应用cDNA微阵列对MDS骨髓细胞基因表达谱的初步研究

目的应用cDNA微阵列初步研究骨髓增生异常综合征(MDS)的基因表达谱。方法将2例患骨髓单个核细胞RNA各取等量混合后进行逆转录Cy5标记,和Cy3标记的正常对照cDNA混合,然后与H141微阵列杂交。结果H141s芯片中共点样13484个基因克隆,其中1064个靶克隆是针对同一基因内不同序列的cDNA片段,重复点样至少2次,表达结果在2张芯片内各自完全一致的分别为625个(58．7％)和630个(59．2％),而2张芯片之间对应位置点检测结果完全相同的为783个(73．6％)。MDS患存在表达差异的基因为409个,其中101个基因参与造血调控,主要涉及转录因子、细胞周期调节蛋白、代谢相关基因、表面黏附分子等。结论cDNA微阵列可高效提供丰富的基因表达信息,并为深入研究MDS的发病分子机理提供线索。重复点样实验可降低微阵列操作过程引起的表达偏差。     

卵巢透明细胞癌基因表达谱初探

目的 初步建立卵巢透明细胞癌基因表达谱,探讨透明细胞癌和浆液性囊腺癌之间的差异表达基因.方法 用一步法抽提8例卵巢透明细胞癌组织和8例卵巢浆液性囊腺癌组织的总RNA,反转录合成cDNA探针的同时以Cy3、Cy5分别标记透明细胞癌和浆液性囊腺癌.两种探针等量混合后与含有14 000多条人类全基因的表达谱芯片杂交.经洗片、...     

不同类型呼吸道上皮细胞感染金黄色葡萄球菌的基因表达差异研究

目的 从分子水平研究不同呼吸道上皮细胞感染金黄色葡萄球菌的机制,为临床诊治提供数据依据.方法 在GEO基因芯片数据库中得到不同呼吸道上皮细胞感染金黄色葡萄球菌后的表达谱数据,筛选出前50个最显著的差异基因.对差异基因进行GO和Pathway分析,筛选出在不同气道感染情况中金黄色葡萄球菌最显著的信号通路.结果 在16HB...     

miRNA let7对小鼠脑组织基因表达谱的影响研究

目的 研究miRNA let7的分子作用机制。方法 从GEO数据库下载数据集GSE60848,该数据集包含了两对let7敲低的小鼠脑组织样本和两对正常脑组织样本。采用GEO2R工具对其进行差异基因表达分析,筛选出差异表达的候选基因,并采用DAVID在线数据库对候选基因进行GO和KEGG富集分析。采用STRING数据库构建蛋白互作网络,并采用Cyotoscape软件对其结果进行可视化处理,进一步筛选出关键基因,并构建相应调控子网络。结果 分析筛选得到77个具有显著表达差异的基因,其中68个显著上调基因,7个显著下调基因。上述差异表达的基因主要发挥免疫应答、抗原递呈、三磷酸鸟苷(GTP)酶活性、GTP连接等生物功能,并显著富集在糖代谢、细胞黏附、抗原加工提呈、吞噬小体等信号通路中。通过分析let7-mRNA调控网络,最终筛选得到发挥核心调控作用的10个关键基因。结论 let7对生物系统发挥广谱且有效的调控作用,其机制可能是通过靶向调控TRIM30A、GBP3、PARP14、IFIT2等基因来发挥生物学功能。     

高通量测序分析胆囊结石患者microRNA表达谱差异

目的 探讨胆囊结石和非结石患者胆囊黏膜中mi RNA表达谱的差异。方法 选取30例胆结石患者(结石组)和30例胆囊息肉患者(非结石组)的胆囊黏膜组织,采用Illumina Hi Seq 2500高通量测序技术进行深度测序,比较2组的micro RNA表达差异。对差异表达的mi RNAs进行筛选与靶基因预测,并进行GO和KEGG功能显著性富集分析。荧光定量RT-PCR(q RT-PCR)对差异表达mi RNAs进行验证。结果 结石组和非结石组分别获得2 215 832和1 424 770条序列,平均长度22 nt。2组间显著差异表达的mi RNA共计17个,其中9个表达上调,8个表达下调。GO分析结果示靶基因富集于离子的结合和转运、载脂蛋白结合、钙离子通道激活、蛋白激酶活性等分子功能以及大分子的合成和代谢、类固醇激素生物合成和代谢等生物进程。KEGG通路富集分析示靶基因多集中于癌症相关通路,包括WNT、Hippo等信号通路。q RT-PCR结果示差异性mi RNA的表达趋势与测序结果相一致。结论差异表达的mi RNA可能在胆囊结石的形成中具有重要作用。     

P值大小不等价于差异或相关性大小

目的 探讨P值与差异或相关性大小的关系。方法 固定样本统计量[均数和标准差、样本率、相关系数、OR(95%CI)],分别模拟独立样本t检验、两组样本率比较的卡方检验、Pearson相关分析、单因素Logistic回归分析的数据,观察不同样本量下P值差异。结果 两组样本统计量相同或单组样本统计量一致但样本量不同时,P值可能大于0.05、介于0.001～0.05或小于0.001。结论 P值受样本量影响大,其大小不等价于差异或相关性大小。     

胶原诱导性关节炎大鼠肝细胞基因表达的变化

目的 通过研究胶原诱导性关节炎大鼠肝组织基因表达谱,探讨类风湿性关节炎的发病机制。方法 采用dChip（Dec.2009 version）分析软件lower bound fold change方法分析表达差异1.5倍以上基因,芯片类型为GeneChip Rat Genome230,基因库为Affymetrix Gene,参考GenBank基因库,功能通路参考KEGG数据库。用大鼠全基因表达谱芯片研究胶原诱导性关节炎及正常大鼠肝组织基因表达谱,比较模型大鼠及正常大鼠肝组织基因表达的差异。结果 结果显示,胶原诱导性关节炎大鼠差异表达基因有1 009个,其中上调基因480个,下调基因529个。差异表达基因主要涉及生物过程调控、刺激反应、细胞通信、细胞周期的负调控、免疫反应、应激反应、血管生成、内皮细胞分化等功能。涉及的代谢及信号通路主要有细胞凋亡通路、钙调节通路、TGF-β通路、凝血功能通路、炎症反应通路等通路。模型组差异表达上调的基因主要有Aldh1a7、Bad、Gdf10、Ccar2、Slc1a3、Il1b、Il7、Vegfb、IgG-2a等,差异表达下调的基因主要有Ugt2b、Mx2、Usp18、Comt、Zfp354a、Oas1a、G1p2、Irf7等。结论 胶原诱导性关节炎是一个涉及多基因表达异常的全身免疫性疾病,筛选到的差异表达基因初步反映了类风湿关节炎的发病机制,为类风湿关节炎的防治提供重要线索。     

新决明内脂诱导HepG2细胞内脂质代谢相关基因的差异表达

目的研究新决明内脂与细胞内脂质代谢有关的生物学效应及分子机理。方法首先用动物实验检查该化合物的生物学效应。再用细胞学方法研究该化合物对3T3-L1前脂肪细胞分化的作用。最后用含有10 000个人类基因和ESTs的高密度cDNA微阵列去研究新决明内脂如何改变HepG2细胞的基因表达图谱。结果新决明内脂可减少大鼠的体重增加率，但对3T3-L1前脂肪细胞分化的作用有限。HepG2肝细胞基因表达图谱结果显示新决明内脂调节了46个与脂质代谢、蛋白代谢、细胞增生与凋亡等功能有关的基因。结论新决明内脂的生理效果可能与一系列与脂质代谢有关的重要基因有关。     

四氯化碳损伤小鼠肝脏基因表达谱的变化四氯化碳损伤小鼠肝脏基因表达谱的变化

目的研究CCl₄肝损伤小鼠肝脏的基因表达谱，筛选与CCl₄肝损伤相关的基因网络，探讨其肝损伤机制。方法提取小鼠的肝组织总RNA，经反转录分别用Cy3和Cy5荧光标记，制备用于芯片杂交的cDNA探针；cDNA探针与联合基因公司BioStarM-141S小鼠基因表达谱芯片进行杂交，结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果 在CCl₄肝损伤小鼠的基因表达谱中，有379条基因发生了差异性表达(2.69％)。其中，163条基因表达量明显上调，另外216条基因表达量明显下调。结论CCl₄引起小鼠肝脏基因表达谱变化，利用小鼠基因表达谱芯片能大规模、高通量筛选与CCl₄肝损伤相关基因，对进一步阐明CCl₄及类似的化学肝毒物对肝脏的损伤机制有十分重要的意义。     

2型糖尿病相关基因表达谱的研究

目的筛查胰腺组织基因mRNA的表达变化,寻找与2型糖尿病(T2DM)发生相关的基因。方法 30只SD大鼠随机分为正常对照组(A组,10只)和糖尿病模型组(B组,20只)。链脲菌素(STZ)40mg/kg联合高糖高脂饮食诱导T2DM大鼠模型,取胰腺组织常规提取总RNA,采用基因芯片检测系统进行mRNA表达谱差异分析,用实时定量PCR验证,并进行生物信息学的分析。结果基因芯片共检测出237个基因mRNA差异表达;其中,B组有17个基因发生了3倍以上的明显差异表达(上调12个,下调5个);生物信息学分析发现,差异表达基因涉及通路共9条。结论在大鼠糖尿病模型中,胰淀粉酶(Amy)1、Amy2、Amy3、聚-l-精氨酸酞酰胺(Pap2)、胰腺再生蛋白3α(Reg3a)等基因的表达均发生明显变化,提示其可能与糖尿病的发生密切相关。     

基于新一代测序筛选急性心肌梗死患者血清外泌体miRNA的差异表达谱

目的 分析基于新一代测序筛选急性心肌梗死患者血清外泌体miRNA的差异表达谱,阐明该病与血清外泌体miRNA的相关性。方法收集郴州市第一人民医院心内科2020年1月～2021年12月急性心肌梗死患者和正常体检者的血液样本各200例,提取并鉴定外泌体、总RNA,测序分析miRNA表达谱,运用qRT-PCR对测序结果进行验证。对比急性心肌梗死患者和正常体检者的外泌体标记CD63和CD81表达、总RNA鉴定结果、miRNA的差异表达谱、qRT-PCR检测结果。结果 外泌体标记CD63和CD81的测定结果显示,急性心肌梗死患者和正常体检者均能检测到CD63和CD81,提示CD63和CD81均为外泌体标记蛋白;急性心肌梗死患者和正常体检者的OD260/OD280比值均处于1.8～2.1之间,提示总RNA的质量较高,可进行下一步实验检测;经过新一代测序筛选,检测出急性心肌梗死患者和正常体检者血清外泌体miRNA的差异表达谱共89个,其中包括上调63个,下调26个;对三个增加倍数较大的miRNA(miR-1、miR-133a、miR-208a)进行qRT-PCR检测,结果显示急性心肌梗死患者miR-...     

复方党参对高原低氧大鼠脑细胞凋亡相关基因表达谱影响的分析

目的　研究复方党参对模拟高原低氧条件下大鼠脑神经细胞凋亡基因表达谱的作用,从中药与生物体基因网络相互作用的角度,探讨复方党参的作用机制。方法　将Wistar大鼠置于模拟海拔7000m的低压氧舱建立高原低氧大鼠脑细胞凋亡模型,于上舱前7d开始以复方党参液灌胃给药。提取空白对照组、低氧8d对照组、常氧复方党参组及低氧8d复方党参组大鼠脑组织总RNA ,经逆转录合成cDNA探针,用[α-³²P]标记探针,各自与AtlascDNAArray膜杂交,经严格的冲洗后用磷屏检cDNA表达水平。获得的基因表达谱数据集采用自组图(SOMs)法分析。结果　结果表明在模拟高原低氧条件下,导致神经细胞凋亡的基因(p53、bax、bad、bok、Hsp 60)聚为一类(即表达行为相似)。而具有抗凋亡功能的基因(bcl-2、bcl-xl、Hsp70、Hsp27、Hsp90、Hsc70、Rad)聚为一类。结论　低氧可以启动细胞凋亡的线粒体途径,导致细胞死亡;而复方党参以凋亡相关基因网络中的多种成分为靶点,从不同层次上发挥抑制细胞凋亡的作用     

基因表达差异的比较分析

基因表达差异的比较分析是在转录水平上鉴别组织或细胞间基因表达与否和基因表达量差异的技术 ,是揭示生物体发育和分化机理最有效的途径 ,在疾病相关基因分离等研究领域有极广泛的应用 ,是基因组学研究的核心领域之一。正确理解与合理组合利用已有的比较分析基因表达差异的技术是有效分离新基因的基础     

复方党参对高原低氧大鼠脑细胞凋亡相关基因表达谱影响的分析

目的研究复方党参对模拟高原低氧条件下大鼠脑神经细胞凋亡基因表达谱的作用,从中药与生物体基因网络相互作用的角度,探讨复方党参的作用机制.方法将Wistar大鼠置于模拟海拔7000m的低压氧舱建立高原低氧大鼠脑细胞凋亡模型,于上舱前7d开始以复方党参液灌胃给药.提取空白对照组、低氧8d对照组、常氧复方党参组及低氧8d复方党参组大鼠脑组织总RNA,经逆转录合成cDNA探针,用[α-32P]标记探针,各自与Atlas cDNA Array膜杂交,经严格的冲洗后用磷屏检cDNA表达水平.获得的基因表达谱数据集采用自组图(SOMs)法分析.结果结果表明在模拟高原低氧条件下,导致神经细胞凋亡的基因(p53、bax、bad、bok、Hsp60)聚为一类(即表达行为相似).而具有抗凋亡功能的基因(bcl-2、bcl-xl、Hsp70、Hsp27、Hsp90、Hsc70、Rad)聚为一类.结论低氧可以启动细胞凋亡的线粒体途径,导致细胞死亡;而复方党参以凋亡相关基因网络中的多种成分为靶点,从不同层次上发挥抑制细胞凋亡的作用.     

肝硬化及肝癌组织共同差异基因表达的筛选

目的 筛选肝硬化和肝细胞癌(HCC)共同表达的差异基因.方法 按TRIzol法分别抽提2例肝硬化、2例HCC和1例正常肝组织总RNA,逆转录合成掺人生物素标记cDNA合成探针,应用基因芯片进行肝硬化及HCC的相关基因表达谱差异分析,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较三种组织基因表达谱差异.结果 发现2例肝硬化组织中共有1424条基因(9.82%)表达差片;2例HCC组织中共有2756条基因(19.01%)表达差异;而2例肝硬化与2例HCC组织中有851条基因(5.87%)共同表达差异,其中共同上调基因有649条,共同下调基因有202条.结论 基因芯片技术能快速筛选肝硬化及HCC相关基因,分析这些共同差异性表达的基因,为阐明肝硬化及HCC复杂的生物学特性与基因表达之间的内在联系,寻找识别肿瘤的标记物提供了可能.     

基于生物信息基因表达谱的乳腺癌转移基因标志物的分析研究

目的 确定潜在和乳腺癌转移相关的基因标志物,并对其进行生存分析.方法 使用基因表达综合数据库(GEO),筛选乳腺癌转移部位和非转移部位之间的差异表达基因(DEGs).对DEGs进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书途径富集(KEGG)分析,构建蛋白质-蛋白质交互(PPI)网络,并使用MCODE进行模块分析.然后,通过Kaplan-Meier工具对中枢基因进行总生存(OS)和远处无转移生存(DMFS)分析.通过GEPIA对基因和临床生存数据的相关性进行验证.结果 本研究共获得295个DEGs,主要与细胞外分泌、粘着相关通路、细胞分裂相关.KEGG通路分析表明,重要的通路包括丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、Rap1信号通路、细胞粘附分子(CAMs)、抗原加工和呈递.建立了具有280个节点和357个连接的蛋白-蛋白交互网络.从蛋白-蛋白交互网络中发现了10个模块.结论 共筛选出20个基因作为枢纽基因,其中TYMS、SKA1、ADCY7的低表达和MX1的高表达与OS较差有关.POLR3H的低表达和CDCA8、ASE1、KIF14、MX1的高表达与较差的DMFS有关.POLR3H和PRC1可作为诊断乳腺癌转移或潜在药物靶标的新生物标志物.     

基于基因表达谱的途径筛选肺腺癌治疗药物

目的：探讨基于基因表达谱的途径在肺腺癌治疗药物筛选中的应用。方法：从GEO数据库中获得GSE10072和GSE7670两个数据集,然后利用dchip软件进行差异表达基因分析,采用基因集富集方法（gene set enrichment analysis,GSEA）对肺腺癌进行通路富集分析,最后通过Connectivity map（Cmap）筛选肺腺癌候选治疗化合物,并进行实验验证。结果：共获得差异表达基因379个,其中上调基因94个,下调基因285个;GSEA主要富集到细胞周期等18条信号通路与肺腺癌相关;通过Cmap分析,筛选到Vorinostat、15-delta prostaglandin J2、trichostatin A、tanespimycin等8种候选药物或化合物,在进一步的实验中也证实15d—PGJ（2）可有效抑制A549细胞的增殖。结论：基于基因表达谱的途径为药物发现提供新思路,加速了药物发现过程。     

急诊检验中心肌酶谱检测的价值分析

目的探讨心肌酶谱检测在急诊检验中心的应用价值。方法收集急性心肌梗死患者46例作为梗死组,46例新生儿窒息者作为窒息组,同期健康体检者46例作为对照组A,同期单纯新生儿黄疸就诊者46例作为对照组B,检测并比较三组的心肌酶谱变化。结果梗死组α-羟丁酸脱氢酶(α-HBD)、谷草转氨酶(AST)、乳酸脱氢酶(LDH)、肌酸激酶(CK)及肌酸激酶同工酶(CK-MB)水平显著高于对照组B(P<0.05);窒息组心肌酶谱显著高于对照组B(P<0.05),且窒息组随着病情严重程度的增加而显著升高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论心肌酶谱检测对于急性心肌梗死和新生儿窒息的早期诊断具有重要价值,值得在急诊检验中推广应用。     

阿奇霉素对阿霉素肾病大鼠基因表达谱的影响

目的 利用基因芯片技术了解阿霉素肾病大鼠基因表达谱及其经阿奇霉素干预后的变化。方法 将81只大鼠随机分为对照组、模型组、阿奇霉素组,通过尾静脉注射法建立阿霉素肾病模型,检测第4、8周时大鼠血生化指标及24 h尿蛋白变化。利用Agilent公司生产的Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression(8×60 k)基因芯片检测第8周时各组大鼠的肾脏基因表达谱,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果 与模型组比较,阿奇霉素组24 h尿蛋白、总胆固醇、血肌酐均显著降低(P < 0.01),白蛋白、总蛋白、内生肌酐清除率均明显升高(P < 0.01)。通过芯片检测得到了各组大鼠的肾脏基因表达谱。与对照组比较,模型组共有185个基因发生差异性表达;而与模型比较,阿奇霉素组共有824个基因发生差异性表达。结论 阿霉素肾病的发生涉及众多基因的改变,阿奇霉素干预治疗可以改变其基因表达谱及在基因水平上使其肾组织异常的基因表达实现回归,对进一步探索阿奇霉素干预阿霉素肾病的作用机制提供了线索。     

三七总皂甙对异丙肾上腺素诱导大鼠心肌缺血基因表达谱影响的探讨

目的　研究并阐述三七总皂甙防治冠心病心肌缺血损伤的分子作用机制。方法　应用异丙肾上腺素 (ISOP)复制心肌缺血损伤的动物模型 ,采用光、电镜技术和基因表达芯片技术验证三七总皂甙的作用并探索其分子作用机制。结果　三七总皂甙能够显著减轻异丙肾上腺素所致的大鼠心肌缺血病理损伤程度 ;在基因表达谱的研究中共筛选出 80条差异表达基因 ,其中模型 /正常基因表达谱中筛选出 58条差异表达基因 ,模型 /治疗基因表达谱中筛选出 2 4条差异表达基因。结论　三七总皂甙可能是通过多条途径对多基因的表达进行调控 ,从而发挥其显著抗心肌缺血损伤的作用