基于网络药理学探讨丹参饮治疗冠心病的作用机制

目的:采用网络药理学方法解析丹参饮治疗冠心病的药理机制。方法:使用中药系统药理学分析平台(TCMSP),检索丹参、檀香、砂仁3味中药的有效成分和作用靶点。使用DisGeNET数据库检索冠心病靶基因。利用Cytoscape软件构建丹参饮化合物-冠心病靶点网络和靶点-通路网络。通过DAVID数据库进行生物功能和信号通路富集分析,预测丹参饮治疗冠心病的作用机制。结果:通过数据库筛选出丹参饮活性成分76个,相应靶基因156个,冠心病靶基因912个,丹参饮治疗冠心病靶点53个,核心作用靶点16个,相互作用节点96个,相互作用关系边838条,涉及生物过程84个,分子功能23个,信号通路11条。结论:丹参饮可能通过多靶点、多信号通路协同治疗冠心病。     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制

目的:利用网络药理学分析探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取丹参、砂仁、檀香的活性成分及靶点,通过GeneCards数据库获取胃癌前病变疾病基因,在与丹参饮靶点映射后获得交集靶点,利用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-有效成分-交集靶点-疾病”网络图,并分析该网络;通过STRING数据库结合Cytoscape 3.7.1软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;将交集靶点导入至DAVID(2021 Update)数据库,进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:预测获得丹参饮治疗胃癌前病变的有效活性成分76个,67个交集靶点。蛋白质-蛋白质相互作用分析得到18个核心靶点。GO功能富集分析获得369项条目,KEGG富集在90条通路上。结论:丹参饮可能通过木犀草素、丹参酮ⅡA等有效成分调节磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、叉头框蛋白(FoxO)信号通路、缺氧诱导因子(Hypoxia Inducible Factor,HIF)-1α信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,发挥抗炎、...     

基于网络药理学探讨肾衰饮治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:根据网络药理学方法对肾衰饮治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行探讨.方法:利用中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对肾衰饮中有效成分进行筛选及靶点预测,检索GeneCards、TTD、DisGeNET数据库筛选DKD靶点,利用韦恩图在线平台筛选肾衰...     

基于网络药理学探究丹参-桃仁治疗稳定型心绞痛机制

目的:探讨丹参-桃仁治疗稳定型心绞痛的作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索丹参-桃仁的有效成分和相关靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-关键靶点”网络,从STRING平台生成蛋白质-蛋白质相互作用网络,在Metascape数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:化学成分-靶点网络包含88个化合物和1 071个相应靶点,药物活性成分主要为木犀草素、丹参酮IIA、β-谷固醇、隐丹参酮、鼠尾草酚酮等。蛋白质-蛋白质相互作用网络关键靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor, TNF)、白细胞介素-6 (Interleukin-6,IL-6)、 MYC原癌基因(MYC Proto-Oncogene, MYC)、雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)。GO分析主要为对激素的反应、细胞体、膜...     

基于网络药理学探究丹参治疗慢性肝炎的作用机制

目的：运用网络药理学的方法预测丹参治疗慢性肝炎的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选丹参的有效成分;输入Pharm Mapper数据库获得相应基因;检索GeneCards数据库获得慢性肝炎的靶点基因;利用R语言3.6.3截取交集网络获得潜在靶点;使用Cytoscape3.7.2将“中药-化合物-靶点-疾病”网络可视化处理;在STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用DAVID数据库对候选靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路注释。结果：获得丹参中65个活性化合物、109个不重复的靶标信息、89个慢性肝炎治疗靶点。GO功能富集得到GO条目48个（P<0.05）,其中生物过程(BP)条目1 796个,细胞组分(CC)条目73个,分子功能(MF)条目130个;KEGG通路富集得到88条信号通路（P<0.05）。结论：丹参中的有效成分异隐丹参酮(Isocryptotanshi-none)、1,2,5,6-tetrahydrotanshinone、丹参醌新酮Ⅰ(MiltiononeⅠ)、二氢丹参内酯(Dihydrotanshinlactone)、4-methylenemiltirone、丹参酮Ⅱa(TanshinoneⅡa)、木犀草素等可能作用于ADRB2、OPRM1、PTGS1、CA2、PTGS2等关键靶点通过调控Hepatitis B、IL-17 signaling pathway、Hepatitis C、T cell receptor signaling pathway、PI3K/AKT signaling pathway等干预了活性氧代谢过程、循环系统血管功能、氧化应激反应、凋亡,从而发挥治疗慢性肝炎的作用。     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗肝细胞癌的作用机制

目的：通过网络药理学探讨玉屏风散治疗肝细胞癌(HCC)的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对玉屏风散中所含药物进行检索,得到玉屏风散活性成分所对应的靶基因,再利用GeneCards数据库筛选肝细胞癌所对应的基因,利用Cytoscape 3.7.2软件绘制“药物-疾病-成分-靶点”网络图。使用STRING数据库将所得数据进行导入,构建玉屏风散治疗肝细胞癌的核心靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,然后将以上所得数据导入至Cytoscape 3.7.2中进行网络拓扑参数分析,并以Degree值大于平均值进行筛选,最终得到玉屏风散治疗HCC的核心靶点的相关信息,将核心靶点在DAVID数据库中进行导入,以进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果：玉屏风散的活性成分对应靶点共92个,其中有效成分包括细胞肿瘤抗原P53、凋亡调节剂Bcl-2、血管内皮生长因子受体2、白细胞介素-6(IL-6)等,在其治疗肝细胞癌中共筛选出IL-6、TP53、TNF、NOS3、ESR1、JUN、PTGS2等26个的核心靶点。结论：玉屏风散治疗...     

丹参饮治疗糖尿病心肌病的网络药理学研究

目的通过整合网络药理学和生物信息学方法,构建活性成分-作用靶点、蛋白-蛋白相互作用(PPI)、关键靶点相应的生物功能和通路网络,预测丹参饮治疗糖尿病心肌病的分子作用机制。方法采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库筛选及预测丹参饮的生物活性成分及其潜在作用靶点,同时检索PharmGKB等4个数据库挖掘糖尿病心肌病的相关靶点,对2种靶点进行PPI网络构建,交互处理得到丹参饮治疗糖尿病心肌病的关键靶点,并利用SystemsDock WebSite对其进行分子对接验证;运用DAVID(Version 6.8)平台对关键靶点进行Pathway分析,结合Omicshare数据库筛选核心通路并利用Reactome数据库进行注释。结果以口服生物利用度(OB)和类药性(DL)数值作为筛选标准,从丹参饮中共获得78个活性成分,涉及到506个丹参饮治疗糖尿病心肌病的可能靶点,这些靶点主要富集在磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等多条信号通路上。结论本研究揭示了丹参饮治疗糖尿病心肌病可能的作用机制,体现了中药复方多成分、多靶点、多途径治疗疾病的特点,为进一步深入研究其作用机制提供了新思路。     

基于网络药理学研究逍遥散治疗经前期综合征的作用机制

目的:运用网络药理学研究方法探讨逍遥散治疗经前期综合征的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中药分子作用机制的生物信息学分析工具中筛选并检索逍遥散中药物核心成分和靶点;并通过相关数据库检索经前期综合征疾病靶点;利用韦恩图得到逍遥散和疾病的共同靶点;借助Cytoscape软件描绘成分-疾病-靶点图;在STRING平台上进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析;最后利用DAVID网站将药物及疾病之间交集的靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果:逍遥散八味中药共筛选出162种成分和2 618个预测靶点,经前期综合征靶点768个;韦恩图得到共同靶点21个;得到43条生物过程,涉及信号转导、RNA聚合酶Ⅱ的转录起始、IκB激酶/核因子κB信号的负调控、凋亡过程的负调控等;同时筛选得到17条信号通路,包括HIF-1信号通路等。结论:逍遥散可能通过激素调节,调节下丘脑-垂体-肾上腺轴,抗抑郁,调节神经递质等途径治疗经前期综合征。     

基于网络药理学探讨枸杞子治疗视网膜色素变性的作用机制

目的:运用网络药理学方法探究枸杞子干预视网膜色素变性(RP)可能的作用机制.方法:检索国家知识基础设施数据库、中国学术期刊数据库、中文科技期刊数据库上正式公开发表的有关中药方剂治疗RP临床疗效的文献,记录其方剂中使用的中药名称及使用频数.运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出枸杞子口服生物利用度≥30％...     

基于网络药理学探讨参芪强心胶囊治疗稳定型心绞痛的作用机制

目的 探讨参芪强心胶囊治疗稳定型心绞痛的作用机制。方法 应用TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM数据库收集参芪强心胶囊的有效成分;利用Genecards、OMIM、TTD、DRUGBANK数据库筛选稳定型心绞痛疾病靶点;利用cytoscape进行网络构建与分析;利用Metascape对核心靶点进行GO和KEGG分析。结果 参芪强心胶囊有118个有效成分、465个靶点,稳定型心绞痛有1761个靶点,240个交集靶点。参芪强心胶囊治疗稳定型心绞痛主要成分为槲皮素、豆甾醇、木犀草素、β-谷甾醇、柚皮素、山奈酚等,核心靶点为RPS3A、HNRNPH1、DDX3X、SRSF3、ANXA2等36个。GO富集分析主要归纳为生物的活性以及信息传递等方面。KEGG富集到的信号通路包括PI3K-Akt信号通路、细胞衰老信号通路、鞘脂信号通路、AMPK信号通路等。结论 参芪强心胶囊是通过多成分、多靶点、多途径治疗稳定型心绞痛的。     

二仙汤治疗早发性卵巢功能不全的网络药理学分析

目的：基于网络药理学探讨二仙汤治疗早发性卵巢功能不全（POI）的作用靶基因和信号通路。方法：首先,通过公共数据库筛选当归芍药散的有效成分及作用靶点和疾病的疾病靶点;其次,确定二仙汤治疗POI的作用靶基因,并在STRING数据库中收集作用靶基因之间的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）信息,同时建立药物活性成分与作用靶基因网络;最后,借助ClusterProfiler R软件完成基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析。结果：筛选得到二仙汤有效成分共92个,作用靶基因205个,确定疾病基因3 425个,有效化合物-作用靶点网络总共包括239个节点和1 153条相互作用关系,关键活性化合物有槲皮苷、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇、木犀草素等,通过PPI网络得到173个核心蛋白;GO富集分析主要涉及共获得生物过程(BP)1 939个,细胞组分(CC)72个,分子功能(MF)141个;KEGG通路富集筛选得到164条信号通路,主要包括为磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-AKT）信号通路、促分裂原活化的蛋白激酶（MAPK）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路等。结论：本研究发现二仙汤中槲皮苷、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇、木犀草素等活性成分可通过PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路作用于MAPK1、AKT1、JUN、RELA等靶点进行综合调控,从而发挥治疗POI的作用。结论：本研究初步明确了二仙汤治疗POI的作用靶基因和通路,为之后的研究准备了条件。     

基于网络药理学探讨血府逐瘀汤治疗失眠的作用机制＊

目的 运用网络药理学方法分析预测血府逐瘀汤治疗失眠的作用机制。方法 借助TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选血府逐瘀汤的有效活性成分及作用靶点；Genecards、OMIM获得失眠的疾病靶点，Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点网络并分析；STRING及Cytoscape构建PPI网络；利用Bioconductor对作用靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析，预测其作用机制。结果 血府逐瘀汤包含227个中药活性成分和303个靶点，作用于失眠的有110个活性成分和52个靶点。其中关键成分有槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、豆甾醇、山奈酚、β-谷甾醇，核心靶点为ALB、APP、IL-6、FOS。GO功能和KEGG通路富集分析结果显示血府逐瘀汤主要涉及神经递质水平的调节、细胞因子受体结合等生物过程，通过作用于糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、神经活性配体-受体相互作用等多条通路发挥治疗失眠的作用。结论 本研究初步揭示了血府逐瘀汤治疗失眠的活性成分、作用靶点及通路，提示血府逐瘀汤具有多成分、多靶点、多途径的协同作用特点，为进一步深入研究其作用机制提供了重要依据。     

基于网络药理学研究二仙汤加减方治疗脊髓损伤的作用机制

目的：基于网络药理学等方法探讨二仙汤加减方治疗脊髓损伤(SCI)的有效性及相关机制。方法：在动物层面验证方剂的有效性,然后通过网络药理学方法进行化合物、靶点预测和网络分析,根据中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和UniProt数据库选择方剂的化学成分和靶标,并从GeneCard和Drugbank数据库中收集SCI的治疗靶标。使用String数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用。然后利用Cytoscape_v3.7.1构建网络,利用Metascape数据库进行基因本体富集分析和京都基因和基因组百科全书富集分析。结果：动物实验显示二仙汤加减可明显缓解脊髓损伤,增加大鼠后肢行为学评分。网络药理学研究结果表明二仙汤加减方剂中18味中药共检索到5 353个基因,去重筛选后共获得319个基因,共检索到SCI靶基因3 237个基因,去重后共获得2 638个基因,二者共表达基因216个。方剂中的川芎、当归、丹参、香附、延胡索、淫羊藿、郁金等关键活性成分可能通过AKT1、MAPK3、NFKBIA、FOS、PIK3CG等关键基因介导cAMP、PI3K/AKT、MAPK、TNF等信号通路,起到治疗SCI的作用。结论：二仙汤加减对SCI治疗效果显著,网络药理学研究表明了多靶点、多组分二仙汤加减可能通过cAMP信号通路、PI3K/AKT信号通路发挥治疗SCI的作用。     

基于网络药理学预测金匮肾气丸治疗骨质疏松症的作用机制

目的：基于网络药理学预测金匮肾气丸治疗骨质疏松症的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子机制综合数据库（TCMID）、中药分子机制生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）等数据库检索金匮肾气丸药物成分及成分相关靶点;以“Osteoporosis”为关键词在人类基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、DrugBank等数据库检索骨质疏松症疾病相关靶点;制作韦恩图,获取药物-疾病交集靶点;利用String数据库、Cytoscape 3.6.1软件构建药物-疾病交集靶点蛋白互作网络及药物-成分-疾病-靶点网络;通过DAVID数据库对药物-疾病交集靶点进行基因本体（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,并将富集结果可视化。结果：共获得金匮肾气丸药物成分118个,包括槲皮素、山柰酚、大黄素等;有效成分相关靶点202个,疾病相关靶点1 856个,药物-疾病交集靶点87个,包括前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、转录因子（JUN）、胞间黏附分子1（ICAM1）等;GO富集分析功能条目376条,其中生物过程（BP）290条,细胞组分（CC）28条,分子功能（MF）58条,包括RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控、类固醇激素受体活性等;KEGG信号通路共90条,包括类风湿性关节炎信号通路、破骨细胞分化信号通路、催乳激素信号通路等。结论：金匮肾气丸通过槲皮素、山柰酚、大黄素、薯蓣皂苷元、β-谷甾醇等有效成分作用于PTGS2、JUN、ICAM1、白细胞介素-1β（IL-1β）、基质金属蛋白酶9（MMP9）等关键靶点通过抗氧化、抑制炎症反应、促进成骨细胞增殖分化、抑制破骨细胞骨吸收等作用机制达到治疗OP的作用。     

基于网络药理学研究瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接的研究方法分析瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的药物作用机制。方法 检索TCMSP数据库，筛选瓜蒌、薤白、半夏3味药物的主要活性成分并检索其作用靶点，根据GeneCards数据库查询与冠心病有关的靶点。Cytoscape3.7.2软件构建成分-靶点网络图，运用STRING绘制蛋白质相互作用（Protein-protein interactions，PPI）网络，分析相关生物功能注释和通路，用SYBYL-X 2.0软件完成靶基因与有效成分的分子对接。结果 筛选得到瓜蒌薤白半夏汤有效活性成分46个，药物相应靶点277个，疾病靶点450个，获取交集靶点82个，PTGS2、ADRB2、SCN5A、CASP3、NR3C2、AR等靶点处于网络图的核心位置。富集分析显示，主要通过RNA聚合酶II启动子转录的正调控、转录正调控，DNA模板、药物反应、基因表达的正调控、信号转导、缺氧反应、炎症反应等生物学过程干预冠心病；细胞组分主要涉及细胞外间隙、质膜、胞外区、胞质、细胞外泌体等；具有蛋白质结合、酶结合、蛋白质同源二聚体活性、细胞因子活性、受体结合、转录因子活性等分子功能。瓜蒌薤白半夏汤可能通过PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路等发挥治疗作用；分子对接显示瓜蒌薤白半夏汤有效成分与核心靶点具有较好的结合能力。结论 本研究系统筛选了瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用靶点和生物学机制，为后续深入研究中医药治疗冠心病的药物机制提供理论基础。     

基于网络药理学分析当归活血汤治疗下肢动脉硬化闭塞症的作用机制

目的：分析当归活血汤治疗下肢动脉硬化闭塞症的有效活性成分及靶点的药理作用。方法：通过中药系统药理数据库与分析平台（TCMSP）筛选当归活血汤有效活性成分及靶点,运用GeneCard及OMIM数据库获取下肢动脉硬化闭塞症（ASO）相关蛋白;通过String平台对药物-疾病靶蛋白进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络构建,利用DAVID数据库,将所得到的当归活血汤-下肢ASO靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：当归活血汤药物有效活性成分234个,当归活血汤-下肢ASO作用靶点共26个;PPI网络分析结果发现IL-6、VEGFA、MMP-9、IL-10等可能是当归活血汤治疗ASO的关键靶点。共获得46条GO生物过程和167条相关信号通路,其中HIF-1、AGE-RAGE、IL-17、TNF等信号通路与下肢ASO的治疗密切相关。结论：基于网络药理学探究当归活血汤主要成分的靶点网络及其治疗下肢ASO的作用机制,为进一步对本病的基础实验研究提供新思路及科学依据。     

基于网络药理学的升陷汤治疗心力衰竭的作用机制研究＊

目的 基于网络药理学方法探讨升陷汤治疗心力衰竭（heart failure，HF）的潜在作用机制。方法 采用TCMSP、TCM-MESH、化学专业数据库、ETCM平台筛选出升陷汤的活性成分，利用TCMSP靶点预测模型预测活性成分的潜在靶点；利用Genecards、OMIM、Disgenet、DigSee数据库检索心力衰竭的相关靶点；利用Biogenet分别对药物与疾病靶点进行蛋白质相互作用网络进行构建，并提取交集网络以获得升陷汤治疗心力衰竭的关键靶点；利用Metascape对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 得到药效成分60个、药物靶点156个、心力衰竭靶点1387个，最终获得关键靶点197个、KEGG通路157条。升陷汤治疗心力衰竭主要成分为槲皮素、山奈酚、黄芪多糖、黄芪甲苷等，关键靶点为TP53、ESR1、FN1、UBC、TNF-α，关键的生物学进程和通路可能包括PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TLR信号通路、HIF-1α信号通路、FoxO信号通路、细胞周期信号通路等。结论 本研究初步揭示了升陷汤多成分、多靶点、多途径治疗心力衰竭的机制，为升陷汤的临床开发利用提供了依据。     

基于网络药理学探讨大补脾汤治疗肝癌的作用机制＊

目的 利用网络药理学的方法,建立大补脾汤的活性成分-作用靶点-通路的网络图,对作用靶点的基因功能和通路进行富集分析,从而探讨大补脾汤治疗肝癌的可能作用机制。方法 通过TCMSP 数据库、中国台湾中医药资料库获得大补脾汤主要活性成分。采用Swiss Target Prediction 预测活性成分的潜在靶点,并与肝癌疾病靶点数据进行比对,获得大补脾汤治疗肝癌的作用靶点。采用DAVID数据库平台对作用靶点的GO注释和KEGG 通路进行富集分析和蛋白功能归属。最后通过Cytoscape 构建大补脾汤治疗肝癌的“活性成分-作用靶点-通路”网络图。结果 大补脾汤潜在的有效成分共有118个,其中人参、甘草、旋覆花含有65种成分可能具有治疗肝癌的作用。大补脾汤治疗肝癌的可能靶点共29个,其中EGFR、SRC、PTGS2、MMP9、MMP2、MCL1、MET、AR和ESR1等可能为关键靶点基因,涉及到对微小RNAs、雌激素受体通路、肿瘤相关通路等的调控作用。结论 大补脾汤中山奈酚、槲皮素、木犀草素等可能通过调控微小RNAs和雌激素信号通路等机制,作用于EGFR、ESR1、SRC、MET等靶点发挥治疗肝癌的作用,为大补脾汤药效机制的多角度研究和肝癌的中医药治疗提供思路。