MALDI-TOF MS鉴定酵母菌应用评价

目的 评估MALDI-TOF MS鉴定酵母菌的能力.方法 分别用VITEK MS和API ID 32C系统同时鉴定387株临床分离酵母菌.以ITS测序结果作为比较标准.比较MALDI-TOF MS、API ID 32C 结果准确率.结果 VITEK MS鉴定酵母菌准确率为97.7%,API ID 32C 鉴定准确率为93.0%,差异有统计学意义(X2=9.439,P=0.002);MALDI-TOF与ITS测序相比,差异无统计学意义.结论 MALDI-TOF可对临床常见酵母菌快速、准确鉴定到种.     

MALDI-TOF MS直接鉴定腹水培养阳性样本的研究

目的 探讨用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)直接鉴定腹水培养阳性病原菌的方法.方法 收集2016年9～11月培养阳性的腹水标本202瓶,差速离心法富集菌体,利用MALDI-TOF MS对菌液进行直接鉴定.结果 202瓶样本中,196瓶为单菌株感染,6瓶为混合菌感染.单菌株感染中,菌株的种、属鉴定符合率分别为77.6％和93.4％.其中革兰阴性菌的种、属鉴定符合率为75.9％和91.1％;革兰阳性菌的种、属鉴定符合率为80.2％和95.3％;真菌的菌种、属鉴定符合率为12.5％和50.0％.6瓶混合菌感染样本,均鉴定出其中一种菌.结论 利用MALDI-TOF MS直接鉴定腹水培养阳性样本中的病原菌,鉴定准确率高,检测时间短,为腹腔感染的快速诊断提供了有力的检测手段.     

迟缓埃格特菌的MALDI-TOF MS和16S rRNA鉴定及生物学特征研究

目的 鉴定两株迟缓埃格特菌临床分离株.方法 选取两株厌氧血培养瓶培养出的分离菌株,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)和革兰染色鉴定分离株,药敏实验采用琼脂稀释法.同时提取菌株基因组DNA,选用16S rRNA通用引物进行PCR扩增,回收和纯化产物后进行测序,与GeneBank数据库中已知菌...     

基于MALDI-TOF MS检测肺泡灌洗液病原菌分布和耐药性分析

目的 了解呼吸危重症医学科和重症监护病房(Intensive care unit,ICU)肺部疾病患者支气管肺泡灌洗液(Bronchoalveolar lavage fluid,BALF)病原菌种类及其耐药性。方法 回顾性分析2017年1月～2018年12月我院呼吸危重症医学科和ICU肺部疾病患者BALF分离的病原菌种类及耐药性情况。采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)对病原菌进行鉴定。结果 BALF阳性检出率为17.80%(162/910),共分离培养出病原菌191株,其中真菌98株(51.31%),以念珠菌、曲霉菌和新生隐球菌为主;革兰阴性杆菌共90株(47.12%),以鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌为主,多药耐药鲍曼不动杆菌对亚胺培南和美罗培南的耐药率均为58.33%,对头孢哌酮/舒巴坦和替加环素的耐药率分别为45.83%、16.67%,对哌拉西林/他唑巴坦及头孢类药物的耐药率均大于54.0%。其他革兰阴性杆菌对常用抗菌药物的耐药率不高。结论 基于MALDI-TOF MS鉴定的BALF病原菌种类多样,以真菌和革兰阴性杆菌为主,其中鲍曼不动杆菌多药耐药现象严重。病原菌的准确鉴定和敏感药物使用为临床提供治疗依据。     

MALDI-TOF MS技术在鉴定临床少见非发酵菌中的应用

摘要：目的  评价基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）技术在快速鉴定临床少见非发酵菌中的应用价值。方法  选取2013年7月-2016年10月安徽医科大学第一附属医院检验科分离的67株临床少见非发酵菌,包括痰液分离的21株,尿液分离的13株,血液分离的9株,骨髓液分离的9株,分泌物分离的8株,腹透液分离的2株,脑脊液分离的1株,胆汁分离的1株,其他体液分离的3株。以16S核糖体RNA（16SrRNA）序列分析为金标准,比较MALDI-TOF MS与Vitek2 Compact鉴定系统鉴定的准确性。结果  67株临床少见非发酵菌中,MALDI-TOF MS将66株（98.5%）鉴定到种水平,1株（1.5%）鉴定到属水平;Vitek2 Compact鉴定系统将59株（88.1%）鉴定到种水平,8株（11.9%）未能鉴定;67株少见非发酵菌均扩增到16SrRNA目的基因片段并成功测序,67株（100.0%）都成功鉴定到种水平。以16SrRNA序列分析为金标准,MALDI- TOF MS和Vitek2 Compact鉴定系统正确鉴定到种水平准确性分别为98.5%（66/67）和88.1%（59/67）。结论  与传统的细菌生化反应方法相比,MALDI-TOF MS技术操作简便、耗时短、费用低,鉴定结果与16SrRNA序列分析的符合率高,可以提高临床对少见非发酵菌鉴定的准确率。

     

高原地区Bruker Microflex MS在临床常见细菌中的应用与评价

目的:评价德国布鲁克基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Bruker Microflex MS)对临床常见细菌、酵母菌、丝状真菌的快速鉴定中的应用.方法:本文报告了青海省人民医院医学检验科微生物室引进德国布鲁克质谱仪8个月后临床分离的2968袜细菌采用Bruker Microflex MS技术和常规鉴定(ViTEK 2 compact或API板条或手工鉴定)方法比较,两种方法不一致的菌株采用16S rRNA或ropB测序作为金标准.结果:共得到2968株细菌,细菌鉴定仪鉴定到种的为2683株(90 4％),鉴定到属的为2842株(95.8％).MS种水平的鉴定为2799株(94.3％),鉴定到属的水平为2857株(96.3％).MS与细菌鉴定仪种水平鉴定比较有统计学意义(P=0.000).结论:MS相对于临床微生物其他常用检验技术,检测的是由临床特性决定的,受外界影响较小的独特的蛋白质指纹图谱,故MS技术更准确、直接.     

巴斯德杆菌属CODEHOP PCR检测方法的建立与初步应用

目的建立巴斯德杆菌的CODEHOP PCR快速检测方法,为实验动物的呼吸道细菌的控制提供参考。方法应用CODEHOP在线简并引物设计工具,比对Genbank中13株巴斯德杆菌的RNA聚合酶β亚基(rpo B)氨基酸序列设计简并引物。对建立CODEHOP PCR方法用21株参考菌株进行特异性和敏感性评价,并应用于实验动物中的巴斯德杆菌检测。结果简并引物Past F6/PastR5扩增标准菌株的目的片段为200 bp左右。能够区分受试的巴斯德杆菌和主要的实验动物呼吸道病原菌。敏感性为0.2 pg/μL~2 pg/μL。在受试的609只实验动物中呼吸道样品中检测出巴斯德杆菌阳性率为19.1%。样品阳性片段经测序验证,准确率为100%。结论所建立的方法具有良好的特异性和敏感性,可用于动物样品中巴斯德杆菌的检测。     

新生儿吸入性肺炎102例的病原菌分布及耐药性分析

目的 探讨新生儿吸入性肺炎病原菌分布及耐药性.方法 用常规方法对我院儿科新生儿病房培养获得的102株呼吸道病原菌进行鉴定和药敏试验.结果 G 菌36株(占35.3%),其中以金黄色葡萄球菌(15株)、表皮葡萄球菌(13株)和溶血葡萄球菌(5株)为主;G-菌59株(占57.8%),其中以大肠埃希氏菌(27株)、肺炎克雷伯氏菌(21株)和鲍曼不动杆菌(7株)为主;真菌7株(占6.9%).耐甲氧西林金黄葡萄球菌(MRSA)3株,占金黄色葡萄球菌的20%.产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的大肠埃希氏菌占40.7%,产ESBLs菌株肺炎克雷伯菌占42.9%.结论 及时检测病原菌,并对耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌株和ESBLs菌株进行监测,有利于临床医师合理使用抗生素,减少耐药菌株产生,缩短病程.     

基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术早期筛查耐万古霉素屎肠球菌

目的探讨基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)快速筛查耐万古霉素屎肠球菌(vancomycin resistant enterococcus faecium,VRE)。方法收集2009至2012年临床分离的150株屎肠球菌为研究对象。其中实验组为60株万古霉素耐药屎肠球菌,对照组为90株万古霉素敏感屎肠球菌(vancomycin susceptible enterococcusfaecium,VSE)。通过PCR方法对所有菌株进行万古霉素耐药基因检测。应用MALDITOF MS检测2组菌株,随机选取实验组30株VRE和对照组30株VSE的质谱峰,应用ClinPro Tools软件统计分析两组之间差异质谱峰的受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线。用筛选的差异质谱峰来鉴别余下的实验组30株VRE及对照组60株VSE。结果 MALDI-TOF MS鉴定所有菌株均为屎肠球菌,60株VRE均携带vanA基因,90株VSE不携带任何万古霉素耐药基因,两组菌株之间存在2个差异蛋白质谱峰,相对分子质量分别为3 516.14和3 644.12,其曲线下面积(area under curve,AUC)分别为0.782、0.767。同时采用这2个质谱峰时,MALDI-TOF MS检测VRE的敏感度为80%,特异度为90%,假阳性率为10%,假阴性率为10%,阳性预测值为80%,阴性预测值为90%。结论 MALDI-TOF MS能够在药敏结果报告前,菌株鉴定同时快速筛查VRE,据此建立新型报告流程即时指导临床合理使用抗生素。     

利用AFLP方法研究嗜肺巴斯德杆菌的遗传多态性

目的针对嗜肺巴斯德杆菌分类变更及其在实验动物中感染率高的问题,建立该菌的快速基因分型方法,为其检测方法的修订及有效控制提供支撑。方法利用扩增片段长度多态性方法(AFLP),对实验动物中分离的314株嗜肺巴斯德杆菌及2株标准菌株进行遗传多态性及分子流行病学分析。结果 AFLP方法将受试分离株共分为了11个基因簇、190个基因型,多态性条带主要有31～36条,辛普森多样性指数0. 992。基因簇AC7为北京地区的主要流行群。结论本研究表明北京地区实验动物中的嗜肺巴斯德杆菌基因型丰富,2株标准菌株所在的基因簇在多态性上有明显区别。某些不同来源动物存在交叉污染、污染源多,以及长期污染的情况。     

4925株医院感染细菌分布及耐药性分析

目的 分析4 925株临床分离病原菌的分布及耐药性,为临床合理使用抗菌药物提供依据.方法 采集2009年1～12月医院感染的各种标本,常规分离、培养,采用VITEK-2全自动细菌分析系统进行细菌鉴定及药敏测定,以美国临床实验室标准化研究所(CLSI)2008年版为判断标准,应用WHONET5.4软件进行数据分析.结果 革兰阴性杆菌3 395株(68.9%);革兰阳性球菌1 530株(31.1%).出现产碳青霉烯酶的肺炎克雷伯菌(KPC)、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌泛耐药菌株.结论 临床常见病原菌中以革兰阴性杆菌为主,碳青霉烯类抗生素对肠杆菌科细菌仍保持最高活性.临床病原菌耐药性比较严重,应加强监测,指导临床合理使用抗菌药物.     

2009-2011年本院病原菌分布及药物敏感性变化

目的了解2009-2011年辽宁医学院附属第一医院病原菌的分布及抗生素敏感性变化趋势。方法回顾性分析2009年1月-2011年12月临床各类标本分离的3 947株病原菌,进行分布构成比情况及药物敏感性分析。分离所得菌株用美国德灵公司Microscan-walkaway96全自动微生物鉴定仪进行菌株鉴定和药敏实验。结果在分离的3 947株病原菌中,革兰阴性菌3 169株（80.3%）,革兰阳性菌778株（19.7%）。大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌为主要的革兰阴性病原菌。大肠埃希杆菌、肺炎克雷伯杆菌产超广谱β-内酰胺酶（extended spectrum beta-lactamases,ESBLs）率分别为55%、45%。金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌为主要的革兰阳性病原菌。未检出对万古霉素耐药的葡萄球菌,耐甲氧西林金黄色葡球菌上升趋势明显。结论 2009-2011年病原菌分布变化明显,抗菌药物敏感性下降,临床科室应依据药敏实验结果合理选择抗生素。     

基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱在鼠伤寒沙门菌同源性分析中的应用价值

目的:研究基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)在鼠伤寒沙门菌同源性分析中的应用价值.方法:利用MALDI-TOF MS对分离于广州市的44株鼠伤寒沙门菌进行分型,与脉冲场凝胶电泳分型(PFGE)进行比较,并分析主要质谱型的质谱图.结果:对PFGE结果聚类分析可以将44株鼠伤寒沙门菌分为15型.在聚类相似度为80%时,44株鼠伤寒沙门菌被分为8个MALDI-TOF MS型,与PFGE分型较一致.其中MS1型(52.3%)为主要的质谱型,MS1型包含多个PFGE型.结论:MALDI-TOF MS方法分型结果显示了广州市鼠伤寒沙门菌相对集中的亲缘关系,是一种简便、快速、高通量的方法.     

小儿下呼吸道感染的病原菌及耐药性临床分析

目的:临床总结小儿下呼吸道感染的病原菌及其耐药性.方法:对2008年10月～2010年2月收治的366例下呼吸道感染患儿的痰液标本经分离培养,做菌株鉴定和药敏试验.结果:分离培养出病原菌715株,总阳性率40.6%.其中革兰阴性菌448株(62.7%),革兰阳性菌148株(20.7%),真菌119株(16.6%).革兰阴性菌较敏感的抗生素为亚胺培南、丁胺卡那霉素、环丙沙星、哌拉西林/他唑巴坦和头孢哌酮/舒巴坦;除铜绿假单胞菌对复方新诺明的耐药率100%外,铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌对各种抗生素的耐药性均较低.革兰阳性菌中以肺炎链球和金黄色葡萄球菌为主.肺炎链球菌对青霉的耐药率达到71.1%,对环丙沙星和万古霉素敏感,耐药率0.金黄色葡萄球菌中耐甲氧西林金葡萄(MRSA)18.8%(9/50),对环丙沙星、左旋氧氟沙星和万古霉素敏感.结论:小儿下呼吸道感染的病原菌以革兰阴性菌为主,肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌为主要病原菌.对抗生素的耐药性较强,临床上应该注意对这些菌株的检测,积极防治.     

医院内感染病原菌的分布及耐药状况分析

目的：了解医院内感染病原菌的分布及耐药状况,为临床合理用药提供依据。方法常规培养分离鉴定,应用VITEKI和phoenix100全自动细菌鉴定分析仪系统鉴定菌株;药敏试验采用K-B纸片扩散法,根据CLSI规定的标准进行。结果2013年共检出6681株病原菌,临床分离的细菌主要以革兰阴性菌为主,大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌为分离菌株的前五位,分离率分别为17.2%、14.19%、13.31%、12.26%、9.52%,产ESBLs的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌分离率分别为56.94%、41.53%;耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)分离率为59.18%。检出耐万古霉素、耐利奈唑胺的金黄色葡萄球菌各1株。结论大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌和金黄色葡萄球仍是临床院内感染的重要病原菌,且对多种抗生素都处于比较高水平的耐药率,有逐年升高的趋势。临床微生物实验室应加强医院内重要感染病原菌的耐药性检测,临床应根据药敏结果和患者自身的感染状况制定出合理的个性化治疗方案,并高度重视多药耐药菌感染者的有效隔离,以防控耐药菌的扩散和流行。     

MALDI-TOF MS在碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌流行病学分析方面的应用

[摘要]目的：用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 （Matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS）检测碳青霉烯耐药的肺炎克雷伯菌(Carbapenem - resistant Klebsiella pneumoniae, CRKP)同源性,并与脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis PFGE)和多位点序列分型(multilocus sequence typing MLST)两种检测方法进行对比,探讨质谱在日常工作中的应用价值。方法：选取2017年10月至2017年12月我院患者分离的以及ICU环境采集的碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌10株,检测八种耐药基因：blaTEM 、blaSHV 、blaCTX-M、 blaKPC 、 blaIMP、 blaNDM 、blaVIM、blaOXA 。采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)和质谱（MALDI-TOF MS）三种方法对这些菌株进行同源性分析,比较分析结果。结果：PFGE证实10株CRKP均为同一克隆株的传播,ST型同属于ST11。MALDI-TOF MS经过对细菌进行聚类分析和主成分分析可以区分不同型别肺炎克雷伯菌,对同型肺炎克雷伯菌的同源性检测在80%左右。结论：MALDI-TOF MS在肺炎克雷伯菌的同源性检测方面可以应用于院内爆发局部感染的监测,与PFGE和MLST两种方法检测结果一致,但需要尽快建立规范的判断标准。     

腹腔引流液病原菌分布及优势菌耐药性分析

目的:分析腹腔引流液中常见病原菌的分布及其耐药性,以指导临床合理用药.方法:用Vitek细菌鉴定及药敏分析系统对腹腔引流液中病原菌进行鉴定和药敏测试,对实验结果进行统计分析.结果:在115株菌株中,以G-杆菌为主(58.3%),其次为G+球菌(27.8%)和真菌(13.9%).大肠埃希菌、肠球菌属是腹腔引流液的优势菌....     

2010年临床腹腔感染患者病原菌的分布及耐药性分析

目的 了解我院2010年腹腔感染的病原菌分布情况及其耐药性.方法 应用VITEK-2 Compact全自动细菌鉴定仪进行细菌鉴定,采用微量肉汤稀释法进行药物敏感试验.结果 共分离菌株242株,其中革兰阳性球菌80株(33.1%),革兰阴性杆菌146株(60.3%),真菌16株(6.6%);分离率最高的前5位病原菌为大肠埃希菌(71株,29.3%)、屎肠球菌(26株,10.7%)、肺炎克雷伯菌(21株,8.6%)、铜绿假单胞菌(16株,6.6%)和表皮葡萄球菌(13株,5.4%).大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)阳性菌分别为34株、4株.耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)和凝固酶阴性葡萄球菌(MRCNS)分别为5株、15株.结论 我院腹腔感染主要病原菌以大肠埃希菌为代表的革兰阴性菌为主,肠球菌和葡萄球菌为革兰阳性菌中的主要致病菌.细菌耐药形势仍很严峻,应采取更加积极有效的措施控制耐药菌的增多与传播.     

血流感染病原菌分布、耐药性及与降钙素原相关性分析

目的:探讨血培养病原菌的分布及药敏特点,分析血流感染患者降钙素原(PCT)与非血流感染者的差别。方法:收集住院患者血培养阳性标本所分离的病原菌,鉴定菌株,并进行药敏试验;同时以血培养阳性患者为感染组,350例血培养阴性患者作为对照组,检测并比较两者PCT结果。结果:共分离病原菌472株,革兰阴性杆菌278株(58.9%),其中马耳他布鲁菌21株;革兰阳性球菌176株(37.2%);念珠菌18株(3.8%)。大肠埃希菌产ESBLs菌株58株(54.7%),肺炎克雷伯菌产ESBLs菌株20株(45.5%);MRCNS的41株(45.5%),MRSA的4株(18.2%),两者均无对利奈唑安、替考拉宁、万古霉素耐药菌株。感染组PCT为(6.21±5.62)μg/L高于对照组PCT的(0.26±0.17)μg/L(P<0.01)。结论:血培养病原菌分布呈多样性,革兰阴性菌多于革兰阳性菌,并且具有地域特色;细菌多重耐药率高,主要以产ESBLs阴性杆菌及耐甲氧西林的葡萄球菌为主;感染组PCT结果明显高于对照组。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱快速检测产超广谱β内酰胺酶肺炎克雷伯菌的研究

随机收集54株产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)和24株对头孢菌素类抗生素敏感的肺炎克雷伯菌,通过PCR筛选ESBLs基因型,细菌与含有一定浓度的抗生素共同孵育一定时间后,通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MAL-DI-TOF MS)检测抗生素水解产物的特征峰.头孢噻肟与头孢曲松水解试验分别在反应1h与2h后,能够很好地鉴别产ESBLs的肺炎克雷伯菌;与ESBLs基因型检测相比,特异性为100％,敏感性为96.3％.MALDI-TOF MS在临床上能够快速准确鉴定病原菌,并且在细菌耐药性检测方面具有巨大潜力,MALDI-TOF MS酶解法能够快速检测产ESBLs肺炎克雷伯菌.