四川省结核分枝杆菌VNTR分型研究

目的评价不同串联重复序列(VNTR)位点在四川省结核分枝杆菌中的基因多态性,以及不同VNTR位点组合在四川省结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法采用多位点数目可变串联重复序列分析技术(ML-VA)对102株四川省结核分枝杆菌菌株的15个VNTR位点进行分析,基因多态性分析采用Hunter-Gaston指数,聚类分析采用BioNumerics软件。结果 15个VNTR位点的基因多态性存在较大的差异,位点Mtub21(HGI 0.772)和MIRU26(HGI 0.764)的多态性较高,ETR-C(HGI 0.168)和MIRU23(HGI 0.077)的多态性较差。ETR-B和ETR-C两个位点在对四川省北京基因型结核分枝杆菌进行分型时则不具有多态性。对不同的VNTR位点组合进行比较,随着VNTR位点的增加,VNTR分型方法的分辨能力也有所提高。10个VNTR位点组合的分辨指数与15位点组合的分辨指数相差不大。同一VNTR位点在不同地区北京基因型菌株中的分辨力也存在较大的差异。结论不同VNTR位点在四川省结核分枝杆菌中具有不同的分辨力,并且同一VNTR位点在不同地区的北京家族菌株中的分辨力也不同。10个VNTR位点组合的基因分型方案可用于四川省结核分枝杆菌基因分型的一线方法。本研究的数据结果对挑选适合中国结核分枝杆菌基因分型的VNTR位点组合法具有重要的作用。     

VNTR位点对结核分枝杆菌基因分型的研究

目的：初步评价15个可变串联重复序列（VNTR）位点对结核分枝杆菌临床分离株的分型能力,寻找适合湖州地区结核分枝杆菌基因分型的位点。方法2011年1-4月连续收集湖州地区结核分枝杆菌临床分离株,采用多位点数目多位点串联系复序列（MLVA）分析方法,对15个VNTR位点进行基因多态性检测,分析单个位点以及15个位点组合的基因分型能力（Hunter-gaston指数,HGDI）。结果分辨率较好的多态性位点有2个：Mtub-21和Mtub -39;分辨率中等的多态性位点共7个：ETR-A,ETR-C,MIRU -10,MIRU -23, MIRU-27,MIRU-40和Mtub-30;分辨率较差的多态性位点有6个：ETR-B,ETR-D,ETR-E,MIRU-16和MIRU-26和MIRU-39。通过计算,本次研究运用15个位点进行基因分型的 HGDI 为0.99,分辨能力好。结论 VNTR位点对结核分枝杆菌基因的分辨力较好,但还需继续寻找其他丰富多态性的VNTR位点,以便快速分型,提高分辨力。     

仙居县80株结核分枝杆菌临床分离株VNTR基因分型研究

目的了解仙居县结核分枝杆菌临床分离株不同基因型的分布情况,探讨该县结核病分子流行病学特征。方法收集2011年4月-2012年3月仙居县分离的80株结核分枝杆菌,采用15位点VNTR方法进行基因分型,用Bio Numerics 5.0软件对结果进行聚类分析。结果 15个VNTR位点中,MIRU26和Mtub21(HGI=0.827)多态性较高,ETRC(HGI=0.165)和ETRB(HGI=0.292)多态性较差;15位点VNTR分型方法的HGI指数为0.998。经Bio Numberics5.0软件聚类分析,可将检测到的78个基因型分为8个基因群(Ⅰ群~Ⅷ群),各群所含基因型分别为Ⅰ群7个,占8.97%;Ⅱ群8个,占10.26%;Ⅲ群43个,占55.13%;Ⅳ群5个,占6.41%;Ⅴ群2个,占2.56%;Ⅵ群7个,占8.97%;Ⅶ群4个,占5.13%;Ⅷ群2个,占2.56%。结论仙居县流行的结核分枝杆菌VNTR基因存在明显多态性,至少有8个VNTR基因群,主要流行群为Ⅲ群。     

15个VNTR位点用于87株丽水市结核分枝杆菌分离株的基因分型研究

目的:选取2008年-2010年间丽水市结核分枝杆菌临床分离株,通过多位点可变数目串联重复序列分型,了解丽水市结核分枝杆菌流行菌株基因分型情况。方法:对临床分离株进行常规培养,收集菌体,提取基因组DNA,采用聚合酶链反应(PCR)分别对15个VNTR位点进行检测分析,基因聚类分析采用BioN-umerics软件。结果:经聚类分析,87株结核分枝杆菌分为4个基因群(I群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群)69个基因型。其中Ⅳ群占74.7%,含49个基因型,I群占9.2%,含8个基因型,Ⅱ群占8%,含7个基因型,Ⅲ群占5.75%。含5个基因型。结论:丽水市的结核分枝杆菌存在基因多态性,其主要流行型为Ⅳ型。     

结核分枝杆菌可变数目串联重复基因分型

目的运用可变数目串联重复（VNTR）分型方法研究农村结核病研究现场的结核分杆菌分离株的分子特征,分析与VNTR优势基因型相关的因素.方法经PCR扩增各分离株的5种确切串联重复位点（ETR-A～ETR-E）.根据扩增产物大小,确定各串联重复单元的拷贝数,得出每个菌株的VNTR基因型.结果研究现场的101株菌株共分为37个不同的VNTR类型,22名病人分离株为单一基因型,79名病人的菌株分属于15个簇,VNTR42435类型占研究菌株总数的38.6%,但该基因型与卡介苗（BCG）接种耐4种一线药的相关性差异均无统计意学义.结论VNTR分型方法简单快速、分型结果数字化,可以把研究菌株分为不同的群.尚不能认为VNTR 42435的优势来自某些抗痨药和BCG接种.     

宁波市90株结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型研究

目的研究宁波市结核分枝杆菌的可变数目串联重复序列(VNTR)的分型及分布特征。方法随机选取宁波市结核分枝杆菌临床分离株,常规培养,提取菌体基因组DNA,通过聚合酶链反应(PCR)对15个VNTR位点进行检测,采用BioNumerics软件进行基因分型的聚类分析。结果 90株结核分枝杆菌临床分离株的VNTR位点检测结果显示出明显的基因多态性,基因分型经聚类分析,分为4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群),84个基因型。Ⅰ群占11.1%,含有10个基因型,Ⅱ群占17.8%,含15个基因型,Ⅲ群占65.6%,含54个基因型,Ⅳ群占5.6%,含5个基因型。结论宁波市结核分枝杆菌VNTRs基因存在明显多态性得到初步证实,至少存在4个VNTR型,主要流行型为Ⅲ型。     

多位点可变串联重复序列技术用于西藏地区结核分枝杆菌基因分型的初步研究

目的初步探讨多位点数目可变串联重复序列(MLVA)技术在西藏地区结核分枝杆菌基因分型中的应用和初步了解西藏地区结核分枝杆菌数目可变串联重复序列(VNTR)基因型种类及其分布。方法在拉萨、山南、林芝、日喀则、那曲、昌都6个地区结核病防治中心收集结核分枝杆菌临床分离菌株,设计引物,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌20个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics 4.5软件进行DNA指纹图谱多态性分析。结果共收集到217株结核分枝杆菌,分为19个不同的VNTR基因型,其中以Ⅺ型为主要基因型占87.6%(属于北京家族),其次Ⅵ型、ⅩⅤ型、ⅩⅥ型各占1.38%,Ⅰ型、Ⅶ型、ⅩⅢ型各占0.92%,12株结核分枝杆菌为单一的基因型。不同地区之间,以Ⅺ型为主要基因型,分别占各地区的86.8%、91.3%、78.95%、88.2%、95.05、89.3%。结论西藏地区的结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为VNTRⅪ型(即北京家族基因型),初步研究结果显示北京家族基因型与卡介苗接种和耐药性无相关性。MLVA分型方法简单、快速,可以有效地用于结核分枝杆菌的基因分型和病原监测。     

福建省结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列基因分型研究

目的 了解福建省结核分枝杆菌的多位点可变数目串联重复序列基因分型(MLVA)的特征.方法 选择15个可变数目串联重复位点(VNTR),检测福建省30个耐药监测点临床分离的结核菌株,结果使用BioNumerics (Version 4.5)软件进行聚类分析.结果 313株结核菌被分为9个基因群(Ⅰ～Ⅸ),分别包含220、9、48、2、1、3、10、10、10株菌,以Ⅰ群为主(70.3％,220/313);Ⅰ群菌株异烟肼、链霉素、乙胺丁醇和耐多药的耐药率与其他基因群的差异无统计学意义(P＞0.05),但利福平(RFP)耐药率为33.2％(73/220),明显高于其他群菌株RFP的耐药率20.4％(19/93),差异有统计学意义(P＜0.05).结论 福建省结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,以Ⅰ群菌株为主,并与RFP耐药性具有相关性,应加强此类菌株流行的监测.     

间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用。方法收集224株结核分枝杆菌临床分离株,分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用。结果使用Spoligotyping方法,224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型,39株具有独特的基因型,其余185株菌呈现出16种基因型;使用MLVA方法时,224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型,132株具有独特的基因型,余下的92株菌呈现出28种基因型;当两种方法联合使用时,224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型,159株结核分枝杆菌具有独特的基因型,余下的65株菌表现为20种基因型。湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义(P<0.001),安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省。结论MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面,其分辨能力高于Spoligotyping,但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势。将Spoligotyping方法作为一线分型技术,MLVA作为二线分型技术联合应用时,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。不同地区的菌株有不同的特点。     

结核分枝杆菌临床分离株MLVA法分型分析

目的 利用多位点数目可变串联重复序列技术,初步探索甘肃省结核分枝杆菌的基因型及其分布,为防治结核病提供科学依据.方法 选择15个VNTR位点,设计引物,采用PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳检测,并利用BioNumerics 4.5软件进行DNA指纹图谱多态性分析.结果 多位点数目可变串联重复序列(MLVA)检测显示,215株结核分枝杆菌呈现7个基因群127种基因型,分别为a、b、c、d、e、f和g基因群,其中e群74.88%(161/215)为主要流行型(spoligotyping鉴定为北京家族基因型);有抗结核治疗史患者菌株成簇率高于无抗结核治疗史患者,差异有统计学意义(χ²=3.91,P=0.046).结论 兰州地区结核分枝杆菌基因DNA指纹图谱呈现多态性,存在主要流行株,MLVA有助于为当地政府部门制定具体的结核病防治政策和公共卫生应急方案提供科学依据.     

杭州地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株的MIRU-VNTR基因分型研究

目的：探讨MIRU-VNTR技术在杭州地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株基因分型中的应用。方法收集杭州市2010年4月-2012年6月各结核病定点医院分离培养的临床菌株,进行药物敏感性检测。分别采用RD105缺失基因检测法和MIRU-VNTR技术对氧氟沙星耐药株进行菌株鉴定和基因分型。结果筛选出的52株氧氟沙星耐药株中,43株（82.69%）为北京家族菌株。经12个MIRU-VNTR位点组合分析,52株氧氟沙星耐药株呈52种MIRU-VNTR基因型,总Hunter-Gaston指数（ HGI）为0.999。除MIRU40和ETR-F外,其他10个MIRU-VNTR位点对北京家族菌株和非北京家族菌株均显示较高或中等程度的分辨率。结论筛选到的10个MIRU-VNTR位点具有较高分辨率,适用于杭州地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株分型。     

18株耐药结核分枝杆菌散在分布重复单位基因型分析

目的:了解宁波市江北区流动人口结核耐药菌株的基因型,为探讨流行病学传播规律,正确制定防控策略提供依据。方法:随机抽取江北区流动人口分离的耐药结核分枝杆菌22株,先用PCR检测耐药基因,再对耐药菌株进行MIRU基因分型,同时对12个MIRU位点的多态性进行比较。结果:随机抽取的22株耐药菌株中耐药基因阳性18株,MIRU分型结果有18种MIRU基因型,12个MIRU位点的h值为0.73～0.88之间,显示了较高的多态性(h>0.6)。结论:江北区流动人口肺结核耐药菌株MIRU基因型呈"唯一性",说明发病以内源性、散发为主。MIRU分型简单快速有效。     

唐山市人群结核分枝杆菌基因型分析

目的初步探讨唐山市结核分枝杆菌基因型特征。方法选取结核分枝杆菌基因组中的10个数目可变串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTRs)位点,利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)、琼脂糖凝胶电泳技术和BioNumerics(Version 3.0)软件,对从2012年唐山市结核病医院确诊的肺结核患者痰液中分离培养获得的结核分枝杆菌进行基因分型。结果 125株结核分枝杆菌具有明显的多态性,共分成5个不同的基因群,最大的一个群包含87株,占69.6%,其他型别呈散在分布。结论唐山市结核分枝杆菌的基因型具有明显的多态性,且具有成簇性分布的特点。     

应用MLVA技术对吉林省294株结核分枝杆菌分型分析

目的初步探讨利用VNTR（variable number of tandem repeat）技术对吉林省294株结核分枝杆菌分型的分布特征。方法采用多位点串联重复序列（MLVA）分型方法初步选取13个分型效果较好的VNTR基因位点,采用聚合酶链反应（PCR）和琼脂糖凝胶电泳,通过BioNumerics（Versiort3．0）软件进行处理,分析吉林省耐药结核分枝杆菌的DNA多态性。结果共对294株结核分枝杆菌的13个VNTR位点进行了检测,根据这些菌株的指纹多态性特征,主要分成13个型,其中占据主要的前三型分别为I型,占81．6％（240／294）,二型占2．1％（6／294）,三型占1．7％（5／294）,由此可以看出本次实验菌株除I型以外,其他菌株基本呈散在分布。结论分析表明吉林省结核分枝杆菌以I型菌株为主,应加强此型菌株流行的监控及研究。     

MIRU-VNTR和Spoligotyping用于重庆地区210株儿童结核分枝杆菌临床分离株的基因分型

目的 评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和基于结核分枝杆菌散在分布数目可变串联重复序列分析(MIRU-VNTR)方法在重庆地区儿童结核病分子流行病学中的应用.方法 收集重庆地区210株儿童结核分枝杆菌(MTB)临床分离株,应用上述两种分型方法进行比较分析.结果 采用Spoligotyping分型方法,210株菌可分为2个基因群44种基因型,其中最大的1个基因群即北京家族(北京基因型)含有130株菌(61.90%).采用MIRU-VNTR分析发现24个位点的多态性差异较大,不同MIRU位点组合(12、15和24位点)的分辨率指数依次升高,后两个组合的差异是由位点ETR-B引起.各位点和各位点组合在北京家族菌株中的分辨率指数均高于非北京家族菌株.结论 重庆地区儿童MTB具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族.在结核病原学监测中,可先采用Spoligotyping,再对成簇菌株进行15位点与ETR-B组合二次分型的联合分型策略,可提高分子流行病学调查效果.

Abstract：

Objective To evaluate the application of spacer oligonucleotide typing (Spoligotyping) and mycobaeterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat (MIRU-VNTR) analysis in the molecular-epidemiological study of tuberculosis and to discuss the characteristics of pediatric Mycobacterium (M.) tuberculosis strains in Chongqing. Methods M. tuberculosis strains isolated and typed by Spoligotyping and MIRU-VNTR respectively, from the children patients in Chongqing and to compare the results from both methods, epidemiologically. Results By means of Spoligotyping, 210 clinical isolates were divided into 2 gene groups, displaying 44 genotypes. Among them, the biggest group was M. tuberculosis Beijing family, including 130 strains (61.90%) ,using the Spoligotyping. From the results of MIRU-VNTR, 24 loci showed different polymorphism and the HGI of different loci set (12 old loci, 15 basic loci and 24-loci set) increased accordingly. The subtle difference in HGI was originated from one locus ETR-B, which was included in the 24-locus system. The diversity of each loci and MIRU-VNTR set for non-Beijing genotype strains was higher than that of the Beijing genotype strains. Conclusion In this study, it was preliminarily confirmed the existence of high polymorphism of M. tuberculosis while the Beijing Family was the main genotype and main prevalent strain in children of Chongqing area. Spoligotyping prior to 15-locus with ETR-B combination seemed more suitable for the massive epidemiological investigation of pediatric tuberculosis patients.     

宜昌地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的鉴定及VNTR分型

 目的 研究宜昌地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的多态性和流行特征,揭示该地区结核病的分子流行病学特征,为结核病防治提供科学依据。方法 选择2018年1月-2019年12月具有完整病例信息的结核分枝杆菌298株,进行人型结核分枝杆菌的鉴定,用扩增RD105缺失片段的多重PCR (DTM-PCR)鉴定北京基因型菌株;应用优化的9位点数目可变串联重复序列技术(VNTR)分析北京基因型菌株的多态性。结果 298株结核分枝杆菌中,260株为人型结核分枝杆菌,DTM-PCR鉴定发现北京基因型菌株140株(53.85%),非北京基因型菌株120株(46.15%)。北京基因型菌株耐药率(32.14%)高于非北京基因型菌株耐药率(10.83%),差异有统计学意义(P<0.05)。VNTR-9位点对北京基因型菌株的分辨率为0.998 5,成簇率为12.15%。结论 北京基因型菌株在宜昌地区呈较高流行趋势,且北京基因型菌株耐药率更高。VNTR-9位点基因分型方法用于该地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的鉴别,能准确反映宜昌地区结核分枝杆菌的分子流行病学特征。     

烧伤瘢痕癌治疗分析

目的 探讨烧伤瘢痕癌的临床特点与治疗方法。方法 回顾性分析8例烧伤瘢痕癌患者的临床资料。结果 8例烧伤瘢痕癌均为鳞状细胞癌，其中6例为Ⅰ级，2例为Ⅱ级。其中溃疡型6例，菜花型2例。手术植皮或皮瓣均成活。8例患者分别于术后4个月至5年获得随访，2例烧伤瘢痕癌患者术后8个月复发，行二次手术植皮，其余6例局部无复发，功能外形好。结论 病理检查结果是确定诊断与治疗方案的重要依据，手术仍是烧伤瘢痕癌的首选治疗方法。     

胃大部切除术后患者对结核分枝杆菌易感性分析

目的探讨胃大部切除术后患者对结核分枝杆菌易感性的原因。方法回顾性分析42例胃大部切除术后结核病患者(有手术史组)的临床资料,并以同期50例无胃大部切除术的结核病患者作为对照(无手术史组)。结果有手术史组:肺结核37例,肠结核4例,骨结核1例;治疗好转出院41例,死亡1例。无手术史组:肺结核47例,肠结核2例,肾结核1例;均治疗好转出院。T细胞亚群:有手术史组CD4+T细胞为0.34±0.05和CD8+T细胞为0.29±0.06,无手术史组分别为0.44±0.09和0.25±0.11,两组比较差异有统计学意义(P<0.01或<0.05)。结论胃大部切除术后患者细胞免疫功能低下,容易感染结核分枝杆菌,是结核病的高危人群,应引起注意。