循环肿瘤DNA在肝细胞癌诊断和预后中作用的最新进展

肝细胞癌(HCC)是常见的恶性肿瘤之一, 但目前针对HCC的早期诊断和预后判断的生物标志物检测尚不能满足临床需求。循环肿瘤DNA(ctDNA)是存在于血液循环之中有高度肿瘤特异性的DNA分子, 它属于循环游离DNA(cfDNA)的一部分, 起源于癌症患者的原发性肿瘤或转移灶。目前, 随着下一代测序技术的不断改进以及对HCC遗传学或表观遗传学的充分了解, 使我们能够更加全面地分析ctDNA突变和甲基化情况。通过对ctDNA突变和甲基化情况不断地探索和挖掘以及检测方法的不断创新, HCC诊断和预后在特异性和敏感性方面能够得到很大提高。     

自组装发光定量系统检测胆囊癌患者血清循环游离DNA的水平变化及意义

目的 观察自组装发光系统检测的循环游离DNA(cfDNA)水平在胆囊癌(GBC)中的变化.方法 收集83例GBC患者(GBC组)、75例胆囊炎患者(胆囊炎组)、70例健康者(对照组)的血清样本.构建自组装发光系统,检测β-actin基因来间接测定受试者血清cfDNA水平,分析血清cfDNA水平与GBC患者临床病理特征的...     

早期肝癌无创诊断之匙——循环游离DNA联合型液体活检

循环游离DNA(cfDNA)被认为是诊断早期肝癌极具研究前景的液体活检切入点。但不少研究证实单独使用cfDNA作为检测指标其诊断效能缺乏稳定性，尤其是单纯定量分析并不能很好地反映肿瘤情况。而更多研究表示cfDNA适宜多指标联合检测或与其他肝癌诊断标志物进行联合检测。本文回顾了截至2021年7月以cfDNA为出发点的联合型液体活检相关文献，归纳了现有研究中的各联合检测方式，首次就其联合诊断方法的诞生及研究进展进行简要综述，进一步明确cfDNA联合液体活检在诊断早期肝癌中的重要意义与潜力，以期为更好地利用肝癌诊断标志物提供探索思路。     

基于游离DNA的棘球蚴病诊断标志物的筛选和应用初探

目的筛选棘球蚴病(包虫病)潜在诊断标志物的游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)序列,并初步探讨其诊断价值。方法从西藏自治区采集确诊细粒棘球蚴病患者外周血,分离血浆,提取cfDNA并重测序;对测序数据进行生物信息学分析,并与人参考基因组和细粒棘球绦虫基因组综合比对,筛选诊断标志物候选序列;分别以细粒棘球蚴病患者和健康人血浆cfDNA为模板,采用qPCR分析诊断标志物候选序列的特异性和敏感性。结果共采集6份细粒棘球蚴病患者血浆,提取的血浆cfDNA条带较为均一,主要集中于150～200 bp;经重测序和序列比对获得一组候选序列,qPCR分析后初步筛选出一条101碱基的序列,用其检测8例细粒棘球蚴病患者血浆cfDNA,其中5例阳性,敏感性为62.5%;检测健康人血浆的特异性为87.5%(7/8)。结论细粒棘球蚴病患者血浆中存在虫源cfDNA,该序列具有作为诊断标志物的潜在价值。     

循环肿瘤细胞及游离DNA甲基化在肝细胞癌患者中的研究进展

随着对肿瘤认识的不断深入,人们发现在原发肿瘤形成和生长的早期阶段,肿瘤细胞即可以脱离原发肿瘤组织释放到外周血形成循环肿瘤细胞,同样在肿瘤形成的早期阶段就会出现肿瘤细胞的坏死和凋亡,这些凋亡或坏死的肿瘤细胞也可以释放其DNA入外周血形成血浆或血清游离的DNA,因此对肿瘤患者循环肿瘤细胞及游离DNA的分析被认为是实时的"液相活检",肿瘤患者中的循环肿瘤细胞具有非常强的异质性,我们可以根据其物理和生物学性质采用不同的技术对其进行富集和检测;可以借助现代分子生物学手段对循环游离DNA进行提取,并对其遗传学和表观遗传学的异常改变进行分析,这可为肿瘤的早期诊断、疗效评估、复发监测及预后判断提供重要的信息.本文结合本课题组的研究重点,就循环肿瘤细胞及游离DNA及其甲基化在肝细胞癌患者的研究进行综述.     

外周血cfDNA及其在临床转化中的方法学研究进展

外周血循环游离DNA(cfDNA)的检测作为一种无创、低耗、高效的液体活检手段,凭借其得天独厚的优势,将逐渐成为未来精准医学、个体化医疗发展过程中不可或缺的组成部分。近年来,随着分子生物学检测技术的日新月异,关于肿瘤患者cfDNA检测的临床研究逐渐增多,并已获得了许多令人欣喜的成果。但介于研究中不同的标本采集、预处理、储存方式及多样化的检测方法,不同的研究所得检测结果往往差异显著。因此,这种液体活检手段迟迟未能应用于临床。未来,建立一套从标本采集到cfDNA分离、检测等一系列可用于临床推广的标准化检测流程将成为该领域转化医学研究的核心内容。本文将对cfDNA的来源机制及目前各类临床研究中外周血cfDNA的分离和检测方法作一综述。     

血浆结核分枝杆菌游离DNA检测对结核病的诊断价值

目的探讨血浆结核分枝杆菌游离DNA(cfDNA)检测对结核病(TB)诊断的临床应用价值。方法选取临床细菌学确诊结核病患者118例作为研究组,另选取同期非结核其他肺部疾病患者61例作为对照组。采用实时荧光定量PCR(Q-PCR)技术检测研究对象血浆中的结核分枝杆菌cfDNA,绘制ROC曲线分析其对结核病的诊断价值。并应用T-SPOT.TB检测、Xpert MTB/RIF (Xpert)检测对入组对象进行验证性诊断,采用配对四格表χ~2检验比较结核分枝杆菌cfDNA检测与T-SPOT.TB、Xpert检测在结核病诊断中的差异。结果结核分枝杆菌cfDNA检测诊断结核病的ROC曲线下面积(AUG)为:0.884,最佳诊断阈值(cut-off值)为38.69。T-SPOT.TB、Xpert、结核分枝杆菌cfDNA检测诊断结核病的灵敏性和特异性分别为:81.36%和40.98%、61.01%和96.72%、79.70%和95.10%。另外,结核分枝杆菌cfDNA检测对肺结核组(PTB)或肺外结核组(EPTB)患者的阳性检出率均高于Xpert检测(P0.05),但与T-SPOT.TB检测相比差异均无统计学意义(P0.05)。结论通过Q-PCR技术可以在结核病患者血浆中检测到结核分枝杆菌cfDNA,能够显著提高结核病的阳性检出率,并且有望成为肺外结核病快速诊断的新靶标。     

液体活检技术在肺癌中的应用进展

<正>液体活检作为体外诊断的一个分支,包括游离循环肿瘤细胞(circulating tumor cells,CTCs)检测、循环肿瘤DNA(circulating tumor, DNA)检测、外泌体及循环RNA(circulating RNA,circRNA)检测。目前,液体活检在多个领域,如肿瘤筛查、肿瘤分期分级、预后评估、精准用药及肿瘤个体化治疗、耐药监控、肿瘤复发与转移中广泛应用。肺癌是我国发病率和病死率最高的癌症。随着生物技术的进步与发展,液体活检技术在肺癌的早期诊断、预后评估、疗效检测中展现出巨大临床应用价值,肺癌液体活检技术可以贯穿肺癌全病程诊疗,包括早期筛查、检测、个体化用药指导、预后评估等。本文将对不同液体活检技术在肺癌中的应用进展作一综述。     

结核分枝杆菌cfDNA在结核病诊断中的发展现状和挑战

为实现“2035终止结核”的目标,开发新的检测方法迫在眉睫。结核分枝杆菌cfDNA(Mycobacterium tuberculosis cfDNA, MTB-cfDNA)可表明病原体的存在,是结核病(tuberculosis,TB)诊断和治疗监测有吸引力的生物标志物。易于获取的尿液和(或)血液中的MTB-cfDNA可实现对任何年龄组的肺结核和肺外结核的检测。在胸腔积液、腹腔积液和脑脊液等体液样本中检测MTB-cfDNA对TB的诊断性能高于GeneXpert MTB/RIF等基因组DNA检测。但cfDNA作为TB生物标志物的研究仍处于起步阶段,未来需要更大型、纳入患者类型更全面的临床研究来评估其在TB诊断中的效用。随着检测方法的进一步优化,cfDNA检测有可能改善TB诊断并成为“游戏规则的改变者”。     

RET原癌基因点突变所致多发性内分泌腺瘤病2B型一例家系研究

目的：研究1例中国家系中RET原癌基因点突变与多发性内分泌腺瘤病2B型（MEN－2B）发病的相互关系及其遗传特征。方法：收集1例MEN－2B患者术后甲状腺髓样癌肿瘤组织和外周血DNA标本及其父母外周血DNA标本运用PCR和逆转录PCR技术以及直接基因测序技术对上述标本中RET原癌基因16号外显子区域进行分子检测。结果：在患者肿瘤组织（c)DNA及其外周血DNA中均检测到RET原癌基因16号外显子918密码子处基因点突变,即：918Met(ATG）→Thr(ACG).且由基因测序图示,该突变为杂合子错义突变。而患者父母外周血DNA样本中均未发现上述RET原癌基因突变。结论：与国外报道相似,在中国MEN－2B患者中,也找到了RET原癌基因16号外显子基因点突变918Met(ATG)→Thr(ACG)。虽然其发病具有遗传倾向,但同样存在散发病例。MEN－2B发病的基因检测应成为该病的诊断治疗以及患者一级亲属早期诊断和临床干预的分子基础。     

消化系统肿瘤液体活检研究进展

近年来,液体活检技术在肿瘤领域的研究和应用越来越广。液体活检在消化系统肿瘤的筛查和早期诊断、预后检测、复发监测等方面发挥重要作用。本文总结了食管癌、胃癌、结直肠癌、胰腺癌、肝癌等消化系统肿瘤在包括循环肿瘤细胞(CTC)、细胞外泌体及肿瘤衍生循环核酸,如循环肿瘤DNA(ctDNA)、循环肿瘤RNA(ctRNA)等在内的液体活检技术的研究现状。     

隐匿性乙型肝炎病毒感染的生物学及临床影响的研究进展

2018年10月,众多国际专家齐聚意大利陶尔米纳参加隐匿性乙型肝炎病毒感染(OBI)研讨会。本次研讨会回顾和讨论了OBI的现有认识,通过小组讨论,所有与会者达成共识,最终提出了2018版OBI声明,本文将简要介绍本次声明的内容。一、OBI定义隐匿性乙型肝炎病毒感染(OBI)是指通过目前的检测方法,在乙型肝炎表面抗原(HBsAg)检测阴性者的肝脏和(或)血液中,检测到具有复制能力的HBV DNA(即游离型共价闭合环状DNA,cccDNA)。     

智能扩增检测法检测非小细胞肺癌患者血浆及肿瘤组织中表皮生长因子受体突变的研究

近年来,非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的发病率逐年增高,严重威胁着人类的健康.表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor,TKI)改变了NSCLC患者的治疗策略.EGFR突变是该类药物的预测因子,在NSCLC的治疗决策中起重要作用[1].对晚期患者而言,获取肿瘤组织检测EGFR突变存在困难,有学者曾尝试在NSCLC患者体液中检测EGFR突变,但标本中肿瘤细胞DNA含量少且不稳定,对检测技术要求高.因此,本研究设计了相应的智能扩增检测(smart amplification process,SMAP)体系,检测晚期NSCLC患者肿瘤组织及外周血浆中EGFR突变,以传统测序及扩增阻滞突变富集技术(amplification refractory mutation system,ARMS)作为对照,并用克隆测序进一步验证结果,探讨SMAP法检测EGFR突变的稳定性和可靠性.     

三联放大技术与荧光定量PCR检测乙型肝炎病毒的应用比较

目的通过比较聚合酶链反应偶联印迹杂交和酶联放大技术(即三联放大技术)与荧光定量PCR(FQ-PCR)两种方法检测HBV DNA结果,探讨三联放大技术用于血液HBV筛查的优越性。方法医院肝病门诊患者血清195份,同时进行三联放大技术检测和FQ-PCR检测,比较检测结果。结果195份血清,经三联放大技术检出HBVDNA 125份,检出率64.10%;FQ-PCR检出HBV DNA 103份,检出率52.82%。两种方法的HBV DNA检出率差异有统计学意义(P0.01)。结论与FQ-PCR比较,三联放大技术能显著提高HBV DNA的检出率,可用于血液HBV筛查。     

循环肿瘤DNA定量方法的建立及其临床应用的初步研究

目的 建立荧光核酸染料PicoGreen用于循环肿瘤DNA定量的方法并以乳腺癌为例初步探讨其在肿瘤辅助诊断中的作用. 方法 采用QIAamp DNA blood kit提取血清中的循环肿瘤DNA并分析其提取效率,分析PicoGreen荧光分光光度法对微量DNA进行精确定量的范围和可靠性.以受试者工作特征曲线(ROC)判断循环肿瘤DNA应用于乳腺癌辅助诊断的可行性. 结果 QIAamp DNA blood kit提取血清中DNA的效率在37.8%～46.2%,平均43.4%.用PicoGreen荧光法,可检出低至1 ng的循环肿瘤DNA,并且在1～500 ng范围内呈现良好的直线关系.用此法检测乳腺癌组血清DNA浓度为(169.70±124.10)μg/L,对照组乳腺良性病变为(51.70±29.04)μg/L,健康人为(54.30±36.84)μg/L.经Mann-Whitney检验二者差异有统计学意义.ROC下面积为0.899(95%CI为0.848～0.951),当DNA诊断界值为96.0/μg/L时,灵敏度为78.2%,特异度为90.0%,提示血清DNA浓度有较好的诊断应用价值. 结论 应用PicoGreen荧光分光光度法可有效检测微量的血清循环肿瘤DNA,且乳腺癌组循环肿瘤DNA浓度明显高于对照组,提示循环肿瘤DNA为有价值的乳腺癌辅助诊断指标之一.     

基因芯片在肝癌诊断与治疗中的应用

基因芯片包括DNA芯片(又称DNA微阵列)与cDNA芯片(又称cDNA微阵列)，是目前应用最广泛的生物芯片，它以DNA杂交技术为基础，采用微加工和微电子技术，在玻璃、硅、塑料等固相表面上固定成千上万个分子识别探针，能在同一时间平行检测大规模的基因分子信息，主要用于肿瘤的DNA测序、基因表达、突变、诊断、药物筛选和遗传图谱等研究。肝     

人体循环DNA在心脏危急症方面的研究进展

血浆DNA和线粒体DNA是血液循环系统中游离状态的DNA。健康人的血液中含有极微量的循环DNA并维持相对恒定,当机体在病理状态时常有不同程度的升高。通过血浆DNA和线粒体DNA的实时监测,可以实现心肌梗死、心脏骤停等心脏危急症的早期诊断及预后评估。     

荧光定量聚合酶链反应检测肺癌患者血浆循环DNA及其临床意义

循环DNA是指存在于血液(血清或血浆)中的一种无细胞状态的胞外DNA,由单链或双链DNA及单链与双链的混合物组成.肺癌患者血浆循环DNA检测为肺癌筛查及监测提供了新的手段,对肺癌早期诊断及随访预后可能有重要价值[1].     

ctDNA在B细胞淋巴瘤中的研究进展

摘要 循环肿瘤DNA（ctDNA）是肿瘤患者体液循环中一种广泛存在的游离DNA片段，相较于肿瘤实体病灶，ctDNA具有取材方便、安全无创、信息全面等优势。ctDNA检测可应用于B细胞淋巴瘤的治疗前、治疗中和治疗后等各个阶段，在肿瘤辅助诊断、预后分层、靶向治疗、疗效评估、微小残留病灶（MRD）监测及预测复发等方面具有重要指导意义。本文主要就ctDNA在B细胞淋巴瘤中的相关检测手段、应用进展和前景展望等作一概述。     

羊水细胞高通量测序与染色体核型分析在产前诊断中的应用研究

目的通过高通量测序技术(即下一代测序技术,next generation sequencing,NGS)检测孕妇羊水细胞DNA,与染色体核型分析进行对比,探索NGS在羊水细胞产前诊断中的应用价值。方法选取孕龄在18~24周之间的高龄妊娠、唐氏综合征生化筛查高风险和(或)彩超显示胎儿异常并同意产前诊断的孕妇101例,抽取孕妇羊水,提取羊水细胞DNA,制备测序文库,应用Ion Proton测序仪检测,所得的DNA序列与人类DNA参考数据库比对并作统计分析,并与同一样本染色体核型分析进行对照分析。结果 101例羊水样本处理后经NGS技术检测判定2例染色体数目异常,37例染色体片段缺失/重复;羊水细胞培养检出2例染色体数目异常,2例9号染色体臂间倒位,2例多态性。结论利用高通量测序技术检测孕妇羊水中DNA诊断胎儿染色体数目异常,其特异性与染色体核型分析技术具有较高的一致性,并可检测出缺失/重复。染色体核型分析技术与高通量测序技术相结合在检测出生缺陷上具有较好的临床实际应用价值,并可进一步展开对疾病候选基因的研究。