深圳市2010年HIV-1分子流行病学调查

目的了解2010年艾滋病病毒-1型（HIV-1）毒株亚型在深圳市的流行情况,为预防和控制HIV在本市的流行提供有价值的资料。方法收集2010年深圳市HIV-1确认为阳性的样本150例,应用巢式聚合酶链反应（nested-PCR）技术,对该样本膜蛋白基因（env基因）和核心蛋白（gag基因）进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果共有128份样本获得分型结果,其中CRF01_AE重组株占63.3%（81/128）,B’亚型占14.1%（18/128）,CRF07_BC重组株占13.3%（17/128）,CRF08_BC重组株占7.0%（9/128）,C亚型占0.8%（1/128）,A1亚型占1.6%（2/128）;CRF01_AE重组株以吸毒传播、异性性传播和同性性传播为主,分别占其感染人群的23.5%、45.7%和30.9%,CRF07_BC、CRF08_BC重组株以异性性传播和同性性传播为主,分别占各感染人群的41.2%、58.8%和66.7%、33.3%%,B’亚型主要分布在性传播、献/输血和母婴传播人群。本文首次在吸毒人群中发现A1亚型。结论 2010年深圳市的HIV-1是以CRF01_AE重组株、B’亚型、CRF07_BC和CRF08_BC重组株为主要流行毒株,也存在A1和C亚型;CRF01_AE重组株是各传播途径人群中的主要流行株,并且CRF01_AE重组株在各人群中所占的比例高于国内其他地区。     

南宁市静脉注射吸毒人群HIV-1基因亚型及耐药性分析

目的 了解南宁市静脉注射吸毒人群（IDUs）中HIV-1流行基因亚型及其耐药性,为辖区艾滋病防治策略制定提供科学依据。方法 收集2017年南宁市静脉注射吸毒人员HIV感染者血浆样本总共68份,提取病毒核糖核酸(RNA),通过巢式PCR对HIV pol基因片段进行扩增测序,构建系统进化树进行基因分型,并将序列提交至美国斯坦福大学HIV耐药数据库分析,利用pol基因测序结果分析HIV-1亚型和耐药性情况。结果 68份血浆样本中巢式PCR成功扩增基因片段62份,系统进化分析显示检出3种HIV-1重组基因亚型, CRF_01-AE亚型占72.6% (45/62)、CRF_07-BC亚型占12.9% (8/62)、CRF_08-BC亚型占14.5% (9/62) ,CRF01_AE 型为主要流行亚型。χ²检验分析显示在性别、年龄、民族、婚姻4个人口学特征中62份样本HIV-1亚型组成差异无统计学意义（P>0.05）。62份样本中3例CRF_08-BC亚型发现T69S耐药突变,1例CRF_01-AE亚型发现L210W突变,1例CRF_07-BC亚型发现A71V突变。结论 南宁市IDUs人群HIV-1感染者中至少存在3种HIV-1基因亚型流行,CRF_01-AE重组型为优势流行株,研究中出现的耐药突变位点为低度耐药突变位点,应密切监视其流行趋势。     

广州市吸毒强戒人员HIV-1基因亚型分布的初步研究

目的分析吸毒人群HIV感染者中HIV-1的基因序列特征,初步确定其感染的基因亚型和各亚型的流行趋势。方法在Genbank中查找HIVgag基因的序列,设计巢式PCR引物。从全血中提取样本的基因组DNA,进行巢式PCR,对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳和测序,所获序列与国际参考株序列进行比对,确定基因型或亚型。结果对36例HIV-1感染者样本进行扩增,PCR共检测出29例阳性样本,27例测序成功,其中16例为CRF08-BC重组亚型、7例为CRF07-BC重组亚型、4例为CRF01-AE重组亚型,15例阴性对照均无目的条带。结论在广州吸毒强戒人员HIV-1型中以CRFBC亚型为主,其次为CRF01-AE亚型。应加强对HIV-1毒株亚型的监测,以制定更好的防治策略。     

深圳市HIV-1毒株的流行状况

目的了解深圳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株亚型及流行情况,分析其传染来源和传播规律。方法应用巢式聚合酶链反应技术,对122例在深圳市发现的HIV-1感染者外周血单个核细胞中的env基因和gag基因进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果122份样本中共存在CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC3种重组毒株以及B'、B、C3种亚型,其在所有分析样本中的比例分别为45.1%(55/122)、31.1%(38/122)、6.6%(8/122)、14.8%(18/122)、1.6%(2/122)和0.8%(1/122)。CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC、B和B'亚型间的组内离散率分别为(4.455±1.478)%、(2.997±1.345)%、(4.380±2.024)%、(5.186±2.487)%和(4.869±2.638)%,与部分国内和国际参考株01AE.TH.90.CM240、97CNGX-9F、CN.97.C54A、B.US.83.JRFL、RL42核苷酸序列间的离散率分别为(5.228±0.823)%、(3.634±1.073)%、(4.233±1.119)%、(4.950±2.564)%、(5.795±2.198)%。CRF07_BC和CRF08_BC亚型以吸毒人群为主,CRF01_AE重组亚型以性途径和吸毒人群为主,B和B'亚型主要分布在静脉吸毒、性传播和献/输血人群。结论深圳地区有3种亚型和3种重组亚型HIV-1毒株流行,CRF01_AE、CRF08_BC重组亚型和B'亚型为主要流行毒株,CRF01_AE是性传播人群中的主要流行毒株,CRF08_BC和CRF01_AE是静脉吸毒人群中的主要流行毒株。     

贵州省新发现HIV-1毒株亚型特征研究

目的 分析研究贵州省HIV-1亚型毒株分布及流行特征,为艾滋病防治及疫苗研制提供科学依据.方法 用套式基因扩增方法(PCR)扩增HIV-1毒株gag基因和env基因并测序分析.结果 128例样本扩增、测序成功119例,其中CRF01-AE亚型62例,CRF07-BC重组亚型49例,CRF08-BC重组亚型2例,B亚型6例.结论 本次研究贵州省HIV-1毒株以新发现的CRF01-AE重组亚型流行为主,CRF07-BC重组亚型次之,多亚型并存;分析结果提示贵州省HIV-1毒株亚型向性传播转变.     

献血人群中HIV感染的筛查及分子流行病学分析

目的了解深圳地区献血人群中HIV感染流行情况和分子流行病学特点。方法采用ELISA方法筛查献血者抗-HIV，罗氏公司COBASAMPLICOR．血筛分析系统检测血浆标本中HIV-1 RNA，巢式聚合酶链反应（nPCK）方法对WB确认试验阳性献血者进一步检测外周血单个核细胞中HIV前病毒DNA，并对PCIL扩增产物进行测序和病毒基因亚型分析。结果共筛查1997—2004期间的献血者标本145690人份，发现抗-HIV阳性21人份（19例），阳性率为0．015％；HIV-1 RNA检测结果与WB确认试验一致，未发现血清转换窗口期感染漏检的献血者。PCR扩增出的13份HIV env部分基因测序和基因分型显示，6例与中国云南HIV-1 B^t亚型代表株接近，为B^t亚型；7例为循环重组亚型AE（CRF01-AE），与泰国的AE亚型更为接近。结论深圳地区献血者人群HIV-1流行毒株主要为Bt和CILF01-AE2个亚型，B^t亚型主要来自以往有偿卖血人员。CRF01-AE主要来自性接触传播人员。     

北京市部分男男同性恋人群中HIV-1分子流行病学研究

目的了解北京市部分男男同性恋(men who have sex with men,MSM)人群HIV-1的分子流行情况,监测该地区人群HIV毒株的最新流行情况。方法提取17例男男同性恋者HIV-1抗体阳性样本全血基因组DNA,直接进行巢式PCR扩增HIVenv基因C2-V5区及gag基因P17-P24区,对PCR产物进行核苷酸序列测定和分析,确定基因亚型。结果17例患者中,共存在CRF01-AE、B亚型和CRF07-BC3种亚型,其中CRF01-AE9例(52.94%),B亚型5例(29.41%),CRF07-BC3例(17.65%)。结论小样本量的流行病学调查显示,北京地区部分男男同性恋人群中主要存在CRF01-AE、B和CRF07-BC3种亚型;CRF01-AE已取代B亚型而成为北京市MSM人群中HIV主要流行亚型,CRF07-BC重组亚型在北京市MSM人群中增长迅速。     

钦州市钦南区HIV-1流行亚型及基因变异特征研究

目的 调查流行于钦南区的HIV-1亚型种类并分析其基因变异特征.方法 抽取100例未抗病毒治疗的HIV-1感染者,从血样中提取病毒RNA或前病毒DNA,采用聚合酶链反应(PCR)扩增HIV-1 gag基因和pol基因片段并测序,用系统进化树分析其亚型,并计算gag和pol区的基因离散率.结果 97份血样获得gag基因序列或pol基因序列,4份血样的gag与pol分型不一致,其他93份分型明确,其中CRF01_AE重组型、CRF07_BC重组型、CRF08 BC重组型及G亚型分别占76.34％(71/93)、9.68％(9/93)、12.90％(12/93)和1.07％(1/93).CRF08_BC的gag基因离散率为0.059±0.005,高于CRF07_BC的0.053±0.005(P＜0.01)和CRF01_AE的0.049±0.004(P＜0.01).CRF01_AE的pol基因离散率为0.044±0.003,高于CRF07_BC的0.035±0.004(P＜0.01)和CRF08 BC的0.033±0.003(P＜0.01).结论 钦南区HIV-1存在至少3种流行亚型,其中CRF01_AE是最主要的亚型,不同基因区的变异程度有所不同.     

1997～2002年山东省HIV-1流行株env基因序列测定和亚型分析

①目的对1997～2002年间山东地区HIV-1各亚型分离株进行基因分型，了解各亚型的分布及其与传播途径的相互关系。②方法采集1997～2002年间山东省38例HIV-1感染者的抗凝全血标本，用巢式PCR技术扩增外周血单个核细胞中HIV-1前病毒env基因C2～V3区，并对C2～V3区的核苷酸序列进行测定和分析。⑧结果山东省38例HIV-1分离株中存在亚型和重组毒株4种（A、B、C、A／E）。其中A亚型5株，B亚型22株（其中包括泰国B亚型11株），C亚型10株，A／E重组毒株1株。各亚型内的离散率有差异，A、B、c亚型内基因离散率分别为1．5％、8．6％和1．9％。在性乱人群和静脉吸毒人群中以A亚型和C亚型为主；在职业献血和不安全血制品使用者中以B亚型为主。④结论1997～2002年间山东省HIV-1流行特点为A、B、c亚型共存，伴有重组毒株；传播途径复杂，基因变异较大，B亚型仍然为主要流行株。     

东莞市艾滋病病毒1型的分子流行病学研究

目的了解东莞市不同人群中艾滋病病毒(HIV)各亚型毒株的流行情况和传播规律。方法采集东莞市经蛋白印迹法确认的24名HIV感染者的外周抗凝血,分离单核细胞、提取核酸后用套式聚合酶链反应扩增HIV-1膜蛋白(env)基因C2-V3区的核酸片段,进行序列测定,鉴定病毒亚型。用威斯康星GCG软件进行共享序列、基因离散率的计算和毒株的聚类分析。结果在24份阳性标本中,有13份标本PCR扩增阳性,亚型分析结果表明东莞市存在HIV-1B和CRF01-AE两种亚型。结论HIV-1B和CRF01-AE可能是东莞市艾滋病病毒流行的主要亚型。     

辽宁省99例人类免疫缺陷病毒1感染者gag-pol区基因序列分析

目的 研究辽宁省人类免疫缺陷病毒／艾滋病（HIV／AIDS）患者gag-pol区的基因序列特征。方法采集辽宁省99例HIV-1感染者外周静脉血,提取前病毒DNA,经巢式PCR方法扩增gag—pol区2．6kb片段,与HIVS序列数据库中亚型参考序列共同构建系统进化树以区分亚型,并计算gag—pol区不同编码区域的基因离散率和Ks／Ka比值。结果 在辽宁省99例HIV-1感染者中发现A、B’、B、C、G5种亚型,循环重组型CRF01_AE、CRF03_AB、CRF06_cpx、CRF07_BC、CRF08_BC5种循环重组型和循环重组型间的重组ICR07／08。以B’亚型最多见,其次为CRF01_AE。在gag—pol区内,p17区、p2-p6区基因离散率高于p24区、蛋白酶及逆转录酶编码区。但B亚型p24区基因离散率处于较高水平。CRF07_BC和CRF08_BC在gag-pol各区基因离散率及同义替换、错义替换普遍处于较低水平。各亚型毒株的p2-p6区的Ks／Ka值最低,其均值〈1,而CRF01_AE毒株RT区的Ks／Ka值高达10．45。结论 辽宁省流行的HIV-1 gag—pol区亚型十分复杂。p24、蛋白酶及逆转录酶编码区是更为保守的区域。B亚型毒株的p24区承受较大的正向选择压力,CRF01_AE毒株RT区承受了较大的负向选择压力。CRF07_BC和CRF08_BC传入辽宁省的时间较短,奠基者效应明显。     

新疆维吾尔族HIV-1感染者gag基因序列分型研究

目的 通过扩增新疆地区HIV-1感染者gag基因片段,确定HIV-1感染者流行株的基因亚型.方法 抽提88例新疆乌鲁木齐市和伊宁市HIV-1感染者的血浆标本的RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段,将所得到的序列与国际标准株进行比较,确定被检标本的亚型.结果 在88例HIV感染者的血浆标本中,共成功扩增57例gag基因片段,扩增率为64.8％.经BLAST初步判断和构建进化树并与国际标准株比对确认,57例感染者感染的HIV毒株序列中,有56个为CRF07_BC亚型,1例为C亚型.57例毒株之间的平均基因距离为0.043±0.003,与3例CRF07_BC亚型国际参考株之间的平均基因距离在0.034±0.004～0.039±0.005之间.结论 新疆地区HIV-1感染者以CRF07_BC亚型为主要流行株.57例序列相互之间以及与3株不同来源的国际参考毒株之间表现出高度的同源性.     

Genetic characterization of three CRF01_AE full-length HIV type 1 sequences from Fujian Province, China

Background One of the major characteristics of the human immunodeficiency virus type 1 （HIV-1） is its unusually high degree of genetic variability, which involves in genetic diagnosis, subtyping, vaccine design, and epidemiology. HIV-1 CRF01_AE is a main prevalent HIV-1 recombinant strain in China. In this study, three full-length CRF01_AE genomes from Fujian Province, China were cloned, sequenced, and analyzed; and the further genetic diversity defining and epidemiologic analysis were carried out. Methods Proviral DNA was extracted from non-cultured peripheral blood mononuclear cells, the near full-length HIV-1 genome was amplified and the PCR products were cloned into pCR-XL-TOPO vector and sequenced. 5＇-long terminal repeat （LTR） and 3＇-LTRs were amplified by additional independent PCR and cloned into pMD18T vector. Gene-based phylogenic tree was constructed and genetic distances were calculated by MEGA 3.1. Simplot was used for Bootscan analysis. Results The phylogeny and genetic distance analysis of the three near full-length sequences confirmed that these three samples clustered with CRF01_AE isolates, more close to Thailand CRF01_AE strain CM240, and were distantly related to African CRF01_AE strain 90CF402. Analysis of their genomic organization revealed the presence of nine potential open reading frames. There were no major deletions, rearrangements, or insertions in the three sequences, but an in-frame stop codon was found in tat gene of Fj051. LTRs of the three sequences contained a few nucleotides mutation. We did not find new mosaic recombinant in the three sequences. The V3 motif was GPGQ in all the three sequences, and there were only few amino acids differences in all three V3 loop sequences. Conclusion This report reveals the background of the three full-length CRF01_AE genomes, the most dominantly circulating HIV-1 strain in Fujian Province, China. The work is essential for the design and development of an effective AIDS vaccine for the region.     

深圳市龙岗区新确证HIV/AIDS病例的亚型分布及耐药分析

目的 了解深圳市龙岗区新增确证艾滋病病毒感染者（HIV）/艾滋病病人（AIDS）的流行病学特征、HIV-1亚型分布及耐药株流行状况,为当地的艾滋病防控提供参考依据。方法 对深圳市龙岗区2016—2019年新报告HIV/AIDS病例开展流行病学横断面研究,按年分层随机抽取432例HIV/AIDS患者血清并提取病毒RNA,一步法逆转录PCR和巢式PCR法扩增HIV-1 pol区基因并测序,以邻接法（Neighbor-Joining method, NJ）构建系统进化树鉴定亚型,通过美国斯坦福大学HIV耐药数据库进行耐药分析。结果 研究对象1 519例中男性占比最高（88.61%,1 346/1 519）,广东省以外户籍居多（66.16%,1 005/1 519）,同性传播比例多于异性传播,54.58%(829/1 519)新增病例的CD4+T淋巴细胞≥350个/μL。成功获得368份pol基因序列,共发现11种HIV-1基因亚型及17例独特重组型（URF）,优势亚型为CRF01＿AE和CRF07＿BC,其他包括CRF55＿01B、B亚型、CRF08＿BC、CRF 59＿01B,C亚型、G亚...     

人类免疫缺陷病毒1型AE重组亚型毒株全长gp120基因序列分析

目的研究人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)AE重组型(CRF01-AE)毒株全长gp120基因的变异特征,为针对CRF01-AE重组型的免疫学研究和疫苗的研制提供帮助。方法应用巢式PCR对福建省2004至2005年期间100例HIV-1CRF01-AE感染者随机抽取21份血样的外膜蛋白全长gp120进行扩增、回收、克隆至T载体后测序,应用MEGA、DNASIS、CLUSTAL1·83、N-GLYCOSITE等软件对HIV-1全长gp120序列进行分析。结果基因系统树显示这21份样本属于CRF01-AE重组型HIV-1株,样本组内基因距离为9·5%±2·5%。V3环顶端四肽存在4种类型:GPGQ(71·43%),GPGR(19·05%),GPGH(4·76%),GQGQ(4·76%)。根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况的结果显示,16份(76·19%)可能使用CCR5作为辅助受体,1份(4·76%)样本可能使用CCR5/CXCR4序列,4份样本(19·05%)不能做出预测。21条HIV-1全长gp120氨基酸序列中,C1-C5比较保守,而V1-V5变化较大,其中V3相对保守。N糖基化位点分析发现大多数位点较为保守,少数发生糖基化位点丢失和增加。结论福建省大部分CRF01-AE重组型毒株与东南亚代表株关系密切,来源较为复杂,大部分CRF01-AE重组毒株为NSI型,gp120基因变异大,该研究为以后的病毒免疫学和疫苗的研究提供丰富的材料和基础数据。     

我国人类免疫缺陷病毒-1主要流行株外膜蛋白基因V3-V4区及其临近区域的特征性氨基酸分析

目的鉴定我国HIV-1主要流行毒株亚型的env,V3-V4区及其临近区域的特征性氨基酸,并阐明其在追踪传染源和研究疫苗中的作用。方法应用nested—PCR对157份来自我国12个省份的HIV-1毒株env区序列进行扩增,并使用ABI377型测序仪测序,然后应用BLAST、GCG、MEGA和VESPA等生物学软件或程序对env基因V3-V4区及其临近区域序列进行基因型鉴定、系统树分析及特征性氨基酸鉴定。结果157份样本包括54份B′(34．40％)、61份B′／C(38．85％)和42份CRF01-AE(26．75％)毒株。系统树分析结果显示,B′亚型毒株序列均与B．CN．RL42十分接近,B′／C毒株主要与97CN54A和97CNGX6F聚成一簇。而CRF01—AE序列与THCM240和97CNGX2F聚在一起．而且分别聚成明显不同的两个亚组。特征性氨基酸分析发现,我国B′和B′／C毒株分别具有8个保守的特征性氨基酸,而且与代表株的相同位点氨基酸基本一致。而CRF01-AE重组毒株具有11个保守的特征性氨基酸,其中有9个位点与97CNGX2F和TH.CM240不一致。包括这9个特征性氨基酸的样本主要来自除云南省以外的其他省份。结论目前流行于我国的B′和B′／C毒株具有单一的共同传染源,而CRF01-AE毒株可能是通过不同输入源或不同传播途径先后从泰国传入我国的。这将对我国艾滋病防治策略的制定和正在进行的疫苗研究具有重要的指导意义。     

基于HIV-1基因序列分析深圳口岸出入境人员与当地人群中CRF01_AE流行株的相关性

目的 分析深圳口岸出入境人员与当地人群中流行的HIV-1 CRF01_AE毒株的基因相关性,为制定相应的防控政策提供指导依据.方法 以深圳口岸出入境人员与当地人群中H1V-1CRF01_AE毒株感染者为研究对象,获得两个人群中的HIV-1基因序列并判定基因型,分别应用传播网络和系统进化分析方法,研究两个人群中HIV-1...