海南省HIV-1基因亚型分析

目的 分析海南省人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)基因亚型,监测HIV毒株的流行状况.方法 从88份HIV-1抗体阳性的血浆中提取RNA,逆转录后采用PCR法扩增HIV-1基因序列中的env及pol基因,对扩增产物进行核苷酸序列测定,经比对分析而确定基因亚型.构建最大似然(ML)进化树,分析感染者间的传播链.结果 88份样品中,有83份样品被扩增出HIV-1的env及pol基因片段;共发现6种HIV-1亚型和重组型,其中CRF01-AE亚型70份,B'亚型8份,C亚型2份,B亚型和CRF08-BC、CRF01-AE/B'重组亚型各1份.在ML进化树上83份样品分成4个传播群(66/83)和非传播群(17/83),其中传播群1最庞大(59/83).结论 海南省HIV/AIDS的HIV-1基因亚型至少有6种,其中CRF01-AE为主要亚型,占84.33%(70/83),主要分布在静脉吸毒者及其性伴侣之间,形成了一个庞大的传播群.其次为B'亚型(9.6%).另外的4种亚型(6%)仅见单个病例.提示海南省静脉吸毒为主要的感染途径(67.5%);经性接触传播的亚型种类复杂多样,包括本次检出的全部亚型和重组株.     

大连地区HIV-1 CRF01_AE亚型株基因特征分析

目的了解大连地区HIV-1 CRF 01_AE亚型株的基因特征及其可能传播链。方法对2008—2012年新确认144份全血标本进行血浆分离和HIV RNA提取,巢式PCR扩增Env基因并进行序列测定,并对CRF 01_AE亚型毒株序列进行生物信息学分析。结果得到的HIV感染者有效基因序列中,CRF 01_AE亚型占62.14%(64/103),所有病例均为性接触途径传播。系统进化树分析大连CRF 01_AE存在2个簇,分别以男男同性传播和异性传播毒株为主,其中男男同性性接触人群(MSM)簇组内平均基因离散率小于异性性接触者(Hetero)簇;与其他地区的CRF 01_AE亚型株构建的系统进化树显示2簇内均无其他国家序列,MSM簇与辽宁(除大连地区,下同)、北京和吉林MSM人群的CRF 01_AE亚型株位于同一分支,Hetero簇毒株则与辽宁、北京的MSM流行株及东南沿海地区异性传播CRF 01_AE亚型株遗传距离相近。结论大连市HIV-1 CRF 01_AE株主要通过性接触传播,男男同性传播毒株占主导优势,毒株传入大连时间晚于异性性接触者簇流行株;MSM存在2个以上传播链,与北方部分地区MSM人群中CRF 01_AE亚型株存在多次传播。     

湖州市不同感染人群HIV-1流行毒株亚型分析

目的了解湖州市HIV-1型流行毒株的基因型分布情况,为艾滋病防治工作提供科学依据。方法采集204份HIV-1型抗体阳性的全血标本,从样本中提取病毒RNA,采用巢式PCR方法扩增病毒gag基因,对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用Clustal W软件对测序结果和HIV分型参考株序列进行多序列比对和分析;使用MEGA 4.0软件进行系统进化分析。结果 204份标本有138份样品扩增出HIV-1的gag基因片段,共存在4种HIV-1亚型和重组型。其中CRF07_BC重组亚型74株(53.62%)、CRF01_AE重组亚型40株(28.99%)、B亚型12株(8.69%)、CRF08_BC重组亚型12株(8.69%)。异性、同性性传播以CRF07_BC和CRF01_AE为主;注射吸毒传播以CRF07_BC为主。结论湖州市不同感染人群中主要存在4种基因亚型,CRF07_BC已成为湖州市不同感染人群中HIV主要流行亚型,重组型毒株占优势,应加强对HIV-1流行毒株亚型变异的监测,及时调整防控策略。     

2011-2013年柳州市部分HIV-1毒株gag基因测定及亚型分析

目的 了解2011-2013年柳州市人类免疫缺陷病毒1（human immunodeficiency virus 1, HIV-1）亚型分布、流行毒株情况。方法 从2011-2013年柳州市HIV-1毒株样本中采用单纯随机抽样方法抽取120株作为研究对象,将120份样本从血浆中抽提核酸RNA,扩增HIV-1 gag基因片段,送至北京六合华大基因科技股份有限公司测序。合格序列利用数据库分析亚型以及利用MEGA5构建系统进化树。结果 得到合格的gag基因片段98条序列。来自gag基因片段的序列分析重组流行毒株（circulate recombinant forms, CRFs）的重组亚型CRF01_AE占95.9%（94/98）,异性传播比例为79.8%（75/94）;重组亚型CRF07_BC占4.1%（4/98）。样本1LZ022和1LZ032,1LZ025和3LZ029的bootstrap值分别为99.0%,100.0%,两两之间传播途径不同。结论 2011-2013年,柳州市HIV-1以重组亚型CRF01_AE为主。柳州市重组亚型CRF01_AE从吸毒人群向异性接触感染人群蔓延。利用系统进化关系结合传播途径,便于分析传染源,为艾滋病干预措施提供有力佐证。     

淮安市艾滋病异性性传播方式及分子流行病学研究

目的了解淮安市经异性性传播感染的HIV/AIDS人群的性传播构成方式以及病毒亚型分布情况。方法对艾滋病病例报告系统中,现住址为淮安市的经异性性传播病例进行面对面问卷调查,内容包括社会人口学特征和高危行为史。从经异性性传播感染的HIV/AIDS病例血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、env基因区片段,测定序列并分析。结果共调查HIV/AIDS病例166例,经商业异性性传播者占38.0%,经婚内或者固定性伴侣性传播者占40.4%,经非婚非商业异性性传播者占21.7%。结合gag和env 2个基因片段,最终确定了103分样本的基因亚型,发现有6种HIV-1亚型和重组型,其中,CRF01_AE占52.4%、CRF07_BC占20.4%、CRF08_BC占11.7%、B'(泰国B)占9.7%、B(欧美B)占3.9%、CRF55_01B占1.9%。结论淮安市HIV经异性性传播方式以经婚内或固定性伴传播为主;感染HIV-1流行株较为复杂,存在6种亚型和重组型,其中CRF01_AE重组型是主要流行株。     

深圳地区1992--2008年HIV-1分子流行病学研究

目的 了解1992-2008年深圳地区HIV-1亚型的流行特点.方法 抽取1992-2008年深圳地区HIV确认阳性患者血清489份,应用巢式PCR扩增膜蛋白基因(env基因),并对PCR产物进行序列测定和分析.结果 共有464份样本获得分型结果,主要为CRF01 AE亚型(64.4％,299/464),其次是CRF BC( 17.5％,81/464)、B'(14.7％,68/464)和B亚型(2.4％,11/464),还发现C(0.4％,2/464)、A1 (0.2％,1/464)、CRF02_AG(0.2％,1/464)和CRF06_cpx (0.2％,1/464)亚型/重组亚型.CRF01 AE和CRF BC主要流行于异性性传播、同性性传播和静脉吸毒人群,B'亚型主要经异性、同性性传播和血液传播.另外经系统进化分析发现,不同时间段的样本出现明显的时间汇聚现象,并伴随传播途径的聚集以及交叉感染现象;各亚型/重组株样本组内及与标准参考株间的基因离散率随着时间的增加有明显增大趋势.结论 CRF01 AE重组株是深圳地区HⅣ-1的主要流行株,CRF_BC、B、B'、C、A1和CRF02_AG、CRF06_cpx亚型/重组亚型也在深圳地区少量流行,各亚型在流行过程中发生较大变异.     

陕西省HIV-Ⅰ流行毒株亚型分析

目的 了解陕西省近年来发现的人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者所携带毒株的基因序列特征、亚型种类和毒株来源以及在各高危人群中的分布,推断其传播来源和流行趋势,为本省艾滋病防治工作提供技术资料.方法 对HIV感染者进行流行病学相关因素调查,无菌采集HIV感染者抗凝全血,提取前病毒DNA,应用套式聚合酶链式反应(nested-PCR)扩增其膜蛋白基因env,对其C2～V3区及邻区的核苷酸序列进行测定,用GCG软件(Wisconsin 公司)进行亚型分析.结果 35份样本PCR扩增阳性并得到相应序列.经基因离散率计算和系统树分析,共发现4种HIV-1基因亚型和重组毒株,即HIV-1 B'、C、CRF01-AE和CRF-BC重组型.其中泰国B'亚型为主要流行株,占82.35%(28/34),主要来源于既往采供血者及其配偶;其次是CRF-BC重组型,占11.77%(4/34),主要来源于吸毒人群:CRF01-AE和C亚型各1份,分别占2.94%,均来自劳务输出的归国人员.该组样本B'亚型内的基因离散率为5.2%(n=23);而CRF-BC亚型内的基因离散率为0.9%(n=3),彼此间显示出较近的传播关系.结论 陕西省HIV-1流行株以泰国B'亚型为主,发生在与既往有偿采供血相关的地区和人群,已有6～7年的流行史;首次在当地吸毒人群中发现HIV-1 CRF-BC重组型,并且显示近期高度流行的趋势.加强对既往有偿献血人群和吸毒人群的行为干预,控制HIV病毒在家庭内和吸毒人群中的传播,将是今后本省艾滋病防治工作重点之一.     

深圳艾滋病病毒1型传播途径及优势流行株分析

目的 分析广东省深圳市艾滋病病毒1型( HIV-1)优势株的亚型特征和传播规律,为正确掌握HIV-1的流行趋势提供帮助.方法 对429例HIV-1阳性的感染者进行流行病学调查和外周血采集,逆转录-聚合酶链反应( RT-PCR)巢式扩增包膜蛋白(env),测序后确定亚型,建立进化树,计算基因离散率.结果 深圳市HIV-1亚型包括01 -AE 、07- BC 、08-BC 、02 -AG 4种重组亚型和B、C2种亚型;其中01 -AE、07-BC和B亚型为主要流行株,分别占51.8％ (207/400) 、28.8％ (115/400)和12.3％ (49/400);08-BC 、C亚型和02-AG在人群中流行较少,分别占3.5％( 14/400)、3.5％ (14/400)和0.3％( 1/400);传播途径以性传播和静脉吸毒传播为主,占感染总数的96.6％( 200/207),其他传播途径仅占3.4％(7/207);异性传播毒株的组内基因离散率最大,为14.3％;同性传播病毒株与异性传播病毒株之间的基因离散率最大,为15.8％;在进化树上,各种传播途径的毒株形成了相对独立的簇,但是存在交叉.结论 01 -AE是深圳地区HIV-1的优势流行株,性传播是主要的传播途径.     

广西HIV-1 CRF01-AE env和gag区快速基因分型方法的建立

[目的]建立一种快速简便的基因分型方法,对广西HIV-1 CRF01-AE毒株env和gag基因区进行亚型鉴定。[方法]从HIV阳性样品中提取核酸,使用HIV-1M组通用引物对env和gag基因区进行第一轮扩增,第二轮则使用CRF01-AE亚型的特异性引物进行扩增,根据扩增的目的带位置来判断亚型。将通用引物扩增出的所有样本进行基因测序以验证结果。[结果]43份CRF01-AE样本中,经env基因区亚型特异性引物PCR法检测得出39份(90.70%),灵敏度为90.70%,而gag基因区亚型特异性引物PCR法检测得出42份(97.34%),灵敏度为97.34%。将基因测序法和亚型特异性引物PCR法的检测结果进行比较,经差异性检验显示两种方法检测结果在两基因区中差异均无统计学意义,env基因区两方法检测结果结果一致者占90.70%。而gag基因区则高达97.34%。重复实验显示env基因区平均重复性为93.80%(61/65),gag基因区为98.30%(59/60)。[结论]该方法是一种简便、快速、低成本,具有高度灵敏性和特异性的HIV-1 CRF01-AE env和gag基因区分型法,能够直接对广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株进行鉴定。     

自愿咨询检测门诊HIV-1新发现感染者治疗前耐药特征和亚型分布

目的 了解主动咨询检测的新发现感染者HIV-1耐药株传播水平和亚型分布,探讨该人群治疗前耐药特征。方法 为某自愿咨询检测(VCT)门诊报病的HIV-1感染者中主动要求耐药检测的新发现感染者提供检测服务。所有样本分离血浆,提取病毒RNA,采用RT-PCR和巢式PCR扩增HIV-1 pol区片段,并提交斯坦福耐药数据库,得到治疗前耐药和传播性耐药情况。以MEGA 11比对序列并构建进化树,得到序列亚型。结果 共纳入新发现HIV感染者61人,均为男性;年龄35岁以下占73.77%,同性性传播占93.44%;职业以商业服务为主,占68.85%,其次是学生,占14.75%。61人中59人成功扩增目的序列,治疗前耐药率为20.33%,传播性耐药率为1.69%。亚型分布以CRF01＿AE为主,占54.24%,其次是CRF07＿BC,占32.20%;CRF55＿01B、CRF67＿BC、CRF68＿BC均有发现。其中4条55＿01B均检测出耐药株,占总亚型的6.78%,位居第一。结论 VCT门诊有利于感染者早发现、早诊断,门诊新发现HIV-1感染者治疗前耐药率较高,应重视治疗前耐药检测,以便制定合适的...     

宁波市男男同性恋人群中HIV-1感染者免疫状况和亚型分布研究

目的研究宁波市男男同性恋(MSM)人群中HIV-1感染者的免疫状况和HIV毒株的亚型分布特点。方法收集宁波市13名已经被确认为HIV-1型阳性的MSM的全血样品,对CD4+T淋巴细胞进行绝对数计数,运用套式PCR方法扩增病毒膜蛋白env基因的C2-V3区并进行序列测定。应用DNASTAR软件对序列和参考序列进行比对分析,确定基因亚型。结果成功获得11条env基因序列,确定1株为B亚型,4株为01_AE流行重组型,6株为07_BC流行重组型。该11例HIV-1阳性全血的CD4+T淋巴细胞绝对数最低106个/μl,最高649个/μl,平均350个/μl。结论本研究表明,宁波市MSM人群中存在多种HIV-1亚型,近半数的感染者免疫状况低下需要抗病毒治疗,流行形势严峻,应加强对该人群免疫状况和HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略。     

我国男男性行为人群艾滋病流行情况及HIV-1基因亚型特征

我国男男性行为(MSM)人群中艾滋病的发病率呈逐年上升趋势,需要引起社会重视.近年来,我国MSM人群中各种新HIV-1独特重组型(URFs)和流行重组型(CRFs)不断被发现,CRF01_AE和CRF07_BC已经成为我国主要的HIV-1流行亚型.及时发现和鉴定各种HIV-1亚型,对预防和控制艾滋病流行具有重大意义.     

男男同性恋人群治疗前HIV-1流行毒株及其变异研究

  目的  了解掌握男男同性恋者(men who have sex with men, MSM)人群治疗前人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(human immunodeficiency virus type one, HIV-1)流行毒株与基因变异特点。  方法  使用In-house方法进行耐药基因型检测,通过系统进化分析和HIV-1耐药数据库比对确定基因型和基因变异情况。  结果  石家庄市MSM人群中共有5种HIV-1基因型毒株在流行,CRF01_AE是最主要流行毒株,占到56.8%(25/44),其次是CRF07_BC 29.5%(13/44),URFs 9.1%(4/44),B亚型2.3%(1/44)和CRF55_01B 2.3%(1/44)。URFs主要包括CRF01_AE/B和CRF01_AE/C两种重组模式。χ2检验显示不同基因型毒株在婚姻状况、年龄和首次CD4+ T淋巴细胞中的分布差异均有统计学意义(均有P < 0.05)。发现1例MSM在HIV-1 NNRT编码区225位点处发生了耐药基因突变(P225H),原发耐药率为2.3%(1/44),可导致依非韦伦(EFV)和奈韦拉平(NVP)中度耐药。  结论  加强MSM人群中HIV-1流行和耐药监测研究对控制本市HIV疫情发展具有重要意义。     

High frequency of HIV-1 infections with multiple HIV-1 strains in men having sex with men (MSM) in Senegal

Circulating and unique recombinant HIV-1 strains continue to be identified and their number increases over time, suggesting that co-infection with multiple HIV-1 is frequent. In this study we analyzed to what extent dual infections with different HIV-1 variants occur in a population group with high risk behaviour, high HIV-1 prevalence and in an area where multiple HIV-1 subtypes and Circulating Recombinant Forms (CRFs) co-circulate. We studied 69 MSM with our recently developed multi-region hybridization assay (MHA), based on fluorescent probe detection for eight common variants circulating in West and West Central Africa. At least 11 (15.9%) of the 69 patients were simultaneously infected with two different HIV-1 subtypes and/or CRFs. Among the 29 samples identified as subtype C by MHA in gag, 15 (57.7%) reacted with both C1 and C2 probes. Sequence analysis suggests that the majority of the samples reactive with C1 and C2 probes are most likely infected with two different subtype C clades. Single genome amplification and DNA dilutions confirmed dual infection with subtype D and C for MSM1193, triple infection with two different C subtype strains and one CRF02_AG strain in MSM1157 and showed that MSM3017 is at least co-infected with CRF06_cpx and CRF02_AG and another strain that could not be classified. Comparison of all subtype C sequences from the MSM population and from the general population from this and previous studies confirmed the intermixing of HIV-1 variants between low-risk women and high-risk men as shown by the intermixing of subtype C variants from MSM1157 and a female patient (02SN-HALD478). Comparison of dual infection rates between the general population and MSM in Senegal, show also clearly the importance of high HIV prevalence and high risk behavior in dual infections and subsequent intermixing of HIV-1 variants which can lead to emergence and spread of new recombinants (CRFs).     

浙江省男男性接触HIV-1感染者病毒基因特征分析

目的分析浙江省2004—2011年117名男男性接触者（MSM）HIV-1感染病毒的序列特征,了解HIV-1毒株类型和特征。方法从实验室留样的MSM HIV感染者血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、pol基因区片段,测定序列并分析。结果 117名MSM HIV感染者中,序列结果按户籍来源覆盖21个省（市、自治区）,感染毒株包括CRF01_AE 99名（84.62%）、B亚型7名（5.98%）、CRF07_BC 6名（5.13%）、CRF08_BC和CRF59_01B各1名（0.85%）。3名（2.56%）疑似01_B重组毒株与安徽感染者在系统进化树上聚集成可靠的次级进化簇（99%）,且具有类似重组断点模式。84个CRF01_AE毒株的pol区基因序列聚集成簇,形成多个可靠的次级进化簇（30个节点的bootstrap值高于70%）。结论浙江省MSM HIV感染者主要流行CRF01_AE毒株,该人群HIV感染率高,应加强监测。CRF59_01B和新的01B重组毒株在浙江首次检出。     

2008-2011年云南省男男性行为人群 HIV新发感染率调查

摘要:目的　在男男性行为人群（MSM）中开展BED-CEIA HIV-1新发感染检测,以估算HIV新发感染率,了解流行趋势。方法　对2008-2011年男男性行为人群艾滋病哨点监测中发现的HIV-1感染者进行BED-CEIA检测,估算经灵敏度- 特异性校正后该人群的HIV-1年新发感染率,了解其变化趋势。同时设置静脉吸毒人群为对照组,观察该两类人群HIV-1新发感染率水平。结果　研究对象共计24 880例。研究组MSM人群3 368例,检出HIV-1阳性300人（含既往阳性26人）,完成BED-CEIA检测272人,判为新发感染112人。对照组注射吸毒（IDU）人群21 512例,检出HIV-1阳性3 794例,完成BED-CEIA检测1 791例,判为新发感染190例。2008-2011年MSM人群HIV-1感染率8.91%,低于同期IDU人群的17.6%,而HIV-1新发感染率为7.02%却显著高于同期IDU人群的0.97%。MSM人群2008-2011年HIV-1年新发感染率未出现明显的上升或下降趋势。结论　MSM人群HIV-1新发感染率四年来一直处于较高水平,需重点关注该类人群的艾滋病综合防治。     

我国6个省19个城市男男性行为人群HIV-1 基因亚型及抗病毒治疗前耐药分析

目的分析我国6个省19个城市男男性行为人群(MSM)HIV-1基因亚型分布及抗病毒治疗前耐药情况。方法 2019年4-11月, 在河北、山东、江苏、浙江、福建和广东6个省19个城市收集未接受抗病毒治疗MSM HIV-1感染者的血浆样本574份, 提取RNA, 反转录后经巢式PCR扩增HIV-1pol 基因区片段。PCR 产物测序后进行序列分析, 构建系统进化树判定病毒基因亚型, 提交斯坦福耐药数据库分析耐药。结果有479份样本PCR扩增成功并获得核酸序列, 检出的HIV-1基因亚型有9种, 其中CRF01_AE(43.4%)和CRF07_BC(36.3%)所占比例较大, 随后依次为B(6.3%)、CRF55₀1B(5.9%)、CRF59₀1B(0.8%)、CRF65_cpx(0.8%)、CRF103₀1B(0.4%)、CRF67₀1B(0.4%)和CRF68₀1B(0.2%);另有26份(5.5%)样本的基因亚型为未知...     

High genetic diversity of HIV-1 was found in men who have sex with men in Shijiazhuang, China

Men who have sex with men (MSM) have become one of the populations with severely HIV prevalence in China. However, very few genetic studies have been done on HIV-1 spreading in this population. In this study, the genetic characterization of HIV-1 strains prevalent in the MSM in Shijiazhuang, China, was analyzed basing on the HIV-1 full-length gag, pol, and partial env gene. 21 drug-naïve HIV-1 sero-positive patients were enrolled into the study. Full length gag, pol, partial env genes and some near full length genomes were amplified with nest RT-PCR followed by sequencing. Multiple subtypes, including CRF01_AE (52.9%), subtype B (35.3%) and CRF07_BC (11.8%), were found in the population. Phylogenetic analysis showed close relationship between our strains with those from Beijing MSM but not those from paid blood donors of local area. Drug resistance surveillance evaluation showed no transmitted drug resistance (TDR). However, some drug-resistance related polymorphism sites (V181I and V106I) were popularly found in B subtype strains. The findings will contribute to understanding the distribution and evolution of HIV-1 in MSM and also help the behavior change intervention.