基因芯片联合荧光定量PCR筛查主动脉夹层肺损伤标志物

目的:使用人表达谱基因芯片筛查主动脉夹层外周血白细胞差异基因表达,用荧光定量PCR进行验证主动脉夹层肺损伤标志基因。方法:分别抽取主动脉夹层患者和主动脉瘤患者外周血白细胞RNA,用基因芯片筛查差异表达基因,选取与肺损伤相关的基因。抽取主动脉夹层肺损伤和非肺损伤患者外周血白细胞RNA,用荧光定量PCR进行验证。结果:差异表达基因134个,其中78个为上调基因,56个为下调基因,差异基因主要涉及炎症反应、免疫反应、宿主防御、胶原蛋白调节、应激反应以及造血和细胞凋亡等多个生物学过程,用荧光定量PCR验证肺损伤相关基因,发现基质金属蛋白酶(MMP)-9在主动脉夹层肺损伤组明显升高(P<0.05)。结论:基因表达谱cDNA芯片是筛查主动脉夹层肺损伤差异基因的有效方法,差异基因可以进一步在荧光定量PCR中验证,MMP-9可用于主动脉夹层肺损伤的诊断和治疗。     

急性主动脉夹层与正常对照主动脉组织基因的差异表达

目的通过组织芯片技术分析急性主动脉夹层患者主动脉组织差异表达基因探讨主动脉夹层发病的分子机制。方法取急性主动脉夹层患者及健康对照（各4例）的主动脉组织,通过组织芯片筛选急性主动脉夹层患者和健康对照差异表达的基因。利用生物信息学技术分析差异表达的基因参与的信号通路。结果实主动脉组织芯片分析结果显示,急性主动脉夹层患者与正常对照差异表达大于2倍的基因有129个,其中83个基因表达下调,46个基因表达上调。差异表达的基因主要编码与细胞、细胞外基质粘附相关的蛋白。信号通路分析显示,主动脉夹层中受影响最大的两条通路是粘附斑和肌动蛋白骨架调节相关通路。结论通过组织芯片分析筛选到的急性主动脉夹层差异表达基因可能参与了主动脉夹层的病理过程,为研究其致病机制奠定了荩础。     

基因表达谱芯片在胰腺癌组织差异表达相关基因筛选中的应用

目的：探讨基因表达谱芯片技术筛选胰腺癌组织和癌旁正常组织基因表达谱差异的可行性。方法应用Agilent公司生产的包含27958条DNA的基因芯片检测4例胰腺癌患者胰腺癌组织和癌旁正常组织的基因表达谱,筛选差异表达基因,并用半定量RT-PCR法检测差异基因CD151、S100A4、TIMP-3和NME3表达情况。结果共筛选出46条基因表达谱差异基因,其中26条表达上调、20条表达下调。差异基因CD151、S100A4、TIMP-3和NME3的表达情况与基因表达谱芯片检测结果一致。结论基因表达谱芯片技术可以筛选出胰腺癌组织差异表达相关基因,为胰腺癌分子标志物研究提供了可靠依据。     

cDNA微阵列分析BALB/c小鼠肝脑组织中差异性表达基因的研究

目的分析BALB/c小鼠肝、脑组织差异基因表达谱。方法TRIZOL法提取总RNA,反转录cDNA,采用36K小鼠全基因组寡核苷酸芯片,运用荧光双交换方法分析BALB/c小鼠肝脑组织中mRNA转录本含量。经芯片扫描、图像采集后,运用MAS2.0软件对差异基因进行基因功能分析(GO)和KEGG通路分类。结果基因芯片结果表明与脑组织相比,在肝组织中共发现差异表达基因6 132个,其中包括上调基因2 974个,下调基因3 158个,GO分析上述差异表达基因主要涉及代谢、细胞信号转导、DNA结合与转录、细胞周期、细胞骨架、细胞粘附和发育等。KEGG信号通路分析显示:上调差异基因中71个通路的改变差异具有统计学意义(P0.05),下调差异基因中有80个通路的改变差异具有统计学意义(P0.05)。结论小鼠肝与脑组织基因表达谱的差异涉及多个基因表达调控途径,研究这些基因分子功能有助于深入了解各组织独特的功能表达系统。     

急性主动脉夹层患者主动脉组织和血浆中微小核糖核酸的差异表达

目的:本研究旨在寻找新的可作为急性主动脉夹层(AAD)诊断标志物的微小核糖核酸(mi RNAs)。方法:入选4例A型AAD患者的升主动脉病变组织标本(AAD1组)和4例无心血管疾病的器官捐赠者的升主动脉组织标本(NC1组);入选20例A型AAD患者(AAD2组)和20例无心血管疾病正常对照者(NC2组)并分别采集血浆,两组病例对照的年龄、性别严格匹配。利用mi RNA芯片技术,检测四组受试者的升主动脉组织和血浆mi RNAs表达谱,整合两组分析结果,确定AAD患者组织和血浆均差异表达的mi RNAs。结果:主动脉组织miR NA芯片结果显示,AAD患者中30个miR NAs表达显著改变,其中13个表达上调,17个表达下调。血浆miR NA芯片分析显示,AAD患者有93个miR NA差异表达,其中33个表达上调,60个表达下调。整合两个表达谱,共有4个miR NAs(miR-4313、-933、-1281和-1238)在血浆和组织均显著升高。其中,AAD1组较NC1组、AAD2组较NC2组miR-4313分别上调1.5倍和42.4倍,miR-933分别上调10.4倍和26.8倍,miR-1281分别上调1.7倍和17.8倍,miR-1238分别上调1.3倍和13.8倍。结论:通过miR NA芯片分析,我们筛选到4个在AAD患者主动脉组织和血浆中均升高的miR NAs。这些miR NA可能是诊断AAD的生物标志物,但需大样本验证。     

自发性高血压大鼠基因表达变化及松龄血脉康对其的影响

目的应用基因表达谱芯片分析自发性高血压大鼠（SHR）动脉血管组织差异表达基因以及松龄血脉康对其的影响。方法SHR大鼠分为两组，分别给予松龄血脉康（750mg／kg）和生理盐水灌胃，WKY大鼠作为正、常对照。给药15d后测定大鼠血压，分离主动脉血管并提取组织总RNA，与表达谱芯片杂交，进行差异表达分析。结果共分析SHR大鼠动脉血管组织表达差异变化的基因共39条，其中上调基因20条，下调基因19条：进一步观察松龄血脉康对39条差异基因的影响，发现松龄血脉康能使SHR大鼠动脉组织差异基因表达恢复或接近至正常水平。结论松龄血脉康能改善自发性高血压引起的基因表达变化。     

慢性血栓栓塞性肺动脉高压基因表达谱的研究

目的 利用基因表达谱芯片研究慢性血栓栓塞性肺动脉高压病变组织中差异表达的基因,从多基因角度研究疾病发生的分子机制。 方法 选取5例慢性血栓栓塞性肺动脉高压病人的肺动脉内膜组织作为实验组,并选择年龄和性别相匹配的5例肺移植供体的正常肺动脉内膜组织为对照组。分别提取、纯化RNA,反转录为cDNA,与Affymetrix 2.0 ST基因芯片进行体外杂交,通过扫描信号及数据处理,分析出CTEPH肺动脉内膜的差异基因表达谱,并选择部分基因进行反转录聚合酶链反应(RT-PCR)验证。 结果 通过对两组基因表达谱比较分析,筛选出有统计学差异的1614个基因。其中880个基因表达上调,734个基因表达下调。筛选出差异最显著的5个上调基因和5个下调基因, RT-PCR验证TBX15、FMO3、ITIH3、CHRDL1、ACADL表达与芯片结果符合。 结论 慢性血栓栓塞性肺动脉高压存在显著的差异基因表达谱,筛选出来的差异基因涉及炎症反应、细胞粘附、血栓形成、平滑肌增殖、血管生成等功能,而完整的基因功能信息、传导通路、信号网络等,尚需进一步研究。     

应用基因芯片技术筛选肝硬化相关基因

目的:探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝硬化相关基因群表达中的作用.方法:按TRIzol法抽提肝硬化及正常肝脏组织总RNA,分离纯化两种组织的mRNA.经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与基因芯片(涵盖18 400个转录本,代表14 500个明晰的基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较二种组织基因表达谱差异.结果:2例肝硬化组织与正常肝脏组织相比,有1424条基因(9.82%)共同表达差异,其中共同上调基因980条和共同下调基因444条.对1424条共同差异表达基因作了初步功能分类,这些基因与肝硬化的发病机制存在相关性.结论:基因表达谱芯片技术可以筛选出肝硬化表达异常的相关基因群,对其进一步研究有助于认识肝硬化的发病机制.     

应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因

目的:探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝细胞癌(HCC)相关基因群表达中的作用。方法:TRIzol法抽提2例HCC及正常肝脏组织总RNA,分离纯化两种组织的mRNA;逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与基因芯片(涵盖了18400个转录本,代表了14 500个明晰的基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较2种组织基因表达谱差异。结果:2例HCC组织与正常肝脏组织相比,有2756条基因(19.01%)共同表达差异,其中共同上调基因1772条和共同下调基因984条,对2756条共同差异表达基因作了初步功能分类,这些基因与HCC的发病机制存在相关性。结论:基因表达谱芯片技术可以筛选出HCC表达异常的相关基因群,有助于认识肝癌的发病机制。     

应用基因芯片对人肝纤维化相关基因的筛查

目的:筛查肝纤维化组织相关基因,探讨肝纤维化发生机制.方法:抽提肝纤维化组织和正常肝组织总RNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机扫描分析肝纤维化组织和正常肝组织基因表达谱的差异情况,并用实时荧光定量PCR技术对其中部分差异基因的表达水平变化进行验证.结果: 筛选出差异表达的基因68个,其中肝纤维化组织中表达上调的基因35个,表达下调的基因33个,这些基因按照功能可以分为调控细胞信号转导、DNA损伤与修复、转录调控因子、代谢相关基因以及未知功能基因.与正常肝组织比较,肝纤维化组织中C/EBPβ mRNA表达下调(22.02±4.82 vs 59.13±8.21,P<0.01),MMP-14 mRNA表达上调(257.33±26.58 vs 21.65±4.37,P<0.01),结果与基因芯片一致.结论:多种基因参与肝纤维化的形成过程,肝纤维化组织与正常肝组织之间存在有明显的基因表达差异.     

抗环瓜氨酸肽抗体阳性和阴性类风湿关节炎患者外周血单个核细胞基因表达谱差异的研究

目的 运用基因芯片技术研究抗环瓜氨酸肽(CCP)抗体阳性和阴性类风湿关节炎(RA)患者外周血单个核细胞(PBMC)基因表达谱差异,探索差异存在的基因表达基础.方法 提取各5例抗CCP抗体阳性、阴性RA患者、健康人PBMC中总RNA,运用Ⅲumina基因表达谱芯片分析每个样本47231个基因变化.结果 与健康对照组相比,抗CCP抗体阳性和阴性RA患者有88个差异表达基因,其中上调表达基因51个,下调表达基因37个,这些差异表达基因主要涉及细胞因子、细胞凋亡、细胞周期、细胞因子、信号转导、趋化因子等.抗CCP抗体阳性和阴性RA患者之间有20个基因表达差异有统计学意义,其中上调表达基因9个,下调表达基因11个,这些差异表达基因主要涉及传递蛋白、转录调控、信号转导、代谢、细胞周期等.结论 抗CCP抗体阳性和阴性RA患者之间存在差异表达基因,筛选到的差异基因如杀伤细胞免疫球蛋白受体基因、干扰素诱导基因、几丁质酶家族成员CHI3L1等为进一步研究RA发病机制及发现新治疗靶标提供重要线索.     

cDNA微阵列分析穿刺手术所致BALB/c小鼠肝损伤基因表达谱变化

目的分析肝穿刺术后BALB/c小鼠肝脏基因表达谱的变化。方法10只BALB/c随机分为两组;实验组和正常组,每组各5只;实验组小鼠开腹直视下肝左叶注生理盐水,8天后采集肝组织标本并提取RNA,cDNA微阵列分析25 000个基因在实验组和正常组小鼠肝组织中的表达水平差异。结果肝穿刺术后共有82条差异基因,其中52条基因表达上调,30条基因表达下调;功能聚类可分为代谢、转录调节、转运、信号转导、炎症反应、细胞增殖与凋亡、细胞周期与细胞骨架及细胞粘附等8类。结论肝穿刺术所致小鼠肝脏基因表达谱发生的改变,涉及多个基因表达调控途径。     

苦参碱对人肝癌细胞株HepG2基因表达谱的影响

目的利用基因表达谱芯片研究苦参碱对体外培养的人肝癌细胞株HepG2基因表达谱的影响。方法苦参碱处理人肝癌细胞株HepG272h后，提取研究组和对照组细胞的总RNA，将两组RNA纯化为mRNA，逆转录成cDNA，用Cy3和cy5两种不同的荧光染料进行线性扩增标记，与人全基因组基因表达谱芯片杂交，采用生物信息学方法分析两组细胞基因表达谱的改变。结果用Panther生物学软件分析，总共发现差异基因385个，其中上调基因133个，下调基因252个，并对其进行生物学功能分类。结论应用全基因组表达谱芯片检测差异表达基因，苦参碱可改变人肝癌细胞株HepG2细胞基因谱，可以通过调控凋亡基因的表达，诱导HepG2细胞发生凋亡。     

肝硬化和肝癌差异基因表达的对比研究

目的 利用寡核苷酸芯片筛选肝硬化和肝癌的差异基因表达，并对比研究其共同阳性基因在肝癌中的作用。方法 应用含有18993个已知基因的Affymetrix U133plus 2．0芯片，对从肝癌、肝硬化及正常肝组织抽提并纯化标记的mRNA进行芯片杂交，GenePix 4000A荧光激光扫描系统对芯片进行扫描，GenePix Pro 3．0分析软件处理杂交信号获取结果。Northern印迹技术检验芯片分析结果的可靠性。结果 芯片分析结果具有可重复性。肝硬化表达差异基因为118个，其中上调表达基因数为63，下调表达基因数为55。肝癌表达差异基因为1455个，其中上调表达基因数为761，下调表达基因数为694。在肝硬化上调表达的基因中，25个基因继续在肝癌中上调表达，2个基因下调表达，36个基因在肝癌中阴性表达；在肝硬化下调表达的基因中，36个基因继续在肝癌中下凋表达，1个上调表达，18个在肝癌中阴性表达。结论 利用寡核苷酸表达谱芯片，能够快速筛查出肝癌及肝硬化相关基因。有多个在肝硬化中异常表达的基因持续在肝癌中表达，这可能是肝硬化癌变的分子基础。     

沉默MCM7基因后肝癌SMMC-7721细胞差异表达基因的筛选

目的:探究微小染色体维持蛋白7(minichromosome maintenance protein 7,MCM7)基因在调节肝癌细胞生长的相关机制.方法:通过s i R N A干扰技术沉默人肝癌SMMC-7721细胞中的MCM7基因表达,采用人全基因组表达谱芯片,筛查MCM7沉默后差异表达基因,进行生物信息学分析,并对部分差异表达基因进行蛋白免疫印迹法(Western blot)验证.结果:芯片筛选出在人肝癌SMMC-7721细胞中沉默MCM7基因后差异表达基因1010个,其中上调基因391个,下调基因619个.这些基因主要涉及生物大分子代谢、细胞周期调控、细胞增殖、细胞凋亡等方面,参与胞吞、肿瘤相关通路、P53信号通路、mTOR信号通路等通路的改变.Western blot对部分差异基因表达验证的结果显示CCND1、SKP2和JUP蛋白表达均下调,与芯片检测结果一致.结论:应用人基因表达谱芯片,成功筛选出沉默MCM7基因后人肝癌细胞SMMC-7721差异表达基因,为探究MCM7基因影响肝癌细胞生长提供了有效线索.     

应用肿瘤基因解剖工程数据库检测大肠癌基因表达谱

目的进一步了解大肠癌与正常组织间基因表达谱差异，寻找可能用于临床诊断和治疗的基因标志。方法应用肿瘤基因解剖工程(CGAP)数据库中基因表达短序列分析(SAGE)数据筛查大肠癌和正常组织差异表达基因，并用RT-PCR方法进一步在大肠癌细胞株(SW1116、Lovo、HCT-8、HCe-8693)和20例组织标本中验证。结果在SACE数据库中共分析大肠癌和正常组织短序列195160个，发现差异基因216个。对其中17个基因进行RT-PCR验证分析，在细胞株中基因检出阳性率为35．3％～76．5％，组织标本中阳性率为88．2％。对其中转化生长因子β1、蛋白酶体26S亚单位、热休克蛋白1进行半定量RT-PCR，基因差异表达率分别为60％、50％、35％。结论利用CGAP数据库中SAGE数据能快捷、可靠地筛查大肠癌差异基因表达谱，对这些差异基因进一步分析可能为临床诊治大肠癌提供基因标志。     

弓形虫ROP16_Ⅱ效应分子对宿主A549细胞基因表达谱的影响

目的 ROPl6在弓形虫入侵宿主细胞的过程中发挥着关键作用。为了提高ROP16对宿主细胞的分子功能的认识,本研究分析了ROP16_Ⅱ基因转染的A549细胞株的表达谱,筛选了新的候选基因,为揭示Ⅱ型弓形虫病的发病机制提供了依据。方法通过表达谱芯片技术对过表达ROP16_Ⅱ的A549细胞株的表达谱进行研究,并从中筛选差异表达基因。利用ToppGene从差异表达基因中筛选候选基因,并通过RT-qPCR对获得的基因进行验证。结果共获得了9 994个差异表达基因,其中上调的基因有4 293个,下调的基因有5 701个。将这些差异表达基因进行GO功能富集分类,主要涉及多种生物学过程,包括发育过程、生物调控、免疫应答和信号传导等过程。采用ToppGene筛选得到4个疾病候选基因,其中上调表达的有IL4R和STAT1;下调表达的有IL12RB1和IL2RG。RT-qPCR结果与表达谱芯片数据一致。结论 ROP16_Ⅱ入侵宿主细胞后影响宿主细胞基因表达谱,了解ROP16_Ⅱ的作用机制,对于更加全面地揭示Ⅱ型弓形虫病的发病机制具有重要意义。     

HBV复制子pHY106-BHBV转染HepG2细胞基因表达差异

目的:研究乙型肝炎病毒复制子pHY106-BHBV转染肝癌细胞系基因表达谱的差异,分析参与胆固醇代谢的差异表达基因.方法:应用包含20 000条人类全长基因的寡聚核苷酸芯片ImaGene3.0检测乙型肝炎病毒复制子pHY106-BHBV转染肝癌细胞系基因表达谱差异,并选择其中参与胆固醇代谢的表达下调基因7-脱氢胆固醇还原酶和NADH-细胞色素b5还原酶,用RT-PCR方法进行验证分析.结果:基因芯片筛选出差异表达的基因,其中包括转录因子、细胞周期素、细胞因子相关蛋白、糖脂类物质代谢相关酶及细胞信号转导相关因子等,RT-PCR验证参与胆固醇代谢的几种表达差异的基因,其中7-脱氢胆固醇还原酶和NADH-细胞色素b5还原酶表达明显下调,与基因芯片分析结果一致.结论:乙型肝炎病毒复制子pHY106-BHBV转染肝癌细胞系存在基因表达差异,乙型肝炎病毒感染可能通过抑制参与胆固醇代谢的7-脱氢胆固醇还原酶和NADH-细胞色素b5还原酶从而进一步影响机体胆固醇代谢.     

应用基因芯片技术对系统性红斑狼疮患者外周血基因表达谱的初步研究

目的 研究系统性红斑狼疮（SLE）患者与正常对照外周血的基因表达谱的改变，以探讨SLE发病机制，诊断及鉴别诊断，以及基因功能的研究。方法 首先从外周血提取总RNA，反转录合成单链，双链cDNA后，体外转录合成生物素标记的cRNA与基因芯片进行杂交，再通过抗原抗体反应机制标记上荧光染料Cy3后，使用芯片扫描仪进行图像扫描。使用分析软件进行表达差异和聚类分析。结果 在3000多个基因点中，与正常对照相比较，鉴定出94个基因存在表达差异相关基因，其中有33个基因表达上调，61个基因表达下调。这些表达差异基因有细胞因子及受体，转录相关基因，凋亡相关基因，生长分化相关基因，信号转导相关基因，细胞周期相关基因，电子传递和氧化相关基因，转移酶相关, 酶相关基因等。聚类分析结果显示不同的疾病以及不同临床表面的同一疾病其外周血的基因表达谱是有差异的，可以用于疾病的诊断和鉴别诊断。基因聚类发现，根据表达谱聚类在一起的基因存在功能上的相似性，可以用来发现已知基因的免疫相关功能。结论 该基因芯片技术方法有较高的重复性和稳定性，能有效地进行SLE致病基因的筛选，更好地理解SLE发生的分子机制，诊断及鉴别诊断，以及基因功能的研究。     

基因芯片在肺癌发生相关基因筛查中的应用

目的 研究人肺癌发生相关基因表达谱，探讨肺癌发生的分子机制。方法 选取1280个与肿瘤相关的基因克隆。制备成肿瘤相关cDNA芯片。提取人肺癌组织以及相应正常组织RNA，反转录后标记为cDNA探针，与cDNA芯片杂交，经扫描及Quantarray3．0软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果 共筛查出差异表达基因52条。其中表达上调基因35条，下调基因17条；按照基因功能可分为运输载体，代谢相关基因、细胞信号转导分子、细胞骨架、转录调控因子以及未知功能基因。结论 基因芯片可用于肺癌相关基因表达谱的筛查，为明确肺癌发生机制提供重要参考。