cDNA微阵列检测苯中毒细胞增殖与周期调控基因差异表达

目的 通过基因表达谱研究寻找苯中毒发病机制中细胞增殖与周期调控基因差异表达。方法应用含338条免疫相关基因的cDNA芯片检测7例苯中毒患者和7例正常人的外周血白细胞基因表达谱，观察其在基因表达谱上的差异。进行了基因表达谱聚类分析和比较；筛选有统计学意义的差异表达的基因。结果所有芯片中出现差异表达的基因共有44条，其中表达上调的基因17个，主要包括有IFIM1、CDKN1B、RBL2、GSPT1、FOX01A等：表达下调的基因17个，有CDC37、MDM4、EV15、SKP2等基因；表达不一致的基因6个。聚类分析揭示40条基因的基因表达谱特征存在关联。结论通过有统计学意义的差异表达的苯中毒相关基因，推测细胞增殖与细胞周期调控可能在苯中毒发病中起重要作用。     

基因芯片检测与苯中毒相关的信号传导通路中基因的差异表达

目的检测苯中毒信号转导相关基因的表达，探讨苯引起的血液系统损害的发病机理。方法应用含4265条信号转导基因的cDNA芯片检测7例苯中毒患者和7例无苯接触的正常人的外周血白细胞基因表达谱，观察其在基因表达谱上的差异。进行了基因表达谱聚类分析。结果在4265条基因中，存在明显差异表达的基因176条。至少在六张芯片结果中有显著性表达上调的基因35个，主要包括有PTPRC、STAT4、IFITM1等。至少在5张芯片结果中有显著性表达下调的基因45个，主要包括有ARHB、PPP3CB、CDC37等。结论微矩阵基因芯片在检测苯中毒信号转导相关基因的改变时．具有快速、高通量、高灵敏度等特点．细胞信号转导的障碍在苯中毒发病中起一定的作用。     

用基因芯片检测不同程度苯中毒细胞凋亡相关基因的差异表达

目的用基因芯片研究不同程度苯中毒细胞凋亡相关基因的差异表达。方法选取7名诊断为不同程度接苯中毒的工人（疑似1例、轻度2例，中度2例和重度2例）并设年龄、工龄匹配的健康者做对照，从其外周血中分离单个核细胞，用Trizol试剂盒抽提总RNA，纯化、逆转录生成cDNA产物，分别用荧光染料Cy3和Cy5标记后与含177条细胞凋亡相关基因的微阵列芯片进行杂交。结果共有4l条细胞凋亡相关的基因表达异常，其中有3条基因的表达在轻、中度苯中度工人中一致性上调，1条基因在所有苯中毒工人中均表达上调，随苯中毒程度加重，细胞凋亡相关基因差异表达总数有减少趋势。结论苯中毒病人细胞凋亡相关基因的差异表达参与了苯血液毒性的发生、发展。     

早期妊娠丢失蜕膜组织中与血管重塑相关的miRNAs表达谱分析

目的：通过对子宫内膜蜕膜化中与血管重塑相关的miRNAs表达谱的芯片筛查及相关靶基因预测，为早期妊娠丢失的发病机制研究奠定基础。方法：利用miRNA array芯片检测早期妊娠丢失患者蜕膜组织中的差异表达miRNAs，确定与血管重塑相关的miRNAs表达谱，进而应用miRWalk2.0数据库通过生物信息学方法预测差异表达miRNAs的相关靶基因，最后应用DAVID数据库对相关靶基因进行功能富集分析（GO-analysis）及靶基因信号转导通路富集分析（KEGG Pathway analysis）。结果：早期妊娠丢失患者蜕膜组织中差异表达的miRNAs共70条，上调表达miRNAs 32条，下调表达miRNAs 38条。其中差异倍数最高（≥2.0）的2个上调miRNA为miR-125a-5p和miR-29c-3p，预测相关靶基因为血管内皮生长因子A（VEGFA）。靶基因集合功能富集于正调控RNA代谢过程、血管发育、脉管系统发育、正调控内皮细胞增殖、缺氧反应、血管生成等分子过程；KEGG通路分析涉及哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等信号通路。结论：miR-125a-5p和miR-29c-3p在早期妊娠丢失患者蜕膜组织中上调表达，可能通过对靶基因VEGFA的调控，影响子宫内膜蜕膜化血管重塑的过程，参与流产发生。     

致病性大肠埃希菌感染小鼠肾脏的基因表达谱分析

目的了解尿道致病性大肠埃希菌(UPEC)感染小鼠肾脏的基因表达谱差异变化,探究宿主早期免疫和炎症反应过程。方法 2013年8月分别利用UPEC132菌株和磷酸缓冲液(PBS)经尿道逆行感染小鼠各20只,感染后于4和8h处死并解剖取其肾脏,随机取两组中4和8h各2只小鼠单侧肾,提取其RNA,利用基因表达谱芯片筛选其差异表达基因,并利用京都基因与基因组百科全书(KEGG)进行信号通路分析。结果与PBS对照组相比,UPEC感染组小鼠肾脏在4和8h分别有204个和1 323个基因差异表达,KEGG通路分析共有59个差异表达基因直接与宿主细胞的6条炎症和免疫信号通路相关,包括细胞因子与其受体相互作用信号通路、抗原加工与呈递信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、Toll样受体信号通路、白细胞跨内皮迁移信号通路及自然杀伤性细胞介导细胞毒作用信号通路。结论利用表达谱芯片筛选得到的59个差异表达基因成为研究宿主早期免疫防御UPEC感染的潜在目的基因,为进一步揭示宿主与UPEC相互作用机制奠定基础。     

早期妊娠丢失蜕膜组织中与血管重塑相关的miRNAs表达谱分析

目的:通过对子宫内膜蜕膜化中与血管重塑相关的miRNAs表达谱的芯片筛查及相关靶基因预测,为早期妊娠丢失的发病机制研究奠定基础。方法:利用miRNA array芯片检测早期妊娠丢失患者蜕膜组织中的差异表达miRNAs,确定与血管重塑相关的miRNAs表达谱,进而应用miRWalk2.0数据库通过生物信息学方法预测差异表达miRNAs的相关靶基因,最后应用DAVID数据库对相关靶基因进行功能富集分析(GOanalysis)及靶基因信号转导通路富集分析(KEGG Pathway analysis)。结果:早期妊娠丢失患者蜕膜组织中差异表达的miRNAs共70条,上调表达miRNAs 32条,下调表达miRNAs 38条。其中差异倍数最高(≥2.0)的2个上调miRNA为miR-125a-5p和miR-29c-3p,预测相关靶基因为血管内皮生长因子A(VEGFA)。靶基因集合功能富集于正调控RNA代谢过程、血管发育、脉管系统发育、正调控内皮细胞增殖、缺氧反应、血管生成等分子过程;KEGG通路分析涉及哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等信号通路。结论:miR-125a-5p和miR-29c-3p在早期妊娠丢失患者蜕膜组织中上调表达,可能通过对靶基因VEGFA的调控,影响子宫内膜蜕膜化血管重塑的过程,参与流产发生。     

壬基酚对大鼠F1代脑物质能量代谢调控相关基因表达的影响

目的：利用芯片技术探讨壬基酚nonylphenol，NP)对F1代脑物质能量代谢调控相关基因表达影响。方法：NP染毒F0亲代母鼠，分别提取NP组和对照组F1代雄性2日龄大鼠的脑组织mRNA，分别用cy5和cy3逆转录标记，与Biostar R-40S基因表达谱芯片杂交，并对cy3、cy5荧光信号做扫描分析。结果：芯片结果显示实验组已知功能差异表达基因有16条，其中下调基因有13条，5条与物质能量代谢调控密切相关。结论：NP可通过多种途径影响机体物质能量代谢功能。     

应用基因芯片技术筛查铅中毒差异表达基因

目的采用人类全基因表达谱芯片筛查铅中毒差异表达基因,并对结果进行聚类分析,筛选出与疾病关系最密切的基因功能群,为进一步阐明发病机制、寻找致病基因提供参考。方法收集3例铅中毒患者和3例病区健康对照者的外周血样品,提取总RNA,纯化后合成c DNA探针,采用基因芯片技术筛选差异表达的基因,并对这些基因进行功能上的初步研究。结果与对照组相比,铅中毒患者血样中差异表达基因上调的有4 407个,基因下调的有1 804个,铅中毒组与正常对照组在基因表达上的差异具有统计学意义(P0.05)。结论细胞免疫调节、神经轴突引导、神经细胞黏附、炎症反应、钙离子转运、行为调节等相关基因与铅中毒相关。铅中毒的发生是由多种基因、多条通路共同参与作用的。     

三氧化二砷对HepG2细胞表达基因调节作用

目的 应用基因芯片技术，阐明低剂量三氧化二砷作用于肝HepG2细胞之后，无机砷对差异表达基因的调节作用。方法 应用基因表达谱芯片技术，对5μmol／L三氧化二砷诱导的HepG2细胞和以生理盐水处理的相同细胞的mRNA进行差异显示分析，研究三氧化二砷诱导人HepG2细胞后的差异表达基因。结果 HepG2细胞经5μool／L三氧化二砷诱导后。所检测的4096条目的基因中有123条产生差异表达，其中48条基因表达上调，75条基因表达下调。结论 应用基因表达谱芯片成功筛选了低剂量三氧化二砷诱导肝细胞后的差异表达基因，无机砷对肝细胞有双向调节作用。     

用cDNA微列阵技术探讨苯中毒相关的DNA复制及损伤修复基因表达谱的改变

目的筛选与苯中毒有关的DNA复制及损伤修复基因。方法选取慢性苯中毒患者和无苯接触的健康人各7例配对，提取外周血白细胞总RNA。在反转录cDNA时，用Cy3，Cy5两种激发波长荧光分别标记两组样本cDNA探针。将各对探针混合后与含141条DNA复制及损伤修复的人类基因表达谱芯片杂交、扫描，分析杂交结果。结果共筛选出差异表达的基因25条，其中16条基因表达上调：9条基因表达下调，主要包括有DNA复制基因如PRIM2A，ORCIL等；DNA合成、重组及修复基因如POLK；DNA损伤信号基因／修复蛋白和DNA连接酶如RECQL，PRKDC，G22P1，ERCC3，ERCC1，CRY1。CHES1，BRCA2．APEX等；重组蛋白质如RECQL；其他DNA合成再重组和修复蛋白质如SKIV2L，RBMS1，SON．SET等。结论苯中毒患者外周血白细胞的DNA复制及损伤修复基因与正常人相比存在差异性表达，为进一步筛选苯中毒生物标志物提供了依据。     

用cDNA微阵列芯片检测苯中毒细胞色素P450基因表达差异

目的 利用cDNA芯片技术检测苯中毒细胞色素P450的基因表达谱差异。方法 选取7名诊断为不同程度接苯中毒的工人（疑似1例、轻度2例、中度2例和重度2例）,并设年龄、工龄匹配的健康者做对照,分离外周血白细胞,用Trizol试剂盒抽提总RNA,纯化、逆转录生成cDNA产物,分别用荧光染料Cy3和Cy5标记后与含32条细胞色素P450基因的微阵列芯片进行杂交。结果 共有6条细胞色素P450基因呈差异性表达,包括CYP4F3、CYP1A1、CYP27A1、CYP1B1、CYP286、CYP51,其中CYP4F3基因在所有苯中毒工人中均表达上调。结论 苯中毒工人细胞色素P450基因的表达异常可能在苯诱导的血液毒性中起重要作用．     

用cDNA微阵列分析苯中毒肿瘤相关基因表达谱

目的运用cDNA微阵列技术对苯中毒肿瘤相关基因表达谱进行分析研究。方法对7例接苯中毒工人及7例正常对照者全血中淋巴细胞分别进行RNA抽提，纯化后的mRNA配对进行逆转录制备杂交探针，利用7张含有2780个cDNA克隆的微列阵肿瘤相关基因芯片进行杂交，杂交信号用扫描仪进行扫描，然后将图像转化为基于荧光强度的数字信号，随后进行数据分析和处理。结果在7张肿瘤相关基因中共发现特异性差异表达基因44个，其中GRO1、TGFBR3、LYN等16个基因表达上调，FOSB、DJ-1、MCT-1等28个基因表达下调。结论苯暴露患者肿瘤相关基因的表达异常，提示其可能为致白血病的关键基因，在苯致白血病中起着重要的作用；采用基因芯片检测技术有利于全面揭示苯中毒肿瘤相关基因表达模式，快速高效地发现新的研究目标和基因治疗途径。     

胎盘差异化长链非编码RNA在重度子痫前期发生和发展中的作用

目的 研究重度子痫前期患者胎盘组织差异长链非编码RNA(lncRNA)/mRNA表达谱,分析其可能的作用机制,探讨其靶基因及小分子药物相关lncRNA.方法 选取2018年5月-2019年5月在潍坊市妇幼保健院治疗的30例重度子痫前期患者为子痫前期组,另选取同期在该院健康产前检查的孕妇30例为对照组,取患者胎盘组织.利...     

HIV相关神经认知障碍患者脑组织基因表达谱的变化及生物信息学分析

目的 分析人类免疫缺陷病毒相关神经认知障碍（human immunodeficiency virus-related neurocognitive disorder,HAND）患者脑组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为后期HAND预防及治疗提供新的理论依据。方法 从基因芯片公共数据库（gene expression omnibus,GEO）中下载美国纽约HAND患者（14例）和非患者（7例）脑组织基因芯片数据,利用基因云,基因大数据分析（gene-cloud of biotechnology informs,GCBI）实验平台、GenClip 2.0和Sytoscape 3.5.1软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述HAND发展的分子机制。结果 与对照组相比,HAND组共有780个（1.43%）差异表达基因;主要涉及免疫应答、免疫调控、抗感染、抗病毒、细胞信号传导及突触传递等功能。LYN和RPS4Y1基因为蛋白-蛋白交互作用网络的核心节点;DNM1、FLT1、NOTCH3、LYN、ISG15和RPS4Y1为关键表达基因,其中,DNM1、FLT1和NOTCH3基因在HAND组低表达,而LYN、ISG15和RPS4Y1基因为高表达,差异均具有统计学意义（均有P<0.05）。结论 HAND组和对照组有780个差异表达基因,LYN和RPS4Y1基因为蛋白网络核心节点,在HAND组中高表达,其功能主要涉及免疫应答、免疫调控、抗感染、抗病毒等生物学功能。     

三种丙型肝炎病毒核蛋白在人肝癌细胞的表达

目的用基因芯片分析丙型肝炎病毒（HCV）三种基因型HCV—1b、HCV-2a和HCV-4d核蛋白在人肝癌细胞系（Huh-7）的基因表达,重新认识HCV核蛋白功能及其致病机制。方法建立表达HCV三种基因型核蛋白的Huh-7细胞系,提取总RNA制备探针。与Affymetrix人基因芯片HG-U133杂交。对基因表达改变≥3或1．5倍的基因,通过Affymetrix网站用NetAffx进一步分析,并按生物学功能分类。结果HCV—1b核蛋白引起16个基因表达改变,其中免疫反应基因PF4V1和SPP1分别上调3．4和4．4倍;HCV-2a核蛋白对免疫反应基因CXCL5和凋亡基因BTF分别下调3．4和3．1倍,但对凋亡基因HRK、LZTS1则能上调3．2和3．4倍;与HCV-1b和HCV-2a核蛋白相比,HCV-4d核蛋白可引起111个基因表达改变,对基因表达谱有更明显的影响。若设定基因表达改变≥1．5倍有意义,HCV—1b和HCV-2a核蛋白可引起若干相同基因的改变。结论HCV三种基因型核蛋白引起的基因表达谱各有特点,主要涉及免疫反应、凋亡、信号传导等基因,这对重新认识HCV核蛋白功能及致病机制均有重要意义。