,通过OMIM、Drugbank数据库查询现有DM相关基因。进而运用Cytoscape 3.7.1构建成分-靶点网络、靶点相互作用（PPI）网络并进行网络拓扑分析,最后通过Omicshare进行基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,研究其作用机制。结果：成分-靶点网络共有127个化合物和107个靶点,其中关键化合物涉及槲皮素、豆甾醇、山柰酚等。PPI网络包含107个蛋白,其中关键靶蛋白涉及INS、AKT1、IL6、VEGFA、TNF等。GO功能富集分析得到2 612个条目（P<0.05）,其中生物过程（BP）条目2 125个,分子功能（CC）条目138个,细胞组成（MF）条目349个。KEGG通路富集分析筛选到157个信号通路（P<0.05）,涉及到MAPK信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗等信号通路。结论：知母-黄柏中的主要治疗糖尿病活性成分是槲皮素、豆甾醇、山柰酚,靶点主要涉及INS、AKT1、IL6、VEGFA、TNF等,通过MAPK信号通路、AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗等信号通路协同治疗DM。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄连-葛根药对“异病同治”糖尿病视网膜病变和糖尿病肾病作用机制

目的运用网络药理学方法探究黄连-葛根药对治疗糖尿病视网膜病变(DR)和DN的作用机制。方法应用TCMSP、UniProt数据库检索黄连-葛根活性成分及对应靶点, 应用GeneCards、OMIM数据库检索DR和DN靶点基因, 运用在线工具Venny获得交集靶点, 利用Cytoscape 3.8.2软件构建"成分-靶点"网络, 采用STRING数据库构建PPI网络, 并通过DAVID数据库进行GO功能及KEGG通路富集分析, 并进行分子对接验证。结果获得黄连-葛根药对活性成分18个, 疾病-药物交集靶点74个。GO功能富集分析发现, 交集靶点主要富集于炎症反应及凋亡等生物过程, 涉及到细胞外间隙、质膜、细胞质等细胞组分, 且与蛋白质结合、ATP结合、酶结合等分子功能有关。KEGG通路富集分析发现, 交集靶点可能与TNF信号通路、Toll样受体信号通路、PI3K-Akt信号通路等机制相关。分子对接结果显示, 核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论黄连-葛根可能通过TNF、IL6、TP53等靶点, 调控TNF信号通路、Toll样受体信号通路和PI3K/Akt信号通路, 发挥抑制细胞凋亡、氧...     

以血管紧张素转换酶Ⅱ(ACE2）为受体挖掘治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）潜在中药及单体成分

目的以血管紧张素转换酶Ⅱ(ACE2)为受体探讨中药及单体成分治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索作用于ACE2受体的中药及单体成分。通过UniProt、GeneCards等数据库查询中药单体成分作用靶点对应的基因名,进而运用Cytoscape 3.6.1构建化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果葛根素-靶点网络中靶点54个,关键靶点涉及AKT1、VEGFA、TNF等。GO功能富集分析得到GO条目554个(P0.05),其中生物过程(BP)条目486个,细胞组成(CC)条目26个,分子功能(MF)条目42个。KEGG通路富集筛选得到162条信号通路(P0.05),涉及小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肾素-血管紧张素系统通路等。分子对接结果显示葛根素与ACE2和新型冠状病毒(SARS-CoV-2)水解酶的亲和力与推荐用药相近。结论葛根素与ACE2结合作用于AGTR1、NOS3、HIF1A等靶点调节多条信号通路,从而可能对COVID-19有治疗作用。     

荆芥-防风药对治疗荨麻疹作用机制的网络药理学研究

目的基于网络药理学方法探讨荆芥-防风药对治疗荨麻疹的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索荆芥、防风的化学成分和作用靶点,运用UniProt数据库查询靶点对应的基因,以Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点(基因)网络。借助OMIM、Digsee、TTD等数据库查询荨麻疹相关的基因,运用Venny 2.1.0筛选出荆芥-防风与荨麻疹的交集基因,并将筛选出的核心靶标蛋白导入STRING在线网站数据库,获取蛋白相互作用关系。运用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果化合物-靶点网络包含26个化合物和208个相应靶点,关键靶点涉及前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、二肽激肽酶4(DPP4)、凝血因子Ⅱ(F2)、热休克蛋白HSP90α(HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1)等。荆芥-防风与荨麻疹蛋白质相互作用网络包含18个蛋白,关键蛋白涉及白介素2(IL2)、干扰素γ(IFNG)、白介素4(IL4)等。GO分析得到GO条目16个(靶点基因富集度>55%),其中生物过程(BP)条目13个,细胞组分(CC)条目3个;KEGG分析得到17条信号通路(P<0.05)。结论荆芥-防风药对可能通过RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、IL4、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点调节炎症细胞因子,并调控FCεRI信号通路、T细胞受体信号通路、Jak-STAT信号通路等发挥治疗荨麻疹的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的藏药三味龙胆花片用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制探讨

目的:初步探寻藏药三味龙胆花片治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物及作用机制。方法:通过文献及中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索藏药三味龙胆花片中白花龙胆、甘草、蜂蜜干膏的化学成分。通过Swiss Target Prediction数据库查询化学成分对应靶点,采用Cytoscape3.7.2构建化合物-靶点网络;结合DAVID基因本体GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制;对核心成分与抗COVID-19药物靶点进行分子对接验证。结果:化合物-靶点网络包含101个化合物,共对应168个靶点。GO功能富集分析得到GO条目291个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目186个,细胞组成(CC)条目33个,分子功能(MF)条目72个。KEGG通路富集筛选得到56条信号通路(P<0.05),涉及钙离子信号通路、花生四烯酸代谢通路、MAPK信号通路等相关信号通路。分子对接结果显示,甘草香豆酮、槲皮素、山柰酚等核心成分与抗COVID-19药物潜在作用靶点的亲和力可能较推荐用药更强。结论:藏药三味龙胆花片可通过多成分、多靶点、多通路的协同作用发挥疗效,从而起到抗COVID-19的作用。     

基于网络药理学和分子对接法探寻清宣止咳颗粒治疗儿童新型冠状病毒肺炎活性化合物

目的:探寻清宣止咳颗粒治疗儿童新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物。方法:借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索清宣止咳颗粒中桑叶、薄荷、苦杏仁、桔梗、白芍、枳壳,陈皮、紫菀、甘草的化学成分和作用靶点。通过UniProt、GeneCards等数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape 3.7.2构建化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果:化合物-靶点网络包含141个化合物和相应靶点292个,关键靶点涉及PTGS2、ESR1、HSP90AA1、CALM1、AR等。GO功能富集分析得到GO条目339个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目244个,细胞组成(CC)条目33个,分子功能(MF)条目62个。KEGG通路富集筛选得到96条信号通路(P<0.05),涉及小细胞肺癌、非小细胞肺癌、T细胞受体信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、木犀草素等核心化合物与新冠病毒的亲和力与推荐用药相似。结论:清宣止咳颗粒中的有效活性成分可能通过作用于PTGS2、HSP90AA1、ESR1等靶点调节多条信号通路从而抑制新型冠状病毒肺炎作用。     

基于网络药理学和分子对接法探寻麻杏薏甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物的研究

目的探寻麻杏薏甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索麻杏薏甘汤中麻黄、杏仁、薏苡仁、甘草的化学成分和作用靶点。通过String、UniProt等数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.6.1构建化合物-靶点(基因)网络,通过WebGestalt数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。将主要有效成分和SARS-CoV-2 3CL水解酶、血管紧张素转换酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果化合物-靶点网络主要包含126个化合物和相应靶点266个,关键靶点涉及PTGS2、ESR1、PCP4、PPARG、HSP90AA1、NCOA2等。GO功能富集分析得到GO条目522个(P0.05),其中生物过程(BP)条目12个、细胞组成(CC)条目20个、分子功能(MF)条目17个。KEGG通路富集筛选得到168条信号通路(P0.05),涉及干扰素-γ信号传导途径、MAP激酶级联反应、T细胞活化、趋化因子和细胞因子信号通路介导的炎症通路等。分子对接结果显示木犀草素(luteolin)、槲皮素(quercetin)等核心化合物与COVID-19推荐用药的亲和力相似。结论麻杏薏甘汤中的活性化合物可能是通过与3CL水解酶和ACE2结合作用于PTGS2、ESR1、PCP4、PPARG、HSP90AA1、NCOA2等靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学方法探讨八珍汤治疗ITP的作用机制＊

目的 采用网络药理学方法，探索八珍汤治疗原发免疫性血小板减少症（Primary immune thrombocytopenia， ITP）的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、Drugbank数据库和文献检索方式获得八珍汤8味中药的化学成分和作用靶点，以口服吸收利用度和药物相似性等条件进行筛选。通过OMIM数据库、TTD数据库、GAD数据库和GeneCards数据库查找ITP的相关靶点。进而利用Cytoscape 3.7.1软件构建化学成分-靶点网络、疾病-靶点网络、成分靶点和疾病靶点交集网络，通过Cytoscape软件中ClueGO插件和DAVID在线分析工具对八珍汤治疗ITP的相关靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路分析，探讨八珍汤治疗ITP的作用机制。结果 共筛选得到159个八珍汤化学成分和146个靶点；获得306个ITP相关靶点；得到21个八珍汤治疗ITP的作用靶点；显著富集到114个生物过程条目和34条KEGG生物通路。结论 八珍汤主要通过TNF信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、VEGF信号通路和T细胞受体信号通路等发挥治疗ITP的作用，其中TNF信号通路可能是其关键机制。     

基于网络药理学分析藿朴夏苓汤作用机制以探讨新型冠状病毒肺炎的治疗

目的:通过网络药理学分析藿朴夏苓汤的成分、靶点及其潜在的作用机制,探讨其对新型冠状病毒肺炎的治疗作用。方法:通过TCMSP搜集藿朴夏苓汤组方的活性成分及靶点,运用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,使用Cytoscape 3.6.0软件构建网络,并进行模块化、拓扑学分析筛选关键靶点,将筛选到的关键靶点导入DAVID数据库,进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:藿朴夏苓汤的11味中药含71个活性成分235个靶点,蛋白质-蛋白质相互作用网络具有4个模块,筛选出41个关键靶点,GO功能富集分析涉及72个条目,KEGG通路富集分析涉及73个通路。结论:藿朴夏苓汤的成分具有抗炎、免疫调节、抗肺纤维化的作用,可能通过调控肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、HIF-1信号通路等发挥对新型冠状病毒肺炎的治疗作用。     

基于网络药理学探讨“半枝莲-白花蛇舌草”抗乳腺癌的作用机制

该研究基于网络药理学方法探讨"半枝莲-白花蛇舌草"抗乳腺癌的作用机制。通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选半枝莲、白花蛇舌草的有效成分及相应的靶蛋白,通过Genecards,OMIM数据库筛选出乳腺癌的靶点,利用Venn在线软件获取药物与疾病的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件构建"化合物-靶点-疾病"网络图。使用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用David数据库对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果显示,共筛选出半枝莲化合物29个,白花蛇舌草化合物7个,有效作用靶点109个。通过Venn图获得59个药物疾病共同靶点,PPI网络发现MYC,CCND1,EGFR,ESR1,CASP3,VEGFA等可能是"半枝莲-白花蛇舌草"治疗乳腺癌的关键靶点。GO功能分析发现88个条目,涉及转录因子活性、受体活性、细胞因子活性、酶活性及生物合成过程的调控等方面。KEGG通路分析发现37个条目,涉及到癌症、细胞周期、细胞凋亡、血管生成等通路,其中包括p53信号通路、ErbB信号通路、NOD样受体信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路、Wnt信号通路、mTOR信号通路等。该研究初步揭示了"半枝莲-白花蛇舌草"抗乳腺癌的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,发现其作用是多靶点、多通路的,为今后的分子生物学实验奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接的京制咳嗽痰喘丸治疗新冠肺炎机制研究

目的：基于网络药理学和分子对接探讨京制咳嗽痰喘丸治疗新冠肺炎的潜在分子机制。方法：使用TCMATCOV V1.0数据库,获得京制咳嗽痰喘丸中的活性化合物和潜在治疗靶点;通过R语言软件进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;利用Cytoscape 3.6.1软件构建化合物-靶点网络、重要化合物-靶点-通路网络;使用AutoDock软件进行活性成分和核心靶点的分子对接。结果：京制咳嗽痰喘丸的活性成分主要作用于TNF、IL-10、IL-6、IL-2、CCL2、CCL3、TLR7、LFNG等32个靶点,参与调节细胞因子-细胞因子受体相互作用（Cytokine-cytokine Receptor Interaction）通路、T细胞受体信号通路（T Cell Receptor Signaling Pathway）、IL-17信号通路（IL-17 Signaling Pathway）、C型凝集素受体信号通路（C-type Lectin Receptor Signaling Pathway）、JAK-STAT信号通路（JAK-STAT Signaling Pathway）、Toll样受体信号通路（Toll-like Receptor Signaling Pathway）、Th17细胞分化（Th17 Cell Differentiation）、TNF信号通路（TNF Signaling Pathway）等多条可能与治疗COVID-19有关的信号通路。分子对接结果显示甘草次酸、薄荷烯酮均与关键靶点有较好的自发结合效果。结论：本研究通过网络药理学初步探究了京制咳嗽痰喘丸多成分、多靶点、多通路治疗新冠肺炎的作用机制。     

基于网络药理学的麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)作用机制探讨

目的通过网络药理学探讨麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,阐述其可能的作用机制。方法从TCMSP和TCMID数据库搜索麻杏石甘汤4味中药的活性成分及靶点,使用GeneCards及NCBI数据库获取COVID-19靶点;通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络。利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络,使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果从麻杏石甘汤4味药材中筛选获得127个化合物和相应靶点237个。将麻杏石甘汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到49个关键靶点。GO功能富集分析得到GO条目155个(P<0.01),KEGG通路富集分析筛选得到90条信号通路(P<0.01)。构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络,显示槲皮素、山柰酚、柚皮素、木犀草素等活性化合物在整个网络中发挥着关键作用。结论麻杏石甘汤作用于COVID-19的PPI网络中IL-6、TNF、MAPK8、MAPK3、CASP3、TP53、IL-10、CXCL8、...     

基于网络药理学探讨鸦胆子对肺癌的作用机制

目的：采用网络药理学方法探讨鸦胆子对肺癌的作用机制。方法：通过检索中药系统药理学数据库（TCMSP）提取鸦胆子的有效成分及其相关作用靶点;检索GeneCards和OMIM数据库提取肺癌疾病靶点;采用STRING数据库构建蛋白互作网络,Cytoscape构建化合物-靶点网络以及化合物-靶点-生物过程-通路网络,DAVID数据库对靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果：检索TCMSP得到并通过OB值和DL值筛选得到有效成分15中,有效靶点44个。检索GeneCards数据库和OMIM数据库得到疾病靶点21 729个,将化合物靶点与疾病靶点相映射得到交集靶点39个。将结果导入Cytoscape软件,构建“化合物-靶点”网络;再构建“药物-化合物-靶点-疾病”网络。将关键靶点导入STRING数据库,构建蛋白互作网络,其中度值较高且处于较核心位置的靶点有CASP3、CCND1、EGFR、IL6、AR等。再对39个关键靶点进行富集分析,结果显示鸦胆子治疗肺癌的关键靶点共富集为7个生物过程聚类,涉及58个条目,经过筛选剩余9个生物过程。对鸦胆子治疗肺癌的39个关键靶点进行通路富集,结果显示共有7个富集的通路聚类,涉及62个条目,经过筛选剩余12条通路。结论：鸦胆子治疗肺癌的临床疗效确切,基于数据库的机制分析也证实它不仅可以治疗小细胞肺癌,同时也可以作用于非小细胞肺癌。     

葛根芩连汤改善新型冠状病毒肺炎临床症状的网络药理学研究

目的采用网络药理学方法探索葛根芩连汤改善新型冠状病毒肺炎(COVID-19)临床症状的活性成分、靶标、作用通路。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取葛根芩连汤组方中每味中药的化学成分及作用靶点,结合Drug Bank查询干咳、发热及呼吸困难的作用靶点。运用Cytoscape软件构建化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID将靶标进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果葛根芩连汤治疗干咳的化合物-靶点网络包含17个化合物及76个相应靶点,治疗发热的化合物-靶点网络包含18个化合物及65个相应靶点,改善呼吸困难的化合物-靶点网络包含20个化合物及45个相应靶点,均涉及ADRA1B、ADRB2等关键靶点。以P0.05为筛选条件,GO功能富集分析得到77个涉及干咳的条目,8条KEGG信号通路;93个与发热有关的GO条目,19条KEGG信号通路;18个关于呼吸困难的GO条目,7条KEGG信号通路。ADRB2与各核心化合物进行分子对接,结果显示ADRB2与化合物5,2,6-三羟基-6,7甲氧基黄酮、黄芩黄酮Ⅱ、维斯托尔具有较好的亲合力。结论网络药理学研究表明葛根芩连汤可有效治疗COVID-19引发的干咳、发热及呼吸困难,可为葛根芩连汤临床应用和COVID-19药物的研发提供参考。