利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法应用美国AffymetrixHG—U133寡核苷酸芯片（代表迄今所知的32264个人类全基因．包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇）检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱，并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证；综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据结果获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个（包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个）；大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个：大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个；最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80．1％未见报道。结论综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略，可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的 筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法 应用美国AffymetrixHG-U133寡核苷酸芯片(代表迄今所知的32264个人类全基因,包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇)检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱,并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证;综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据。结果 获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个(包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个);大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个;大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个;最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80.1%未见报道。结论 综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略,可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

用基因芯片筛选早期大肠癌相关基因

目的 用基因芯片技术筛选早期大肠癌相关基因. 方法 利用HG-U133Plus2.0基因芯片,对大肠腺瘤组织、癌组织和正常组织基因表达谱进行检测,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析. 结果 腺瘤组织与正常组织比较,表达差异2倍以上基因及ESTs共有1892个,其中表达上调的485个,表达下调的1407个.腺瘤组织和癌组织同时与正常组织比较,有602个表达相同的基因及ESTs,其中表达上调2倍以上的125个,表达下调2倍以上的477个. 结论 602个腺瘤与癌表达相同的基因可能与早期大肠癌的启动和演化有关.     

miR-143、miR-145在膀胱癌中的表达及意义

【目的】探讨膀胱癌中miR-143、miR-145的表达及其与膀胱癌临床病理特征的关系。【方法】采用miRNA表达谱芯片、Northen blot、Real-time PCR法检测miR-143、miR-145在膀胱癌中的表达,分析miR-143、miR-145的表达与膀胱癌临床分期分级的关系。【结果】miRNA表达谱芯片、Northen blot、Real-time PCR法均提示miR-143、miR-145在膀胱癌中较癌旁正常膀胱组织中表达明显降低,差异具有统计学意义。miR-143、miR-145的低表达在不同临床分期与分级的膀胱癌中差异不明显。【结论】miR-143、miR-145在膀胱癌中明显低表达,可能与膀胱癌的发生密切相关。     

乳腺癌差异表达的MicroRNA的筛选研究

【目的】应用miRNA芯片技术筛选乳腺癌及癌旁组织差异表达的miRNA,发现与乳腺癌相关的miRNA,为进一步阐明其在乳腺癌发病机制中的作用打下基础。【方法】收集8例新鲜的乳腺癌及其癌旁组织,抽提总RNA并分离出小RNA进行Cy3荧光标记,将标记的小RNA在miRNA芯片上进行杂交反应,应用实时定量RT-PCR方法验证miRNAs芯片结果的可靠性。【结果】对芯片数据进行SAM分析,结果筛选获得16个乳腺癌相关miRNAs,相对于癌旁组织,在乳腺癌组织中9个miRNAs表达上调,7个miRNAs表达下调。其中显著上调的有miR-21,miR-365,显著下调的有miR-497,miR-31。【结论】筛选得到乳腺癌miRNA差异表达谱,其可能与乳腺癌的发生发展有关。     

mRNA差异显示法筛选大肠癌相关基因

目的：分离并克隆大肠癌相关基因。方法：分别提取大肠癌与正常大肠粘膜的组织总RNA,用mRNA差异显示法（Differential display polymerase chain reaction,DD-PCR)筛选大肠癌特异性表达产物的cDNA片段,对其进行克隆、测序、序列分析以及斑点杂交初步鉴定。结果：获得了2个在大肠癌高表达而在正常大肠粘膜组织低表达的新基因片段。结论：这2条差异显示新基因片段很可能是与大肠癌相关的致癌基因。     

大肠癌中Sialyl Lewis-X抗原和CD44v6基因蛋白表达的研究

目的探讨大肠癌中唾液酸化的路易斯寡糖-X(Sialyl Lewis-X,SLeX)抗原和CD44v6基因蛋白的表达及临床意义。方法采用高敏感性的催化信号放大免疫组化技术,检测216例大肠癌、20例癌旁组织和20例正常大肠组织中SLeX抗原和CD44v6基因蛋白表达,分析与大肠癌临床病理因素的关系。结果SLeX抗原和CD44v6基因蛋白阳性表达率,大肠癌中分别为81.9%和83.3%,癌旁组织中分别为30%和35%,正常组织中均为阴性,三者之间差异具有显著性(P<0.01);SLeX抗原和CD44v6基因蛋白表达具有一致性,且与大肠癌的临床分期、分化程度、坏死、淋巴结及远处转移和预后有关(P<0.05)。结论SLeX抗原和CD44v6基因蛋白表达与大肠癌的侵袭、转移有关,并在大肠癌发生、发展中发挥重要作用,检测大肠癌中SLeX抗原和CD44v6基因蛋白表达可作为判定其预后的新的生物学指标。     

P16蛋白在大肠癌组织中表达的研究

目的：探索多种肿瘤抑癌基因P16蛋白在大肠癌中表达。方法：采用免疫化组织化学链霉菌抗生素蛋白－过氧化物酶法（SP）检测50例大肠癌组织和大肠正常组织中P16蛋白的表达。结果：P16蛋白在大肠癌组织和大肠正常组织中的表达分别为27．3％、63．6％，且随着大肠癌组织恶性程度的上升而降低。结论：P16蛋白表达的缺失与大肠癌的发生及恶性程度有关。     

Cx基因组在大肠癌中的表达及突变

目的 :研究大肠癌基因组中Cx基因的表达 ,探讨诱导剂作用后Cx基因的表达及Cx4 3基因编码序列突变。方法 :Northern杂交、RT PCR和PCR 单链构象多肽分析。结果 :正常大肠粘膜有Cx32、Cx37、Cx4 3mRNA的高表达 ,大肠癌癌旁组织有较弱的Cx32、Cx37、Cx4 3基因表达 ,大肠癌组织中仅有Cx4 3基因微弱表达。维甲酸 (RA)、二甲基亚砜 (DMSO)对大肠癌基因组中Cx4 3基因有诱导作用 ,而其本身表达的Cx4 6基因在RA及佛波酯 (TPA)作用后明显减弱或消失。Cx4 3基因编码区未发现突变。结论 :Cx32可能是人大肠粘膜上皮细胞基因组中维持细胞间隙连接通讯功能的特异表达的Cx基因 ,Cx4 6可能是大肠癌Cx基因表达的一种变异。Cx4 3基因在人大肠癌中表达下调的原因不是其编码区的点突变     

探讨Fas/FasL的表达与大肠癌发展及转移的关系

 【目的】探讨Fas/FasL在大肠癌组织细胞的表达以及它们与肿瘤的发展及转移的关系。【方法】应用免疫组化(SABC)法对41例(包括各个不同Dukes分期)的大肠癌组织以及正常大肠组织的Fas/FasL进行检测。【结果】大肠癌组织Fas阳性率为48.8%,低于正常大肠黏膜组织的Fas阳性率92.7%(P<0.01)。大肠癌组织FasL阳性率为53.7%,高于正常大肠黏膜组织的FasL阳性率4.9%(P<0.01)。在不同分期的大肠癌组织中,Fas阳性率分别为:A期87.5%,B期66.7%,C期25.0%,D期21.2%。而FasL阳性率分别为:A期25.0%,B期33.3%,C期66.7%,D期88.8%。随着Dukes分期的递升,Fas阳性率呈递减趋势,而FasL阳性率呈递升趋势。【结论】在大肠癌组织中,Fas表达下调,以及FasL表达上调,肿瘤细胞凋亡减少,这有利于肿瘤细胞的增殖。Fas/FasL在大肠癌的发生、发展和转移中起着重要的作用,为大肠癌的基因治疗提供了新思路。     

利用基因芯片筛选大肠癌中细胞增殖相关基因

目的 用基因芯片技术筛选大肠癌中细胞增殖相关基因. 方法 利用HG-U133 Plus2.0基因芯片.对大肠癌组织和正常组织基因表达谱进行检测,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析. 结果 ①癌组织与正常组织比较,表达差异2倍以上基因共有1 200个,其中表达上调的474个,表达下调的726个.②在1 200个基因中,共有127个基因与细胞的增殖功能相关,其中表达上调的66个,表达下调的61个. 结论 127个细胞增殖相关基因可为大肠癌的基因治疗提供靶点.     

探讨Fas/FasL的表达与大肠癌发展及转移的关系

【目的】探讨Fas/FasL在大肠癌组织细胞的表达以及它们与肿瘤的发展及转移的关系。【方法】应用免疫组化（SABC）法对41例（包括各个不同Dukes分期）的大肠癌组织以及正常大肠组织的Fas/FasL进行检测。【结果】大肠癌组织Fas阳性率为48.8%,低于正常大肠黏膜组织的Fas阳性率92.7%（P〈0.01）。大肠癌组织FasL阳性率为53.7%,高于正常大肠黏膜组织的FasL阳性率4.9%（P〈0.01）。在不同分期的大肠癌组织中,Fas阳性率分别为：A期87.5%,B期66.7%,C期25.0%,D期21.2%。而FasL阳性率分别为：A期25.0%,B期33.3%,C期66.7%,D期88.8%。随着Dukes分期的递升,Fas阳性率呈递减趋势,而FasL阳性率呈递升趋势。【结论】在大肠癌组织中,Fas表达下调,以及FasL表达上调,肿瘤细胞凋亡减少,这有利于肿瘤细胞的增殖。Fas/FasL在大肠癌的发生、发展和转移中起着重要的作用,为大肠癌的基因治疗提供了新思路。     

应用表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因

目的：采用表达谱芯片对病理性瘢痕组织和正常人皮肤组织进行检测,筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因。方法：应用基因表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织的差异表达基因,对差异表达基因数据进行Go和Pathway分析。结果：病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织相比,差异表达2倍以上基因5 001个,差异表达5倍以上基因956个,差异表达20倍以上基因144个。结论：病理性瘢痕组织与正常皮肤组织在基因表达上,存在显著差异。病理性瘢痕的发生是由多种基因、多条通路共同参与作用的,基因通路间呈网络样动态连接。     

mRNA差异显示法筛选大肠癌相关基因

目的 分离并克隆大肠癌相关基因。方法分别提取大肠癌与正常大肠粘膜的组织总ＲＮＡ,用ｍＲＮＡ差异显示法 （Differential display polymerase chain reaction,ＤＤ－ＰＣＲ）筛选大肠癌特异性表达产物的ｃＤＮＡ片段,对其进行克隆、测 序、序列分析以及斑点杂交初步鉴定。结果获得了２个在大肠癌高表达而在正常大肠粘膜组织低表达的新基因片段。 结论这２条差异显示新基因片段很可能是与大肠癌相关的致癌基因。     

应用表达谱芯片研究胶质母细胞瘤相关基因的表达及功能

目的:应用基因表达谱芯片筛选研究人脑胶质母细胞瘤发生,发展中相关基因的表达及生物信息分析功能.方法:采用含13 939条基因(设置173个对照点)的BioStarH140S型表达谱芯片;用改良的"一步法"抽提2例正常脑及6例胶质母细胞瘤组织总RNA,制备杂交探针;杂交芯片后用ScanArray4000扫描芯片荧光信号,提取正常脑及胶质母细胞瘤组织差异基因;对差异基因进行生物信息分析,初步分类及Northern杂交研究.结果:按照差异显著标准,在胶质母细胞瘤中共有198条(1.42%)基因表达差异显著,其中77条(0.55%)表达上调,121条(0.87%)表达下调,55条新基因尚未在GenBank登录;生物信息分析发现肿瘤相关基因与细胞信号和传递蛋白、代谢、蛋白翻译合成、细胞骨架和运动、免疫、原癌基因和抑癌基因、细胞周期、细胞凋亡等9类基因密切相关;Northern杂交结果与表达谱芯片一致.结论:基因表达谱芯片可低成本、高通量、高效率筛选胶质瘤相关基因,并为基因群功能研究提供了方向;本研究结果有助于揭示胶质母细胞瘤分子机制,为指导肿瘤的临床诊断、治疗和预后判断提供依据.     

基于咳嗽模型小鼠相关差异蛋白表达探讨中医“肺与大肠相表里”研究

【目的】研究与分析"肺病及肠"——咳嗽模型小鼠结肠组织差异表达蛋白质,探讨肺与大肠病理上的相关性,以进一步提供中医"肺与大肠相表里"的物质基础。【方法】运用蛋白质组学技术,对正常对照组和咳嗽模型组小鼠结肠组织总蛋白质进行差异双向电泳(2D-DIGE),选择差异表达蛋白质斑点,进行MALDI-TOF/TOF质谱分析和生物信息学分析。【结果】筛选取出5个差异表达蛋白点,其中3个蛋白点在咳嗽组表达下调,2个蛋白点表达上调。经鉴定分别为肌动蛋白、血小板活化因子乙酰水解酶IBβ亚基、谷胱甘肽过氧化物酶1、5’(3’)-脱氧核糖核苷酸酶、过氧化物氧化还原化酶-6(Prdx-6)。【结论】肺病及肠咳嗽模型小鼠大肠组织可能存在氧化应激,Prdx-6基因或蛋白可能是肺与大肠之间沟通的"信号"。     

宫颈癌及癌前病变的全基因组表达谱分析及下调表达候选基因鉴定

目的探讨维吾尔族妇女宫颈癌组织特异的下调表达基因谱,建立基于下调表达基因的宫颈癌早期诊断方法。方法收集维吾尔族妇女宫颈病变新鲜组织标本72例,其中宫颈鳞癌(cervical squamous cell carcino-ma,CSCC)25例,宫颈内上皮瘤变(cervical intraepithelial neoplasia,CIN)22例,正常宫颈组织(normal cervix,NC)25例。选择20例组织标本(CSCC 7例,CINⅢ6例,NC 7例),提取组织RNA,通过人类全基因组表达谱芯片及生物信息分析,筛选宫颈癌及癌前病变(CIN)特异性下调表达候选基因。通过对CSCC与正常对照(NC)组的基因差异表达谱进行比较分析,选取10种差异表达倍数较高的候选基因,利用72例宫颈病变组织RNA,对10种下调表达候选基因的表达水平进行半定量RT-PCR鉴定,确定宫颈癌及癌前病变与该基因表达水平变化的关系。结果以2倍及以上表达差异为量化标准,有下调表达候选基因112种。72例宫颈病变组织RNA的半定量RT-PCR筛查分析,发现在CSCC与正常对照组之间,FOSB、DNASE1L3、SCARA5、EGR1、ABI3BP、FOS、KLF4、RHOB、IER2和ID4等10种下调表达基因的差异均有统计学意义(P<0.05)。DNASE1L3、EGR1、FOS、KLF4和IER2等5种基因的表达水平差异在CIN与正常对照组之间有统计学意义(P<0.05),但是除了FOS基因外,其余4种基因表达在CSCC与CIN组之间无差异(P>0.05)。结论维吾尔族妇女宫颈癌发病进程可能与一系列基因的下调表达密切相关,而DNASE1L3、EGR1、FOS、KLF4和IER2等5种基因的表达水平变化可能成为宫颈癌早期预警指标。     

基因芯片技术筛选和鉴定CD133+CD200+大肠癌干细胞相关基因

目的筛选CD133+CD200+大肠癌细胞并鉴定其相关基因的表达。方法流式细胞术分选CD133+CD200+和CD133-CD200-
大肠癌细胞,应用Affymetrix 人类全基因组表达谱芯片检测这两群细胞的基因表达谱,初步筛选CD133 +CD200 +与
CD133-CD200-大肠癌细胞之间的差异表达基因,进而寻找与大肠癌干细胞特异性相关的主效基因,最后利用qRT-PCR实验对
部分差异表达基因进行验证,以确定芯片检测结果的可靠性。结果芯片结果显示差异在3倍以上的基因共655个,CD200+细胞
表达上调的基因290 个,表达下调的基因共365 个,通过生物信息学分析和GENEMANIA共表达构建,筛选出3 条（MDM2;
PRKACG;CACNA1G）有特异相关的差异基因进行qRT-PCR验证,结果与芯片结果完全相符。结论基因芯片技术通过筛选和
鉴定CD133+CD200+大肠癌干细胞相关基因,建立了特异性大肠癌干细胞基因表达谱,为大肠癌基因靶向治疗及进一步研究提
供依据。
     

大肠腺瘤细胞凋亡及肿瘤相关基因的初步研究

目的探索大肠腺瘤特异性相关基因。方法用基因芯片技术研究大肠腺瘤的基因表达谱,筛选出的差异表达基因,并以RT-PCR对部分差异表达基因进行检测来验证芯片结果。结果大肠腺瘤的282特异性差异表达的基因,基因上调85个,下调197个。结论大肠腺瘤有多种基因发生差异表达,其中癌基因与抑癌基因肿瘤相关基因及细胞凋亡基因是大肠腺瘤的相关基因。     

颅内动脉瘤信号传导相关基因的筛选

 【目的】基因芯片技术建立颅内动脉瘤患者血液单核细胞基因表达谱,筛选与信号传导相关的基因表达情况。【方法】50例颅内动脉瘤患者外周血,10例正常成人作为对照组,分离血液单核细胞,提取总RNA,与含22215个人类基因的Affymetrix寡核苷酸基因芯片杂交、洗脱、染色和扫描,分析检测的数据。荧光定量RT-PCR验证芯片结果。【结果】检测的22215个基因中,颅内动脉瘤共差异表达的基因有325个,差异水平均达2倍以上的基因有35个,生物信息学分析发现信号传导相关基因有7个,其中上调基因5个,下调基因2个。【结论】血液单核细胞基因表达谱是研究颅内动脉瘤发病机制的新策略,多个信号传导相关基因参与颅内动脉瘤的形成和发展。