应用网络药理学对鸡血藤治疗动脉粥样硬化的机制探讨

目的:预测鸡血藤在治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的主要活性成分的作用靶点,来探究其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法:借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索鸡血藤的化学成分及作用靶点。在借助OMIM、Drugbank、TDD等数据库检索AS相关基因,并根据UniProt数据库分析靶点所对应的基因。应用Cytoscape 3.6.1构建化合物靶点关系网络,应用STRING数据库构建蛋白质相互作用关系网络,最后在DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:化合物靶点关系网络包括23个化合物和对应的110个靶点,其中涉及关键靶点包括BCL2,BAX,CASP9,JUN,CASP3,CASP8,PRKCA,PON1,NOS2,ESR1,AR等。GO功能富集分析得到GO条目535个,其中涵盖生物过程(BP)条目415个,涵盖分子功能(CC)43个,涵盖细胞组成(MF)77个。在KEGG通路富集筛选得到117条信号通路,其中已证实与AS相关的28条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路等通路。结论:鸡血藤中活性成分主要通过PRKCA、IL6、AKT1等靶点调节炎症相关通路来治疗AS。     

基于网络药理学探讨牛膝防治动脉粥样硬化的分子机制

目的 基于网络药理学的方法,预测牛膝治疗动脉粥样硬化(AS)的有效成分和作用靶点,探讨其可能的分子机制.方法 在TCMSP数据库筛选出牛膝的有效成分,并在GeneCards数据库匹配各有效成分的靶点,利用DisGeNET数据库筛选出与AS相关的靶点,基于Cytoscape软件构建有效成分-靶点-AS关系网络图.利用DA...     

基于网络药理学探讨四妙勇安汤治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的运用网络药理学方法分析四妙勇安汤治疗动脉粥样硬化(AS)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、疗效药靶数据库(TTD)筛选金银花、玄参、当归、甘草4味中药的化学成分;利用人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、中草药化合物蛋白质靶标信息(HIT)和TTD数据库预测、筛选四妙勇安汤治疗AS的作用靶点;采用病种分值法(DIP)数据库构建4味中药化学成分与AS靶标之间的交互靶标,采用Cytoscape 3.5.1软件构建网络关系图,通过度中心度(degree centrality)和介数中心度(betweenness centrality)、接近中心度(closeness centrality)等网络拓扑特征对四妙勇安汤的"药材-化合物-靶点-疾病"进行网络评价,利用数据可视化(DAVID)数据库对其涉及的通路进行分析。结果四妙勇安汤共筛选得到191个活性成分,其中槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、7-甲氧基-2-甲基异黄酮为主要有效成分;涉及靶点165个,其中19个为直接靶点,为四妙勇安汤治疗AS的重要潜在靶点,最终预测出四妙勇安汤治疗AS的机制主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K-Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路和环腺苷3’,5’-单磷酸(cAMP)信号通路等。结论初步明确了四妙勇安汤多组分、多靶点的作用特点,为进一步研究四妙勇安汤治疗AS的作用机制奠定基础。     

基于网络药理学与分子对接探究银杏叶提取物治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究银杏叶提取物治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法 在TCMSP平台筛选出银杏叶的活性成分,在Swiss Target Prediction数据平台和GeneCards数据库收集活性成分对应的靶点,在GeneCards和DisGeNET数据库检索“动脉粥样硬化”的相关靶点,通过Venny平台获得两者间的共同靶点。将共同靶点导入STRING数据库,利用Cytoscape 3.8.0构建蛋白互作网络和核心靶点网络,并获取拓扑参数。利用DAVID进行GO和KEGG通路富集分析,并对结果运用微生信和OmicShare平台进行图像可视化处理。采用Cytoscape 3.8.0软件进行“活性成分-靶点-疾病”网络模型构建与分析,最后使用AutoDock、Pymol软件进行重要成分和核心靶点的分子对接并预测其结合能力。结果 从银杏叶中筛选出27个活性成分,动脉粥样硬化和活性成分的共同靶点有163个,其中核心靶点有7个,主要有关通路有PPAR信号通路、TNF信号通路以及Proteoglycans in cancer信号通路等。分子对接结果显示,所有核心靶点与活性成分的分...     

基于网络药理学探讨人参治疗心力衰竭的作用机制

目的 运用网络药理学方法预测人参治疗心力衰竭(heart failure,HF)可能的作用机制.方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献资料筛选中药人参的有效成分及作用靶点,然后通过GeneCards数据库筛选HF的靶标;使用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用分析网络;再利用Cytos...     

基于网络药理学研究鸡血藤治疗骨质疏松的分子作用机制

目的 预测鸡血藤在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的主要活性成分的作用靶点,来探究其多成分-多靶点-多通路的作用机制.方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索鸡血藤的化学成分及作用靶点.借助GeneCards、NCBI等数据库检索OP相关基因.应用STRING数据库构建蛋白质相互作用关系网络,...     

基于网络药理学探讨半夏治疗直肠癌的作用机制

[目的]分析半夏的有效活性化合物及其对直肠癌靶点的作用机制。[方法]应用中药系统药理数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选出半夏中的潜在化学活性物质及相关靶点蛋白,采用基因组注释数据库平台(genome annotation database platform,Gene Cards)预测直肠癌的作用靶点,并运用Uniprot数据库查询与之相对应的基因名称,借助Cytoscape 3.7.2软件,构建“药物-疾病-靶点”的网络图,通过String数据库平台构建蛋白间相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,再利用Bioconductor平台和R语言(The R programming language)进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。[结果]通过筛选,共获得半夏的有效化学成分13个,与直肠癌相关的关键化学成分10个,半夏-直肠癌的共同靶点32个,获得15个PPI核心基因;获得GO生物学过程66条和KEGG相关信号通路104条,涉及乙肝通路、卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染通路、小细胞肺癌通路、细胞凋亡通路、麻疹通路、人类免疫缺陷病毒1感染通路、大肠癌通路、EB病毒感染通路、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)信号通路、p53信号通路、铂剂耐药通路、白细胞介素-17(interleukin-17, IL-17)信号通路、前列腺癌通路等。[结论]半夏可以通过多种途径对直肠癌产生疗效,此为未来提取半夏治疗直肠癌的有效成分奠定了基础。     

基于网络药理学探讨女贞子治疗动脉粥样硬化的作用机制

[目的] 基于网络药理学和生物信息学方法分析女贞子治疗动脉粥样硬化的分子生物学机制。[方法] 基于TCMSP数据库与文献挖掘女贞子中化学成分; 利用PharmMapper网站预测女贞子化学成分靶点, 构建"成分-靶点"网络; 利用TTD、DisGeNET、DrugBank数据库筛选与AS疾病作用相关靶点。利用Cytoscape软件对化合物靶点和AS疾病靶点进行网络拓扑分析。利用STRING数据库对共有靶点构建PPI网络, 进行GO分析和KEGG分析。采用油红O染色和检测细胞内总胆固醇含量评价红景天苷和毛蕊花糖苷抗动脉粥样硬化活性。[结果] "成分-AS疾病靶点"网络显示14个活性成分和170个疾病靶点; 女贞子化学成分和动脉粥样硬化共同靶点9个; GO分析确定352个条目, KEGG通路富集结果确定了14条与AS相关的通路。细胞实验显示红景天苷和毛蕊花糖苷显著减少泡沫细胞的形成, 降低细胞内胆固醇含量。[结论] 女贞子中苯乙醇苷类化合物可能通过调节AMPK、PPAR信号通路调节胆固醇代谢发挥抗动脉粥样硬化作用。     

基于网络药理学探讨何首乌治疗动脉粥样硬化作用机制

目的:基于网络药理学,探讨何首乌治疗动脉粥样硬化(AS)的作用靶点及通路,明确其作用机制。方法:搜索中医药数据库和文献,从中对何首乌有效成分及靶点蛋白进行筛选整合,在TCMSP数据库和Drugbank数据库中检索并获取何首乌有效成分及作用靶点,在Cytoscape软件中构建何首乌的化合物-靶点网络及其相应的蛋白质相互作用(PPI)网络,并在DAVID数据库中进行基因GO功能和KEGG通路富集分析。筛选出何首乌治疗动脉粥样硬化的有效成分及作用靶点,并绘制靶点通路网络模型。结果:预测得出治疗AS的药物活性成分8个和有效靶点109个,并推断奎硫醇、大黄酸、扁蓄苷等成分具有潜在治疗动脉粥样硬化的作用,如钙调蛋白、醛糖还原酶、胰蛋白酶等靶基因可能起着关键性的作用。结论:基于网络药理学探究了何首乌治疗动脉粥样硬化多活性成分-多作用靶点-多联系通路的特点,进行深入研究,以期为系统阐明何首乌治疗动脉粥样硬化作用机制提供科学依据。     

基于网络药理学探讨柴胡治疗动脉粥样硬化作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨柴胡治疗动脉粥样硬化的有效活性成分及靶点的作用机制.方法 该研究运用TCMSP数据库结合筛选条件确定柴胡的主要有效活性成分及其作用靶点,构建主要有效活性成分-靶点网络图.利用GeneCards数据库获取动脉粥样硬化疾病靶点,取柴胡和动脉粥样硬化的交集靶点,对交集靶点进行蛋白质互相作用网络分析...     

基于网络药理学探讨沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制

目的 从药物、疾病、靶点角度研究沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制,为进一步实验验证提供理论基础.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中医药综合数据库(TCMID)收集沙参麦冬汤药物有效成分,导入PubChem数据库获取有效成分结构,将结构导入Swiss TargetPrediction数据库进行靶点预测...     

基于网络药理学探讨柴胡治疗癫痫的作用机制

目的:通过计算机网络药理学技术分析柴胡治疗癫痫的活性化合物及其作用靶点,并预测其作用机制.方法:通过中药系统药理学分析平台筛选出柴胡的化学成分和靶点,利用GeneCards和OMIM数据库筛选出癫痫相关的靶点,基于在线软件venny 2.1.0分析获得108个柴胡与癫痫的共同靶点,并使用Cytoscape软件构建柴胡...     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗系统性红斑狼疮的作用机制

目的采用网络药理学的方法研究方剂玉屏风散的主要活性成分、靶点,初步探讨其治疗系统性红斑狼疮的作用机制。方法通过TCMSP、Uniprot数据库筛选出玉屏风散的药物活性靶点,通过OMIM、GeneCards、TTD数据库筛选出系统性红斑狼疮疾病相关靶点信息。采用RStudio软件将玉屏风散的药物活性靶点与系统性红斑狼疮疾病靶点信息取交集,将交集靶点数据依靠String在线数据库平台构建蛋白互作PPI网络模型,利用Cytoscape 3.7.2软件,构建可视化的"中药-成分-靶点-疾病"网络图并进行分析,找寻玉屏风散治疗系统性红斑狼疮的关键靶点并通过RStudio绘制柱状图。使用RStudio对关键靶点进行GO功能分析和KEGG通路分析。结果玉屏风散治疗系统性红斑狼疮的潜在靶点有124个,蛋白互作PPI网络模型提示AKT1、VEGFA、IL6、TNF、TP53等可能是玉屏风散治疗系统性红斑狼疮的核心靶点。GO功能分析结果显示,玉屏风散治疗系统性红斑狼疮潜在基因的生物功能主要涉及细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性等;KEGG通路分析结果显示,玉屏风散治疗SLE潜在基因的通路主要涉及...     

基于网络药理学探讨振中汤治疗类风湿关节炎作用机制

目的:采用网络药理学的方法,对振中汤治疗类风湿关节炎(rheumatic arthritis,RA)的作用机制进行探讨研究.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对振中汤活性成分进行筛选,运用Cytoscape3.8.2构建化合物-靶点网络;以"rheumatic arthritis"、"RA"为关键词,检索Drugbank和Genecard数据库获取疾病靶标;通过韦恩图,得到疾病与药物的共同靶点;基于String11.0和Analyze Network插件对振中汤治疗类风湿关节炎的关键靶点进行构建分析;采用WebGestalt富集分析工具对关键靶点进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:研究显示共挖掘到振中汤51种有效成分及234个潜在靶点,类风湿关节炎1223个相关靶点,得到振中汤-类风湿关节炎共同靶点120个,共同作用靶点主要富集于119个生物过程和104条信号通路上.结论:振中汤可能是通过原癌基因(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、白细胞介素-6(IL6)、蛋白激酶(ATK1)等靶点,调控TNF信号通路、AGE-RAGE信号通路、白介素-17信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路等,从而发挥抗炎、调节免疫、调节内分泌功能、抑制滑膜细胞增殖、减少破骨细胞生成、抗缺氧应激来治疗类风湿关节炎.     

基于网络药理学分析真武汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 通过网络药理学方法,探讨真武汤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台,筛选出真武汤中5味中药的有效成分及其靶点,利用UniProt数据库获取靶点对应的基因.通过Cytoscape软件构建有效化学成分-药物靶点基因网络.在GeneCards数据库中检索RA相关的疾病靶点基因.对...     

基于桑黄对肺炎的治疗作用及其机制的网络药理学分析

目的：基于网络药理学筛选中药桑黄治疗肺炎的活性成分,分析桑黄治疗肺炎的有效成分和靶点。方法：利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)软件搜索中药桑黄的成分和作用靶点;通过Uniprot数据库得到基因名称(Gene Name);通过GeneCards找出肺炎对应的靶点,将桑黄和肺炎的靶点进行比对,得到关键靶点。利用Cytoscape 3.9.1软件绘制出桑黄化学成分-肺炎-靶点网络图;通过String平台构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,采用Cytoscape软件中ClueGo插件对桑黄关键基因进行基因本体论(GO)生物功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果：桑黄主要活性成分有21种,(E)-4-(3,4-dihydroxyphenyl) but-3-en-2-one成分所含靶点最多,包括细胞色素P450家族(CYP450)、人表皮生长因子受体(EGFR)和基质金属蛋白酶(MMP)等。筛选出桑黄的化合物靶点358个,其中217个基因为桑黄-肺炎共同靶点,与肺炎有关的关键基因包括含铜胺氧化酶3 (AOC3)、DNA连接酶1 (LIG1)、谷氨酰胺...