基因芯片在肝细胞癌相关基因筛选中的初步研究

目的探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝细胞癌相关基因群表达中的作用。方法采用美国Affymetrix公司的U133A2．0基因表达谱芯片，按一步法抽提肝细胞癌及正常肝脏组织总RNA，分离纯化两种组织的mRNA；经逆转录合成掺人生物素标记的cDNA合成探针，与芯片杂交和严格洗片后，用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像，分析肝细胞癌及正常肝组织中差异表达的基因。结果在18400条基因中，肝细胞癌组织与正常肝脏组织间有2756条（14．98％）存在差异表达的基因，其中上调基因1772条和下调基因984条，对2756条差异表达基因作了初步功能分类，这些基因与肝细胞癌的发病机制存在相关性。结论基因表达谱芯片技术可以筛选出肝细胞癌表达异常的相关基因群，对其进一步研究有助于认识肝细胞癌的发病机制。     

DNA微阵矩技术研究肝纤维化差异基因表达谱变化

应用DNA微阵矩技术研究乙型肝炎肝硬化组织差异基因表达谱改变,以寻找肝纤维化相关基因,探讨肝纤维化的发病机理。抽提正常肝组织和肝硬化组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机扫描分析正常肝组织和肝硬化组织基因表达谱的差异情况。在10000个候选基因中,筛选出99条差异表达基因,表达上调的有45条,表达下调的有54条。其中未知基因9条。因此基于DNA微阵矩技术的肝纤维化基因表达谱分析能够高通量筛选与肝纤维化发生发展相关的基因。     

应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因

目的:探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝细胞癌(HCC)相关基因群表达中的作用。方法:TRIzol法抽提2例HCC及正常肝脏组织总RNA,分离纯化两种组织的mRNA;逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与基因芯片(涵盖了18400个转录本,代表了14 500个明晰的基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较2种组织基因表达谱差异。结果:2例HCC组织与正常肝脏组织相比,有2756条基因(19.01%)共同表达差异,其中共同上调基因1772条和共同下调基因984条,对2756条共同差异表达基因作了初步功能分类,这些基因与HCC的发病机制存在相关性。结论:基因表达谱芯片技术可以筛选出HCC表达异常的相关基因群,有助于认识肝癌的发病机制。     

基因表达谱芯片在胰腺癌组织差异表达相关基因筛选中的应用

目的：探讨基因表达谱芯片技术筛选胰腺癌组织和癌旁正常组织基因表达谱差异的可行性。方法应用Agilent公司生产的包含27958条DNA的基因芯片检测4例胰腺癌患者胰腺癌组织和癌旁正常组织的基因表达谱,筛选差异表达基因,并用半定量RT-PCR法检测差异基因CD151、S100A4、TIMP-3和NME3表达情况。结果共筛选出46条基因表达谱差异基因,其中26条表达上调、20条表达下调。差异基因CD151、S100A4、TIMP-3和NME3的表达情况与基因表达谱芯片检测结果一致。结论基因表达谱芯片技术可以筛选出胰腺癌组织差异表达相关基因,为胰腺癌分子标志物研究提供了可靠依据。     

移植雄性骨髓的雌性小鼠肝组织肝再生相关基因的信号通路

目的:探讨骨髓形成肝细胞的分子机制.方法:采用移植♂骨髓的♀小鼠模型,♀Balb/c小鼠随机分为模型组和正常对照组,选用小鼠基因表达谱寡核苷酸芯片,利用反转录酶合成掺有荧光标记的cDNA探针,将探针与基因表达谱芯片杂交观察小鼠肝组织基因表达谱的变化,筛选样本之间杂交信号比值有差异表达的基因.采用生物信息学方法分析模型组中小鼠肝组织再生相关基因的信号通路变化规律.结果:♀小鼠在移植♂骨髓6 mo后肝组织的基因表达谱显著不同,对照组相对于正常组的差异表达基因有865条,已知功能基因有447条,其中上调基因92条,下调基因355条.与肝再生相关基因信号通路涉及HGF,TGF-β,Focal Adhesion,JAK-Stat,VEGF等信号通路,他们相关基因的上调表达促进肝细胞的增殖分化.TGF-β信号通路中相关基因下调,抑制信号通路的激活,减弱肝再生的负性作用,利于肝细胞的增殖分化.结论:♀小鼠移植♂骨髓后的肝组织基因表达谱显著变化,有可能通过其肝再生相关基因的信号通路激活或抑制调节肝再生.     

骨髓形成肝细胞的基因表达谱分析

目的：观察小鼠骨髓形成肝细胞的基因表达谱的变化规律，研究骨髓形成肝细胞的分子机制。方法：采用交叉性别骨髓移植模型，雌性BABL／C小鼠接受9．0Gy 60^Co源γ射线照射后，经尾静脉注射输入同种系雄性小鼠骨髓细胞，6个月后处死动物，取肝组织标本。选用小鼠基因表达谱寡核苷酸芯片，观察实验小鼠肝组织基因表达谱的变化。结果：实验小鼠在骨髓移植6个月后的肝组织的基因表达谱与正常雌性小鼠比较有显著不同，差异表达基因有865条，已知功能基因有447条，其中上调基因92条、下调基因355条。结论：交叉性别骨髓移植小鼠肝脏的基因表达谱变化规律为进一步研究骨髓形成肝细胞的分子机制奠定了实验基础。     

用cDNA阵列技术研究黄曲霉毒素B1诱发树鼩肝癌形成过程中的基因变化

目的 对树鼩肝癌形成过程中的基因表达差异进行动态分析,探讨肝癌发生的分子机制。 方法用cDNA阵列技术,将2例黄曲霉毒素B1诱发的树鼩肝癌组织分别与其癌旁组织和其肝癌形成前的活检肝组织、实验前对照和同期对照肝组织进行基因表达水平的6种比较分析。结果 不同的比较方式所显示的差异表达的基因谱不同,可归为4类:癌组织表达高于癌旁组织、癌旁组织表达高于癌发生前肝的组织;癌与癌旁表达水平相仿,但高于癌发生前的肝组织;癌组织下调,低于癌旁组织;癌发生前表达上调,在癌发生后表达下调。 结论 对肝癌形成过程中不同时期的肝组织基因表达水平进行动态对比分析,有助于阐明肝癌发生的分子机制并最终筛选出与肝癌发生有关的关键基因。     

C-myc基因和P16基因在肝细胞癌中的表达及其临床意义

目的探讨C-myc基因和P16基因表达在肝细胞癌(HCC)中的临床意义。方法采用免疫组化检测技术检测不同肝癌组织、癌旁组织及正常肝组织中的C-myc基因和P16基因表达产物。结果C-myc基因表达产物在肝癌组织中的表达明显高于癌旁组织和正常肝组织(P<0.05)。P16基因表达产物则在正常肝组织中和癌旁组织中表达明显高于肝癌组织(P<0.05)。C-myc基因的表达与HCC的发病年龄、性别、肿瘤大小、UICC分期无关(P>0.05),而与HCC的转移有关(P<0.05);P16基因的表达与HCC的发病年龄、性别、肿瘤大小无关(P>0.05),而与HCC的转移和UICC分期有关(P<0.05)。结论C-myc基因表达增强与P16基因表达障碍能促进HCC的发生发展,并可用来判断预后。     

KAll基因在肝硬化和肝细胞癌组织中的表达及其意义

目的研究转移抑制基因KAIl在肝硬化和肝细胞癌组织中的表达及该基因与肝细胞癌患者临床资料间的关系.方法采用Northern blot方法研究20例肝细胞癌组织、14例肝硬化组织和10例正常肝组织中KAll基因mRNA的表达水平,经mRNA的定量分析及统计处理判定KAIl基因与肝细胞癌患者临床特征的关系.结果肝硬化和肝细胞癌组织中KAll mRNA表达水平(0.113±0.110;0.139±0 078)显著低于正常肝组织中的表达(0.316±0.121),(P=0.0003;P=0.0000);肝硬化和肝细胞癌组织中KAll基因mRNA的表达无显著差异(p=0.4152);KAIlmRNA在不同分化程度的肝细胞癌组织中的表达无显著差异(P=0.8261),而Ⅲ期肝细胞癌组织中的KAll基因表达显著低于Ⅱ期的肝细胞癌组织(P=0.0221)结论转移抑制基因KAI1在肝硬化阶段亦有低表达;肝癌组织中KAI1基因的低表达与肝癌的转移有关.     

肝癌差异表达基因EEG1的克隆和鉴定

目的:筛选和克隆肝癌和正常肝组织差异表达的基因片段,以探讨肝癌的发病机制.方法:应用mRNA差异显示技术(mRNA-DD),比较肝癌及正常肝组织基因表达的差异,对获得的差异基因片段进行克隆、测序,测序结果提交GenBank数据库中进行同源性分析,并对其中一条有明显差异的基因用半定量RT-PCR分析该基因在正常肝组织及肝癌组织中的表达情况.结果:凝胶扫描显示在500-600 bp处有一条差异片段,差异条带经酶切图谱分析证实重组质粒是目的克隆,将片段测序结果与GenBank数据库进行同源性比较发现该片段与已知基因EEG1高度同源(99%).RT-PCR结果显示在肝癌组织中EEG1 mRNA的表达水平明显低于正常肝癌组织(P=0.001).结论:EEG1基因在肝癌组织中的表达明显低于正常肝组织,提示EEG1基因的表达下调可能与肝癌的发病有关.     

应用基因芯片技术研究甲状腺乳头状癌的基因表达

目的　应用基因芯片技术研究甲状腺乳头状癌 (PTC)和正常成人甲状腺组织基因的差异表达。方法　分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将PTC组和对照组甲状腺组织的mRNA分别标记成探针 ,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度 ,计算机软件分析 ,寻找两组差异表达基因 ,并用RT PCR、免疫组化对其中两条基因进行验证。结果　共有 65条差异表达基因 ,其中表达增加的有 48条 (2 .0倍以上 ) ,表达降低的有 17条 (0 .5倍以下 )。RT PCR、免疫组化结果与芯片扫描结果一致。结论　基因芯片是筛选PTC与正常成人甲状腺组织差异表达基因的有效方法。通过筛选所得差异基因提示 ,PTC的发病涉及细胞外基质、细胞因子、受体信号转导等多个方面。     

用树鼩cDNA芯片研究树鼩肝癌中参与信号传导的部分基因变化情况

目的利用树鼩cDNA芯片研究黄曲霉毒素B1（AFBl）和（或）乙型肝炎病毒（HBV）引起的树鼩肝细胞癌（HCC）发生过程中参与信号传导的部分基因表达变化情况，从而进一步探讨HCC发生的分子机制。方法实验树鼩分3组：A组（AFB1组）、B组（AFB1＋HBV组）、C组（正常对照组）。所有动物在实验过程中定期接受剖腹手术取肝组织检查，至肝癌形成时处死动物取肝癌和癌旁组织。用树鼩cDNA芯片检测实验第30、60、90周肝活检组织、肝癌组织及其癌旁组织中各基因的表达情况，并用实时逆转录聚合酶链反应（Real time RT-PCR）法验证cDNA芯片结果。结果在A组和B组从癌前到癌变过程中胰岛素样生长因子-Ⅱ（IGF-Ⅱ）、C-rel、核因子-κB2（NF—κB2）均显示有差异表达，同时bcl-2、细胞周期素A（cyclin A）、睫状神经营养因子（CNTF）仅在B组显示有差异表达。而C组这几个基因无差异表达。实验组与对照组比较，在诱癌的早、中期（30、60周）均出现CNTF及cyclin A的差异表达。realtime RT PCR结果与cDNA芯片检测结果基本一致。A组IGF-Ⅱ、C—rel基因及B组IGF-Ⅱ基因，在肝癌组织表达水平明显低于癌旁及实验30、60周组织，而癌旁与实验30、60周相比较则无明显差异；B组CNTF基因在癌旁、肝癌及60周之间比较无明显改变，但均明显高于30周；A组CNTF基因表达水平在癌旁、肝癌组织高于癌前组织，但差异无统计学意义；C组这3个基因不同时期比较亦无明显差异。结论树目自部分信号传导通路相关cDNA芯片应用于检测树目目HCC发生过程中信号传导通路中各基因表达的变化，对进一步了解树鼠甸HCC发生的机制有重要实用价值。IGF-Ⅱ、NF-κB2、C-rel、Bcl-2、cyclin A及CNTF这几个基因与树HCC的发生发展密切相关。     

Modulation of GdCl3 and Angelica sinensis polysaccharides on differentially expressed genes in liver of hepatic immunological injury mice by cDNA microarray

AIM: To study the modulating effect of GdCl(3) and Angelica Sinensis polysaccharides (ASP) on differentially expressed genes in liver of hepatic immunological mice by cDNA microarray. METHODS: Hepatic immunological injury was induced by lipopolysaccharide (LPS ip, 0.2 mg/kg(-1)) in bacillus calmetteguerin (BCG ip, 1 mg/kg(-1)) primed mice; A single dose of 20 mg/kg(-1) GdCl(3) was simultaneously pretreated and 30 mg/kg(-1) ASP (ig, qdX7 d) was administrated when the BCG+LPS was primed. The mice were sacrificed at the end of the 7(th) day after ip LPS for 6 h and the liver was removed quickly. The PCR products of 512 genes were spotted onto a chemical material-coated glass plate in array. The DNAs were fixed to the glass plate after series of treatments. The total RNAs were isolated from the liver tissue, and were purified to mRNAs by Oligotex. Both mRNAs from the normal liver tissue and the liver tissue from the mice with hepatic immunological injury or that pretreated with GdCl(3) or ASP were reversely transcribed to cDNAs with the incorporation of fluorescent dUTP to prepare the hybridization probes. The mixed probes were hybridized to the cDNA microarray. After high-stringent washing, the cDNA microarray was scanned for fluorescent signals and showed differences between the two tissues. RESULTS: Among the 512 target genes, 18 differed in liver tissue of hepatic immunological injury mice, and 6 differed in those pretreated by ASP, 7 differed in those pretreated by GdCl(3). CONCLUSION: cDNA microarray technique is effective in screening the differentially expressed genes between two different kinds of tissue. Further analysis of those obtained genes will be helpful to understand the molecular mechanism of hepatic immunological injury and to study the intervention of drug. Both ASP and GdCl(3) can decrease the number of the differentially expressed genes in liver tissue of mice with hepatic immunological injury.