2017—2022年内蒙古自治区流感监测结果分析

目的分析2017—2022年内蒙古自治区流感监测数据, 了解流感流行的特征和规律, 为流感防控工作提供科学依据。方法利用"中国流感监测信息系统"收集2017—2022年内蒙古自治区流感样病例(influenza-like illness, ILI)和流感病原监测结果数据, 分析不同时间、地区、人群流感流行特征。结果 2017—2022年内蒙古自治区流感监测哨点医院ILI%平均为2.44%, ILI%冬春季明显升高;ILI年龄构成以5岁以下龄组人群为主;不同地区之间ILI%有差异, 以西部最高;2017—2022年内蒙古自治区ILI咽拭子样本检出流感平均阳性率为12.57%, 不同年度阳性率有差异, 2017—2018年度阳性率最高为17.10%, 2020—2021年度阳性率最低为0.29%, 2017—2022年不同年份流感优势株不同。结论 2020—2021监测年度, 内蒙古自治区流感活跃程度明显低于往年同期水平, 其他监测年度符合我国北方地区流感流行特征。     

南京地区成人上呼吸道感染患者鼻病毒分子流行病学特征分析

目的分析南京地区成人上呼吸道感染(upper respiratory tract infection, URTI)患者人鼻病毒(human rhinovirus, HRV)的感染特征及流行特征。方法收集2021年10月—2022年9月南京地区成人上呼吸道感染患者的流行病学资料, 采集临床标本使用荧光定量逆转录聚合酶链反应开展14种常见呼吸道病毒的检测;对HRV阳性标本VP4/VP2编码区基因扩增测序并做进化分析。结果共收集399份上呼吸道感染患者的咽拭子样本, 呼吸道病毒的总体阳性检出率为28.07%(112/399), 其中HRV的检出率最高, 达到9.52%(38/399);38株HRV阳性标本中37株成功测序, 共鉴定为3种基因型, 分别为13株HRV-A、14株HRV-B、10株HRV-C, 涉及25种血清型;其中3种HRV的基因型呈现交替流行或共流行。结论 HRV是2021年10月—2022年9月南京地区成人上呼吸道感染者的主要病原体, 且HRV-A、B、C三种基因型共流行或交替流行。     

中国风疹病毒基因型流行趋势研究

目的 分析1999-2012年中国（未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区）风疹病毒基因型的流行趋势.方法 依据中国麻疹和风疹实验室网络病毒学监测数据库,以及国家麻疹和风疹实验室风疹病毒学监测数据,进行中国流行风疹病毒基因型的动态监测.结果 1999-2012年从全国27个省（自治区、直辖市）分离到1017株风疹病毒株：其中847株为1E基因型（2001-2012年）,分布于我国所有已开展风疹病毒学监测的27个省、区;15株为1F基因型（1999-2002年）,分布于河南、安徽和山东三省;3株为疫苗类似株2A基因型（2001年）,分离于山东省;152株为2B基因型（2000、2006、2008、2011、2012年）,从全国13个省、区、市分离到.在2002年之后未再检测到1F和2A基因型.结论 通过对1999-2012年中国27个省、区流行的风疹病毒的分子流行病学研究,阐明了我国流行的风疹病毒的基因型流行趋势及其在地域和年代上的分布,并证实近年来我国风疹病毒的流行是由1E和2B基因型共循环引起的多个传播链所致,其中1E基因型为优势,2B基因型为弱势.     

淄博市1983—2021年肾综合征出血热流行特征及宿主动物监测分析

目的分析1983—2021年淄博市肾综合征出血热(hemorrhagic fever with renal syndrome, HFRS)的流行特征, 为疾病的预防和控制提供依据。方法收集1983—2021年全市出血热疫情和宿主动物监测资料, 用描述性流行病学方法进行统计分析。结果 1983—2021年全市报告肾综合征出血热17 679例, 死亡95例, 病死率0.54%。年发病率介于0.27/10万～76.51/10万之间。39年间共出现3个流行周期。病例主要分布在淄博市南部山区的农村地区, 沂源县、淄川区和博山区, 报告病例数占全市57.81%。每年发病呈明显的春季和秋冬季两个高峰。男女性别比2.08:1, 2011—2021年60岁以上年龄组构成比28.62%。2006—2021年全市平均鼠密度为2.67%, 平均鼠带毒率为4.92%, 2006—2018年发病率与鼠带毒率之间呈线性相关性(r=0.68)。病原学监测显示褐家鼠携带汉城型汉坦病毒, 黑线姬鼠携带汉滩型汉坦病毒。结论 39年间淄博市出血热总体呈现下降态势, 病例呈现高度散发, 局部聚集的特点, 秋冬季发病高峰上升, ...     

北京市2022—2023年甲型H3N2流感病毒流行特征与血凝素基因变异分析

目的掌握2022—2023年北京市流感流行特征及甲型H3N2流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)基因、抗原性变异情况, 为北京市流感防控提供科学依据。方法对北京市2022年第14周至2023年第20周流感病原学监测结果进行统计分析, 并选取不同时间、不同人群来源79株甲型H3N2流感病毒, 通过HA基因扩增测序及抗原性分析实验, 分析其基因变异和进化特征。结果 2022年第14周至2023年第20周, 北京市流感病原学监测流感样病例咽拭子24 244份, 检出流感病毒核酸阳性4 987份, 其中甲型H3N2流感病毒2 749份, 检出阳性率为11.34%。79株毒株中50株(63.29%)为疫苗株的低反应株, 2022年8～11月毒株中94.44%为低反应株, 2023年2～3月毒株中54.10%为低反应株, 两者差异有统计学意义(χ2=8.079, P=0.004)。79株甲型H3N2流感病毒HA基因序列与疫苗株A/Darwin/9/2021相比, 核苷酸相似度为97.47%～98.47%, 氨基酸相似度为97.05%～98.17%。基因进化分析显示2022年8～11...     

2021—2022年流感监测季北京市乙型Victoria系流感病毒血凝素基因特性和抗原性分析

目的分析2021—2022年流感监测季北京市乙型Victoria系流感病毒(BV)的血凝素(hemagglutinin, HA)基因特性、抗原性及与流感疫苗组分株的匹配性。方法采集2021—2022年流感监测季流感样病例(influenza like-illness, ILI)咽拭子样本经MDCK和鸡胚培养分离流感病毒, 提取病毒核酸后测序。应用MEGA5.0进行病毒HA基因的核苷酸和氨基酸变异, 采用maximum likelihood方法构建HA基因的遗传进化树, 在线预测N-糖基化位点。SWISS-MODEL同源建模, 建立BV毒株HA的蛋白质三维空间模拟图。通过血凝抑制(hemagglutination inhibition, HI)试验, 进行毒株的抗原性分析。结果共收集402株BV毒株, 选取58株测序获得HA基因全长序列, 与本年度的疫苗组分BV株(B/Washington/02/2019)HA基因相比较显示, 有27个氨基酸位点发生变异, 其中11个变异位点位于4个不同的抗原决定簇。遗传进化树分析显示:3个进化分支的毒株共同流行, 其中54株(54/58, 93.10%...     

江苏省2019—2022年乙型流感病毒Victoria系HA基因特征分析

目的分析江苏省2019—2022年乙型流感病毒Victoria系流行特征, 了解其基因变异情况, 监测江苏省流感活动水平和流行趋势。方法通过"中国流感监测信息系统"收集的江苏省2019—2022年流感样病例监测数据, 选取16株乙型流感病毒Victoria系毒株进行全基因组测序, 利用MEGA 7软件构建进化树并进行HA基因序列特征分析。结果江苏省2019—2022年监测到的流感病毒中乙型流感病毒Victoria系占绝对优势。16株标本株中2019—2020年度的毒株在V1A.3早期分支, 而2021—2022年度的毒株则聚类在3a.2亚型分支。与疫苗株相比, 2019—2020及2020—2021年度的毒株发生了1个氨基酸位点的改变并增加了1个糖基化位点, 而2021—2022年度的毒株则存在多个位点变异, 其中H122Q、A127T、R133G、P144L、N150K、S194D及K200R位于抗原决定簇上。结论江苏省乙型流感病毒Victoria系在多处基因位点发生了变异, 提示对该亚型变异的持续监测至关重要, 可为疫苗的更新提供重要依据。     

2017—2019年河南省漯河市严重急性呼吸道感染病例人腺病毒基因特征分析

目的了解我国河南省漯河市严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection, SARI)病例人腺病毒(human adenovirus, HAdV)基因特征。方法对2017年10月至2019年2月SARI病例中鉴定的HAdV阳性标本进行病毒分离后, 扩增并测定其Hexon基因的Loop2区域, 初步鉴定病毒分离株型别。然后根据初筛结果, 分别使用HAdV各型特异性引物扩增病毒株3个靶基因(Penton base、Hexon和Fiber)的序列全长, 并与各型原型株以及国内外相应型别代表株进行系统发育和序列同源性分析, 以确定HAdV病毒株型别并了解其基因特征。结果从河南省漯河市783份SARI病例中鉴定的27份HAdV阳性咽拭子标本中, 共分离获得18株病毒分离株, 分子分型结果显示, 这些毒株分属于B亚属(HAdV-3、HAdV-7和HAdV-55)、C亚属(HAdV-1、P1H2F2、Px1/Ps3H5F5、P89H5F5和HAdV-6)和E亚属(HAdV-4)。其中C亚属HAdV-1分离阳性率最高(33.3%), 其次为B亚属HAdV-3(2...     

2021年湖南省人民医院新生儿副肠孤病毒的遗传进化分析

目的初步了解湖南省人民医院新生儿中副肠孤病毒的流行情况, 分析其遗传进化特征。方法 2021年6～9月份在湖南省人民医院采集住院新生儿粪便标本, 采用TaqMan real-time qPCR和RT-PCR方法进行人副肠孤病毒(human parechovirus, HPeV)的筛查和分型, 采用高通量测序和RT-PCR方法扩增其全基因组, 序列测定后进行系统发育分析。结果共采集新生儿粪便样本123份, 其中HPeV阳性为22份, 阳性率为17.89%, 分型结果显示所有毒株均属于HPeV-1基因型;扩增获得1株HPeV基因组全长为7 269 bp, 命名为Hunan/HPeV/2021, 该基因组具有典型的HPeV基因组结构;序列比对结果显示该毒株与GenBank中已知的HPeV-1型的基因组核苷酸序列具有最高同源性, 为86.6%～91.9%;其编码的唯一的长开放阅读框(open reading frame, ORF)长度为6 540 nt, 与已知相似序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为90.3%～92.6%和97.3%～98.3%;系统发育分析显示该病毒株属于HPeV-1型进化分支...     

2021—2022年桂林地区急性呼吸道感染住院儿童病毒谱与流行特征

目的了解2021—2022年间桂林市急性呼吸道感染住院儿童病例中呼吸道病毒谱的构成, 探究不同呼吸道病毒的流行特征。方法收集2021年9月至2022年10月广西桂林市14岁以下急性呼吸道感染(acute respiratory infection, ARI)住院儿童作为研究对象, 共检测638例。采集的患儿咽拭子, 采用实时荧光逆转录-聚合酶链反应的方法进行核酸检测, 对包括不同亚型在内15种常见种或型呼吸道病毒进行筛查, 分析急性呼吸道感染住院患儿病例的病毒谱特征。结果 638例标本中, 检出包括不同亚型在内的病毒12种, 有365例至少1种或型病毒检测结果为阳性, 阳性率为57.21% (365/638), 感染两种及以上病毒检出率12.85%(82/638)。不同季节的病毒检出率的差异有统计学意义(P<0.002)。不同年龄组样本的病毒阳性检出率以0～2岁组最高(40.66%), 其次为3～5岁组(34.80%)和≥6岁组(24.54%)。结论 2021年9月至2022年10月期间, 12种呼吸道病毒在桂林地区存在流行, 具有明显的夏季高峰特点, 提示当地夏季时应重点针对可...     

一株Ⅲ型WU多瘤病毒的分离培养和全基因组进化分析

目的分离培养WU多瘤病毒(WU polyomavirus, WUPyV)并分析全基因组系统进化、同源性及种群动态特征。方法采用实时荧光定量PCR检测2020—2022年间北京友谊医院呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物样本, 利用气液两相的原代人呼吸道上皮细胞模型对WUPyV阳性样本进行病毒分离培养, Sanger测序获得全基因组, 结合GenBank数据库中已公布的全基因组信息进行系统发育和进化动力学研究。结果 WUPyV在2020—2022年的检出率为4.7%(31/659), 并成功分离1株Ⅲc型WUPyV临床病毒株BJ0593。WUPyV全基因组及各基因片段同源性较高, VP2基因的平均进化速率约为每年1.256×10-4个氨基酸替换/位点, 种群动态在近十年内趋于平缓。结论本研究首次成功分离Ⅲ型WUPyV临床病毒株, 为WUPyV的分子进化及致病性研究提供基础。     

2010—2021年上海市闵行区流感样病例及病原学特征

目的了解2010—2021年上海市闵行区流感样病例(ILI)的流行病学特征及流感病毒的病原学动态变化趋势。方法利用上海市闵行区2010年第1周—2021年第52周共12个监测年度间的流感监测哨点医院和流感网络实验室的监测数据进行统计分析。结果 2010—2021年上海市闵行区国家级流感监测哨点医院共报告122 903例ILI, 年平均流感样病例百分比(ILI%)为0.94%, 总体呈现上升趋势(P<0.001)。ILI中, 0～4岁、5～14岁、15～24岁、25～59岁、≥60岁年龄组病例分别占4.35%、13.30%、14.30%、54.32%、13.73%。ILI%呈现明显的周期性, 12月—次年2月为冬季高峰, 7—9月为夏季高峰, 2013年初的冬季高峰有所推延, 2021年未出现明显就诊高峰。2010—2021年闵行区共检测ILI标本11 625份, 流感病毒阳性率为20.92%(2 432/11 625), 甲型流感病毒阳性率为12.83%(1 492/11 625), 乙型流感病毒阳性率为8.09%(940/11 625), 甲型流感的流行强度高于乙型流感。201...     

一个重型β地中海贫血家系中的β珠蛋白基因变异

用DNA序列测定技术检测云南 1个重型 β地中海贫血病例的家系中 β珠蛋白基因变异 ,确定基因型并预测发病风险。结果显示 :该家系中存在 5种 β珠蛋白基因变异 ,除IVS - 2nt6 5 4(C→T)外 ,首次发现 β地贫病例中存在TATAbox -31(A→C)和IVS - 2nt749(C→T)突变及两者组成的基因型 ;在中国人中发现Code 2 (CAC→CAT) ,IVS - 2nt6 6 6 (T→C)多态位点和基因型 ,并推测 - 31(A→C)突变表型是 β 。     

云南省瑞丽市2020—2021年登革热流行病学特征分析

目的阐明2020—2021年瑞丽市登革热流行特征和伊蚊分布特点。方法用描述流行病学方法对登革热病例和伊蚊监测资料进行分析。结果这两年瑞丽市共确诊登革热259例, 其中2020年249例(本地病例245例, 输入病例4例), 发病率为116.89/10万;2021年10例(本地病例9例, 输入病例1例), 发病率为4.75 /10万。主要流行于主城区、勐卯镇、姐告开发区和畹町镇。病例主要发生于7—11月, 以青壮年为主, 男性明显多于女性, 职业主要为商业服务者、家务及待业者和学生。布雷图指数6—11月为10～58, 其他月份为<5, 白纹伊蚊、埃及伊蚊和其它蚊种构成比分别为40.41%、35.72%和23.87%。结论瑞丽市2020—2021年每年都发生登革热本地流行, 发病率下降与新型冠状病毒肺炎边境管制下登革热输入病例减少和本地流行减弱有关。     

2019—2021年深圳地区诺如病毒暴发分子流行特征

目的了解深圳地区2019—2021年诺如病毒暴发分子流行特征。方法收集2019年1月至2021年12月诺如病毒暴发信息及标本, 应用实时荧光反转录聚合酶链式反应样本进行诺如病毒检测, 阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析;对其中3株GII.2[P16]进行基因组扩增和序列分析。结果 2019年1月至2021年12月, 共报告诺如病毒暴发246起, 主要发生在幼儿园(132, 53.66%)和小学(52, 21.14%)。每起暴发发病数范围为3～130, 中位数为8。每年11月至次年3月为诺如病毒暴发的流行高峰。211起暴发分型成功, GI和GII分别检出7种和11种基因型, 78起(36.97%)诺如病毒暴发由GII.2[P16]引起。对GII.2[P16]基因组分析表明, 深圳2020年暴发株仍属于GII.2[P16](2016-2017)亚群, 在非结构蛋白P22(L777S)和3C蛋白酶(A1047V和P1074T)上出现氨基酸变异。结论 GII.2[P16]是2019年1月至2021年12月引起深圳市诺如病毒暴发的流行株, 主要发生在学校和幼儿园, 持续监测和基因组分析...     

北京市2007-2010年风疹病原学监测

目的 对北京地区风疹病原学进行监测.方法 收集风疹疑似病例血清标本和尿液和(或)咽拭子,用于血清学检测和病毒分离.病毒分离物和临床标本中的核酸利用real-time PCR方法进行检测.结果 2007-2010年,共收集99个风疹疑似病例血清标本和临床标本,血清学确诊55个病例(56%),病毒分离确诊51个病例(52%).回顾性检测疑似风疹病例及尿液和(或)咽拭子核酸,共确诊72个风疹病例(73%).分离的风疹病毒基因型主要为1E基因型.结论 北京地区主要流行的风疹病毒为1E基因型别.

Abstract：

Objective To clarify the pathogen for rubella in Beijing from 2007 to 2010. Methods Beijing Center for Disease Preventipn and Control ( CDC ) collected the specimens (including blood, urine and throat swab specimens) frqm clinically diagnosed rubella cases for serological test and virus isolation. The nucleic acid of rubella virus in clinical specimens and isolations was detected by real-time PCR. Results Fifty-five out of 99 blood specimens were positive for anti- rubella IgM. Fifty-one out of 99 clinically diagnosed rubella cases were confirmed as rubella cases by virus isolation. Seventy-two were confirmed as rubella virus infections with real-time PCR method for detecting the nucleic acid of rubella virus in clinical specimens. Compared with the sequences of reference strains of rubella virus, all of detected rubella virus belonged the IE gene type. Conclusion This study indicates that IE gene type virus was the predominant endemic rubella virus in Beijing.     

广州市海珠区2007-2010年麻疹、风疹检测结果分析

目的分析广州市海珠区2007-2010年麻疹、风疹流行特征,为麻疹、风疹的预防和控制提供可靠依据。方法对辖区内2007-2010年的麻疹、风疹病例的实验室检测结果进行统计分析。结果辖区内2007-2010年间麻疹年平均发病率为15.61/10万;风疹年平均发病率为2.57/10万。麻疹病例多集中在婴幼儿及中青年人群;风疹病例以10～25岁青少年为主,且麻疹、风疹的病例发生具有明显的季节性。结论要达到消除麻疹、控制风疹发病率的目标,应继续做好计划免疫工作,提高免疫覆盖率,严密监测,预防暴发。     

宁波市2013—2021年发热伴血小板减少综合征流行病学特征

目的了解宁波市2013—2021年发热伴血小板减少综合征(severe fever with thrombocytopenia syndrome, SFTS)的流行特征。方法系统收集并分析近10年来宁波市SFTS报告病例的个案资料、病原学检测数据及病原基因组测序数据。结果 2013—2021年, 宁波市共报告SFTS 65例, 死亡8例, 病死率12.31%。患者平均年龄为53.65岁, 60～70岁年龄组患者最多。宁波市下辖10个区(县)中6个区(县)有SFTS病例报告, 以宁海县(33例, 50.77%)和象山县(20例, 30.77%)报告病例最多。发病时间呈季节性分布, 7月为发病高峰, 4～8月病例占全年病例数的81.54%(53/65)。76.92%(50/65)病例为农民。92.31%(60/65)病例居住在山区或丘陵地区。65例SFTS病例中, 8例患者有明确蜱虫叮咬史, 20例患者接触家养动物(宠物)或居住地有鼠类出没。基因测序结果显示, 宁波市发热伴血小板减少综合征病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome viru...     

云南省一株柯萨奇病毒B组5型分离株的全基因组解析

目的对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CVB5)病毒株进行全基因组测序, 并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株, 应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定, 采用MEGA、RDP4及SimPlot软件, 解析病毒基因组学特征。结果分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%, 属GⅠ.C1分支, 与国内大多其他CVB5流行株相似度低(≤90.3%), 揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变(T246A和T275A), 但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株, 重组位点发生在P1区VP4(940)和P2区2A(3 540)。结论本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型, 存在特异的核苷酸分歧, 也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作, 持续追踪病毒进化规律, 不断提高相关...