长链非编码RNA HOTAIR在乳腺癌患者中表达及其临床意义

目的采用生物信息方法探讨长链非编码RNA同源异型框基因翻译基因间RNA(HOTAIR)在乳腺癌患者中的表达及其与患者预后关系。方法检索Oncomie数据库中乳腺癌患者HOTAIR基因表达的相关芯片数据。根据HOTAIR表达水平分为高低表达组,并用Kaplan-Meier Plotter数据库中生存数据构建生存曲线,比较高低表达组总生存期(OS)。采用TCGA数据分析乳腺癌患者HOTAIR基因变异情况。同时选取72例乳腺癌患者,q-PCR检测肿瘤组织中HOTAIR表达情况并与患者预后做相关分析。结果 Oncomine数据库分析显示,HOTAIR在乳腺癌组织中表达水平明显高于正常乳腺组织(P0.05);高低表达组239153_at (HR=1.29,95%CI:0.94～1.76,P0.05)和1557051_s_at(HR=0.92,95%CI:0.67～1.29,P0.05)两个数据集OS差异无统计学意义(P0.05),但数据集239153_at呈现出高表达患者生存期较短的趋势。TCGA数据中HOTAIR在乳腺癌中拷贝数异常率为0.1%,HOTAIR表达水平在各种突变情况下差异无统计学意义(P0.05)。且癌组织显著高于癌旁组织(P0.05),高表达组生存期显著低于低表达组(HR=1.45,9%CI:1.08～2.32,P0.05)。结论 HOTAIR在乳腺癌中高表达,且可能与患者预后相关,可作为乳腺癌患者预后潜在的分子标志物。     

GPX3在胃癌中的表达及临床意义

背景谷胱甘肽过氧化物酶3(glutathione peroxidase 3, GPX3)在胃癌(gastric cancer, GC)中低表达,但其表达与GC患者预后联系尚不明确.目的分析GPX3基因在GC中的表达模式及预后价值.方法首选,利用Oncomine数据库分析GPX3基因在GC及正常胃黏膜组织中的表达情况;利用KM Plotter数据库分析GPX3的表达对GC患者的预后进行分析.其次,运用TCGA数据集对GPX3的表达模式和预后价值进行验证.最后,通过免疫组织化学法检测含有90例胃腺癌及其癌旁组织的组织芯片对上述结果进一步验证.结果利用Oncomine数据库分析,发现GPX3基因在GC组中表达显著低于正常胃黏膜组织(P0.05).利用KM Plotter数据库分析,发现GC组织中GPX3低表达与患者总体生存率显著相关(P0.05).利用TCGA数据集对GPX3的表达模式和预后价值进行验证,提示GPX3低表达与患者GC患者总体生存率显著相关(P0.05).通过对90例GC及其癌旁组织的组织芯片研究分析发现, GPX3在癌组织中显著低表达(P=0.037), GPX3低表达与患者的年龄、性别、肿瘤临床分期无关,但与GC患者总体生存率显著相关(HR=0.48, 95%CI:0.28-0.85, P=0.019).结论GPX3在GC中呈低表达,且与预后显著相关.     

TMPRSS4在胃癌中的表达及其与患者预后相关性:基于Oncomie和Kaplan-Meier Plotter数据库分析

背景胃癌(gastric cancer, GC)是癌症相关死亡的重要原因,也是消化系统最为常见的肿瘤.然而, GC预后相关因素并不完全清楚.本文从生物信息角度探讨GC预后的分子标志物.目的探讨应用Oncomie和Kaplan-Meier Plotter数据平台分析跨膜丝氨酸蛋白酶4(transmembrane protease serines4, TMPRSS4)在GC组织与正常胃组织中的差异表达及其与患者生存期的关系.方法深入挖掘Oncomie和Kaplan-Meier Plotter数据平台中TMPRSS4基因表达与GC相关性数据集,并应用在线分析软件比较癌组织和正常胃组织TMPRSS4基因mRNA表达水平是否存在差异.绘制生存曲线比较TMPRSS4高低表达患者生存期是否存在差异,探讨TMPRSS4作为GC患者预后分子标记物的可行性.同时,回顾性分析手术治疗的50例GC患者的临床资料,采用免疫组织化学法检测50例患者癌组织中TMPRSS4蛋白的表达情况,并分析TMPRSS4表达与患者临床特征是否存在相关性.结果 Oncomine数据库中共收录了GC、乳腺癌等常见肿瘤组织与对应正常组织中TMPRSS4基因差别表达的相关数据集共185项,其中存在差异表达10项,有9项在肿瘤组织中高表达,有1项在肿瘤组织中低表达.通过聚类层次聚类分析显示, TMPRSS4基因在GC中呈现共表达的基因有LAMB3, LAD1, ANXA4等. TMPRSS4与LAMB3, LAD1, ANXA4的共表达相关系数分别为0.57, 0.51和0.43. Oncomine数据库中,有2项基因表达芯片数据关于TMPRSS4基因在G C组织与正常组织中差异表达的研究,2项基因表达芯片结果均提示在GC组织中, TMPRSS4表达水平高于正常胃组织(P0.05). Kaplan-Meier Plotter分析显示TMPRSS4高低表达组总中位生存时间分别为22.0 mo和32.6 mo,高表达组显著低于低表达组(HR=1.31,95%CI:1.09-1.57, P 0.05).高低表达组中位无疾病进展生存时间分别为22.40mo和13.87mo,高表达组显著低于低表达组(HR=1.27, 95%CI:1.03-1.58, P 0.05).免疫组化显示TMPRSS4阳性表达与患者肿瘤是否侵犯血管存现相关性, TMPRSS4阳性患者肿瘤侵犯血管比显著高于阴性者(P0.05).结论与正常胃组织比较, GC组织中TMPRSS4基因m RNA表达水平明显上调,其高表达与患者的预后不良相关,且高表达者肿瘤侵犯血管比例较高.     

TGF-α、TGF-β1、TIMP-2 mRNA在非小细胞肺癌中的表达及临床意义

目的从TGF-α、TGF-β配体成员(TGF-β1、TGF-β2、TGF-β3)、TIMP-1、TIMP-2、MMP-2筛选在非小细胞肺癌(NSCLC)中mRNA水平异常表达的细胞因子,并探讨其临床意义。方法实时定量PCR法检测NSCLC组织和毗邻正常组织中TGF-α、TGF-β1、TGF-β2、TGF-β3、TIMP-1、TIMP-2、MMP-2 mRNA表达量,并研究其与患者临床病理特征之间的关系。结果 NSCLC组织中TGF-α、TGF-β1表达量均明显高于正常组织(0.046 vs 0.005,P0.01;16.91 vs 11.76,P=0.04),TIMP-2水平降低(25.23 vs 207.85,P=0.02),而NSCLC中MMP-2/TIMP-2显著高于正常肺组织(0.77 vs 0.02,P=0.04)。III-IV期NSCLC组织的TGF-α水平高于III期(0.06 vs 0.02,P0.01)。有淋巴结转移组TGF-β1水平高于无淋巴结转移组(17.70 vs 10.00,P0.01)。鳞癌组织中TIMP-2水平低于腺癌组织(20.06 vs 33.51,P=0.02),无淋巴结转移组TIMP-2水平高于有淋巴结转移组(30.02 vs 20.56,P=0.03)。结论 TGF-α与NSCLC进展密切相关;TGF-β1在NSCLC的发生、发展、侵袭转移中发挥重要作用;MMP-2/TIMP-2可能是较敏感的肿瘤生物学指标,且TIMP-2与NSCLC侵袭转移相关,相对高表达的TIMP-2可能提示腺癌。     

长链非编码RNA MALAT1在大肠癌中的表达及其临床意义:基于多基因表达数据库分析

背景结直肠癌(colorectal cancer, CRC)是临床中最为常见的消化系统恶性肿瘤,近年来长链非编码RNA(longchainnon-codingRNA,LncRNA)在CRC发生、发展及侵袭转移中发挥重要作用. MALAT1为新近发现的LncRNA,其在CRC中的作用及与患者预后的关系并不十分清楚.目的应用生物信息数据挖掘技术探讨LncRNA MALAT1在大肠癌中的差异表达及其临床意义.方法应用BioGPS数据库分析正常肠上皮中MALAT1的表达情况.在肿瘤芯片表达数据库Oncomine中荟萃分析大肠癌组织与正常肠上皮组织MALAT1的差异表达并分析MALAT1高、低表达与患者生存期是否存在相关性.在STRING数据库中应用蛋白相互作用网络分析与MALAT1相互作用及共表达的相关蛋白.结果 MALAT1在正常大肠癌组织中的相对表达量较低.Oncomine数据库中,大肠癌差异表达的研究8项,其中6项在大肠癌中高表达, 2项低表达.比较大肠癌与对应正常组织的相关芯片数据为18个.大肠癌组织中MALAT1表达水平显著高于正常组织(P=0.027).按结肠癌与直肠癌进亚组分析,结肠癌组织与正常组织MALAT1表达水平无统计学差异(P=0.149),而直肠癌组织中MALAT1表达水平明显高于对应正常组织(P=1.04 E-5).在Kaplan-Meier Plotter数据平台中分析MALAT1高、低表达组总生存期分别为41.93mo和52.2 mo,差异无统计学意义(HR=0.64, 95%CI:0.29-1.39, P=0.25). String数据库中分析与MALAT1可能相互作用的蛋白,结果显示MALAT1与TP53, SUZ12,CDK4, KDMA,等具有相互作用关系.共表达分析显示MALAT1与EZH2, TP53, SRSF1等基因具有共表达关系,提示这些基因在功能上可能具有相似性.结论大肠癌组织中MALAT1基因表达表达水平明显上调,但MALAT1表达水平与患者预后并无相关性.MALAT1与TP53,SUZ12,CDK4,KDMA蛋白相互作用,上述相互作用蛋白包括多梳蛋白家族,周期蛋白依赖性蛋白激酶等,与肿瘤的基因表达、转录调控及细胞分裂有关.     

肺腺癌患者肺组织中RBM3 mRNA表达及意义

目的探讨肺腺癌患者肺组织中RNA结合基序蛋白3(RBM3)mRNA表达及意义。方法选择2012年1月至2016年1月我院收治的92例肺腺癌患者作为研究对象。采用RT-PCR法检测肺腺癌患者肺组织中RBM3 mRNA相对表达量,分析RBM3 mRNA相对表达量与肺腺癌患者预后的关系。结果肺腺癌组织中RBM3 mRNA相对表达量明显低于癌旁组织[(0.39±0.12)vs(0.45±0.10),P0.05]。RBM3 mRNA与肿瘤直径、TNM分期、分化程度、淋巴结转移相关(P0.05)。死亡组患者RBM3 mRNA相对表达量明显低于生存组[(0.34±0.08)vs(0.54±0.13),P0.05]。RBM3 mRNA0.38肺腺癌患者平均生存时间明显低于RBM3 mRNA≥0.38患者[17.39(95%CI:14.62～20.16)个月vs 27.77(95%CI:23.92～29.62)个月,P0.05]。Cox单因素及多因素分析显示,肿瘤直径、TNM分期、淋巴结转移及RBM3 mRNA与肺腺癌患者生存时间密切相关。结论肺腺癌患者肺组织中RBM3 mRNA表达降低,检测肺组织中RBM3 mRNA相对表达量有助于了解患者预后情况。     

基于多数据库联合挖掘研究PTP4A3的表达对肝细胞癌发生发展的影响

目的通过多数据库联合挖掘探索PTP4A3在肝细胞癌发生发展中的作用。方法基于Oncomine及癌症和肿瘤基因图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库联合数据分析PTP4A3在肝细胞癌组织和正常组织中的表达水平;通过Human Protein Atlas数据库,进一步研究PTP4A3在肝细胞癌和正常组织中的表达;同时基于Kaplan-Meier Plotter数据库进一步分析PTP4A3表达水平与肝细胞癌预后的关系。结果基于Oncomine数据库分析PTP4A3在肝细胞癌中高表达的研究有1项,低表达的0项。涉及PTP4A3在肝细胞癌组织和正常组织中转录水平的5项研究中,共包括768个样本,与正常组织相比,PTP4A3在肝细胞癌组织中高表达(P=1.06×10~(-5))。基于TCGA数据库(正常组50例,肝细胞癌组371例),PTP4A3在肝细胞癌组织中显著高表达(P 0.0001)。在Human Protein Atlas数据库的免疫组织化学数据中,相对于正常肝组织,PTP4A3在肝细胞癌中显著高表达。Kaplan-Meier Plotter数据库(n=364)分析显示,PTP4A3的mRNA表达量与肝细胞癌患者总体生存率存在相关性,即高表达PTP4A3的患者总体生存率较低,预后较差(P=0.049)。结论数据库挖掘显示PTP4A3基因具有促进肝细胞癌发生发展的作用,是肝细胞癌的关键基因之一,为以PTP4A3作为肝细胞癌药物靶点研究和治疗提供基础。     

癌旁组织二酯酰甘油激酶γ表达水平对肝癌患者术后生存的影响

目的探究肝癌患者癌旁组织中二酯酰甘油激酶γ(DGKγ)的表达水平对术后生存的影响及临床价值。方法收集2008年12月—2012年8月郑州大学附属肿瘤医院收治的78例行手术切除的肝癌患者资料。实时荧光定量PCR检测癌旁组织中DGKγmRNA的表达水平,将78例患者分为低表达组(DGKγ0.086 2,简称LEP组)和高表达组(DGKγ≥0.086 2,简称HEP组),比较2组间的基本资料特征。计量资料2组间比较使用t检验与Mann-WhitneyU检验;计数资料2组间比较使用χ~2检验。单因素和多因素Cox回归分析患者生存预后的独立影响因素;Kaplan-Meier法分析所有患者和巴塞罗那(BCLC)分期各亚组中LEP组和HEP组的生存情况。结果多因素Cox分析显示:癌旁DGKγ表达水平(HR=1.913,95%CI:1.111～3.296,P=0.019)、HBsAg(HR=2.645,95%CI:1.264～5.537,P=0.010)、Alb(HR=0.952,95%CI:0.916～0.990,P=0.013)、BCLC分期(HR=1.702,95%CI:1.267～2.286,P0.001)、肿瘤大小(HR=1.083,95%CI:1.019～1.152,P=0.011)是肝癌患者术后长期生存的独立影响因素。78例患者中,LEP组的中位生存时间为45.0个月,显著高于HEP组的22.9个月(P=0.002 5)。分层分析显示,BCLC A期中,LEP组的远期生存情况显著的优于HEP组(P=0.034 5);B和C期中,LEP组和HEP组中位生存时间分别为16.5个月和10.8个月,2组间的近期和远期生存差异无统计学意义(P0.05)。结论癌旁组织中DGKγ的表达水平可能是一种新的能够预测和评估肝癌患者术后长期生存风险的指标,具有一定的临床应用价值。     

肺腺癌预后关键基因的筛选、验证及其调控通路分析

目的筛选肺腺癌预后关键基因并进行验证,分析其调控通路。方法从TCGA和GEO数据库获取肺腺癌转录组数据,筛选共同差异表达基因。将LASSO引入到COX回归模型中,进一步筛选预后关键基因。计算TCGA数据库获得的500例肺腺癌患者的预后关键基因相关风险评分,以风险评分中位数作为临界值将患者分为高风险组和低风险组,比较两组5年生存率。采用GEPIA数据库分析癌组织预后关键基因表达,Kaplan Meier-plotter数据库分析预后关键基因表达与肺腺癌患者预后的关系。采用基因集变异分析(GSVA)预测肺腺癌预后关键基因的调控通路。结果在TCGA、GEO数据库共得到166个共同差异表达基因,回归分析筛选出DCN、RRAS、ECT2和PCP4是肺腺癌预后关键基因。高、低风险组5年生存率分别为29.3%、48.4%,两组比较P <0.01。肺腺癌组织中DCN、RRAS mRNA表达均低于正常肺组织,PCP4、ECT2 mRNA表达均高于正常肺组织(P均<0.05)。RRAS、PCP4、ECT2高表达者5年生存率明显低于低表达者,DCN高表达者5年生存率明显高于低表达患者(P均<...     

基于免疫组化法分析肺腺癌S100A6蛋白表达与临床特征的关系

目的探讨S100A6蛋白在肺腺癌中的表达及其临床意义。方法收集2007年1月至2009年1月西安交通大学第二附属医院、第四军医大学唐都医院手术切除的肺癌标本,共计98例肺腺癌及其癌旁正常肺组织,用免疫组织化学法检标本中S100A6蛋白的表达情况,分析S100A6蛋白表达与患者临床病理特征及生存预后的关系。结果 S100A6蛋白在肺腺癌组织中的表达显著高于正常肺组织(P0.001);其表达与患者性别和年龄无相关性(P0.05),而与吸烟指数、肿瘤细胞分化、淋巴结转移、远处转移、TNM分期显著相关(P0.05);98例患者5年随访期间77例患者死亡,10例患者存活,11例患者失访,5年生存率为11.49%。其中S100A6蛋白低表达患者5年累计生存率63.6%,中位生存时间68月;中表达患者5年累计生存率14.3%,中位生存时间45月;高表达患者5年累计生存率0%,中位生存时间29月,生存曲线显示S100A6不同表达状态患者生存率比较差异有统计学意义(P0.05);COX回归模型分析显示,肿瘤分化、TNM分期和S100A6表达状态是影响肺腺癌患者预后的独立因素(P0.05);S100A6蛋白表达对肺腺癌诊断灵敏度为84.69%,特异度为69.39%。结论 S100A6蛋白在肺腺癌组织中显著过表达,与肿瘤分期、分化、转移及预后密切相关。     

基于数据挖掘分析ERO1L在肺腺癌中的表达及临床意义

目的探索内质网氧化还原1样蛋白(endoplasmic reticulum oxidoreductin-1-like protein,ERO1L)在肺腺癌中的表达及意义。方法利用c Bio Portal在线分析癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中586例肺腺癌样本中的RNA-Seq数据,并结合患者的完整生存时间信息,采用KaplanMeier法分析ERO1L变异与肺腺癌患者生存之间的关系。通过基因表达谱动态分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库搜索ERO1L mRNA在正常肺组织与肺腺癌组织表达的情况,分析其在不同TNM分期中的表达情况。用MethHC数据库分析ERO1L基因在肺腺癌中的甲基化水平。String-DB数据库分析与ERO1L相互作用的蛋白。结果在230例肺腺癌样本中有18例发生ERO1L基因变异,变异率为8%。Kaplan-Meier生存曲线分析显示ERO1L变异组总体生存期(overall survival,OS)短于无变异组(P=0. 0268)。肺腺癌组织中ERO1L mRNA表达明显高于正常肺组织(P 0. 05),且其启动子甲基化水平显著减低(P 0. 005)。ERO1LB、ERP29、ERP44、GPX7、GPX8、INS、P4HB、PDIA4、PDIA6、TXNDC5等基因与ERO1L有明显的相互作用。结论通过肿瘤基因数据库信息挖掘表明,ERO1L在肺腺癌组织中呈高表达,且与患者预后不良相关,为深入研究ERO1L在肺腺癌发生发展中的作用提供重要理论依据。     

FOXO6和SPON2表达水平与胃癌患者疾病进展和预后的关系分析

[目的]探讨叉头转录因子6(FOXO6)和脊椎蛋白2(SPON2)表达水平与胃癌患者疾病进展和预后的关系。[方法]选取165例胃癌患者,通过免疫组织化学法检测胃癌及癌旁正常组织标本中FOXO6、SPON2和基质金属肽酶-9(MMP-9)的表达水平。统计分析胃癌中FOXO6、SPON2表达水平与MMP-9、临床病理因素及预后价值之间的相关性。[结果]在165例胃癌组织中,FOXO6和SPON2染色分别位于胃癌细胞核和细胞质中。二者过表达与浸润深度(均P0.001)、淋巴结转移(均P0.001)及疾病阶段(P0.001)显著相关。此外,在单变量和多变量分析中,FOXO6和SPON2是总生存(分别为HR=3.156,95%CI 2.176～4.895,P0.001;HR=1.654,95%CI1.016～2.635,P=0.016)和无复发生存(分别为HR=3.156,95%CI 2.176～4.895,P0.001;HR=1.654,95%CI 1.016～2.635,P=0.016)的独立预后因素。[结论]FOXO6和SPON2可能在胃癌的肿瘤浸润、转移和预后中起重要作用,并且可能成为预测预后的新靶标。     

晚期肝癌免疫微环境CD38表达水平与PD-1抑制剂疗效相关性分析

目的 探索晚期肝癌(HCC)患者CD38表达水平与PD-1抑制剂疗效的相关性。方法 选取2019年1月1日至2020年12月31日辽宁省肿瘤医院接受PD-1抑制剂治疗的晚期肝癌患者60例。采用肝穿刺的方法选取晚期肝癌患者的肿瘤组织，取同期行手术治疗的10份HCC癌旁正常组织作为对照。采用生物信息学分析的方法分析CD38的表达与HCC患者预后的关系；采用免疫组化的方法检测HCC及癌旁正常组织中CD38的表达；对使用PD-1抑制剂治疗的HCC患者进行随访观察，对比CD38的表达水平与患者预后的关系；采用单因素分析的方法筛选出影响晚期HCC患者预后的危险因素。结果 KM-plotter数据库显示在HCC(HR=0.73,95%CI:0.54～0.98,P=0.036)及晚期HCC(HR=0.51,95%CI:0.26～1.00,P=0.045)样本中，CD38表达越高，患者的PFS越长。晚期HCC患者中CD38的表达明显低于癌旁正常组织(χ²=10.126,P=0.006);CD38高表达的患者使用PD-1抑制剂的效果优于CD38低表达的患者(χ²...     

转化生长因子β1和Smad2在子宫内膜腺癌组织中的表达及临床意义

目的探讨转化生长因子(TGF)-β1及其受体作用底物Smad2在子宫内膜腺癌组织中表达及临床意义。方法免疫组化法检测正常增殖期子宫内膜(NE,n=15)、不典型增生子宫内膜(AH,n=20)及子宫内膜腺癌(EC,n=52)中TGF-β1和Smad2蛋白的表达情况,分析二者与子宫内膜腺癌的临床病理参数间关系。结果 TGF-β1和Smad2在子宫内膜腺癌的阳性表达率均明显高于正常子宫内膜组织(P0.05);TGF-β1与Smad2在癌组织中的表达与肌层浸润、肿瘤分化呈正相关(P0.05),在不同临床分期及淋巴转移有无中表达无显著差异(P0.05)。结论 TGF-β1与Smad2蛋白与子宫内膜腺癌发生、发展密切相关,可作为诊断和判定预后指标。     

免疫应答基因JCHAIN在乳腺癌中差异表达及其与预后的相关性

目的分析TCGA数据库中人类乳腺癌组织与癌旁组织基因之间的差异表达,获得免疫相关特异性标志基因,为乳腺癌的分子分型、免疫治疗等提供参考依据。方法利用TCGA数据库1 075例乳腺癌样本中的RNA-Seq数据结合患者的完整生存时间信息,运用人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库分析与乳腺癌预后良好相关的JCHAIN基因,利用Ualcan和HPA分析免疫应答基因JCHAIN在乳腺癌组织中mRNA和蛋白质水平的变化,进一步采用基因表达谱动态分析(GEPIA)数据库分析JCHAIN mRNA在乳腺癌中差异表达及与预后的相关性。结果与正常组织比较,JCHAIN在乳腺癌癌组织中表达降低(P=0.000),其低表达与乳腺癌预后不良相关,浸润性小叶癌较浸润性导管癌、黏液腺癌的JCHAIN表达增加(P=0.000),绝经前较绝经后患者JCHAIN表达增加(P=0.044);JCHAIN表达与性别相关,女性乳腺癌患者较男性乳腺癌患者表达增高,但较正常人明显降低(P0.000);高加索人群较非裔美国人乳腺癌中JCHAIN表达水平高(P=0.014);亚洲人与高加索人、非裔美国人比较JCHAIN表达水平无统计学差异。生存分析结果发现,JCHAIN高表达组总生存期较低表达组显著延长(P=0.002);JCHAIN高表达组无疾病进展生存期与低表达组无显著差异(P=0.067)。结论免疫应答基因JCHAIN在乳腺癌组织中呈低表达,且与乳腺癌患者预后不良相关。     

基于Oncomie和Kaplan-Meier Plotter数据库分析LF5在胃癌中的表达及其与患者预后相关性

背景胃癌(gastric cancer, GC)为临床上常见的消化系统肿瘤,确诊时大多为晚期患者预后不良,且临床上缺乏预后预测相关因子.目的应用Oncomie和Kaplan-Meier Plotter数据库分析Kruppel样因子5(kruppel-likefactor5,KLF5)在GC中的表达及其与患者预后相关性.方法收集Oncomie和Kaplan-Meier Plotter数据库中关于KLF5基因表达的相关数据集,深入挖掘KLF5基因在GC组织与正常胃组织中的差异表达情况,根据KLF5中位表达水平分为高表达组和低表达组,绘制生存曲线并用Log-rank检验比较KLF5高、低表达组患者总生存及无疾病进展生存是否存在差异.同时回顾性分析天津市宝坻区人民医院收治并手术治疗的41例GC患者的临床资料,采用免疫组化检测41例患者癌组织中KLF5表达情况,探讨KLF5表达与患者临床病理特征的关系.结果Oncomine数据库共收录了424个关于KLF5基因表达水平的相关研究,其中在癌组织vs正常组织中差异表达的有35个,与正常组织相比, 8个数据集结果提示KLF5在癌组织中高表达, 27个数据集在癌组织中低表达.聚类分析显示, KLF5与ST14, TMEM125等20个基因存在共表达情况(在GC中共同低表达或高表达),提示这些共表达基因在功能上可能存在相关性.Oncomine数据库中10个KLF5表达芯片数据集对比分析了GC组织与正常组织中KLF5基因的差异表达情况,其中有4个芯片数据提示了GC组织中KLF5表达水平明显升高. Kaplan-Meier Plotter数据库中, 2个相关基因芯片数据分析了KLF5表达与GC患者预后的关系, Long-rank检验显示KLF5高表达患者总生存和无疾病进展生存均小于低表达组(P0.05).免疫组化分析显示41例GC患者中, KLF5阳性表达者29例,阳性率为70.7(29/41). KLF5阳性表达与患者临床病理特征如性别、年龄、肿瘤分期、分级等无明显相关性(P0.05).结论KLF5在GC中高表达并与患者的不良预后有关,而KLF5表达与患者临床病理特征无关.     

利用GEO数据库分析肝细胞癌组织中着丝粒蛋白F基因的表达及其与预后的相关性

目的探讨着丝粒蛋白F(CENPF)基因在肝细胞癌(HCC)患者组织中的表达情况及与临床特征和预后的相关性。方法利用在线工具Oncomine分析CENPF在HCC与正常肝组织的表达情况,从美国国立生物技术信息中心的GEO数据库下载相关芯片数据(GSE14520),收集215例HCC组织的基因表达谱及相关临床数据,将其分为CENPF低表达组(n=107)和CENPF高表达组(n=108)。对样本中的CENPF基因表达数据及其对应的临床信息进行分析。计量资料组间比较采用t检验;计数资料组间比较采用χ~2检验;生存分析采用log-rank(Mantel-Cox)检验;生存资料单因素及多因素分析采用Cox比例风险模型。结果数据集证实HCC组织中CENPF表达水平明显高于正常肝组织(t=12.217,P0.001)。CENPF基因表达水平与AFP水平、肿瘤大小、TNM分期、转移风险有关系(χ~2值分别为6.463、4.338、7.951、17.331,P值均0.05)。生存分析显示CENPF高表达患者预后明显差于CENPF低表达组(风险比=1.92,95%可信区间:1.24~2.96,P=0.005)。Cox单因素分析显示,HCC患者预后与AFP水平、肿瘤直径、合并肝硬化、肿瘤分期、转移风险及CENPF表达相关(P值均0.05);Cox多因素分析显示,合并肝硬化、肿瘤分期及CENPF高表达是HCC患者预后的独立危险因素(P值均0.05)。结论 CENPF基因高表达可能与HCC进展相关,可作为HCC患者的潜在预后生物标志物。     

FAP和TGF-β1在肺腺癌中的表达及临床意义

目的 研究成纤维细胞激活蛋白(FAP)和转化生长因子β1(TGF-β1)在肺腺癌中的表达及临床意义.方法 应用免疫组织化学S-P法检测40例肺腺癌组织中FAP和TGF-β1表达情况,结合临床分期和病理分级进行分析.结果 40例肺腺癌间质中FAP表达阳性率为90%,正常肺组织中无表达;FAP的表达与肺腺癌的临床分期有关,与病理分级无关.40例肺腺癌组织中TGF-β1表达阳性率87.5%,其表达与临床分期和病理分级有关.FAP与TGF-β1阳性表达呈正相关.结论 FAP和TGF-β1共同作用于肺腺癌,促进癌细胞的增殖和浸润,与其恶性程度、临床分期相关,联合检测有助于确定肺腺癌的恶性程度和估计预后及综合治疗方案的制定.     

miR-21在食管癌中预后作用的meta分析

目的应用循证医学的方法综合评价miR-21与食管癌(EC)预后的相关性。方法检索美国国立图书馆(Pub Med),荷兰医学文摘(EMBASE),ISI Web of Science数据库中miR-21与EC预后的文献,按照已拟定的纳入和排除标准筛选符合要求的研究。提取miR-21与EC预后相关的相应数据,并对提取的数据进行统计学描述。采用风险比(HR)、95%可信区间(CI)及P值定量评价miR-21与EC预后的相关性。结果初步检索数据库得到273篇文献,其中其中7项可用于meta分析,中位样本量为98例,四分位数间距(IQR)=70~164。中位HR值1.4,IQR=0.89~2.23。中位随访时间30个月,IQR=29.4~39个月。高表达miR-21的EC患者的预后生存率HR=1.367,95%CI=1.15~1.62,P=0.000;食管鳞癌(ESCC)亚组生存率HR=1.44,95%CI=1.2~1.72,P=0.000。高表达miR-21的食管腺癌(AD)患者亚组预后生存率HR=0.82,95%CI=0.47~1.44,P=0.489,无统计学意义。结论 miR-21作为EC患者的预后标记具有地域性和组织特异性。miR-21对于ESCC高发的中国和日本具有预测不良预后的潜力,有望成为新型的EC生物学标志物,但对AD高发的加拿大和美国则不具有相应的预测能力。     

TGF-β1、MMP-2在宫颈腺癌组织中的表达及临床意义

目的 探讨转化生长因子-β1（TGF-β1）、基质金属蛋白酶-2（MMP-2）在宫颈腺癌组织中的表达及临床意义.方法 收集39例宫颈腺癌患者的癌组织标本和20例行子宫肌瘤切除术患者的宫颈腺上皮组织标本,采用免疫组化SP法检测各组织中的rGF-β1、MMP-2表达,分析二者表达与宫颈腺癌患者临床病理参数的关系.结果 与正常宫颈上皮组织比较,TGF-β1、MMP-2在宫颈腺癌组织中的阳性表达率明显升高（P均＜0.05）.TGF-β1、MMP-2表达与宫颈腺癌患者的年龄、肿瘤大小、分化程度及淋巴结转移无关,与临床分期有关（P＜0.05）,且二者表达具有正相关性（P＜0.05）.结论 TGF-β1、MMP-2可能与宫颈腺癌的发生、发展有关,可作为判断患者预后的指标之一.