m6A阅读器IGF2BP1在胰腺癌中的表达及意义

目的 利用生物信息学分析探讨N⁶-甲基腺嘌呤(N⁶-methyladenosine, m6A)阅读器胰岛素样生长因子2-mRNA结合蛋白1(IGF2BP1)在胰腺癌组织中的表达情况及其临床意义。方法 从GEO和TCGA两数据库m6A相关基因的差异分析结果中筛选出本研究的目标基因IGF2BP1后,通过HPA、UALCAN网站对IGF2BP1蛋白质水平的表达情况进行分析。利用UALCAN网站分析IGF2BP1的表达与临床病理的关系。通过LinkedOmics网站对IGF2BP1进行共表达分析及GSEA富集分析。STRING网站被用于构建IGF2BP1的蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络。使用Kaplan-Meier Plotter数据库对IGF2BP1及与其有蛋白互作关系的基因进行Kaplan-Meier生存分析。结果 IGF2BP1在胰腺癌组织中高表达且表达水平与胰腺癌患者TP53的突变有关(P<0.05)。共表达分析显示1226个基因与IGF2BP1呈正相关,825个基因与IGF2BP1呈负...     

基于加权基因共表达网络分析慢性阻塞性肺疾病的差异基因及信号通路

目的 利用生物信息学方法探讨慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary diseases, COPD)发病机制中的重要基因与信号通路。方法 从高通量基因表达(gene expression omnibus, GEO)数据库下载COPD组和正常组基因表达数据,采用加权基因共表达网络分析法(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)建立COPD的基因共表达网络和识别共表达模块,以共表达模块中高系数模块和差异基因中共同靶点作为COPD的作用靶点,用Genecards和DisGeNET疾病库来进行验证,得到COPD的关键基因。对关键基因进行蛋白互作网络分析(protein-protein interactions, PPI)、基因本体功能(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析,并通过Cytoscape建立关键靶点、生物过程和通路的互作网络。再通过CytoHubba插件提取前10...     

MPF基因在上皮性卵巢癌患者中的表达、相关信号通路及与患者预后的关系

目的：探讨MPF基因在上皮性卵巢癌患者中的表达、相关信号通路及与患者预后关系。方法：TCGA数据库中分析MPF基因在上皮性卵巢癌中的表达情况；STRING数据库建立MPF相关蛋白互作网路，并进行相关信号通路富集。同时分析比较MPF基因表达与上皮性卵巢癌患者总生存(OS)和无疾病进展生存(DFS)及进展后生存期(PPS)的关系。选取89例上皮性卵巢癌患者，免疫组化分析MPF蛋白表达并验证数据库结果。结果：MPF基因mRNA在卵巢癌组织显著高于癌旁组织，差异有统计学意义(P<0.05)。与MPF蛋白相互作用较为紧密基因编码蛋白30个，蛋白间相互作用关系edge=213,区域聚类指数为0.822,与MPF蛋白相互作用较为紧密的30个蛋白相互作用网络富集显著(P<0.01)。相关性分析显示，HAGHL与MPF基因正向共表达最为明显(r=0.557 3,P<0.05),而GFRA3基因与MPF基因负向共表达最为明显(r=-0.490 4,P<0.05)。预后分析显示，MPF基因mRNA高表达患者PFS(HR=1.26)显著低于低表达组，差异有统计学意义(P<0.05...     

Trop-2基因在膀胱尿路上皮癌中的遗传表达和临床意义

目的 通过对癌症基因组图谱（TCGA）数据库中膀胱尿路上皮癌（BLCA）的数据挖掘，探讨Trop-2基因的表达及其临床意义，为Trop-2作为临床治疗靶点提供理论依据。方法 利用GEPIA2、cBioPortal等在线工具分析Trop-2在泛癌中的表达情况。采用HPA数据库比较正常膀胱组织与BLCA组织Trop-2的免疫组织化学染色结果，分析其蛋白表达差异。利用R4.1.2对从TCGA数据库中提取的BLCA的基因表达信息进行富集分析，以发现潜在通路。采用共表达基因分析和肿瘤免疫浸润分析，研究Trop-2在BLCA发生中的可能作用。结果 免疫组织化学染色结果证实，BLCA组织中Trop-2表达呈上调趋势，且通过参与细胞周期、p53信号通路等过程促进BLCA细胞生长、增殖和转移。肿瘤免疫浸润分析显示，Trop-2及共表达基因与B细胞呈显著正相关，而与T细胞（CD4+T细胞、CD8+T细胞）呈显著负相关，一定程度上说明了免疫过程在肿瘤发生中的作用。结论 Trop-2在BLCA中呈高表达，同时通过多种通路和免疫过程调控肿瘤的发生，因此可能成为BLCA诊断和治疗的潜在靶点。     

浸润性膀胱癌差异基因的互作网络分析及验证研究

目的 采用蛋白互作网络分析研究表达谱基因芯片数据,构建浸润性膀胱癌基因互作网络图并对筛选出的网络中心节点进行实验验证.方法 将表达谱芯片筛选到的浸润性膀胱癌152个共同差异表达基因,导入STRING在线数据库进行分析,绘制差异基因瓦作网络图,并将瓦作网络数据导出到Cytoscape 2.6.2软件中,筛选出网络中心节点.采用KEGG数据库等进行信号通路分类及基因功能研究,进而采用实时定量RT-PCR对其基因表达进行验证,筛选出基因表达在膀胱癌组与正常膀胱粘膜组差异最大的基因,并对浸润性膀胱癌发生的分子机制进行初步探讨.结果 共有103个膀胱癌共同差异表达基因编码的蛋白经STRING筛选存在相互作用.并构成一个复杂的互作网络图;Cytoscape共筛选出26个网络中心节点,广泛参与肿瘤发生的多条信号通路;实时定量RT-PCR结果表明UBE2C、VEGF、TGFBR2、CAV1四个基因表达量在膀胱癌组与正常膀胱粘膜组的差异最大,分别为9.45、4.17、0.13、0.18倍(以GAPHD作为内参,计算2-△△α),与芯片检测结果的趋势一致.结论 本研究构建出的浸润性膀胱癌差异基因互作网络图,尤其是其中的网络中心节点基因,对于浸润性膀胱癌发生分子机制的研究、早期诊断及分子靶向治疗研究具有较好的提示作用.     

基于加权基因共表达网络的子宫内膜癌关键基因筛选与预后分析

目的 基于加权基因共表达网络筛选影响子宫内膜癌发生发展的关键基因并分析其与预后的关系。方法 从美国国立生物技术信息中心基因表达综合数据库中下载包含子宫内膜癌组织和正常内膜组织样本数据集(GSE17025)的基因芯片表达数据。使用R 4.2.1软件中的Limma包筛选出差异表达基因,并利用WGCNA包构建基因共表达网络,获得相关模块及其基因集,然后利用Venn包对相关系数最大的模块基因和差异表达基因取交集。对交集基因进行基因本体论(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并构建交集基因的蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape软件提取出关键基因,分析关键基因与子宫内膜癌预后的关系。结果 共筛选出差异表达基因2 165个,包含5个模块,其中红色模块(包括304个基因)与子宫内膜癌的相关度最高(r=-0.54,P<0.001),取二者交集获得137个基因。交集基因主要涉及细胞器分裂及核分化等生物学过程,且主要富集在同源重组、p53信号通路等信号通路中。PPI网络共筛选出7个关键基因,包括纺锤体样小头畸形相关蛋白基因(ASPM)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(...     

肺腺癌中CDK1的生物信息学分析

目的:分析基于生物信息学对CDK1在肺腺癌(LUAD)中的表达和临床意义。方法:通过GEPIA分析CDK1的表达,在UALCAN数据库中分析肺腺癌分期、淋巴结转移等临床特征与CDK1表达的关系,GEPIA分析CDK1表达与肺腺癌预后的关系,Oncomine数据库挖掘CDK1的共表达基因,WebGestalt对共表达基因进行G0和KEGG通路富集分析。String数据库整合基因蛋白互作网络(PPI),并进行Cytoscape可视化分析,CytoHubba挑选核心基因。Kaplan-Meier plotter和GEPIA数据库对筛选出的hub基因进行了更多的分析和验证。结果:在肺腺癌中,CDK1表达明显高出正常组织(P<0.01)。UALCAN数据库分析表明肺腺癌患者的分期、性别等临床特征与CDK1的表达没有显著相关性。GEPIA分析显示,与CDK1高表达的肺腺癌患者相比,CDK1低表达患者的总生存率增加(P<0.05)。Oncomine数据库筛选出CDK1的共表达基因有TOP2A、MCM4等18个基因。GO分析显示,CDK1共表达基因主要与染色体定位、染色体凝集、ATP酶活性...     

骨髓脂代谢紊乱与原发性骨质疏松症的关系及临床意义研究

目的 探讨骨髓脂代谢紊乱与原发性骨质疏松症(OP)的相关性,研究脂代谢相关基因对原发性OP的调控作用和临床意义。方法 利用公共数据集GSE35959获得OP的差异表达基因,结合人类脂代谢相关基因列表,筛选出OP患者差异表达的脂代谢基因。利用STRING 11.0数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用受试者操作特征(ROC)曲线分析PPI中关键蛋白对OP的鉴别诊断意义。结果 OP患者骨髓间充质干细胞中共鉴定出2 105个差异表达基因(上调基因1 940,下调基因165个),其中75个与脂代谢相关,主要参与机体细胞脂代谢、小分子脂代谢等过程,主要涉及花生四烯酸代谢、甘油磷脂代谢等信号通路。OP脂代谢相关基因PPI网络共包含75个节点,65条互作关系(P<0.01);其中互作关系≥5的节点为7个,分别为HELZ2、CYP4A11、ALOX5、PTGS2、CYP4F2、ALOX12B、FABP4;OP患者上述基因表达水平高于健康对照组(P<0.05);ALOX5基因与HELZ2基因表达呈负相关(P<0.05);HELZ2、CYP4A11、ALOX5、PTGS2、CYP4...     

膀胱癌组织中MCP-1、VEGF、CUGBP1表达相关性及其与癌细胞生长的关系

目的:探讨膀胱癌组织中MCP-1、VEGF、CUGBP1表达相关性及其与癌细胞生长的关系。方法:收集在本院接受膀胱癌根治术治疗的原发性膀胱癌患者80例,取膀胱癌组织及癌旁组织,采用western-blot法测定其中MCP-1、VEGF、CUGBP1的蛋白表达量,采用荧光定量PCR法测定其中增殖、凋亡基因的mRNA表达量。经Pearson检验评估MCP-1、VEGF、CUGBP1的相关关系,以及MCP-1、VEGF、CUGBP1蛋白表达量与增殖、凋亡基因mRNA表达量的相关关系。结果:膀胱癌组织中MCP-1、VEGF、CUGBP1的蛋白表达量显著高于癌旁组织,且三者蛋白表达量间互呈正相关关系(P<0.05)。膀胱癌组织中增殖基因KPNA2、MRPS5、YAP的mRNA表达量高于癌旁组织,NDPK-A、Sox1的mRNA表达量低于癌旁组织,凋亡基因Bcl-2、Rce1、cIAP-1的mRNA表达量高于癌旁组织,Bax、STAG2、RUNX3的mRNA表达量低于癌旁组织(P<0.05)。膀胱癌组织中MCP-1、VEGF、CUGBP1的蛋白表达量与增殖基因KPNA2、MRPS5、YAP的mRNA表达量呈正相关,与NDPK-A、Sox1的mRNA表达量呈负相关,与凋亡基因Bcl-2、Rce1、cIAP-1的mRNA表达量呈正相关,与Bax、STAG2、RUNX3的mRNA表达量呈负相关(P<0.05)。结论:膀胱癌组织中MCP-1、VEGF、CUGBP1互相促进表达,且共同作用于肿瘤细胞的增殖、凋亡基因,加速肿瘤细胞增殖并抑制其凋亡。     

基于生物信息学数据库分析CDC20基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的：探讨膀胱癌中CDC20基因的表达及其临床预后意义。方法：使用Oncomine数据库和GEPIA数据库分析CDC20基因在膀胱癌中的表达水平。采用Kaplan-Meier Plotter分析CDC20表达水平与膀胱癌病人总体生存时间的关系,采用LinkedOmics数据库分析CDC20基因表达与膀胱癌病人年龄及临床病理特征的相关性,通过STRING数据库绘制CDC20有关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果：膀胱癌组织中CDC20基因的表达水平明显高于正常膀胱组织(P<0.01)。Kaplan-Meier生存分析显示,CDC20高表达的膀胱癌病人生存时间低于CDC20低表达的膀胱癌病人(P<0.05)。STRING数据库分析显示,与CDC20相关的蛋白有FBXO5、CCNB1、AURKA等,主要富集在细胞周期、卵母细胞减数分裂、孕酮介导的卵母细胞成熟、泛素介导的蛋白水解等生理过程。LinkedOmics数据库分析显示,CDC20的表达与病人年龄、人种均有相关关系(P<0.05和P<0.01),与TNM分期及病理分期均无明显相关关系(P>0.05)。...     

VNN1基因在急性髓系白血病中的表达及临床意义

目的 通过在线数据库挖掘分析VNN1基因在急性髓性白血病(acute myeloid leukemia, AML)中的表达并探讨其临床意义。方法 使用癌症基因图谱(the cancer genome atlas, TCGA)、组织特异性基因表达库(the genotype-tissue expression, GTEx)和高通量基因表达数据集(gene expression omnibus, GEO)等数据库分析VNN1基因在AML患者和正常对照组中的表达水平;通过下载TCGA、GEO数据集中AML患者的数据信息,进行VNN1基因表达水平与临床特征及总体生存期的相关性分析;利用STRING数据库分析VNN1蛋白-蛋白互作网络,并进行GO基因富集和KEGG通路富集分析,通过单样本基因集富集分析(ssGSEA)来评估VNN1与免疫细胞浸润之间的相关性。结果 与健康对照组(0.025±0.053)相比,VNN1在AML中显著高表达(3.306±1.991)(P<0.001),且其表达水平与AML患者细胞遗传学风险、FLT3突变状态、NPM1突变状态存在密切关系(P<0.05);R...     

基于GEO和TCGA数据库筛选子宫内膜癌发病及预后的相关基因

目的 通过生物信息学方法分析与子宫内膜癌(EC)发病及预后相关的基因.方法 下载基因表达综合数据库(GEO)中相关样本的基因芯片数据,筛选出EC与正常子宫内膜组织细胞中的差异表达基因(DEGs).运用STRING在线数据库及DAVID在线数据库对DEGs进行蛋白-蛋白互作网络(PPI)分析、基因本体论(GO)及京都基因...     

生物信息学方法分析与宫颈癌有关联的基因

目的 通过TCGA和GEO数据库筛选与宫颈癌相关的关键基因,探讨其分子机制及临床意义。方法 通过TCGA和GEO数据库获取宫颈癌的基因表达谱数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取宫颈癌与正常宫颈组织差异表达基因(DEGs),对DEGs进行富集分析、蛋白-蛋白互作网络(PPI)分析并识别关键基因,进一步对关键基因与预后及蛋白表达、以及与宫颈癌免疫浸润的关系进行分析。结果 通过TCGA与GEO数据库中共得到88个宫颈癌DEGs, GO分析发现大部分基因与核染色体减速分裂、核染色体分裂、染色体集缩、核染色体等相关;KEGG信号通路分析发现宫颈癌DEGs参与了细胞周期、DNA复制、卵母细胞减数分裂、p53信号通路、同源重组等信号通路。鉴定出20个宫颈癌关键基因,仅有丝分裂阻滞缺陷2样蛋白1(MAD2L1)低表达患者的总生存期(OS)长于MAD2L1高表达患者(P=0.013),但MAD2L1高表达患者的无病生存期(DFS)与低表达患者差异无统计学意义(P>0.05),宫颈癌组织中MAD2L1蛋白高于正常组织。TIMER在线软件分析显示,MAD2L1与肿瘤的免疫浸润水平均相关(...     

Survivin基因与NET-1 蛋白在膀胱癌中的表达及相互关系

目的:探讨survivin基因和NET-1蛋白在膀胱癌中的表达及其与临床病理特征的关系。方法:采用逆转录聚合酶链反应和免疫组化方法分别检测27例膀胱癌组织和10例正常膀胱组织survivin基因和NET-1蛋白的表达,并将结果进行相关分析。结果:27例膀胱癌组织中survivin基因阳性17例(62.96%),NET-1蛋白阳性21例(77.78%);10例正常膀胱组织未见survivin基因表达,NET-1蛋白表达10.00%(1/10),二者差异有统计学意义(P<0.01);survivin基因与NET-1蛋白表达有相关性(χ2=7.09,P<0.01),survivin基因和NET-1蛋白表达与膀胱癌WHO分级和TNM分期有关,与患者年龄和性别无关。结论:survivin基因和NET-1蛋白在膀胱癌中过度表达表明膀胱癌发生、发展与细胞凋亡和细胞增殖有关,survivin基因对膀胱癌早期诊断和靶向治疗有重要意义。     

基于TCGA数据库探究膀胱癌关键基因的表达及预后作用

目的探究膀胱癌(BC)中基因的差异化表达及其预后作用。方法从TCGA数据库中下载BC的基因表达数据,利用R软件筛选出肿瘤与正常组织间差异表达基因,并进行富集分析,评估其潜在生物学功能及信号通路。利用在线数据库STRING11.0构建了编码蛋白相互作用网络,进一步筛选关键基因。通过UALCAN、GEPIA数据库验证关键基因在BLCA中的表达水平。随后利用在线工具Kaplan Meier Plotter分析他们的预后情况。结果得到1 538个基因存在差异表达,其中有1 088个上调,450个下调,富集分析发现差异基因主要与信号转导、物质代谢、免疫反应等信号通路相关。10个关键基因中,在BC中白细胞介素-6表达越高预后越好(HR=0.46,P < 0.05),间皮素表达越高预后越差(HR=2.27,P < 0.05)。结论BC中存在众多差异表达的基因,他们对疾病进展存在影响,发现并利用他们在BC个体化治疗存在重要意义。     

SIM2基因在膀胱癌组织中的表达及临床意义

目的 利用在线生物信息数据库,组织和细胞水平实验探究SIM2基因在膀胱癌中的表达及涉及的临床意义。方法 通过UALCAN数据库分析SIM2基因在膀胱癌患者和正常膀胱组织中的表达差异,SIM2基因表达与膀胱癌患者淋巴结转移、分期、组织亚型等临床病理参数的关系;GEPIA数据库、HPA数据库、组织芯片和定量PCR技术验证SIM2基因在膀胱癌患者中的mRNA和蛋白表达差异;利用String数据库分析SIM2基因的蛋白相互作用及调控网络;Linked Omics数据库做SIM2相关分子的富集分析;TIMER和TISIDB数据库分析SIM2基因与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关系。结果 UALCAN、GEPIA和HPA数据库结果显示,膀胱癌组织中SIM2基因的mRNA和蛋白水平的表达明显高于正常膀胱组织(P<0.05);UALCAN在线工具分析揭示,SIM2的表达与患者的淋巴结转移、病理类型、分期密切相关;免疫组织化学及定量PCR湿实验结果显示,SIM2蛋白和mRNA表达水平在膀胱癌组织中明显升高(P<0.05),但SIM2的表达与膀胱癌患者TNM分期和病理分级无相关性;String在线分...     

基于数据库挖掘分析PDZK1与乳腺癌氟维司群耐药的相关性

目的 探讨在乳腺癌氟维司群耐药中发挥关键作用的基因。方法 通过GEO公共数据库筛选两组氟维司群耐药细胞数据集,获取与氟维司群耐药相关的基因,分析蛋白互作网络(PPI)蛋白互作网络,筛选关键耐药基因,结合TCGA数据库分析关键基因临床预后相关性,通过细胞模型验证其生物学功能。结果 GEO数据库分析发现PDZ结构域蛋白1(PDZK1)在氟维司群耐药株呈显著低表达(P<0.05)。TCGA数据库显示PKZK1高表达与肿瘤临床分期呈显著负相关,分析发现PDZK1表达与乳腺癌患者预后良好显著相关,在乳腺癌细胞模型中过表达PDZK1基因可以提升氟维司群治疗的敏感度。结论 PDZK1的表达与氟维司群治疗耐药呈负相关,雌激素受体阳性乳腺癌患者中PDZK1高表达人群选择氟维司群治疗的临床获益更大。     

C11orf17蛋白的原核表达及功能预测

目的 利用基因工程技术获取原核表达的C11orf17蛋白,结合生物信息学初步预测其功能. 方法 以K562细胞的cDNA为模板,PCR扩增C11orf17的基因序列;双酶切后将目的基因亚克隆至原核表达载体pET-32a上,将测序正确的重组表达质粒pET-32a-C 11 orf17转化到E.coli BL21,经诱导后SDS-PAGE及Western blot 检测融合蛋白表达,并分析其可溶性.采用UGET软件预测C11orf17共表达基因,蛋白质互作数据库挖掘C11orf17基因已知互作蛋白,在线软件Gather富集共表达基因生物功能. 结果 成功构建重组表达质粒pET-32a-C11orf17,此重组体经诱导后能在E.coli BL21高效表达C11orf17的融合蛋白,UGET分析C11orf17前300共表达探针中,包含267个已知基因,共表达基因主要富集细胞交流、信号传导、细胞周期基因功能本体.蛋白互作数据库表明,C11orf17与PRKACA蛋白互作,后者为细胞周期调控重要分子. 结论 在原核细胞中成功表达出C11orf17蛋白,生物信息预测其可能是细胞周期调控重要新分子,为后续研究提供了方向和线索.     

KIF2C在肝细胞癌中的作用及ceRNA调控网络构建

目的：分析驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)在肝细胞癌（HCC）中的表达及意义;探索竞争内源性RNA(ceRNA)网络在HCC发展中的潜在作用。方法：利用肿瘤芯片数据库（Oncomine）、肿瘤基因组图谱（TCGA）和基因表达谱交互分析（GEPIA）数据库分析KIF2C在HCC中的表达,及其与HCC的总生存期（OS）、无病生存期（DFS）及病理分级等临床参数的关系;通过RT-qPCR实验分析KIF2C在HCC组织和配对的癌旁组织中的表达;通过细胞功能实验分析干预KIF2C表达对HCC细胞增殖、侵袭与迁移的影响;利用STRING和GeneMANIA数据库探索与KIF2C互作的蛋白和基因;使用高通量测序,寻找log2|FC|>1条件下的差异基因,并进行GO与KEGG富集分析,探索KIF2C潜在的作用通路;通过共表达分析,筛选互作的RNA后构建ceRNA调控网络。结果：KIF2C在HCC中显著高表达（P<0.001）;KIF2C表达水平影响HCC患者的生存预后及病理分级（P<0.05）;细胞功能实验表明KIF2C过表达促进HCC细胞的增殖、侵袭与迁移（P<0.05）;...     

利用生物信息学分析LMO2在乳腺癌中的表达和功能

目的探讨LMO2在乳腺癌中的表达及其共表达基因的生物学作用。方法通过Oncomine数据库挖掘LMO2在多种肿瘤中的表达水平,并基于基因表达谱数据动态分析(GEPIA)及人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库检索LMO2在乳腺癌组织与正常组织中的表达差异。采用KM plotter数据库评估LMO2在乳腺癌中的预后价值。利用Coexpedia数据库构建LMO2在乳腺癌中的共表达基因网络,并用FunRich软件对score>3的共表达基因注释;通过GEPIA筛选出差异有统计学意义的关键基因,进一步分析LMO2与这些关键基因的相关性,并对这些基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集。结果乳腺癌组织中,LMO2mRNA和蛋白表达较正常乳腺组织均明显下调(P <0.05),LMO2低表达预示着乳腺癌患者更差的预后。LMO2的共表达基因主要有ADGRL4、GIMAP6、PECAM1、TGFBR2、MEF2C、CD93、S1PR1、LHFP、GMFG、A2M、LDB2、KCTD12、PTPRB和CAV1。其生物学功能主要富集于信号传导等方面。其中,表达显著上调的基因有CAV1,显著下...