基因表达谱芯片在胰腺癌相关基因筛选中的应用研究

目的：探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理变化中的应用价值。方法：应用含有４０９６条人类全长基因的ｃＮＤＡ表达谱芯片,对３例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。结果：在３例胰腺癌和正常胰腺组织中均有差异表达的基因３９８条,其中新基因２８９条,老基因１０９条。从老基因中筛选出有显著表达差异基因３７条,其中在胰腺癌组织中上调基因２０条,下调基因１７条。结     

基因芯片探讨再生障碍性贫血小鼠脾脏基因表达

目的研究正常与再生障碍性贫血(AA)小鼠脾脏的基因表达谱,大规模分析再生障碍性贫血时基因表达水平的变化,探讨AA的发病机制。方法造成免疫介导再生障碍性贫血模型,从正常与再生障碍性贫血小鼠脾脏分别提取mR-NA,经反转录分别用C_(y3)、CY_5荧火标记,获得两组的cDNA探针,与博星基因芯片表达谱杂交,扫描仪扫描结果,用分析软件分析统计。结果模型小鼠外周血白细胞、血小板、血色素较正常小鼠组均有明显降低,两组比较有非常显著性差异,骨髓活检,发现模型组骨髓增生极度低下,造血细胞容量减少,脂肪细胞增多,间质水肿等改变。模型组和正常组差异表达基因共100条(4.88%),其中AA时上调基因29条(1.41%),下调基因71条(3.47%)。下调基因占差异表达基因的多数(71%)。结论利用基因芯片技术结合动物模型能大规模、高通量地研究AA的基因表达谱,初步筛选出疾病相关基因,对进一步阐明AA在基因水平上的发病机制有十分重要的作用。     

涎腺腺样囊性癌转移细胞株的Notch基因表达

目的 筛选与涎腺腺样囊性癌转移相关的候选基因,并对其进行初步验证. 方法 限制片段差异显示PCR技术(RFDD-PCR)构建涎腺腺样囊性癌高低转移细胞株(ACC-M、ACC-2)基因表达谱.生物信息学分析两个表达谱的Notch基因,半定量RT-PCR技术对两细胞株的Notch基因差异表达进行验证. 结果 用RFDD-PCR方法成功构建涎腺腺样囊性癌高低转移细胞株(ACC-M、ACC-2)的表达谱,共获得5 420个基因片段,其中包含3个Notch基因.半定量RT-PCR证实Notch2、Notch4在ACC-M的表达高于ACC-2,Notchl在两表达谱未见表达,半定量RT-PCR发现其在ACC-M的表达高于ACC-2.Notch3在两个细胞株表达的差别无统计学意义.结论 Notch1、Notch2、Notch4可能与涎腺腺样囊性癌的发生、发展、转移有关.     

雨蛙肽诱导的急性胰腺炎小鼠基因表达谱研究

基因芯片是一种新兴的生物技术，以大规模、高通量方式同时检测成千上万个基因在某种生理和病理条件下的表达变化，是研究表达差异基因与病变间关系的重要手段。本研究首次应用基因芯片技术分析雨蛙肽诱导的小鼠急性胰腺炎(acute pancreatitis，AP)以及正常小鼠血白细胞基因表达谱，旨在探讨雨蛙肽诱导的小鼠AP的相关基因。     

应用基因芯片研究针刺对亚急性衰老大鼠蛋白质合成相关基因表达的影响

目的：应用基因芯片研究针刺对亚急性衰老大鼠蛋白质合成相关基因表达的影响，初步探讨针刺延缓衰老的基因表机理。方法：将成年健康雄性大鼠随机分为正常组、模型组与针刺组。模型组每日皮下注射10％D-半乳糖0、5ml，正常对组注射相同体积的生理盐水，针刺组在注射D-半乳糖造模的同时予以每周针刺涌泉穴6天，进行延缓衰老治疗。7周后同处死动物，摘取肝脏提取mRNA，随机选用2305条鼠cDNA制备成表达谱芯片。分别用Cy3和Cy5两种荧光物质标记肝织cDNA，并制备成探针与表达谱芯片进行杂交，通过计算机扫描后进行数据分析。结果：针刺对衰老大鼠37条基因的表有显著调节，其中蛋白质合成相关基因5条。结论：针刺能够调节衰老过程中与蛋白质合成相关基因的表达量，调节机体蛋质的含量与组成比例，起到改善机体功能状态延缓衰老的作用。     

基因芯片研究糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达

目的：研究正常与糖尿病肾病大鼠肾脏的基因表达谱,大规模分析糖尿病时基因表达水平的变化。方法：（1）实验大鼠分为两组,一组为正常对照组,另一组为糖尿病组;（2）从肾皮质中抽提mRNA,经反转录分别用Cy3,Cy5荧光标记,获得两组动物来源的cDNA探针;（3）cDNA探针与Biodoor基因表达谱芯片杂交,结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果（1）18．4％的基因表达谱发生明显的变化,其中12条基因在糖尿病时表达量明显下降,而323条基因在糖尿 时表达量明显上升;（2）已报道基因占了差异表达基因总数的18．8％左右,大多数已报道基因在糖尿病时的表达模式与其他作者的报道类似。结论：利用基因芯片技术结合实验动物模型能大规模,高通是地研究糖尿病的基因表达谱,初步筛选出选出疾病相关基因,对进一步阐明疾病在基因水平上的发病机制有十分重要的作用。     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的 制备人胎盘基因表达谱芯片,前用于基因差异表达分析。方法用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探针打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组三氧化二砷处理的K562细胞总RNA,纯化mRNA后反转录成cDNA。再以限制性显示技术进行荧光标记,将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交。杂交后清洗芯片,干燥后对芯片进行扫描,分析杂交结果。结果 建立了较可靠的制备与检测基基表达芯片的方法,并筛选出45个差异表达基因片段。结论 制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

肿瘤转移相关基因的表达谱研究

目的：运用基因表达谱芯片技术对肿瘤转移相关基因的表达谱进行研究。方法：对临床切除的肝癌和胰腺癌组织及相应的对照正常组织进行总ＲＮＡ抽提,纯化后的ｍＲＮＡ进行逆转录制备杂交探针,应用ＢｉｏＤｏｏｒ４０９６和ＢｉｏＤｏｏｒ１２８００的全长基因ＤＮＡ芯片筛选与肝癌和胰腺癌转移相关的基因。杂交后的信号用ＳｃａｎＡｒｒａｙ３０００扫描,结果用ＩｍａＧｅｎｅ３．０软件分析。结果：对肝癌和胰腺癌基因表达谱进行分     

基因表达谱及其在人体肿瘤研究中的应用

肿瘤发生是遗传、环境等多种致瘤因子共同作用的结果,经历了多个不同的发展阶段。每一阶段中机体机能的改变必然反应一系列基因功能的变化,构成机体在每一种机能状态时的特征性基因表达。要揭示肿瘤发生、发展的规律,最终找到攻克肿瘤的可靠途径,必须从研究肿瘤相关基因入手。基因芯片提供了一种大通量研究手段,通过基因芯片构建肿瘤相关基因表达谱,研究肿瘤相关基因在肿瘤发生、发展过程中的功能,就是找到了研究肿瘤发生、发展规律的金钥匙,为肿瘤病原、病因、病理学研究,各种肿瘤的临床诊断、治疗药物筛选、预后判断、治疗效果监测甚至肿瘤预防等领域的研究开辟了广阔的前景。     

帕金森病患者尾状核中基因表达谱的研究

帕金森病是一种神经系统退行性疾病．患者黑质多巴胺能神经元大量死亡。导致纹状体多巴胺含量显著下降,基底节运动调节环路紊乱,从而产生运动障碍,目前,帕金森病的病因仍然不清,很可能受到遗传和环境因素的双重影响。尾状核是基底节纹状体功能单元中一个重要的组成部分,它接受     

Relationship between MRI features and miRNA gene expression in patients with glioblastoma multiforme

BACKGROUND: Magnetic resonance imaging (MRI) is commonly utilized as the part of the diagnostic workup for the clinical diagnosis of glioblastoma multiforme (GBM), further guiding the clinical treatment of this aggressive cancer. Recent research has shown that micro RNA’s (miRNAs) may act as oncogenes, or in some cases, tumor suppressor genes that in turn may reflect the genotypic features of GBM. METHODS: In order to identify the relationship between the radiographic findings of MRI with those identified changes in miRNA gene expression of GBM, we reviewed the MRI images of GBM patients and compared them to the identified miRNA expression profiles utilizing microarray analysis of paired GBM tumor samples. We chose five MRI imaging features: 1. contrast tumor enhanced/necrosis ratio, 2. contrast tumor enhanced/T2 ratio, 3. multiple lesions, 4. hemorrhage and 5. necrotic volume. The relationship between these five imaging features and miRNA expression was studied using Significance Analysis of Microarrays (SAM) analysis. RESULTS: We found that the expression of miRNA’s hsa-miR-892b, hsa-miR-892a, hsa-miR-888 was inversely correlated with a enhanced/necrosis ratio ≥ 1. The miRNA’s hsa-miR-95, hsa-miR-498 and hsa-miR-1300 were associated with a contrast tumor enhanced/T2 ratio ≥ 1. The miRNA’s hsa-miR-612,hsa-miR-524-3 and hsa-miR-1282 were associated with multiple lesions identified on MRI and the expression of miR-221 was associated with hemorrhage in GBM. The expression of miR-let-7, including miR-let-7f, miR-let-7i, miR-let-7f-1*, were down-regulated in the hemorrhage group. The gene expression of of miRNA’s hsa-miR-140-5p, hsa-miR-30e and hsa-miR-301a was relatively low when compared with the larger necrotic volume group as identified by MRI. CONCLUSION: The miRNA gene expression profiles correlate with several select MRI features of patients with GBM. Further analysis of key imaging features of MRI with correlation with miRNA gene expression patterns may help to guide treatment decisions based upon these unique correlative profiles of GBM.     

两型星形胶质细胞基因表达谱差异的初步观察

目的:研究不同型别星形胶质细胞的基因表达谱,比较1型和2型星形胶质细胞基因表达谱之间的差异,以进一步研究两者的生物学特性及其功能。方法:原代培养新生SD大鼠大脑皮质混合胶质细胞,经振荡和差速消化纯化培养1型星形胶质细胞(T1A)和2型星形胶质细胞(T2A);应用基因芯片技术获取T1A和T2A的基因表达谱,并对两者的基因表达谱进行初步分析。结果:基因芯片上检测点4096个,共有差异表达基因267条,其中113条在T1A中高表达,154条在T2A中高表达。结论:本实验获得大鼠大脑T1A和T2A的基因表达谱,首次报道267条存在于T1A和T2A之间的差异表达基因。     

脾肾阳虚型狼疮性肾炎血浆外泌体miRNA表达谱的分析及意义

目的 分析脾肾阳虚型狼疮性肾炎(LN)患者血浆外泌体miRNA表达谱的变化及探讨其可能存在的意义.方法 选取2015年8～11月于广州中医药大学第一附属医院住院的3例脾肾阳虚型LN患者,并选取健康志愿者3名作为对照组,应用高通量测序技术分析两组患者血浆外泌体miRNA表达谱的差异,应用RT-PCR技术对结果 进行验证....     

应用基因芯片分析牙周膜干细胞向成骨细胞分化过程中miRNA表达谱的差异

在人牙周膜干细胞（PDLSCs）成骨分化过程中,可以利用基因芯片技术,观察miRNA表达谱的变化,从而为人牙周膜干细胞成骨分化机制提供研究基础。本研究应用基因芯片来分析牙周膜干细胞向成骨细胞分化过程中miRNA表达谱的差异,对治疗牙周炎提供了新的研究思路和方案。     

四环素致BALB/c小鼠肝脏毒性的基因表达谱研究

目的利用毒理基因芯片技术研究四环素肝脏毒性效应的分子机制.方法利用本室构建的小鼠毒理基因芯片和四环素致BALB/c小鼠肝毒性动物模型,观察不同剂量和时相点小鼠肝脏基因表达谱变化,利用Gene OntologyConsortium分析系统并结合层次聚类对差异表达基因进行初步功能分析.结果四环素作用后引发肝脏多种基因表达改变,聚类分析发现高、低剂量四环素作用的表达谱明显差异,高剂量各时相点差异基因聚类分为4类,涉及的分子机制包括能量代谢抑制,蛋白质合成和降解增加,抗氧化体系受损,信号转导基因表达改变促进凋亡发生,以及药物代谢相关酶系基因抑制等.结论毒理基因芯片技术能够为我们在分子水平上提供四环素对小鼠肝脏毒性损伤机制的众多线索,为进一步生物学效应研究奠定基础.     

RT-PCR法研究sonic hedgehog基因及其受体patched在小鼠牙胚钟状晚期的表达

目的:判断sonic hedgehog(Shh)基因及其受体patched(Ptc)是否在小鼠牙胚钟状晚期有表达.方法:用RT-PCR法研究Shh及其受体Ptc在小鼠牙胚钟状晚期的表达.设计Shh及其受体Ptc的PCR引物;选取新生鼠第1天(P1)、第3天(P3)、第7天(P7)的牙胚为研究对象,提取总RNA.两步法进行RT-PCR反应,10 g*L-1琼脂糖电泳观察.结果:出生后第1天、第3天、第7天小鼠牙胚RT-PCR产物可见Shh、 Ptc条带.结论:Shh及其受体Ptc在小鼠牙胚钟状晚期有表达.     

大鼠胰腺发育功能相关基因表达谱的分析

目的研究大鼠胰腺胚胎发育不同阶段的基因表达谱,对比其功能相关基因随大鼠胰腺发育的变化。方法采用显微分离及提取技术获得胚胎发育不同阶段胰腺组织并提取RNA,采用高密度寡核苷酸芯片(Affemetrix芯片)对胚胎发育至第12.5天、15.5天、18.5天胚胎胰腺和成年胰腺进行基因转录水平分析,用生物信息学方法分析具体基因的表达情况。结果胰腺的生物学功能尤其β细胞功能相关基因insulin RNA、amylopsin RNA、GLUT-2RNA等在胚胎第15.5及18.5天显著高表达。结论胚胎第15.5～18.5天直至出生是胰腺功能完善和成熟的阶段,这个时期以细胞功能成熟为主。     

基因表达谱芯片检测肺鳞癌与正常肺组织差异表达的基因

目的：用基因芯片技术探讨肺鳞癌异常基因的表达。方法：提取肺鳞癌组织及正常肺组织的RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与4096点基因芯片杂交,筛选肺鳞癌组织和正常肺组织表达差异的基因。结果：肺鳞癌组织与正常肺组织表达差异基因225条,其中癌组织中上调基因为116条．下调基因109条;差异极显著性基因37条,表达上调24条,下调13条。结论：多基因参与肺鳞癌发病,基因芯片技术是肺癌基因筛选的有效方法。     

Detection of microvesicle miRNA expression in ALL subtypes and analysis of their functional roles

Microvesicles （MVs） are the heterogeneous mixtures of vesicles. MVs released by leukemia cells constitute an important part of the leukemia microenvironment. MVs might act as important reser- voirs of microRNAs （miRNAs）. It is worth evaluating whether MVs possess some unique miRNA con- tents that are valuable in understanding the pathogenesis. In this study, we investigated the miRNA ex- pression patterns of Nalm-6-derived MVs, Jurkat-derived MVs and normal cell-derived MVs using miRNA microarrays. The potential target genes regulated by differentially expressed miRNAs were also predicted and analyzed. Results demonstrated that 182 miRNAs and 166 miRNAs were differentially expressed in Nalm-6-MVs and Jurkat-MVs, respectively. Many oncogenes, tumor suppressors and sig- nal pathway genes were targeted by these aberrantly expressed miRNAs, which might contribute to the development of B-ALL or T-ALL. Our findings expanded the potential diagnostic markers of ALL and provided useful information for ALL pathogenesis.     

大鼠心肌梗死急性期缺血交界区基因表达谱特征

目的 研究心肌梗死前后心梗交界区的基因表达谱差异,寻找保护性基因和损伤相关基因,从而为研究心肌梗死的分子机制与治疗提供依据。方法 结扎大鼠冠状动脉左前降支复制心肌梗死动物模型,应用基因芯片技术研究心肌梗死24小时后心肌梗死交界区基因表达谱的变化特征。结果 冠状动脉结扎所致心肌梗死,在模型／假手术梗死交界区基因表达谱的研究中共筛选出190条差异表达基因,其中下调89条,上调101条。涉及已知功能的12类基因,主要与能量代谢、信号转导、物质运输等途径相关。结论 急性心肌梗死后表现出多环节的功能失调,存在多条途径对相关基因表达进行调控。