胶质母细胞瘤氧化应激相关基因的表达分析

目的 探讨胶质母细胞瘤（GBM）氧化应激关键基因的表达变化。方法 从UCSC Xena数据库下载167例GBM基因表达谱数据（TCGA-GBM）,从GeneCards数据库下载氧化应激基因集（168个氧化应激相关基因）;通过富集分析确定差异表达基因（DEGs）,建立蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络识别关键基因,利用Spearman相关系数对免疫因子和免疫检查点与关键基因进行相关性分析。结果 鉴定出两种与氧化应激相关的GBM分子亚型（Cluster1和Cluster2）,Cluster1型GBM生存期明显高于Cluster2型（P<0.05）。共筛选出54个DEGs,在细胞因子/趋化因子相关功能中显著富集。PPI网络鉴定出10个关键基因,即CSF2、CSF3、CCL7、LCN2、CXCL6、MMP8、CCR8、TNFSF11、IL22RA2和ORM1。大多数免疫因子和免疫检查点与关键基因呈正相关。结论 本文基于氧化应激相关基因将GBM划分为两个亚型,并且筛选出10个氧化应激基因,可能在GBM的发生、发展过程中起重要作用,也可能对GBM预后评估具有一定的价值。     

胶质母细胞瘤患者自噬相关mRNA与lncRNA的预后判断价值

目的 分别构建由自噬相关基因（ATG）与自噬相关lncRNA（ATL）构成的预后模型,预测胶质母细胞瘤（GBM）患者的预后情况,为其个性化诊疗与基础研究提供依据。方法 利用TCGA数据库中GBM的测序与临床数据,通过单因素Cox回归分析筛选差异表达且具备预后价值的ATG与ATL,之后通过多因素Cox回归分析分别构建预后模型,根据模型计算患者风险值并验证其有效性。结果 GBM组织相较正常组织共筛选到72个差异表达的ATG（上调53个,下调19个）和170个ATL（上调102个;下调68个）,单因素Cox回归分析筛选到16个与患者预后相关的ATG和22个ATL,多因素Cox回归分析分别纳入3个ATG与8个ATL构建预后模型。生存曲线显示在2个模型中高风险组生存率远低于低风险组,受试者工作特性曲线证明2个模型均具有较好的预测能力。结论 所构建的2个预后模型可有效预测患者生存情况,并提供个性化诊疗与基础研究参考。     

影响胶质母细胞瘤生物学行为的靶基因预测

目的探索胶质母细胞瘤(GBM)发生发展过程中发生差异表达的基因并初步探讨其功能及作用, 以明确影响GBM生物学行为的靶基因。方法应用GEO2R在线分析从基因表达综合数据库(GEO)中获取的GSE70231数据集的原始基因表达谱, 从而得到差异表达基因;应用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;应用STRING数据库构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络, 然后应用Cytoscape中的插件cytoHubba和MCODE分析PPI网络, 从而获取靶基因;应用基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中样本数据的GEPIA在线分析靶基因在GBM组织中的表达情况及其对患者总生存期的影响, 最后应用人体组织的RNA-seq数据集GSE50021验证筛选出来的靶基因。结果共筛选出520个GBM组织与正常脑组织间的差异表达基因, 包含305个上调基因和215个下调基因。GO功能富集分析显示, 差异表达基因的生物学过程主要富集在信号转导、细胞粘附、细胞增殖的正调控等方面, 细胞学组分主要为细胞外外泌体、细胞质、细胞质膜等,...     

胶质母细胞瘤铜死亡相关lncRNA预后模型的构建

目的 采用生物信息学方法分析胶质母细胞瘤差异表达的铜死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)并构建预后模型。方法 计算机检索TCGA数据库下载胶质母细胞瘤的RNA-seq数据及其临床信息,应用单因素Cox分析和LASSO回归筛选铜死亡相关lncRNA,并计算风险评分=基因系数×基因表达量,以风险评分中位数分为低风险组和高风险组;将胶质母细胞瘤样本随机分为测试组和训练组,再进行整合生物信息学分析。结果 共下载胶质母细胞瘤样本169例,对照样本5例,共表达分析发现791个铜死亡相关lncRNA,其中正相关lncRNA有753个,负相关lncRNA有38个。单因素Cox分析发现22个显著差异表达的lncRNA(P<0.05),LASSO回归分析筛选9个差异表达的lncRNA;多因素Cox回归分析显示风险评分增高是胶质母细胞瘤预后不良的独立危险因素（P<0.05）。生存曲线分析显示,无论是训练组,还是测试组,高风险组总体生存期和无进展生存期显著缩短（P<0.05）。ROC曲线分析显示模型对1、2、3年生存期具有良好的预测价值（P<0.05）,而且风险评分预测效能显著优于...     

IDH突变调控BMP2、COL27A1和SERPINA5基因表达影响人脑胶质瘤的生存预后

目的 探讨异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变影响胶质瘤临床预后的潜在分子机制。方法 计算机检索CGGA和TCGA数据库,获取胶质瘤RNA测序数据（RNA-seq）,应用生物信息学分析方法分析IDH突变改善胶质瘤临床预后的潜在分子机制。结果从TCGA数据库下载胶质母细胞瘤（GBM）和低级别胶质瘤（LGG）相关RNA-seq,从CGCA数据量下载648例胶质瘤的RNAseq(234例GBM和414例LGG),从GEO数据量下载单细胞RNA-seq数据GSE131928数据集（28例IDH野生型GBM）。GO和KEGG分析显示,IDH突变显著下调胞外基质（ECM）相关基因表达,GEPIA分析显示BMP2、COL27A1、SERPINA5、VEGFA基因表达水平与胶质瘤生存预后有关,多因素Cox比例回归风险模型分析显示BMP2、COL27A1、SERPINA5基因表达是胶质瘤生存预后独立影响因素,BMP2联合SERPINA5预测胶质瘤生存预后效果最好。结论 我们结果提示胶质瘤IDH基因突变,可能通过调控BMP2、COL27A1和SERPINA5基因表达,影响病人生存预后。     

新疆地区汉族帕金森病患者基因组长链非编码RNA的差异表达谱筛查分析

目的分析帕金森病患者外周血细胞中长链非编码RNA(lncRNA)的表达情况,根据lncRNA的差异表达并结合mRNA表达数据预测其可能的功能。方法收集中国新疆地区汉族帕金森病患者55例(帕金森病组)和健康志愿者55例(对照组)的外周血提取总RNA。用微阵列法测定10个样本(帕金森病组5例和对照组5例)中全基因组lncRNA和mRNA的表达水平。采用qRT-PCR检测100例(帕金森病组50例,对照组50例)lncRNA的表达水平。依据lncRNA微阵列芯片分析结果,建立帕金森病的lncRNA表达谱,筛选出具有差异表达的lncRNAs,应用临床大样本数据验证其结果与芯片数据结果的一致性。结果两组共鉴定出171个上调和120个下调的lncRNA,组间表达差异有统计学意义。共同表达的mRNA注释结果显示,GO分析中"生物过程调控"为一类显著相关的基因产品属性,炎症免疫反应是最显著的相关通路。结论与对照组比较,帕金森病组外周血中lncRNA的表达明显不同,差异表达的lncRNA可能在帕金森病的发生发展中发挥潜在作用。     

重型颅脑损伤病人外周血miRNA生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法分析重型颅脑损伤（sTBI）病人外周血微小RNA（miRNA）的靶基因及功能。方法 从GEO数据库中检索获取sTBI病人和对照组外周血的基因芯片数据,应用生物信息学方法筛选差异表达的miRNA,并进行靶基因预测和生物学功能及信号通路分析,构建miRNA及靶基因的调控网络。结果 检索得到芯片GSE21854,筛选得到145个差异表达的miRNA,预测得到靶基因共580个。这些靶基因的功能主要为细胞增殖负性调控、转换生长因子β受体信号通路负性调控等,主要分布在Ras信号通路、转换生长因子β信号通路等。miRNA及靶基因的调控网络图显示hsa-miR-125a-5p、hsa-miR-760、hsa-miR-217、hsa-miR-199a-3p、hsa-miR-543是调控核心。结论 sTBI病人外周血存在差异性表达的miRNA,hsa-miR-125a-5p、hsa-miR-760、hsa-miR-217、hsa-miR-199a-3p、hsa-miR-543与sTBI的进展密切相关。     

维吾尔族烟雾病病人血清miRNA的异常表达及其基因分析

目的 探讨我国新疆地区维吾尔族（简称维族）烟雾病病人血清异常表达的miRNA。方法 收集2017年2月至2018年8月新疆莎车县人民医院救治的8例维族烟雾病与8例维族健康者（对照组）的血样,运用高通量全基因芯片技术检测血清miRNA,筛选差异表达水平大于1.5倍的miRNA,然后利用targetscan软件进行靶基因的预测和分析。结果 发现54个差异表达的miRNA,选择表达水平变化倍数R在0.67~1.5的差异表达miRNA共4个,其中显著上调3个（miR-188-5p、miR-4284及miR-5100）,显著下调1个（miR-6277-3p）。靶基因生物学分析结果显示维吾尔族烟雾病可能与某类锌指蛋白有关。结论 维族烟雾病病人血清miRNA有异常表达,通过生物信息学分析,其致病基因可能某类锌指蛋白有关。     

基于多个lncRNA表达量的风险模型预测胶质母细胞瘤患者预后的研究

目的 构建基于长链非编码RNA(lncRNA)的风险模型;研究其预测胶质母细胞瘤(GBM)患者预后和指导临床管理的价值。方法 从肿瘤基因组图谱计划(TCGA)和GSE16011中的GBM转录组表达数据,筛选出在GBM中异常表达的lncRNA。通过单因素Cox回归分析鉴定出与GBM患者生存相关的lncRNA。采用LASSO回归进一步筛选目标lncRNA,最终构建基于lncRNA表达量的风险模型。用KaplanMeier生存曲线评估不同风险组患者在预后方面的差异。整合风险模型和临床病理特征构建列线图,并通过校正曲线和决策曲线分析验证其在实际临床管理中的价值。结果 鉴定出26个肿瘤中差异表达的lncRNA,并筛选出8个与预后相关的lncRNA。通过LASSO回归分析最终确定了7个候选lncRNA,并成功构建基于lncRNA的风险模型。在TCGA和GSE16011数据库中,高风险患者的生存时间显著差于低风险组;同时该模型在预测患者预后方面有良好表现。风险模型和临床病理特征构建的列线图能个体化地预测GBM患者预后,以及指导临床治疗决策。结论 基于lncRNA构建的风险模型能够作为预测GBM预后的生物标志物;并为研究GBM发生发展的潜在机制提供新的思路。     

lncRNA SNHG7对胶质瘤细胞侵袭、迁移的影响

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)小核仁RNA宿主基因7(SNHG7)与胶质瘤生存预后的关系,及其对胶质瘤细胞侵袭和迁移的影响。方法 选取2015年6月至2016年3月手术切除的胶质瘤组织80例（术后随访截止2020年4月）和50例颅脑损伤颅内减压术中切取的非肿瘤脑组织为对照,用RT-PCR法检测lncRNA SNHG7的表达水平。体外培养胶质瘤U87细胞,转染不同质粒敲低lncRNA SNHG7表达,用Transwell实验检测细胞侵袭和迁移能力;双荧光素酶报告基因实验检测lncRNA SNHG7对miR-4516的调控作用。结果 胶质瘤组织lncRNA SNHG7表达量明显高于对照组（P<0.05）;多因素Cox回归分析显示,lncRNA SNHG7高表达是胶质瘤病人不良生存预后的独立影响因素（P<0.05）;生存曲线分析显示,高表达组胶质瘤病人中位总生存期较低表达组明显缩短（P<0.05）。敲低lncRNA SNHG7表达,明显抑制U87细胞侵袭和迁移力（P<0.05）。双荧光素酶报告基因实验证实lncRNA SNHG7靶向上调miR-4516表达...     

胶质母细胞瘤中lncRNA GAS5相关m6A基因的生物信息学分析

目的采用生物信息分析技术探讨胶质母细胞瘤中和长链非编码RNA GAS5相关的m6A基因的筛选及临床特征分析。方法从开放的癌症基因图谱(TCGA)和基因型组织表达(GTEx)数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据。根据TCGA胶质母细胞瘤患者GAS5基因的表达量做相关性分析,筛选出GAS5相关m6A基因。通过权重基因共表达网络分析(WGCNA)构建加权基因共表达网络,寻找协同表达的基因模块,筛选GAS5共表达的基因。GAS5共表达的基因和GAS5相关m6A基因取交集。CGGA数据库分析筛选出的基因与胶质瘤患者的临床特征及预后之间的关系。结果分析的13个m6A基因中,相关性系数> 0.4,P<0.001,7个基因(HNRNPC、FTO、KIAA1429、ALKBH5、YTHDF2、WTAP、YTHDC2)与GAS5相关,其中HNRNPC、KIAA1429、YTHDF2、WTAP呈正相关,FTO、ALKBH5、YTHDC2呈负相关。通过构建WGCNA网络,筛选GAS5共表达的基因,brown模块共1 292个基因与GAS5相关性最高(cor=0.84,P=1e-200)。HNRNP...     

lncRNA SNHG16在人脑胶质瘤组织中的表达及其与病人预后的关系

目的 探讨长链非编码RNA（lncRNA）SNHG16在人脑胶质瘤组织中的表达及其与病人预后的关系。方法 实时荧光定量PCR检测104例2013年9月至2015年1月本院病理科冻存的胶质瘤组织和2018年4月至2019年1月颅脑损伤内减压术中切除的40例正常脑组织lncRNA SNHG16的相对表达量。以SNHG16表达量的中位数为截断值,将胶质瘤病人分为高表达组和低表达组。随访截止时间为2019年6月,记录总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）。结果 胶质瘤组织SNHG16相对表达量明显高于正常脑组织（P<0.001）;高级别胶质瘤组织SNHG16相对表达量明显高于低级别胶质瘤组织（P<0.001）。多因素Cox比例回归风险模型分析结果显示,SNHG16高表达是胶质瘤病人OS和PFS缩短的独立危险因素（P<0.05）。生存曲线分析显示高表达组OS（中位数25个月,四分位数18~34个月）和PFS（中位数15个月,四分位数9~18个月）较低表达组（OS中位数35个月,四分位数20~42个月;PFS中位数19个月,四分位数12~20个月）明显缩短（P<0.05）。结论 人脑胶质瘤SNHG16呈高表达,与病人不良生存预后和肿瘤进展有关。     

lncRNA-FTX与脑胶质瘤病人预后的相关性分析

目的 探讨长链非编码RNA（lncRNA）FTX表达水平与脑胶质瘤病人预后的相关性。方法 前瞻性收集2016年1月~2018年1月手术切除的脑胶质瘤88例（46例获得瘤旁组织），采用实时逆转录PCR检测lncRNA FTX表达水平，以脑胶质瘤组织lncRNA FTX表达水平均值为界分为高表达组（n=57）和低表达组（n=31）。术后随访3年，主要观察指标为无进展生存期、总生存期。结果 脑胶质瘤组织lncRNA FTX表达水平[（7.54±2.15）]明显高于瘤旁组织[（2.65±0.69）；P<0.001]。多因素Cox比例回归风险模型分析显示，lncRNA FTX高表达是脑胶质瘤生存预后不良的独立危险因素（RR=1.589；95% CI 1.004~2.515；P=0.048）。生存曲线分析显示，高表达组无进展生存期（15.10个月）和总生存期（20.24个月）较低表达组（分别为18.96和25.53个月）明显缩短（P<0.05）。结论 脑胶质瘤lncRNA FTX呈高表达，与病人不良生存预后有关。     

Identification of microRNAs and messenger RNAs involved in human umbilical cord mesenchymal stem cell treatment of ischemic cerebral infarction using integrated bioinformatics analysis

In recent years, a large number of differentially expressed genes have been identified in human umbilical cord mesenchymal stem cell(hUMSC) transplants for the treatment of ischemic cerebral infarction. These genes are involved in various biochemical processes, but the role of microRNAs(miRNAs) in this process is still unclear. From the Gene Expression Omnibus(GEO) database, we downloaded two microarray datasets for GSE78731(messenger RNA(mRNA) profile) and GSE97532(miRNA profile). The differentially expressed genes screened were compared between the hUMSC group and the middle cerebral artery occlusion group. Gene ontology enrichment and pathway enrichment analyses were subsequently conducted using the online Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery. Identified genes were applied to perform weighted gene co-suppression analyses, to establish a weighted co-expression network model. Furthermore, the protein-protein interaction network for differentially expressed genes from turquoise modules was built using Cytoscape(version 3.40) and the most highly correlated subnetwork was extracted from the protein-protein interaction network using the MCODE plugin. The predicted target genes for differentially expressed miRNAs were also identified using the online database starBase v3.0. A total of 3698 differentially expressed genes were identified. Gene ontology analysis demonstrated that differentially expressed genes that are related to hUMSC treatment of ischemic cerebral infarction are involved in endocytosis and inflammatory responses. We identified 12 differentially expressed miRNAs in middle cerebral artery occlusion rats after hUMSC treatment, and these differentially expressed miRNAs were mainly involved in signaling in inflammatory pathways, such as in the regulation of neutrophil migration. In conclusion, we have identified a number of differentially expressed genes and differentially expressed mRNAs, miRNA-mRNAs, and signaling pathways involved in the hUMSC treatment of ischemic cerebral infarction. Bioinformatics and interaction analyses can provide novel clues for further research into hUMSC treatment of ischemic cerebral infarction.     

胶质母细胞瘤基因表达谱及相关基因的聚类研究

目的探讨人脑胶质母细胞瘤发生、发展中相关基因的表达及功能.方法用含13 939种人类基因的BioStarH140S型表达谱芯片,以正常成人脑及不同级别胶质瘤组织总RNA制备的探针杂交芯片;ScanArray 4000扫描芯片荧光信号,提取脑及胶质瘤组织差异基因并进行生物信息分析;用Hierarchical聚类对胶质瘤差异基因进行特征提取;用Northern杂交验证及进行初步功能研究.结果正常脑与18例不同级别胶质瘤组织间筛选出多类差异表达基因,通过生物信息学和Hierarchical聚类,发现α-连环素、微型染色体维护蛋白7、细胞周期素B2、FBX05、着丝粒蛋白F基因与胶质母细胞瘤密切相关,该类基因在低级别胶质瘤中表达差异不明显,但胶质母细胞瘤中表达明显上调.Northern杂交显示该类基因与胶质母细胞瘤密切相关,与芯片结果一致.结论基因表达谱芯片可快速、高效地筛选胶质瘤相关基因,发现的5条基因与胶质母细胞瘤侵袭性强密切相关,可成为判断胶质瘤预后的分子生物学指标.     

lncRNA RGMB-AS1在脑胶质瘤预后评估中的价值

目的 探讨长链非编码RNA（lncRNA）RGMB-AS1在脑胶质瘤病人预后评估中的作用。方法 选取2014年9月~2017年6月经术后病理检查证实的脑胶质瘤140例（低级别64例,高级别76例）,另选取颅脑损伤内减压术中切取正常脑组织25例为对照。实时荧光定量PCR法检测lncRNA RGMB-AS1的表达水平,以RGMB-AS1表达量的中位数为截断值,分为高表达组和低表达组。用Kaplan-Meier法比较总体生存期（OS）和无进展生存期（PFS）,用Cox比例回归风险模型分析影响胶质瘤病人预后的因素。结果 140例胶质瘤中,lncRNA RGMB-AS1高表达70例,低表达70例。胶质瘤组织lncRNA RGMB-AS1的相对表达量明显高于对照组（P<0.05）。多因素Cox比例回归风险模型分析结果显示年龄≥50岁、术前KPS评分<80分、WHO分级Ⅲ~Ⅳ级、lncRNA RGMB-AS1高表达是胶质瘤病人PFS和OS的独立影响因素（P<0.05）。lncRNA RGMB-AS1高表达胶质瘤病人PFS和OS较低表达病人均明显缩短（P<0.05）。无论是高级别胶质瘤,还是低级别胶质瘤,lncRNA RGMB-AS1高表达病人PFS和OS较低表达病人均明显缩短（P<0.05）。结论 lncRNA RGMB-AS1表达水平与脑胶质瘤病例级别呈正相关,lncRNA RGMB-AS1高表达脑胶质瘤病人生存期较低表达病人明显缩短。这提示lncRNA RGMB-AS1表达水平可作为脑胶质瘤病人预后评估指标。