UHPLC-TOF-MS结合网络药理学及实验验证研究交泰丸治疗抑郁症的作用机制

利用UHPLC-TOF-MS技术分析交泰丸在正常大鼠体内入血成分,通过网络药理学和动物实验研究交泰丸治疗抑郁症的作用机制。利用UHPLC-TOF-MS技术检测大鼠灌胃交泰丸后的入血成分,结合DisGeNET、SwissTargetPrediction等数据库筛选抑郁症与交泰丸入血成分的交集靶点,构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络。将关键靶点导入DAVID平台进行基因本体论(Gene Ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路注释,结合成分、靶点和通路,利用Cytoscape 3.9.1软件构建“成分-靶点-通路”网络,预测交泰丸治疗抑郁症的关键靶点及通路。建立大鼠慢性不可预知性温和应激(chronic unpredictable mild stress, CUMS)抑郁模型,进行行为学实验,ELISA法检测大鼠血清炎症因子和脑内神经递质水平,蛋白免疫印迹(Western blot)法检测大鼠海马组织中关键靶点表达。结...     

基于网络药理学及分子对接探讨交泰丸治疗心 律失常的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接分析交泰丸治疗心律失常的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)与BATMAN数据库检索黄连、肉桂的活性成分和靶基因,利用GeneCards数据库检索得到与心律失常相关的靶基因,采用Cytoscape软件绘制交泰丸的"活性成分-作用靶点"网络图,采用STRING数据...     

基于网络药理学探讨交泰丸治疗阿尔茨海默病的物质基础及作用机制

目的:通过网络药理学方法筛选交泰丸的有效化学成分和作用靶点,结合动物实验验证,探讨其治疗阿尔茨海默病(Alzheimer's disease, AD)的作用机制。方法:本研究利用中药系统药理数据(TCMSP)检索交泰丸中黄连和肉桂2味中药的有效化学成分,经过口服生物利用度(OB)和类药性(DL)的筛选和相关文献的检索,得到药物的有效化学成分,并进行靶点的预测。通过GeneCards和OMIM两个数据库检索与AD相关的靶点。对交泰丸和AD的共同靶点进行基因本体(Gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.2.0软件构建交泰丸-成分-靶点网络,PPI网络和靶点-功能网络,并对这些网络进行拓扑学分析。同时采用APP_(swe)/PS1 _(dE9)双转基因小鼠构建AD动物模型,以中药复方交泰丸灌胃处理后,采用Morris水迷宫测试小鼠的空间记忆能力,用检测试剂盒检测小鼠脑组织内氧化应激水平,并通过Western Blot法检测相关蛋白,以初步验证网络药理学预测结果。结果:检索黄连和肉桂2味中药,筛选得到黄连有效化学成分14个,肉桂有效化学成分7个,共得到21个有效化学成分。对这些化学成分进行靶点预测,共得到295个交泰丸靶点。对AD相关靶点进行检索,共得到912个与AD相关的靶点。GO功能富集分析表明交泰丸可能对学习记忆、神经功能、细胞死亡、酶活性、炎症、免疫功能、氧化应激、线粒体功能、细胞生长和代谢有影响。KEGG通路富集分析表明交泰丸治疗AD涉及HIF-1信号通路、TNF信号通路、FoxO信号通路、PI3K-AKT信号通路、凋亡信号通路、NF-κB信号通路和MAPK信号通路,等。动物实验验证结果表明,交泰丸4.2 g/kg组的小鼠的空间记忆障碍能力得到改善,可降低APP_(swe)/PS1_(dE9)双转基因小鼠脑组织内氧化应激水平,可激活PI3K/AKT信号通路(P<0.05或P<0.01)。结论:本研究揭示了交泰丸可以通过多成分,多靶点和多途径发挥神经保护作用以治疗阿尔茨海默病,为今后交泰丸的深入研究提供了良好的科学依据。     

基于网络药理学的栀子豉汤抗抑郁作用机制研究

目的建立活性成分-作用靶点、蛋白相互作用、靶点相应的生物功能和通路网络,探讨栀子豉汤的抗抑郁作用机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库并结合文献挖掘和整理获取栀子豉汤的主要活性成分。依据反向药效团匹配(Pharm Mapper)方法预测栀子豉汤活性成分的作用靶点。采用Cytoscape软件构建栀子豉汤活性成分-作用靶点网络。通过String数据库结合Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,并用Systems dock Web Site对其进行验证。通过ClueGO结合Clue Pedia插件对其靶点生物功能及涉及的通路进行分析。结果栀子豉汤中筛选得到16个活性成分,涉及43个靶点,网络分析结果表明靶点主要参与细胞、组织、器官、代谢、免疫和对应激的应答等过程,通过调节瘦素、雌激素、丝裂原活化蛋白激酶级联(MAPK cascade)、脑源性神经营养因子-酪氨酸激酶受体(BDNF-Trk B)、5-羟色胺受体(5-HT receptor)、白细胞介素(IL)等信号通路来发挥抗抑郁作用。结论体现了中药多成分-多靶点-多通路的特点,为进一步开展栀子豉汤的抗抑郁作用机制研究提供了新思路和新方法。     

基于整合药理学策略的交泰丸治疗糖尿病的潜在机制分析

目的:交泰丸为中医治疗失眠的经典方剂,目前临床采用异病同治理念治疗糖尿病,且有较好的疗效,明确其潜在作用机制具有重要意义。方法:该研究基于整合药理学策略及平台(integrative pharmacology platform of traditional Chinese medicine TCMIP)研究交泰丸的作用靶点及机制等,构建其治疗糖尿病的核心靶点网络,进一步对获取靶点进行基因功能及通路富集分析,构建可视化的"交泰丸-活性成分-核心靶点-关键通路"的多层次关联网络。结果:共得到交泰丸中活性成分28个。这些成分治疗糖尿病涉及核心靶点187个,包括疾病靶点15个,如精氨酸加压素受体2(vasopressin V2 receptor,AVPR2),受体活性修饰蛋白1(receptor activity-modifying protein 1,RAMP1),受体活性修饰蛋白1(receptor activity-modifying protein 3,RAMP3),胰岛素受体(insulin receptor,INSR)及胰岛素样生长因子受体1(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R)等;潜在药物靶点71个,如细胞周期蛋白依赖性激酶9 (cyclin-dependent kinase 9,CDK9),葡萄糖激酶(glucokinase,GCK),核转录因子-κB抑制剂α(NF-kappa-B inhibitor alpha,NF-κB1α),核转录因子-κB p100亚型(NF-kappa-B p100 subunit,NFKB2)及缺氧诱导因子1α(hypoxia inducible factor-1 alpha,HIF1α)等。结论:交泰丸治疗糖尿病的机制涉及活化腺苷酸环化酶活性、细胞胰高血糖素反应、激活丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)活性、内分泌系统、促性腺激素释放激素(gonadotropin-releasing hormone,GnRH)信号通路、趋化因子及磷脂酰肌醇三激酶-丝氨酸/苏氨酸激酶(phosphatidylinositol 3-kinase-serine/threonine kinases,PI3K-Akt)等生物过程和信号通路等。该研究为深入探讨交泰丸治疗糖尿病的潜在机制提供了科学依据。     

基于网络药理学的砂仁镇痛作用机制研究

目的 运用网络药理学的方法研究中药砂仁的药理作用机制.方法 通过体外实验验证中药砂仁的镇痛药效.进一步通过系统药理学平台及大量文献检索,建立中药砂仁的潜在活性成分、作用靶点及分子通路.最后通过分子操作环境(molecular operating environment)软件进行分子对接验证.结果 体外实验发现,砂仁水提...     

交泰丸对糖尿病、抑郁和失眠症“异病同治”的网络药理学机制分析

目的：从分子水平探讨交泰丸对糖尿病、抑郁和失眠症“异病同治”的作用机制。方法：运用网络药理学技术,通过数据库检索,以交泰丸的有效成分、作用靶点、治疗疾病种类为网络节点,使用Cytoscape构建相互作用网络,MAS进行生物信息学分析。结果：交泰丸中的20个化合物可作用于92个靶点发挥对3种疾病的治疗作用,HTR2A和HTR2C为交泰丸治疗糖尿病、抑郁和失眠的共同靶点。交泰丸治疗糖尿病的靶点主要富集在抗细胞凋亡生物过程和Toll样受体信号通路,治疗抑郁的靶点主要富集在信号转导生物过程和神经活性配体-受体相互作用通路,治疗失眠的靶点主要富集在5-羟色胺受体,磷脂酶C激活途径生物过程和神经活性配体-受体相互作用通路。结论：交泰丸具有多成分、多靶点、多途径的特点,该研究为交泰丸“异病同治”的作用机制提供参考。     

基于定量蛋白质组学技术探讨交泰丸抗抑郁的作用机制

该研究旨在应用定量蛋白质组学技术探讨交泰丸对慢性不可预知温和刺激(chronic unpredictable mild stress, CUMS)抑郁模型大鼠海马区蛋白表达的影响,进而研究其抗抑郁机制。将SD大鼠随机分为对照组、模型组、交泰丸组及氟西汀组,每组8只。除对照组外,其余3组大鼠进行4周CUMS造模,以建立抑郁模型。连续给药4周后,分析各组大鼠行为学及海马组织病理形态变化。提取海马组织蛋白,运用定量蛋白质组学技术比较各组间差异表达蛋白(differentially expressed proteins, DEPs),并进行生物信息学分析。采用蛋白免疫印迹(Western blot)法验证关键DEPs。结果显示,交泰丸可显著改善CUMS抑郁模型大鼠的抑郁样行为及海马组织病理形态。从大鼠海马组织中共鉴定出5 412个蛋白,其中对照组与模型组间有65个DEPs,交泰丸组与模型组间有35个DEPs。交泰丸组与对照组变化趋势相一致的DEPs共有16个,上述DEPs主要涉及鞘脂信号通路、AMPK信号通路及多巴胺能突触等信号通路。此外,Western blot检测各组大鼠海马区Ppp2r2...     

基于网络药理学研究八味獐牙菜丸治疗胆囊炎的作用机制

[目的]运用网络药理学预测藏药复方八味獐牙菜丸主要活性成分及作用靶点,分析探讨八味獐牙菜丸治疗胆囊炎的多成分-多靶点-多通路的可能作用机制.[方法]从CNKI、万方、维普等文献数据库中查询相关文献,联合TCMSP、BATMAN-TCM等多个数据库获得八味獐牙菜丸各药味活性成分,经Swis-sADME筛选出分子结构满足L...     

基于网络药理学的四妙勇安汤在血管新生中的作用机制研究

目的采用网络药理学方法探讨四妙勇安汤的功效物质基础和在"异病同治"模式下对血管新生方面的作用机制。方法依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四妙勇安汤全方4味中药相关的所有化学成分、作用靶点,进而构建化合物-靶点网络图;通过OMIM数据库、TTD数据库以及PharmGkb数据库筛选血管新生相关的靶点,进而构建疾病靶点相互作用网络图;筛选药物靶点和疾病靶点相互作用图的核心靶点,利用ClueGO对核心靶点进行GO分析,利用DAVID和KEGG数据库对核心靶点进行相关通路富集。结果选择口服利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18作为化合物分子的筛选条件,筛选出四妙勇安汤中的120个活性成分和155个相应蛋白靶点;通过度、介度中心度、接近中心度等网络拓扑特征评价筛选出与四妙勇安汤在血管新生方面作用的核心靶点197个,GO分析共包含942条富集结果,其中生物过程685条,分子功能164条,细胞组成93条。利用KEGG数据库对相关通路富集,筛选出20条通路在血管新生方面具有作用。结论通过网络药理学验证了四妙勇安汤多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了四妙勇安汤在血管新生中的主要作用机制,为其活性成分研究和实验研究提供理论依据。     

基于网络药理学探讨失笑散治疗子宫内膜异位症痛经的作用机制研究＊

目的 采用网络药理学方法探讨失笑散的功效物质基础对子宫内膜异位症痛经方面的作用机制。方法 依托TCMSP数据库检索失笑散中五灵脂,BATMAN-TCM数据库检索失笑散中蒲黄相关的所有化学成分,整合作用靶点预测（STPD）,进而构建化合物-靶点网络图;通过Gene Cards、DisGeNET数据库筛选子宫内膜异位症痛经相关的靶点,进而构建疾病靶点相互作用网络图;筛选药物靶点和疾病靶点相互作用图的核心靶点。采用DAVID数据库对失笑散作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。结果 选择筛选出失笑散中的15个活性成分,共涉及225个作用靶点;通过网络拓扑特征评价筛选出与失笑散在子宫内膜异位症痛经方面作用的核心靶点41个,主要通过癌症通路、粘着斑、丝裂原活化蛋白激酶、细胞凋亡、NOD样受体、T细胞受体信号通路发挥对子宫内膜异位症痛经的治疗作用。结论 通过网络药理学验证了失笑散多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了失笑散在子宫内膜异位症痛经中的主要作用机制,为其活性成分研究和实验研究提供理论依据。     

基于网络药理学的肾气丸治疗糖尿病作用机制研究

目的运用网络药理学方法筛选肾气丸的活性成分及核心靶标,探讨肾气丸治疗糖尿病的作用机制。方法经中药系统药理学分析平台(TCMSP)并结合文献查询,筛选肾气丸的活性成分;通过TTD数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选肾气丸活性化合物的作用靶点,建立靶点数据集;通过OMIM数据库和DrugBank数据库筛选糖尿病相关的靶标;PPI数据库构建肾气丸和糖尿病的交互靶标;用Cytoscape软件构建成分-靶点-疾病交互网络图,并通过ClueGO富集分析涉及的靶点基因功能及信号通路;应用Autodock软件进行核心靶标分子对接。结果筛选得到肾气丸100个活性成分,网络分析表明肾气丸活性成分涉及低密度脂蛋白受体相关蛋白6、胰岛素受体底物1、SHC转化蛋白1等靶点58个,靶点与调控基因的转录、细胞凋亡、细胞增殖、胰岛素受体等生物过程相关,通过调节胰岛素抵抗、TNF信号通路、2型糖尿病信号通路、胰岛素信号通路等通路来发挥其抗糖尿病作用。结论肾气丸治疗糖尿病具有多成分-多靶点-多途径的特点,为进一步研究肾气丸治疗糖尿病的作用及分子机制提供了新思路和新方向。     

基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...     

基于GEO芯片及网络药理学探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的机制研究

[目的] 基于基因表达汇编（GEO）芯片、网络药理学及分子对接技术探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的作用机制。[方法] 利用TCMSP数据库获取和筛选夏桑菊颗粒的活性成分及成分靶点构建“中药-化合物-靶点”网络；利用GEO芯片技术、GeneCards、OMIM、TTD数据库获取并筛选高血压病的疾病靶点；将成分靶点与疾病靶点取交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，两次处理筛选关键靶点；对交集靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析；将关键靶点前4位与其对应活性成分进行分子对接分析。[结果] 获得成分靶点194个、疾病靶点2 168个、交集靶点126个、关键靶点6个；GO和KEGG富集分析显示夏桑菊颗粒主要与对激素、无机物、氮化合物、脂多糖、细胞外刺激等的反应等生物过程有关，主要富集通路涉及脂质与动脉粥样硬化、晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、磷酸酰肌醇3-激酶-丝苏氨酸蛋白激酶（PI3K-AKT）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）等信号通路；分子对接结果显示关键靶点与活性成分结合良好。[结论] 夏桑菊颗粒可通过多成分-多靶点-多途径发挥作用，为其防治高血压病临床使用提供了一定的参考依据。     

基于网络药理学及实验验证探讨灵芝抗胃癌的分子机制

基于网络药理学、分子对接技术及细胞实验预测灵芝抗胃癌的分子机制.利用中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集灵芝的活性成分和作用靶点.通过GeneCards和...     

基于网络药理学的龟鹿二仙胶治疗创伤后应激障碍的作用机制研究

该文通过网络药理学的方法预测龟鹿二仙胶治疗创伤后应激障碍(PTSD)的多成分、多靶点、多途径的作用机制。基于TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库、化学专业数据库、DrugBank数据库获取龟鹿二仙胶的活性成分及对应靶点,从OMIM,TTD,DisGeNET数据库获取PTSD的已知治疗靶点,结合STRING数据库构建活性成分-疾病靶点蛋白互作网络,利用Cytoscape 3.6.0软件对该网络进行拓扑参数分析得到关键活性成分及其靶点。对关键靶点进行GO生物学过程分析和KEGG通路分析,通过Cytoscape 3.6.0软件构建龟鹿二仙胶"活性成分-靶点-通路"网络,采用SystemsDock在线分子对接工具进行对接验证。预测结果表明,龟鹿二仙胶共有67个活性成分和420个靶点,PTSD共有206个已知治疗靶点,Cytoscape 3.6.0拓扑参数分析后共有66个靶点,GO生物学过程分析得出58个条目,KEGG通路分析得出22条通路,分子对接结果显示,degree最大的靶点与其对应的活性成分、通路中疾病和药物的共同靶点与其对应的活性成分能有效结合。结果提示,龟鹿二仙胶可能通过调节突触可塑性、抗细胞凋亡、抗炎及促进恐惧记忆消退起到抗PTSD的作用,涉及的通路包括LTP信号通路、PI3K/Akt/mTOR信号通路、TNF信号通路、含血清素的神经突触通路以及多巴胺能神经突触通路等。该研究为进一步阐释龟鹿二仙胶治疗PTSD的药理机制提供了理论依据。     

基于网络药理学方法探讨通塞脉片治疗动脉粥样硬化的作用机制

该研究利用网络药理学方法探索通塞脉片治疗动脉粥样硬化的药效物质和分子作用机制。经分子对接、分子-靶蛋白网络分析发现,通塞脉片中有97个分子可与动脉粥样硬化相关靶蛋白产生较好的相互作用(对接得分大于等于7),其中37个分子可作用于2个以上靶点,且具有较高的介数,推测这37个分子可能是通塞脉片治疗动脉粥样硬化的主要活性成分群。同时,所预测活性成分中含有较多的黄酮类和皂苷类化合物,提示该2类成分应在药效物质基础和质量标准研究中重点关注。靶点网络特征分析显示,通塞脉片主要活性成分可通过与Toll样受体(TLR1,TLR2)、基质金属蛋白酶(MMP1,MMP2,MMP3,MMP9)、血管紧张素转化酶(ACE)、白三烯A4水解酶(LTA4-H)、5-脂氧酶(5-LOX)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARα,PPARγ)等22个主要靶蛋白作用,起到调节炎症、增加斑块稳定性、保护内皮细胞、参与血脂调节及抗凝等作用,从而参与对动脉粥样硬化病理过程不同环节的调控,最终实现对动脉粥样硬化的治疗。该研究揭示了通塞脉片治疗动脉粥样硬化的主要药效物质及其可能的分子作用机制,印证了通塞脉片多成分、多靶点、整体调节的作用特点,为后续系统进行通塞脉片药效物质基础和作用机制实验研究提供了理论依据。