登革热病毒RNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的 建立TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,测定登革热病毒(DV)及DV病毒的RNA拷贝数.方法 利用TaqMan探针,建立实时荧光定量RT-PCR方法,通过对登革热病毒RNA定量外标准品的定量分析,优化反应体系.检测TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性.结果 该方法检测灵敏度可达1×103 copies/mL,特异性及重复性良好,对同一样品进行5次重复检测,其循环阈值的平均标准偏差为O.792.结论 TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定登革热病毒及DV RNA载量.     

实时荧光定量RT-PCR在麻疹病毒检测中的应用价值

目的探讨实时荧光定量RT-PCR在麻疹病毒检测中的应用价值。方法选取2015年10月至2017年3月淮阳县疾病预防控制中心收治的280例疑似麻疹患者,所有患者均接受酶联免疫吸附试验(ELISA)与实时荧光定量RTPCR检测,对比两种检测方法的阳性率。结果 280例疑似麻疹患者中,经实时荧光定量RT-PCR检测咽拭子中麻疹病毒核酸阳性的有166例,阳性率为59.29%;ELISA法检测出血清麻疹Ig M阳性的有139例,阳性率为49.64%。实时荧光定量RT-PCR检测阳性率较ELISA法高,差异有统计学意义(P<0.05)。出疹当天标本的实时荧光定量RT-PCR阳性率为56.52%,ELISA法检测阳性率为17.39%。随着时间的推移,ELISA法检测阳性率不断上升,而实时荧光定量RT-PCR检测在第4天开始逐渐下降。实时荧光定量RT-PCR对出疹2 d内标本检测阳性率较ELISA法高,差异有统计学意义(P<0.05);对于出疹后2 d及2 d以上的标本,两种检测方法阳性率对比,差异无统计学意义(P>0.05)。结论实时荧光定量RT-PCR在麻疹病毒检测中具有较高应用价值,可早期诊断麻疹病毒,是一种安全、可靠的检测方式。     

荧光定量RT-PCR在检测流感病毒中的应用

流感病毒(influenza virus)是一类具有高度传染性的呼吸道病毒,是线状单股负链RNA病毒,根据核蛋白和基质蛋白的抗原性,流感病毒可以分为甲(A)、乙(B)、丙(C)3种类型.甲型流感病毒基因经常发生突变,造成不同程度的季节性流感流行和流感大流行[1].     

荧光定量RT-PCR在轮状病毒检测中的应用

目的:建立轮状病毒的荧光定量RT-PCR检测方法,用于检测临床腹泻样本。方法:使用Taqman探针技术,建立轮状病毒VP6特异的荧光定量RT-PCR体系。与WHO推荐的轮状病毒检测方法ELISA平行检测,对该体系的检测范围、灵敏度、特异性等参数进行评价。并将该体系用于临床腹泻样本。结果:该荧光定量RT-PCR体系具有高度灵敏度和特异性,线性范围宽,最低可检出1TCID50/ml。对113份临床腹泻样本的平行检测结果显示,该荧光定量RT-PCR体系与ELISA的检出率差异无统计学意义(χ2=0.41,P>0.5),可同样用于临床样本检测。结论:成功建立了轮状病毒荧光定量RT-PCR体系,该体系灵敏、特异、重复性好,可用于临床检测。     

荧光定量RT-PCR技术在评估肿瘤化疗敏感性中的应用进展

荧光定量RT-PCR技术是目前检测组织中mRNA表达水平的一种最新的分子生物学技术。通过荧光定量RT-PCR技术检测肿瘤化疗过程中靶mRNA的动态变化可能为评估肿瘤化疗敏感性另辟蹊径,现综述荧光定量RT-PCR技术在评估肿瘤化疗敏感性研究中的应用进展。     

阿尼昂尼昂病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的 建立阿尼昂尼昂病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法.方法 针对阿尼昂尼昂病毒nsP1基因设计特异性引物和探针,以珠海国际旅行卫生保健中心之前构建的MS2病毒样颗粒为标准品,采用一步法建立实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对该方法的检测下限、特异性、精密度、抗干扰能力、符合率进行评价.结果 建立的阿尼昂尼昂病毒实...     

PD-L1基因实时荧光定量RT-PCR法的建立及在大鼠肝移植中的应用

目的 建立real-time RT-qPCR(实时荧光定量RT-PCR)检测大鼠PD-L1的方法,应用该方法检测大鼠移植肝中PD-L1 mRNA的水平.方法 两袖套法复制大鼠肝移植耐受组(BN→BN)及排斥组( LEW→BN)模型,术后7d处死受体,检测肝功能ALT和AST水平,HE染色病理分析排斥程度,Trizol法提取移植肝总RNA并反转录为cDNA;选β-actin作为内参,复制SYBR Green I real-time RT-qPCR检测法.利用该方法检测移植肝中PD-L1和β-actin的初始模板量,PD-L1/β-actin计算PD-L1 mRNA的相对表达量.结果 异基因LEW→BN组出现急性排斥反应,ALT、AST排斥组均高于耐受组(均P＜0.05).RAI评分排斥组高于耐受组(均P ＜0.05).PD-L1扩增效率为98.8％,相关系数为0.996;溶解曲线为特异单峰;变异系数小于2.0％;移植肝中PD-L1 mRNA相对表达为耐受组[(0.95±0.10)×10-2]高于排斥组[(0.81±0.09)×10-2],差异有统计学意义(t=2.62,P=0.026).结论 成功建立了大鼠源PD-L1的real-time RT-qPCR检测方法,耐受组PD-L1的高表达提示其可能有利于大鼠移植肝的存活,为研究肝移植免疫耐受奠定了理论基础.     

人FHIT基因实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的：建立检测人脆性组氨酸三联体（fragile histidine triad,FHIT）基因的荧光定量RT-PCR方法。方法：根据GenBank中人FHIT基因序列,在保守区设计合成一对特异引物,将PCR扩增得到的FHIT基因克隆至PMD18-T载体上,构建的重组质粒标准品倍比稀释后运用SYBR Green I染料法绘制标准曲线,并进行融解曲线分析。结果：FHIT基因的标准品稀释度在1×107～1×103copies/μl范围内具有良好的线性关系,Ct值线性范围为14.28～28.36,相关系数为0.998,融解曲线分析表明,产物为特异的单峰,Tm为92.3±0.1℃。结论：建立了人FHIT基因实时荧光定量RT-PCR方法,为在mRNA水平对人FHIT的定量分析奠定了基础。     

实时荧光RT-PCR定量检测BRMS1基因表达

目的建立一种实时荧光RT-PCR定量检测乳腺组织中BRMS1mRNA表达水平的方法。方法采明逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增目的基因片段,并实时检测产物的荧光强度,根据标准品建立的标准曲线,计算出待测样本中BRMS1mRNA含量,并以BRMS1mRNA与GAPDHmRNA的比值作为BRMS1mRNA的表达水平。结果实时荧光RT-PCR检测BRMS1及GAPDH的线性范围为4×102-4×108拷贝/μl。批内和批间变异系数分别为3.9%-4.6%和4.8%-5.5%。BRMS1mRNA表达范围为0-1.65.结论实时荧光定量检测BRMS1mRNA含量的方法具有较高的灵敏度和较好的重复性。     

风疹病毒RNA Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法及参考标准的建立

目的建立风疹病毒RNA TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,制备风疹病毒RT-PCR扩增子作为该方法的参考标准品。方法设计引物与探针,优化PCR条件,建立风疹病毒RNA实时荧光定量RT-PCR方法,并制备风疹病毒RT-PCR扩增子作为该方法的参考标准品。结果制备的风疹病毒特异性扩增子参考标准品为503 bp的片断,原液浓度为2.75×109copies/μl,纯度为92%;采用该特异性扩增子参考标准品建立的标准曲线相关系数r为-0.9993（r2=0.9986）,P〈0.001。结论本研究建立的风疹病毒特异性扩增子参考标准品稳定性好,纯度高;特异性扩增子参考标准品浓度的对数值与Ct值之间具有良好的线性关系,证实了本研究建立的风疹病毒RNATaqMan实时荧光定量RT-PCR方法定量的准确性。因而,建立的风疹病毒RNA实时荧光定量RT-PCR方法简便快捷、定量准确,可用于临床标本中风疹病毒RNA的定量检测。     

结合内标的小鼠诺如病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

目的 建立一种快速、特异、敏感的荧光定量RT-PCR检测方法,用于小鼠诺如病毒（Murine Norovirus,MNV）的检测。方法 根据MNV ORF1-ORF2结合区域中保守序列设计一对特异性引物和Taqman探针,同时设计和制备了内标用于监控假阴性,建立含有内标的荧光定量RT-PCR检测体系,通过优化,得到最佳反应体系和反应条件;构建质粒标准品并以之为模板绘制标准曲线;进行特异性、敏感性和重复性试验,最后用建立的方法检测344份小鼠临床样本,验证在临床应用中的效果。结果 该方法特异性强,与小鼠肝炎病毒、小鼠脑脊髓炎病毒、仙台病毒、小鼠肺炎病毒、呼肠孤病毒Ⅲ型、出血热病毒和淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒不发生交叉反应。构建的荧光定量标准曲线Ct值与模板浓度呈良好的线性关系相关系数R2＝0.9986,可以检测到10拷贝/μL的质粒标准品,对MNV活病毒检测可检测到1.78?0-2 TCID50/mL的病毒,检测灵敏度比常规RT-PCR高10倍,比病毒分离高100倍。对5份样品进行5次批内和批间重复检测,检测结果变异系数均小于2%。通过对344份临床样品检测,检测到阳性样品103份,阳性率29.94%。有5份样本结果为假阴性。 结论 本研究建立的MNV荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,由于加入了内标, 能有效地监控假阴性的出现,适合用于MNV日常监测、临床诊断和流行病学调查。     

实时荧光定量TaqMan-PCR检测小鼠多瘤病毒方法的建立

目的 建立一种快速、特异、敏感的小鼠多瘤病毒 (murine polyomavirus, MPyV)荧光定量 TaqMan PCR检测方法, 用于MPyV核酸的检测。 方法 根据GenBank中小鼠多瘤病毒基因组序列设计了一对特异性引物及TaqMan探针, 扩增长度为69 bp的片段, 通过优化反应体系和反应条件, 对构建的重组质粒标准品进行检测, 并绘制标准曲线, 进行特异性、敏感性和重复性试验。最后用建立的方法对人工感染MPyV的肺脏、脾脏和粪便, 及86 份小鼠临床样本进行检测, 验证在临床应用中的效果。 结果 所建立的检测方法特异性强, 只能在小鼠多瘤病毒DNA中检出荧光信号, 检测灵敏度达到100拷贝, 批内和批间重复性好, 检测结果变异系数(CV)均小于1.13%, 人工感染MPyV小鼠的肺脏、脾脏和粪便均为阳性, 对86份临床样本进行检测, 有3份样本呈阳性(阳性率为3.5%)。 结论 建立的MPyV荧光定量TaqMan-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好, 适合用于MPyV临床诊断、日常监测和流行病学调查。     

实时定量RT-PCR评价小鼠胸腺功能和状态方法的建立

目的建立实时定量RT-PCR的分析方法，对胸腺微环境内的相关基因的表达进行准确的定性和定量，以分析胸腺微环境及其中细胞的状态，直接有效地评价胸腺功能和状态。方法提取小鼠胸腺淋巴细胞RNA；逆转录成为cDNA；PCR扩增目的片段；优化PCR体系；进行实时定量RT-PCR反应，建立扩增曲线；反应结束后，设定阈值，软件输出α值；根据比较α值法公式，获得不同处理组间相关基因表达比值。结果实时定量RT-PCR的扩增曲线为S型的动力学曲线，熔解曲线为单一峰，证实反应的准确性和特异性；36周小鼠相对于1周小鼠的胸腺相关基因表达变化比值为：LMO22．54±0．08、Foxnl0．68±0．02、IL-70．15±0．03。结论36周小鼠发生了胸腺衰老，胸腺的功能和状态均出现退化；本研究成功建立利用实时定量RT-PCR评价小鼠胸腺功能和状态方法。     

实时荧光定量PCR在肝炎检测中的应用

目的:探讨实时荧光定量PCR在肝炎尤其是乙型肝炎(乙肝)检测中的应用。方法:对450例急、慢性乙肝患者,采用经酶联免疫吸附试验检测血清,并按血清学标志分为三组,并对所用患者血清实时荧光定量PCR检测。结果:不同血清学标志模式的实时荧光定量PCR检测阳性率分别为95.95%、31.47%、52.20%,三组之间差异均有统计学意义(P<0.01)。结论:实时荧光栋梁PCR检测可以为乙肝病毒感染诊断、治疗及预后判断提供客观依据。但对于病毒非复制感染不能有效检测,不可在肝炎检测中完全替代血清标志物检测。     

实时荧光定量PCR在念珠菌研究中的应用

念珠菌作为院内感染的常见机会性致病菌,实时荧光定量PCR技术已应用于念珠菌临床快速诊断、基因分型、耐药等研究。实时荧光定量PCR技术以灵敏、快速、安全、准确、高通量等特性,不仅在分子生物学领域作为常规的分析检测方法,而且在医院临床标本病原体的检测、遗传性疾病的诊断、检疫、法医学标本的鉴定等领域也逐步得到了广泛运用。     

实时荧光定量PCR在献血员筛检中的应用

我科2002年1月至2003年12月在部队进行无偿献血5 260人次,其中125人份不合格.作者将其中ALT单项不合格的75份标本进行了 HBV-DNA实时荧光定量PCR检测分析,阳性率达4.0%.现报告如下.     

实时荧光RT-PCR法在手足口病患儿病原检测中的应用

目的:了解核酸检测(RT-PCR)法在抚顺市手足口病患儿病原谱调查中的应用价值,为疾病防控提供依据。方法:在全市范围内收集2013年和2014年疑似手足口病患儿咽拭子、肛拭子标本,使用人肠道病毒通用引物、肠道病毒71型(EV71)引物和萨奇病毒A组16型(Cox A16)引物,采用实时荧光RT-PCR方法进行病原核酸检测。结果:2013年检测标本461份,其中EV71阳性16份,Cox A16阳性316份,其他肠道病毒阳性46份。2014年检测标本253份,其中EV71阳性112份,Cox A16阳性57份,其他肠道病毒阳性35份。两年标本肠道阳性率平均为81.51%,其中EV71型和Cox A16型占阳性标本总数的86.08%。结论:实时荧光RT-PCR方法因具有操作简便、快速和特异性高的优点,非常适合于手足口病患儿病毒核酸的快速分型。EV71型和Cox A16型肠道病毒是抚顺市近两年引起手足口病患儿感染的主要病原体。     

实时荧光定量RT-PCR分析直肠癌PPARδ的表达及意义

目的 分析人直肠癌组织过氧化物酶体增殖物活化受体δ基因(PPARδ)的表达变化及其与直肠癌临床病理特征的关系.方法 选取手术切除的直肠癌标本86例,以癌旁正常粘膜为对照,采用实时荧光定量RT-PCR对PPARδ mRNA作定量分析.结果 48例(55.8%)直肠癌组织PPARδ表达上调,其中39例(81.3%)上调1.5～5.0倍, 5例(10.4%)上调10～20倍, 4例(8.3%)大于20倍, 与对照组相比,两组间差异无统计学意义(P=0.083).PPARδ的表达与直肠癌分化程度、病理类型及Dukes分期无相关性(P＞0.05).结论 直肠癌组织中PPARδ基因的表达无显著上调,并且与直肠癌分化程度、病理类型及Dukes分期无关.     

TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测外周血CK19 mRNA

目的:应用TaqMan实时荧光定量RT-PCR技术,建立定量检测CK19 mRNA的方法. 方法:采用RT-PCR从胃癌细胞中克隆CK19片段(230 bp),装入pMD 18-T Simple载体.纯化质粒,制备荧光定量PCR标准品.应用LightCycle荧光定量PCR仪检测标准品、30例正常人外周血和5例肿瘤组织CK19 mRNA. 结果:PCR扩增及测序均证实CK19 cDNA片段重组到pMD 18-T载体上,建立了稳定的检测CK19 mRNA的标准,即设定CT值在35个循环之内,检测结果低于100个拷贝数量级为阴性标本.结论:采用TaqMan实时荧光定量RT-PCR技术检测外周血CK19 mRNA是一种稳定可靠的方法.     

双重实时荧光RT-PCR法检测肠道病毒方法的建立及应用

目的 建立检测肠道病毒(EV)和肠道病毒71型(EV71)的双重实时荧光RT-PCR法.方法 设计特异性引物和探针,建立双重实时荧光RT-PCR反应体系,绘制标准曲线,对该方法的灵敏度、精密度等进行评价.收集109例临床手足口病患者粪便和咽拭子标本用该法进行检测,并与EV71商品化试剂盒检测结果进行比较.结果 双重荧光PCR法建立的EV和EV71标准曲线相关系数(r)均为0.998;该法检测EV和EV71的灵敏度分别达到0.5 TCID50/mL和0.05 TCID50/mL;检测EV和EV71的批内精密度均小于3％,总精密度均小于或等于4％;对肠道病毒及其他人类非肠道病毒进行检测,显示了良好的特异性.109例临床样本用该法检测出84例EV病毒阳性样本,其中EV71阳性56例,EV71总阳性率为51.4％;与单重荧光PCR商品化试剂盒的检测结果完全一致(P=1.000).结论 建立的双重实时荧光RT-PCR法灵敏度高、稳定性好,对手足口病的早期高通量快速诊断具有重要意义.