54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列分析

目的分析54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列,为临床分离株的鉴定提供参考。方法用16S rRNA序列分析法对54株分枝杆菌国际参考株进行分析,构建系统发育树,计算相似性百分比。结果除11株(共9种4组)分枝杆菌,即产鼻疽分枝杆菌与塞内加尔分枝杆菌;溃疡分枝杆菌与海分枝杆菌;堪萨斯与胃分枝杆菌;3株结核分枝杆菌与田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌16S rRNA基因序列完全相同无法相互鉴别,其它41株(共41种)分枝杆菌菌种间16S rRNA均不相同可以得到很好的鉴别。结论 16S rRNA基因序列分析是一种很好的鉴定分枝杆菌的方法,国际参考株16S rRNA基因序列的研究弥补了基因数据库的不足。     

54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列分析

目的分析54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列,为临床分离株的鉴定提供参考。方法用16S rRNA序列分析法对54株分枝杆菌国际参考株进行分析,构建系统发育树,计算相似性百分比。结果除11株（共9种4组）分枝杆菌,即产鼻疽分枝杆菌与塞内加尔分枝杆菌;溃疡分枝杆菌与海分枝杆菌;堪萨斯与胃分枝杆菌;3株结核分枝杆菌与田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌16S rRNA基因序列完全相同无法相互鉴别,其它41株（共41种）分枝杆菌菌种间16S rRNA均不相同可以得到很好的鉴别。结论 16S rRNA基因序列分析是一种很好的鉴定分枝杆菌的方法,国际参考株16S rRNA基因序列的研究弥补了基因数据库的不足。     

16S rRNA基因序列在分枝杆菌分类鉴定的研究进展

16S rRNA基因序列高度保守,其核苷酸位点的变化具有种的特异性,用分子生物学技术分析16S rRNA基因,能够将分枝杆菌鉴定到种的水平.本文就用16S rRNA基因进行PCR扩增、DNA直接测序、限制性酶切片段长度多态性(RFLP)分析、DNA探针杂交来鉴定分枝杆菌进行综述.     

16S rRNA基因序列在分析杆菌分类鉴定的研究进展

16S rRNA基因序列高度保守,其核苷酸位点的变化具有种的特异性,用分子生物学技术分析16S rRNA基因,能够将分枝杆菌鉴定到种的水平。本文就用16S rRNA基因进行PCR扩增、DNA直接测序、限制性酶切片段长度多态性（RFLP）分析、DNA探针杂交来鉴定分枝杆菌进行综述。     

嗜麦芽寡氧单胞菌临床株与环境株的16S rRNA基因序列及系统发育分析

目的:比较嗜麦芽寡氧单胞菌临床株与环境株16S rRNA基因序列,构建系统发育树,分析其进化关系.方法:对选取的3株嗜麦芽寡养单胞菌临床株和1株环境株的16S rRNA基因进行PCR扩增并测序.将上述及从GenBank中挑选出的其他32株不同来源的嗜麦芽寡养单胞菌的16S rRNA基因序列进行对比分析.并绘制系统发育树.结果:系统发育分析表明大部分菌株可根据来源分为3个簇,序列分析显示某些高度可变区可能存在可区分临床株与环境株的关键序列.结论:嗜麦芽寡养单胞菌基因型及表现型具有多样性:大部分嗜麦芽寡氧单胞菌临床株与环境株可根据16S rRNA基因序列进行鉴别.     

阴沟肠杆菌16SrRNA甲基化酶基因分布

目的：了解湖南邵阳地区耐氨基糖苷类抗菌药物的阴沟肠杆菌中16S rRNA甲基化酶基因分布特点及其与氨基糖苷类抗菌药物耐药性的关系。方法收集2012年8月至2014年5月邵阳地区新宁县人民医院、武岗市人民医院、邵阳县人民医院和邵阳医学高等专科学校附属医院临床样本中分离的241株阴沟肠杆菌,采用API20E进行菌种鉴定,同时用纸片扩散法进行体外药物敏感性试验。采用聚合酶链反应（ PCR）进行armA、npmA、rmtA、rmtB、rmtC和rmtD基因检测,分析耐药基因与耐药表型的关系。结果241株阴沟肠杆菌中200株对阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素和奈替米星4种氨基糖苷类抗菌药物耐药,其耐药率分别为41．9％、68．5％、70．1％和63．5％。基因检测结果提示,241株阴沟肠杆菌检出2种16S rRNA甲基化酶基因,分别为armA（96株,39．8％）和rmtB（17株,7．1％）,未检出npmA、rmtA、rmtC和rmtD基因。结论16S rRNA甲基化酶与氨基糖苷类抗菌药物的耐药性有相关性。不同地区分离的对氨基糖苷类药物耐药的阴沟肠杆菌菌株携带16S rRNA甲基化酶的基因型有一定差异,湖南邵阳地区阴沟肠杆菌以携带armA基因为主。     

中国麻风分枝杆菌种型分布与特征

目的了解中国目前传播的麻风分枝杆菌(M.leprae)菌种及单核苷酸多态性(SNPs)型分布与特征。方法对来自中国22个省市171例麻风患者皮损组织样本,采用巢式PCR扩增麻风分枝杆菌特异16S rRNA保守片段,并对PCR阳性产物直接测序,经BLAST进行序列比对;采用PCR产物限制性酶切基因多态性方法对麻风分枝杆菌进行SNP分型。结果 171例标本扩增片段与来自巴西的麻风分枝杆菌Br4923相似性达99%,均为M.leprae,未检出M.lepromatosis。在85例SNP分型标本中,SNP3型、SNP1型和SNP2型分别占78.8%(67/85)、20%(17/85)和1.2%(1/85),未检出SNP4型。130例16S rRNA序列存在C251T位碱基变异,不同临床型别标本中16S rRNA序列突变及SNP型别分布差异无统计学意义;16S rRNA基因C251T突变与麻风分枝杆菌菌株的SNP分型有一定的关联,存在突变的菌株多为SNP3型,少见SNP1型,未见SNP2型;不同地区的SNP型别分布之间差异有统计学意义,内陆地区的SNP3型菌株分布率97.1%(34/35)显著高于沿海66%(33/50)(χ~2=11.96,P0.01)。不同地区的16S rRNA序列突变率差异也有统计学意义,内陆地区的16S rRNA突变率94.8%(92/97)显著高于沿海51.4%(38/74)(χ~2=43.56,P0.01)。结论麻风分枝杆菌16S rRNA基因序列突变C251T与SNP分型有关,可提示不同基因型麻风分枝杆菌的地理分布。未发现麻风分枝杆菌M.lepromatosis菌种。     

不同分子生物学方法快速鉴别非结核分枝杆菌的应用评价

目的 评价3种分子生物学方法快速鉴定非结核分枝杆菌的优缺点.方法 收集41株临床分离的非结核分枝杆菌,以16S rRNA基因测序方法为标准,同时以hsp65基因测序方法及PCR-RFLP方法鉴定菌株,与16S rRNA基因测序结果进行比较.结果 41株非结核分枝杆菌16SrRNA基因测序结果:9株龟分枝杆菌复合群,7株偶发分枝杆菌,7株胞内分枝杆菌,3株鸟分枝杆菌,3株堪萨斯分枝杆菌复合群,3株耻垢分枝杆菌,3株土分枝杆菌,2株草分枝杆菌,2株无色分枝杆菌,1株瘰疬分枝杆菌,1株M.arupense.与16S rRNA基因测序相比较,hs65 PCR-RFLP能鉴定9株龟分枝杆菌复合群至亚种脓肿分枝杆菌,3株堪萨斯分枝杆菌复合群鉴定至亚种堪萨斯分枝杆菌;1株偶发分枝杆菌及1株无色分枝杆菌与其不符;其余菌株鉴定结果一致,符合率为95.1%(39/41).hsp65基因测序结果显示,1株爱尔兰分枝杆菌与16S rRNA测序结果不符,其余菌株鉴定结果与其一致,符合率为97.6%(40/41),并且能进一步将9株龟分枝杆菌复合群鉴定至亚种脓肿分枝杆菌,3株堪萨斯分枝杆菌复合群鉴定至亚种堪萨斯分枝杆菌.结论 3种方法均能快速鉴定非结核分枝杆菌.与16S rRNA基因测序相比,hsp65基因测序及hsp65 PCR-RFLP更容易鉴定临床最常见非结核分枝杆菌(如堪萨斯分枝杆菌和脓肿分枝杆菌),可在临床推广使用.     

用16S rRNA基因克隆文库研究腹泻粪便中菌群分布

目的 建立16S rRNA基因克隆文库分析菌群的方法,用于临床标本菌群分布的检测.方法 临床标本直接提取核酸,用16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增、纯化、连接、克隆和测序,建立16s rRNA基因克隆文库,序列与数据库进行比对分析.结果 通过16S rRNA基因克隆文库分析,腹泻标本中检出4种细菌,脆弱拟杆菌为绝对优势菌,占91%;腹泻恢复后的粪便标本中菌群呈多样性,检出12种确定种属的细菌,其中脆弱拟杆菌占14%.结论 16S rRNA基因克隆文库是一种较好地研究粪便标本菌群的方法,可直接进行粪便标本的菌群分析和研究各种细菌在腹泻中的作用.     

16S rRNA甲基化酶导致的氨基糖苷类抗生素高水平耐药研究进展

16S rRNA甲基化酶能够造成对包括阿贝卡星在内的所有氨基糖苷类抗生素耐药,并且为高水平耐药。自2003年在革兰阴性杆菌临床分离株中发现第一个质粒介导的16S rRNA甲基化酶ArmA以来,已发现7种质粒介导的16S rRNA甲基化酶,包括ArmA、RmtA、RmtB、RmtC、RmtD、RmtE和NpmA。16S rRNA甲基化酶基因通常和ESBL基因位于同一可转移的质粒上,造成多重耐药。世界各地在革兰阴性杆菌临床分离株中检测出16S rRNA甲基化酶,而我国分离的临床分离株中只检测出ArmA和RmtB。16S rRNA甲基化酶是导致革兰阴性杆菌临床分离株对氨基糖苷类药物高水平耐药的主要原因。     

Genetic environment of 16S rRNA methylase gene rmtD

The genetic environment of the 16S rRNA methylase gene rmtD was investigated. rmtD was flanked by a novel ISCR motif located downstream of class I integron In163 in the original Pseudomonas aeruginosa strain. rmtD found in Klebsiella pneumoniae appeared to have been mobilized from P. aeruginosa by an IS26-mediated event.     

革兰阴性菌中16SrRNA甲基化酶基因的检测

目的 了解大连2所医院临床分离革兰阴性菌中介导高水平氨基糖苷类抗生素耐药的16S rRNA甲基化酶基因armA、rmtB的流行情况,并研究其耐药机制.方法 收集临床分离的耐阿米卡星的革兰阴性杆菌134株.PCR法筛选2种甲基化酶基因armA及rmtB;PCR产物进行测序.质粒提取、接合试验及转化试验确定armA及rmtB基因定位.琼脂稀释法测定阳性菌株、结合子和转化产物对阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素3种氨基糖苷抗生素的MIC值.结果 134株耐药菌株中,21株鲍曼不动杆菌检出armA基因,5株大肠埃希菌和5株肺炎克雷伯菌检出rmtB基因.质粒抽提试验及接合试验rmtB阳性菌获得成功.接合子及转化产物DH5a(pMDarmA)均获得高水平耐氨基糖苷类抗生素的特性. 结论 大连2所医院检测到16S rRNA甲基化酶基因armA和rmtB阳性菌株.armA基因存在于鲍曼不动杆菌中;rmtB基因位于大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌的质粒上.armA和rmtB可以导致细菌对氨基糖苷类抗生素的高水平耐药.     

16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较

目的比较细菌16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用。方法提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组DNA,运用16SrRNA、16S-23SrRNA基因进行PCR扩增。扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心（NCBI）上进行比对分析,确定菌种。结果在所分析的19种临床血流感染常见细菌中,16SrRNA基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属;16S-23SrRNA成功鉴定17种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平。结论16S-23SrRNA基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标。     

16S rRNA基因序列分析在感染性心内膜炎瓣膜内病原菌检测中的应用

目的探讨16S rRNA基因序列法在感染性心内膜炎(IE)患者瓣膜赘生物内致病原检测中的应用价值。方法对129例IE患者术中赘生物进行DNA提取、PCR扩增及测序分析,并与传统血培养及赘生物培养进行比较分析。结果配对卡方检验显示16S rRNA基因序列分析法检测阳性率明显高于血培养[83.53%(71/85)vs 28.24%(24/85),P0.05]和赘生物培养[77.5%(100/129)vs 18.6%(24/129),P0.05],可检出苛养菌及立克次体、巴通体、支原体等特殊病原体。结论应用16S rRNA基因序列分析法可提高IE患者瓣膜赘生物致病原的检出率。     

铜绿假单胞菌16S rRNA甲基化酶基因和氨基糖苷修饰酶基因的研究

目的了解氨基糖苷类抗菌药物耐药的铜绿假单胞菌16S r RNA甲基化酶基因和氨基糖苷修饰酶基因的携带情况,探讨铜绿假单胞菌对氨基糖苷类药物的耐药机制。方法收集临床分离的氨基糖苷类抗菌药物耐药的铜绿假单胞菌35株,采用VITEK 2 Compact全自动微生物分析系统进行鉴定及体外药物敏感性试验,聚合酶链反应(PCR)检测arm-A、rmt-A、rmt-B、rmt-C、rmt-D 5种16S r RNA甲基化酶基因和aac(3)-Ⅰ、aac(3)-Ⅱ、aac(6')-Ⅰb、aac(6')-Ⅱ、ant(3″)-Ⅰ、ant(2″)-Ⅰ6种氨基糖苷修饰酶基因。结果对氨基糖苷类药物耐药的铜绿假单胞菌同时对多种其他抗菌药物耐药,仅碳青霉烯类的亚胺培南耐药率较低,为5.7%。21株检出rmt-B 16S r RNA甲基化酶基因,占60.0%;30株检出氨基糖苷修饰酶基因,占85.7%,其中28株检出aac(3)-Ⅱ基因,占80.0%,18株检出ant(3″)-Ⅰ基因,占51.4%,其余8种基因未检出。结论在铜绿假单胞菌对氨基糖苷类抗菌药物耐药的菌株中,检测出rmt-B 16S r RNA甲基化酶基因和aac(3)-Ⅱ、ant(3″)-Ⅰ氨基糖苷修饰酶基因,铜绿假单胞菌多重耐药现象严重。     

Molecular diagnosis of necrotizing fasciitis by 16S rRNA gene sequencing and superantigen gene detection

We report the use of molecular techniques in the diagnosis of a case of culture-negative necrotizing fasciitis occurring in a 32-year-old female with no significant past medical history and who died within 36 hours of admission. Paraffin-embedded tissue sections from the popliteal fossa region obtained at autopsy showed hemorrhage, necrosis, and mild inflammation by hematoxylin and eosin staining. Tissue gram stain showed numerous gram-positive organisms arranged in clusters. The sequences of the first 500 bp of bacterial 16S rRNA gene amplified from the lesion were identical to a Lancefield group A beta-hemolytic Streptococcus pyogenes. Streptococcal pyrogenic exotoxin A and B superantigen genes were detected and an emm type 1 was determined by polymerase chain reaction and sequencing from the lesion. This confirmed the etiology of the patient's rapid deterioration with multisystem organ failure.     

血液细菌16S rRNA基因检测的诊断价值

目的探索快速可靠的检测细菌感染的新方法。方法用PCR技术扩增实验室保留株10株的16SrRNA基因,以乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人类基因组DNA为对照,检测该方法的特异性;采用10倍比稀释法进行该方法的灵敏度检测。结果对所测细菌株均获得475bp扩增产物,而与乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人基因组DNA无交叉反应;PCR最低能检测1.5×104/L大肠埃希氏菌。结论16SrRN基因PCR检测细菌感染的方法具有特异性、快速性和敏感性高等特点。     

16S rRNA 测序鉴定1株条件致病性人苍白杆菌

目的：探索一种基于16S rRNA 基因的细菌快速鉴定方法,为临床未知病原菌的诊断及治疗提供科学依据。方法对临床患者的痰标本分离培养纯菌落,直接以菌液为模板,以通用引物 PCR 扩增未知菌的16S rRNA 基因片段,产物直接测序。将测序结果进行 BLAST 比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果未知病原菌经本实验鉴定为人苍白杆菌,经 ABI 细菌快速鉴定板条检测,确认结果一致。结论该研究简化了临床标本未知病原菌分离培养鉴定的步骤,建立了一种利用16S rRNA 基因扩增快速鉴定病原菌的简便方法。     

Effects of 16S rRNA gene mutations on tetracycline resistance in Helicobacter pylori

The triple-base-pair 16S rDNA mutation AGA(926-928)-->TTC mediates high-level tetracycline resistance in Helicobacter pylori. In contrast, single- and double-base-pair mutations mediated only low-level tetracycline resistance and decreased growth rates in the presence of tetracycline, explaining the preference for the TTC mutation in tetracycline-resistant H. pylori isolates.