细粒棘球蚴中国大陆株铁蛋白生物信息学的初步分析及其结构和功能预测

目的 应用生物信息学分析软件预测细粒棘球蚴中国大陆株铁蛋白(Eg.ferritin)氨基酸序列的结构与功能.方法 利用DNAman、NCBI/BLAST公共数据库对目的基因的同源性进行比较分析.应用DNAstar、Biosun等生物分析软件对铁蛋白的二级结构、抗原表位进行预测分析,应用SWISSMODEL对蛋白的三维结构进行模拟.结果 检索Eg.ferritin氨基酸序列在其功能区的130AA内同源性为97.7%.不同生物间的同源性平均达40.79%.生物软件预测:Eg.ferritin的分子量约16.7 kD,含非极性氨基酸68个,预测其抗原表位肽段为7N-12E,36H-43V,55S-62H,69Q-76R,82A-89E,102I-107E,117A-124S,129L-136T.结论 Eg.ferritin的结构和功能及其抗原表位的预测对选取有价值的抗原肽段提供了依据.     

细粒棘球绦虫(中国大陆株)特异性抗原P-29重组蛋白的生物信息学分析

目的应用生物信息学分析软件预测细粒棘球蚴中国大陆株诊断抗原P-29氨基酸序列,了解该蛋白的特性,预测其抗原表位,为P-29进一步应用研究提供理论依据。方法应用DNAStar、BIOSUN、EXPASY/SignalP、protparam、psite/softberry生物分析软件对P-29的二级结构、抗原表位、信号肽、极性进行预测分析,用EXPASY/SWISSMODEL对蛋白的三维结构进行模拟。结果 P-29基因开放阅读框编码一个由238个氨基酸残基组成的多肽,分子式为C1180H1906N324O386S9,其蛋白分子量为27095.58 Da,等电点为5.649,有37个碱性氨基酸,41个酸性氨基酸,68个极性氨基酸和76个疏水性氨基酸,半衰期是30 h,结构稳定,呈亲水性且为带负电荷的酸性蛋白,α-螺旋水平较高,有15个抗原决定簇,无信号肽,有2个N-糖基化位点,6个蛋白激酶C磷酸化位点,11个酪蛋白激酶II磷酸化位点及7个微体羧基端目标信号位点。结论根据生物信息学预测的结果表明,P-29可能是免疫诊断、药物作用及疫苗潜在的靶分子。     

细粒棘球蚴中国大陆株zw-5基因的克隆和生物信息学分析

目的获得细粒棘球蚴zw-5基因序列,进行序列分析,为研究包虫病疫苗候选基因作好前期工作。方法从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴提取总RNA,根据国外细粒棘球蚴Eg-CWGRS-12D11基因的已知序列设计一对引物,采用RT—PCR技术扩增,将PCR产物纯化后,将其克隆到pGEM—T载体后进行序列测定以及生物信息学分析。结果用RT—PCR成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆株zw-5基因,测序表明该基因开放阅读框为624bp,与已发表基因核苷酸序列相比,同源性为99％。结论在国内首次获得细粒棘球蚴zw-5基因序列,对进一步研究其结构和功能以及包虫病的防治具有重要意义。     

细粒棘球蚴中国大陆株谷胱苷肽S-转移酶基因的克隆和序列分析

目的 对细粒棘球蚴谷胱苷肽S-转移酶基因进行克隆和序列分析。方法 从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴提取总RNA，根据国外细粒棘球蚴谷胱苷肽S-转移酶基因的已知序列设计一对引物，采用RT-PCR技术扩增，将PCR产物纯化后，将其克隆到pGEM-T载体后进行序列测定以及生物信息学分析。结果 用RT-PCR成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆株谷胱苷肽S-转移酶基因，测序表明该基因开放阅读框为660bp，与已发表基因核苷酸序列相比，同源性为99％。结论 成功克隆了细粒棘球蚴中国大陆株谷胱苷肽S-转移酶基因序列，为其进一步的研究奠定基础。     

生物信息学技术在细粒棘球蚴热休克蛋白70重组疫苗研究中的应用

目的 通过基因序列分析,寻找细粒棘球蚴(Echinococcus granulosus,Eg)热休克蛋白基因(Heat shock pm-tein7,HSP70),为包虫病防治筛选新的候选疫苗抗原.方法 ①登录 GenBank 公共数据库,检索 EgHSP70目的基因序列.②对克隆基因进行测序,结果输入DNAStax、BioSun分析软件和互联网 SWISS-MODEI 数据库,对重组 EgHSP70 的特性、抗原表位及构象进行预测分析.结果 ①获得了具有完整开放阅读框的 EgHSP70核苷酸序列.②DNAStar分析软件推算氨基酸序列结果显示,EgHSP70由133个理论氨基酸组成,分子量约为14.53kDa.DNAStar、BioSun分析软件确定了重组 EgHSP70 可能的抗原表位.与其他动物热休克蛋白70氨基酸的同源性分析结果显示EgHSP70具有高度的保守性.结论 生物信息学技术在 EgHSP70 重组疫苗研究中有一定的理论和应用价值.     

细粒棘球蚴中国大陆株铁蛋白基因分子克隆和序列分析

目的 获得细粒棘球蚴（E.granulosus）铁蛋白（ferritin）基因序列,进行序列分析。方法 从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴提取总RNA,根据国外细粒棘球蚴铁蛋白基因的已知序列设计一对引物,采用RT-PCR技术扩增出细粒棘球蚴中国大陆株铁蛋白基因,待PCR产物纯化后,将其克隆到pGEM-T载体,进行序列测定和分析。结果 用RT-PCR成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆株铁蛋白基因,测序表明该基因为562bp。同源性比较结果表明：该基因序列与已发表基因核苷酸序列相比,390bp同源性约为97.7％,推导编码氨基酸序列同源性为97.7％,此基因序列在435bp出现终止密码。结论 测序的铁蛋白基因序列有完整的编码框,为进一步研究其结构和功能,以及对包虫病的免疫预防具有重要意义。     

细粒棘球蚴中国大陆株Eg10基因片段的分子克隆和序列分析

目的 获得细粒棘球蚴（E．granulosus）Eg10基因片段，并进行序列分析。方法 从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴，提取总RNA，根据GeneBank公布的细粒棘球蚴Eg10基因片段已知序列，设计一对引物，采用RT-PCR技术扩增出细粒棘球蚴中国大陆株Eg10基因片段，将纯化后的PCR产物克隆到pGEM-T载体，进行序列测定和分析。结果 成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆株k10基因片段，测序为938bp，该基因序列与检索基因核苷酸序列同源性为100％，推导编码氨基酸序列同源性亦为100％。结论 测序的k10基因序列有完整的编码框（765bp），对于进一步研究其结构和功能及对包虫病的免疫预防具有重要意义。     

生物信息学方法初步筛选细粒棘球蚴防治靶位蛋白

目的 用生物信息学方法从世界权威数据库检索筛选能用于诊断或治疗的细粒棘球蚴靶蛋白.方法 基于其他相近物种的寄生虫及其靶蛋白研究,在美国牛物技术信息中心(NCBI)连接的SwissProt,PIR,PRF,PDB等数据库进行有价值靶蛋白及其同源蛋白的筛选,最终筛选出在其他寄生虫目前用于靶蛋白研究的蛋白或多肽,通过讨论分析,找出能作为细粒棘球蚴诊断或药物疫苗靶位的蛋白质和多肽.结果 通过检索扁形动物门的蛋白,筛选出目前该门类下所有物种已经成熟应用或正在研究的有价值的候选蛋白:共得到154条包括32种蛋白.结论 通过高通量快速筛选法,找出32种可能用于包虫病诊断和防治的靶位蛋白,为今后蛋白质组学高通量筛选细粒棘球蚴靶标分子提供理论依据和参考.     

脑细粒棘球蚴囊肿放射学诊断

本文报告27例经手术证实的脑细粒棘球蚴囊肿的颅骨平片,脑室造影,脑血管造影,CT 检查的表现,并对它们的诊断价值予以讨论。临床资料男20例,女7例,最大年龄52岁,最小3岁半;藏族19例,汉族8例;皆有长     

细粒棘球蚴中国大陆株重组14-3-3蛋白基因的克隆和序列分析

目的对细粒棘球蚴中国大陆株14-3-3蛋白（E.g-14-3-3Pc）基因进行克隆及序列分析,为进一步重组抗原的表达奠定基础.方法根据互联网GeneBank中检索到的E.g-14-3-3Pc序列设计一对PCR引物,用RT-PCR方法以细粒棘球蚴总RNA为模板扩增出目的DNA片段,并克隆于载体pGEM-T,测定其核苷酸序列.结果成功克隆出E.g-14-3-3Pc基因片段,测序证明克隆基因确为E.g-14-3-3Pc.结论成功构建细粒棘球蚴pGEM-E.g14-3-3菌株.     

细粒棘球蚴中国大陆株亲肌肉基因分子克隆和序列分析

目的获得细粒棘球蚴（E.granulosus）亲肌肉基因（myophilin）序列并进行序列分析.方法从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴提取总RNA,根据GeneBank公共数据库检索出细粒棘球蚴亲肌肉基因的已知序列设计一对引物,采用RT-PCR技术扩增出细粒棘球蚴中国大陆株亲肌肉基因,将其克隆到pGEM-T载体,进行序列测定和分析.结果成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆株亲肌肉基因,测序表明该基因为573bp;该基因序列与检索基因核苷酸序列相比,同源性为100%,推导编码氨基酸序列同源性为100%.结论测序的亲肌肉基因序列有完整的编码框,可做为包虫病重组抗原的候选基因.     

细粒棘球蚴中国大陆株诊断抗原P-29基因的克隆和序列分析

目的获得细粒棘球蚴（E.granulosus）诊断抗原（diagnostic antigen）P-29基因并进行序列分析。方法从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴提取总RNA,根据GenBank公共数据库检索出细粒棘球蚴诊断抗原P-29基因的已知序列设计一对引物,通过RT-PCR技术扩增出细粒棘球蚴中国大陆株诊断抗原P-29基因,将其重组到pGEM-T载体后进行序列测定和分析。结果成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆株诊断抗原P-29基因,测序表明该片段由717bp组成,与已发表基因核苷酸序列相比,同源性为100％,推导编码氨基酸序列同源性为100％。结论成功克隆细粒棘球蚴中国大陆株诊断抗原P-29基因序列,可做为包虫病重组抗原的候选基因。     

细粒棘球蚴中国大陆株亲肌肉抗原重组蛋白的表达、纯化及免疫学鉴定

目的对细粒棘球蚴中国大陆株亲肌肉基因(myophilin)的重组质粒进行原核表达、纯化,并初步鉴定重组蛋白的免疫学特性,为重组疫苗研制的后续工作提供依据。方法对已构建的基因工程菌株myophilin/pGEM-T/JM109进行酶切,获取目的基因。将目的基因亚克隆于表达载体pET28a构建基因工程菌株,筛选阳性表达菌株并进行诱导表达、经SDS-PAGE鉴定重组myophilin蛋白。以纯化的myophilin做抗原免疫小鼠,用Western blot、ELISA对该蛋白的免疫原性及免疫鼠血清抗体水平进行检测。结果成功构建含原核重组表达载体myophilin/PET28a/BL21,并纯化出浓度较高的重组蛋白;ELISA检测显示,用表达、纯化的重组蛋白免疫小鼠,诱导产生了一定水平的血清抗体;实验组血清与对照组血清抗体含量差异有统计学意义(P<0.05)。结论纯化后的重组蛋白myophilin具有较强的免疫原性,有望作为包虫病候选疫苗进一步研究。