差异基因表达谱分析颈动脉不稳定斑块相关基因及可能的信号通路

目的探讨颈动脉不稳定斑块发生的分子机制。方法从ArrayExpress数据库下载基因表达谱数据E-MTAB-2055。该数
据包含24例颈动脉不稳定斑块和24例稳定斑块组织,从中筛选差异基因,并通过富集分析获取与不稳定斑块有关的生物学过
程和通路。同时,通过构建差异表达基因的生物网络来寻找与该疾病高度相关的风险模块,并用荧光定量PCR法检测五对不稳
定斑块和斑块旁标本,验证风险模块中部分基因的差异表达。结果不稳定斑块中发生显著性差异表达变化的基因共有439
个,其中上调基因为232个,下调基因为207个。涉及到的生物学过程和通路大部分与炎症和免疫应答有关。生物网络和模块
分析提示CXCR4、VCL和TYROBP 可能在不稳定斑块发生发展过程中发挥着重要作用。荧光定量PCR结果显示CXCR4和
TYROBP基因表达情况与芯片数据分析结果一致。结论本研究比较完整地揭示了不稳定斑块差异表达谱特征和所涉及的生
物学过程和信号通路,其中TYROBP可能是不稳定斑块发生发展进程中新的致病基因。
     

cDNA微阵列结合信号通路分析喉鳞癌差异表达基因

cDNA微阵列技术（又称基因芯片）具有信息集约化、平行处理、高效、快速、多参量等特点。运用基因芯片从成千上万个人类基因中筛查出特定的肿瘤相关基因,并用分子生物学方法重点研究和验证被筛选出的基因与肿瘤的关系,是目前肿瘤研究中常用的方法之一,但基因芯片筛选出的基因太多,范围太广,若用RT-PCR,     

皮肤鳞状细胞癌相关差异表达基因及信号通路的生物信息学筛选

目的探讨皮肤鳞状细胞癌组织中的差异表达基因。方法从基因表达综合数据库(GEO)在线数据库中下载皮肤鳞状细胞癌(cSCC)组织相关的基因表达谱芯片数据集GSE42677和GSE53462,利用Limma包筛选肿瘤组织和正常皮肤组织之间的差异表达基因;利用DAVID工具对差异表达基因进行基因本体论(GO)和功能富集分析;利用STRING数据库分析差异表达基因之间的相互作用,并利用Cytoscape软件构建蛋白质之间相互作用网络,筛选核心基因和模块。结果两组芯片数据中共同上调表达基因43个,共同下调表达基因65个,这些差异基因主要富集在细胞增殖、皮肤发展、先天免疫反应、Toll样受体、趋化因子、转录调控、氨基酸代谢和p53信号通路;构建了这些基因之间的相互作用网络,获得cSCC相关前20核心基因,分别为CXCL8、 CCND1、 KIT、 PI3、 SPP1、 PLAU、 GATA3、 PLAUR、 CDKN2A、S100A7、KRT16、CXCL1、DEFB4A、ISG15、KRT2、S100A12、KRT6B、ISG20、OASL和IFI6。结论 cSCC组织与正常皮肤组织之间存在大量的差异表达基因,CXCL8、CCND1、KIT、PI3、SPP1、PLAU、GATA3、PLAUR、CDKN2A和S100A7等基因及其介导的信号通路在cSCC的发生过程中可能起着重要作用。     

阴虚火旺型OLP差异表达miRNAs靶基因信号通路调控分析

目的:探索口腔扁平苔藓(Oral Lichen Panus,OLP)的中医证候研究方法,探寻阴虚火旺型OLP的miRNAs表达特征,分析实验获得的阴虚火旺型OLP差异表达miRNAs的靶基因信号通路。方法:选取3例阴虚火旺型口腔扁平苔藓患者及3例正常人血液,分离提取miRNA,荧光标记后与miRNA基因芯片杂交,SAM软件筛选阴虚火旺型OLP患者和正常人有表达差异的miRNA,运用Targetscan软件及Kegg和Biocarta数据库分析阴虚火旺型OLP差异表达miRNAs靶基因信号通路。结果:获得5个口腔扁平苔藓特异表达miRNA,3个下调,2个上调,其中hsa-miR-18a miRNA相关的有统计学意义的信号通路共12条(P<0.01);hsa-miR-99bmiRNA基因相关的有统计学意义的信号通路有2条(P<0.05)。结论:基因芯片技术可用于口腔扁平苔藓中医证候研究,hsa-miR-18a上调和hsa-miR-99b下调可能是阴虚火旺型口腔扁平苔藓的标志性mi RNA,并且hsa-miR-18a可能通过12条信号通路调控OLP的发生发展,以及hsa-miR-99b可能通过2条信号通路调控OLP...     

乳腺癌相关差异表达基因的筛选及分析

目的构建乳腺癌组织与癌旁正常乳腺组织差异表达的cDNA消减文库,筛选乳腺癌相关基因并进行分析。方法应用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术对15对乳腺癌组织及正常癌旁乳腺组织进行差异基因的消减,构建cDNA消减文库,并转化大肠杆菌进行文库扩增,采用数字表法随机挑选克隆经PCR鉴定后,对200个阳性克隆插入片段的序列进行测定及同源性分析。结果建立了乳腺癌差异表达片段cDNA消减文库;通过测序和同源性分析,得到173个差异表达基因,其中26个与肿瘤发生发展相关;26个基因中有15个已被文献明确报道在乳腺癌组织或细胞中有差异表达。结论应用SSH技术成功建立了乳腺癌差异表达基因cDNA消减文库,为乳腺癌的发病机制研究及寻找潜在的治疗靶点提供了有力的支持。     

顺铂耐药卵巢癌的差异表达基因和信号通路富集分析

目的 分析顺铂耐药卵巢癌的差异表达基因和信号通路.方法 用美国国立信息中心NCBI的GEO数据库获得顺铂耐药卵巢癌基因集GSE15372, 通过R与Bioconductor软件进行差异表达基因分析;再利用DAVID在线工具对顺铂耐药卵巢癌差异表达基因进行GO本体分析、KEGG通路分析.结果 差异倍数在2倍以上、FDR值小于0.05为标准, 筛选出上调差异表达基因和下调差异表达基因获得差异表达基因211个, 其中上调基因120个, 下调基因91个;基因富集分析发现差异表达基因集中在黏着斑、TGF-β信号通路等生物过程 (P<0.05) .结论 顺铂耐药卵巢癌存在一些特异的差异表达基因, 有部分信号通路在顺铂耐药卵巢癌中明显富集.     

人肺腺癌与癌旁组织mRNA差异表达及信号通路的变化

目的:利用全基因组表达谱芯片对人肺腺癌和癌旁组织中差异表达的mRNA进行检测,对mRNA在肺腺癌发生过程中可能涉及到的信号通路变化进行分析。方法:提取6例人肺腺癌与癌旁组织标本中的总RNA,体外逆转录制备ds-cDNA并用Cy3荧光标记,与含有19 000条mRNA的芯片进行杂交,扫描软件扫描芯片荧光信号图像,筛选差异表达的mRNA并进行信号通路分析。结果:1差异表达的mRNA总共有832条,其中在肿瘤组织中相对高表达的mRNA有407条,相对低表达的mRNA有425条(大于2倍变化且P<0.05)。2信号通路分析发现差异表达的mRNA参与了9个信号通路的调控,其中同源重组信号通路、人转化生长因子-β通路、丝裂原激活蛋白激酶信号通路、细胞周期信号通路、p53信号通路等5条信号通路与肿瘤的发生有关。结论:人肺腺癌组织中有大量mRNA发生差异表达,差异表达的mRNA在多个与肺腺癌发生密切相关的信号通路中发挥重要的调控作用。     

应用表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因

目的：采用表达谱芯片对病理性瘢痕组织和正常人皮肤组织进行检测,筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因。方法：应用基因表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织的差异表达基因,对差异表达基因数据进行Go和Pathway分析。结果：病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织相比,差异表达2倍以上基因5 001个,差异表达5倍以上基因956个,差异表达20倍以上基因144个。结论：病理性瘢痕组织与正常皮肤组织在基因表达上,存在显著差异。病理性瘢痕的发生是由多种基因、多条通路共同参与作用的,基因通路间呈网络样动态连接。     

基因芯片技术筛选乳腺癌相关差异表达基因

目的 分析并探讨乳腺癌与自身正常乳腺组织的差异表达基因。方法 采用全人类基因组芯片检测技术,筛查3对乳腺癌及其自身正常乳腺组织的差异表达基因,并通过real time PCR对部分差异表达基因进行验证。结果 全基因组差异分析结果显示,乳腺癌及其自身正常乳腺组织间有427个差异表达基因,其中上调基因231个,下调基因196个。在这一组基因中,与细胞增殖有关的基因有27个（12个表达上调,15个表达下调）,与细胞黏附有关的基因有15个（4个表达上调,11个表达下调）,与细胞凋亡有关的基因有13个（6个表达上调,7个表达下调）。结论 乳腺癌组织与自身正常乳腺组织在基因表达水平上存在较大差异,这些差异存在于不同生物学过程（如细胞增殖、细胞黏附、细胞凋亡等）中。     

乳腺癌干细胞的检测及Hedgehog信号通路关键分子的表达

目的:探讨乳腺癌细胞系MCF-7和MDA-MB-231中是否存在乳腺癌起始细胞(CD44+/CD24-/low)亚群;并分析Hedgehog信号通路在CD44+/CD24-/low乳腺癌起始细胞亚群中的表达.方法:应用荧光激活细胞分选方法检测与分选MCF-7和MDA-MB-231中的CD44+/CD24-/low细胞亚群和非CD44+/CD24-/low细胞亚群,并在激光共聚焦显微镜下进行观察确认.应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测CD44+/CD24-/low细胞亚群和非CD44+/CD24-/low细胞亚群中Hedgehog信号通路重要基因PTCH(human patched gene)、SHH(sonic Hedgehog)、Gii-1(glioma-associated oncogene homoglog-1)和SMOH(smoothened homolog)的表达情况.结果:乳腺癌细胞系MCF-7和MDA-MB-231中CD44+/CD24-/low亚群,比例分别为(1.70±1.43)%和(94.2±1.2)%.乳腺癌细胞系MCF-7和MDA-MB-231的CD44+/CD24-/low亚群中Hedgehog信号通路处于明显活化状态,其中Hedgehog信号通路中重要下游信号分子Gii-1在MCF-7和MDA-MB-231细胞系CD44+/CD24-/low细胞亚群中的表达要明显高于非CD44+/CD24-/low细胞亚群(P分别为0.007和0.005).结论:乳腺癌细胞系MCF-7和MDA-MB-231中存在CD44+/CD24-/low干细胞标志细胞亚群,其中Hedgehog信号通路处于明显活化状态.     

用原代细胞培养和人全基因表达谱芯片筛选鼻咽癌差异表达基因

目的 利用细胞的原代培养技术及人全基因表达谱芯片技术初步筛选出鼻咽癌差异表达基因,以发现与鼻咽癌发生、发展相关的新的候选基因.方法 分别用1例鼻咽癌细胞株C666及5例鼻咽癌培养出的原代细胞和3例鼻咽正常上皮的原代细胞,进行基因表达谱分析,并以荧光定量PCR及免疫组织化学验证芯片结果.结果 原代培养的鼻咽癌细胞和鼻咽正常上皮细胞通过细胞角蛋白的免疫细胞化学染色、EBER1原位杂交和EBV-DNA荧光定量PCR证实;鼻咽癌原代细胞和鼻咽正常上皮原代细胞的基因表达谱有显著差异;4例以上共同表达的差异基因有493个,包括上调基因264个,下调基因229个.荧光定量PCR及免疫组织化学结果和芯片结果一致.结论 用原代培养细胞及人类全基因组基因芯片构建基因表达谱能够准确、高效地筛选出鼻咽癌相关的差异表达基因,该基因表达谱的建立为研究鼻咽癌分子生物学机制、鼻咽癌的分子分型和分子诊断提供了重要的分子依据.     

人骨肉瘤差异表达基因的筛选

目的 研究人骨肉瘤组织与正常骨组织之间的差异表达基因，探讨骨肉瘤的基因改变，为建立骨肉瘤的基因诊断方法打下基础。方法 采用mRNA差异展示技术，应用3条锚定引物和8条随机引物从人骨肉瘤组织与正常骨组织中分离出差异表达基因，对其进行,是序，用打点杂交技术证实其是否为差异表达基因，将筛选出差异表达基因在GenBank检索进行序列同源性分析。结果 筛选及克隆出6条差异条带，为ZOL03，ZOL51，1C82，1C74，2A21及2G12，RNA打点杂交证实它们在骨肉瘤中表达，在正常骨组织中不表达。6条差异片段经序列测定，在GenBank数据库中进行序列相似性分析，证实ZOL03，ZOL51同源性极低，1C82，1C74，2A21，2G12同源性较低，此6条片段为新基因序列ORF finder分析未发现具有开放读框，均属于非编码区序列，其中ZOL03和ZOL51两个序列在GenBank数据库中登录，接受号为BI894276和BI936370。结论 分离并克隆了人骨肉瘤组织与正常骨组织之间的6条差异表达基因，同源性差，均确认为新基因，可能是骨肉瘤差异表达相关基因。     

乳腺癌人表皮生长因子受体－2基因扩增和蛋白表达差异及其临床意义

目的：研究乳腺癌人表皮生长因子受体－2（ Her－2）基因扩增和蛋白表达的差异及其临床意义。方法乳腺癌手术患者87例分别采用荧光原位杂交（ FISH）技术和免疫组化（ IHC）法检测乳腺癌组织中Her－2基因及其蛋白表达,比较两者差异,分析其临床意义。结果87例乳腺癌组织中,IHC法检测Her－2蛋白阳性（＋＋＋）表达33例（37．9％）。FISH法检测基因扩增36例（41．38％）,无扩增51例（58．62％）。免疫组化法Her－2蛋白评分（0～＋）25例中基因扩增2例（20％）,（＋＋）30例中基因扩增8例（26．67％）,（＋＋＋）32例中26例基因扩增（81．25％）。结论 IHC法检测可作为Her－2表达状态的初筛,其检测Her－2蛋白评分（0～＋）、（＋＋＋）与Her－2基因扩增具有较高的一致性,可直接指导临床用药,而Her－2蛋白评分（＋＋）的病例则需行FISH检测确定有无基因扩增。     

高密度cDNA微阵列技术检测乳腺癌差异表达基因

目的 描绘乳腺癌的基因差异表达谱，以寻找乳腺癌新的肿瘤相关候选基因和分子标志。方法 用含14000个cDNA克隆的表达微阵列检测乳腺癌组织、乳腺癌旁组织及乳腺非癌组织的mRNA表达，并分析其表达的差异。结果 乳腺癌组织与乳腺非癌组织比较有80个差异表达基因，乳腺癌组织与乳腺癌旁组织比较有57个差异表达基因，乳腺癌旁组织与乳腺非癌组织比较有29个差异表达基因，在乳腺癌组织与乳腺非癌组织和乳腺癌旁组织比较中有14个差异表达基因是一致的。结论 用微阵列技术对乳腺癌的肿瘤相关基因和分子标志作初步探索，为了解中国女性乳腺癌发生发展的分子机制、发展新的诊断和治疗手段提供了信息。     

转染LKB1基因乳腺癌细胞与胚胎发育信号通路及cAMP/PKA通路的关系

 目的 探讨抑癌基因LKB1与胚胎发育(Sonic Hedgehog,SHH)信号通路、cAMP/PKA信号通路之间的相互关系。方法 抑癌基因LKB1转染人乳腺癌细胞MDA MB 231,分MDA MB 231组(231组)和转染LKB1基因的MDA MB 231(LKB1组)两组,每组分别采用0、 5×10-6、1×10-5、2×10-5mol/L等4种浓度的SHH信号通路抑制剂环靶明(cyclopamine)作用于细胞,各小组细胞分别用RT PCR法和Western blot法检测SHH信号通路相关基因SHH、Smo的mRNA表达水平和蛋白表达水平,用cAMP、PKA试剂盒检测cAMP、PKA数值水平。 结果 LKB1组的细胞通过不同剂量环靶明抑制后,SHH信号通路相关基因SHH、Smo的mRNA和蛋白表达水平相应较231组明显抑制,且与环靶明剂量呈正相关,抑制效果在环靶明浓度为10×10-6mol/L时最明显,继续增加环靶明浓度到20×10-6mol/L,抑制效果保持不变。231组和LKB1组中细胞的PKA和cAMP数值均随环靶明浓度增加而增高,至10×10-6mol/L时达到最高,继续增加环靶明浓度到20×10-6mol/L,两组中的PKA和cAMP数值保持不变。在相同环靶明浓度下,LKB1组中PKA和cAMP数值高于231组中相应数值。结论 抑癌基因LKB1协同环靶明抑制乳腺癌MDA MB 231细胞的SHH信号通路的同时亦协同增加cAMP/PKA信号通路的表达,且在环靶明浓度为10×10-6mol/L时效果最明显;推测存在LKB1 SHH cAMP/PKA通路。     

信号通路在乳腺癌中的研究进展

乳腺癌是全球范围内的公共卫生问题之一,现有治疗方案仍无法解决乳腺癌患者的生存和预后等问题。研究发现核因子κB等信号通路在乳腺癌的发生发展过程中发挥重要作用。本文对多条信号通路在乳腺癌中作用机制的研究进展进行综述。     

Kiss-1基因在人乳腺癌组织中的表达及意义

目的: 通过检测Kiss-1基因在人乳腺癌组织中的表达情况,探索该基因在各类组织中的变化及其与临床病理参数之间的关系。方法： 选取45例临床确诊的乳腺癌患者癌组织及相应癌旁组织蜡块标本,应用免疫组织化学法检测Kiss-1的表达,比较其与临床病理参数之间的关系。结果： Kiss-1蛋白在乳腺癌原发灶组织中表达减少或缺失,阳性率为24.4%(11/45),在相应癌旁正常组织中阳性表达率为100%(45/45),两类组织中的阳性率的差异有统计学意义（P <0.05）。癌组织中Kiss-1的表达与淋巴结转移及组织学分级相关（P＜0.05）。结论： Kiss 1表达水平的下调可能在乳腺癌的发生发展中起着重要作用。