关于RNF113A基因在结直肠癌中预后及免疫浸润的临床意义

目的 探讨RNF113A在结直肠癌中表达的临床意义及其与免疫浸润的关系。方法 根据肿瘤基因组图谱(TCGA)通过R语言评价RNF113A在结直肠癌中的表达水平及其预后价值。通过免疫组织化学、实时荧光定量PCR和Western Blot等实验方法,进一步证实了这一结果。应用TCGA数据集对RNF113A进行生存分析。此外,通过基因集浓缩分析(GSEA)和免疫浸润分析检测RNF113A的功能作用。结果 RNF113A在结直肠癌样本中显著上调。RNF113A在结直肠癌中的高表达与M分期、病理分期、性别、组织学类型及肿瘤类型显著相关。RNF113A表达升高与患者预后不良密切相关,包括总生存期(OS)、无进展间期(PFI)及疾病特异性生存期(DSS)。多因素Cox回归分析显示,RNF113A是影响结直肠癌预后的独立因素。受试者工作特征曲线(ROC)分析显示,RNF113A可作为结直肠癌患者的潜在诊断标志物。GSEA揭示,RNF113A可能参与多种途径,包括真核生物翻译延伸、真核生物翻译起始等。此外,RNF113A与Th2细胞、T辅助细胞、Tcm、T细胞、Th1细胞和pDC细胞的浸润水平显著相关。...     

肝细胞癌免疫相关基因与预后:基于TCGA生物信息学分析

目的探讨肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中免疫相关基因组表达与肿瘤预后的关系,寻找潜在的免疫治疗靶点。方法利用TCGA数据库中HCC转录组测序信息,借助生物信息学方法,寻找在癌组织中异常表达的免疫相关基因,同时筛选与患者总生存期密切相关的免疫基因,Cox回归构建可作为预后评估的风险评分模型并评价其预测能力。此外,利用Cytoscape软件绘制转录调控网络探讨潜在的作用机制。结果在HCC癌与癌旁组织中共发现2 068个基因存在差异表达,其中免疫相关基因有116个,单因素Cox分析显示22个免疫基因与预后相关,多变量Cox分析筛选出其中10个(FABP6、MAPT、BIRC5、CSPG5、FIGNL2、GAL、IL11、IL17D、SPP1、STC2)免疫相关基因作为预后的独立危险因子用于构建风险评分模型。患者风险评分与其临床分期密切相关(P0.001),而与患者年龄、性别、肿瘤细胞分化程度无相关性(P0.05)。此外,通过Pearson相关分析发现,患者风险评分能够在一定程度上反映淋巴细胞、树突状细胞、巨噬细胞、中性粒细胞在肿瘤微环境中的浸润程度。结论 HCC中多个免疫相关基因存在异常表达,且与患者预后密切相关,基于其构建的风险评分模型可有效预测患者预后,为HCC的免疫治疗提供新的潜在治疗靶点。     

基于生物信息学的胃癌关键基因鉴定与预后分析

目的 胃癌是人类最常见的恶性肿瘤之一,其发病率、死亡率高,五年总体生存率低于30%,因此迫切需要鉴定新的诊断和预后生物标志物。本文旨在利用生物信息学方法寻找与胃癌发生发展相关的关键基因及信号通路。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)下载胃腺癌基因表达谱芯片,利用生物信息学技术及相关软件对GSE174237、GSE122796数据集进行差异表达分析并获取交集差异基因(Differentially expressed genes, DEGs),然后对DEGs进行富集和功能注释。利用STRING数据库构建DEGs的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network, PPI network),并通过Cytoscape软件及其插件分析PPI网络中的关键基因。使用基因表达谱交互式分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)数据库、人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas, HPA)数据库、Kaplan-Meier plott...     

胃腺癌患者肿瘤组织中免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的 研究胃腺癌免疫细胞浸润,寻找胃腺癌患者肿瘤组织中浸润的关键免疫细胞,探究免疫细胞与胃腺癌的关系.方法 从基因表达数据库(GEO)下载GSE79973,分析10例胃腺癌患者的肿瘤组织和癌旁正常组织共计20个样本的基因表达数据.用Perl程序进行ID转换后,CIBERSORT软件预测22种免疫细胞的组成,R软件分析....     

KIAA1199基因在消化系统肿瘤中的作用

KIAA1199基因是HUGE数据库中的重要成员之一,通过表观遗传学等机制参与细胞内信号通路的转导,调控细胞生长、分化、凋亡、迁移等活动。近年研究发现,KIAA1199基因与肿瘤的发生、发展关系密切,在人类多种肿瘤尤其是消化系统肿瘤中的表达均异常升高,具有促进肿瘤细胞增殖、黏附、侵袭、迁移等作用。本文就KIAA1199基因在消化系统肿瘤中的作用作一综述。     

EZH2在消化系统肿瘤中的研究进展

果蝇Zeste基因增强子人类同源物2(enhancer of Zeste homolog 2,EZH2)是多梳蛋白家族(polycomb group,PcG)中关键成员之一,也是多梳抑制性复合物2(polycomb repressive complex 2,PRC2)复合物中具有催化活性的亚单位,具有组蛋白甲基化转移酶...     

基于生物信息学研究Zeste基因抑制子基因12在肺腺癌中的表达及临床意义

目的 研究Zeste基因抑制子基因(SUZ)12 mRNA和蛋白在肺腺癌(LUAD)患者组织中的表达,并探讨其表达与患者临床病理特征的关系。方法 分别利用癌症基因组图谱(TCGA)和临床蛋白质组肿瘤分析联盟(CPTAC)数据库下载正常人和LUAD患者肺组织的SUZ12 mRNA和蛋白表达数据,并分析其在正常人和LUAD患者及不同临床特征LUAD患者的表达差异。结果 与正常人群比较,LUAD患者肺组织SUZ12 mRNA和蛋白表达量显著升高(P<0.05);对患者SUZ12 mRNA表达量分析显示,吸烟者显著高于不吸烟者和戒烟<15年者,戒烟≥15年者显著高于戒烟<15年者,白种人显著高于非裔人,透明细胞腺癌显著高于LUAD(未定型)、混合型腺癌、以实性为主的腺癌和腺泡腺癌,LUAD(未定型)和混合型腺癌显著高于黏液性(胶体)癌和乳头状腺癌,腺泡腺癌显著高于黏液性(胶体)癌(P<0.05,P<0.01);对患者SUZ12蛋白表达量分析显示,临床分级3级患者显著高于2级患者,p53、河马(HIPPO)、myc和无翅型MMTV整合位点家族成员(WNT)通路有改变...     

slp-76基因在肝癌及其他消化系统肿瘤中的差异表达分析

目的分析slp-76基因在肝癌、食管癌、贲门癌、胃癌、结肠癌及其癌旁组织中的表达情况。方法应用微阵列技术筛选出slp-76基因在肝癌组织中高表达,以逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术对上述消化系统肿瘤组织及其癌旁组织中的slp-76基因表达进行检测;应用Northern blot技术对肝癌组织及其癌旁组织中的slp-76基因表达进行检测。结果 RT-PCR证实slp-76在79.3%(24/29)的肝癌组织中高表达(P=0.005);在73.3%(22/30)的食管癌组织中高表达(P=0.005);在75%(21/28)的贲门癌组织中高表达(P=0.014);在75%(15/20)胃癌组织中高表达(P=0.005);在72.2%(13/18)结肠癌组织中高表达(P=0.008);Northern blot证实slp-76基因在肝癌组织中呈高水平表达。结论 slp-76基因在消化系统肿瘤中高表达,slp-76与上述消化系统肿瘤生长关系密切;在RNA水平,该基因在上述肿瘤间的表达无显著性差异(P=0.968)。     

免疫组库技术在消化系统肿瘤中的研究进展

免疫组库(immune repertoire,IR)是指在某一时间,某个个体的循环系统内所有功能多样性T细胞和B细胞的总和.IR测序是以T淋巴细胞及B淋巴细胞为研究对象,应用多重聚合酶链式反应或5’RACE技术扩增决定T细胞受体或B细胞受体多样性的互补决定区,结合高通量测序技术及数据分析,从而评估免疫系统的多样性,深入研究IR与疾病的关系.近年来,IR在肿瘤的生物标记物,治疗靶点,疗效监测及预后分析中研究广泛,本文就IR在消化系统肿瘤的研究进展进行综述.     

基于生物信息学探索肺鳞癌肿瘤微环境及寻找关键基因

目的探究肺鳞癌肿瘤微环境,并寻找影响肺鳞癌肿瘤微环境的关键基因。方法使用R语言ESTIMATE算法计算TCGA数据库中肺鳞癌样本的基质评分、免疫评分与综合评分;CIBERSORT算法计算肺鳞癌22种肿瘤浸润免疫细胞丰度。根据surv_cutpoint函数分别获得3种评分的最佳截断值并分为各自的高评分组与低评分组,进行3种评分的高评分组与低评分组5年限制平均生存时间分析及差异表达分析。将差异表达分析获取的基因定义为差异表达基因,再根据蛋白质相互作用网络和单因素Cox回归分析结果确定关键基因。最后,利用Timer数据库探索关键基因与肿瘤浸润免疫细胞之间的相互关系。结果肺鳞癌基质评分、免疫评分与综合评分均低于癌旁组织,差异均有统计学意义(P值均<0.001)。限制平均生存时间分析显示,随访5年,3种评分的高评分组均较低评分组预后差(P值均<0.05)。肺鳞癌组织中22种肿瘤浸润免疫细胞含量有18种与癌旁组织比较,差异均有统计学意义(P值均<0.05)。差异分析确定了影响肿瘤微环境的972个差异基因,将972个差异基因进行单因素Cox回归分析,确定了135个与生存相关的基因(P值均<0.05),与蛋白相互作用网络中前50个中枢基因进行交叉,获得3个与肿瘤微环境相关且影响肺鳞癌预后的关键基因AGTR2、CXCL2、ADORA1。最后Timer数据库探究显示关键基因表达量与肿瘤浸润免疫细胞具有相关性(P值均<0.05)。结论通过生物信息学探索了肺鳞癌肿瘤微环境,筛选出3个与肺鳞癌预后相关且影响肿瘤微环境的关键基因AGTR2、CXCL2、ADORA1,为肺鳞癌提供了潜在的治疗靶点。     

老年人急性白血病MLL基因与免疫表达异常及预后的临床意义

目的检测老年人急性白血病患者混合系白血病(MLL)基因表达水平,并对部分患者转录本进行动态检测,以观察治疗后基因表达量的变化,并检测其免疫表达异常率和比较治疗效果及与巢式PCR结果进行敏感度比较。方法利用荧光实时定量PCR(RQ-PCR)技术检测MLL融合基因,观察白血病MLL基因的表达水平,分析MLL基因重排的发生频率和免疫表型异常的病例,进行化疗。对照MLL基因异常及免疫表达异常的临床意义。结果 41例老年白血病中7例检测到MLL基因,发生率为17.07%,其中MLL-AF64例(24.5%);其中4例缓解,其MLL基因中位数均低于平均值。免疫表达异常在MLL基因中的检出率较无MLL重排发生频率高,为28.8%,发生率较无MLL基因重排高,且临床缓解率低。基因重排及异常表达与缓解率有关。结论 RQ-PCR监测融合基因表达可以有效观察治疗效果,敏感性高,MLL基因重排与白血病分子机制有关。其次免疫表达异常的患者MLL基因重排检出率相对较高,其临床缓解及疗效差,可能提示预后不良。     

基于生物信息学分析NUSAP1在胰腺癌中的表达及临床预后分析

目的 研究核仁纺锤体相关蛋白1 (Nucleolar and spindle associated protein 1,NUSAP1)在胰腺癌组织中的表达及临床预后分析。方法 利用GEPIA数据库检索NUSAP1基因在胰腺癌组织和正常组织中的表达水平,TCGA数据库及组织芯片研究及验证NUSAP1在胰腺癌的临床预后分析。结果 GEPIA数据库分析结果显示胰腺癌组织中NUSAP1的表达高于正常对照组(P<0.05)。TCGA数据库结果显示,高表达NUSAP1的胰腺癌患者生存时间较低表达NUSAP1的患者更短(HR=2.02,P<0.05)。在病理分级G3-G4组、残余瘤R1和R2组、胰腺癌治疗进展组中NUSAP1的表达均分别高于病理分级G1-G2组、残余瘤R0组、治疗缓解组(P<0.05)。在死亡组中,NUSAP1的表达高于存活组(P<0.05)。组织芯片免疫组化结果显示,与癌旁组织相比,NUSAP1在胰腺癌中呈高表达(χ²=44.10,P<0.001),NUSAP1高表达的患者生存时间更短,预后越差。单因素回归分析结果显示NUSAP1...     

基于生物信息学分析KNG1在胃癌中的表达变化及临床意义

目的 基于生物信息学,探讨KNG1在胃癌中的表达变化及临床意义.方法 利用TCGA数据库分析KNG1在胃癌中的表达及生存差异.采用Cox回归分析影响胃癌患者预后的独立危险因素,进一步纳入多因素Cox回归分析结果,构建胃癌预后列线图.运用miRWalk、TargetScan v7.2及TCGA数据库,预测调控KNG1异常...     

Skp2在人类消化系统肿瘤中的研究进展

Skp2是F-box蛋白家族中的一员,对正常细胞周期起调控作用,主要通过泛素蛋白酶体途径,对细胞周期素依赖性蛋白激酶抑制物中的p27的降解调控.研究发现,Skp2与多种肿瘤的发生密切相关.此文就Skp2在消化系统肿瘤中的研究进展作一综述.     

COL11A1在消化系统肿瘤中的研究进展

胶原蛋白XI(collagen type XI,COL11)是一种次要胶原,其主要生理功能是调节主要胶原纤维的直径.COL11A1编码前胶原XI A1和成熟胶原XI A1的α1链,通常存在于软骨中,它在肌肉骨骼性疾病中的致病作用已被证实.但作为肿瘤微环境的重要成分之一,COL11Al近年来引发越来越多的关注.研究表明,...