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目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨失笑散治疗冠心病的作用机制。方法:收集TCMSP及BATMAN-TCM、HERB数据库,分别检索蒲黄和五灵脂的化学成分及靶点,运用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-活性成分-潜在靶点网络图。通过GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选冠心病相关的靶点。利用Venny图获取疾病-药物交集靶点,并将其上传至STRING数据库,进一步通过Cytoscape 3.9.0软件绘制核心蛋白-蛋白互作(PPI)网络图。采用Metascape平台对交集靶点进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用AutoDockTools-1.5.7软件对核心成分与核心靶点进行分子对接,采用PyMOL软件进行可视化。结果:经筛选后获得失笑散核心成分为槲皮素、山柰酚、异鼠李素等;核心靶点包括蛋白激酶B(AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(p53)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)等。KEGG通路富集的主要通路为环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。分子对接验证显示:多数核心成分与核心靶点具有... 相似文献
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目的 通过数据库挖掘藤梨根治疗胃癌的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选药物活性成分及作用靶点,结合Gene Cards、OMIM、PharmGKB、DrugBank以及TTD数据库中的胃癌相关靶点,构建“药物-化合物-交集靶点”网络,并对交集靶点进行蛋白网络互作(PPI)运算及功能分析以进一步得出藤梨根治疗胃癌的核心基因。最后使用Autodock软件对藤梨根活性成分及核心基因进行分子对接。结果 经分析发现,藤梨根有效化合物共6个,对应靶点468个;胃癌靶点12117个,与藤梨根中5个化合物取得交集靶点共148个,其中核心基因13个。GO功能分析结果示,生物过程涉及细胞对化学应激的反应、金属离子响应、脂多糖反应等,KEGG富集分析主要涉及PI3K-AKT信号通路、炎症相关信号通路(TNF、IL17A)、肿瘤相关信号通路等。分子对接结果显示藤梨根其主要活性成分与核心靶点结合能均<-5 kcal/mol,能够自发结合,其中具有较强结合活性(结合能≤-7 kcal/mol)成分靶点占82.8%以上。结论 藤梨根的活性成分可能主要通过调控PI3K-Akt、TNF等信号通路,作用于AK... 相似文献
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[目的]基于网络药理学和分子对接研究钩藤治疗动脉粥样硬化的有效成分、靶点及通路。[方法]利用TCMSP数据库并结合筛选条件,确定钩藤的主要有效成分和有效成分相应的靶点,构建有效成分-靶点网络;利用GeneCards、DisGeNET、OMIM及TTD数据库确定动脉粥样硬化的疾病靶点,获取药物靶点与疾病靶点的交集,并对交集靶点进行PPI网络分析、GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape 3.9.0软件中的“Analyze Network”工具,构建有效成分-靶点-通路网络,筛选出核心成分、核心靶点、核心通路,并对核心成分与核心靶点之间的亲和力进行分子对接验证。[结果]筛选出33种有效成分,其中一种有效成分没有相应的靶点,筛选出1 608个疾病靶点和115个药物与疾病的交集靶点。PPI分析得到的主要靶点为AKT1、TNF、IL-6、IL-1β、TP53、JUN、CASP3、MMP9、PTGS2等。GO生物功能富集分析获得生物过程条目22个、细胞成分条目57个、分子功能条目100个。KEGG通路富集分析筛选出20条信号通路,主要为脂质和动脉粥样硬化、MAPK、癌症信... 相似文献
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目的 基于网络药理学方法,探究羟氯喹治疗干燥综合征的分子作用机制.方法 通过构建"活性成分?作用靶标?疾病"可视化交互网络及蛋白互作网络(PPI),分析相关蛋白的互作关系;对核心靶点进行KEGG通路及基因本体(GO)生物过程富集分析,对药物活性成分与疾病靶点进行分子对接验证.结果 筛选得到羟氯喹活性成分279个,干燥综... 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨润肝养心方治疗心脏神经症(CN)的物质基础和作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、Swiss Target Prediction数据库检索并筛选出润肝养心方(麦冬、酸枣仁、柏子仁、炒白芍、当归、五味子、茯苓、炙甘草)的药物活性成分及作用靶点,利用基因名片数据库(GeneCard)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNET数据库筛选CN疾病靶点,将药物和疾病靶点两者取交集后获得的共有靶点导入STRING数据库获得蛋白互作关系,应用Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络;采用R语言ClusterProfiler程序包(3.18.0)对关键靶点进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,并利用Cytoscape 3.8.2构建关键靶点-功能-通路图及关键靶点中药药理调控网络;采用AutoDock Tools 1.5.6进行分子对接研究。结果:润肝养心方筛选得到活性成分146个、作用靶点245个、CN及润肝养心方共有靶点... 相似文献
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目的应用网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法在中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索五苓散主要成分及对应靶点;检索GeneCards、TTD、DrugBank、DisGeNET数据库,筛选CHF相关靶点;取疾病与药物交集靶点,构建韦恩图;应用Cytoscape 3.8.0软件建立五苓散药物-活性成分-靶点网络及药物成分-交集靶点网络,获得关键化合物;应用STRING平台构建交集靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)的网络图,分析网络图得到关键靶点;应用Metascape数据库对交集基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。比较关键靶点及KEGG通路富集基因,选取主要靶点蛋白及关键化合物,应用CB-Dock平台进行分子对接验证。结果通过口服生物利用度(OB)及生物活性分子类药性(DL)筛选得到五苓散共有46个活性成分,共涉及63个作用靶点,与CHF重合的靶点有36个,得到谷甾醇、3β-乙酰氧基-白术酮、二氢槲皮素等10个关键化合物,NOS3、CASP3、PTGS2等10个关键靶点。GO分析得到与循环系统、细胞膜成分及蛋白质相关的注释条目。KEGG通路富集通路主要包括AGE-RAGE信号通路、细胞凋亡、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,五苓散关键化合物与新型利尿剂托伐普坦,与治疗靶点均具有良好结合活性。结论五苓散包括多个活性成分,作用于多个靶点,通过抑制细胞凋亡、氧化应激、心肌重构、炎症通路等多种机制作用于CHF,体现了中药治疗疾病多成分、多靶点、多途径的特点。 相似文献
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目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨益母草干预高血压的作用机制。方法 在TCMSP网站中筛选益母草的有效化合物,在SwissTarget、TargetNet网站中检索化合物的基因靶点;在GeneCards、OMIM中检索高血压的相关基因靶点。应用Metascape网站将益母草与高血压共同靶点基因进行富集分析,并用AutoDock Vina软件将核心靶点与关键化合物进行分子对接。结果 益母草的核心成分主要有异鼠李素、山奈酚、益母草碱等12种,共筛选出血管紧张素转化酶、蛋白酪氨酸性磷酸酶、羟基类固醇脱氢酶1等29个交集靶点。这些靶点通过C21-类固醇激素生物合成、钙信号通路、肾素-血管紧张素系统等通路发挥调节高血压的作用。结论 益母草主要通过调控C21-类固醇激素生物合成、醛固酮合成与分泌系统、钙离子通路等发挥对高血压的调节作用。 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨红景天干预血脂异常的作用机制,为新药研发提供参考。方法:通过中药系统药理分析平台(TCMSP)挖掘红景天药物活性组分,通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、治疗靶标数据库(TTD)、GeneCards数据库、DrugBank数据库获得高脂血症相关靶点,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。借助Metascape平台分析其主要的生物学过程与代谢通路,并进行富集分析。利用Cytoscape构建红景天成分-高脂血症靶点-通路网络图,对关键靶点与相应活性成分进行分子对接验证。结果:红景天干预高脂血症的核心活性成分为山柰酚、芦丁、紫丁香苷等,核心靶点包括蛋白激酶B1(AKT1)、RELA、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)8、MAPK10、肿瘤坏死因子(TNF)等。分子对接结果显示,芦丁与AKT1、芦丁与RELA、山柰酚与RELA具有较好的结合活性。结论:红景天干预高脂血症具有多成分、多靶点、多通路的作用特点,可能通过抗炎及调节细胞增殖、分化与凋亡等方式干预高脂血症的发生发展。 相似文献
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目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨三七总皂苷治疗糖尿病足的潜在靶点及作用机制。方法通过本草组鉴数据库、PharmMapper平台收集三七总皂苷主要活性成分及其相关靶点,在GeneCards数据库和比较毒理基因组学数据库收集糖尿病足相关靶点,获得药物与疾病的共同靶点。将共同靶点导入STRING平台,构建蛋白质相互作用(PPI)网络,经拓扑分析确定核心靶点。用R软件对共同靶点进行基因本体论(GO)和京都百科全书基因和基因组(KEGG)富集分析。采用Cytoscape软件绘制成分—靶点—通路网络,拓扑分析筛选PNS治疗糖尿病足的核心成分与核心靶点。采用AutoDock Vina软件对核心靶点和药物进行分子对接模拟,验证网络药理学预测的结果。结果 PNS的主要入血活性成分为三七皂苷R1、人参皂苷Rb1、人参皂苷Rd、人参皂苷Re和人参皂苷Rg1。共筛选得到PNS和糖尿病足的共同靶点56个,涉及多个生物过程和多条通路,包括伤口修复、对脂多糖的反应、对氧化应激的反应、平滑肌细胞增殖的调节、细胞间黏附的调节、神经元死亡调节、上皮细胞迁移等过程和糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样... 相似文献
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目的:基于网络药理学及分子对接虚拟预测方法,探究余甘子治疗肝细胞癌的潜在分子机制。方法:通过公共数据库获取余甘子的有效活性成分及作用靶点,并筛选肝细胞癌相关靶点,构建“活性成分-靶点”关系图与PPI网络,进行GO分析和KEGG、Reactome通路富集,采用分子对接评价活性成分与核心靶点的结合活性。结果:共获得19个有效活性成分和12个重要靶点。通过GO分析获得了1794个细胞生物过程,而KEGG和Reactome富集分析分别涉及315和391个相关通路。结论:余甘子的主要有效活性成分为鞣花酸、木犀草素、槲皮素和山奈酚,可能作用于AKT1、MMP9、SRC、ESR1、PPARG和AR等关键靶点,调控内分泌抵抗、癌症中的蛋白多糖、癌症通路、受体酪氨酸激酶信号、白细胞介素信号通路、生长因子受体和第二信使信号转导、PI3K/AKT信号通路等以治疗肝癌。除了直接的肿瘤相关信号通路,间接的炎症、代谢通路在抑制肝癌进展中发挥了重要作用。 相似文献
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[摘要] 目的 通过网络药理学及分子对接探讨灵芝调控免疫功能的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索和筛选灵芝有效成分,使用Swiss Target Prediction数据库预测其潜在作用靶点。从GeneCards、DrugBank、OMIM、PharmGKB、TDD数据库中获取免疫调控相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用String平台构建蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白。利用R软件进行GO富集分析和KEGG通路分析。通过分子对接技术进行活性成分和核心靶点的分子对接验证。结果 共获取灵芝活性成分43个,作用靶点499个,免疫相关靶点12 454个,药物与疾病的交集靶点483个。KEGG通路分析显示交集基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用、cAMP信号通路、蛋白多糖与癌症等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要参与脂质代谢过程的调节、肽基-丝氨酸磷酸化、肽基-丝氨酸修饰等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白有较好的结合活性。结论 研究构建的灵芝“成分-靶点-通路-疾病”网络,一定程度上揭示了灵芝多成分、多靶点的复杂作用机制,为灵芝的临床应用和产品开发提供理论基础。 相似文献
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目的]利用网络药理学及分子对接技术探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化(As)的作用机制。 [方法]借助TCMSP数据库获得当归补血汤的活性成分,使用Swiss Target Prediction平台预测其潜在作用靶点。应用GeneCards及DisGeNET数据库筛选As靶点,并将活性成分预测靶点与疾病靶点取交集获得关键交集靶点。采用STRING平台构建交集靶点PPI互作网络,Cytoscape软件网络拓扑分析筛选潜在关键靶点。再次使用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点,并找到核心活性成分。通过Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,最后通过分子对接,进一步明确其发挥治疗效用的成分与靶点作用机制。 [结果]筛选当归补血汤活性成分共19个,预测靶点204个,疾病靶点5 213个,筛选得到治疗As的交集靶点176个,排名前5位的核心靶点为Akt1、JUN、TP53、TNF、IL-6。GO和KEGG富集分析主要指向氧化应激反应、转录调节复合物等功能,参与的信号转导主要包括FoxO信号通路、JAK-STAT信号通路、IL-17信号通路等。分子对接结果显示5个活性成分及5个重要核心靶点对接结合能均小于-5 kJ/mol,提示其受体蛋白与配体小分子之间结合稳定,数值越低,结合稳定性越高,且结合能排名前5位的包含β谷固醇与槲皮素两种活性成分,其中活性成分β谷固醇与TNF结合能最低,为-10.52 kJ/mol,说明β谷固醇与槲皮素两种中药有效成分可能在治疗动脉粥样硬化性疾病中起重要作用。 [结论]当归补血汤中槲皮素、β谷固醇等核心活性成分可能通过作用于Akt1、JUN、TP53、TNF、IL-6等核心靶点,调节炎症反应、脂质代谢和其他相关通路,从而发挥治疗As的作用。 相似文献
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目的:柚皮素是一种广泛存在于多种中药中的黄酮类化合物,具有优秀的抗炎、抗氧化以及抗癌功能,该研究系统探讨柚皮素抗胃癌的可能作用机制.方法:通过检索TCMSP、CTD、GeneCard、OMIM、DisGeN-ET及STRING数据平台获得相关数据,筛选后制成“成分-靶点”网络及蛋白互作网络,利用R软件运行biocond... 相似文献
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目的 运用网络药理学及分子对接技术,探究苗药黑骨藤治疗阿尔茨海默病(AD)的活性成分和潜在作用机制。方法 通过文献搜集苗药黑骨藤的化学成分,利用中药系统药理学数据库(TCMSP)和Swiss ADME数据库筛选黑骨藤的主要活性成分,采用Swiss Target Prediction和SEA数据库预测活性成分的作用靶点。通过GeneCards、OMIM数据库检索AD相关靶点,经Venny2.1.0获取成分-疾病交集靶点,结合STRING数据库和Cytoscape3.8.0软件对交集靶点进行蛋白互作(PPI)网络分析。再借助HIPLOT数据库对交集靶点进行基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。最后,利用AutoDock Tools1.5.6软件将潜在成分与核心靶点进行分子对接。结果 苗药黑骨藤的活性成分共24个,对应靶点574个,1 513个AD靶点,交集靶点159个;GO分析得到2 661条生物过程,587条分子功能,311条细胞成分;KEGG分析得到AD主要参与神经退行性疾病-多发性疾病途径、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、癌症中的蛋白多糖等相关通路。分子对接结... 相似文献
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赵赫董云芳何玉瑶刘晓庆侯晓莹胡文文钟利群 《中西医结合心脑血管病杂志》2023,(6):1019-1029
目的:探讨加味泽泻汤治疗梅尼埃病的潜在作用机制。方法:从TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM平台中收集加味泽泻汤组方中药物的活性成分及靶点,经标准化处理后利用Cytoscape软件绘制加味泽泻汤活性成分-靶点网络图并分析其核心成分;从GeneCards、OMIM、DisGeNET及CTD疾病数据库中收集梅尼埃病相关的疾病靶点,从而得到药物-疾病共有靶点,筛选出加味泽泻汤治疗梅尼埃病的潜在作用靶点并绘制药物活性成分-疾病靶点网络图;筛选提取加味泽泻汤和梅尼埃病的交集网络制作药物-疾病互作网络,通过计算相关属性值得到核心靶点,利用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并可视化。最后使用分子对接技术对加味泽泻汤核心活性成分与核心靶点对接并进行可视化处理。结果:经过筛选共得到加味泽泻汤药物活性成分39个,相关靶点144个;梅尼埃病疾病相关靶点1 556个,其中,有药物-疾病共同靶点44个,通过富集分析及筛选,得到排名靠前的GO功能条目及KEGG信号通路。分子对接得到4个关键化合物和3个核心靶点,具有较好的结合性,验... 相似文献
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[目的]运用网络药理学与分子对接技术探究三棱-莪术药对治疗动脉粥样硬化(As)的作用机制。[方法]通过TCMSP、Swiss Target Prediction、STRING数据库和Cytoscape软件发现并探究相关治疗靶点的作用关系,通过Omicshare平台进行GO富集分析与KEGG通路富集分析,运用DockThor平台进行分子对接。[结果]研究结果发现158个相关治疗靶点,其中丝氨酸/苏氨酸激酶1、SRC原癌基因、肿瘤坏死因子、丝裂原激活蛋白激酶3、白细胞介素6等49个靶点为核心靶点。GO富集分析发现三棱-莪术药对可以在多方面影响As的发生发展。KEGG通路富集分析发现,三棱-莪术药对可能通过C型凝集素受体信号通路、癌症通路等多条代谢通路来发挥治疗As的作用。分子对接显示靶点TNF与常春藤皂苷元的结合活性最高。[结论]三棱-莪术药对治疗As的作用机制复杂,主要通过C型凝集素受体信号通路、癌症通路等多条代谢通路发挥作用。 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病(CHD)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选四妙勇安汤的药物有效活性成分及作用靶点,应用全球蛋白质资源(UniProt)数据库对基因标准化处理。通过GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库检索冠心病的有关靶点,将药物有效活性成分靶点与冠心病的相关靶点进行映射,取交集即为四妙勇安汤治疗冠心病的潜在靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建四妙勇安汤治疗冠心病的“药物-成分-疾病-靶点”网络图,运用生物分子功能注释系统(STRING)数据库及Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,并筛选核心靶点。利用DAVID数据库对得到的交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用AutoDock及PyMOL等软件进行分子对接验证及结果的可视化分析。结果:共得到四妙勇安汤治疗冠心病的活性成分127个、相关靶点137个、交集靶点120个。四妙勇安汤治疗冠心病的生物过程涉及对缺氧的反应、一氧化氮生物合成过程的... 相似文献
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目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨三参通脉合剂治疗冠心病的主要化合物成分及复杂作用机制。方法:通过HERB数据库、SwissADME平台检索并筛选三参通脉合剂的潜在活性化合物,通过SwissTargetPrediction平台预测作用靶点。通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、DrugBank及TTD数据库检索并筛选冠心病相关靶点。取药物预测靶点与疾病相关靶点的交集,将交集靶点导入Cytoscape 3.9.1构建“中药-成分-靶点”网络;导入STRING 11.5数据库构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并通过Cytoscape 3.9.1、CytoNCA插件进行拓扑分析。通过Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Tools 1.5.7、AutoDock Vina 1.1.2等进行分子对接分析。结果:共筛选得到三参通脉合剂365个活性成分,可能作用于320个冠心病相关靶点。根据“中药-成分-靶点”网络、PPI网络及相关文献筛选5个关键靶点与11个主要活性成分进行分... 相似文献
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目的:运用网络药理学及分子对接探讨三黄泻心汤对脓毒症心功能障碍治疗的作用机制。方法:通过文献检索搜集三黄泻心汤中相关有效成分;通过Swiss Target Prediction、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、中药系统药理学数据库(TCMSP)预测三黄泻心汤的潜在作用靶点;运用人类基因数据库(GeneCards)和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)检索脓毒症心功能障碍相关的疾病靶点。利用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点”网络,使用蛋白质相互作用分析数据库(STRING)构建交集蛋白间相互作用关系网络;借助注释、可视化和综合发现数据库(DAVID)在线工具进行基因的基因本体(GO)功能富集和京都基因及基因组百科全书(KEGG)通路分析;利用AutoDockVina、PyMOL软件进行有效成分与关键靶点的分子对接。结果:通过筛选获得三黄泻心汤13种主要有效成分和潜在作用靶点511个,有效成分与疾病相关共同靶点51个,主要涉及细胞凋亡、蛋白磷酸化、炎症反应等生物过程,并可能通过磷酸肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)... 相似文献
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《临床肝胆病杂志》2021,37(10):2338-2342
目的运用网络药理学方法,探讨扶正化瘀(FZHY)方治疗肝癌的作用机制。方法从TCMSP、BATMAN、Drugbank数据库检索该方各味药的主要化学成分及相应靶标信息,采用STRING数据库进行PPI网络分析,Cytoscape软件构建药物-疾病网络模型并进行网络分析,R语言进行靶标功能GO和KEGG富集分析。结果研究筛选得到FZHY与肝癌交集基因192个,潜在化合物95种,其中槲皮素、木犀草素等是起到重要调控作用的活性成分; INS、IL-6、EGFR等是FZHY潜在作用的关键靶点; GO富集分析主要涉及药物反应、氧化反应等多个生物过程,KEGG富集分析主要涉及细胞凋亡、肿瘤坏死因子等信号通路。结论基于网络药理学的方法揭示了FZHY多成分、多靶标治疗肝癌的初步作用机制,为临床和基础科研提供理论依据。 相似文献