一起人腺病毒14型所致成年人不明原因肺炎的病原学检测分析

摘要:目的　分析一起导致一名成年人不明原因肺炎的病毒性病原体,确立病原微生物载体与病人之间的相关性,为临床防治提供实验室依据。方法　将采集到的呼吸道标本采用实时荧光定量PCR（Real-time PCR）检测流感病毒、冠状病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒、人博卡病毒、人腺病毒和鼻病毒核酸,对检测结果为腺病毒阳性的核酸进一步采用腺病毒特异性引物通过PCR进行Hexon,Fiber和E1A区基因特异性扩增,产物进行核苷酸序列测定和比对分析并构建遗传进化树。结果　1份咽拭子和1份支气管灌洗液核酸经Real-time PCR检测均呈腺病毒阳性,扩增病毒基因序列经测序分析与人腺病毒14型同源性最高。结论　此起成年人不明原因肺炎是由人腺病毒14型感染所致。     

人腺病毒7型引起的呼吸道感染疫情病原分子生物学分析

目的对安庆市某部队一起人腺病毒7型引起的急性呼吸道感染暴发疫情进行病原学鉴定,并对其六邻体(Hexon)基因进行测序分析。方法采取Real-time PCR对采集的13份咽拭子标本进行腺病毒核酸检测,阳性标本接种Hep-2细胞进行病毒分离培养。收集阳性分离培养物,采用RT-PCR扩增Hexon的核苷酸序列进行测序,获得序列在NCBI GenBank数据库进行同源比对,MAGE6.0软件进行进化分析、构建进化树。结果获得10份阳性毒株培养物,Hexon基因序列与我国武汉7型腺病毒疫情株Z9/WH/CHN/2015(GenBank号为KX897164)100%同源,与2012AQHAdv7疫情株和2015AQHAdv7散发株100%同源性。结论该起疫情由人腺病毒7型感染引起,安庆地区流行的腺病毒疫情株基因型别稳定,此次的疫情可能源于本地的流行株。     

一起由腺病毒和肠道病毒混合感染引起的发热呼吸道感染暴发疫情的实验室快速诊断

目的对一起婴幼儿不明原因发热呼吸道感染暴发疫情进行实验室快速诊断,探索病因。方法采集患儿咽拭子和痰液标本共19份,对所有标本进行核酸提取、运用荧光PCR和荧光RT-PCR法检测腺病毒等引起急性呼吸道感染的8种18型重要病毒的特异性基因片段。对腺病毒和肠道病毒核酸阳性标本进行序列测定,运用生物学软件对测定序列进行处理分析。结果 19份标本腺病毒(Adenovirus,Ad V)核酸阳性,11份标本肠道病毒(Enterovirus,EV)核酸阳性,4份标本鼻病毒(Rhinovirus,RHV)核酸阳性。Ad V的核酸检出阳性率均为100%,标本采集时间最长为发病后10天。EV在发病3天内痰液标本中核酸检出率为83.33%,发病3天后为42.86%。Ad V的基因型别为Ad V-B7型。结论本起发热呼吸道感染暴发疫情由Ad V-B7型和EV混合感染引起,并且Ad V-B7型感染时间长于EV。     

一起急性上呼吸道病毒感染暴发流行的病原学分析

目的探讨2006年2月下旬汕头市某小学暴发的一起急性上呼吸道病毒感染的病原学。方法采集患者急性期咽拭子标本进行腺病毒、B型流感病毒和呼吸道合胞病毒的核酸检测,对PCR结果进行序列测定和分析;咽拭子标本用Hep-2细胞进行病毒分离;用患者双份血清进行腺病毒中和实验和B型流感病毒的血凝抑制试验。结果35份患者的咽拭子标本中用PCR扩增同时检测到了12份腺病毒(阳性率为34.3%)和15份B型流感病毒(阳性率为42.9%),呼吸道合胞病毒核酸检测阴性。序列分析表明腺病毒与江苏省2005年分离的毒株以及广东省2005年分离的3型腺病毒毒株的相似性高达98%,而B型流感病毒与孟斐斯分离到的B型流感病毒同源性高达99%。咽拭子标本用Hep-2细胞未分离到腺病毒和B型流感病毒。病人双份血清的腺病毒中和试验显示抗体没有4倍增长,但腺病毒阳性者晚期血清抗体几何平均值为12.1,腺病毒阴性者即为1.4。而B型流感病毒双份血清血凝抑制试验表明恢复期抗体比较急性期抗体有4倍或以上增长。结论该次急性上呼吸道感染是由B型流感病毒引起的,但可能先前感染过腺病毒。     

山东省某中学一起腺病毒引起的呼吸道感染暴发的调查

目的调查山东省嘉祥县某中学发生的一起由腺病毒(Ad V)引发的呼吸道传染病疫情。方法结合现场流行病学和实验室检测等方法对该起呼吸道暴发疫情进行调查。采集发病者的咽拭子标本,利用15种常见呼吸道病毒的核酸检测套装对标本进行检测。确定病毒种类之后进行基因扩增并测序。在Gen Bank上与已知序列进行比对以确定其型别,并制作系统进化树。结果自2013年4月3日-7日,学校1 067名学生中共有12人发病。经PCR方法检测,4份Ad V基因为阳性。测序并比对后确定其全部为Ad V-7型。结论这次疫情由Ad V-7型引发,传播途径以呼吸道传播和密切接触为主,呼吸道症状相对较轻微。     

一起腺病毒引起的急性呼吸道感染暴发疫情调查

目的调查分析一起急性呼吸道感染暴发疫情流行病学特征,为查找危险因素及疫情防控提供依据。方法通过描述性流行病学、病例对照研究等方法,分析疫情特征及可疑传播因素,采用荧光定量RT-PCR方法对咽拭子进行A型流感、B型流感及腺病毒核酸检测。结果本次疫情共66例病例,罹患率为2.56%,其中学生61例(罹患率2.5%),教师5例(罹患率3.7%),检出腺病毒核酸阳性16份,其中3份经基因测序确定为腺病毒4型。病例对照研究结果显示:课间与病例一起玩耍是危险因素(OR:4.09,95%CI:1.97～8.50)。结论该起急性呼吸道感染暴发疫情由腺病毒4型引起,与病例密切接触是最主要的危险因素。     

2011 - 2017年济南市呼吸道腺病毒流行特征及其基因分型

目的 监测2011 - 2017年山东济南急性呼吸道感染(acute low respiratory tract infection,ALRTI)中腺病毒（Human Adenovirus, HAdV）的感染情况,揭示济南地区不同年份、不同季节腺病毒感染的流行病学特征和基因进化树特点。方法 2011 - 2017年在济南市中心医院、山东大学齐鲁儿童医院共采集1 730份急性呼吸道感染住院病例鼻、咽拭子标本,采用荧光定量PCR方法对标本进行腺病毒检测。检测为腺病毒阳性的标本再进行病毒分离、PCR扩增、Hexon测序、Blast比对,构建基因进化树,确定腺病毒型别,分析其进化特点。结果 在收集的1 730份标本中,共102份确定为腺病毒核酸阳性,阳性率为5.90%,其中2011年阳性率最高,为14.78%,2012年阳性率最低,为2.34%;阳性率最高的为1月份,达到10.33%,最低的为8月份,为1.91%;阳性率最高的为5～15岁年龄组,为9.76%,最低的为≥60岁年龄组,为1.37%。从102份腺病毒核酸阳性标本中分离出50株腺病毒,分子分型共检出5个血清型,其中最多的为3型,占54%,其次为7型、55型、2型和5型,分别占32%、8%、4%和2%,基因进化分析没有发现相关变异。结论 2011 - 2017年山东济南地区腺病毒感染以3型为主,其次是7型,而55型、2型和5型较少检出。     

经游泳池水传播的腺病毒毒株血清型及基因特征分析

目的 研究经游泳池水传播的腺病毒毒株血清型及基因特征.方法 对采用呼吸道病毒多重PCR法检测阳性的16份咽试子样品进行了腺病毒3型、7型及21型的特异性PCR检测,并对其中3份标本进行了腺病毒六联体(hexon)基因和纤毛(fiber)基因的全序列测定,将测定结果与Genbank数据库公开的核酸序列进行同源性比对,绘制进化树.结果 16份腺病毒阳性样品均为腺病毒7型;3份样品间hexon基因和ber基因核酸序列完全一致,同源性为100％;同时,该3份标本的hexon基因和ber基因核酸序列与引起我国陕西省婴儿严重急性下呼吸道感染暴发的腺病毒毒株的核酸序列完全一致,并未发现明显的基因变异情况.结论 本起经游泳池水传播的腺病毒暴发是由腺病毒7型引起,hexon基因和iber基因的核酸序列无变异.     

一起腺病毒3型引起暴发疫情的调查

目的对发生在富阳市渔山乡小学的一起上呼吸道感染暴发疫情进行流行病学调查和病原学鉴定。方法对该暴发疫情进行流行病学调查和采集现症病例咽拭子。应用实时RT-PCR和实时PCR技术分别进行流感病毒和人腺病毒检测。对人腺病毒核酸阳性标本,应用PCR技术扩增六邻体基因超变区7的核酸片段并进行核苷酸序列测定,根据序列相似性以鉴定血清型。结果 2013年5月20—28日共有21例上呼吸道感染病例,均集中在二（1）班,全校罹患率为4.77%,班级罹患率高达70.00%。病例均有发热,部分有咳嗽、咽痛、腹痛、腹泻和结膜充血等症状。检测的8份咽拭子中,实时PCR检测腺病毒核酸阳性5份,甲型流感病毒（通用型）、H1N1、H3N2、H7N9及乙型流感病毒核酸的实时RT-PCR检测结果均为阴性。选取其中1份阳性标本,进行人腺病毒六邻体基因超变区7的核酸序列测定,结果与近年国内其他地区分离的多株腺病毒3型毒株的相似性为100.00%,因此鉴定为腺病毒血清型3型。结论结合流行病学调查、病例临床症状及实验室检测结果,判断该起呼吸道感染暴发疫情的病原体为人腺病毒血清型3型。     

一起腺病毒引起的小学呼吸道感染聚集性疫情调查和实验室检测

目的对2017年宁波市海曙区集仕港某小学一起腺病毒聚集性疫情进行流行病学调查和实验室检测,为疫情防控能及时采取有效控制措施提供依据。方法通过流行病学个案调查,描述疫情流行特征,分析流行因素;采集病例咽拭子标本,进行实时荧光PCR检测确定病原,对阳性标本以腺病毒六邻体基因为目的基因,进行扩增测序,将测序结果提交Gen Bank进行BLAST分析,确定其型别。结果自2017年6月17日-2017年6月23日累计报告病例26例,共波及3个班级,发病时间较为集中,临床症状均以发热为主,无重症和死亡病例。实验室对12例病例的咽拭子进行核酸检测,其中5例为腺病毒阳性。对病毒基因进行测定,确诊为腺病毒3型感染。结论该起疫情是由腺病毒3型引起的学校呼吸道感染聚集性疫情,发病呈现单峰曲线,提示同源一次感染的可能较大。传播途径可能为呼吸道飞沫和密切接触为主。     

1起腺病毒7型暴发的调查

目的 报告并分析1起腺病毒7型感染引起的暴发疫情的流行病学特征及原因,为预防控制类似医院感染疫情提供参考。方法 对某医院1起腺病毒7型暴发进行流行病学调查,描述疫情流行特征;鼻咽拭子标本中提取核酸,PCR法检测甲型、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒等特异性基因片段。结果 本次疫情是1起腺病毒7型引起的暴发疫情,共报告14例病例,首发病例死亡,其余13例续发病例预后良好,且均与首发病例有密切接触史,除首发病例及其1名家庭成员是在院前感染外,剩余12例均在医院内感染发病,院内罹患率为14.00%。鼻咽拭子标本经PCR检测,腺病毒核酸检测阳性14份。结论 该医院未按规定启用发热门诊、发热患者未按要求进行预检分诊以及医护人员防护不规范是造成本次疫情暴发的主要原因,应加强院内感染的管控。     

玉溪市一起人腺病毒感染导致的儿童呼吸道感染暴发疫情调查

目的了解云南省玉溪市一起儿童呼吸道感染暴发疫情的流行病学及病原学特征。方法对此次暴发进行现场调查, 对病例发病过程及流行病学特征进行描述性研究。采集与此次暴发有流行病学相关的住院病例咽拭子样本, 采用实时荧光PCR方法对样本进行腺病毒核酸检测, 并对腺病毒核酸阳性样本进行病毒分离培养, 对分离株进行六邻体基因扩增、测序。结果此次疫情历时11 d, 共出现58例住院患儿, 临床症状以发热、畏寒和扁桃体发炎为主, 在发病前7 d内有某游泳馆暴露史。所采集的20份咽拭子样本腺病毒核酸检测均为阳性, 分离培养得到13株腺病毒毒株。六邻体基因测序得出所测13株腺病毒序列相同, 基因进化树显示这批分离株均为腺病毒B群, 与人腺病毒7型参考株处于同一分支, 同源性为100.00%。结论此次疫情有明显的聚集性和儿童易感性, 引起疫情的病原为腺病毒7型。     

一起腺病毒疫情的现场核酸应急检测及经验思考

目的现场采用荧光PCR法对疫区有关人群进行腺病毒核酸定性检测,为腺病毒疫情处置提供快速准确的实验室依据。方法采集疑似感染人员、密接人员鼻咽拭子分泌物标本,应用便携式核酸快速提取仪和磁感应荧光PCR仪快速检测标本中是否存在腺病毒核酸。结果共采集标本1200余份,300余份腺病毒荧光PCR核酸阳性。结论现场荧光PCR检测法能快速准确地检测出腺病毒核酸,迅速甄别腺病毒感染者,为现场疫情防控、临床治疗提供了强力支撑,同时为类似呼吸道疫情防控提供了经验借鉴。     

江西省一起腺病毒感染的出血性结膜炎疫情的分子流行病学溯源

目的 对江西省某地一起暴发出血性结膜炎人腺病毒进行Hexon基因特征分析,在基因层面对该疫情进行病原溯源,为防控策略提供技术支撑。方法 采集出血性结膜炎患者结膜拭子和咽拭子标本,采集排水口和浮板涂抹拭子标本。采用Real - time RT - PCR方法对所有标本进行人腺病毒（HAdV）和人肠道病毒（HEV）核酸检测,对核酸阳性的标本进行Hexon基因部分片段序列测定,运用Bioedit 7.0和MAGE 6.0等生物学软件对测定序列进行处理分析。结果 共采集出血性结膜炎5名患者结膜拭子标本4份,咽拭子标本1份,共检出人腺病毒核酸阳性标本4份,阳性率为80%,标本采集时间最长为发病后10 d。采集排水口和浮板涂抹拭子各1份,均为HAdV的核酸阳性。所有标本HEV核酸检测阴性。共获得4条病例标本Hexon基因部分片段序列,经Hexon基因测序鉴定均为HAdV - E4基因亚型。结论 该起出血性结膜炎疫情可能由HAdV - E4基因亚型污染游泳池水引起。     

安庆市呼吸道感染疫情人腺病毒的病原分析

目的对一起呼吸道感染疫情人腺病毒进行病原鉴定。方法将4株腺病毒核酸阳性患者标本接种于Hep-2细胞进行培养,利用产生病变的细胞提取核酸DNA,PCR扩增六邻体蛋白基因,对扩增的产物进行测序,并通过BLastn序列分析以确定其型别。结果 4株腺病毒毒株六邻体蛋白基因PCR产物测序和Blastn分析结果证明该腺病毒与人7型腺病毒同源性为最高,大于99%。结论本研究从患者标本中分离到的病毒毒株为腺病毒7型。     

黄山市2018年两起暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征分析

目的了解黄山市暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征。方法收集黄山市2018年两起暴发疫情中具有胃肠炎症状患者的肛拭子标本37份,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)对采集的标本进行诺如病毒核酸检测,检出的阳性标本,采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增病毒衣壳区和聚合酶区,并对PCR产物进行基因测序及分子分型鉴定,测序结果使用Mega 6.0软件构建进化树进行遗传进化分析。结果 37份标本中,16份标本诺如病毒核酸阳性,其中11份测序成功,BLAST比对结果显示11条序列均为诺如病毒GII.P16-GII.2基因型。两起疫情中检出的诺如病毒序列与福建泉州、江苏泰州、南京和安徽宿州的毒株序列同源性较高。结论 GII.P16-GII.2基因型诺如病毒是引起黄山市黟县两起急性胃肠炎暴发疫情的主要病原体。     

某部急性呼吸道感染病原谱的流行特征

目的调查了解某部队急性呼吸道感染病原体流行情况,为疫情防控提供依据。方法采集该部队急性呼吸道症候群病例咽拭子、血清等标本,采用荧光定量PCR检测呼吸道常见病毒。结果 2年共检测呼吸道感染病例标本801份,阳性299份,阳性率为37.3%。其中2014年检测536份,阳性率为39.9%,病原体主要为季节性H3N2病毒(占57.5%)、腺病毒55型(占40.6%)和乙型流感病毒(占1.9%)。2015年检测265份,阳性率为32.08%,病原体主要为乙型流感病毒(占30.1%)、腺病毒7型(占27.1%)和甲型H1N1病毒(占23.5%),其他为冠状病毒OC43型(占16.5%)和NL63型(占1.2%)。结论当前该部急性呼吸道感染病原体以甲、乙型流感病毒、腺病毒为主,也有冠状病毒检出。做好部队呼吸道病原监测工作,对部队传染病的防控有重要意义。     

一起聚集性腺病毒暴发疫情的调查及病原学分析

目的对一起流感样暴发疫情进行流行病学调查和病原学检测,对毒株进行分子流行病学分析,为呼吸道传染病暴发疫情的处置提供依据。方法对暴发疫情进行流行病学调查,收集病例咽拭子样本,采用RespiFinder 2SMART多病原检测试剂盒进行熔解曲线分析,筛查致病原,并以qPCR法确认。用Hep-2细胞分离病毒,提取毒株核酸进行PCR扩增并进行序列分析,NCBI核酸数据库进行序列比对,确定型别。结果疫情累计发病17例,仅涉及一个班级,班级罹患率43.6%,男女比1.8∶1,疫情持续11d。主要症状为发热(17例,100.0%)、咳嗽(16例,94.1%)等。采集10例病例咽拭子,5份以多病原检测试剂盒进行熔解曲线分析,检出2例为腺病毒(ADV)核酸阳性,其余5份经qPCR检测,3份为ADV核酸阳性。以Hep-2细胞分离5份ADV核酸阳性标本,成功分离4株毒株,对其进行DNA测序,NCBI核酸数据库进行Blast序列比对,结果显示其六邻体保守区核酸与ADV3型核酸同源性为97%。结论该暴发是一起由ADV3型引起的暴发疫情。     

一起急性胃肠炎暴发疫情的病原分子特征分析

目的 了解合肥市一起急性胃肠炎疫情的病原分子特征.方法 采用实时荧光PCR(Real-time PCR)对13份肛拭标本同时进行札如病毒、诺如病毒、星状病毒核酸检测,检出的札如病毒核酸阳性标本采用传统RT-PCR扩增VP1基因片段,并测定基因序列,构建系统进化树.结果 Real-time PCR检出8份札如病毒核酸PCR阳性标本,诺如病毒、星状病毒核酸结果均为阴性.1份RT-PCR扩增产物测序成功,基因序列比对和进化分析显示为札如病毒GⅡ.3基因亚型.结论 引起该起急性胃肠炎疫情的病原体为GⅡ.3型札如病毒.