甘肃野生秦艽rDNA ITS区序列分析

目的:比较研究甘肃不同地区4种野生秦艽rDNA ITS碱基序列的差异及其规律,寻找秦艽组药材之间的分子鉴别方法。方法:对rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序,运用Clustal X,MEGA3等软件对ITS区序列进行分析。结果:不同地区秦艽、麻花秦艽、小秦艽及黄管秦艽的ITS长度为800 bp,ITS1,5.8S和ITS2序列长度分别为290,170,340 bp。根据两者序列以邻接法建立分子系统发生树。结论:ITS序列可以作为野生秦艽分子鉴定的依据。     

不同产地山药rDNA ITS区序列的比较

目的分析怀山药与其它产地山药的rDNA ITS区序列的差异,为山药的基源鉴定和品质评价提供分子依据。方法采用PCR扩增纯化后直接测序的方法测定不同产地山药的rDNA基因ITS核苷酸序列并作序列同源性分析。结果8种产地山药的ITS1片段长度均为165bp,ITS2片段长度均为158~160bp,5.8S片段长度为均为159bp。8种不同产地的山药ITS1和ITS2区分别有6个和9个碱基变异。结论利用ITS区序列的差异鉴别不同产区的山药提供了依据。     

不同产地牛蒡rDNA ITS的PCR扩增、克隆及序列分析

目的:对中国11个不同产地的牛蒡进行ITS序列分析,为牛蒡DNA分子鉴定提供参考。方法:从11个不同产地的牛蒡中提取总DNA,用通用引物对ITS序列进行扩增,对扩增产物克隆测序。结果:牛蒡完整的ITS序列长度范围为641 bp,不同产地间无长度差异,GC含量为59.1%~59.6%之间,其中ITS1序列为256 bp,GC含量为58.6%~59.4%之间,其中ITS2序列为221 bp,GC含量为63.8%~64.7%之间。结论:11个不同产地的牛蒡ITS序列遗传距离为0.0000~0.0094,平均遗传距离为0.0024,相似度在99%以上,可以作为DNA分子鉴定的依据。     

蒲公英属植物rDNA ITS序列测定及分析

目的研究蒲公英属内4种植物的rDNA ITS序列遗传差异性,为探讨蒲公英属植物的系统演化关系、分类、品种鉴定提供DNA分子依据。方法提取不同产地的蒲公英总DNA,以核糖体基因组ITS通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果蒲公英属植物ITS序列总长度约为641～642 bp,其中ITS-1长度为255～256 bp,5.8S长度为162 bp,ITS-2长度为224 bp。序列间共有23个变异位点。运用DNA Star软件进行系统分析得到蒲公英属内4种植物的系统进化树,这一分析结果与来自形态学的研究结果基本吻合。结论此法可用于蒲公英属植物种间及真伪品鉴别。     

太子参及其混伪品的rDNA ITS区序列分析及鉴别

目的：比较太子参与混伪品之间的rDNA ITS碱基序列的差异及其规律，同时为太子参及其混伪品的鉴定提供依据。方法：运用PCR产物直接测序法对太子参及其混伪品的rDNA ITS区（包括ITS1，5、8S，ITS2）碱基序列进行序列测定。结果：测定了太子参及其混伪品的rDNA ITS区序列，其长度为609～631bp不等。ITS1长度范围为218～246bp，5．8S为．154～156bp，ITS2长度范围为230～259bp。直立百部、蔓生百部、宽叶麦冬、细叶麦冬与太子参之间的亲缘关系较近，繁缕稍远，淡竹叶和沿阶草最远。结论：rDNA—ITS可以作为太子参与其混伪品之间的一种分子鉴定方法。     

不同产地何首乌的ITS序列研究

目的研究不同产地何首乌的ITS片段遗传差异性,分析该片段在何首乌道地性的DNA分子鉴别和野生资源品种的鉴定及种质资源研究中的意义。方法从来自不同原产地的何首乌中提取总DNA,以核基因组ITS通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果各样品rDNA的ITS及5.8S rDNA完全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约648bp,其中ITS1长度为195bp,5.8S长度为164bp,ITS2长度为189bp。序列间共有17个变异位点。结论ITS序列可对何首乌的道地性做出鉴别,对野生资源品种的鉴定具有较好的分辨性。     

黄芪与其混伪品的ITS序列分子鉴定研究

目的:研究黄芪与其混伪品之间的DNA分子鉴别方法.方法:采集不同产地的黄芪药材13份,替代品红芪2份,混伪品紫花苜蓿3份和蜀葵1份,所有样品进行总DNA的提取,PCR扩增,并对扩增产物进行测序得到相应的序列,同时从GenBank下载蓝花棘豆、锦鸡儿2种伪品的ITS序列.用MEGA 4计算其种间的K-2-P距离,最后利用ITS序列构建其系统发育树.结果:测得了19份样品的ITS序列全长,分别为蒙古黄芪646 ～ 650 bp,膜荚黄芪为646～650 bp;红芪为664 bp;紫花苜蓿为659 bp;蜀葵为728 bp,在GenBank中注册,获得登记号.通过以ITS序列重建系统进化树进行的聚类分析可以将黄芪与其混伪品有效的区分开.结论:ITS序列能够成功鉴定黄芪及其易混伪品,可以作为黄芪与其混伪品的分子鉴定方法.     

基于DNA条形码技术鉴别4种龙胆科"地格达"类蒙药基原植物

目的:建立一种快速、准确和标准化的龙胆科“地格达”类蒙药材的DNA条形码鉴别方法,为“地格达”类蒙药材的分子鉴定提供依据.方法:对蒙药地格达类药用植物进行通用引物PCR扩增,PCR扩增产物直接测序,并对序列进行分析.结果:测得4种“地格达”的rbcL,ITS,trnH-psbA和matK全长序列,4种序列长度的范围为388 -940 bp,rbcL,ITS,matK序列都可以将其鉴别出来.结论:tmH-psbA序列不适合用于4种“地格达”的鉴别,ITS序列可作为地格达类蒙药材一种良好的分子标记.通过DNA条形码鉴别方法可对4种龙胆科“地格达”进行准确、可靠、有效的分子鉴别.     

基于ITS序列的中国药用石斛及其混伪品的分子鉴定

目的:通过测定17种药用石斛的rDNA ITS全序列,构建分子系统树,在分子水平对待检种进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.方法:采用改良的CTAB法提取石斛叶片DNA,PCR扩增rDNA ITS区全序列,产物回收纯化后直接测序,运用Bioedit,MEGA 4.0等软件分析石斛属植物的rDNA ITS序列的特征.结果:建立了17种药用石斛rDNA ITS区碱基全序列数据库,其中,ITSl的长度为228～234 bp,GC量为45.7%～53.0%,变异位点167个,占总位点67.34%,信息位点106个,占总位点42.74%;ITS2长度为241～247 bp,GC量为44.8%～55.7%,变异位点165个,占总位点66.27%,信息位点115个,占总位点46.18%.属间的遗传距离为0.295,石斛种间的平均遗传距离为0.142,种内各居群间的平均遗传距离为0.002.结论:利用17种石斛的全序列数据库及遗传分析软件,通过对待检种rDNA ITS区进行序列测定,可以在分子水平对石斛不同种质进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.     

甘南野生狭叶红景天与四裂红景天的rRNA基因间隔区PCR产物电泳图谱的初步研究

目的:分析甘肃省甘南地区野生狭叶红景天与四裂红景天中提取的DNA中rRNA基因内转录间隔区PCR扩增产物的电泳图谱,为不同品种鉴别和品质评价从分子水平提供依据.方法:提取2种红景天中药材的核基因组DNA,利用合成的特异性PCR引物对所提取的DNA中rRNA基因内转录间隔序列进行nPCR扩增,扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳以得到电泳图谱并进行分析.结果:琼脂糖凝胶电泳图谱显示不同种红景天的rRNA基因内转录间隔区ITS1序列长度均在340 bp左右,ITS2序列长度均在410 bp左右,且具有明显的可比性.已具备足够的遗传信息量进行碱基序列分析.结论:不同DNA中rRNA基因内转录间隔区PCR扩增产物可作为从分子水平进行鉴别的标记之一.     

基于rDNA-ITS序列及相似度分析的中药赤芍分子鉴别研究

目的:分析中药赤芍正品及混伪品ITS序列的种内相似度及特定位点序列碱基差异,为建立中药赤芍的分子鉴别标准提供思路。方法:采用PCR扩增产物直接测序的方法对市场上购得的未知来源赤芍样品S1、S2的ITS序列(包括ITS1,ITS2,5.8S)进行测定,测定结果进行BLAST比对、相似度分析、序列特异性碱基位点差异比较;用DNAMAN对GenBank上已注册的正品赤芍和混伪品赤芍的ITS序列进行分析。结果:建立了赤芍药材分子鉴别的3个指标,即根据BLAST结果定属,种内相似度缩小属内范围并定种,再通过特异性碱基位点差异最终确定并证实样品的物种;确定了样品S1来源于芍药属植物芍药Paeonia lactiflora Pall.,样品S2来源于芍药属植物川赤芍Paeonia veitchii Lynch.。结论:本文为赤芍的分子鉴别提供较为有效的思路与方法,同时为基于rDNA-ITS相似度及序列分析进行其他中药品种鉴别提供依据。     

丹参及鼠尾草属植物的rDNA ITS序列分析

目的研究丹参ITS片段遗传多样性,分析该片段在丹参药材DNA分子鉴别和鼠尾草属植物系统学研究中的意义。方法用一对引物进行PCR扩增,扩增产物纯化后用双脱氧终止法测序。结果获得核糖体DNA中ITS和5.8SrDNA完整序列,13个鼠尾草属植物ITS1与ITS2序列的长度分别为222～224bp、220～223bp。鼠尾草属植物种间ITS1序列差异百分率为0～12.16%,ITS2序列的差异百分率为0.5%～13.51%;丹参种内ITS1序列的差异百分率为0～0.9%,ITS2序列的差异百分率为0～0.5%;鼠尾草属各类群与外类群的差异百分率ITS1序列为16.07%～20.27%,ITS2序列为15.91%～20.27%。用邻接法(NJ)根据ITS1与ITS2序列数据建立系统发生树。结论两段序列在丹参种内保守,在属间有较大的差异,与外类群的差异最大,可作为中药丹参分子鉴定的标记,而鼠尾草属植物的系统发生关系尚须进一步研究。     

基于位点特异性PCR的黄芪与红芪鉴别方法研究

研究黄芪与红芪药材之间的DNA分子鉴别方法。采集不同产地的黄芪药材30份、红芪28份,所有样品进行总DNA的提取,通过对黄芪及红芪药材trnL-trnF片段进行扩增、测序,进行同源比对后根据其变异位点设计特异性鉴别引物。并对位点特异性PCR方法进行条件优化。通过使用特异性引物对所有样品进行PCR扩增,发现黄芪可扩增出136 bp 片段,红芪可以扩增出323 bp片段。黄芪中掺入10% 以上红芪可以扩增出红芪特异鉴别条带。通过位点特异性PCR的方法实现了黄芪与红芪药材的快速、准确鉴别。     

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??OBJECTIVE To establish a fast identification method of Panax notoginseng, molecular signature which can be used as fast authentication of P. notoginseng were screened according to comparison RESULTS of 248 Panax ITS2 sequences from GenBank and 46P. notoginseng ITS2 sequences from this study. METHODS ITS2 Sequences obtained in this study were assembled using Codoncode Aligner, and then were imported to MEGA 6.0 together with Panax ITS2 sequences from GenBank. The comparison was conducted using MUSCLE method and then unique molecular signature of P. notoginseng was found in this comparison results. RESULTS The length of ITS2 sequences of P. notoginseng was 230 bp, and the aligned ITS2 sequences of Panax was 258 bp. Based on one SNP site of P. notoginseng, one unique molecular signature was developed,5??-AACCCATCAT TCCCTCGCGG GAGTCGATGC GGAGG-3??. If unknown samples contained the signature sequence after amplification, it would be identified to be Panax notoginseng and vice versa. CONCLUSION The molecular signature obtained from this study can be used for fast authentication of varying kinds of P. notoginsengcrude drugs and powders and authentication of mixed samples.
     

天花粉药材及其类似品的分子鉴别新方法

目的：寻找天花粉类药材快捷准确的分子鉴别方法。方法：在天花粉ITS保守区域设计3个20 mer左右单引物,对19批天花粉商品及其9种伪品进行PCR扩增。结果：引物TkS1-64得到天花粉及其伪品的DNA多态性图谱,其中560 bp和960 bp条带为天花粉的特征鉴别条带。结论：引物TkS1-64具有稳定性好、重复性高的优点,可以作为天花粉类药材分子鉴别引物。此方法定名为锚定引物扩增多态性DNA（anchored primer amplification polymorphism DNA,简称APAPD）,在中药材鉴别中具有推广应用的价值。     

党参药材及其混伪品的ITS/ITS2条形码鉴定研究

为简便有效地鉴定党参药材及其混伪品并验证ITS/ITS2 序列作为DNA 条形码鉴定药材的稳定性和准确性,本研究选用党参药材及其混伪品作为研究对象,对33 份药材样本提取基因组DNA,通过PCR 扩增ITS 序列,采用比对法、最小距离法对序列鉴定能力进行评估。通过序列比对,分析变异位点信息确定不同的单倍型并计算种内和种间K2P 距离。ITS2 序列采用基于隐马尔可夫模型的HMMer（Hidden Markov Model）注释方法获得。结果表明,党参药材3 个基原物种ITS 序列长度为654-655 bp,ITS2 序列长度均为239 bp,ITS/ITS2 序列种内平均K2P 遗传距离均远小于其与混伪品的种间平均K2P 遗传距离,因此ITS/ITS2 序列作为DNA 条形码能稳定、准确鉴别党参药材及其混伪品,为其鉴定提供新的技术手段。     

基于ITS2序列的羌活及其混伪品的DNA条形码鉴定

目的对羌活及其混伪品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法利用PCR测序法,对样品进行核基因ITS2片段扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,并构建邻接(NJ)树。利用已建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果羌活与宽叶羌活ITS2序列长度均为228 bp,二者种内平均K2P(Kimura-2-parameter)遗传距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离;由所构建的系统聚类树图可以看出,羌活与宽叶羌活均表现出了单系性,而同时又与其他混伪品明显分开;比较ITS2二级结构发现,羌活基原植物与其混伪品在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论 ITS2序列作为DNA条形码可以方便快捷地鉴别羌活及其混伪品,为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了重要分子依据。